3MSLA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mslA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mslA02
2PH8A 2AQUA 3TL9A 2Q63A 2BPYA 5P1KA 1K1TA 5P8JA 1HVHA 1WBMA 5P7HA 4JPCA 2QAKA 2WEZA 2PC0A 4Y53A 5P0SA 2ZDZA 5HDVA 4TRYA 1SDVA 3QRSA 3PWMA 5KQXA 1EC0A 2AVSA 1SP5A 1E82E 1EPRE 2QZWA 5P1IA 5P56A 5P5HA 4Q1NA 1BXQA 3VV6A 3UFLA 3GGAA 1K2BA 3TOFA 3OHFA 4KE1A 3D1XA 1FG8C 1MTBA 2J9JB 1YTIA 2IEOA 3WZ8A 3I25A 5OZMA 4AMTA 3BVBA 3JVWA 4ER1E 2QI6A 4ZSPA 2I4QA 5P14A 5P2AA 3PLLA 3INFA 2O4NA 5P1AA 3GI4A 5P7SA 4DPFA 2RKGA 1ZP8A 4LBTA 4TRZA 4CMSA 3SO9A 3UDQA 5P82A 3OQKA 4Y56A 2VS2A 5KR1A 2G26A 3VLAA 2P4JA 3D3TA 1APUE 5P7XA 1QBUA 5P3TA 1NPAA 3H5BA 4Y47A 2BPWA 1B11A 3AUPA 1MTRA 3EM6A 5I70A 5IS4A 5P0VA 3OOZA 3RSVA 4Z4XA 3HZCA 4EYRA 1LF4A 3K1WA 5J25A 4RCDA 3SABA 1B5FB 2P3CA 4OBZA 1IZEA 1HPOA 3NUOA 5P6UA 2WL0A 5P24A 3EKPA 4Y36A 3R2FA 2QHYA 4GJ7A 1HXBA 5P57A 4H3GA 3PM4A 5OZBA 2OHUA 2AOHA 2XFIA 1XS7D 2AZCA 2QZXA 3D91A 5PEPA 1F34A 2NNPA 3QP0A 1MIQA 1HVJA 5P3JA 4YDFA 3VG1A 4YD7A 3OWNA 1W6HA 2QMGA 4PEPA 1RPIA 2ER9E 5ISJA 3BGCA 4Y4WA 1SGUA 2G94A 4I0IA 4B78A 3NDUA 1LYWB 2QZLA 5P2YA 5AH8A 1FGCC 3T7QA 4HE9A 2RMPA 1EPQE 5P1XA 3EL1A 3BVAA 5HDZA 5P2JA 1Q9PA 1D4KA 3NDXA 2QP8A 1BVGA 5P5BA 5P0MA 1U8GA 3CYXA 3EM4A 1QBTA 5OZ0A 3LZYA 1A8KA 1B6PA 2A4FA 3K5CA 4ZPEA 3TNEA 5OZ2A 1J71A 7UPJA 5P5FA 9HVPA 2UXZA 4J1FA 2VIEA 2HM1A 4K8SA 5P34A 2AOGA 5P1SA 2PSGA 4Y3QA 4RYCA 5P58A 2WF3A 3UDJA 1NPVA 5P32A 3K4VA 3I7EA 5P4PA 3INDA 5OZ6A 4ACUA 5P3LA 4K4QA 2VA7A 1META 3KFPA 1SBGA 2QI3A 3N3IA 4DI2A 3MSJA 4EXGA 1T3RA 4Y5LA 4Y6MA 3IN3A 3TPLA 2QI0A 4J1EA 2P83A 1PROA 6APRE 4TVHA 4CP7A 2FDEA 2QHCA 4APRE 3TLHA 3VF7A 3LNKA 4J0PA 3VV8A 4QJ9A 2MIPA 1Z1RA 5P3IA 3OUDA 4OBKA 4FSEA 4I0HA 5P0BA 1YTJA 5P8PA 1SMEA 5P4CA 2ZJMA 5DPZA 5P0XA 2V12C 5OZ3A 3VYFA 4D88A 3IAWA 5P47A 3EL0A 3KN0A 5OYVA 5P0PA 5P5WA 5SY3A 5P3EA 3VFBA 1MT7A 5HCOA 3FNUA 1FQ8A 4FSLA 2IL2A 3S56A 1EC1A 3HLOA 3G70A 4Y50A 