3MVYA

X-ray structure of the diatomic oxo-intermediate nika/1-int', prior hydroxylation
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvyA01
3W9VA 3IORA 2QS3A 2XXWA 2ZMBA 3KEIA 3V5AA 4PFUA 2DYXA 2UYEA 4X9TA 2A5TA 3RUMA 5H8FA 4RY1A 2QS2A 2VOZA 5ELVA 4DXCA 4PP0A 1IXGA 4I1DA 3OXNA 3HCQA 2V3UA 4O3BA 4RPNA 2GHBA 2I58A 1Y3QA 2YJPA 1MY0A 3C34A 4F3BA 3KSXA 3O97A 4ESXA 1MDQA 5AA4A 1M5FA 1UTBA 4M4GA 4JWYA 2DOJA 4RK2A 3K1PA 5KCJA 2R71A 5CBSA 5JTYB 2VD3A 2DS9A 1B1XA 3V83A 1Y1MA 3HPIA 4DXBA 2DP8A 1WDNA 2F36A 4FEBA 2Y7PA 4AB5A 4LZ8A 3MVZA 4GVOA 4WEDA 4LZ5A 4G2ZA 2Z23A 3T66A 1PB7A 1MY3A 2H4IA 3B6TA 3E4RA 3C36A 2B65A 3SEXA 3DRHA 2FYIA 4JSDA 4ZZAA 3ZSFA 3LVUA 1A99A 1Y4TA 3A3UA 4R73A 4DLDA 5TP9B 1P1UA 1A8FA 3KN8A 1P1WA 3K2DA 1I6QA 3EHUA 2ESNA 5K2XA 3PD8A 5AA1A 3USDA 4BDLA 1NNPA 4ELRA 3ILTB 2XXUA 3A3CA 2P1SA 3T9HB 4EUOA 2I3VA 2Q89A 3IO6A 1LFGA 3VE1B 4TLLB 1MXWA 2GFEA 5M2VA 1LAHE 4G68B 4POWA 4GL8A 1J1NA 2E0SA 2HAVA 3CSBA 3KN7A 3MUQA 4IO7A 3LC8A 1ZLQA 4OVJA 3TYHA 3UP9A 4KPTA 5IAIA 5CMKA 3VVDA 2W7YA 4P0IA 4THIA 1A7LA 5B70A 4O3AA 4G4PA 1FTLA 3IX1A 1MXVA 3TUSA 4AQ4A 5CMMA 3T93B 2Y7KA 3TODA 3C35A 2VHAA 4Z7EA 1B7ZA 3S2VA 1UTBB 1P1NA 3OEKA 1NFTA 1MPBA 2R9JA 4EDPA 1IITA 3UIFA 3ODBA 1D3KA 2KLFA 2ZYKA 2H9BA 3K0VA 3O28A 2DWAA 3U8QA 3O6IA 5J1DA 1LGBC 1B4HA 4QSCA 5AE4A 4NF8A 4Q5TA 3FVNA 1M5CA 3PPNA 3JZJA 3SDFA 1PB8A 3PMXA 3UGWA 2ONKE 2OZZA 3S9LC 4YICA 1ZBMA 3CRBA 3THIA 4ISUA 3DP8A 1MG1A 1Y3NA 4U4XA 4ELPA 3PMWA 4KCCA 1FQBA 1FTMA 1JVYA 1DOTA 2AL5A 3C4MA 3O29A 4OHNA 4KD5A 2I3WA 3O6PA 3OENA 4NF5B 4F18A 3KN3A 4X1BA 1QUIA 5AA3A 1A40A 3CFXA 4NWDA 4TQUQ 2Y7RA 1B9JA 4EQ9A 5EHSA 3CFZA 3HO7A 3SEYA 1EU8A 3L6HA 3MJNA 4C1TA 3KOSA 1LBBA 3OSRA 3U93A 1IIWA 1MDP1 3FASA 2F7CA 4H5GA 3G7WA 5FTHA 3VLUA 5I2NA 3WAEA 3H6TA 4OXVA 1SW2A 5I56B 3PAMA 2B3BA 3H7MA 4DE8A 3SESA 2V84A 2PT1A 1A55A 4OENA 1SW4A 5I57B 2I49A 5H8QB 3VVFA 1MRPA 4IY6A 1YPNA 