3MVYA

X-ray structure of the diatomic oxo-intermediate nika/1-int', prior hydroxylation
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvyA01
2Y84A 2XX8A 4F39A 3HHFA 1LAHE 5AA2D 5CM6A 1MG1A 4F1YA 4LATA 4JSOA 4BDMA 5BWJA 2R6GE 4NF8B 1VFEA 2P2AA 4Q8RA 1A40A 2XXWA 4I1DA 3CG1A 5A5XA 3PAMA 4L17A 4F1UA 2XXTA 5ITPA 3G3HA 3E3KA 3VLWA 2H4IA 3H6TA 4OEUA 3LR1A 2XXIA 3DP4A 2D21A 3H6WA 3VVDA 3N6TA 4EQ7A 4XKNA 2O7IA 4DCXA 3VXBA 1UTHA 4RY1A 2R9JA 3RGYA 4XKQA 3K6XA 1B4ZA 4R2FA 4ND9A 4MLVA 5JTYB 2M8CA 3UP9A 3UIFA 1BTJA 3K00A 2XXUA 3FVKA 4ZEFA 1TWYA 1Y1ZA 2Z8DA 3TTNA 3R7XA 2DWAA 1TFDA 4HCYA 3S2VA 1FQCA 5I2NA 1QUJA 4F18A 4OMBA 3D4GA 3N6UA 5H8NA 4YKJA 2DSFA 4U1ZA 3C9HA 5EYFA 2XD2A 1JQFA 1XVYA 4WEDA 5CBRA 2YPNA 4GF8A 1FTMA 1JETA 1N84A 5HPQA 3S9MC 4KFQA 3CR9A 1Y3NA 4GVOA 3EF7A 4JWOA 1ZU0A 1XVXA 3KEIA 5K2YA 3KOTA 1LAFE 3O6HA 3EQ1A 4IB2A 4GWOA 1B7UA 2PX1A 2QL3A 5H8FB 4H5FA 2DOJA 4Z0IA 5L8DA 3F11A 3E13X 3T66A 4IY5A 4IO4A 1NH8A 4LQ2A 4Q30B 1GGGA 3GXAA 2I0CA 3M3FA 2NXOA 4OERA 5CMKA 3UN6A 1NMUA 4G68A 5KZTA 3Q27A 1S9TA 5FHMA 1AIVA 4NF4A 5J1DA 3RY3A 1R6ZA 2HQ0A 4H6DA 4I8CA 3PU5A 5CRYA 1SI0A 1POTA 4E0WA 1FTLA 4GL8A 4OENA 3VDFA 5JK4A 2ZNTA 1OMPA 2OWTA 2IEEA 1FTKA 1MXVA 5A5XB 4LQ5A 4NF5A 4R75A 3T96B 3FXUA 5DVFA 2PMSA 1B0HA 5H8HB 1IUDA 3CRBA 2F7BA 1SW2A 3IOVA 1B46A 3D4CA 2NVUB 1B3EA 4OZ9A 1UTHB 3MP6A 1B40A 3ILUB 4XTCQ 4OVJA 5B7DA 2I48A 4R74A 1B7HA 1YPNA 2CMOA 1WODA 4RPNA 2YJPA 2HFBA 1IEJA 1LLSA 5F7VA 1LGBC 3S9NC 4NE4A 4XKRA 2Z8FA 1USYH 1FQBA 3MZ1A 4UA8A 1B1XA 3RYAA 1RYXA 4X1DA 3K4UA 4JDFA 4F3SA 1J1NA 4R6KA 3PUYE 3N94A 5H8NB 1S50A 4H67A 3OO6A 3K6WA 1MPDA 4IO3A 3PPOA 2OBGA 4LZ8A 1MQIA 2QS1A 5I58A 3DP8A 4G8NA 4C1UA 2Y7IA 2QRYA 3GLBA 3MVWA 1NKXA 3LSFB 1ZBMA 2ZYKA 3UORA 1AMFA 5DVIA 1SVXB 3K6VA 1OQHA 2ZYNA 1PBQA 1DTGA 3W15C 5F1QA 4KQPA 3FV1A 4PFUA 2PBWA 3VXCA 1JVYA 2F7AA 1YCJA 3SEUA 3RTFB 4ESXA 1QVSA 3FASA 3OOAA 3P7IA 3I3VA 