3MVWA

X-ray structure of a "nika+iron complex" hybrid, nika/1
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvwA01
2P1SA 1DMBA 4YB5A 2THIA 5M2VA 5FHMA 2QL3A 5CM6A 2ZMBA 3G3IA 1AH5A 2GH9A 3K02A 4C0RA 4DXCA 1NNPA 3JV9A 4F31B 4IB2A 1LAGE 1S9TA 2I0BA 3HHGA 4G8MA 4U1ZA 2QS2A 5BUUA 3T96B 2IA4A 4QSEA 3N94A 4P11A 2F6PA 4U2RA 1NNTA 4R6KA 3VLWA 5CMKA 3CR9A 1NNFA 2ONRA 3FJMA 1ELJA 3M3FA 3QYTA 4WXJA 4TLMB 2Z8FA 1FQAA 3N6TA 1USYH 1H76A 2QSXA 4NWCA 3TODA 4N13A 1CB6A 4HCWA 3PAMA 3CSBA 5H8NB 3S9MC 4FECA 2XXQA 3R7XA 1FQBA 2GFEA 2NXOA 2ABHA 3IL1B 1NH7A 3U1OA 4HS7A 3TYHA 5I58A 3K0VA 1WDNA 2OZZA 3SEWA 3MVXA 2Z8EA 2F97A 1A40A 4H8IA 4KPTA 1GGGA 1B5HA 1O63A 3U72A 3FV1A 3KSJA 4NF6B 4P0IA 4OTEA 4Q5TA 5K2YA 1AOVA 1A7LA 1RYXA 2ZNTA 2I3WA 3OOAA 5AA2D 4EUOA 1A54A 1D4NA 1ZTYA 1M5CA 3FIRA 3I3VA 5HBCA 4F18A 1EZPA 1IUDA 1URGA 4TOZA 3LSFB 3DRIA 4NMYA 5AA1A 1IZ1A 1IITA 1URSA 4PP0A 1UIVA 4POXA 2GHBA 4YMBA 1RKMA 3LUYA 3KGCA 3UP9A 3RT6B 2FYIA 1B51A 1POY1 3CFLA 3F11A 3IX1A 4XTCQ 3H7MA 5ICQA 3PPQA 1GR2A 2ESNA 5AA3A 3OSRA 3Q29A 5DYHA 5DVJA 3DRKA 1LSTA 5JK4A 5F1QA 1S50A 1M5FA 2NUVA 2F7BA 4BDNA 4GOTA 1PEBA 1MY2A 4EF2A 1B52A 4ESXA 3KFMA 3V5AA 3QAXA 4RXLA 3PPNA 4O3BA 3RNNA 3QIMA 1SYHA 1LAHE 1QKAA 2HEUA 3CSGA 3IOVA 4X1BA 3VVEA 1FTJA 4LATA 4KYSA 3KOTA 4F2OA 2V3QA 3C32A 2UYFA 4G8HA 1JEUA 2QS1A 2W7YA 3A3CA 3JZJA 1VR5A 3K00A 5L8DA 5ICTA 2DWJA 5ITOA 3LVUA 2ZNUA 1ZJLA 1IXHA 4H8JA 5EHMA 1Z7ME 2Y7WA 3C9HA 3TCGA 5H8QB 3U93A 4ONYA 3OMBA 4MLVA 3VXCA 4R2FA 1IEJA 1L5TA 3FXQA 4ELOA 1JETA 1H43A 2F7AA 3RY3A 4Z7EA 1MM6A 1B5IA 2QS4A 1PB9A 1B7HA 5EYFA 5H8QA 5TPAA 3O6PA 1P1QA 2O1LA 2VHAA 4RY1A 2RCAA 3U8QA 3DRHA 1Z7NE 1DPPA 1MY0A 4JBZA 5CBRA 2XXVA 2E0SA 2DXRA 3EN3A 2Q2CA 3T9XB 3MJNA 1CE2A 1D9YA 3EPEA 3RYAA 3TCHA 1JW4A 3GBBA 3GBAA 2DYXA 5AE4A 5I59A 3E4RA 3RUMA 3ONMA 4G77A 2OLBA 1JW5A 3D4GA 1MRPA 4YZZA 5L9OA 3W9VA 3C35A 4BDMA 3TDJA 4QFLA 2H5YA 