3MVWA

X-ray structure of a "nika+iron complex" hybrid, nika/1
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvwA01
4PFYA 5DT6A 2UVJA 3EQ1A 2VP1A 1SD3A 1MQJA 3FVNA 4KQPA 1FQFA 1Y1MA 3PMXA 3HN0A 5ICQA 4FE8A 2ZNUA 1MPBA 2WOLA 4LONB 4E0WA 3MC2A 1N3WA 4OMBA 1MXWA 3MJNA 2XX8A 1FQEA 5FHOA 4QFOA 3MZ1A 1D9VA 2Z23A 3B7DA 2VGQA 4EQBA 3CFLA 1GV8A 3B6QA 4YMBA 2XD3A 3Q29A 1Z7ME 3CSGA 3PUXE 4N07A 1VE4A 3MBPA 5CM6A 1RYXA 1DTZA 3TZAA 4MF3A 1B3GA 3Q26A 3S9LC 4PE5B 4EUOA 1NH7A 2Y7RA 3FVGA 2ZXTA 4R6HA 3DELB 1A99A 1DPPA 4ZEKA 3I3VA 4YKJA 5ISUA 1DMBA 3U1OA 4R9GA 4RPOA 3C34A 5BWJA 3O6PA 3IB0A 3KG2A 2Q9TA 1YPNA 2D5WA 1Y9UA 2DWIA 4OFOA 4EQ7A 1LCFA 2E1SA 4G8MA 3VVEA 2QRYA 4RA1A 1XVYA 1M5BA 3FXUA 5L9MA 4JWOA 4FIMA 4X1BA 3AXFA 4KR5A 1J1NA 1SW2A 2CMOA 2F78A 3SEXA 5F7VA 3C9HA 1WDNA 4K3FA 1BP5A 2DOJA 2O51A 3KN7A 2XXRA 1QKBA 1UIVA 3LSXA 3IO4A 2HZKA 2NOOA 3SEVA 3QIMA 1SW4A 2F6GA 4ELRA 1LB8A 1MXVA 1Y20A 3M8UA 2ZNSA 5A5XB 2HQ0A 3TQWA 3QUFA 2NUVA 3IJOB 3O29A 2QMWA 1A55A 2X26A 2QSXA 2B65A 4OEVA 1ATGA 4NTLA 3GLBA 3T9XB 1MXYA 2DYXA 4RK2A 5ELVA 1S50A 3M3FA 2GH9A 4H67A 2QS4A 1ZIUA 1A8EA 2P1SA 4JDFA 4KYSA 5L8DA 3BFTA 1NFTA 4G4PA 1PEBA 3N5LA 3SEYA 4LZ5A 2AL5A 1QUJA 4KHZE 1NNPA 3I5OA 4YU0A 3JZJA 1ZTYA 3BFUA 3LC8A 1A40A 4PFUA 3H03A 2F7BA 1EZPA 4OHNA 3MQ9A 4NF6B 4YMAA 1PBQA 1BTJA 4GIZA 1JW5A 2VD3A 3TCHA 1N76A 2UXAA 3HO7A 4HS7A 3BKIB 4OFLA 1BIYA 3MZ9A 3KJ7A 3MVXA 5A5XA 2QL3A 4UA8A 4YB7A 4IB2A 4ELOA 2PVUA 3R6UA 5DVFA 1MRPA 4TOZA 3DRFA 4WKMA 3K6WA 3V8XB 4N6PA 1JETA 2H9BA 3ODBA 4U1OA 5HM4B 4H8JA 4YB5A 3RN8A 3TODA 2RC9A 3WAEA 4H6DA 3KN3A 3H6VA 4DXBA 1ELJA 3G3HA 2BJJX 2PYYA 3SETA 4U1ZA 4EF1A 1B9JA 3PD9A 2O1MA 2O6AA 1SBPA 3G3FA 2VD2A 3SERA 3PAMA 2P2AA 4QFKA 2VHAA 3OD7A 4BDOA 4Q5TA 4NF6A 4BDRA 4IY6A 3O9PA 4U23A 4R6YA 3OELA 1P1OA 5DVJA 2P0SA 3FD3A 1B3HA 1LAXA 3UN6A 1H45A 2WOPA 1XHYA 4H5FA 3M3KA 4RPNA 3MVWA 5I57B 1Y3NA 1IXCA 1QJMA 