3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
3HSTA 4R6HA 3O6IA 3DM0A 1FTJA 5B70A 2VHAA 3K4UA 5AA3A 3C31A 3V8XB 4U22A 4YKPA 2VOZA 4FECA 4NTLA 1OVTA 1UTHB 3EHUA 1B05A 3KJTA 4IY5A 1JVYA 3CRBA 3O66A 2B4MA 1UIVA 1O7TA 2OZZA 4KHZE 2HCAA 1PBQA 4R72A 1Z7ME 2DWHA 4HS7A 3SEYA 3ZKLA 2A5TB 1FCKA 3USDA 5I57B 4OESA 3PD8A 4ZZEA 3KGCA 2QMWA 1YPNA 5TPAA 4AQ4A 3KN7A 2RCBA 4KYSA 3QYTA 4U1OA 4GD5A 3T9HB 3VLVA 1MM7A 4JDFA 3MVXA 5TP9A 4RPNA 1DSNA 3VLWA 4EXKA 3KOTA 2NUVA 4N07A 1IEJA 2DQVA 2F78A 3IB2A 1B3LA 3G3IA 4P0IA 1Y1ZA 4MLQA 3Q29A 1N3XA 4YZZA 1QULA 4Z7EA 2D5WA 4I62A 3A3CA 1MPBA 5JEIA 3QK6A 3OEMA 3Q26A 2F34A 3TYHA 3PPRA 3P7IA 4EQ7A 1MXZA 2DVCA 1B40A 2PX1A 4QFOA 2FA7A 1LGBC 3CFZA 1CE2A 4EF2A 5I2KB 2VGQA 1UTHA 5I2NB 2GHAA 1OVBA 5FHOA 3H6TA 2OBGA 1US5A 4NF4B 1SI1A 3IB1A 3SERA 4BDLA 1P1WA 1TT1A 4KPTA 3RUMA 1D4NA 1FQAA 5H8HA 3FJ7A 1MY0A 4THIA 4X1DA 3MZ1A 3VFJA 5I59A 3CFLA 5BUUA 3QUFA 4QFNA 1MY2A 2UVHA 3EHTA 3UA8A 4X9TA 5I57A 3T66A 2FNCA 3PUWE 3RYBA 4YB6A 4Q0CA 4IY6A 1B3HA 4OQOA 1DPPA 3U94A 1A55A 2I4BA 4N6PA 1B3GA 1LBCA 3R6UA 1SYHA 2X7QA 4OFLA 2F6PA 4R6KA 3O97A 4N13A 4F1UA 2D21A 4JB7A 1YTVA 1ZLQA 3ILUB 4NF8B 1GV8A 4RK9A 5CMKA 4ND9A 1MQHA 3IOUA 3UN6A 2QS2A 2XXXA 2Y7KA 3HV1A 4H5FA 2XXTA 1MPCA 2QMXA 5ELVA 4OERA 3ILTB 3OO9A 4JWYA 4OETA 1FTMA 3S9MC 4U23A 3KN8A 4RNSA 4F39A 1H3DA 3KN3A 1FQBA 3OXNA 5F7VA 3JYRA 3LSWA 5I2KA 1IZ1A 2E0SA 3UORA 1IXHA 3CI8A 3G7WA 1NNPA 4FJPA 1M5DA 2UVIA 4NF4A 3FD3A 1EZOA 4OXVA 3TZAA 1DPEA 4RXLA 1YCJA 3ECRA 1JW4A 3V89B 2ZYNA 2X7PA 3SETA 1URGA 3RY3A 5H8QB 1H43A 2F5XA 3MZBA 1LFIA 3MP8A 3OELA 4FEBA 4BDNA 1FQEA 1CB6A 5IKBA 2QS3A 3O6HA 3MP6A 2ONSA 2DS9A 1KWHA 5A5XB 4TLLB 1GTKA 2UYEA 3DP6A 4GXSB 4U1ZA 2O84X 1LSTA 1UIUA 2GH9A 4H65A 3CG3A 3TAJA 1FW0A 4KQPA 4KI0E 4GFRA 2PMSA 3RLFE 3DLNA 5I58A 2NWJA 5H8SA 3TCFA 1IXCA 3GZGA 4ZS9A 4NF8A 4R6YA 4RYAA 1N76A 2Q89A 2Q8JA 3W9WA 4DDDA 3I3VA 3N94A 3DP8A 4G8HA 2XX7A 3N5LA 3HHGA 1AH5A 2QJEA 3LC8A 2D3IA 3Q25A 3I6VA 3UGWA 3ZSFA 1MH3A 3CR9A 2ZYMA 1QKBA 4BDOA 3V83A 4PETA 3THIA 1NFTA 3LSFB 2XXYA 3FIRA 3PAMA 5DVIA 4AB5A 3CFXA 5DVFA 1LLSA 4OTEA 1LFGA 2F6GA 2DXYA 1NH7A 1JEUA 1B5IA 1XVXA 3H6WA 2DXRA 3PU5A 1ZKBA 3T93B 1B4HA 4QFPA 5AA4B 3O6GA 2Q2AA 5FHMA 4LP2B 1HSEA 3CSGA 3RN8A 4IO4A 4LA9A 1LAFE 3IK6B 1N7WA 1QVSA 4R2FA 1SDXA 3R26A 3G3FA 4YMAA 5A5XA 2DWAA 3TDJA 3O28A 1LAXA 1OQGA 1TFDA 3MC2A 3MZ9A 4IO5A 3U1OA 1ZJLA 4F1YA 3E13X 2IEEA 2Q2CA 3TTKA 3G3KA 4QSEA 4F22A 1I6QA 2XX8A 2HZKA 1NNTA 4IO7A 3FXUA 3PPNA 2RCAA 2NVUB 2M8CA 3VV5A 1M5BA 3LUYA 3S9NC 4YKIA 1N0TA 3VVEA 4QFLA 4HCWA 3H3GA 2E1SA 4FATA 1BP5A 2ALUA 5H8FB 1MXYA 3G3HA 4R9FA 4NWCA 1N7XA 5TPAB 1VE4A 1FTOA 3KEIA 2UXAA 5B7DA 4KYEA 3HHFA 4YAHX 4F3PA 1JQFA 5J1DA 3K1PA 5TP9B 5FHNA 2RKMA 4H5GA 1B7HA 2UVJA 5ICQA 4PQJA 3EN3A 3K6WA 1PBPA 2DOJA 1SD3A 4OYVA 1B1XA 1I6AA 3VVFA 3H03A 4ELRA 4JSDA 1XS5A 2Z8FA 1XT8A 2AL4A 3OENA 1J1NA 1NMUA 4RK2A 2F97A 2H4IA 4GF8A 5CM6A 4YMBA 1XVYA 1OQHA 1P1QA 4UACA 2DE3A 3IAZA 4MLVA 3G3JA 1B3EA 3TTRA 2CZLA 5F1QA 1II5A 1USYE 2OWSA 3SESA 3TUSA 3KG2A 3K0VA 3CVGA 1BKAA 5H8HB 1M5CA 4HCYA 2QRYA 4OVJA 5AA1A 2O7UA 1OIBA 1JW5A 1QUJA 1ZU0A 5I59B 1M5EA 4E0WA 2XD3A 2RC9A 1FQFA 4KD5A 4X48A 5H8FA 3IOWA 3SEUA 2FYIA 1MXUA 1I69A 4GVOA 3TTMA 4DE8A 4ZEKA 1VSOA 1B7UA 2OLBA 4JWOA 4O3BA 1WODA 3RQTA 2HAUA 2Q9TA 4WEDA 3FVOA 2V93A 3SEXA 1UQWA 3GBBA 4C1UA 3K1MA 4ZECA 3N26A 4GIZA 2PT1A 1AMFA 3QAXA 4ZDMA 3O9PA 1Y20A 4ECFA 4IB2A 4G8MA 4K3FA 1R9LA 3RYAA 4IGTA 3TQLA 4BDRA 4GXAA 1AL3A 2WOKA 3TTLA 3H6UA 3A3UA 2XXWA 3B7DA 3GLBA 4YKJA 2Y7PA 3PMWA 4F18A 1B2HA 5L8DA 3WAFA 3FV1A 4TQUQ 3C4MA 1NL5A 1LBBA 3TKDA 4OEVA 3RTFB 3K6XA 3IB0A 1VFEA 4LONB 1A8FA 3N6UA 4ZEDA 2YJPA 5DVJA 1PDAA 4XTCQ 1LCFA 3SEVA 3PMVA 3JZJA 1S9TA 3PUVE 4GOTA 2VP1A 5DEXB 5K2YA 1SVXB 5AE4A 2REJA 3SEWA 2AYSA 1URDA 1Y3PA 