2KLFA 1BTJA 3CIJA 4G68A 1JNFA 1H45A 4ZEDA 1UTHB 1SVXB 1XVXA 3A09A 4C1TA 3E9XA 2V3TA 3CVGA 4FIMA 4FAJA 2I48A 3HN0A 3DRGA 1BIYA 4ZE8A 1DPEA 4XKPA 1LAXA 2X26A 2DQVA 2PMSA 3C33A 4H6DA 1PB7A 4PFUA 3TTMA 3MC2A 1A8EA 3DP4A 3TTRA 1GVCA 5TP9A 4R75A 3PU5A 4OEVA 2ANJA 3O6HA 1US4A 2UVGA 1LBBA 2OCUA 2PT1A 1QJMA 3U94A 3VDFA 1II5A 5B70A 1PC3A 4QFPA 3M3LA 1N76A 3CG3A 3SEYA 1BLFA 1N84A 1TFDA 2DVZA 5I59B 2F8DA 3GXAA 1VFDA 3V8XB 1P1OA 3MP8A 4X9TA 3ODBA 3VXBA 4AB6A 2X7PA 4JWOA 5ITPA 3RTFB 4OFOA 4NF8A 3FVGA 4OZ9A 5FTIA 2UVJA 3P7IA 4E0WA 4F3GA 1LFGA 4JB7A 3H3GA 4H65A 2R6GE 4FJPA 4M4GA 2F5XA 3TFLA 3PUVE 3UA8A 4F39A 4GD5A 4KHZE 1B7ZA 1I6BA 4PE5B 4YB7A 4Z0IA 2XXRA 3E13X 3DRFA 4KR5A 3WAFA 4F19A 2O6AA 3MZ1A 2AIXA 3O9PA 2DWIA 3TPAA 3T9VA 3QUJA 3ZKKA 3K1NA 3LBSA 4FEBA 4H5GA 4BDOA 2PX1A 5CI5A 3BKIB 4QFNA 1MY3A 2X7QA 1Y1ZA 1MXXA 3G3KA 4HCYA 1LFHA 5DEXA 2HAUA 1UTBB 4X1DA 1DTGA 4OERA 1XC1A 1FCKA 5I2NA 1MH3A 3G3FA 3MVYA 3TTKA 3Q27A 3OELA 1B3FA 1OIBA 2RCBA 1FTMA 3USDA 3PUWE 3PMXA 4FORA 3PUZE 3K4UA 4RYAA 4R9GA 4QFKA 1QKBA 1SDXA 2I58A 1Y9UA 4NEDA 4X48A 4OXVA 3OSQA 3RT8A 2PVUA 2O1MA 4BLAA 2FA7A 1URDA 1N3XA 5ISUA 1ZMGA 2DP8A 2YPNA 1B2HA 1D9VA 3ILUB 3EHTA 4IGTA 4GLIA 4AQ4A 4C1UA 4RNSA 3JYRA 3IOWA 1R6ZA 1ZKBA 1B3EA 2ZYNA 1M5EA 2Z8DA 4R6HA 4JSOA 2P0SA 2H4IA 2Z22A 2XXPA 2DE2A 3MP6A 1LB9A 1NNKA 2O7UA 1OLCA 1B3GA 4HTGA 1YCJA 4IO6A 2PT2A 3HPIA 4LONB 4M1VA 4GWOA 5CMCA 2Q8JA 3VE1B 3I6VA 2H9BA 3K01A 3SKPA 3TELA 4PFTA 3QUFA 4G68B 1UTHA 3N5LA 1VSOA 3IB1A 4NF6A 5H8SA 3RQTA 1B4ZA 4JWYA 1DTZA 2B3BA 4U23A 4ESWA 4PFWA 4NF8B 3V83A 3RTWB 2D5WA 4BDLA 2DSFA 3S4UA 1US5A 3MBPA 2XXHA 1HSJA 3FD3A 1SD3A 3PUXE 5A5XB 2XXTA 5KZTA 2RINA 3KJTA 1IXGA 1B3LA 4XIGQ 3T66A 5KCJB 4ZEIA 3FATA 3VLVA 1B7UA 2HQ0A 3KOSA 1QUIA 4OWDA 1MQIA 3FJGA 3TMGA 3O29A 1OVTA 1MQHA 4OEUA 3B6WA 4I8CA 4ZEKA 1MQJA 1QULA 1LBCA 2RKMA 2UYEA 1QW0A 1P1NA 1TFAA 2DE3A 3CFZA 1ZLQA 3I5OA 1N0TA 