3MSJA

Structure of bace (beta secretase) in complex with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 373
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3msjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3msjA02
4Y5EA 4OBDA 4QJ8A 5P4BA 1ZBGA 3PSYA 4GJ8A 5JFPA 5P4RA 5HE5A 3K4VC 5P18A 3GW5A 5P3NA 1XE5A 3MXDA 4HDFA 2QZLA 1KJ4A 5P1BA 5P6EA 4Y5CA 4DJOA 4ACXA 1KJHA 3VV8A 1M0BA 4ZPFA 5P7KA 5P3HA 1B5FB 5OYUA 3WSJA 3IXKA 4LC7A 2WEDA 4RLDA 4Y5MA 5P4IA 5P15A 4DI2A 5P8QA 5OZMA 3T7QA 3ECGA 4FRKA 1YG9A 5P0TA 1IZIA 2BJUA 3KN0A 5P4SA 2PWRA 5P7GA 3QRMA 2F3FA 5P89A 4YA8A 3OQAA 5P7SA 3QRVA 2WEBA 3PCWA 3WZ7A 3CIDA 2IGXA 4DUSA 5P0QA 3DJKA 3RTHA 2G1NA 5E5KA 4Y5AA 2HPFA 1Q9PA 4Y4JA 4Y3YA 5P5IA 4HE9A 2XYFA 1FMUA 2SAMA 5HDXA 5P5ZA 2JYSA 5P87A 4DQBA 5P6PA 1APUE 4Y3DA 5P6HA 5KOQA 1UH9A 4LBTA 3ST5A 2ZDZA 1ZAPA 3MSJA 5CONA 1HVSA 2JXRA 3INDA 1YT9A 2R3WA 1MTBA 4TVHA 3UTLA 5P68A 4QGIA 2F80A 2ZJKA 4MC6A 3WB5A 2IQGA 4Q1XA 5P5MA 4R8YA 1K1UA 3KA2A 1RQ9A 4OBGA 3TPJA 5P74A 3H5BA 3KFPA 5SY2A 3EL5A 3BUFA 1MVPA 3HDKA 3LIXA 4U7VA 3PMUA 2ER7E 1HRNA 4Y4BA 5P55A 3ZKQA 4EYRA 4Y35A 2PSGA 3APPA 2V00A 3S43B 3DK1A 5P5TA 1W6IA 2JJIA 2HAHA 4YCYA 3KMXA 5P3MA 2QHZA 4J17A 4CKUA 2O4PA 4J1FA 1HVIA 3KT2A 4Y4AA 1MPPA 4K4QA 5ISJA 5P54A 1HVRA 2WEZA 1EPOE 3LNKA 5P5CA 5P0ZA 1AJVA 5P24A 3CKRA 1PSNA 4B77A 3MSKA 4FSEA 2PH6A 5P0NA 3UPJA 5P62A 5P45A 3OTYA 4DQGA 3ZLQA 5OZJA 4LXAA 3PJ6A 5OYVA 1TW7A 4Y3FA 5P59A 3HVPA 4Y3PA 4Z4XA 3LIVA 1KZKA 2OHMA 3F9QA 3UDPA 5P8OA 3QI1A 1DW6C 3GI4A 1J71A 5EZXA 3VLAA 3PSUA 3QS1A 1ZP8A 5P1RA 2P8HA 5P7LA 3SKGA 1BDLA 5P1KA 5P0WA 4I8ZA 4NPUA 5HDZA 1MESA 5P41A 4DFGA 3VG1A 3SO9A 2AOEA 3IXOA 1EAGA 1ENTE 1HVKA 5OZHA 4D89A 1HPSA 2JJJA 1ODWA 3L38A 5P34A 4OC6B 2QCIA 3O99A 4RZ1A 6FIVA 4F73A 1LYBB 3CKTA 1SGUA 1T3RA 3FV3A 5P8EA 2CENA 4I10A 1APVE 3BVBA 4Y36A 4CPWA 1QBUA 3OUDB 4RVIA 4FAEA 3UDJA 5P1IA 5BS4A 4YBFA 5P48A 5OZQA 5P4UA 5P78A 5P17A 2O4LA 3S8IA 5P4OA 3KFNA 5OZVA 5P2XA 4GJCA 