3MVYA

X-ray structure of the diatomic oxo-intermediate nika/1-int', prior hydroxylation
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvyA01
1B4ZA 1SW5A 2XXUA 3B6QA 4OVJA 4NTLA 2F8DA 4H6DA 5ELVA 1QUJA 1JEUA 4AQ4A 5CMBA 4F22A 4ZE8A 2UYFA 5BUUA 2ZNUA 3QIMA 1HSLA 1Y4CA 3HHGA 3SERA 3T9VA 1GV8A 4K3FA 5DEXA 5JK4A 4GOTA 4G68A 2DSFA 3Q29A 1B0LA 1LCFA 2PT1A 4F2QA 3CSBA 3TCFA 1QULA 2RCAA 1H3DA 1LBCA 4G68C 1JETA 3IORA 4G8MA 3IB1A 4JB7A 4NF8B 4OTEA 3TAJA 4MF3A 3M3KA 3U93A 4C1TA 3SEVA 3QXMA 1MM7A 3IO6A 4U2RA 4F1YA 5H8FA 4BDQA 2Z8DA 4ELPA 1LCTA 4KPTA 3UN6A 5CC2A 2HQ0A 3TUSA 3ILUB 4FEBA 2DVZA 1ZBMA 3GXAA 3UP9A 2CMOA 2P0SA 2OWSA 4NF8A 1MQJA 4F3SA 1OIBA 2B4LA 4KYSA 1MDQA 3DP6A 4IO4A 4R2BA 3FV2A 1B6HA 4DE8A 3L6GA 4F1UA 2A5TA 4NF4B 2XXHA 4ZECA 3C35A 4MH5A 4WXJA 4ELOA 5KDTA 4U23A 3N94A 4G77A 4Q30B 5A5XA 5I59B 1MDP1 3Q27A 2DXYA 2VD2A 3Q26A 1UIVA 1POTA 1FCKA 1LAFE 2Y7RA 1QKBA 1SW1A 4JDFA 3N6UA 5L9MA 4DCYA 4GD5A 1LGBC 2RF1A 3MZ1A 4LP2B 4NF6B 4RJZA 4U22A 3R7XA 3DP4A 4BDRA 4GFRA 3G3IA 3IX1A 1B5JA 3O28A 3UGWA 4R6HA 1BIYA 4HS7A 2P2AA 3O66A 4FIMA 3SEWA 1O64A 2ZNSA 4TLLB 1EH3A 3ZKKA 2QJEA 3PU5A 3T9XB 3KG2A 3T93B 1Q35A 3USDA 4OYVA 4POWA 5CI5A 5ICTA 4LATA 4U21A 1N7XA 2QPQA 5I56B 1OLAA 3JYRA 4H8IA 4N6PA 4NF6A 3PUXE 4NMYA 3PD8A 3MVZA 3T9HB 3K6WA 1AMFA 4IY6A 3FVKA 4YMAA 2XD3A 3PPOA 3G3GA 3RY3A 3BFUA 2DWIA 5JEIA 3KN8A 2Q2CA 1UTBB 5HM4B 4U4SA 3PMVA 4ELRA 3ONMA 1BP5A 1SYIA 5J1DA 5H8NB 3KZGA 1I6BA 1WODA 2P1SA 3FV1A 2X7QA 3TKDA 4OQOA 3K1PA 4KYDA 2HFBA 2ZYNA 3PD9A 2PX1A 5AA4A 1XS5A 1MXYA 1SI1A 2Q8JA 1MY3A 3DRJA 1YTVA 1DMBA 3IL1B 5KDTB 3IB2A 3MVYA 5CRYA 4GQOA 3HO7A 4I9DA 5CMMA 1PB9A 2OBGA 5DTBA 3D4GA 2NWJA 2O1MA 1I6AA 1SBPA 2ZXTA 3LSXA 2XD2A 4H5GA 4KYEA 4I8CA 4F31B 3MQ9A 3KOSA 2PT2A 4F1VA 5AA3A 2XX8A 2QS1A 4IO3A 3RT6B 3CVGA 1ZKBA 3GZGA 2I0BA 5CMCA 3VXBA 3K1MA 5I57A 4Q0CA 5DVIA 2WOLA 3OO9A 4EQ9A 5H8SA 3T66A 2GHBA 4U1OA 4R73A 