4DLDA 2DWJA 4IGRA 4NF8A 4G68B 4OYVA 3DRJA 3QYTA 4ZEBA 2HZKA 4NF4B 1GR2A 1B5IA 3CSGA 2A5SA 2H9BA 2I6EA 5DYHA 2E1SA 3TAJA 4HW8A 2UYEA 1DPEA 4GIZA 3IB1A 2RC9A 5I59B 4ELQA 4TOZA 1LFGA 4MF3A 4F3GA 4DIGA 1QKBA 1OIBA 2AL5A 3TQLA 2RC7A 3TFLA 2RC8A 1FTOA 3OD7A 4LVQA 4NF5B 3USDA 4F3PA 1EZ9A 3LVUA 4U2RA 1MDP1 2O69A 3TELA 4AQ4A 3MJNA 1BKAA 3PD9A 4YU0A 4YICA 2RCBA 3TYHA 3QSLA 2ONKE 1JVXA 4AB5A 1Z7ME 4QSEA 2DYXA 4FORA 4IO6A 3DELB 5ISUA 3LUYA 3AXFA 3MUQA 1I6AA 4TQUQ 4IGTA 3LC8A 2B4MA 3SETA 2GRVA 4QHQA 3KG2A 4F2QA 2DXYA 2WOLA 2UVJA 4G2ZA 4DDDA 3B6WA 3KJTA 1URGA 1ZMGA 4OFLA 2P0SA 3FJMA 4BDRA 1LFHA 1MXYA 3KBRA 5HBCA 1R9QA 3E9XA 2FA7A 1N0TA 3FTOA 2I4CA 3CI8A 3FXRA 4RYAA 5I2KB 4GRKA 5I58B 4P0GA 4EQBA 2XXPA 1MXUA 2VP1A 1KWHA 4HCWA 3OO9A 4KCDA 3OELA 2LAOA 3RT6B 2D5WA 2B3FA 4OWDA 3EHSA 1M5FA 4GD5A 1MPBA 5DEXA 3M3LA 3IAZA 1H44A 2FYIA 2HAUA 2DS9A 4THIA 2GHBA 1B51A 5AA4A 4QFOA 1Y3QA 1M5CA 4LA9A 2DE4A 3RT8A 2RINA 1O63A 2PT2A 2I3WA 1FQFA 2QSXA 5KCJB 4F1VA 2G93A 4NMYA 5L9OA 5FTHA 3O97A 2ONSA 1I6BA 1SDXA 1URDA 4H5GA 3C4MA 4ISUA 1MQGA 4O3BA 3WAFA 3HV1A 3KOSA 4HS7A 3SEWA 3FIRA 5H8HA 5L9MA 1II5A 3T9VA 1T0KA 4EQ9A 5FHOA 1XS5A 4DXUA 3OEMA 3OSQA 1H43A 4KYSA 3MC2A 3CFZA 4WKMA 2B3BA 3Q26A 4XKPA 4U4SA 3CVGA 1P1QA 1QUKA 4FECA 4WXJA 3M3KA 2I4BA 3MW0A 4JSDA 1P1OA 2F6GA 3U93A 4O3CA 3PPRA 1XOCA 3HO7A 4F3BA 1WVJA 4ELOA 3H03A 2XXVA 3O28A 2X7QA 2IA4A 2I58A 4JWYA 1MQHA 2DXRA 3ILTB 1VE4A 2W7YA 4OFJA 1XT8A 4X48A 1A54A 1EZPA 1N04A 3EPEA 3U72A 3K02A 2XXRA 3TTLA 3TTRA 4GOTA 1P1NA 3RNNA 1AL3A 2GH9A 3DRHA 3GBAA 1IITA 1B3LA 5ICQA 1SYHA 1DTZA 3K01A 1MH3A 1FQEA 1BIYA 3LSWA 2ANJA 1B52A 3LSXA 4KYEA 4BDNA 5AA2A 4QRZA 1JW4A 4OTEA 1P1UA 1Y20A 1XHYA 2HEUA 1B7ZA 1MY3A 5DEXB 3QAXA 3SKPA 1D9VA 3TQWA 5KDTB 3PMWA 5AA4B 4NWDA 3G3FA 4LZ5A 1B3GA 3OSRA 2V84A 4C1TA 3QK6A 4R72A 4OQOA 4OESA 5LOMA 2QS2A 5I59A 2P1SA 3O6IA 4JBZA 1LBCA 3RN8A 4NWCA 2I49A 4Q0CA 3K1MA 4ZE8A 1CB6A 1Y4TA 3G3JA 4YKKA 1B3FA 4ZEDA 1OLAA 3KN8A 1A7LA 1QJMA 3U8QA 3Q28A 4LZ7A 1O64A 2ALUA 2QJEA 4IO2A 4GL0A 4KPTA 3H7MA 1PBPA 1HSLA 3W9VA 1B9JA 2Y7WA 1OLCA 2OZZA 3G7WA 3SEXA 2ZYMA 4Q5TA 3TKDA 2OLBA 1UIVA 1OVBA 3SESA 1B2HA 3FJGA 2BJJX 2QMXA 3FATA 1HSEA 1SBPA 1N3XA 4F29A 1UQWA 2Q2AA 1B5HA 3QIMA 3VLVA 4ZS9A 3V89B 5CMBA 5I56A 4LONB 2Y7RA 4P11A 3U92A 1PC3A 4R73A 1IXCA 1ELJA 2RF1A 3DM0A 5I57B 1B5JA 3TCHA 4F22A 4P0IA 4KYDA 3SERA 3FVOA 4DCYA 3B7DA 1B6HA 1FTJA 1TT1A 2VOZA 1QUIA 2OCUA 4ECFA 3OMBA 3LBSA 4YKIA 1RYOA 4GXSB 4AB6A 1MS7A 4NF6B 3PUWE 2DP8A 2V93A 3TTKA 3HHGA 2DWIA 2V3TA 3A3CA 2Q89A 5M2VA 2F97A 2R71A 2B4LA 2QMWA 5I2KA 1MH4A 3B6QA 3CHGA 3BBRA 3U1OA 3JYRA 4ZEKA 3FZVA 4YB6A 3RPWA 4POWA 3KSXA 3FUZA 2G29A 1B1HA 4YAHX 2XHDA 4KD5A 3IOUA 3MVYA 1ANFA 3RLFE 3WAEA 2UVGA 5I84A 2DQVA 4YZZA 1QKAA 2ZNSA 3ODBA 5CC2A 1JW1A 1VSOA 1P99A 4UACA 1MQDA 1EU8A 1LAXA 2PVUA 3BKIB 4EUOA 1VFDA 5AA2B 2AIXA 2B65A 2DVZA 4U1OA 4G8HA 3VVEA 2VD3A 4XXUA 4YB7A 1MXXA 5EHSA 5KCJA 2H5YA 2CZLA 3Q25A 4R6YA 2DE3A 3G3KA 2O1MA 4R6HA 1Q1KA 4RNSA 4EDPA 1D3KA 3KN7A 4KHZE 1A8EA 5CMMA 2F35A 3T9HB 2KLFA 4F2OA 4H1XA 4H65A 5HM4B 3CIJA 4RXLA 1FQDA 1LB9A 4RPOA 3E4RA 3VV5A 5TPAB 3T9XB 4I9DA 3IR1A 3CFLA 3OXNA 1IXGA 1IIWA 3FJ7A 3MAMA 2UVHA 5DTBA 3TCFA 4RK9A 3OO7A 1MXZA 1QULA 4KI0E 1M5EA 3TMGA 3HN0A 1PB8A 2OJTA 5ICTA 3IORA 3C35A 1AH5A 4ELPA 4U23A 5I56B 2ZXTA 1SW4A 4MBPA 5TU0A 2RCAA 3Q29A 2F78A 2F34A 1MM7A 4ELRA 4H8JA 3R26A 3ONMA 1R9LA 3EHUA 1XC1A 1A99A 2ZMBA 4PE5B 1B0LA 2QS4A 4QFKA 3DRIA 1IZ1A 3OO8A 1ZLQA 4Z7EA 5H8QB 1FCKA 1Z7NE 2HCAA 4IO7A 1DMBA 1NNKA 4JWXA 3PUVE 4TLLB 1H3DA 4R2BA 3IB2A 4ZEIA 2D3IA 3RQTA 3PPQA 4G4PA 3H6UA 1Y1MA 3SDFA 4K3FA 4DE8A 1IQ7A 4YMAA 3MZBA 5KDTA 1TXFA 2V3UA 1US5A 3RTWB 1D4NA 3VE1B 2ZNUA 1VR5A 4G68C 1MY4A 3PUXE 1ZKBA 2F7CA 1QW0A 2O1LA 4I62A 4ZECA 2I3VA 1SW5A 1MY1A 1NH7A 2QS3A 1SD3A 4DZ1A 4PETA 3N5LA 3FXQA 1OVTA 3IOTA 