3MVWA

X-ray structure of a "nika+iron complex" hybrid, nika/1
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvwA01
2QS2A 2F34A 4DCXA 1MS7A 2R6GE 3ONMA 4N13A 3OMBA 3KEIA 3LC8A 2KLFA 2V3UA 4OWDA 2DVCA 2QMXA 1IXGA 4NF5A 3VLWA 4G68A 3CVGA 1PBQA 4LZ5A 2RKMA 1BKAA 3FVOA 4IO2A 3O97A 3K4UA 4ZZAA 3TTKA 1R1NA 3KFMA 4OEVA 2RC8A 2F36A 3MJNA 3LR1A 4OEUA 3OXNA 2Y7RA 2XXIA 5L9MA 1DOTA 3IB2A 2XXRA 4LUBA 1UIUA 3QSLA 3G3JA 3SKPA 1IEJA 1ATGA 1LB8A 4OYVA 5DT6A 1Y3PA 2F7AA 2Y7PA 1TFDA 2ABHA 2OJTA 4U1OA 2UXAA 3CFZA 3MVZA 1P1NA 4YB5A 4RA1A 1M5FA 1LCFA 3IAZA 5CRYA 2P1SA 3DRFA 3VLUA 1JNFA 1P1OA 1EZOA 4MFIA 1Y1ZA 1IIWA 4GIZA 5M2VA 4QRZA 1D9YA 5K2YA 4H65A 4WXJA 3PMVA 3PMWA 2P2AA 1SBPA 3FTOA 1FQAA 3C4MA 1FQCA 3IORA 2O7UA 4N07A 5CBRA 1LAFE 4ZECA 3BKIB 3K1MA 4KQPA 3H03A 1SW5A 3KSXA 1FTKA 1PC3A 1A40A 1A55A 1TXFA 2FA7A 3MVXA 2I0CA 2QS3A 2FNCA 4QFOA 3G3FA 1N04A 1Z7NE 1JW5A 1T0KA 3WAEA 3H6UA 4GD5A 4U23A 5KDTA 1MG1A 1GV8A 4YICA 3IL1B 2BJJX 4LONB 5B7DA 2H5YA 1H76A 2GHBA 4ELQA 2CMOA 3V83A 1Y3QA 4X9TA 3TODA 2B3FA 1WODA 4OQOA 2WOPA 4POXA 3HHFA 3K6WA 5DVJA 2Z23A 5L8DA 5K2XA 1VSOA 4PFWA 2RC9A 4BDLA 3U92A 4EQ7A 1DMBA 3TELA 1FW0A 1R9LA 5HPQA 1DPPA 3HV1A 5I56B 2VD2A 1I6AA 2Z8EA 2Y84A 4ESXA 4XKQA 3T9UA 3EHSA 1LFHA 5I59B 2PBWA 4NF8A 4NEDA 3G3KA 2I4BA 3IO4A 1QUIA 1J1NA 1B4HA 2CZLA 2AL4A 2P0SA 3VFJA 3TYHA 2W7YA 3T9HB 2XD3A 1B6HA 4YAHX 2GFEA 1N76A 3D4GA 5CMKA 3OO6A 1LSTA 3USDA 4RPOA 3O9PA 1Y9UA 1VFEA 5H8SA 4YKPA 4C1TA 4R6HA 3RTWB 3CG1A 3CFXA 1H45A 3TFLA 2XXVA 3Q25A 2IA4A 1ZU0A 2Q8JA 1I69A 3ZKLA 3SEVA 3G3IA 4I8CA 3T93B 1MY1A 4MBPA 4LQ2A 2OWSA 4MF3A 1FTJA 3KJTA 3RPWA 1PDAA 1P1WA 4N6PA 4C0RA 5I58A 4OFLA 2ONKE 4UA8A 4FE8A 1O7TA 2V25A 3UGWA 3QK6A 3FV1A 2H4IA 2NVUB 3VLVA 3EPEA 3W9VA 4TOZA 5ICTA 5TPAB 1NL5A 4LATA 4WEPA 5AA1A 1NH8A 3IB1A 1B5HA 5IAIA 4PQJA 1B3LA 3TTMA 4ISUA 3KN7A 3LSLA 2PT1A 3DP4A 4RXLA 3TQLA 1MY0A 5H8NB 3DRIA 2DE4A 