2QMXA 4FJPA 1LB8A 2FNCA 2RF1A 4H0WA 4LVQA 2HZKA 1MY2A 2Y84A 4WEPA 1OMPA 4F19A 3MC2A 3TCGA 2Q2CA 1AMFA 5HM4B 1ZKBA 2OCUA 1JETA 1CE2A 1D4NA 1OVBA 1R1NA 5TU0A 3FVKA 1LAXA 3KGCA 4NF8B 4BDMA 4QRZA 3R26A 4IO5A 4LONB 3U92A 3VLWA 3GZGA 3PPQA 3FATA 3ZKLA 4OQOA 1FQEA 1YAEA 5L9OA 1VFDA 2HAUA 2H5YA 1A8EA 1D9VA 3MVWA 2B3FA 3G3GA 2A5SA 3IOWA 3TCFA 1KWHA 2DWHA 2X7PA 3OELA 5F7VA 1B52A 1SBPA 4YU0A 1AIVA 4XXUA 4GD5A 3I5OA 1UIVA 1RYXA 4L17A 4H1XA 5DTBA 5I59A 4HS7A 2QPQA 3CG3A 1VR5A 3HHFA 5I59B 3F11A 4F3GA 4EQBA 4MLVA 2RKMA 3K6VA 1GGGA 3TTKA 4YKPA 2OLBA 3TQWA 1H44A 3TTLA 3PV0E 3RTWB 2F97A 1YTVA 4PFYA 2VGQA 4XKNA 4OFJA 3L6GA 3H6VA 1JEUA 1GTKA 3K1NA 4F39A 5ITPA 1DMBA 2DE2A 3FV2A 4Q0CA 2UXAA 4PFTA 1UQWA 3O6GA 4OWDA 4X1DA 4G8MA 5BUUA 5LOMA 5HPQA 1Q35A 1B3GA 2LAOA 5FHMA 2ZNSA 1P1OA 3QYTA 4R6YA 2V93A 4ZEKA 2XXTA 1ATGA 1N04A 3V8XB 3RY3A 1LBCA 2NXOA 3DP4A 3R6UA 5DEXA 2Z8FA 3Q27A 3TZAA 3TEPA 1B0LA 3IOVA 3MZBA 3V89B 3VXBA 3W15C 2QMWA 2RINA 2H99A 4JXIA 4QFLA 2HCAA 3PMVA 3Q25A 5CI5A 2ZYNA 4GF8A 4QFNA 2UYFA 4U1OA 2ZXTA 1LCFA 2RC8A 3CG1A 4ONYA 1S50A 4IY5A 5FTIA 3IB1A 3RT6B 3H06B 3WAFA 3P7IA 4MH5A 4DXUA 3LR1A 5ICTA 3KFMA 1USYE 1SYHA 2PT2A 1MQHA 3M8UA 1SQYA 2OJTA 2YLNA 3CSGA 3BFUA 1JNFA 2PVUA 1N3XA 3DRJA 3ONMA 4HTGA 1Q1KA 4N6PA 2F78A 4R2FA 1HSLA 3TELA 4ZZEA 4EXLA 4F22A 2Q2AA 3U94A 3C9HA 3MP6A 4FEDA 4QFKA 3B6QA 4GL0A 1HSEA 3UA8A 2Z22A 4YKKA 4KYSA 3EHSA 4H5FA 2PYYA 4U22A 4GQOA 4KHZE 5CM6A 5A5XA 1BLFA 3K02A 2P0SA 5H8HA 3TMGA 5DEXB 1B3HA 4IGRA 4G77A 4YAHX 1MH4A 1URGA 3RPWA 1QKBA 1FTOA 1BIYA 4MBPA 3CR9A 5I2KA 4GFRA 1Y4CA 2UVIA 1B0HA 1GVCA 3SEUA 2DE3A 4GWOA 4NF4B 4ND9A 1LFHA 2REJA 1B7HA 5DT6A 1DPPA 3MP8A 4FATA 3BKIB 1NKXA 2D3IA 2XXIA 3K1MA 4GLIA 5CMBA 4YMBA 4LA9A 2HFBA 3Q29A 5DVFA 2AIXA 5K2YA 3K6UA 3DM0A 2QSXA 1DTZA 1OQGA 2HXWA 1B1HA 1M5BA 1MQIA 3EHTA 3UORA 5DVJA 4G8NA 1XHYA 1II5A 4XKQA 1FW0A 1H3DA 1TT1A 1Z7ME 2HZLA 3JYRA 1MXXA 