1ANFA 3EHUA 1OLCA 2HCAA 1ZJLA 3THIA 2DE2A 4TLLB 3R7XA 1LFHA 3S9NC 1VFEA 4LATA 2G93A 4OZ9A 3T93B 3KN8A 1SYHA 2PT2A 5JK4A 2I6EA 3GBBA 1OMPA 2NVUB 3FGSA 2A5TB 1GVCA 1MY2A 2X7PA 2F8DA 4NF4B 1T0KA 2H99A 4PFWA 5CMCA 2NWJA 3UA8A 3CG1A 4DXUA 3VXBA 4IO5A 1YTVA 1B5IA 3GBAA 3QYTA 1OQGA 1R6ZA 3C4MA 3HCQA 2YJPA 3CIJA 2XXVA 1NL5A 2XXWA 3PGFA 4H0WA 3ILUB 3TDJA 3U72A 3PPNA 4NE4A 3E4RA 2O68A 3TYHA 4EXKA 3QK6A 4F3GA 5I57A 1SVXB 4ND9A 1TFAA 4F3SA 3G7WA 4JWXA 3KSXA 1Y4TA 2FNCA 2ZYKA 3PD8A 1MXZA 3BBRA 3TCFA 1QUIA 1VFDA 4LQ5A 4OYVA 1JW4A 1USYH 3ECRA 1L5TA 1H44A 2A5TA 3ILTB 1IZ1A 4OQOA 2Y7IA 5FTHA 3A3UA 1P1UA 4LZ7A 3SESA 1BLFA 4JWYA 4NF4A 3W9WA 2W7YA 2Q8JA 1ZBMA 5HPQA 4GOTA 2F35A 4EXLA 5H8QB 3RTFB 2B4MA 1B7HA 4OTEA 1N3XA 3IORA 1Z7NE 4I9DA 4U4SA 3TKDA 4G8NA 3DLNA 2M8CA 5DTBA 3O6HA 2H25A 1OQHA 1DOTA 4NMYA 1HSLA 1B4ZA 1CE2A 1NKXA 1A54A 4DCYA 1ZMGA 1XS5A 4WEPA 2F34A 2RCBA 4HTGA 3VVFA 3FTOA 1MG1A 3MZBA 2OK2A 3O6GA 4F3BA 3TTRA 1URDA 5I2NA 1P99A 5B70A 2YPNA 2OWTA 2B3BA 1LAFE 2O7UA 4NEDA 1GTKA 4NF5B 4C1UA 4F1VA 3QXMA 3T22A 4P0GA 3O66A 4OFJA 5L9SA 3LSFB 1IXGA 2HFBA 2REGA 3LSWA 1Q35A 3U92A 4P0IA 3UK4A 4QSEA 2I4CA 3L6HA 3V83A 4WXJA 4U4XA 1OVBA 4ELPA 3ONMA 5M2VA 4YICA 4ZE8A 4BLAA 5H8QA 1NNFA 3KOSA 3O28A 4IO6A 4PFTA 1KWHA 4Q0CA 3TAJA 4KD5A 3RGYA 1FW0A 3EHTA 2E0SA 2UVGA 1D4NA 5BUUA 1FCKA 3IL1B 4FORA 5DYHA 3FXQA 1Y3QA 3R26A 4IY5A 5EYFA 4ZZEA 4NF8A 1SQYA 4ZZAA 2XX9A 1PC3A 4C1TA 3VE1B 3VXCA 1R9QA 2O1LA 2V25A 3N94A 3MVZA 3IK6B 3OMBA 4U2RA 3H4ZA 5CMBA 5ITPA 3K1NA 5CC2A 1MDP1 4Z0IA 3E9XA 3RTWB 3MPKA 2X7QA 2R9JA 3EPEA 4M1VA 4DZ1A 2IA4A 4NF5A 2I58A 4X1DA 5TU0A 1TXFA 4NWCA 4QSDA 2ZYNA 3K0VA 1IQ7A 4R72A 4F31B 2ONSA 4H65A 1ZKBA 4ZS9A 3LVUA 2ZMBA 4RNSA 1SI0A 4DDDA 2AYSA 1Y3PA 1II5A 4GL8A 3U94A 3PUZE 2V3UA 4X48A 3IB1A 2UYFA 1SW5A 3GZGA 3V5AA 2RC7A 3N6TA 2HAUA 4LA9A 4PP0A 1IEJA 1PBPA 5TP9B 5K2YA 3P7IA 4XXUA 3TELA 3O6IA 5I2KB 1MPCA 