3MSKA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mskA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mskA02
4IVTA 3IN3A 4FLGA 2R8NA 3S2OA 3K5DA 5P0NA 4I0JA 5P82A 5DR8A 5OZAA 3MSKA 5P20A 5P69A 2CEMA 1HVKA 3EKWA 3VYFA 2P3BB 5P3HA 3O9LB 1TSUA 3LPIA 5P5RA 5P75A 3KF0A 1WKRA 5P4FA 1MUIA 4Y5AA 1LS5A 3NDWA 3Q70A 2ZJJA 5P5CA 5AGZA 5P53A 3K4VC 1LYAB 3WZ8A 5P45A 3ZKGA 5P44A 5P15A 5P8KA 2XFKA 2PSVA 5P1CA 1BDRA 5E5JA 3JVWA 3OU4B 3GI5A 5DR4A 3PWWA 4YE3A 1FF0C 3HD8A 4Y57A 3QRSA 5UPJA 1YG9A 2IQGA 5P8CA 3U7SA 5P41A 5P38A 3ZPTA 2B7ZA 1B6JA 1GNMA 2JXRA 2IEOA 3PHVA 4PPHA 5P7MA 3A2OA 3CIDA 2FDEA 5P3BA 4GJBA 3LIQA 4WY6A 4FIVA 5P8HA 1TCXA 5P1FA 2PK5A 3FIVA 3FV3A 2IGYA 4FSEA 1EBKC 4Y9WA 4YCKA 4J0TA 5P7JA 4TRZA 3DJKA 3G6ZA 2WEZA 3K4VA 5OZKA 4OD9B 3G72A 3IGBA 4DJUA 5P03A 4QJ7A 2V16C 2OHPA 4NJVA 3PM4A 5OYZA 4GJ8A 5P65A 2OHUA 3H5BA 3KFRA 2QI0A 3PVKA 3INDA 3F9QA 1APWE 3D3TA 1GVTA 1BVEA 5P6BA 5P56A 4F74A 4NPTA 3U6AA 3SQFA 3BUHA 1XS7D 3OADA 3VYEA 5P4HA 3SA4A 3ST5A 3OHFA 5P3UA 1BBSA 5B18A 2HM1A 2NXLA 5P7VA 5P01A 4APRE 2WJOA 3B7VA 1A8KA 5OZ8A 1U8GA 4ZPFA 2VIZA 3VF5A 3VEUA 4RYCA 4DJWA 1EPRE 1EPOE 4OBKA 2RKFA 1MPPA 3DM6A 5P6DA 3KDBA 3SA7A 4DJQA 5P1MA 4U7QA 5OZRA 1B6LA 3S54A 3VV6A 4Y44A 4FM8A 5SXNA 1YTIA 5P8JA 2QD6A 3KMXA 5P54A 4Y54A 4BEKA 3NU6A 5P23A 4FAEA 5P3OA 4DQCA 1N49A 2G24A 5P6EA 4CPTA 5P4IA 1LF2A 1HVLA 3S85A 2FDDA 3CKTA 2IGXA 2OF0A 3LIYA 4EHCA 2FDPA 2Q3KA 2QHCA 4J1FA 4APEA 5AHCA 2G26A 3IXJA 5P4WA 4L6BA 4Y4DA 3OU1B 4HE9A 4Y36A 5OYRA 2J9JA 3SA8A 5P7DA 5P5VA 3TH9A 3UDNA 3ZL7A 3TPJA 3EL1A 3EKQA 4ZPGA 1PROA 3OQ7A 1GVWA 4OBHA 1MESA 3Q6YA 5P6TA 5P86A 1W5VA 5P30A 3URLA 5BRYA 4J0ZA 5P2JA 1GKTA 5JODA 3K5FA 4B78A 5P8LA 2WEDA 5HVPA 5DR7A 4ER2E 2PQZA 5P85A 5P29A 4CPQA 3LNKA 3EKYA 2OHRA 5P6XA 2ZYEA 3O9DA 3SKFA 1TZSA 1KZKA 3OUDB 4H3FA 4NPUA 1NPVA 2OHKA 3RU1A 3WZ6A 5P1PA 5P7GA 4CP7A 5P78A 5P1QA 4RRSA 4F73A 1AXAA 5P3NA 5OZ0A 4DFGA 5P74A 3PJ6A 4DQEA 4YDGA 2ER9E 