2I3WA 3W15C 3K00A 4NWDA 4E0WA 2QRYA 3TODA 3IJOB 1VE4A 3TQLA 1I69A 4HCWA 1O63A 1A8FA 1B3FA 2OCUA 1XOCA 1MXZA 5TPAA 1DOTA 1WDNA 4QFOA 1IZ1A 2AYSA 5LOMA 2O51A 3O6IA 4QFPA 1Z7NE 4POXA 5TPAB 3SESA 3U94A 3EHUA 3OMBA 3C33A 5HBCA 3SEUA 3VFJA 1M5EA 3C36A 4OZ9A 3S9MC 5AA1A 2UVHA 4YZZA 4N13A 1B32A 3VVEA 3MP1A 4EUOA 4YKPA 4JSOA 3KBRA 2QS4A 2DE4A 4PFTA 2RKMA 1USYH 2I4CA 1RYOA 2IEEA 4I62A 2XHDA 4KD5A 4YB6A 4YKJA 2R6GE 1PBQA 3FXRA 5ISUA 4PE5B 3ZKLA 1H44A 1MQGA 3H06B 3EF7A 1PB8A 2XX9A 2QL3A 3MP6A 4UA8A 4NEDA 4X1DA 3K01A 3OO7A 3RTFB 2GRVA 1JVXA 1KWHA 2XXQA 1SDXA 1MQDA 1NNPA 1AL3A 2ZMBA 3H6TA 4GL8A 1NFTA 4DLDA 2XXWA 2DVCA 2HEUA 4LA9A 4RY1A 3TYHA 2ESNA 2R71A 1B7ZA 2UXAA 4PETA 1MXUA 1PB7A 4OFOA 2GH9A 5H8NA 4ONYA 1B5IA 1CB6A 1M5FA 1NH8A 3B6WA 1B51A 3KN3A 3PV0E 1O7TA 2DE2A 4ZS9A 3E3KA 1MXVA 3A3UA 4YB5A 3M8UA 4R9FA 1B3EA 1D3KA 1P1NA 1SW2A 1RYXA 4KQPA 1CE2A 1SD3A 1HSJA 3WAFA 3IOVA 2FYIA 4IO2A 5AA2D 4M4GA 3ZSFA 3UK4A 2PBWA 3N26A 1MH3A 3RN8A 1Y3QA 3KSXA 4KR5A 3K2DA 3DRFA 2ONSA 1B1HA 1WVJA 3UORA 3RPWA 3QK6A 3U8QA 1R1NA 2V25A 2W7YA 3EPEA 4WEDA 4OESA 1IQ7A 2UYEA 3FUZA 2XXRA 5B70A 1NKXA 4Z0IA 1B1XA 1FW0A 1NNFA 3HN0A 3KOTA 4ZEKA 1MY0A 3K6VA 1FTJA 2HZLA 3C9HA 3HSTA 3QAXA 5EYFA 5FHOA 5JTYB 1GVCA 2YPNA 3C34A 2E0SA 5I2KB 5L8DA 1ZTYA 3T9UA 5L9OA 3PAMA 1JVYA 2B3FA 5F7VA 5TP9B 3MPLA 4PFYA 2VP1A 3H6UA 1IXIA 1NNKA 5DYHA 4I1DA 5A5XB 4DIGA 1B58A 4G2ZA 3O6PA 4PFWA 1B7HA 4QFKA 2B65A 3PPPA 3SDFA 5IAIA 3EHSA 4KI0E 3SETA 3SKPA 2F7BA 5L9SA 2A5SA 5I2KA 4FEDA 1YCJA 5EHMA 4QSDA 2Z23A 2AIXA 3HPIA 5IKBA 3TTNA 2PYYA 3GBBA 3P7IA 3E4RA 4C0RA 1UTBA 3U1OA 5JTYA 3S9NC 2DS9A 1FQBA 3S2VA 1HSEA 1IEJA 4XKRA 3HHFA 3FD3A 3PPQA 1QKAA 1ZLQA 3RLFE 2YLNA 5DEXB 3TPAA 3A09A 4ISUA 4JWYA 4LVQA 5AA2B 3G7WA 3FJ7A 4H0WA 2Y7KA 1TXFA 1P1WA 4YAHX 3CIJA 4JBZA 3LBSA 5CM6A 1Z7ME 3U72A 1NH7A 4U4XA 4UACA 4DXCA 2BJJX 3K4UA 2RCBA 4NWCA 4G8HA 2REJA 3IOUA 3DRIA 4HW8A 4ZZAA 