The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
b'MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDER'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional evidence of high specificity of Cbf5 for ACA trinucleotide.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
tRNA pseudouridine synthase B
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| molecule tags |
Isomerase/rna binding protein/rna
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| total genus |
12
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MQK C; 2RFK C; 3UAI C; 2EQN A; 2V3M A; 2HVY B; 3U28 C; 2EY4 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VGC C; 3MU0 A; 5A8Y A; 1AMH A; 4LZ4 B; 5F8X A; 1MD8 A; 3T27 A; 5FL7 D; 5HM2 A; 1RIW B; 2BVS H; 1NRO H; 1UMA H; 2K1Q A; 2FMJ A; 2PW8 H; 3SI4 H; 5J4S A; 1XUJ A; 1K1I A; 3MU1 A; 2FDA A; 2RDE A; 2V3M A; 3LDX H; 3V13 A; 3L33 A; 2WHX A; 3A82 A; 1BTU A; 1TRM A; 1YLC A; 2OXS A; 1KXA A; 4OM9 A; 3H09 A; 3P8G A; 1WYK A; 2QY0 B; 1JWT A; 1B0E A; 2SNV A; 3KQB A; 2B9L A; 1T7C A; 4RI0 A; 5A09 A; 3PWC A; 1NO9 H; 2ZDM A; 4WME A; 2Q6G A; 3BTW E; 1GL0 E; 2XRC A; 2XCF A; 5EG4 A; 4GCH G; 1UK3 A; 3KN2 A; 2Q6F A; 1IQI A; 3HKI B; 2JKH A; 5JBT A; 4YM9 A; 1RGQ A; 2FS9 A; 4MPW A; 5EGM A; 3DA9 B; 4JZ1 A; 4O03 A; 1RJX B; 2ZHF H; 2AS9 A; 3H5C B; 4ABE A; 1GBJ A; 1AVX A; 4DGJ A; 1QL7 A; 4INH A; 4IBL H; 3F68 H; 1C1S A; 4DVA U; 4OS4 A; 3S7H B; 6EST A; 2F91 A; 1IQL A; 2Z9K A; 3RXM A; 2EI7 A; 4MTB A; 4CRD A; 5EOK A; 1C4Y 2; 1HB0 B; 1QNJ A; 3I78 A; 3ZZ4 A; 1EB2 A; 1QQU A; 5LH8 A; 1HBT H; 3RU4 E; 2ZCL P; 5HIZ A; 1EQ9 A; 1TB6 H; 2CF8 H; 3BIU H; 3K2U A; 4LK4 A; 4GHQ A; 3TPI Z; 2TIO A; 4FXG H; 1V2M T; 1C2K A; 2J2U A; 2EEK A; 2CHA B; 3SNA A; 5FAH A; 3MH5 A; 1F92 A; 1HAH H; 4YTA A; 3RXP A; 5EJ1 A; 3HPT B; 4JCN A; 3M7U A; 3BEU A; 5FPY A; 3TGJ E; 1XKA C; 1GBB A; 1O2Q A; 1O3K A; 1FPC H; 4Y7A A; 1EPT B; 4ABI A; 1TOM H; 2OBO A; 1O3B A; 2ZGC A; 3T5F H; 1KXF A; 1S85 A; 2J9N A; 3BTQ E; 3PO1 C; 3U28 C; 3MI4 A; 1KMH B; 4CHA C; 1ZPZ A; 4NCY A; 4Y11 E; 1GBF A; 4DIH H; 1CT2 E; 1BRU P; 1C2H A; 4FU9 A; 4UDW H; 3S9A A; 3BN9 A; 1O2S A; 2BD7 A; 2DE9 A; 2ZFR H; 5EST E; 2GP9 B; 3W94 A; 