1QUJA 2F35A 3C34A 1YAEA 3IK6B 1XS5A 1RYOA 3MP1A 3R6UA 4MH5A 4N07A 1J1NA 4YKJA 3RLFE 3A3UA 5B7DA 1QVSA 4IO4A 2R71A 3K1PA 4RK2A 4Q0CA 1B4HA 2B3FA 2R9JA 4ELRA 1H44A 1VE4A 2GHAA 4K3FA 5DTBA 4F1UA 4Q8RA 2DOJA 3DELB 4POWA 1B1XA 1ATGA 1SBPA 3K2DA 1SW2A 3CG1A 1ANFA 2NVUB 1A8FA 1MH4A 1VFEA 1YTVA 2ALUA 2OBGA 3HO7A 3FXUA 5HM4B 4LA9A 1MXZA 2XXIA 4ELPA 2DVCA 5FTHA 4N6PA 3QK6A 4JDFA 2B4MA 4NWDA 3CRBA 1B5JA 4OMBA 4RA1A 2PBWA 2RC8A 3OEMA 3PD9A 4OYVA 5TPAB 2B65A 4ISUA 4O3CA 4F1VA 5I84A 4YAHX 1Y3QA 5IKBA 4MF3A 4O3AA 2OWTA 1FQDA 2ONSA 2VD2A 4IY5A 4RPOA 1UIUA 4QHQA 3LSXA 1SQYA 2XD2A 3PD8A 4KYDA 4TLLB 2O69A 2XX8A 3OO8A 4F3BA 4ZEFA 4BDRA 4DZ1A 1POTA 3FTOA 1R1NA 5I2KB 1LLSA 2ZYKA 2Z23A 4LVQA 2Y7PA 3HV1A 1Q1KA 3FVNA 2WOLA 3QSLA 5FHOA 1TXFA 3DLNA 3DRJA 3BBRA 1MQGA 3MPKA 4KCCA 2I3VA 1Y1MA 2ZYOA 3PPRA 3UORA 3M3KA 2YLNA 3C36A 3MVWA 1MPDA 4BDQA 3Q26A 3B6QA 4OFLA 1N04A 2CZLA 3SERA 1Y3PA 1AL3A 5A5XA 2VOZA 4G8NA 3MZBA 3EQ1A 5I58B 1B9JA 3S9NC 2Y7IA 4NF5B 3H4ZA 4GXSB 3O6IA 1GTKA 3CFXA 4G4PA 3BFUA 5FHNA 5H8NA 1SI1A 3VV5A 5H8FA 3LSWA 5I57B 2OJTA 4KI0E 2I0CA 4R6YA 2UXAA 5H8FB 3GZGA 2HAVA 1IXCA 4ELQA 5I57A 3EHUA 1NKXA 2F6GA 5I2KA 3PV0E 4F3SA 3KN8A 4WEDA 3IB2A 2H25A 1SW4A 4FEDA 5CMBA 2AL5A 4DCYA 1GV8A 3MQ9A 3RN8A 3K1MA 2I49A 2XXUA 3FVOA 3Q25A 1MM7A 3IR1A 4LUBA 3TTLA 4F29A 5IAIA 1MPCA 1Y3NA 1N7XA 1MPBA 4EQBA 2REGA 3PMVA 1IXIA 4TQUQ 5KCJA 4LP2B 2V84A 1S7YA 5TP9B 3LC8A 2V25A 1LGBC 3CI8A 3UGWA 3IOTA 2VGQA 3OXNA 3PUYE 4I62A 2B4LA 2HCAA 1JVYA 1B58A 4QFOA 1XHYA 3SESA 3O66A 1USYE 1MY1A 1Y4TA 1EZOA 3SDFA 2DS9A 3OO9A 1SI0A 4ZEBA 1FTKA 2HFBA 2ZYMA 4GXAA 3TKDA 2XXXA 4MFIA 2OK2A 3GLBA 5TU0A 4XKRA 1A99A 2IEEA 2E1SA 3LSLA 4KCDA 4UACA 5L9SA 3H6UA 2I4BA 4I1DA 4U1OA 3VVDA 1T0KA 2XX9A 2HXWA 1OQGA 3OENA 4Q30B 3U92A 3UN6A 4YMAA 3KSXA 4DIGA 3RPWA 3TQLA 2F34A 3BFTA 2O84X 4EQ9A 4R2BA 5CRYA 1DOTA 4R74A 1N3WA 3H6WA 4IGRA 5K2XA 3W9WA 2VD3A 2BJJX 