3U94A 1N7XA 2OWSA 3H4ZA 1SW1A 1IXHA 2DWHA 3K2DA 1NNPA 3O6GA 3TEPA 1FQAA 3V83A 5AE4A 3G3GA 3GZGA 2H99A 1O7TA 4QSCA 3MWBA 4EF2A 3QUFA 4NEDA 2REGA 1I6QA 2UXAA 3MVXA 1FW0A 1POY1 2ABHA 2A5TA 4FJPA 3THIA 5L9SA 4OETA 3DRKA 3IJXB 5I57A 2X7PA 1LAGE 2FNCA 2Q9TA 4NTLA 2E0SA 3TTMA 4N13A 3FVNA 3PGFA 2Z8EA 2OK2A 2VD2A 2DVCA 1DPPA 4YMBA 4QF9A 4ESWA 3KGCA 4NF6A 1PB7A 3HSTA 3TZAA 1HSJA 2Q2CA 3EN3A 2O6AA 5AA3A 4GXAA 4FATA 1MQJA 3S9LC 2F5XA 3FGSA 3JZJA 1UIUA 3T22A 3A3UA 3T9UA 4JB7A 3B6TA 4PFWA 3GBBA 1NNTA 3R6UA 3UK4A 2NOOA 4OEVA 4KCCA 4ZZAA 3FVGA 1NFTA 4H0WA 1P1WA 4RJZA 2H98A 4PQJA 1AOVA 5BUUA 3IL1B 1N76A 3PUZE 4POXA 2XXQA 3V5AA 5FHNA 3KFMA 1GV8A 3S9EA 2NWJA 4KR5A 4FEBA 4QFNA 3K1NA 4GQOA 4LUBA 2PYYA 4EXLA 3IOWA 3O6PA 1UTBA 1CE2A 3IB0A 1A55A 4H8IA 4F19A 3KJ7A 3ZSFA 3HCQA 5K2XA 3MQ9A 3O9PA 4R9GA 4RA1A 2V3QA 2O84X 4TLMB 1H45A 2REJA 1MDQA 3A09A 1LCTA 3EHTA 3FV2A 4DXCA 4PFTA 3HPIA 3C32A 5TPAA 5JEIA 1N3WA 3DRFA 3LSLA 3PPNA 1Y4CA 4IO5A 2X26A 1PB9A 3M8UA 4BDQA 3ZS6A 1M5DA 5EHMA 4OXVA 3C31A 1EZOA 4PP0A 3JV9A 5TP9A 2GHAA 4QFPA 2NUVA 3H3GA 3PPPA 2O7UA 3DP6A 1NL5A 2WKYA 1LSTA 4GFRA 1ZJLA 5IKBA 3I6VA 4U21A 5IAIA 1JNFA 3DRGA 3QUJA 2A5TB 3OENA 3SEYA 2Q88A 2WOKA 4N07A 3PD8A 1B3HA 2AL4A 3VVFA 2XX7A 2Q8JA 2GFEA 4LP2B 3BFUA 4WEPA 3FD3A 3UA8A 3ZKKA 3TDJA 4DXBA 1EH3A 4IY6A 3CG3A 3S4UA 4OHNA 2RKMA 4EF1A 1YTVA 3QXMA 3OEKA 3TUSA 1YAEA 5H8SA 3O29A 4M1VA 3V8XB 1I69A 3C36A 1BP5A 4JXIA 5H8QA 1SQYA 1N7WA 3KN3A 2ESNA 1B32A 2THIA 2VGQA 2HXWA 1M5BA 2XXXA 5I2NB 4X9TA 3IK6B 4MLQA 3MP1A 2HAVA 2Y7PA 4M4GA 2ZYOA 1PEBA 1D9YA 4ONYA 4FEDA 1B05A 1RKMA 2UYFA 1A8FA 2F6PA 3CFXA 2XD3A 1JEVA 4YKPA 2Z23A 2F36A 3N26A 1LCFA 1GVCA 4FAJA 1US4A 1UTBB 2XXHA 1URSA 4FE8A 1H76A 4FIMA 3C34A 1Q35A 1R1NA 2O51A 2ONRA 4F31B 4HTGA 4ZZEA 4N6PA 3MP8A 2AYSA 2YLNA 1MPCA 2Y7KA 3PV0E 4G77A 4GLIA 1JW5A 3KSJA 5FTIA 1Y3PA 2XXYA 3H6VA 1MY2A 1SYIA 2V25A 2HZLA 3IO4A 3I5OA 4ZE9A 