4Y3NA 3TL9A 5P8SA 5P5YA 3L38A 4ZE6A 5P06A 1MRXA 2VA6A 5P5SA 3NWXA 5P1UA 1HVRA 1HWRA 3IA9A 4Y4GA 5P0MA 3TTPA 3UDPA 5P7WA 4QLHA 5ER2E 3OHHA 2FXDA 5P1AA 3SKGA 5P77A 2HS2A 1QBRA 2I1AA 3PBDA 1APVE 3QIHA 2G20A 1RQ9A 5P57A 1W50A 3OAGB 5OYUA 3BVAA 4ZSMA 5P8VA 3LZYA 5P6IA 2ZHTA 2AVQA 3FSMA 1HVIA 4WY1A 1SIPA 4PHVA 3LIVA 1GNOA 1FQ5A 3DOXA 4D89A 4J17A 3L5DA 4DJYA 3I2LA 5P6NA 7HVPA 3VCMA 2VA7A 2HPEA 2QI3A 5OYSA 3OTYA 4RVIA 5P7IA 4TRWA 1HPXA 1W51A 2B60A 2H6SA 5P3MA 5P1LA 5P6KA 4D83A 2ZGAA 1XN2A 1ZTZA 3NXNA 5P2EA 3MWSA 5HCOA 1EPNE 2WF4A 5OZJA 4FAFA 2WL0A 4R92A 3OQAA 5CLMA 5J25A 4K4RA 5P79A 1KJFA 3FNUA 4Y3DA 4DQFA 5P5JA 5OZ5A 2AOJA 3KDDA 3OK9A 1HVJA 5AHAA 1BILA 2FNSA 5P37A 4AZYA 5P76A 5P58A 3VG1A 2QI1A 5P2OA 5P0RA 3KMYA 3FKTA 3L5EA 5P7PA 5KR1A 3NWQA 1HIVA 1HRNA 2OHNA 3I6OA 5P61A 5P5QA 2R5PA 1K6PA 1K2CA 2BPYA 2O40A 4DVFA 5P5NA 4CPUA 4COEA 1Q9PA 5P26A 1QRPE 1K1UA 3R0YA 3NU3A 3TPPA 3O9FA 1BV7A 2I0AA 4Z50A 1SP5A 3EKVA 1W5XA 3KFSA 3S43B 5OZ3A 1LYWB 1E80E 3R2FA 1D4SA 4FRJA 5HD0A 3UQWA 5AH7A 3ZKMA 5P2TA 5P3VA 3LPKA 4U8WA 3SABA 2O4SA 5P6SA 3D91A 1MT7A 4Z22A 4B00A 3I7EA 1D4LA 4X2LA 1OEWA 2WHHA 3AIDA 5KOSA 1YT9A 1CZIE 2HB3A 3ECGA 1K2BA 3LITA 4QJ9A 1HSGA 2RKGA 1IDBA 2NXMA 5P0EA 2XYEA 1LZQA 3BUFA 1LYBB 4B72A 2P83A 4JPEA 4D8CA 3LIZA 4M8XA 3R4BA 5OZCA 2Q54A 2QHYA 3SM2A 1QS8A 2J9KA 5P4TA 3N4LA 4NJTA 4I0IA 1BAIA 3SFCA 4CPXA 3OQKA 5P0XA 3NR6A 5DR3A 1DP5A 4M8YA 2IKOA 4FRIA 1WBMA 3OGQA 4YA8A 5OZEA 4GB2A 1BDLA 3UDJA 2OHMA 5T4SA 4J55A 1MERA 2AVSA 4EWOA 2Q64A 1AJXA 2AOCA 1B5FA 3PEPA 1G35A 5P6WA 2AZCA 4GMIA 4LXAA 1ZP8A 5APRE 3OTSA 3WZ7A 2QNQA 5COOA 5JFUA 2PSUA 4GJ5A 3CKPA 2V11C 5P7QA 1MSMA 5DGUA 1FQXA 1SBGA 2V12C 5P5UA 5P6JA 3EKPA 2QZXA 3LPJA 3IXKA 5P6PA 4Y4WA 3Q5HA 5PEPA 2QP8A 4LXKA 1FB7A 3UFLA 1XE6A 4FL8A 3WSJA 4Y47A 2AVOA 5P0VA 5P2GA 2ZJNA 3VSXA 4J54A 2VIYA 1W6HA 3B80A 4DJRA 4HDPA 5KOQA 5P3ZA 2ZHVA 1IDAA 4CKUA 5P1HA 3QRMA 3UTLA 4TVGA 1E82E 1T7KA 1UH9A 5P5TA 4R8YA 