2NXOA 4U21A 4X1BA 1LGBC 3RLFE 5B70A 1O63A 5I57B 3G3GA 3PPPA 3KN3A 2XXHA 4QFKA 3IOUA 2AIXA 3ILUB 2WOLA 3DRHA 3VXBA 1R6ZA 2GRVA 3K2DA 3H7MA 1MXZA 2GHAA 4KD5A 4RJZA 3T66A 1LFIA 3PPQA 2DE2A 3PPOA 5CBSA 4G8NA 3TCHA 2REGA 4FEBA 3PD9A 3RUMA 2HCAA 3I3VA 2Q2AA 1ZJLA 2UYFA 3IOVA 2XXWA 3ODBA 1XOCA 3MP1A 2FYIA 3MW0A 3S9NC 1LCTA 3CIJA 4R75A 1AH5A 1MXWA 4F2OA 2AYSA 3VVEA 3OENA 3CFLA 3FJMA 4JWYA 1S7YA 4RK2A 2RC7A 5BUUA 2O51A 5H8HB 1KWHA 3K1NA 3RY3A 4DCYA 1EU8A 4EQ9A 3TTLA 2UVJA 1S50A 2O1LA 4K3FA 1ZMGA 1H3DA 1TT1A 5AA3A 3O6GA 1N7XA 5AA2B 1MY2A 3VV5A 1SYHA 2IEEA 3K1PA 4LVQA 1XVXA 3IJXB 3K02A 3OSRA 4FEDA 1NNFA 4PE5B 2QSXA 4OZ9A 3S4UA 4OFOA 1PB8A 2QRYA 4ELRA 5TP9B 3DRKA 1MH4A 1N0TA 2R9JA 3M8UA 1JQFA 4ZE8A 2PMSA 2OWTA 1RYXA 3FVGA 2ESNA 3SDFA 4H67A 5KZTA 3JZJA 4RNSA 1SVXB 1IXCA 2D21A 4OFJA 2A5TB 3MQ9A 1NFTA 3FXRA 3IR1A 3UIFA 5CM6A 2WKYA 1YPNA 4NF6B 2V93A 2H9BA 3K6UA 2O7IA 1UTBA 2HZLA 5CC2A 3C32A 1B3FA 4DXUA 4EF1A 2DSFA 1MDP1 1QULA 1ZKBA 3T9VA 4GL8A 4P0IA 3GLBA 1TWYA 2QPQA 4BDRA 5JTYA 3O28A 1BIYA 3KSJA 4F3BA 3S9MC 4I9DA 3PUZE 4KHZE 2H98A 5IKBA 5A5XA 2QS4A 2XXXA 1QW0A 2V84A 3PAMA 1N3WA 1XC1A 3SEUA 5ELVA 3Q26A 4IO6A 4BDQA 4PFUA 3GXAA 3UORA 4JWXA 3CI8A 1GGGA 3TCGA 3A3UA 3LUYA 2OLBA 1LAXA 2O68A 3Q28A 3A09A 4HCYA 3MBPA 5EYFA 3C33A 3U93A 4KYDA 4KI0E 2I4CA 1SI1A 4F29A 5I2KB 4QFNA 5ITOA 3TCFA 1DSNA 1M5EA 3PUYE 3U94A 3PUXE 4NWCA 4KYEA 1IITA 4GFRA 3VXCA 1FQFA 1LB9A 3G3HA 4KPTA 3OSQA 2F7BA 4QSCA 3ZSFA 1MXYA 1URGA 1NMUA 2ONSA 3MAMA 3MZ1A 1NNKA 4GLIA 2PT2A 5F1QA 4Q30B 3SERA 1B05A 4YB6A 4GF8A 4FECA 1DPEA 1CE2A 2X7QA 3E9XA 4O3AA 1BTJA 2HQ0A 2I58A 3H06B 4ZS9A 5I2NB 1B32A 1UQWA 4X48A 2R71A 3FIRA 3DP6A 3KG2A 1IZ1A 2XXTA 3PU5A 1B1XA 5FTIA 1USYE 2XXPA 1FCKA 2PX1A 5EHMA 3K00A 3H6TA 1B51A 3FGSA 3QUFA 1B40A 2V3TA 1GVCA 2LAOA 2I3VA 4JSDA 1QKAA 5FHNA 1URDA 3EQ1A 3RN8A 2B4LA 4M1VA 3UK4A 1MXVA 1IXHA 2O84X 4NF8B 3PMXA 1XS5A 3O29A 