1JVXA 1P1UA 5EHSA 3K6UA 1DOTA 4MH5A 3OSQA 1B0LA 2V25A 5BWJA 4Z0IA 2ZYKA 3RGYA 1N84A 3AXFA 4NF6A 1ZIUA 3FJGA 4QSDA 4FE8A 1B4ZA 1AIVA 4GQOA 1PC3A 5KZTA 2F35A 4YB5A 1IIWA 3UP9A 1EZPA 2P2AA 5KDTA 3MJNA 3LVUA 2PVUA 3FASA 1IXGA 4LQ2A 4X1BA 1Y4TA 5I58B 2R9JA 3SDFA 1VR5A 1Y1MA 4OHNA 1LAHE 1OMPA 3T22A 5L9SA 2RF1A 4IGRA 4ZEIA 4H1XA 2G93A 2X26A 4PFUA 4EQ9A 3FXRA 3U8QA 4BDQA 2REGA 1Q35A 2O69A 3ODBA 3UK4A 3TQWA 1QUIA 2XXPA 3RTWB 4U21A 1H44A 2XXHA 3MWBA 1A7LA 5KCJB 4BLAA 3LR1A 2I6EA 3W15C 1XHYA 1TFAA 1MXWA 5DEXA 3OO8A 3MAMA 5FTIA 3FGSA 4M4GA 5TU0A 4Q8RA 5L9OA 2XXVA 4RY1A 4FAJA 3B6WA 1URSA 4YB7A 5ITOA 5ISUA 3WAEA 2IA4A 1PB8A 1ZBMA 3PGFA 5ICTA 3DRHA 4U2RA 1B5JA 1MY4A 2AIXA 2P0SA 4GL8A 5AA2A 4DXBA 4LQ5A 3PPOA 4PFTA 1RYXA 3FZVA 2UYFA 2I48A 1A99A 5JK4A 3HN0A 3GBAA 5ITPA 5CI5A 3IX1A 4IO2A 3IR1A 2BJJX 3MUQA 4DZ1A 3U93A 4XKNA 3C33A 3TCGA 2ZXTA 3C34A 3FVKA 1HSLA 5HM4B 2F7BA 2F7AA 2WKYA 1O63A 2UVGA 1DMBA 3MVZA 1B5HA 3O6PA 4P11A 4F29A 2GFEA 3LSLA 4DXUA 1Y3NA 2V84A 4POXA 3IORA 2QSXA 1S7YA 4F1VA 2V3TA 4TLMB 4DIGA 3CIJA 3IOVA 3M3LA 4ZEFA 1F9BA 5KCJA 3VXBA 3VLUA 2RC7A 4LZ7A 4LUBA 1B46A 3DRFA 4F31B 2Z8DA 5CMCA 1QUKA 4XKRA 1MS7A 2F36A 4FIMA 2WOPA 4F3GA 4DCYA 4ONYA 5AA2D 2HXWA 4LATA 2PYYA 4OENA 1B1HA 1EH3A 3T9UA 5H8NA 2NOOA 4KR5A 1PB9A 3KSXA 1MQGA 3O29A 3C9HA 2ONKE 3E9XA 4NF5B 1TXFA 3C35A 3VVDA 2HQ0A 1GGGA 1SW4A 2H25A 1SW2A 3QXMA 1Y3QA 2O1LA 3A09A 3E4RA 3OMBA 1SBPA 1EZ9A 3H7MA 3MVWA 1SW1A 3EHSA 4ZE9A 1Q1KA 1PEBA 3BFTA 4KCCA 2B4LA 1D9VA 3RNNA 1MQDA 4OWDA 1P99A 3L6HA 3KBRA 3VDFA 2DVZA 1EU8A 1MDP1 4H8IA 4OZ9A 3O2AA 4HTGA 1B32A 1A40A 1MQJA 3DP4A 3M3KA 4C1TA 4FEDA 3PMXA 3K02A 2QPQA 3KOSA 4TOZA 2PT2A 2R71A 1LCTA 1LAGE 1R1NA 4P0GA 1B52A 3TELA 3I5OA 2F8DA 4L17A 3OOAA 1IXIA 1A8EA 3FATA 4XIGQ 4MBPA 5CMBA 3H4ZA 1FTKA 1FTLA 1JNFA 3FVGA 4JWXA 2I58A 1LFHA 5M2VA 1UTBB 4WXJA 2B3FA 4G68A 5JTYB 4ZEBA 2GHBA 5L9MA 2HAVA 