3WB5A 4CPSA 1HIIA 3QP0A 1HIHA 5P2DA 1K6VA 4PEPA 2QNNA 5OZNA 5OZ9A 1C70A 5OYWA 4Y3EA 1B6MA 5P1XA 2VA5A 3DV5A 3JVYA 3FNTA 5P16A 5P60A 5HE4A 3OADB 1UPJA 1MT9A 3QBHA 3PCWA 1BIMA 2F81A 1C6XA 4QJ6A 2R3WA 5P12A 5P4CA 5P3IA 5P17A 3S7LA 5P1VA 4D85A 5P8UA 5P73A 3QVIA 1A8GA 1LV1A 5P66A 1D4YA 4YD4A 2BPVA 2AVVA 2V13A 4R5NA 5HDVA 3SO9A 4EXHA 2FIVA 4Q1XA 4ZSQA 4Y50A 2IKUA 3SA3A 1MVPA 1DPJA 5P32A 3ZLQA 1ZPKA 5OZPA 3LINA 1FMUA 1D4KA 4RZ1A 4EQJA 1B11A 1IBQA 4Y48A 4RROA 5P3WA 1Z1RA 3L59A 4YOAA 4GJDA 5P0YA 5P52A 4LP9A 5P7CA 2AZ8A 3OWNA 3NDUA 5P0HA 3O9AA 3TOFA 5P2FA 5P10A 4Z2ZA 5AH8A 5P43A 5OYQA 5P34A 5P3AA 5P46A 5ENKA 4Y3GA 4HA5A 3NU4A 5P1RA 3K5CA 1A30A 4NJUA 4NJSA 3D1YA 3PBZA 2Z4OA 5P4SA 3EL0A 1SDUA 3CICA 4Y35A 2FLEA 1C6YA 2BKSA 2ZJLA 3PGIA 1K6CA 1NH0A 4Y5GA 3AUPA 5P6RA 4ACXA 4B70A 2G69A 1BWAA 1MSNA 5P0KA 1FMXA 4D88A 3T11A 3QAAA 5P7NA 3QRVA 4ZIPA 4ZPEA 2F80A 4FCOA 4BELA 1T7JA 5P1OA 1FQ8A 5P2WA 5OZZA 1W6IA 2ZJKA 5P4UA 4R93A 3SLZA 5P0LA 1G0VA 2HAHA 3NSHA 5P0QA 5ISJA 3VLBA 4OBDA 3EXOA 4L7GA 4Y5LA 5P0CA 5P6GA 4F76A 3SA9A 3S56A 4GJ6A 5P3QA 5P5WA 4Y5EA 1OD1A 4I0FA 4I11A 5P7YA 4L7JA 4Y3ZA 5P33A 1ZSFA 4Y39A 4Q1YA 3HZCA 2OHQA 2WKZA 3EL9A 3DCKA 3VV7A 1SIVA 3KA2A 3OU4A 5P3EA 3DK1A 5ENMA 1QDMA 5DR0A 2AQUA 5I3XA 1IZHA 5P22A 2JE4A 3QVCA 4HLAA 3SACA 2WECA 5P0PA 5P40A 5OZBA 5P3JA 3S45A 4Y53A 3KDCA 4IVSA 1RNEA 5P7SA 3PMUA 1AM5A 2QI4A 2V10C 1FFIC 2VKMA 3ZPUA 4ZSRA 5P5GA 3APRE 4X7IA 5P5EA 4LC7A 5P6AA 2ZHUA 5P0GA 1XE5A 3OUAA 5P1NA 1YTHA 4FM6A 1DW6C 5P6LA 1EAGA 2AOIA 3D1ZA 6FIVA 3BXRA 3PSYA 4RVJA 4WTUA 5P88A 4Y3RA 3C9XA 5P3LA 4OBZA 5P8BA 5P87A 5DQCA 3HAUA 4YD5A 4Y3WA 5OYTA 5P6UA 4RCDA 5P3GA 5P18A 5P1IA 2F8GA 1BV9A 2QU2A 3CYWA 2O4PA 4N00A 5DQ5A 4J1EA 4XKXA 1KJ7A 5P3SA 1IZDA 1HVSA 2I4UA 3U71A 3O9GA 4RYGA 5P0FA 1M43A 5P2MA 4I0EA 1XDHA 5P84A 5P6HA 4YHQA 2PH6A 4J1HA 3KN0A 1IZIA 5HU0A 3OUBA 5COKA 1J71A 5C9FA 3URJA 2QMGA 1HHPA 8HVPA 1FMBA 2O4NA 1MEUA 5P4XA 5P0BA 5P3CA 5JFPA 