1G6LA 5P6UA 5P2TA 5I3XA 1BVEA 4X7IA 4J0TA 4J1HA 1RPIA 3DV5A 3O9GA 9HVPA 2ZJMA 3RVIA 3QROA 5P3FA 1DIFA 5ENMA 3NWXA 2G1RA 3T6IA 4TRWA 2G22A 2FDDA 3K5CA 4Y51A 2HB2A 2XFIA 2QAKA 3OHFA 1CZIE 4H3GA 3FX5A 5OZKA 4I0ZA 3VSWA 1SMRA 1ZSRA 5EZZA 3NU4A 4Y3JA 3U6AA 1G2KA 3D1YA 2PC0A 4MC9A 5P6OA 1TZSA 3OQ7A 4J0PA 5P0XA 3OU3A 1HVCA 3D20A 4ZSPA 1B5FA 2O4NA 4EJ8A 1FFIC 3EL9A 4CPUA 4ER1E 3QN8A 5P4QA 4DQEA 2BKSA 5IE1A 5P1MA 4D83A 2P83A 3FNTA 5OZ5A 2AZ9A 4I0EA 1E5OE 5P85A 3UDHA 5P57A 2VJ9A 5P66A 3O9CA 5BRYA 5P1HA 3OQFA 4Y3AA 1JLDA 3GI0A 2HIZA 3OU4B 2V10C 4YD4A 3SKFA 5DR7A 3IVIA 4OBFA 5P5LA 2O40A 3UQUA 1TQFA 3I7EA 5P0DA 5P44A 1CPIA 4OBZB 5P30A 4D8CA 4F76A 5P0JA 2AVQA 1YX9A 2ER6E 2R5QA 3NUJA 3OADB 1HXWA 3TH9A 5P0KA 1HTGA 3DV1A 4DJPA 2Q15A 4H3JA 1AM5A 2O4SA 1XS7D 5P25A 4K4PA 3OAGB 2IS0A 2P3AA 1GVXA 3L3AA 3VLBA 3D1XA 2I4QA 1YTHA 2OHSA 1HTRB 4Y39A 1HEFE 2PYMA 3EBZA 4D88A 4PEPA 1FMBA 2A1EA 5P6FA 4ZSQA 1GVTA 2WF2A 4RCEA 3DUYA 5P3XA 4HA5A 5OZ3A 1C6XA 3OXVA 5P4KA 1SDUA 2B8LA 5P5QA 4B05A 1IDBA 5P5KA 2I4VA 5AGZA 5P33A 3IXJA 3S43A 4Y3GA 3TL9A 2AVVA 1FG6C 4LAPA 4PZXA 5P5EA 2HPEA 2ZJNA 5OZ8A 4DJUA 5P7HA 4B0QA 4Y3WA 5P5DA 1CMSA 4BFBA 3MSLA 5P3GA 5P1JA 3VF3A 1ODXA 4L1AB 2NNPA 4Q5MA 3LPKA 2I0DA 2Q5KA 5P0LA 1F34A 5P2VA 5P8BA 3SFCA 3QP0A 1MT9A 5BWYA 4J5JA 4PZWA 5P49A 4RYGA 2BPWA 3OQKA 5P0CA 5DQ2A 3KT5A 1XL2A 1T6EX 3T7XA 4DJVA 1BAIA 4HEGA 5P09A 1PROA 1W51A 3OWNA 1TSUA 8HVPA 3VF5A 3OXWA 7UPJA 2PYNA 3K4VA 3KDDA 5P2NA 3JVWA 2Z4OA 4YD3A 5P4MA 2ZHVA 4M8YA 4Y44A 5OZ0A 5P65A 4WY6A 1BWBA 4OC6A 4UPJA 3UDNA 1AIDA 3U7SA 1B6MA 4MC2A 1LYBA 1LZQA 1IZHA 1HTFA 1IVPA 5ER2E 3OUDA 4Y3SA 4BFDA 6APRE 4EXGA 5P4DA 5OZ2A 4Y3EA 2O4KA 3OGPA 3UDKA 3BGBA 3JW2A 2ASIA 2PQZA 5P8TA 2I4XA 3EXOA 3O9FA 1MSMA 1Z8CA 5OZWA 5ENKA 5HTZA 5P7NA 3L58A 5P05A 2G26A 5P35A 3S56A 5P4NA 4H3FA 1SMEA 3I8WA 4I0IA 5P8VA 5P1QA 2QMPA 5P5GA 3PBDA 5P3EA 1WBKA 4I1CA 4Y45A 1LEEA 3IGBA 4Y4DA 5OZEA 5P4GA 5P47A 2OHKA 4F74A 4J0ZA 2R38A 4Z2ZA 4JPCA 3EKQA 