2P59 A; 2O8U A; 1NFW A; 1O34 A; 5L30 H; 1Y5B T; 2ZPQ A; 4ZKR U; 3WWB A; 1BT7 A; 1CHG A; 3ZVA A; 1C5W B; 1ELC A; 5F8Z A; 3SU3 A; 1KY9 A; 1EJN A; 1O2K A; 5HXF A; 1G3D A; 4NWK A; 3PMJ A; 3QTO H; 3QZQ A; 2J34 A; 3TIU A; 3IIT A; 1DT2 A; 1QB9 A; 1QRX A; 1XKB C; 2FOF A; 1GWA A; 2ANM H; 3EA8 A; 2HNT F; 2A2X H; 2ALP A; 5E0J A; 3M3V A; 1Q2W A; 1PYT D; 5GIB A; 4H42 U; 1SGI B; 2FI5 E; 2JH6 D; 4B2B A; 4BOH A; 3SN8 A; 1DWB H; 3PMA B; 1GHB F; 2VH0 A; 3PRD A; 3GCT F; 3SU1 A; 5F03 A; 1S6H A; 3RM2 H; 2A5A A; 4XBD A; 2CF9 H; 2AH4 X; 3LGW A; 2J4I A; 1D3P B; 1O0D H; 1C1M A; 1Z8G A; 5AVD A; 5FBI A; 2G51 A; 1GI3 A; 2VB0 A; 2A4O A; 3QUM P; 1NT1 A; 2ZGB H; 4ISI H; 1ACB E; 4TSF D; 4ABH A; 1MKX H; 1LVY A; 2GD4 B; 3OTP A; 3KQE A; 4B2C A; 1GGD B; 3NUM A; 1BRC E; 3EST A; 5IDK A; 1C2J A; 1W13 U; 2BY8 X; 3ZZ6 A; 4ABJ A; 2YMS D; 2HRV A; 1IOE A; 1LHC H; 3PLK A; 1K9O E; 2ZWL H; 2R2W U; 3EQ0 H; 1K0H A; 3ZVB A; 1C2I A; 1G2M A; 2HNT C; 2GCH G; 2H9T H; 1GI0 A; 2ANK H; 2C8X B; 6CHA B; 1DPO A; 1C5Y B; 1TAL A; 4WY3 A; 3CEN A; 1W0Y H; 4DJZ B; 1V2S T; 2OC7 A; 4SGB E; 3R0F A; 1W8B H; 1XMN B; 1SGF G; 2J5U A; 2WPI S; 2P16 A; 4TWW A; 1AWF H; 1VIT H; 1EAS A; 1VGC B; 2G55 A; 2UUJ B; 3OX7 U; 1VZQ H; 2VIV A; 1AY6 H; 3SOS A; 3S9C A; 3ZZ5 A; 5L2Z H; 2AGI X; 1MTN C; 4A1V A; 1GI4 A; 4YT6 H; 2EI6 A; 1P9U A; 1J9C H; 2KCY A; 2JJ1 D; 2QIQ A; 4NIW A; 4AZ2 B; 1EZX C; 2FX4 A; 2FP7 B; 1BTZ A; 2ZQ1 A; 3U8T H; 1A1R A; 1PQ5 A; 3Q76 A; 5T6F A; 1QFK H; 1QA7 A; 3CS7 A; 2GGV B; 3FZD A; 1GI7 B; 1TPO A; 1VIT F; 3M3S A; 2F83 A; 1PPG E; 3TU7 H; 5DSF A; 1CVW H; 1ZRK A; 2VIW A; 3KQ5 A; 2FOM B; 1OHH D; 5TCC A; 3VB5 A; 1AUT C; 3SW2 B; 2ODP A; 4OGY A; 1OSS A; 2V3H H; 1RTL A; 5E2O A; 4DT4 A; 5T6G A; 1C5Q A; 2A5K A; 4M9F A; 3BTE E; 1PPC E; 4LXB H; 1C2G A; 4FU8 A; 2OQ5 A; 4K1S A; 1GJ6 A; 2J95 A; 4HFP B; 1N6Y A; 2BDG A; 1BB0 B; 2CXV A; 4KP0 A; 1YPH E; 1AIX H; 4B1T A; 3SU2 A; 1LCY A; 1FMG A; 1SOZ A; 3SNC A; 2BX4 A; 3OY5 U; 5CHB A; 1PQA A; 1XM1 A; 5C1U A; 2TRM A; 1AO5 A; 1CT4 E; 2KCO A; 1SGN E; 1A61 H; 1L1N A; 3SHA H; 4BNR A; 4XE4 A; 2PGQ B; 5KEC A; 1F5L A; 3HK6 B; 1L1J A; 3M7T A; 1L0Z A; 2HAL A; 3GCH C; 3SND A; 2IJD 1; 4U2W A; 2PTN A; 3RXO A; 1O3L A; 1YP9 