1FF0C 4HDFA 5HDXA 1FQ6A 1E80E 1FMXA 1FG6C 5P5NA 5P81A 3QBFA 3ZPSA 5P0CA 2ZJJA 4HDPA 3UFNA 2R9BA 4HEGA 5P74A 1K6PA 5P0FA 3M9FA 3URJA 3BUHA 3EKTA 3OAGB 3HD8A 5P4TA 5IVQA 4XXSA 5P42A 5IE1A 5OZXA 4OBZB 4FRSA 3OXXA 2ZJIA 3L3AA 5I3YA 3OADA 5T4SA 2HIZA 3VCMA 4Y3LA 5P6VA 2HAHA 2QD6A 3O9DA 5P15A 2CEMA 5P1RA 3SA7A 3KDDA 5P4UA 1A94A 3TOGA 3PLDA 5P8SA 5OZSA 2HC0A 5KR2A 1T6GA 5P4KA 2CEJA 2V13A 4FLGA 1RNEA 5P5UA 1D4LA 1CMSA 5P09A 3SA3A 2QZKA 5P17A 5P8DA 4FE6A 1HRNA 4J1CA 5P6NA 4Y4XA 2WECA 1CPIA 3EKYA 1SDUA 4LHHA 4CKUA 4MC9A 5BWYA 5P16A 1PSOE 5P0QA 4J1KA 3RU1A 3UDNA 3O99A 1QBRA 4EHCA 5P7FA 1IBQA 4Y3EA 4Y3PA 5P3RA 5P4OA 1IDAA 4L6BA 2QK5A 2RENA 5C9BA 5P1QA 3U6AA 4RRNA 4GJCA 4I0JA 5P2GA 3OU4A 3L5EA 3PCZA 3S54A 1FIVA 2PSUA 3PMUA 4LXAA 4DQBA 3KDBA 2PH6A 2ZHSA 3SFCA 5P23A 5BS4A 4A6BA 3UF3A 4GMIA 4Y5PA 5P41A 5P7NA 5ENMA 4B70A 1T7IA 5P0LA 2G1SA 3S7LA 2ZJNA 4FAEA 5P4IA 4F74A 5OYYA 1CZIE 2ZE1A 5P89A 5P5IA 5OZZA 3GGVA 3S85A 5P2FA 2V11C 5P2VA 5SY2A 3OUDB 2ASIA 5P00A 5P6MA 3OU3A 3CKTA 3KDCA 3WB5A 3ZKGA 1IDBA 4YBIA 1ZBGA 5P6KA 4EQ0A 5OZ1A 1LZQA 1EPLE 1FB7A 2VIZA 5P20A 1ZJ7A 1ZSFA 5JG1A 4LL3A 5P67A 3VSXA 1HTGA 4ZIPA 4OC6B 3ZKIA 4QJ6A 5P5KA 1AJVA 5P6WA 1MESA 4DFGA 1XDHA 1OHRA 4CPWA 4FRJA 1B5FA 4B05A 4WTUA 3CIDA 4I12A 5P4HA 5P27A 5P59A 3SQFA 5P83A 4B1DA 1HIVA 5P4AA 5P3CA 3DK1A 3KT2A 2PK6A 3S45A 2G27A 5EZZA 5COOA 5I3VA 4EJ8A 1KZKA 1K6CA 5P3SA 4AUCA 1TCWA 4J55A 5P68A 3KF0A 3OXCA 5OZPA 5APRE 1G35A 3QVCA 1LYAB 3LZUA 1MT9A 4MC2A 4D85A 5OZHA 5OZJA 5OZOA 5UPJA 3O9CA 3QAAA 1HHPA 2IDWA 4R92A 4Y5MA 3OADB 4Y3RA 5P3QA 5F00A 1D4IA 1LYWA 5AH6A 5P4FA 3PI0A 1B6JA 1HSIA 2IGYA 5OYQA 4I0DA 5P2IA 2AOIA 5P8CA 3APPA 5P11A 3PSYA 5P6HA 5P5EA 4ZLSA 2CENA 1GVTA 1HIHA 3OXWA 4ER2E 2ZYEA 1GNMA 4YCKA 2FIVA 3DJKA 2I0DA 4HDBA 5P18A 1HTEA 2BPXA 2HPEA 5P0YA 5P6TA 4ER4E 3CYWA 3B80A 5KOQA 2ZJHA 5E5KA 4FGXA 4Y37A 1KJGA 4DUSA 3KMXA 3LIYA 3FNSA 3S7MA 5P62A 3VUCA 1MT8A 4YCYA 5OYTA 1TSQA 4I1CA 5DR0A 