3UDQA 5SY3A 5SZ9A 4HZTA 1ODXA 4KE0A 4RGHA 5EZXA 2QD8A 4FM7A 2NR6A 3O9IA 2F3FA 2ANLA 5P8MA 3KFNA 5C9BA 2AOFA 4I12A 3L5BA 3NU9A 4Y4TA 2UPJA 4OC6A 3OU3A 5P0WA 2RMPA 3FX5A 1BVGA 3GGUA 4RCFA 5P5HA 3ZPSA 3SAAA 4Y3SA 3TPLA 1QBSA 4JECA 5P39A 1NPAA 1TQFA 5HDZA 5P05A 2FGUA 2QAKA 2OAHA 3BGBA 3QBFA 3T6IA 5P5PA 5P0TA 1MTBA 3OU1A 3HW1A 4J1KA 4B1EA 2IDWA 4YD6A 5P4NA 2ZHSA 4YOBA 5P3DA 5P5DA 3UPJA 2Q63A 5DGWA 1YM4A 2QZKA 4Y58A 2Q11A 3UHLA 4EP3A 4OBGA 3I25A 5P35A 5DQ1A 1VIJA 1EBZA 3H0BA 2I4DA 2IL2A 4H3IA 1MTRA 4I0ZA 5IVQA 4FS4A 1FG6C 5JG1A 5TOLA 4B1CA 7UPJA 5P6VA 2Q15A 5P83A 1B6KA 2QI5A 5KQXA 5P6QA 3RSVA 4Y4ZA 3MXEA 5P3RA 1YX9A 3KT2A 5DQ4A 4AMTA 5P24A 4DPFA 3R0WA 1A94A 5P0JA 4AA9A 1APUE 1EPME 4RRNA 2AODA 4YCTA 1KJGA 5P4RA 3K5GA 4YD3A 3GI4A 3OQDA 5P19A 5OZHA 2VNNA 3PB5A 4KB9A 4DJVA 4DJOA 4Y41A 4PYVA 5OZLA 4GJ7A 3PSUA 5P28A 4DPIA 1LEEA 4EJLA 3L58A 1BXQA 2WEBA 3INEA 1MT8A 2I4QA 5P2VA 3SA6A 2XYFA 5P5MA 5P7BA 3OAGA 1PFZA 2QK5A 3CMSA 5P8NA 2P4JA 5OZFA 3VV8A 5P68A 1FQ6A 5P7OA 4Y3QA 5BS4A 1GVVA 2P3AA 4L1AB 1RL8A 3GGXA 4FGXA 5P47A 1APTE 5AH9A 2NNKA 1D4HA 4MC1A 1FGCC 5P7ZA 1ZSRA 2PMAA 4CPWA 3D20A 1VIKA 4DJPA 4EYRA 5KR0A 1HEFE 4LAPA 3PSGA 3NDTA 3HBOA 1CMSA 3PI5A 4GYEA 3UDMA 4DV9A 5P36A 5P2CA 4B77A 1LF3A 1TW7A 5P4GA 5OYXA 4MC2A 5P4LA 3JW2A 4BFBA 5P51A 1ZPAA 1SGUA 5P7KA 4QJ2A 5P0OA 2HC0A 2FNTA 4Y3MA 5HU1A 1HOSA 4QJAA 2NNPA 2VJ7A 5P6YA 4YCYA 2QI7A 4ZSPA 2UY0A 5P25A 5P6MA 1YM2A 5P8GA 1K6TA 1EPQE 1KJHA 3VUCA 2SAMA 1M0BA 3O9CA 5OZ2A 2HIZA 1BWBA 3GGAA 5P4JA 4GJAA 5P5AA 3UQRA 5P4AA 5COPA 1SMRA 3T7QA 5P2SA 3PWMA 3T3CA 5OZVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IVT A;  3IN3 A;  4FLG A;  2R8N A;  3S2O A;  3K5D A;  5P0N A;  4I0J A;  5P82 A;  5DR8 A;  5OZA A;  3MSK A;  5P20 A;  5P69 A;  2CEM A;  1HVK A;  3EKW A;  3VYF A;  2P3B B;  5P3H A;  3O9L B;  1TSU A;  3LPI A;  5P5R A;  5P75 A;  3KF0 A;  1WKR A;  5P4F A;  1MUI A;  4Y5A A;  1LS5 A;  3NDW A;  3Q70 A;  2ZJJ A;  5P5C A;  5AGZ A;  5P53 A;  3K4V C;  1LYA B;  3WZ8 A;  5P45 A;  3ZKG A;  5P44 A;  5P15 A;  5P8K A;  2XFK A;  2PSV A;  5P1C A;  1BDR A;  5E5J A;  3JVW A;  3OU4 B;  3GI5 A;  5DR4 A;  3PWW A;  4YE3 A;  1FF0 C;  3HD8 A;  4Y57 A;  3QRS A;  5UPJ A;  1YG9 A;  2IQG A;  5P8C A;  3U7S A;  5P41 A;  5P38 A;  3ZPT A;  2B7Z A;  1B6J A;  1GNM A;  2JXR A;  2IEO A;  3PHV A;  4PPH A;  5P7M A;  3A2O A;  3CID A;  2FDE A;  5P3B A;  4GJB A;  3LIQ A;  4WY6 A;  4FIV A;  5P8H A;  1TCX A;  5P1F A;  2PK5 A;  3FIV A;  3FV3 A;  2IGY A;  4FSE A;  1EBK C;  4Y9W A;  4YCK A;  4J0T A;  5P7J A;  4TRZ A;  3DJK A;  3G6Z A;  2WEZ A;  3K4V A;  5OZK A;  4OD9 B;  3G72 A;  3IGB A;  4DJU A;  5P03 A;  4QJ7 A;  2V16 C;  2OHP A;  4NJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3HLO A;  1SME A;  3K1W A;  5P3F A;  5I3Y A;  2EWY A;  3UCB A;  3NLS A;  1XN3 A;  3LZU A;  3GGV A;  1ZJ7 A;  3SA5 A;  2NPH A;  5P02 A;  4FRK A;  4Y4B A;  5HDU A;  5P08 A;  2VIE A;  1K1T A;  2ZJM A;  4K4Q A;  4GID A;  4Y4E A;  5P2A A;  3DV1 A;  5OZT A;  1T7I A;  2APR A;  4Y4A A;  5ER1 E;  1HPV A;  2R43 A;  3LZS A;  5P14 A;  4Y5K A;  1C6Z A;  5P5Z A;  3OUD A;  4Y38 A;  5P4B A;  2PK6 A;  3UQU A;  5OZW A;  2ASI A;  3LHG A;  4Y5N A;  1SH9 A;  1FFF C;  1T3R A;  4RVX A;  5E5K A;  5SY2 A;  2VJ9 A;  5P3P A;  5IVS A;  1GVU A;  2B8L A;  3O9H A;  3EKT A;  5P0Z A;  4JP9 A;  3PLD A;  1QBT A;  4Y37 A;  3Q4B A;  4S1G A;  1HBV A;  1Z8C A;  5P5X A;  4J1C A;  4EJK A;  3IXO A;  2BPZ A;  3QN8 A;  1SDT A;  5P7U A;  4K4P A;  1B5F B;  5P2K A;  5P3X A;  1E81 E;  5HTZ A;  4J5J A;  3O9B A;  1G6L A;  5P09 A;  5P7F A;  3PWR A;  1HTF A;  5DPZ A;  4XXS A;  3BXS A;  4LHH A;  4GJ9 A;  4MC6 A;  3S8I A;  3TOG A;  6UPJ A;  2PYN A;  5P2Z A;  3GI0 A;  4YBI A;  1SDV A;  4EXG A;  3I8W A;  3IVH A;  5OZ6 A;  1ER8 E;  3RTH A;  1D4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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