5AA1A 1N7WA 4KCDA 3EHSA 4GRKA 5CBSA 4OWDA 4F2QA 3TUSA 3K6UA 3KGCA 3O97A 1SYIA 5I84A 3UIFA 4IGRA 1MQHA 3PMWA 4PQJA 3K4UA 4G68C 3MUQA 1IUDA 1O63A 4F29A 4FAJA 4MBPA 1GR2A 1M5CA 1POTA 1S9TA 3D4GA 4JBZA 3H7MA 2LAOA 4GD5A 1B52A 5FHMA 3RYAA 4JSDA 1QW0A 4DIGA 4JB7A 3ZS6A 4R9FA 4YKKA 4LVQA 1I6AA 4DLDA 4QFPA 3HHFA 1MQGA 3FJ7A 3FJMA 4MFIA 4P11A 4MH5A 1YCJA 1FTLA 5I58B 4OEUA 3ZKLA 3JYRA 4DE8A 1PB9A 4JSOA 1XC1A 1JQFA 3U8QA 5TP9A 2Q2AA 5AA4B 2ESNA 5CMMA 3LSLA 5I2KA 3DRKA 3E3KA 1NNTA 2PT1A 3IO6A 4H5GA 1TFDA 4ECFA 3OENA 5IAIA 2V3QA 4IO4A 2O69A 3ZSFA 4R75A 2Y84A 2DP8A 4G77A 4ZEBA 4YB6A 4HCWA 5JTYB 4X9TA 2F7AA 3FV1A 1M5FA 3G3KA 3PMVA 2V84A 2HEUA 5K2XA 4EDPA 1MPDA 1A8FA 1CB6A 4XKNA 4Q8RA 2F7CA 1B58A 4U22A 1MDQA 3S9EA 3VLVA 2XXIA 5ITOA 3U93A 2Z8DA 5CI5A 5I58A 4I1DA 3FVKA 3H6UA 4GXSB 1AOVA 1P1QA 1B0HA 2XD2A 1R1NA 1NH8A 1H3DA 2PX1A 3K1PA 4GLIA 4ESXA 2Z22A 3I6VA 2DE4A 4RY1A 2Z8FA 5EHMA 3IX1A 1R9LA 3OSQA 4U21A 3FXRA 1HSEA 2O7IA 2B3FA 4RXLA 1OLAA 2WOKA 5LOMA 2DWJA 2F36A 3RT6B 2GHAA 2DWHA 3S4UA 2DWAA 2ZYOA 4FECA 4DXCA 5AA3A 1B32A 5JTYA 2UYEA 4GFRA 4GXAA 4OENA 4LZ8A 2V3TA 3RUMA 4RK9A 4PETA 3KOTA 5H8FB 3IJXB 1FTKA 3CHGA 4AB5A 2XXPA 3C31A 2ZYMA 4OETA 4R6KA 5H8HB 3MP6A 2REJA 2HZLA 4QSCA 3RY3A 3OO6A 5KCJB 1EU8A 3MP8A 5J1DA 1MXUA 5AE4A 4EF2A 3IB2A 5B7DA 3KJTA 1H76A 4KFQA 4I8CA 1LGBC 4O3CA 4Q30B 4JXIA 5DVIA 3HV1A 3DM0A 5CRYA 1FQAA 2FYIA 3UGWA 1FQCA 2CZLA 3T9HB 4IO3A 3PUWE 2AL4A 3VDFA 3MPLA 3K2DA 3C33A 1LFIA 4POWA 1P1WA 3W15C 2QS1A 5JEIA 3T66A 1MQIA 2ANJA 2H5YA 3L6GA 5H8FA 4OXVA 4FJPA 3IR1A 4H1XA 3TPAA 1B05A 1A7LA 4LUBA 3UORA 2DVZA 1IXIA 1LBCA 4QHQA 3RYBA 3T9UA 3JV9A 4DCXA 2Y7PA 3PV0E 2R71A 5KCJA 1LAHE 1QVSA 1TWYA 1P1NA 4QF9A 2UVHA 2HAVA 2QPQA 3Q27A 2ZNTA 3TTNA 1MY1A 5CBRA 3PUVE 5EHSA 2OJTA 4ZEFA 3RPWA 1UTHB 1B46A 5TPAB 3LR1A 4ZE9A 4M4GA 1SDXA 2I0CA 1MM6A 2D21A 3E13X 4KYDA 3RQTA 2KLFA 4F18A 1MH3A 1NMUA 3CG3A 2Y7KA 2OLBA 