1IUDA 2DXYA 4H65A 4EF2A 1NNKA 4JB7A 3OO7A 3E3KA 1MS7A 5F1QA 4ZECA 1PBPA 3QSLA 4KR5A 1JQFA 4ELQA 3I3VA 2DWJA 3CFLA 4YB7A 2D21A 1GR2A 4MLQA 1Z7NE 3FIRA 1PB9A 1QULA 3CVGA 1XS5A 4I9DA 1MXZA 2Q88A 3E13X 3ECRA 3KJTA 3U1OA 5ICQA 4ZEIA 1L5TA 2I0CA 3HSTA 4KYEA 1XVXA 1IXCA 3OEMA 1NNTA 1OLCA 3T96B 3TDJA 1LAFE 1BKAA 1LCTA 3S4UA 2DE4A 3IB2A 5HBCA 1EZ9A 3QAXA 1SW1A 2GHAA 3DRKA 3PUVE 3FUZA 4FORA 4ZEFA 4WXJA 3TFLA 1MXUA 3RGYA 3G3KA 3SERA 3T9VA 2Z8DA 5CMCA 4BDQA 1B5HA 2QS1A 3R7XA 4U23A 5KDTA 4DCXA 1B5IA 1B3LA 3ZKKA 1MPCA 5FHNA 2GRVA 2DQVA 3FJMA 3OO6A 4OYVA 1B3FA 2GH9A 3EF7A 2CMOA 4GOTA 4LP2B 4YB5A 4XTCQ 4YKJA 5L9MA 5I2NB 1SI1A 5L9SA 4FIMA 5JEIA 4R2BA 1MM7A 2I48A 1AOVA 3FXUA 3O6HA 3RYAA 3TTNA 2Q9TA 3PUWE 3K6WA 2QJEA 3LSXA 1HSJA 2DWIA 3MAMA 2UVHA 4R75A 3G3JA 1IQ7A 1MY1A 1POTA 1ZIUA 2I0BA 3FGSA 4N07A 2NOOA 3MQ9A 3T9XB 5AA4B 1VFEA 4QSDA 1O63A 2F6GA 2Y7IA 3LSWA 1VSOA 3RNNA 2A5TB 3Q26A 5H8FB 2UVJA 1B51A 1O7TA 1CB6A 1QVSA 1Y9UA 2G93A 4LATA 4U4SA 3UN6A 2B4MA 3H4ZA 4IO2A 1PDAA 3FVGA 4BDNA 3FD3A 5JK4A 2V3QA 1JW4A 4OFOA 1S7YA 3FZVA 2O7IA 2O7UA 4U21A 2NWJA 1SYIA 4C1UA 4PQJA 1SD3A 4JBZA 5H8QA 2F35A 4UACA 1POY1 4H6DA 5A5XB 1MXYA 4F2OA 2D5WA 3JV9A 1EH3A 2I4CA 1TFDA 3OMBA 1TXFA 4X48A 2F7AA 2IA4A 4ZDMA 2M8CA 2AYSA 4LQ2A 3RN8A 2O84X 4NEDA 4G8HA 4JWOA 4YMAA 1MM6A 3G3HA 4UA8A 3DLNA 2O51A 2YPNA 3C33A 4HCWA 1R9LA 1XC1A 2XXXA 3DP6A 3LSFB 4KYDA 4Z0IA 4IGTA 2XD2A 2XXQA 4MF3A 4NF4A 3RLFE 4OTEA 4F1VA 3IK6B 3PPPA 4BDRA 1MQJA 1B2HA 1R9QA 4N13A 1M5EA 3C32A 1B58A 2X7QA 2QS4A 1RKMA 3H03A 3IJOB 3KJ7A 1QKAA 2DSFA 3KOTA 4ZS9A 1XT8A 4ELOA 5AA2A 2R6GE 3LBSA 4JWXA 1QJMA 2VD2A 2XX8A 3VFJA 1PBQA 2O1MA 3FJ7A 5TPAA 3W9WA 3VVEA 3DRIA 3IJXB 5TP9A 1LAGE 1AH5A 1MPDA 4KCDA 3K01A 2ALUA 2PBWA 1XOCA 1B7UA 3FJGA 4YZZA 4E0WA 2F8DA 1FCKA 3K6XA 4TLMB 3T22A 1Y20A 1FQDA 3KG2A 3S9EA 3Q28A 3MP1A 4NWCA 1UTHA 4H8IA 5B7DA 1I69A 2G29A 5CC2A 1LLSA 5DYHA 4K3FA 2XD3A 