6UPJA 3QIHA 4ZSMA 3CYXA 5P4PA 5TOLA 1D4SA 2AOCA 3NDXA 5P13A 5P3BA 5P79A 4FLGA 2G21A 3QAAA 5P3UA 3PLDA 1HIHA 2ZJJA 2BPVA 2ZJHA 5OYSA 1C70A 5P08A 1D4HA 3O9EA 3G70A 3ER5E 2ER0E 2QD8A 3S7MA 5P2AA 3SLZA 5P5YA 5OZSA 3PI0A 2QI4A 1YM4A 5P6TA 3K1WA 2QMDA 1K6VA 4FCOA 4Y54A 1AAQA 5P6LA 2CEJA 1BXOA 5P01A 4DPIA 1NH0A 1XN3A 3PGIA 2XYEA 5P84A 5P8RA 5P88A 1GNNA 3VSXA 3IAWA 3OU4A 3UDYA 3O9AA 4E43A 5SXNA 3VEUA 1LV1A 1FGCC 5P5SA 5P5HA 5P5PA 3B80A 3SA6A 5P38A 1EPPE 4OBZA 5P1AA 5HD0A 3EM3A 3PEPA 1HVJA 5PEPA 3S54A 3CMSA 3OADA 3EL1A 4U8WA 3RTNA 4Y5NA 5P8SA 2ZHTA 2APRA 3FKTA 5P2CA 5P42A 3UQRA 5P58A 2RKFA 3I6OA 3OAGA 4Y43A 2WF3A 5P3IA 2B42A 1B11A 2WHHA 4KE0A 4YDGA 3L5FA 5P39A 3EMYA 5HVPA 4COEA 1G35A 2QI3A 2QP8A 3Q6YA 5OZCA 4IVSA 2WEAA 5P2BA 1BDQA 2PH8A 4DVFA 2VNMA 3SA5A 5CLMA 1FG8C 3HLOA 5P2OA 3LITA 4QJ7A 4Q1NA 1B6KA 5P2HA 1XL5A 2QZXA 3LIYA 5ISKA 5P7CA 4DJWA 5P3SA 4EPJA 4AUCA 4J1IA 3BXSA 3TOHA 3SA9A 4Q1YA 1OEWA 3BRAA 2QNQA 1F7AA 4L1AA 4LXMA 3FSMA 5P06A 1MT7A 2OHTA 2IDWA 1A9MA 4YD7A 4YE3A 3ZPTA 4LP9A 5P3VA 2V13A 5P4TA 2AZ8A 1APTE 1M4HA 5P43A 2QI7A 5P1LA 5DQ5A 1D4YA 4LHHA 1XE6A 2IL2A 5HE4A 4DJXA 5P2WA 2ZGAA 5KR1A 5P0AA 5P69A 5P6CA 3OOZA 5P5WA 5P04A 1OD1A 4HLAA 4EJLA 5P6WA 5OZ7A 3PHVA 4K4RA 1EBZA 2AOJA 4RRNA 4NJTA 3CYWA 5P53A 2Q54A 5HCOA 3URIA 3ZKGA 4GYEA 4I0HA 3LZSA 3NSHA 3UQWA 1AVFA 4L7GA 5P7VA 5T4SA 1LF2A 1BILA 2ZJLA 3OK9A 4RCFA 4J1CA 4IVTA 3Q3TA 5P2YA 5OZRA 5P1WA 5P3WA 1ODYA 2HS1A 3D1ZA 5P32A 4F75A 1BIMA 4Y5PA 4Q1WA 5C9FA 5IVQA 3OTSA 4YD5A 3L5EA 5HE7A 4B00A 3VCMA 4XX3A 1HHPA 2F8GA 1K1TA 1MERA 5P60A 4EWOA 3SM2A 3K5FA 5P4XA 4GJ6A 2OHQA 3LINA 4Y3QA 5P6IA 2OF0A 1W50A 2VJ6A 1M43A 1N49A 3H0BA 2BPXA 2I4DA 2QK5A 4RCDA 5OZ6A 4B1CA 5JODA 1FIVA 3EM6A 4GJ7A 4OBKA 2P3CA 4K8SA 2CEMA 5HU1A 3S85A 3BGCA 1DAZC 3CIBA 2VA6A 4QJ9A 4TRYA 5DR4A 3FIVA 5P4VA 2G20A 4NJUA 2HS2A 2Q11A 4DJRA 4QJ2A 1LF4A 4B72A 3S45A 1K2CA 5KR0A 2NXMA 5KQZA 1EC0A 3CICA 1HIVA 5P2LA 1G0VA 4B1DA 5OZNA 5OYZA 2OHUA 4AMTA 5P72A 