A; 1OX1 A; 5C0T A; 2OP9 A; 3HK3 B; 5JBA S; 4ABD A; 1K2I 1; 3RXK A; 1E1R D; 2XC4 A; 1K1N A; 1D9I A; 1XVM A; 1LO6 A; 2C8Z B; 1MQ6 A; 1O5F H; 3A7X A; 1GI1 A; 2Z3C A; 5PTP A; 3D65 E; 5C17 A; 1EZU C; 1O2P A; 3B23 B; 3QLP H; 3DUX H; 3KL6 A; 3HKJ B; 1RRK A; 2PR3 A; 2KCA A; 2HOB A; 1OP2 A; 1SGE E; 3LJO A; 3ODF A; 2NU0 E; 2I6Q A; 5T6D A; 1PJP A; 3TJO A; 3A8C A; 3QGJ A; 3PO1 B; 1ABJ H; 1G3C A; 1HDT H; 1AGJ A; 2PLX A; 2FLR H; 2PTC E; 3PTB A; 3T28 A; 1DXP A; 1PYT C; 3H7O A; 4ZAE A; 1THS H; 3QX5 H; 4CHA B; 2A4G A; 3ZZB A; 2IPQ X; 4BAM B; 3UWJ H; 4CBO A; 2WPJ S; 1IQF A; 2XBV A; 1V6D A; 2F3C E; 2R0K A; 2FYQ A; 1EOL A; 1DS2 E; 1FY5 A; 1NN6 A; 1TGB A; 2G8T A; 4INK A; 3SGA E; 4X6N A; 1E35 B; 4MVN A; 5FX6 A; 2P94 A; 2VIP A; 4K8Y A; 2ZCK P; 1BA8 B; 2GDE H; 3SV7 A; 1J17 T; 2D2D A; 1Y3U A; 2QGR A; 4ISN A; 3E0P B; 1F5R A; 4KTS A; 3AVZ A; 2XXL A; 1TQ7 B; 2ZPR A; 1O2U A; 1W11 U; 1JBU H; 1V2N T; 4AC9 A; 2GZ7 A; 1XUG A; 1KXD A; 3QWC H; 2IJO B; 5SGA E; 2BD2 A; 1P11 E; 1AI8 H; 1FJS A; 2QAA A; 1UVU H; 4E06 H; 1UCY E; 1SLW B; 3RMO H; 5DP8 A; 1P2Q A; 3SJK A; 2YMS C; 3QZR A; 1AHT H; 2ZP0 H; 1GHY H; 1UTN A; 1B5G H; 4Y6D A; 3BTF E; 4X8T H; 3GCO A; 1GJ9 B; 1AE5 A; 2THF B; 5CHA C; 2B8O H; 2EI8 A; 4FUC A; 1DY8 A; 1O2G H; 1O2Y A; 2ZPS A; 3F9E A; 3SHC H; 1TIO A; 2K0Q A; 2L6O A; 2JH5 D; 1EAX A; 1MCT A; 5FHT A; 1EFR D; 1BMM H; 1AWH B; 3LC3 A; 5CE1 A; 3N7D A; 1AZ8 A; 3M5M A; 1H1B A; 1ZHP A; 1AQ7 A; 2AGE X; 3CNR A; 3RML H; 3A7W A; 5LGO A; 1ANE A; 2F4L A; 3SGQ E; 3IG6 B; 3SU0 A; 1SQO A; 2RCE A; 1SQR A; 4JK5 A; 4P00 A; 3V3M A; 1O5B B; 2BLV A; 1A3E H; 4X2X A; 2XYA A; 5I46 H; 3M5N A; 4X1N U; 1EX3 A; 4ZHM U; 1ABI H; 2O8L A; 2ZO3 H; 3K9X B; 1FIZ A; 1O32 A; 1SG8 B; 2VBC A; 4O97 A; 1GBH A; 2Y5H A; 1WTG H; 2NWN A; 4NG9 H; 1TYN A; 1XVO A; 5A2M H; 5C3N A; 1SC8 U; 1BIT A; 1O3M A; 1A0H B; 1J14 A; 1O3P B; 1FY8 E; 2ZCH P; 3MNC A; 1TGN A; 3Q3X A; 5DO4 H; 2O8T A; 1TPP A; 2Z6B D; 3TK9 A; 1LKA A; 1K1O A; 1J15 A; 1E0F D; 5C1X A; 1D6R A; 3RXE A; 3M5O A; 1JIM A; 3LON A; 1KXC A; 1SI5 H; 2R9P A; 1Y3V A; 3NPS A; 3B9F H; 3P17 H; 3G01 A; 1Y5A T; 1GL1 A; 2W6I D; 2AFQ B; 5A8X A; 2FX6 A; 4X0W U; 4HI3 A; 4KGA A; 1C1N A; 1GCT C; 2QYI A; 3SJ9 A; 4AFZ A; 1HGT H; 4MQA A; 3A7Z A; 4QT8 C; 3U8O H; 2R3Y A; 2GJG A; 2NU2 E; 5EU8 A; 4ZUH A; 4ACB A; 1MTS A; 2EST E; 3M5L A; 2F9U A; 3MOC A; 3SJ8 A; 4ZCN A; 2SNW A; 3A88 A; 1MTN B; 3ITI A; 2GKV E; 4GSO A; 3ATW A; 3T62 A; 3ZZ8 A; 2ZKS A; 2HWL B; 2VVU A; 2GCT C; 3PWB A; 4K69 A; 1C1O A; 5C94 A; 2KAI B; 4ZHL U; 2BHG A; 4UE7 H; 3RDZ A; 3PV5 A; 2J38 A; 4Y0Y E; 7KME H; 4K2Y A; 1E38 B; 2WYG A; 1AB9 C; 1BOQ A; 1NFX A; 1QBV H; 4O3U A; 1E37 B; 1SBW A; 1V2K T; 3RXI A; 1GI5 A; 1MKX K; 4NSY A; 4AG2 A; 1MU6 B; 3MU4 A; 2G5N A; 3U69 H; 2FTL E; 3FO8 D; 1YPK H; 1P10 A; 4B71 A; 1MAY A; 2ZHQ H; 1WTH D; 2QXJ A; 5JB9 S; 3O8C A; 3LH3 A; 1ELF A; 1H9L B; 4YZU A; 2ZI2 H; 2Z94 A; 2RG3 A; 4JZI A; 3F2G A; 2HLD D; 1A3B H; 2A7C A; 3UR6 A; 2GVF A; 2ZDV H; 1HYL A; 3PLB A; 1C4V 2; 1B0F A; 3UY9 A; 4Y8Z A; 3VFE A; 3PV4 A; 1XUH A; 3T26 A; 1RTK A; 4K5Z A; 1HLT H; 2Z3D A; 2BD9 A; 3ZYD A; 5JPM H; 1O5E H; 1P3C A; 1GBA A; 1O2X A; 1MZD A; 3DSP A; 1SSX A; 3STJ A; 4OS5 A; 5EQR A; 2LP6 A; 2FLB H; 4ZKO U; 2BX3 A; 1SFQ B; 4GAW A; 4UFF H; 3A83 A; 2P8O C; 5EJZ A; 2WPD D; 1HXE H; 2YNB A; 1AKS A; 4NFE A; 2RA3 A; 4JYU H; 4TT3 D; 2PFE A; 1C9P A; 2VIN A; 3HAT H; 8GCH F; 3DSG A; 1SGF A; 2C90 B; 1LVB A; 4Y79 A; 2WV9 A; 1BDA A; 1N1L A; 1TAB E; 3SGB E; 1EZS C; 1CU1 A; 3E91 A; 1INC A; 2IOT A; 4Q7X A; 2A4R A; 2XBX A; 2V7Q D; 2ZIQ H; 1TGS Z; 3BG8 A; 4X6M A; 1QBO A; 1QQ4 A; 4B2A A; 1ZSK A; 4TY6 A; 1Z6E A; 4RT0 A; 2B0F A; 2LEL A; 3BTD E; 2H9E H; 1A7S A; 4WH6 A; 2ODY B; 3ATL A; 1NRN H; 2OC1 A; 4BTU B; 2BDB A; 1KDQ B; 5CMX H; 4Q4L A; 2XNI A; 1C5U A; 2V35 A; 3LGY A; 5C1Y A; 1O5A B; 1GI2 A; 3UWI A; 1OOK B; 1PFX C; 1DWC H; 2H1U A; 4FVD A; 3ZYE A; 4A1X A; 4Z6A H; 6LPR A; 1F0R A; 4B6E A; 1A46 H; 1NM6 A; 2Z9G A; 1SLX B; 4R0I A; 1MKW H; 3AW1 A; 5FCK A; 1CSO E; 1HXF H; 4TY7 A; 1S82 A; 1TE0 A; 2H6M A; 5LPE A; 4WXV A; 5LPR A; 1TBR H; 8GCH G; 1GBE A; 3LGI A; 2YMS B; 2JET C; 1SGD E; 4CBN A; 3AAV A; 1A5I A; 1YPE H; 1O3A A; 1PPH E; 3EE0 B; 5CHA B; 1CBW C; 3VXE H; 2C8Y B; 1V2O T; 2ZQ2 A; 3VXF H; 2OTV A; 1IQJ A; 3AAS A; 4TPI Z; 1GHZ A; 3E0N B; 2OK5 A; 1ZR0 A; 1KLT A; 4XOJ A; 5JBB S; 1S6L A; 3PRB A; 1CA0 C; 4X1P U; 2W7U A; 1F0S A; 2FOE A; 4BXW A; 1CT0 E; 4CRF A; 