3DLNA 1MM6A 1DSNA 1IXIA 5DVJA 3PMXA 3W9WA 3MPKA 3K6UA 2QPQA 4QFLA 1MY0A 5AA1A 2I0BA 1NNFA 3K0VA 3MPLA 5TP9B 2UVIA 4QSDA 3IO6A 5CI5A 3MVZA 5JTYA 4MFIA 1L5TA 1ATGA 3VFJA 1USYE 3L6GA 1PDAA 1OQGA 1JEUA 5ITOA 4PFYA 4YB5A 3TODA 3IJOB 1BLFA 4C0RA 3TCGA 1LB8A 5ELVA 3IX1A 4BDOA 1GTKA 2F8DA 2Z22A 1WDNA 5CMCA 1DOTA 1SI1A 2PT1A 2XX9A 3O2AA 3MZ9A 3H06B 1LFIA 4OFOA 4U22A 1F9BA 3ZKLA 3VLUA 3CSBA 1TFAA 3ECRA 3SEVA 1ZIUA 4E0XA 4U4XA 4G8MA 4X1BA 1LBBA 2DE2A 3TPAA 3G3IA 3RYBA 4BLAA 4XIGQ 1ZTYA 1S7YA 3BFTA 3C33A 5DT6A 3RUMA 1B58A 1Y9UA 4O3AA 5CBSA 4BDLA 2O68A 5H8FA 4ZDMA 5B70A 1MXWA 3KZGA 3T93B 2H25A 4R9FA 4EXKA 3K1PA 3MBPA 4RK2A 2WOPA 3O66A 3UGWA 4MH5A 1MRPA 3L6HA 2VHAA 1B4HA 3PMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y84A 2XX8A 4F39A 3HHFA 4NHBA 1G0HA 1LAHE 5AA2D 5CM6A 1MG1A 4F1YA 4LATA 4JSOA 4MJOA 4BDMA 5BWJA 2R6GE 4NF8B 1VFEA 2P2AA 4Q8RA 1A40A 2XXWA 5EYHA 4I1DA 3CG1A 5A5XA 2P3NA 3PAMA 4L17A 4F1UA 2XXTA 3B50A 5ITPA 3G3HA 3E3KA 3VLWA 2H4IA 3H6TA 4OEUA 3LR1A 2XXIA 3DP4A 2D21A 2Y5LA 3H6WA 3VVDA 3N6TA 4EQ7A 4XKNA 2O7IA 4DCXA 3VXBA 1UTHA 4RY1A 2R9JA 3RGYA 4XKQA 3K6XA 4OVSA 1B4ZA 4R2FA 4ND9A 2FBPA 4MLVA 5JTYB 2M8CA 3UP9A 3UIFA 1BTJA 3K00A 2XXUA 3FVKA 1JP4A 4ZEFA 1NUZA 2Y5KA 1TWYA 1Y1ZA 2Z8DA 3TTNA 3R7XA 2DWAA 1TFDA 4HCYA 3S2VA 1FQCA 5I2NA 1QUJA 4F18A 4OMBA 3D4GA 3N6UA 5H8NA 4YKJA 2DSFA 4U1ZA 3C9HA 5EYFA 2XD2A 1JQFA 1XVYA 2WYKA 4WEDA 5CBRA 2YPNA 4GF8A 1FTMA 1JETA 1N84A 5HPQA 4XFEA 3S9MC 4KFQA 3CR9A 1Y3NA 4GVOA 3EF7A 4PFRA 5LDZA 3MSTA 5IZ3A 4JWOA 5ET8A 1ZU0A 1XVXA 3KEIA 5K2YA 4MNCA 3KOTA 1LAFE 3O6HA 3EQ1A 2PFYA 4IB2A 4GWOA 3RPLA 1B7UA 2PX1A 2QL3A 5H8FB 4H5FA 2DOJA 4Z0IA 5L8DA 3F11A 3E13X 3T66A 4IY5A 4IO4A 1NH8A 4LQ2A 4Q30B 1GGGA 4P9KA 3GXAA 2I0CA 3M3FA 4PCDA 2NXOA 4OERA 1RDXA 5CMKA 3UN6A 1NMUA 4G68A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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