2XX9A 2RCAA 4NF6B 3KSJA 4NF6A 1FQAA 4XKPA 4IO4A 4MFIA 4F29A 4P11A 3CIJA 3M3KA 2NVUB 4OFLA 2XXYA 3G3IA 3RTFB 3TAJA 4XIGQ 4R9FA 2O69A 4IB2A 1ZMGA 3N6UA 4YB6A 4WKMA 3RYBA 2ZYMA 1QUJA 4Q8RA 2XX7A 3VDFA 3N6TA 3DRGA 1ELJA 2IEEA 1NH8A 1P1QA 1UIUA 5I56A 4R6KA 1IEJA 4JSOA 4AB6A 4IO3A 3MZ9A 4C0RA 4ZEDA 2XXRA 4GXSB 3SEVA 1MQGA 1GV8A 1ZJLA 3EPEA 4RJZA 4RYAA 2AL4A 1JEVA 3TTRA 5I57A 1H45A 1Y3PA 3G3FA 3E9XA 1OIBA 4OMBA 4F3SA 1I6BA 1SDXA 1MQDA 1EZPA 4EF1A 4TOZA 1D9YA 1RYOA 3GBAA 3ILUB 1N0TA 3PUXE 1NH7A 2WKYA 2O68A 3QUJA 4H8JA 4HCYA 4OZ9A 4R74A 3CHGA 3QXMA 5KCJB 1WODA 2DXRA 1FQCA 1N84A 2I6EA 2RC7A 2THIA 2X26A 3BFTA 4I62A 5I58A 1DTGA 2F6PA 2XXHA 4I8CA 3O9PA 1A54A 5H8NA 4ZE8A 3LUYA 2H25A 2ANJA 3C31A 3EN3A 3H3GA 5KZTA 4PE5B 1FQFA 1US4A 3MVYA 1BTJA 3GBBA 4GRKA 1B3EA 3SEWA 3A09A 5CBRA 3QIMA 1FTJA 1VE4A 4NTLA 2WOKA 3MW0A 4U2RA 4U1ZA 2Y7WA 3D4GA 4RA1A 3BBRA 3IOUA 4YKIA 1TWYA 3PD9A 3S9NC 5H8SA 1B32A 1DPEA 4ZE9A 4R72A 5H8NB 2ZNUA 1S9TA 2RC9A 1WVJA 3S9MC 3B6WA 3GXAA 3TPAA 1B40A 1MY4A 5I58B 4NMYA 4R6HA 1URDA 5BWJA 3SKPA 1NL5A 2XXVA 3OO8A 4E0XA 1NMUA 2O1LA 3IAZA 3B7DA 2DVCA 3UK4A 2HEUA 1OQHA 1Y1ZA 2XHDA 3QK6A 2BJJX 5DVIA 2DVZA 2E1SA 2PX1A 3HHGA 3PUYE 4F1UA 1SI0A 2ZYOA 2UVGA 3OO9A 4BLAA 4NF5A 3N5LA 2V3TA 2F5XA 1R6ZA 2REGA 3D4CA 2V25A 1DSNA 2XXPA 1H43A 3FTOA 3AXFA 3QUFA 4KI0E 2F7BA 2PMSA 1I6AA 4QFOA 3IR1A 3MPLA 4G68A 4OESA 4LQ5A 4POXA 4R9GA 4RXLA 1BP5A 4DCYA 3FV1A 4GIZA 3PPRA 2ABHA 4OEVA 4KFQA 4RK9A 2QL3A 3MBPA 4F2QA 3O2AA 4O3CA 1EZOA 1PEBA 1O64A 4PETA 5CRYA 4OETA 4ECFA 3KBRA 4NE4A 1H76A 3SETA 3PUZE 1OLAA 4OERA 3EQ1A 3O66A 4EXKA 3TKDA 4LZ7A 2OWTA 2HQ0A 1JW1A 4FECA 3M3FA 3TCHA 3DRFA 2ONSA 2ONRA 5FHOA 5ITOA 1N3WA 2WOLA 2FA7A 4QF9A 4PFWA 3OD7A 3T9UA 4HW8A 1M5DA 1IXHA 5JTYA 1ZTYA 2OK2A 3IO4A 1B46A 5KDTB 2VP1A 4RNSA 2Z8EA 3H6WA 1F9BA 4IO6A 3HV1A 4FE8A 1UTHB 1N76A 3PPOA 4QSEA 4BDOA 1N7WA 3N26A 1T0KA 4M1VA 1LB9A 1US5A 5TPAB 