4KCDA 1XC1A 3H6WA 3PMWA 3MVXA 1R6ZA 3D4CA 3PUYE 4IGTA 3O6HA 4PQJA 5AE4A 4ZEFA 3VDFA 2A5TB 4IY5A 4NF4A 1P1OA 1N3WA 4ESWA 3OO6A 5DVFA 3S4UA 3BKIB 4F19A 3BFTA 2O7IA 4RK2A 1LB9A 3VLWA 2H99A 4OXVA 3KN7A 1N3XA 1SQYA 2REGA 3MVWA 4GIZA 4X9TA 1VR5A 1LB8A 3VVFA 4ZEBA 1MM6A 2ANJA 1Y1MA 3K1NA 3LSWA 4FECA 2WOPA 4YKKA 4C1UA 1B2HA 2I58A 3V83A 2OK2A 3H6VA 3N6TA 4QRZA 1SI0A 5KCJB 4ELQA 3B6TA 3FTOA 4NF5A 3CSGA 1MXWA 3DM0A 5DVJA 3C31A 3PPRA 3PPNA 1A7LA 3QUJA 3LVUA 4JSDA 1LLSA 3HCQA 3RQTA 1D4NA 3IR1A 3MAMA 1B9JA 3EHTA 4MLQA 5K2YA 3KEIA 3W9VA 1GTKA 1JQFA 2HAUA 1A55A 1B5HA 4BDMA 4BLAA 1USYE 3PUWE 3IO4A 2E1SA 4G4PA 1B4HA 3TCHA 1PEBA 1JEVA 1LAXA 2WKYA 1SYHA 3RNNA 1GR2A 1B05A 2QMXA 2RC7A 2XXTA 2QS3A 4QSCA 3OXNA 1S9TA 4LZ5A 2HAVA 3C32A 3AXFA 3MPKA 2DP8A 1D9VA 2I4BA 3PUZE 3TQWA 3GLBA 4ECFA 2I6EA 2OZZA 2X26A 1P99A 2RC8A 3SEXA 2O6AA 3VLUA 5F1QA 1H43A 1QJMA 4Q5TA 1POY1 2H25A 4X1BA 1EZPA 3IJXB 2NOOA 1B52A 4XXUA 3VE1B 4ESXA 3H03A 3N5LA 3B7DA 4IGRA 4WEPA 3SEYA 1Y4TA 2UVJA 1GGGA 3LSLA 2F7CA 3O29A 4LUBA 1UIUA 3TMGA 3W9WA 3JV9A 3K0VA 3TCGA 1MY1A 1N04A 4GWOA 5CBRA 5CBSA 3QUFA 2QMWA 2M8CA 1LFHA 3LC8A 1Y3PA 4OFLA 1IITA 1B46A 4MFIA 1B0HA 4RPOA 1Y1ZA 3H3GA 1LBBA 4DCXA 4R72A 2F6GA 1ATGA 2XXPA 3MJNA 3LR1A 1R9QA 2VD3A 3M3LA 2QS2A 1XHYA 1Y20A 4YU0A 2XXXA 4DXBA 2H9BA 1I6QA 4RNSA 1M5DA 5I56A 5TU0A 2UVIA 5CMKA 1TT1A 2R9JA 1US5A 1H45A 4R75A 4O3BA 2NXOA 2XXIA 5KCJA 1R9LA 5FTHA 3TELA 2HXWA 1URGA 5H8HA 2V3QA 4EF2A 2Z8EA 2AL5A 1DTZA 3OSRA 3E9XA 3IOWA 4M1VA 1N7WA 3T22A 3FVNA 4DZ1A 1TFAA 4EXLA 1A54A 4QFLA 1UQWA 2XXYA 3KSJA 3PGFA 5I58A 3A3CA 1SVXB 2F5XA 1LAHE 2PMSA 2Y7IA 3FASA 3G3JA 5TP9A 5I58B 4F3GA 4MLVA 5EHSA 2LAOA 4HTGA 4ZZEA 1B7UA 3IAZA 3RGYA 1D9YA 3VXCA 5ICQA 2F34A 3OSQA 1US4A 4OETA 1QUKA 3OO8A 4IO6A 4TQUQ 2XX7A 1L5TA 4F29A 1LSTA 4GVOA 4R6YA 4R2FA 1PDAA 3IB0A 4BDNA 4EF1A 2THIA 4F3BA 1SW4A 3DLNA 1TFDA 4FE8A 5DT6A 3F11A 4RPNA 3TTLA 3CHGA 