3R4BA 1KJ7A 3NWQA 4ER4E 1KJFA 5P6MA 4Y4GA 1OEXA 5P6XA 5P2QA 5P1GA 5J25A 3PLLA 1IZDA 5KQXA 5P6YA 5P11A 3UDRA 4CP7A 1EBYA 4AA8A 4R95A 3L5BA 1BV7A 2AODA 4Y5BA 5P82A 5P7RA 2VA7A 5P20A 1SH9A 1TCWA 4Y3TA 1HSHA 3UDQA 4GZFA 5P7TA 3PBZA 3S2OA 2QU2A 1EBKC 1FFFC 4R92A 5I3YA 5P3JA 4Y4WA 5P22A 5P8DA 2V12C 3D91A 3VUCA 5P51A 5P0HA 4I12A 4DH6A 3NU9A 4XXSA 2QI0A 5P6QA 5P23A 2WF1A 2ANLA 3R1GB 4EJDA 4JP9A 3ZL7A 3SM1A 5HU0A 2XFJA 5P2IA 5P6BA 5P7XA 1FQXA 4NKKA 4AZYA 2UY0A 4GB2A 5P2MA 4ZLSA 3PB5A 3INHA 3G6ZA 4XX4A 5P0RA 1MUIA 2NPHA 5P0EA 4MC1A 4QJ6A 4A6BA 3LZVA 1GVUA 5P5NA 3SA4A 2FGVA 1HVHA 5P76A 5P7UA 4KB9A 1SIVA 5P12A 1A8KA 1QBSA 2VIJA 5P4CA 5OZPA 3CKPA 3QVCA 3GGVA 1MSNA 3TNEA 5P8IA 2PMAA 1IDAA 1META 1NSOA 5P0OA 3N3IA 1MTRA 3Q4BA 2ZHRA 3LPJA 2PSVA 5E5JA 3NR6A 2HC0A 1W5XA 4FE6A 4LL3A 5COOA 4DPFA 4J0YA 4FM7A 1WKRA 1W5YA 1RV7A 1E81E 4DQCA 3NU5A 5P1VA 5IVRA 4FL8A 5P7PA 1GVVA 5P7FA 5P0IA 1HWRA 3L59A 2A4FA 3INFA 1B6JA 5P2ZA 4YD6A 3PSGA 3ZKMA 1PFZA 3PVKA 1HPOA 1T6GA 4PPHA 3NXNA 5P81A 2BPYA 3IA9A 5AH9A 1K6CA 2P4JA 2WECA 3PM4A 5P4YA 5P0BA 1HPVA 1ER8E 4BEKA 5DGWA 2VIYA 5SY3A 5IVTA 4WTUA 5P0SA 5P1PA 5OZ9A 5P8JA 2OHPA 5P7JA 1BBSA 3DM6A 2QD7A 2NXDA 1B6PA 1W5VA 2AVSA 3SQFA 5SZ9A 1PPKE 3LZUA 3KFRA 1K2BA 3VV7A 5P26A 3AIDA 1EPRE 1RL8A 4WY1A 3TTPA 5I70A 1BXQA 5HCTA 2NXLA 4I11A 3BUGA 1QRPE 3S53A 2AOHA 4K9HA 1ZSFA 2FNTA 3K5GA 3Q5HA 5P29A 2FNSA 2F3KA 1UH8A 5P8CA 3BXRA 3KDCA 4ZE6A 3BHEA 5P2SA 3KF0A 5P4AA 3QVIA 1FMXA 5P7WA 1HBVA 5P5OA 2AOGA 5C9DA 2Q63A 4TVGA 5P52A 1RNEA 3T11A 5P5VA 4GJAA 3FNUA 3RSVA 2QMGA 5OZLA 2J9JA 5P3YA 2RSPA 2OAHA 4H3IA 4QJAA 3K5DA 5P6ZA 5KQFA 3NDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5E A;  4OBD A;  4QJ8 A;  5P4B A;  1ZBG A;  3PSY A;  4GJ8 A;  5JFP A;  5P4R A;  5HE5 A;  3K4V C;  5P18 A;  3GW5 A;  5P3N A;  1XE5 A;  3MXD A;  4HDF A;  2QZL A;  1KJ4 A;  5P1B A;  5P6E A;  4Y5C A;  4DJO A;  4ACX A;  1KJH A;  3VV8 A;  1M0B A;  4ZPF A;  5P7K A;  5P3H A;  1B5F B;  5OYU