3S2VA 1JEVA 2Y7KA 2G93A 4LZ8A 1OLAA 3FUZA 4KYSA 4NMYA 2QJEA 4O3CA 3U72A 3FVKA 4Q0CA 5DTBA 3A3CA 1H44A 1URSA 1WDNA 3N6TA 2Z8FA 5H8QA 1B9JA 1LBCA 2UVIA 3ILTB 3VVDA 3O6PA 2PYYA 3I6VA 4TLMB 2B3BA 1TFAA 3L6HA 4NF4A 1A99A 3WAFA 4NTLA 3E13X 3DELB 4QFPA 5I56A 4QF9A 3C35A 4QHQA 4Z7EA 5I59A 1LFGA 3PUVE 1AIVA 2D5WA 3EHTA 1SI0A 1WVJA 2VD3A 3UN6A 3QYTA 5FTHA 3FV2A 3RT6B 3OO7A 4OTEA 3O6HA 4IO7A 4IY5A 3TMGA 2XXUA 3RYAA 4WEDA 1P99A 4OVJA 2VHAA 3RGYA 1FTMA 4EXKA 3H6VA 3LSXA 3MC2A 3PV0E 2Q89A 3HO7A 2DOJA 4Q5TA 1MQHA 1MPDA 3M3LA 1B5IA 1US4A 2G29A 5KCJB 1BLFA 3B6WA 2O6AA 3AXFA 3W9WA 3RTFB 1F9BA 3IX1A 3CSGA 3N5LA 3HHGA 3DLNA 3MP6A 4BDOA 5HM4B 5AA4B 3M3FA 3PGFA 5J1DA 2V3QA 3MWBA 1MY3A 3KJ7A 2X7PA 2AL5A 3KN8A 3RQTA 4F39A 3MZBA 4F31B 1A8FA 1DTZA 2Q88A 3QUJA 5EHSA 3C36A 1MPBA 2ZYOA 4YKIA 3U1OA 3U8QA 1VFDA 5TPAA 3E4RA 4IGRA 1SW2A 3GBBA 2HFBA 4U1ZA 4R2BA 5DEXA 3OEMA 4R6YA 1XVYA 4XIGQ 3IO6A 5JK4A 4JB7A 4PFTA 4JWOA 2I0BA 5H8NA 1B7HA 4ECFA 4UACA 3IJOB 1UTHA 5I57A 3HSTA 1LBBA 3MUQA 1RYOA 3FJ7A 1MXXA 4F3GA 3RYBA 1FQDA 3MPLA 3P7IA 2HZKA 3GBAA 2ALUA 1Y4TA 4U4SA 2DS9A 4GWOA 2UVHA 1Q35A 1D3KA 2Y7WA 4OXVA 2NWJA 2Q2CA 2YPNA 4R73A 2THIA 5L9OA 4H6DA 3RT8A 4IO5A 4FORA 3ZS6A 3DM0A 2DWHA 3OD7A 4OERA 3LBSA 3VDFA 5CMBA 3CSBA 1MM7A 5CMMA 4DZ1A 2O1MA 3CG3A 4HCWA 1NH7A 4G8MA 3O6IA 1N7WA 1EZ9A 4GXSB 1SD3A 3HN0A 3FZVA 3SESA 4KCDA 4F22A 1B0LA 1HSJA 1YCJA 1SDXA 5H8FB 3OO9A 4IB2A 3N26A 4H8IA 4F18A 3S9LC 3V5AA 1B52A 3HPIA 4OHNA 4ZDMA 1SQYA 3KGCA 1R9QA 3CR9A 5LOMA 1PB9A 2ZYKA 4FATA 1YTVA 5AA2A 4F2QA 5L9SA 3TPAA 4AB5A 4P0GA 2NOOA 4XKPA 5JTYB 4ONYA 3R7XA 1MQDA 3HCQA 3M3KA 3T22A 1B1HA 1B3GA 4NF5B 4G68B 2XX9A 4BLAA 1BP5A 3ECRA 1MPCA 1PBPA 1B0HA 5TP9A 3VVFA 4YMAA 1LAGE 4HW8A 4Q8RA 1M5DA 2DWIA 3KOTA 1XT8A 3KBRA 2DXYA 4P11A 2ZXTA 5I84A 4I1DA 4ZZEA 3SEYA 3KOSA 3BBRA 3MVYA 3FASA 3SEWA 5HBCA 2A5TA 4EF2A 4NF6A 4ND9A 5TU0A 1POTA 2X26A 4DXCA 1JW4A 4XKNA 