2ALUA 4XKQA 4H65A 3CFZA 1EU8A 1JW4A 2I3VA 2DYXA 3FXQA 4RK9A 2X7PA 4F39A 2B3BA 1AIVA 3K6XA 1MH4A 1DPPA 3CG3A 3QSLA 5H8FB 1DSNA 4G8NA 2CZLA 1UTHB 4O3CA 3DRHA 4R6KA 1Y9UA 1B40A 5ITOA 4YKIA 2Y84A 2DQVA 3Q25A 1FTLA 3VV5A 2O1LA 4YB7A 2ONKE 1AOVA 2ZYMA 3HV1A 3MZBA 3G3FA 1P1UA 3IOTA 3LUYA 2HZKA 1LFGA 2D5WA 2ONRA 2OWTA 2DOJA 3FGSA 3RT8A 1VSOA 4L17A 2DWHA 3EN3A 4IO7A 3DP8A 1NL5A 1ZIUA 3H4ZA 3UIFA 2D3IA 3R26A 4Z7EA 4LQ5A 1MQIA 1BTJA 4XKNA 3QYTA 5HPQA 3ILTB 4H8JA 3C4MA 3E13X 4Q8RA 3WAEA 3GBAA 5M2VA 4AB5A 3RUMA 3FZVA 3OOAA 4KFQA 1MG1A 2YJPA 4XTCQ 3V8XB 4OEUA 1F9BA 1OLCA 1M5BA 2G93A 3FVGA 3FVOA 4X48A 1NMUA 4EDPA 3V5AA 3MWBA 1XT8A 1ZU0A 2O69A 2F36A 2O84X 4TLMB 4WKMA 5H8QA 5H8HB 1ELJA 4F3PA 1DTGA 3MP8A 3MW0A 4LZ8A 4NE4A 4OWDA 3VVDA 4O3AA 1URSA 2O7UA 3CFXA 4OFJA 3M3FA 3TTKA 1BLFA 2Q2AA 1S50A 3FJMA 1ZJLA 2VOZA 1FQCA 4E0XA 2Z22A 4FORA 4EQ7A 1NNTA 1ANFA 1H76A 4OERA 4QF9A 1VFEA 2O68A 2F6PA 1MPDA 4BDOA 1AH5A 1QVSA 4P11A 3O9PA 1JNFA 3K6UA 1IUDA 4GXAA 5I2NA 2DE3A 4ND9A 2H4IA 4PP0A 2AL4A 1FTMA 1IXHA 4ZE9A 3ECRA 4RA1A 3UA8A 3VLVA 2V3TA 2DWAA 1XVYA 2H98A 2VHAA 3OEMA 1VFDA 3OD7A 3FJGA 4GLIA 1B3HA 1T0KA 3RYBA 1IIWA 1P1QA 1PC3A 1UTHA 4H5FA 2ZYOA 1QW0A 3T96B 4GF8A 1EZOA 1A99A 4JWXA 2H5YA 2VGQA 1B3LA 3IK6B 4H1XA 1N84A 1S7YA 3RYAA 2ABHA 2V3UA 2ZYKA 4GL0A 1IXGA 1YPNA 2IA4A 4P0IA 4OENA 3H7MA 3I6VA 2XXVA 4LONB 1MS7A 1OMPA 4NF5B 3TFLA 3ZS6A 5BWJA 2DWJA 2V84A 2GHAA 4EQBA 3KJ7A 1MPCA 3PUVE 4XIGQ 3O97A 4YMBA 3OELA 3DELB 1A8EA 1MRPA 2DXRA 2F97A 3MBPA 3FIRA 1FTOA 5KZTA 1IXCA 2Q88A 3TTMA 4TOZA 1JW5A 3CFLA 5ITPA 3S9LC 3S9EA 3O6GA 1Q1KA 3PMXA 4JWOA 1MXXA 2UVGA 2Y7WA 4LQ2A 4PFUA 3DRGA 2I0CA 4H67A 3LSFB 1LAGE 1II5A 1ZMGA 4HCYA 2D21A 3THIA 4R74A 1YAEA 3O2AA 4THIA 5FTIA 4RXLA 3EQ1A 4FJPA 5H8QB 5K2XA 4GRKA 1DPEA 3CRBA 4ZEIA 2RINA 4R9GA 4F18A 4BDLA 3TEPA 3FXUA 1A40A 3I3VA 4KHZE 1Y3NA 4FATA 4YICA 4G68B 5I2NB 3JZJA 1OVBA 2HCAA 2V93A 2GFEA 