3MVYA

X-ray structure of the diatomic oxo-intermediate nika/1-int', prior hydroxylation
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvyA01
3PPPA 1SVXB 2O84X 4EQ7A 2PT1A 3UGWA 2GHAA 2I3WA 1B3GA 1LGBC 1IXGA 5JTYA 1DMBA 3KOSA 1P1NA 4HTGA 4R6KA 3G3FA 3A3UA 3PPNA 1DPEA 5I2NA 4DXBA 3C33A 3PUYE 4G4PA 3FIRA 1GV8A 3HN0A 4ZEDA 2F36A 3OOAA 4IB2A 1AIVA 2X26A 1GTKA 4ZECA 2RF1A 3WAFA 3I3VA 3VXBA 3TTKA 1OMPA 4NF4B 1XT8A 2F8DA 4F3BA 3C35A 3DM0A 1L5TA 1NFTA 3A09A 2FA7A 1MQGA 1UTHA 3IOUA 1TFDA 4QFOA 4XXUA 4DE8A 3RTFB 2O7UA 4NF8A 5DVIA 2YJPA 4LA9A 1NKXA 4GXAA 4YICA 4U23A 3OSQA 3ILTB 5I57B 1XHYA 1M5EA 4OESA 3C34A 2ANJA 1MY3A 3OMBA 1QKAA 3MPKA 4E0XA 4ELOA 1NH8A 2I4BA 2ALUA 1N76A 2XXHA 4H8IA 2H99A 3H03A 2ZYOA 2QL3A 2V3UA 4DIGA 4R72A 2DE4A 2CZLA 4IY6A 2XXIA 2QRYA 1M5BA 1PC3A 2RCAA 3TQLA 2O51A 4OFOA 3B6WA 1R1NA 5H8FB 4FAJA 1TFAA 1Y20A 1JW5A 1N04A 4POWA 4BDQA 5H8HA 4G68A 2HAVA 1A8FA 5CMMA 4TLLB 1F9BA 3DRKA 2RC7A 4XKNA 2RC9A 3TPAA 4BDMA 2OLBA 3KBRA 1Z7NE 3S9NC 4Z7EA 4TQUQ 1ELJA 1Y4TA 5DVFA 3DRIA 4OWDA 3QXMA 5M2VA 3OEMA 4FJPA 2QS4A 3W9WA 1P1WA 3CFXA 4LQ2A 4N13A 1I69A 4HCYA 4HS7A 2KLFA 1I6AA 2QMXA 3LR1A 3QAXA 3T93B 2RINA 2UYEA 4F1YA 2A5TA 3LSWA 3G7WA 3MVWA 3UORA 3FXUA 1O63A 3TTRA 5I56B 4PFWA 2PT2A 1B6HA 1TWYA 3SERA 4HW8A 1JNFA 1HSEA 3K6WA 2NUVA 1UTBB 5AE4A 4YKIA 1ZKBA 1MXVA 2YPNA 3C36A 4UACA 1A99A 3ZKLA 2W7YA 1H45A 4H1XA 3HHGA 1ZIUA 1SI0A 4R9GA 3G3HA 2XXTA 3T9UA 1P1UA 2Y7RA 3DRFA 2XXPA 1VSOA 4R75A 4LVQA 1B32A 2VD3A 2VOZA 4GQOA 3JZJA 2NVUB 1B3HA 4QSDA 3H4ZA 3DP6A 3MZ9A 2F97A 3MP1A 3QYTA 5DEXA 4I8CA 4G77A 1QJMA 3SDFA 3G3KA 1H44A 4R74A 4KQPA 3KN7A 4YAHX 3IORA 4RJZA 4JSDA 1PB9A 4NE4A 5BUUA 1H76A 3H06B 4JWOA 4JBZA 1UQWA 5KCJA 3S9MC 4AQ4A 5H8NB 1BLFA 1SW1A 3O6HA 1B4ZA 1A8EA 3VE1B 1NNFA 3TODA 5I58B 5A5XA 3Q28A 4P0IA 3VDFA 2UVJA 1M5FA 1FTMA 4KPTA 3GXAA 3TEPA 2BJJX 3TUSA 2F5XA 2I49A 4IO4A 3HPIA 3PV0E 2I48A 1B2HA 1MG1A 