2WOKA 2VP1A 5ELVA 4JXIA 3PGFA 4IO7A 1NFTA 5EHSA 2G93A 4RK9A 2NWJA 4DXUA 4XXUA 4YB6A 5AA4B 2O7IA 1O64A 3KBRA 4GL0A 1ZU0A 2QJEA 4RJZA 3R26A 5H8HB 5AA2A 5AA4A 3TEPA 1P1UA 4U22A 1MXVA 1MQDA 3K6UA 1B46A 1B05A 1F9BA 2XX7A 4LQ5A 4WKMA 4JSDA 1ZIUA 4JWXA 1Q35A 4H5FA 5CMMA 4EXLA 3H03A 4GIZA 1TWYA 3H6TA 3HSTA 2A5SA 2Q9TA 5DT6A 3KN3A 2A5TA 2ZXTA 4U21A 3ZKLA 2DE4A 3FJ7A 3VFJA 4H67A 3WAEA 2G29A 4LZ7A 4QF9A 3IO6A 5JTYB 2UVHA 2V3UA 4U4XA 5F7VA 3SEVA 4F22A 1B1HA 3M8UA 1SW5A 4PETA 4XKQA 2CMOA 3B7DA 3EF7A 1B32A 4OHNA 2QMWA 3K6VA 5H8HA 3VVFA 1A55A 1PBPA 4ZZEA 4EDPA 3FGSA 2D21A 4FATA 1B0HA 4OETA 1PBQA 1AIVA 1OMPA 1UTBA 1JQFA 1SYIA 4KQPA 4QRZA 4DCXA 2ONKE 1M5BA 2WKYA 2XXWA 1MDQA 4FE8A 4GVOA 5DVFA 3EHSA 4EF1A 3W15C 1UQWA 4P0GA 3KZGA 1IQ7A 3K6XA 4F2QA 4H1XA 4XKNA 2Y7RA 1EH3A 1I69A 2H98A 2P2AA 1MY4A 2Q89A 3O6GA 4MLQA 1LB8A 4OVJA 3MPLA 4EQ7A 3OEKA 3MW0A 4OENA 4GFRA 2Y84A 5L9MA 2UVIA 4OQOA 4THIA 3C31A 5CBSA 1WODA 3THIA 3HCQA 4DXBA 4ECFA 1B40A 2O68A 3RGYA 4F1YA 4NTLA 3ECRA 3PMWA 5J1DA 5JTYA 5I2NB 4UA8A 2NOOA 4YU0A 1SW1A 4KD5A 1Y4CA 1NMUA 1OLAA 2V93A 3IOUA 1LCTA 3MWBA 3TCFA 1M5DA 5HPQA 3TZAA 3S9EA 3IJXB 3MAMA 5CC2A 1JVXA 3SETA 3OO7A 1LCFA 3G7WA 3G3GA 4H0WA 3Q28A 4G2ZA 3FUZA 1YPNA 1B6HA 2WOPA 4GF8A 2DWHA 1LAFE 1NH8A 2DXYA 3L6HA 5BWJA 2A5TB 5KDTA 4ZZAA 1B0LA 3TAJA 3FV2A 3O2AA 1R9LA 2YJPA 3G3HA 3IB0A 2I6EA 3N6UA 1MXUA 3G3JA 1Y20A 1O7TA 3OD7A 5I56B 1BP5A 1MXWA 2GRVA 3N26A 1NL5A 2QMXA 4KYEA 4NF5A 1I6QA 3LR1A 4PQJA 1HSEA 4YKPA 3T93B 3VLUA 4DDDA 5AA2B 2HZLA 5I56A 4ZS9A 1XVYA 1JW1A 3KJ7A 3T9UA 1MG1A 4DE8A 3S9LC 4F3PA 4KFQA 1XOCA 2OWSA 4WEPA 4I9DA 4YKIA 3ZSFA 1I6AA 4AB5A 5JEIA 2REJA 4ZDMA 3MZ9A 2H99A 2M8CA 2Q2AA 3SEUA 3MUQA 2F78A 2LAOA 3D4CA 3L6GA 3S2VA 4NF4B 3TQWA 3OO6A 4YICA 3TTNA 3O97A 3AXFA 3IAZA 4LZ5A 4IO3A 4DLDA 4IO5A 5LOMA 1DSNA 1QUKA 1PDAA 3QXMA 4QSDA 3TUSA 3UIFA 1IIWA 4YKKA 3UK4A 2FNCA 1FTLA 4R72A 2XXYA 1B3HA 