5AA2D 2I49A 3S9MC 1N04A 3K6VA 3TTMA 2UVIA 3DP4A 4I62A 4F22A 4F2OA 1VR5A 3N6UA 4XTCQ 3IOUA 4RYAA 2QS2A 4ONYA 2PBWA 1MY4A 1US5A 4OERA 1FQDA 2DE3A 2NXOA 3CFZA 3MW0A 1HSJA 2GFEA 3H06B 2QJEA 4YAHX 2RCAA 3OO7A 1RKMA 1B3FA 1GGGA 1OVTA 2DQVA 3KBRA 2I48A 3C35A 1B2HA 1B3EA 1I6BA 1FTJA 2DSFA 2HXWA 1Y4CA 3PPOA 3MVYA 2WKYA 3MAMA 5F1QA 1S7YA 4R2FA 1H43A 1DPEA 1QUKA 3CFXA 3DRHA 3MP1A 3CR9A 4F39A 2O84X 3IOVA 1UTHA 4UACA 3TCGA 3FV2A 3KZGA 5TPAA 3TTLA 1B4HA 4R74A 3FUZA 3WAFA 4TLMB 3G3JA 3H6TA 3G3IA 1B3LA 1URGA 5IKBA 1N0TA 4TQUQ 1RYOA 1UQWA 3O2AA 5I59B 1M5EA 2Y7WA 2XXTA 2ONKE 3T9VA 5H8NB 2IEEA 1EH3A 2R6GE 3QAXA 1MY3A 5HBCA 1UTBB 1JVXA 4Z7EA 1IXHA 2XXQA 3PPRA 1QULA 3G3GA 3Q28A 3MWBA 4GWOA 1Q1KA 3OOAA 2QS3A 4R73A 1JW1A 1YAEA 3T96B 3K6XA 5AA2B 1POY1 2OCUA 3KFMA 3OEMA 4ISUA 3H6WA 3V89B 4XKPA 2ALUA 2F6PA 1VSOA 1MM7A 1F9BA 1FTMA 3PPQA 1OIBA 3RT8A 2D3IA 3PU5A 5L9OA 3CRBA 4R2BA 4F3PA 2THIA 4HW8A 1AMFA 1I6QA 2AIXA 1B7UA 1AIVA 1LCTA 4G8HA 5I59A 3N26A 4GL0A 4G68B 5H8NA 3B6WA 1MXXA 3TTKA 1UTBA 1TT1A 1Y1ZA 2YLNA 4OVJA 3QUJA 3DRJA 3OEKA 4LP2B 1N7XA 1SW1A 2XXYA 4E0XA 1I69A 1IITA 3LBSA 1LLSA 4EQ9A 5CMKA 4LQ2A 4YKPA 1JEVA 1MY0A 4IO7A 5AA2A 5FHNA 3SEUA 2I3VA 3H3GA 4MLQA 4ZECA 1B40A 5KZTA 4ZEIA 3DRIA 3QSLA 3SKPA 4MLVA 1B6HA 1MS7A 3TFLA 4GF8A 3FJGA 3DP8A 3SEWA 1LBBA 2PMSA 2DXRA 4FATA 4BDNA 4FEDA 5KDTB 1B1HA 3OXNA 4FEBA 3K01A 1FTOA 4H8IA 2B4LA 3DRGA 1B51A 4C0RA 1LB9A 2FA7A 2DVCA 4YZZA 4G68A 1O7TA 2H4IA 3A3CA 4POXA 3VV5A 3IOTA 1MQDA 2QMXA 2XXXA 2GHBA 4IO2A 1US4A 3K02A 4XKQA 2DS9A 3KSJA 1USYE 4AQ4A 1LSTA 1B5HA 1WODA 3FATA 1DSNA 3EF7A 5I56B 2RKMA 4THIA 1DTGA 4AB6A 5AA4A 4BDQA 3GXAA 3USDA 2OBGA 1AL3A 4KI0E 3C36A 1B5JA 5FTIA 4YKIA 1BKAA 2ABHA 2H98A 3IAZA 1M5DA 3TMGA 3RLFE 1PB8A 2XX7A 4N13A 1EZ9A 4F19A 2RC8A 2Q88A 2I3WA 2XHDA 4KPTA 4XKRA 3RNNA 2I4BA 3M3LA 2Q89A 3VFJA 3ZKKA 1JVYA 5KDTA 1B7ZA 1UIUA 3VVDA 3LUYA 1ZLQA 1D3KA 3OO8A 