1S50A 4X1BA 5B70A 5F1QA 3T9HB 4KYEA 2M8CA 1D9YA 1II5A 1Y4CA 1NL5A 1VE4A 5FTIA 3FTOA 1MM7A 1B3LA 3S9EA 3K6VA 3SKPA 3CSGA 5I2KB 2OCUA 3QUJA 3QUFA 1LSTA 4LZ5A 4RPOA 2QMWA 3RN8A 2ONKE 2OK2A 1LFIA 1SQYA 2V3QA 1GVCA 4R6HA 3I6VA 1UIUA 5HM4B 3GBAA 4F2QA 4ZE9A 2P1SA 2R6GE 2RCBA 3DRGA 4JWYA 1MXZA 1T0KA 4EF2A 1FQAA 3EHSA 3RLFE 2DP8A 1LCFA 3RPWA 4F18A 2DWAA 2HAUA 2FNCA 1Y1MA 4OZ9A 3S9LC 4OXVA 1A55A 2B3FA 3R7XA 5K2YA 1LAGE 3CHGA 1OLCA 4I62A 4PETA 1B0LA 3CVGA 1MQDA 3K0VA 4F3SA 3O97A 1Y3QA 2QS3A 1BTJA 1EZPA 4NF5A 4ND9A 5IKBA 1SW5A 4EXLA 2PX1A 1YTVA 3RT6B 3CI8A 3C9HA 2DXYA 1A54A 3B6TA 4LONB 4DLDA 3O66A 3PMVA 1FQDA 5L8DA 2Z22A 4WXJA 3MVXA 1MH4A 2NXOA 3MWBA 2YLNA 1JEUA 3RTWB 2XD3A 2H25A 2ESNA 4F19A 4H65A 1R9QA 1AMFA 3ZKKA 2O6AA 1ZJLA 4G8NA 1SD3A 5HBCA 2V93A 3E4RA 2ABHA 2WOKA 2CMOA 4R9FA 1B9JA 5CI5A 4F1UA 3UA8A 4FIMA 3G3GA 1B5HA 1Z7ME 4IGRA 1Y3PA 4BDNA 3IOWA 2XX8A 5KDTB 1PEBA 4TLMB 1XOCA 2XXWA 1B7ZA 1NNPA 4JB7A 1XC1A 3PMXA 2Y7IA 3MZBA 3M3FA 1MY2A 2XHDA 3EF7A 1LB9A 2DSFA 3LBSA 2V25A 1SYIA 1FTOA 4OQOA 3FD3A 4M4GA 3TTNA 3PUZE 1CE2A 4NWCA 4R73A 2H4IA 1EZOA 1OIBA 1LFHA 1IXHA 2R9JA 5TPAB 4GWOA 2O1MA 4G8HA 2DWIA 3FV1A 4QSEA 3KJTA 2PVUA 3SEYA 2HZKA 1Y1ZA 2DS9A 3R6UA 3Q29A 1CB6A 5CM6A 5I59A 2O68A 2ZMBA 3KSXA 2RC8A 4F1VA 1N3XA 4OETA 2VP1A 2REGA 3SEWA 5CRYA 3KG2A 2NOOA 2ONSA 5ITPA 1YAEA 3VLVA 3N26A 3H6WA 5AA1A 3PPQA 3FJMA 5ISUA 3HO7A 2QS2A 5JTYB 3WAEA 1MXXA 3TAJA 3TELA 5K2XA 3FVNA 5I2NB 1DSNA 4QHQA 4XKRA 3N5LA 1EH3A 3MP6A 2IA4A 1Y3NA 3IAZA 3L6GA 1LBCA 4NF6A 2O1LA 3FGSA 4I1DA 3TTLA 2GRVA 4OENA 3BKIB 3UK4A 3U1OA 1BIYA 1H3DA 1MPDA 1ANFA 3FV2A 3UIFA 2VD2A 2PBWA 4MLQA 5B7DA 3GBBA 2DE3A 2UVHA 2ZYNA 1PB7A 1LAHE 4U21A 4C1TA 1P1QA 1UTHB 5AA2B 2Q2AA 2Q89A 3TZAA 4BDOA 4FEDA 4NF8B 1UTBA 5ICTA 3K1NA 2B65A 4IO5A 3PD9A 2FYIA 2Z8DA 4BLAA 1MDQA 1RYOA 1FQFA 1WODA 4Z0IA 2NWJA 4ESXA 2LAOA 4FEBA 5CBRA 3O6GA 5EHMA 1B7UA 3QSLA 3LC8A 2AYSA 