1VE4A 2F35A 3OO8A 4POWA 2WOKA 1JW1A 3T9XB 3LVUA 1A8EA 4G4PA 2DYXA 1PEBA 1QVSA 1P1QA 3OOAA 4YB7A 2F8DA 4MH5A 2QMWA 3B6QA 3PPNA 1OIBA 4GL0A 3N94A 4GVOA 1B7ZA 1MY4A 4H8JA 4X1DA 1PB7A 1S9TA 2DWAA 4PP0A 3FVNA 4EDPA 1OQHA 3G7WA 2DE3A 4KR5A 3SEXA 1II5A 2I48A 4DLDA 3MP8A 3TZAA 5F7VA 4EXLA 3DRJA 3PUWE 2ZNSA 2VOZA 2DWJA 2VP1A 1QJMA 4FAJA 2GH9A 1RKMA 2ONRA 4QFLA 4NE4A 4R6KA 1ZBMA 4KFQA 3EN3A 5ITPA 5I2KA 2DQVA 1EZPA 4IO4A 1GR2A 5KDTB 3GZGA 4E0WA 4F3PA 4R72A 1ZTYA 1SYIA 1B46A 4GQOA 4NWDA 4AB6A 1L5TA 4HS7A 2Y7IA 4PETA 3O66A 1MQIA 5DVIA 2H99A 3T96B 2PVUA 4IGTA 4XTCQ 2HXWA 4Z0IA 4GOTA 1MXUA 4G68C 3QAXA 1UIVA 3THIA 4JBZA 4RPNA 2Z8DA 3UA8A 3EF7A 2QS1A 1JVXA 3IOWA 2I3WA 4L17A 5I2NA 1D4NA 3B6TA 4ZE9A 1MRPA 4LA9A 3TUSA 2O69A 2E0SA 3V89B 4OETA 2B4MA 3K0VA 4BDMA 1B58A 3C34A 1JVYA 1OLCA 2DXRA 5H8QB 2OZZA 1B3HA 4FIMA 3K6XA 3TKDA 1AOVA 1O64A 4HTGA 1FQBA 1NKXA 4NF4B 2DVZA 1ZLQA 4F3SA 4LQ5A 1OMPA 1M5BA 4RK9A 4YKJA 3QIMA 3FJGA 2ZNTA 3FXQA 2F6PA 2Z22A 2ZYNA 3H4ZA 3C9HA 2XX7A 2YJPA 3O2AA 3FD3A 1A54A 3TTNA 3R26A 3EHUA 1N3XA 4GRKA 4ZEIA 1MH3A 2RCBA 4F1VA 4G8HA 4FJPA 2DP8A 1XHYA 2F7CA 2ZNUA 4F19A 3MPKA 1USYH 1I6QA 3JV9A 4MLVA 3TTRA 4MLQA 4OESA 4PFYA 5I58B 2H25A 2RINA 1JETA 3ZKKA 3H3GA 4ESWA 1B3EA 1Y1MA 3OEKA 2NUVA 1YAEA 4OENA 4ELOA 1OQGA 1VR5A 4O3BA 3FATA 2HAVA 5ICQA 4RY1A 4ZEBA 4OMBA 1FTOA 2A5SA 1H43A 3CRBA 1Y3NA 4ZEFA 1NNTA 3I5OA 3FXUA 1IQ7A 1D9VA 4WKMA 5DVFA 1LAHE 3OELA 1EH3A 1P1UA 4RYAA 5CI5A 1US5A 1POY1 3D4CA 3PPRA 4I62A 1A7LA 5AE4A 2OBGA 4AQ4A 5DEXB 4H1XA 3S9EA 5FHOA 3SETA 3TDJA 5JEIA 2XXQA 4ELPA 2QL3A 3KZGA 4YU0A 1QUKA 1DTGA 3Q29A 3PD8A 5BWJA 5KCJA 2VGQA 3DP8A 1Y20A 1SW4A 3RNNA 3H6WA 1UTHB 3TQWA 1HSEA 1N84A 1AL3A 2UYEA 4JDFA 3IK6B 3W15C 5AA4A 3MVWA 4F1UA 4U4XA 3DRGA 2I6EA 2XD2A 2D3IA 4XXUA 4JXIA 2F6GA 3LSFB 4IO3A 1OVTA 4XKRA 2XXYA 4JSOA 1OVBA 4GXAA 4LP2B 2Q9TA 3MZ9A 4E0XA 1MQJA 4IY6A 5CMCA 1ANFA 3K01A 4R9FA 