4RYGA 3SA4A 6UPJA 5OYZA 3KA2A 4ZPGA 3IA9A 5OZDA 3L59A 5E5JA 5P84A 1MSNA 2XFKA 1XE5A 5DR1A 2WJOA 5P4MA 1A8GA 3EKXA 5COPA 4A4QA 5DR7A 1XN3A 4GJ8A 5P8RA 5P06A 5P1ZA 5P2OA 5P64A 2QCIA 1SIVA 3EL9A 3OU4B 1BIMA 5KQZA 4Y5EA 5P2QA 4FRIA 3K5DA 4I8ZA 5OZTA 2R5PA 3F9QA 2OF0A 5P3NA 2O40A 2R43A 3VEUA 4BELA 5P7YA 4KB9A 4Y58A 3BXRA 2G1OA 1TW7A 3Q5HA 3K5GA 1D4SA 3RTHA 1C70A 2FMBA 5P2KA 3INEA 1OEWA 5AH9A 5P05A 2PMAA 5P43A 3SAAA 5I3WA 5P8KA 1B6LA 3PSUA 1HBVA 5P5MA 3EKQA 4EJDA 1F7AA 3GGUA 3VYEA 1HOSA 2I4DA 5P73A 1G0VA 5P2ZA 3MWSA 4XX4A 2NMYA 4DQEA 5P7LA 2ZJLA 3UPJA 2B8VA 1EPNE 2QHZA 4DQGA 2P3AA 5P6AA 3SA6A 4HLAA 5OZCA 3OAGA 2B42A 1AVFA 4WY6A 4Y9WA 4K4RA 5P4EA 4R93A 5P22A 4GB2A 3OXVA 4DJQA 2NXMA 5P07A 3VF3A 5P2HA 5P3OA 3SLZA 3SPKA 5IVRA 4Z2ZA 2WEDA 2H6TA 4Q5MA 1M0BA 5P37A 2AVMA 4D89A 1UH7A 5AHAA 2F3EA 4I0GA 4J0YA 3L5BA 5P4JA 1G2KA 3OY4A 4ZE6A 4M8XA 5JFPA 1QRPE 5P3HA 5P8EA 1EBZA 4XKXA 2NXLA 5P52A 4YOBA 2I0AA 3GI5A 3R0WA 2ZHVA 4LP9A 3NXNA 4TVGA 4B77A 2OHQA 2ZJKA 5P25A 1TSUA 3UHLA 2P8HA 5P71A 1HVLA 4DJYA 3UDYA 2B7FA 1HIIA 3LINA 5DQ4A 2BBBA 4YCTA 1HSHA 1MUIA 5OZ7A 3BHEA 2HB4A 4WY1A 4HZTA 4EP3A 4DPIA 3HAUA 4Y4BA 5P7JA 5P1FA 5JODA 2FLEA 2AOCA 5P8VA 1APTE 5KR0A 5P45A 5COKA 2BKSA 2VIJA 5P2UA 5HU1A 5OZQA 2OHMA 3BRAA 1FFIC 3CIBA 5P51A 1HTRB 5OYXA 5P3XA 4DJXA 4Q1WA 5P7TA 2HS2A 1W5XA 3ECGA 5P5OA 3UDMA 1GVUA 4I8WA 3T6IA 5P5CA 4I0FA 4EQJA 1TQFA 3PSGA 4EPJA 4I10A 2VA5A 4DH6A 5P4YA 1W5YA 1IZDA 5AHCA 1RV7A 1HEFE 4PYVA 4OBFA 5P2XA 3L5FA 2QI1A 2QD7A 3RSXA 2FXEA 1DPJA 2WHHA 3R4BA 1BV7A 5P2RA 3FKTA 5P6SA 2I4UA 5P5PA 1BXOA 2G1RA 2OHRA 3NLSA 4LC7A 1WKRA 3TPPA 2VNMA 5P39A 5P02A 5P2DA 2G69A 5IVTA 5OZ9A 5P0WA 2Q15A 5ENKA 2R38A 5P7ZA 3LIXA 2V16C 3C9XA 3PVKA 4R5NA 3D20A 3QRMA 4YD3A 2PWCA 1ODYA 3CKRA 4GJDA 5P46A 1SGZA 4YBFA 3KFNA 1FQ5A 3LZVA 2WF1A 4NJTA 5P63A 3NU9A 5P2LA 4J0VA 4U7VA 5P4NA 1YX9A 2Z54A 4OC6A 4Y35A 3NU4A 1BAIA 1HTFA 5P0JA 4DJUA 1BWBA 3TPJA 4H3FA 3QN8A 1DP5A 3VFAA 1NSOA 