4F22A 4OTEA 1N0TA 3IOTA 5TP9A 4YU0A 1D4NA 2E0SA 2OWTA 1I6QA 4TOZA 5FHMA 1QULA 1LFGA 4IY5A 2H98A 4F3GA 2A5SA 3MVZA 2Q2CA 1MXYA 4ECFA 5TU0A 4RPNA 5HPQA 3O29A 1N7WA 5ICQA 5H8HB 2OWSA 4G68B 2I58A 1JW1A 4PE5B 2F6PA 2QPQA 1S7YA 4RXLA 3S4UA 1J1NA 4KYDA 3CRBA 3FXQA 4YKPA 3KFMA 1OQHA 3HSTA 4ELPA 3K02A 1SDXA 2QJEA 2ONRA 3RYBA 1MDP1 4YB5A 1RKMA 2XD2A 4OYVA 1SI1A 1LLSA 3V5AA 4DDDA 1GR2A 5AA2D 3U72A 5ELVA 4YB7A 5H8QA 2HFBA 1QKBA 4Q8RA 3O6IA 2ZXTA 1R9LA 3MPLA 2F7AA 4ELRA 1IZ1A 2UYFA 4WKMA 5FHNA 4R6YA 3TCGA 4IO3A 1UIVA 3FVOA 4XTCQ 2OBGA 2A5TB 3O28A 1USYH 5L9MA 1O64A 4X9TA 1EZ9A 3FUZA 2X7QA 1JVYA 4ONYA 4LZ7A 3AXFA 2F34A 3A3CA 5L9SA 2O69A 3IO6A 3PGFA 3KJ7A 5CMCA 3V89B 1FQCA 1ZMGA 3O6PA 3TCFA 1BP5A 1JW4A 4AB6A 2I0CA 3LUYA 3H7MA 3O2AA 3G3JA 3OXNA 3IX1A 4IO7A 4DZ1A 2H5YA 4LP2B 4F2OA 5H8SA 1ATGA 2ZYKA 3THIA 3TTMA 2F7BA 5L9OA 2WKYA 5DEXB 3KEIA 1I6BA 1FW0A 4GVOA 3PAMA 4G68C 3RUMA 4MH5A 3MZ1A 2VGQA 3CFLA 3VVDA 3B6QA 1MPCA 2XXVA 2H9BA 2Q88A 1D9VA 2DE2A 3OO8A 3EHUA 3K2DA 2HXWA 5KCJB 3DP8A 1DTZA 4RYAA 1LB8A 2IEEA 3E9XA 1IUDA 4EDPA 4ZDMA 5JEIA 2WOLA 1SW4A 3T9VA 5A5XB 3LVUA 3ILUB 1QW0A 4KD5A 2I4CA 3TMGA 2HZLA 2I6EA 4NEDA 4M1VA 2XXYA 3PUWE 3KZGA 3CG1A 2AL4A 1B58A 2Y84A 4LQ5A 3VLWA 1A7LA 1QVSA 1RYXA 5I84A 1URSA 3F11A 4X48A 2Z8FA 3T22A 1Y9UA 3H6TA 4KHZE 4H8JA 2VHAA 4YMBA 1B51A 4L17A 1M5CA 4GL8A 4WEDA 3ZSFA 2XXUA 4ISUA 5FTHA 1B1HA 4GFRA 2DYXA 3RT8A 2UVGA 4PFUA 3FATA 3OO7A 1HSJA 2Y7WA 2PMSA 3QIMA 4RY1A 3MP8A 3Q25A 3M3LA 1B3EA 3VVEA 1LAXA 2AL5A 1DPPA 4U1OA 5AA4B 3FVGA 1QUIA 2OJTA 2UVIA 3U92A 1OQGA 5FHOA 2P0SA 4NF4A 4GIZA 2QSXA 3MUQA 4IGTA 3IJXB 4U4SA 1GGGA 4LATA 2XX7A 4OMBA 3OO9A 1ZLQA 4Q5TA 1AH5A 1P99A 3VXCA 3U8QA 4X1DA 1A40A 3V83A 2PYYA 1DOTA 4H67A 5I57A 2B4LA 1FTLA 2ZNUA 4OFLA 3UP9A 4FATA 2Z23A 2DQVA 2D5WA 4NF5B 1MY0A 3ONMA 4MF3A 1O7TA 4GXSB 1B46A 4HCWA 5ITOA 3PMWA 4O3CA 3M3KA 3Q26A 3MJNA 3S2VA 3M8UA 5CC2A 2R71A 4H5GA 