4XKRA 4QHQA 4LUBA 1ZU0A 3TQLA 1MH3A 1QW0A 3PU5A 4ZEBA 1LSTA 2RCBA 3MVXA 5EHMA 2NUVA 4JDFA 1XVYA 5EYFA 4QFPA 3RT8A 5AA2B 5ISUA 1YCJA 2F34A 2OBGA 4OEUA 3KZGA 3MWBA 1JVXA 1NNFA 4H67A 5I2KB 4DIGA 2H98A 2I4BA 3CI8A 5H8HB 3M3LA 4GXAA 1JW5A 2OWSA 3K00A 3N94A 1SVXB 1ANFA 5I84A 1QUKA 1P99A 3FXRA 3LSLA 3MPKA 1PC3A 3K4UA 3DELB 3FVOA 4EQ7A 3IB0A 3GLBA 3ZS6A 1URSA 2Q8JA 4F3PA 5AA2D 3U72A 3FXQA 1OVTA 4G68C 4Q30B 4RPOA 2B4LA 2O6AA 3OSQA 1B4ZA 3IOTA 1IZ1A 3PGFA 3IL1B 1TFAA 3H6UA 4KQPA 5IKBA 1FTKA 3HN0A 1IXIA 4DDDA 3VLVA 1B05A 2P2AA 3VV5A 3VXCA 4F31B 3RQTA 2WOPA 5L8DA 3OOAA 4P0GA 1B5JA 1N7XA 1LFIA 1B6HA 1USYH 1SW5A 2CZLA 2ZNTA 3MZ1A 4DZ1A 4ESWA 3I6VA 4F1YA 1AL3A 3TTMA 2QRYA 4FAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QS3A 3KEIA 3V5AA 4RY1A 2VOZA 4PP0A 5I7IA 3HCQA 2I58A 4F3BA 3O97A 5AA4A 1MDQA 4MNCA 4M4GA 5KCJA 2VD3A 3V83A 4DXBA 2DP8A 2F36A 4FEBA 2DDKA 5EYGA 4G2ZA 3E4RA 3ZSFA 3LVUA 3A3UA 4DLDA 1A8FA 1DCUA 4IR8A 1I6QA 2ESNA 3PD8A 3ILTB 5A5LA 4N91A 4POWA 5EQAA 4IO7A 3UP9A 3LC8A 4KPTA 4PF8A 3IX1A 1MXVA 3TUSA 4AQ4A 5CMMA 3T93B 3C35A 4XF5A 2VPNA 1UTBB 1P1NA 3MSTA 1JP4A 3ODBA 4N81A 2H9BA 5ESYA 4NF8A 2JJKA 3PMXA 3UGWA 2OZZA 1IMDA 1ZBMA 4ISUA 3DP8A 1MG1A 4U4XA 4KCCA 1FTMA 4KD5A 2I3WA 4F18A 4X1BA 5AA3A 1FRPA 1B9JA 3CFZA 1FPGA 2FIEA 3MJNA 1FPIA 1LBBA 3U93A 1IIWA 5I2NA 5I56B 3H7MA 1NV1A 2V84A 1SW4A 4LVQA 4FJPA 4NWCA 1LB8A 1LBWA 4H0WA 4F29A 2HZKA 1MY2A 3MC2A 5HM4B 1CE2A 1R1NA 5AA2D 3FVKA 4QRZA 3R26A 3NOHA 3VLWA 2HXRA 2H5YA 3BIGA 3OELA 3TCFA 1AIVA 2X7PA 4GD5A 1UIVA 4H1XA 4GWWA 5DTBA 5I59A 2QPQA 5LDZA 5I59B 3TTKA 1YYZA 1YTVA 4OFJA 4PTKA 3H6VA 1NUYA 4PFTA 5LOMA 4OVQA 2ZNSA 1ATGA 2NXOA 1FPDA 3TZAA 3IOVA 3S9NC 3V89B 3W15C 5DW8A 2QMWA 4JXIA 3S9LC 2HCAA 5CI5A 2ZYNA 2UYFA 4U1OA 4ONYA 1S50A 4MH5A 3CSGA 4N6PA 3DRJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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