4QRZA 3VLUA 1B1XA 2XXHA 1QKAA 1LAGE 2Z8EA 3FVOA 4BDMA 5DEXB 4ESWA 2V93A 3HHGA 4XIGQ 2XXUA 3HSTA 1MH4A 3FIRA 2I0BA 2RF1A 4BDLA 5ICTA 1FQBA 2A5SA 1JNFA 3F11A 1WVJA 5I56A 3C32A 1PB7A 2F5XA 1EZOA 4GQOA 3B6TA 3CSBA 4F1YA 4KYEA 3D4CA 3EN3A 3FASA 3PUYE 3S2VA 2ONRA 1XVXA 3OO9A 3UP9A 5I2NB 2GRVA 4G2ZA 4ZDMA 1O64A 3HPIA 4QFLA 3TEPA 1IIWA 2DXYA 4F1UA 1PDAA 2F97A 3KEIA 3CI8A 4GVOA 3IOWA 4ZEDA 1ZU0A 2OWSA 1URSA 4O3AA 3W9VA 3PPPA 1B0LA 5H8HA 2VOZA 3SDFA 5H8SA 2RINA 1LFGA 3Q25A 4O3BA 4ELQA 1N84A 4HCYA 5DEXA 4WEDA 1D9YA 2Q2CA 4L17A 3A09A 1XOCA 3K1MA 3CVGA 1XT8A 3K00A 4NWDA 3FZVA 3DP6A 1SI1A 3OSRA 2OZZA 3VLWA 1AH5A 4KCCA 4OESA 4IGTA 4RJZA 1JEUA 1NNKA 4NF8B 3TQLA 2G29A 4QFNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FJ6A 4PFYA 5DT6A 2UVJA 3EQ1A 5EQ7A 2VP1A 1SD3A 1MQJA 3FVNA 4KQPA 5IGAA 1FQFA 2ZZXA 1Y1MA 3PMXA 3HN0A 2QFLA 5ICQA 4PAIA 4FE8A 2ZNUA 1MPBA 4PF6A 2WOLA 4LONB 4E0WA 2PFZA 3MC2A 1N3WA 4OMBA 1MXWA 3MJNA 2XX8A 1FQEA 1VDWA 4GWUA 5FHOA 4QFOA 3MZ1A 4JVCA 1D9VA 4PFBA 2Z23A 3RPLB 3B7DA 2VGQA 4PC9A 4EQBA 3CFLA 5I3SA 1GV8A 3B6QA 4YMBA 2XD3A 3Q29A 1Z7ME 3CSGA 3PUXE 4N07A 1VE4A 3MBPA 5CM6A 1RYXA 1DTZA 3TZAA 4MF3A 1B3GA 3Q26A 3S9LC 4PE5B 4EUOA 1NH7A 4PAKA 2Y7RA 4PDHA 3FVGA 2ZXTA 4R6HA 3DELB 1A99A 1DPPA 4ZEKA 4I3EA 3KC0A 3I3VA 4YKJA 5ISUA 1DMBA 4HE0A 3U1OA 4R9GA 4RPOA 3C34A 5BWJA 3O6PA 3IB0A 3KG2A 2Q9TA 1YPNA 2D5WA 1Y9UA 2DWIA 4P3LA 4OFOA 4EQ7A 1LCFA 2E1SA 3U65A 4G8MA 3VVEA 2QRYA 4RA1A 1XVYA 1M5BA 3FXUA 5L9MA 4JWOA 4FIMA 2CZIA 4X1BA 3AXFA 4KR5A 1J1NA 1SW2A 2CMOA 2FBPA 4G61A 2F78A 4UABA 3SEXA 5F7VA 3C9HA 1WDNA 4K3FA 4GX6A 1BP5A 2DOJA 2O51A 2KQZA 3KN7A 3RPLA 2XXRA 1QKBA 1UIVA 3LSXA 4NHBA 1YXIA 3IO4A 2HZKA 2NOOA 4HE2A 3SEVA 3QIMA 1FPEA 1SW4A 2F6GA 4PGNA 4ELRA 1LB8A 1MXVA 1Y20A 3M8UA 1NV4A 2ZNSA 4KXPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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