4RA1A 4QFNA 3IOVA 4OFJA 3RYAA 3BFUA 4K3FA 3G3IA 4KI0E 1MS7A 1PBPA 5IAIA 4GRKA 4ZEFA 1IIWA 5F7VA 3RGYA 2O7IA 2THIA 1IEJA 3JV9A 5H8FA 1IXIA 4WEPA 1MXUA 3KN8A 1PBQA 1B5JA 4OERA 4XKQA 4MFIA 3E3KA 4LUBA 3DP4A 1JETA 3OSRA 4ZEKA 4ELQA 3PU5A 5AA2A 2V84A 3VFJA 1ZU0A 4JSOA 5LOMA 5JK4A 3C31A 5DYHA 3SEVA 3E13X 4JWXA 3MVYA 3FJ7A 3T96B 4QRZA 4IO6A 4N07A 1BKAA 1VR5A 3VVFA 1URDA 3MQ9A 1R6ZA 3KN3A 1Q35A 4NMYA 3TYHA 3EQ1A 3BFTA 1FQBA 3N94A 3KSJA 4YMAA 4RNSA 4JXIA 1FTJA 4AB5A 3P7IA 4U22A 3K01A 4ZE8A 3K1PA 4ESWA 4R2FA 1FCKA 2D3IA 5EHSA 3OEKA 3D4GA 3VLUA 5I56A 4YKKA 4QSCA 3U93A 5DT6A 3TCHA 1D3KA 2Y7PA 3IK6B 4C0RA 3Q27A 1USYE 1OVBA 2GHBA 5I59B 1M5DA 4PP0A 3FVKA 4F3PA 4FE8A 4ZS9A 3KOTA 1MH3A 4R2BA 4P11A 1WVJA 3JYRA 1PB8A 2DVCA 3IB0A 3UN6A 4MBPA 2XXQA 2REJA 1MQJA 4G8MA 2XX9A 3HCQA 4F29A 2HQ0A 1MQIA 3SEXA 3H6VA 3EPEA 3PPRA 3W15C 1MY1A 5EYFA 3FASA 3H6UA 3K6XA 2DWHA 3BBRA 2OZZA 4OHNA 2B3BA 4NF6B 4H5FA 2V3TA 3C4MA 3DRJA 1JVXA 4BDLA 4G2ZA 4U4XA 3FJGA 4JDFA 1LBBA 3EHTA 4XIGQ 1SBPA 5H8NA 4LZ8A 2RKMA 4YB6A 3IR1A 4F31B 4THIA 1SYHA 4ZZAA 4KFQA 3TKDA 3KGCA 2F78A 5I58A 1ZTYA 3O9PA 4F39A 4QFPA 4GOTA 4DXUA 3N6TA 2AIXA 2DWJA 4GF8A 4DXCA 1B1XA 2Z8EA 1JEVA 1OLAA 4PQJA 3D4CA 4U2RA 3LSFB 1XVYA 2DOJA 3DLNA 2F35A 3OO6A 2DVZA 1IQ7A 2GH9A 4QF9A 4DCXA 1Q1KA 3K6UA 5TP9B 1MQHA 1B0HA 4O3BA 3V8XB 1EU8A 3IO4A 3CIJA 1SW2A 3OD7A 4H0WA 1NNTA 2F6GA 3PPOA 2B4MA 5I2KA 1NMUA 2WOPA 1N7XA 5KZTA 5CBSA 2F7CA 1HSLA 2Y7KA 1MY4A 1TT1A 5J1DA 3PUVE 2ZNTA 2Q9TA 3CG3A 3RNNA 2D21A 1FQEA 1P1OA 5CMKA 2X7PA 3ECRA 3T9XB 5DTBA 4RK9A 1TXFA 4EXKA 4GL0A 3VV5A 3MW0A 1POTA 2UXAA 3QK6A 3I5OA 2XXRA 3USDA 3CR9A 3RQTA 4NTLA 3ODBA 4MLVA 5H8QB 4NWDA 4N6PA 4DCYA 4PFTA 4QFLA 3MBPA 3IJOB 4KCCA 4YKJA 4UA8A 4RK2A 2XXXA 4XKPA 1AOVA 3K1MA 3TDJA 4FORA 3IB1A 4FECA 3DELB 2HCAA 2ZNSA 3C32A 3SETA 3GZGA 2E1SA 1DTGA 1US4A 1URGA 1B40A 3OENA 2G93A 4EQ9A 4ZEBA 1S9TA 4GD5A 3CSBA 4POXA 3IL1B 