1MM6A 4YKKA 4ZEDA 1I6BA 3V8XB 4G77A 2HAUA 3LSWA 3K6VA 3TAJA 1Y4CA 4DIGA 1FTLA 4M4GA 1CB6A 3UP9A 1IUDA 4TLLB 2F78A 2RCAA 4R2FA 1Q1KA 5DYHA 3BFUA 2M8CA 3IB0A 1SW1A 4DXBA 4QSEA 1LLSA 4KCCA 3C31A 3R6UA 4H0WA 1NNPA 4H5FA 1ZIUA 1MDQA 4THIA 1B4ZA 1QKBA 1B2HA 4BDNA 4R9GA 1Z7ME 3BFTA 4QSDA 4EQBA 5FHMA 3JYRA 4G2ZA 5AA2D 2OK2A 1B7UA 1HSLA 3CHGA 2REJA 3QXMA 2ZMBA 5H8HA 1B5JA 1JEUA 4LZ7A 3F11A 3TEPA 2I49A 4DE8A 1FQEA 1MQGA 1GTKA 2YLNA 2ZYMA 1UTBB 1M5CA 2HEUA 2OCUA 2XHDA 4TQUQ 4U22A 3N6UA 4YZZA 1QUJA 4YMBA 4DDDA 5H8FA 3L6GA 5ISUA 2RF1A 2F5XA 4R74A 3VE1B 4U2RA 5A5XB 4H5GA 4F1YA 2XX8A 3Q27A 2ANJA 3B7DA 2UVGA 2F97A 4ZEKA 3E3KA 4C1UA 3IOTA 1IXIA 1ELJA 1AMFA 2B65A 2E1SA 4EUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QS2A 2F34A 4DCXA 1XI6A 1MS7A 2R6GE 3ONMA 4N13A 3OMBA 3KEIA 3LC8A 2KLFA 2V3UA 4OWDA 2DVCA 2QMXA 1IXGA 4NF5A 3VLWA 4G68A 3CVGA 1PBQA 4LZ5A 1NV6A 2RKMA 1BKAA 2XWOA 3FVOA 4DI4B 4P8BA 4IO2A 1YZ0A 3O97A 1FPDA 3K4UA 4ZZAA 3TTKA 1R1NA 3KFMA 4OEVA 2RC8A 2F36A 3MJNA 3LR1A 4OEUA 3OXNA 2Y7RA 2XXIA 5L9MA 1DOTA 3IB2A 3T0JA 2XXRA 3ROJA 4LUBA 1UIUA 3QSLA 3G3JA 3SKPA 1IEJA 1ATGA 1LB8A 4OYVA 4P47A 4JVIA 5DT6A 5IZZA 1Y3PA 2F7AA 2Y7PA 2VPOA 1TFDA 1YYZA 2ABHA 1EYJA 2OJTA 1FJ6A 4N4UA 4U1OA 2UXAA 3CFZA 3MVZA 1K9ZA 4P1EA 1P1NA 5I5PA 4YB5A 4RA1A 1M5FA 1LCFA 3IAZA 4HE1A 5CRYA 2P1SA 4PF8A 3DRFA 3VLUA 1JNFA 1NV5A 1P1OA 1EZOA 4MFIA 1Y1ZA 2P3NA 1IIWA 4MEVA 3PTYA 4GIZA 4G61A 5M2VA 4QRZA 1D9YA 5K2YA 4H65A 4WXJA 2HPGA 3PMVA 3PMWA 2P2AA 1SBPA 3FTOA 1FQAA 3C4MA 1FQCA 5IZ3A 3IORA 2O7UA 4N07A 5CBRA 1LAFE 4ZECA 3BKIB 3K1MA 4KQPA 5EQ8A 3H03A 1SW5A 1VDWA 3KSXA 1FTKA 1PC3A 3E78A 1A40A 1A55A 1TXFA 2FA7A 2FVZA 3MVXA 2I0CA 2QS3A 5ET6A 2FNCA 2CEYA 4QFOA 3G3FA 1N04A 1Z7NE 1JW5A 1RDZA 1T0KA 3WAEA 4H45A 3H6UA 4GD5A 4U23A 5KDTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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