2P1SA 1B9JA 4EQBA 4DCXA 4AB6A 3DRJA 4NF5A 3MPLA 4UA8A 3SKPA 2DWIA 2XXRA 4F3SA 1B3FA 3QUJA 2QL3A 4ELPA 4YU0A 1MQIA 3EPEA 2V3UA 3K01A 4OFJA 3Q27A 1QW0A 4G8NA 3RT8A 1P1OA 1IITA 4WEPA 3MW0A 3B6TA 3EF7A 4F2QA 3KZGA 4NF6B 4F3BA 3K2DA 4R75A 2O68A 4Q30B 1MDQA 1WVJA 4MFIA 4JBZA 4HW8A 3OO6A 2R6GE 3IO4A 3N6TA 2ANJA 2HEUA 4EF1A 3PUZE 1RYOA 5HPQA 4PP0A 4I9DA 5KDTB 3MBPA 1OLCA 1NNFA 2CMOA 2I0BA 3IJOB 1N3WA 3KSJA 2AL5A 4NMYA 5I56A 3KFMA 1MY1A 4GL0A 4M1VA 3FUZA 4PE5B 3F11A 4O3AA 1UTBA 5JTYA 4C0RA 3B6QA 5DYHA 4ESXA 4MF3A 2QS1A 3DRIA 2XXUA 3TMGA 4ZZAA 4FORA 2H99A 1QKAA 1MY3A 4G2ZA 4H0WA 2DE2A 2DYXA 3ZS6A 3MPKA 4IO3A 4H67A 1B51A 3S4UA 2OWTA 3PPPA 1VFDA 3JV9A 1Z7NE 2Y7IA 5AA2B 5DTBA 4LZ8A 4JSOA 1ZMGA 2PBWA 2XD2A 2O6AA 3E3KA 1MG1A 2A5TA 4G77A 4R2BA 1ATGA 3HO7A 4KFQA 2H98A 2ABHA 3U92A 1B7ZA 2ZMBA 3T9XB 2RINA 2Y7WA 4RJZA 4I1DA 2Y84A 4NE4A 3K00A 1XOCA 1HSJA 3LBSA 3T96B 3H06B 2LAOA 3RPWA 1SQYA 5IAIA 3IO6A 2I4CA 1JETA 4EDPA 3IOTA 1SW5A 4YKKA 3FJMA 1POTA 2HFBA 3OD7A 3BKIB 2F7CA 2O51A 4E0XA 1FQDA 2Y7RA 2H9BA 1GVCA 1BLFA 4ELQA 1BTJA 3PD9A 4RPOA 5I84A 5FTHA 2YLNA 3U72A 3QSLA 4DXCA 2VD2A 2QS4A 2ZNSA 2DE4A 2OJTA 1Y4CA 1I6BA 4U4SA 2Z22A 4F19A 4H8JA 3S9EA 2V3QA 2KLFA 3PPQA 2YPNA 2DSFA 5I2NA 3FVNA 3MP1A 3M8UA 4GRKA 5CC2A 1POY1 3RT6B 2O7IA 3CSBA 1R6ZA 3W9VA 3VXCA 3G3GA 4R74A 5H8NB 1NNKA 1AOVA 1OLAA 4ELOA 4PFYA 2DP8A 4KYDA 1O64A 3TTNA 1BIYA 3Q28A 4NEDA 2I49A 4XKPA 3C36A 2OCUA 3IJXB 1MH4A 2I3WA 3TODA 4R73A 2ESNA 5HBCA 4LZ5A 4POWA 1PB7A 2XXQA 4U4XA 5EYFA 4F2OA 4G4PA 3M3FA 1ZTYA 4QSCA 1B58A 4ZE8A 1MRPA 4QRZA 2THIA 3HCQA 1R9QA 1NH8A 3LSXA 3MVYA 3S9LC 5DT6A 1MPDA 4GWOA 4XKQA 3C32A 2I0CA 3UIFA 2XX9A 4ISUA 4G68C 2Z8EA 2Q88A 2G29A 5K2XA 1WDNA 5CRYA 3FV2A 1Y9UA 1US4A 2A5SA 3CG1A 1L5TA 3DRGA 5CBRA 3DRKA 4QF9A 1ANFA 1SI0A 3R7XA 4BDMA 4R9GA 3L6GA 1LB8A 4OFOA 1GR2A 3BFUA 3VE1B 2H5YA 1QJMA 3IL1B 4QHQA 4I8CA 1LB9A 2WOLA 