4JZE H; 1FDP A; 1GJA B; 3JZ2 B; 3UUZ A; 1P05 A; 2O8M A; 4B74 A; 3P70 B; 1RS0 A; 1UTP A; 1PPF E; 1H9I E; 2VVC A; 1G3B A; 1W7X H; 1BTH H; 1YLN A; 2HLC A; 1K1L A; 1MBQ A; 3BF6 H; 3LC5 A; 1HAZ B; 4I8G A; 1ZLR A; 2GMT C; 2GZ9 A; 5DK1 A; 1GMC F; 3SU4 A; 1TX7 A; 1BTX A; 3E16 B; 1S5S A; 4YOG A; 5B6O A; 2RA0 A; 2F43 B; 1NRR H; 2ZNK H; 3E6P H; 1PPZ A; 3SI3 H; 2P3U B; 3E8L A; 3D23 A; 5C5N A; 3IWM A; 1F2S E; 4E05 H; 4CRC A; 1C5V A; 1LVO A; 5HKK D; 4K1T A; 1TFX A; 1DVA H; 1S0Q A; 3LKW A; 3TH4 H; 5GXP A; 3A8B A; 1OYQ A; 2BZA A; 1GCT B; 3HGP A; 1QTF A; 1WUN H; 2TGD A; 3S9B A; 1MZA A; 2Y5F A; 2M5T A; 2ZEB A; 1ZZZ A; 1YPH C; 3A7V A; 1XX9 A; 3DCL A; 3MNS A; 3T25 A; 1O36 A; 1IAU A; 1EJA A; 2XBW A; 1ZJK A; 1UCY H; 4ISO A; 1MD7 A; 2A0Q B; 4I8J A; 3W95 A; 3BTM E; 4ISH H; 1GBD A; 1HV7 A; 3BTH E; 2WUC A; 4U32 A; 5B6L A; 1LVM A; 2ODQ A; 1HAG E; 4XFQ A; 2GCT B; 1JOU B; 1GJ4 H; 3BTG E; 5CDF E; 3KCG H; 1ELG A; 3RM0 H; 2FWW A; 1AU8 A; 1YWU A; 3KNX A; 3A89 A; 1AB9 B; 3Q00 A; 1FPH H; 4D9R A; 1W12 U; 1SGR E; 2WPL S; 1QR3 E; 4K60 A; 3FOA A; 1CE5 A; 2ZTZ A; 2GT8 A; 4UFD H; 9LPR A; 4Z0K A; 1YPG H; 1NTP A; 3UNS A; 3EA7 A; 3RMM H; 2QA9 E; 1FZZ A; 1YYY 1; 3AK5 A; 2G52 A; 1TBQ H; 1ZYO A; 4WXI A; 1NZQ H; 2Q1J A; 3SYJ A; 4NA9 H; 4UON A; 2AMP A; 2SGQ E; 1LQD B; 1GMD F; 4UFE H; 1GCD A; 2ASU B; 1W2K H; 3GY6 A; 3FP7 E; 2O9Q A; 2ZF0 H; 3EGK H; 2ZHE H; 4MPV A; 3SU5 A; 2AGG X; 2QXG A; 4GUX A; 3BIV H; 2R2M B; 1V2U T; 3K65 B; 1WQV H; 3ZZ7 A; 2AMQ A; 2CJI A; 5FXL A; 3SNB A; 1A5G H; 1C2D A; 1FQ3 A; 4AN7 A; 1TRY A; 2GDD A; 1ANC A; 2ZU5 A; 2ZU1 A; 3TGI E; 4F48 B; 1MU8 B; 5BPE A; 3OEE D; 1S0R A; 4IS5 A; 1EAI A; 3EAJ A; 1HAO H; 5E0H A; 4K1E A; 1WOF A; 2OLG A; 1EXF A; 4F49 A; 2YOL A; 1EP6 A; 1IHT H; 3TNS A; 2BY5 X; 3F3B A; 1BMA A; 4H6T A; 4NA7 A; 1SGC A; 2QF0 A; 1HCG A; 1EPT A; 1O3C A; 2P8O B; 1M9U A; 1GHX H; 3AW0 A; 1A2C H; 3R3G B; 4O3T A; 2UUY A; 4D76 A; 2BOK A; 3L6P A; 1D3T B; 1GHB G; 1C5N H; 2J94 A; 2ZDL A; 3RC4 A; 5DKM A; 4CH2 B; 2UUK B; 3GCT G; 3UQO A; 1ZTK A; 1PQ8 A; 1P01 A; 1BRA A; 2V0B A; 1TPS A; 1TPA E; 5I25 A; 4ASH A; 3SU6 A; 3MNB A; 3NK8 A; 2FOG A; 2GV6 A; 1QHR B; 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