4U4SA 1ZBMA 2D3IA 3C4MA 3FXRA 3CHGA 1MS7A 3ILTB 3IORA 3E3KA 4IY6A 1AMFA 1XT8A 2F7CA 2DWAA 4HW8A 4PFYA 1FQEA 1LFIA 2Y7KA 4NE4A 1P1WA 3DP6A 5DVIA 2O51A 3IO4A 3T22A 4E0XA 4MBPA 3O28A 3FVKA 3H06B 3ZS6A 3MVZA 4LZ8A 3HHFA 1FQCA 4ND9A 2AL4A 1JEVA 1WVJA 2PYYA 2HZKA 1P99A 4R73A 2RC7A 1H3DA 4NF4A 3KN7A 4GL8A 3DP8A 1BKAA 2I4CA 4QSCA 2Q88A 2QS3A 2ZNSA 3B6TA 3V89B 1EU8A 3SEXA 1N7WA 3KG2A 1FQFA 2QRYA 1OVBA 4ZECA 3DM0A 3FASA 3KEIA 2XD3A 1EZ9A 1OQHA 4EXKA 1D3KA 1KWHA 3PPPA 3RYBA 1MDP1 4ZE9A 1R9QA 1TT1A 2RC9A 2XHDA 3H6VA 4G68C 4GQOA 5KDTB 4GRKA 3FZVA 3K6WA 3PPOA 4IO2A 1HSLA 4R9FA 2RF1A 1FTOA 2F36A 2AYSA 5DEXB 4OESA 1PB8A 4OFJA 4L17A 4LQ2A 2QPQA 3T9HB 1MXYA 1FW0A 4RPNA 3IJOB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P1SA 4YB5A 5CM6A 2GH9A 1NNPA 3JV9A 3HHGA 4G8MA 4U1ZA 3T96B 3VLWA 3N94A 5CMKA 1DK4A 1ELJA 4TLMB 1FQAA 1FRPA 2QSXA 3N6TA 4NWCA 1CB6A 4HCWA 3PAMA 1EYIA 3R7XA 1FQBA 2GFEA 2NXOA 2ABHA 3IL1B 4HS7A 5I58A 3K0VA 4FBPA 4H8IA 4N81A 2FHYA 3KSJA 4NF6B 4Q5TA 1AOVA 1A7LA 1D4NA 3FIRA 1IUDA 1URGA 5AA1A 4NMYA 1IZ1A 4POXA 4YMBA 4GX4A 2XXKA 2OX3A 3CFLA 3IX1A 3Q29A 5EQAA 5DYHA 4EF2A 1M5FA 2F7BA 4IR8A 1SYHA 2HEUA 1QKAA 2ZZWA 4KYSA 4F2OA 2V3QA 3C32A 5L8DA 1IXHA 4H8JA 5EHMA 1SPIA 3TCGA 3U93A 4R2FA 1FSAA 1JETA 1H43A 4NGUA 1MM6A 2O1LA 4N17A 1FPDA 1Z7NE 2XXVA 2DXRA 3MJNA 1D9YA 3EPEA 3E4RA 3RUMA 3ONMA 2OLBA 1VDWA 1EYJA 4G68A 1UTHB 4ZEDA 1XVXA 3CVGA 4HE2A 4FAJA 2CEYA 2I48A 1BIYA 4ZE8A 1DPEA 4GWZA 2X26A 2DQVA 3C33A 4PFUA 2XWKA 3MC2A 1A8EA 3TTMA 1KA1A 5TP9A 4OEVA 1US4A 1LBBA 2OCUA 3VDFA 3B50A 4QFPA 3CG3A 2F8DA 3GXAA 1VFDA 3V8XB 4AB6A 2X7PA 4NF8A 5IGAA 4OZ9A 3P7IA 4E0WA 4JB7A 4M4GA 3PUVE 1B7ZA 3E13X 3DRFA 4KR5A 4QFNA 2X7QA 1MXXA 5DEXA 4PF6A 2HAUA 4OERA 1FCKA 1FPEA 5I2NA 3MVYA 3TTKA 3OELA 3PUWE 1SDXA 4X48A 3RT8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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