1FQAA 3TTRA 1MPBA 2PVUA 3U92A 2RC9A 1URDA 4FAJA 1FTKA 4DDDA 3OENA 3V89B 5AA4B 2KLFA 1EZ9A 4AB6A 5B7DA 2G29A 1OQHA 2F7AA 2NVUB 1J1NA 3ODBA 4LZ7A 1BKAA 2FNCA 2OJTA 2B4MA 2NUVA 3Q28A 4F2OA 2QSXA 3RTWB 4GXSB 1MY2A 3CI8A 3TZAA 4QHQA 4OMBA 3KGCA 3CG1A 1XVXA 2Q89A 2I48A 4ZDMA 4DXUA 3I5OA 5FHNA 3G3HA 4QSEA 5AA2A 1M5CA 3DRKA 2F78A 3BBRA 4JXIA 4IB2A 3KFMA 1B3GA 4XKPA 2Q9TA 4MBPA 2OLBA 4QFNA 3FATA 4ZEDA 1RKMA 1OQGA 1QUIA 2Y7PA 4OHNA 4RYAA 1N0TA 3MZ9A 1FQFA 3MUQA 5I84A 5FHMA 4P0GA 4N07A 5I59A 3OEKA 1FQDA 1MY4A 2F35A 2WOKA 1OVTA 2I49A 3G3KA 3K02A 1PBPA 1FQEA 4OEVA 1N76A 2FA7A 3CR9A 1TWYA 2Z8FA 5I57B 4KCCA 2ZNTA 3MC2A 4U1ZA 1MQHA 4IO5A 3TDJA 1LFIA 3R6UA 4EXKA 3KJTA 1JW1A 3L6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZZWA 4H6DA 1QUJA 2UYFA 3HHGA 5JK4A 5DEXA 2PT1A 4F2QA 3CSBA 4G8MA 1H3DA 1LBCA 4U2RA 4PF6A 1YYZA 4FEBA 2DVZA 1ZBMA 4N17A 3GXAA 5ESYA 3UP9A 1MQJA 1OIBA 1MDQA 3DP6A 4IO4A 2WYPA 5FBPA 1B6HA 3L6GA 2XXHA 4ZECA 4ELOA 4G77A 5A5XA 2QFLA 1POTA 4GD5A 4LP2B 4U22A 3G3IA 1B5JA 1FJ6A 1EH3A 3PU5A 1N7XA 4I3YA 1AMFA 3RY3A 2DWIA 2WEFA 4U4SA 3PMVA 3ONMA 1SYIA 2X7QA 4KYDA 1MXYA 1SI1A 2Q8JA 1MY3A 5KDTB 5DTBA 5CRYA 5CMMA 2O1MA 1SBPA 2XD2A 2XX8A 2I3WA 1FBPA 5TPAA 2AYSA 2KQZA 2O51A 4QFPA 4POXA 3U94A 3OMBA 3C33A 1FPBA 1M5EA 1FBEA 3MSTA 5AA1A 2UVHA 1B32A 4EUOA 3MP1A 4YKPA 2DE4A 4PFTA 2RKMA 4KD5A 4YKJA 2XHDA 2R6GE 4NN3A 3EF7A 2XX9A 4UA8A 3OO7A 1NFTA 2XXWA 4RY1A 1JP4A 4ONYA 3B6WA 1B51A 1O7TA 4ZS9A 3E3KA 3A3UA 4R9FA 1B3EA 1RYXA 1CE2A 3IOVA 5AA2D 3B8BA 4KR5A 3DRFA 2ONSA 4DI4B 3U8QA 1R1NA 2W7YA 3EPEA 3FUZA 5B70A 2XXRA 4PAIA 4Z0IA 3KOTA 4ZEKA 5FHOA 5JTYB 1GVCA 4N15A 5L9OA 5L8DA 3PAMA 5TP9B 4P9KA 5A5XB 3HFUA 2KR0A 4KI0E 5I2KA 1EYKA 2Z23A 3E4RA 4C0RA 3S9NC 3HHFA 1ZLQA 2YLNA 4H0WA 4JBZA 4HE0A 1NH7A 4U4XA 2BJJX 3KC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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