2RC8A 2ZNUA 3H6VA 1NKXA 2GRVA 1T0KA 4KCDA 1JW1A 3TFLA 3TCHA 1IUDA 3ONMA 4EXLA 3TPAA 2OK2A 4G68B 1JEVA 3GXAA 3PV0E 4DLDA 3QIMA 4LVQA 1MXXA 5H8QA 3DELB 3D4GA 1N04A 3OO7A 1USYH 1A54A 2ONRA 3FTOA 2VD3A 2W7YA 4OEUA 4QFKA 2I3VA 5EHMA 1P1NA 4IO6A 3OSRA 1M5FA 2XXIA 1B0HA 2NXOA 1MM6A 4OMBA 4GLIA 3BBRA 4RA1A 1XC1A 3OEKA 5LOMA 3FXQA 2XHDA 4JXIA 3PUYE 1IQ7A 2B3BA 1RKMA 1ELJA 3D4CA 1YAEA 3KJ7A 4NWDA 4EUOA 1FQCA 4XXUA 1H76A 1TWYA 4O3CA 3TEPA 2HZLA 1SYIA 3T9VA 3EQ1A 4H6DA 1D3KA 1D9YA 3HPIA 5CMMA 4YICA 3CHGA 2Z23A 3K6VA 5I56B 1S50A 2B65A 2O1MA 3V5AA 3MQ9A 1MXVA 1DTZA 4ESWA 3K1NA 4WKMA 5AA4A 3ZKKA 1DTGA 3S2VA 4Q5TA 1H45A 2ZNTA 5CBSA 3PUXE 1B6HA 4PFWA 2ZYOA 2DWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BK4A 3HSTA 3O6IA 4R6HA 3DM0A 1FTJA 5DW8A 5B70A 2VHAA 4P1EA 3K4UA 5AA3A 4PGPA 3C31A 3V8XB 4U22A 4YKPA 2VOZA 4FECA 4NTLA 1OVTA 1UTHB 3EHUA 1B05A 3KC1A 3KJTA 1NUWA 4IY5A 1JVYA 3CRBA 3O66A 2B4MA 1UIVA 1O7TA 2OZZA 4KHZE 2HCAA 4AS5A 1PBQA 4R72A 1Z7ME 2DWHA 4GX4A 4HS7A 4MNPA 3SEYA 3ZKLA 2A5TB 1FCKA 3USDA 3LV0A 5IZ3B 5I57B 4OESA 3PD8A 4ZZEA 3KGCA 2QMWA 1YPNA 5TPAA 4AQ4A 3KN7A 2RCBA 4KYSA 3QYTA 4U1OA 4GD5A 3T9HB 3VLVA 3D1RA 1G0IA 1K9YA 1MM7A 4JDFA 3MVXA 5TP9A 4GWZA 4RPNA 1DSNA 1KA1A 3VLWA 4EXKA 3KOTA 2NUVA 4N07A 1IEJA 2DQVA 2F78A 3IB2A 1B3LA 3G3IA 4P0IA 4DI4B 1Y1ZA 4MLQA 3Q29A 1N3XA 4YZZA 1QULA 4Z7EA 2D5WA 4I62A 3A3CA 4PFIA 1MPBA 5JEIA 3QK6A 3OEMA 3Q26A 1VDWA 2F34A 3TYHA 3PPRA 3P7IA 4EQ7A 1MXZA 2DVCA 1B40A 2PX1A 4QFOA 2FA7A 1LGBC 3CFZA 1CE2A 4EF2A 4O94A 5I2KB 2VGQA 5EQ8A 1UTHA 5I2NB 2GHAA 1OVBA 5FHOA 3H6TA 2OBGA 1US5A 4NF4B 1SI1A 4NF0A 3IB1A 3SERA 4BDLA 1P1WA 4PDDA 1XI6A 1TT1A 4KPTA 3RUMA 1D4NA 1FQAA 5H8HA 3FJ7A 2KR0A 1MY0A 4THIA 4X1DA 5F24A 3MZ1A 3VFJA 5I59A 3CFLA 4NQ8A 4GWWA 4OA4A 3QUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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