1W5WA 4F73A 4L1AB 1HVRA 2P3BA 1HSGA 1GVVA 6FIVA 3S8IA 1K6VA 5P0IA 5P36A 4Y5KA 1AJXA 1W51A 4Y48A 2ZHTA 5P60A 4RGHA 4ZSQA 3EL4A 5P7BA 4QJAA 1YTGA 2G1YA 5P1HA 2Q3KA 4H3JA 1LYAA 4Y3NA 4RVJA 4E43A 5P5AA 1LF3A 5HDUA 2WF2A 3S2OA 3INHA 5P2TA 2OAHA 4FIVA 1YM4A 4QJ7A 3ZKXA 4PPHA 3SA9A 1N49A 3TTPA 4Y5BA 5P48A 1FMBA 2FNTA 4K9HA 3QROA 5DGUA 1HPXA 5AHBA 4RLDA 3I6OA 3PWWA 1C6YA 3UTLA 3ER5E 5P7QA 5P1CA 4A6CA 3A2OA 1SDTA 5P8UA 1B6KA 4CPSA 4YD4A 1KJ4A 3NDWA 5P3MA 5P6GA 2G1NA 3LIZA 1EC2A 4DV9A 5P4RA 4APEA 1AZ5A 3MSKA 3UQWA 5P3WA 2BKTA 2ER7E 1MPPA 2IGXA 3OOTA 3QBHA 3ZL7A 4NJUA 2QI7A 4Y44A 5P7PA 1XL5A 2NPHA 5P7MA 5OYWA 5P0UA 3FSMA 1D4JA 1FLHA 2I4XA 3PCWA 1LV1A 4I11A 3G72A 3ZKSA 1GVWA 3R1GB 5P4DA 2VJ6A 5P2WA 4RCEA 2FS4A 4F75A 4J5JA 2NMZA 5P5QA 2ZHUA 3ZKMA 3QRVA 5P8LA 5P1WA 3VLBA 4XX3A 2IRZA 4Y4TA 5F01A 1UH9A 5P8GA 3EC0A 4H1EA 5OYSA 5P6QA 4Y5CA 5P5SA 1NH0A 4R8YA 5P1EA 3OQAA 4B0QA 1RL8A 2PYNA 3I8WA 5P3PA 1GNNA 3O9AA 5P0GA 2FDDA 2OHNA 3R0YA 2OHKA 3DV5A 2F3KA 4R95A 2OHLA 4GJ6A 2O4SA 1T7KA 5I3XA 2Q11A 5P2CA 3RTMA 5OZUA 2AOJA 3OTYA 3BGBA 3O9LA 5CLMA 4UPJA 2OHPA 1C6XA 2F3FA 5SXNA 1DMPA 3VV7A 1ZTZA 1UPJA 2R3WA 2XYEA 5P5GA 3PI5A 4FCOA 4RVIA 1QDMA 4KUPA 4HVPA 5P61A 5P1MA 3IXOA 4ZEAA 5P77A 3OU1B 1M4HA 3DV1A 3D1ZA 3KM4A 4RZ1A 1KJFA 3ER3E 3U71A 2P3BB 5P38A 2VJ7A 4J17A 1AM5A 3GI6A 5P7KA 5P12A 2QU3A 1EPPE 1ME6A 1BBSA 4M8YA 5ER1E 4Y3YA 3ZMGA 3ZKQA 3T7PA 1IVQA 3CKPA 1SMRA 2BPVA 5P66A 4LXKA 5P26A 1T7JA 4N00A 1KJ7A 2VKMA 5HU0A 1OD1A 5P8FA 3KMYA 5P5LA 5P29A 4LAPA 4J0TA 3URLA 4DJWA 1Z1HA 2PWRA 3QS1A 5P7IA 4Q1YA 2AODA 5P7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PH8 A;  2AQU A;  3TL9 A;  2Q63 A;  2BPY A;  5P1K A;  1K1T A;  5P8J A;  1HVH A;  1WBM A;  5P7H A;  4JPC A;  2QAK A;  2WEZ A;  2PC0 A;  4Y53 A;  5P0S A;  2ZDZ A;  5HDV A;  4TRY A;  1SDV A;  3QRS A;  3PWM A;  5KQX A;  1EC0 A;  2AVS A;  1SP5 A;  1E82 E;  1EPR E;  2QZW A;  5P1I A;  5P56 A;  5P5H A;  4Q1N A;  