A;  3WSJ A;  3IXK A;  4LC7 A;  2WED A;  4RLD A;  4Y5M A;  5P4I A;  5P15 A;  4DI2 A;  5P8Q A;  5OZM A;  3T7Q A;  3ECG A;  4FRK A;  1YG9 A;  5P0T A;  1IZI A;  2BJU A;  3KN0 A;  5P4S A;  2PWR A;  5P7G A;  3QRM A;  2F3F A;  5P89 A;  4YA8 A;  3OQA A;  5P7S A;  3QRV A;  2WEB A;  3PCW A;  3WZ7 A;  3CID A;  2IGX A;  4DUS A;  5P0Q A;  3DJK A;  3RTH A;  2G1N A;  5E5K A;  4Y5A A;  2HPF A;  1Q9P A;  4Y4J A;  4Y3Y A;  5P5I A;  4HE9 A;  2XYF A;  1FMU A;  2SAM A;  5HDX A;  5P5Z A;  2JYS A;  5P87 A;  4DQB A;  5P6P A;  1APU E;  4Y3D A;  5P6H A;  5KOQ A;  1UH9 A;  4LBT A;  3ST5 A;  2ZDZ A;  1ZAP A;  3MSJ A;  5CON A;  1HVS A;  2JXR A;  3IND A;  1YT9 A;  2R3W A;  1MTB A;  4TVH A;  3UTL A;  5P68 A;  4QGI A;  2F80 A;  2ZJK A;  4MC6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2IKO A;  4GJB A;  1VIK A;  1IVQ A;  3HBO A;  4R5N A;  3T7P A;  3R0Y A;  4NPT A;  4Z22 A;  2ZE1 A;  3NDW A;  5DR0 A;  5P2D A;  2BKT A;  2NR6 A;  3TPL A;  5P0Y A;  4GID A;  4Y4T A;  4KE1 A;  3OQD A;  3APR E;  3OY4 A;  4M8X A;  3HVG A;  2IGY A;  4YOA A;  4ZIP A;  4FS4 A;  1YM2 A;  2I4W A;  4GJD A;  5P4E A;  5P0M A;  5P5R A;  4YCK A;  4I0G A;  1HEG E;  3WZ8 A;  4Y4Z A;  5P2G A;  5AH8 A;  1ZPA A;  1MRW A;  1SGZ A;  2FGU A;  2B7Z A;  4EP3 A;  5P2K A;  4BEL A;  1LF3 A;  5DGU A;  4Y57 A;  3L5C A;  5B18 A;  3OXX A;  2AOI A;  2V0Z C;  4FM8 A;  3WB4 A;  4R91 A;  5DQ1 A;  7HVP A;  4RRS A;  4CPX A;  4FGX A;  3VYE A;  5P5X A;  3OGQ A;  5P2E A;  5P14 A;  3KM4 A;  5IVS A;  5P2J A;  3BVA A;  4Y5K A;  3ZPS A;  2FLE A;  4JOO A;  3ER3 E;  3KYR A;  4Y47 A;  4RRO A;  5OZO A;  2VNN A;  4HDP A;  5P5F A;  3NUO A;  5P83 A;  4J0V A;  2FIV A;  2VJ7 A;  5P1D A;  1AXA A;  4AA9 A;  1QBR A;  3OHH A;  2G69 A;  1IZE A;  1HVL A;  3EKV A;  1EED P;  1LYW A;  3VYF A;  4Y53 A;  5P36 A;  5P3L A;  3O9B A;  3EKT A;  3L5D A;  5P75 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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