3PUXE 1VFDA 3ZS6A 4IO2A 4ZZEA 1B4HA 3OELA 5AA4A 1B7HA 3IB2A 1IXCA 4E0WA 3EN3A 3GLBA 4KCDA 1B05A 1B3FA 4C1UA 2GFEA 3LSLA 1QUKA 3RY3A 1QUJA 3N6UA 1KWHA 3LSXA 5KDTA 4O3AA 3T66A 4U1ZA 2P2AA 2I0BA 4OEUA 2ZYMA 1JQFA 4EUOA 4H6DA 5BWJA 3FZVA 4KR5A 2DXRA 2QS1A 1US5A 1WDNA 1XS5A 3MC2A 5DVJA 4ZEIA 1POY1 1VFEA 3K00A 4EQBA 1N84A 4QFKA 3DRHA 3HV1A 1NH7A 1B52A 5TPAA 4I9DA 1MRPA 1OVTA 4BDRA 1AL3A 3R26A 3HHFA 1LCTA 4KYSA 3MAMA 3CFZA 1LAFE 4Q0CA 4GLIA 3TFLA 3SEUA 4P0GA 1N3WA 3U94A 1FTKA 1XVXA 1MXWA 1B5IA 1PDAA 3H3GA 3FXRA 4YZZA 1IITA 1NNKA 1MPBA 4OVJA 3B7DA 1MM6A 4EF1A 1ZBMA 2G29A 1YCJA 3SESA 4Q30B 4PFYA 5CMBA 2I3VA 3K4UA 3L6HA 5AA3A 4OEVA 2HEUA 1YPNA 3TQWA 3W9VA 2Q8JA 3PD8A 1H43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PPPA 1SVXB 2O84X 4EQ7A 2PT1A 3UGWA 5ET6A 5I5PA 1FBEA 2GHAA 2I3WA 1B3GA 1LGBC 1IXGA 5JTYA 1DMBA 3KOSA 1P1NA 4HTGA 4R6KA 3G3FA 3A3UA 3PPNA 1DPEA 5I2NA 4DXBA 3C33A 3PUYE 4G4PA 2CEXA 3FIRA 4PCDA 1GV8A 3HN0A 4ZEDA 4PAKA 1IMAA 2F36A 3OOAA 4IB2A 1AIVA 5IZ3A 2X26A 1GTKA 4ZECA 5ET7A 1NV1A 2RF1A 3WAFA 3I3VA 3VXBA 3TTKA 1OMPA 2CZKA 4NF4B 1XT8A 2F8DA 4F3BA 3C35A 3DM0A 1L5TA 1NFTA 3A09A 2FA7A 1MQGA 1UTHA 3IOUA 1TFDA 4QFOA 4XXUA 4DE8A 4H46A 1G0HA 3QMFA 3RTFB 2O7UA 4NF8A 5DVIA 2YJPA 4LA9A 1NKXA 1FPBA 4GXAA 4YICA 4U23A 3OSQA 3ILTB 5I57B 1XHYA 1M5EA 4OESA 3C34A 4O7MA 2ANJA 1MY3A 3OMBA 1QKAA 4IR8A 3MPKA 4E0XA 4ELOA 1NH8A 2I4BA 2ALUA 1N76A 2XXHA 4H8IA 2Y5LA 4GWYA 2H99A 2FVZA 2FHYA 3H03A 2KQZA 2ZYOA 2QL3A 2V3UA 4DIGA 4R72A 1FBPA 2DE4A 2CZLA 4N81A 4IY6A 2XXIA 2OX3A 3MYUA 2P3NA 2QRYA 4GWXA 4N91A 1M5BA 1PC3A 4P1LA 2RCAA 3TQLA 4PF8A 2O51A 4OFOA 3B6WA 1R1NA 5H8FB 4FAJA 1TFAA 1Y20A 1JW5A 1N04A 4POWA 4BDQA 5H8HA 4G68A 4PC9A 2HAVA 1A8FA 5CMMA 4TLLB 1K9YA 1F9BA 3DRKA 2RC7A 4XKNA 2RC9A 3TPAA 4BDMA 2OLBA 3KBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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