1BXQ A;  3VV6 A;  3UFL A;  3GGA A;  1K2B A;  3TOF A;  3OHF A;  4KE1 A;  3D1X A;  1FG8 C;  1MTB A;  2J9J B;  1YTI A;  2IEO A;  3WZ8 A;  3I25 A;  5OZM A;  4AMT A;  3BVB A;  3JVW A;  4ER1 E;  2QI6 A;  4ZSP A;  2I4Q A;  5P14 A;  5P2A A;  3PLL A;  3INF A;  2O4N A;  5P1A A;  3GI4 A;  5P7S A;  4DPF A;  2RKG A;  1ZP8 A;  4LBT A;  4TRZ A;  4CMS A;  3SO9 A;  3UDQ A;  5P82 A;  3OQK A;  4Y56 A;  2VS2 A;  5KR1 A;  2G26 A;  3VLA A;  2P4J A;  3D3T A;  1APU E;  5P7X A;  1QBU A;  5P3T A;  1NPA A;  3H5B A;  4Y47 A;  2BPW A;  1B11 A;  3AUP A;  1MTR A;  3EM6 A;  5I70 A;  5IS4 A;  5P0V A;  3OOZ A;  3RSV A;  4Z4X A;  3HZC A;  4EYR A;  1LF4 A;  3K1W A;  5J25 A;  4RCD A;  3SAB A;  1B5F B;  2P3C A;  4OBZ A;  1IZE A; 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 3PSU A;  1HBV A;  5P5M A;  3EKQ A;  4EJD A;  1F7A A;  3GGU A;  3VYE A;  1HOS A;  2I4D A;  5P73 A;  1G0V A;  5P2Z A;  3MWS A;  4XX4 A;  2NMY A;  4DQE A;  5P7L A;  2ZJL A;  3UPJ A;  2B8V A;  1EPN E;  2QHZ A;  4DQG A;  2P3A A;  5P6A A;  3SA6 A;  4HLA A;  5OZC A;  3OAG A;  2B42 A;  1AVF A;  4WY6 A;  4Y9W A;  4K4R A;  5P4E A;  4R93 A;  5P22 A;  4GB2 A;  3OXV A;  4DJQ A;  2NXM A;  5P07 A;  3VF3 A;  5P2H A;  5P3O A;  3SLZ A;  3SPK A;  5IVR A;  4Z2Z A;  2WED A;  2H6T A;  4Q5M A;  1M0B A;  5P37 A;  2AVM A;  4D89 A;  1UH7 A;  5AHA A;  2F3E A;  4I0G A;  4J0Y A;  3L5B A;  5P4J A;  1G2K A;  3OY4 A;  4ZE6 A;  4M8X A;  5JFP A;  1QRP E;  5P3H A;  5P8E A;  1EBZ A;  4XKX A;  2NXL A;  5P52 A;  4YOB A;  2I0A A;  3GI5 A;  3R0W A;  2ZHV A;  4LP9 A;  3NXN A;  4TVG A;  4B77 A;  2OHQ A;  2ZJK A;  5P25 A;  1TSU A;  3UHL A;  2P8H A;  5P71 A;  1HVL A;  4DJY A;  3UDY A;  2B7F A;  1HII A;  3LIN A;  5DQ4 A;  2BBB A;  4YCT A;  1HSH A;  1MUI A;  5OZ7 A;  3BHE A;  2HB4 A;  4WY1 A;  4HZT A;  4EP3 A;  4DPI A;  3HAU A;  4Y4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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