3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
3QUJA 4OETA 2V3UA 3TZAA 2XXYA 1M5CA 4MBPA 4LQ2A 3M3KA 2QJEA 4BDLA 2XX7A 1ZU0A 3MW0A 4THIA 4ZEIA 3KOSA 1BLFA 3U92A 3G3FA 3V8XB 3KG2A 4QHQA 3L6GA 3G7WA 3I6VA 4ZECA 3CG1A 3VVFA 4G8HA 3S9EA 1IIWA 3C31A 3CIJA 1US4A 2F7CA 1T0KA 3AXFA 1A7LA 1N3WA 2RC7A 2Z23A 3U72A 4G68A 4M4GA 1B3EA 2GHAA 1AH5A 1SI0A 3FXQA 5TPAA 2O1LA 3HSTA 3IO6A 4X1BA 2XD2A 2QS4A 1ZLQA 3DRGA 2A5TA 2F5XA 4KPTA 1HSEA 4EQ9A 3MVWA 4H8IA 1H3DA 4IY6A 1GVCA 3EQ1A 3LC8A 3FD3A 3G3JA 4H5FA 2ONKE 4YB5A 4ND9A 3IB0A 5ISUA 2I0BA 4YKPA 3H6TA 1P1OA 1A8FA 3TODA 2NXOA 3S2VA 2P1SA 1D9VA 1B3GA 3KN7A 3IR1A 4O3AA 2ZNTA 4R6YA 5H8QA 1IXIA 1QKBA 4IO2A 2O1MA 1TFAA 4F3PA 1NNTA 5KDTB 2Q8JA 1UTBB 2F35A 1FQDA 4EDPA 2G93A 4OXVA 2RF1A 5KZTA 2UYFA 5FHNA 1FTKA 3G3HA 3CVGA 2R71A 5IAIA 2QS2A 1O64A 1B7HA 5DT6A 2G29A 2V25A 1Z7NE 4GL8A 3PPPA 3H6UA 4GRKA 2D21A 1FW0A 4FECA 4HTGA 1POTA 1HSLA 3UORA 2CZLA 4GL0A 1BTJA 4H65A 2DVZA 1DOTA 2V93A 2KLFA 5AA2D 4F3SA 4QSCA 4IO4A 5AA1A 1LFHA 1B3LA 4U1ZA 2QPQA 4JBZA 5KCJB 3N6UA 1A55A 3VXCA 3BFTA 3O28A 3C33A 4F29A 4F1VA 1B52A 2H25A 2PT1A 1B46A 5I58A 1URGA 1MRPA 3A3UA 2OJTA 2QMWA 3TAJA 3LVUA 4H5GA 3RNNA 3TQWA 4GD5A 3K6XA 4Q30B 1B5JA 1Y9UA 2UXAA 4G68B 3B6WA 1FQCA 4IY5A 3VDFA 3V5AA 3TTNA 1DPEA 1UQWA 1P1WA 2RC8A 4OWDA 3PUYE 4F2QA 1BKAA 4GWOA 1DMBA 4IO6A 2A5TB 4U4XA 5ICTA 3VXBA 4WEDA 4X1DA 3OSRA 1PBPA 3T9HB 4FJPA 4F1UA 2QRYA 1FQEA 3GXAA 3RQTA 1LAHE 5I57B 3KN8A 1B3FA 3MWBA 1BP5A 1CE2A 1H45A 1QW0A 3OXNA 4U23A 1R9LA 4MH5A 5CMBA 2OK2A 2Z8FA 2R9JA 4OESA 3GLBA 3JZJA 4R9FA 3IB1A 1HSJA 4YB6A 1B4HA 2DE3A 5I84A 4P11A 2DWJA 3RT8A 3MC2A 3IJOB 2H99A 1O63A 3VVEA 3U8QA 4R75A 4NE4A 4OFLA 3SDFA 1LLSA 4F18A 4GLIA 3ILTB 4QFOA 1LAGE 5H8NA 2ANJA 1AL3A 3RPWA 5F7VA 2PBWA 3K6UA 1BIYA 1MS7A 3IX1A 1FTJA 3N94A 2X26A 3FTOA 5AA4A 2I48A 3PU5A 4C1TA 4OERA 2F6PA 2GH9A 2O6AA 3O6GA 3O6PA 1P99A 3IK6B 5HPQA 4DIGA 3KEIA 1MQDA 4WEPA 1JNFA 4R9GA 4OYVA 3H6VA 3E3KA 4JXIA 3B7DA 4IO5A 4NTLA 5I58B 3MVXA 1SVXB 3PGFA 2UVGA 2O68A 4OVJA 4BDQA 2I58A 1B40A 3PPRA 4RJZA 4LZ8A 3BKIB 3IB2A 5HBCA 4F3GA 1Y4TA 3MPKA 3TFLA 5L9MA 4OFOA 4RNSA 3I3VA 2OBGA 4FATA 4EUOA 5A5XA 3PUXE 4ZEBA 3CR9A 1FTOA 3MVZA 4YKIA 2F7AA 2ZNSA 1TXFA 1B9JA 1RYXA 2OWTA 3LSLA 3TPAA 2IA4A 2V3QA 1I69A 3OEMA 3FJMA 4EF2A 4IO3A 3C9HA 1MQHA 2VD3A 2F78A 3L6HA 4EQ7A 4OEUA 1MXVA 3DM0A 1B1HA 3KFMA 2RCBA 4U4SA 4K3FA 1YAEA 4X9TA 1NNKA 4G4PA 5H8HB 1PB7A 2R6GE 1USYH 5M2VA 1N7XA 4OMBA 5CC2A 3KBRA 4RK2A 1SW2A 4DLDA 2P2AA 1XHYA 1UTBA 2UVHA 3DRKA 3TTLA 1YTVA 3Q29A 1FQBA 1H76A 4BDNA 3GZGA 4JWOA 1UTHB 4OENA 1LGBC 4I8CA 2QS3A 5L8DA 1MPDA 1MY1A 1OIBA 1IEJA 2NVUB 2V84A 3I5OA 2FA7A 4KI0E 4IO7A 5AA4B 4XIGQ 1JW4A 1B0HA 2XX9A 1OQHA 4NEDA 1ZBMA 3DRFA 5CRYA 2XXVA 4C0RA 2ZMBA 2YLNA 5I2NB 2ABHA 2XXRA 4GXAA 3EHUA 2XXUA 2PVUA 4TQUQ 2Y7PA 3FZVA 2ESNA 3LSXA 5KCJA 2HZLA 1GV8A 3DRJA 3H4ZA 2B65A 2I49A 3QIMA 4ELRA 4UACA 4DXUA 3O29A 1QUKA 3IL1B 3LR1A 4RYAA 3DLNA 4R2BA 4X48A 3MBPA 2F36A 3TTMA 1XVYA 3T9XB 3SERA 5A5XB 1B6HA 4KQPA 4LATA 1YPNA 1MPCA 3OEKA 1AIVA 1D4NA 1JVXA 1NKXA 3ZKKA 2NOOA 2OZZA 4F1YA 3OD7A 3DP6A 2I4BA 3C36A 4NF8B 3K1PA 3UA8A 3LBSA 4TLMB 4QFKA 1Y4CA 1ZIUA 4EXKA 4JWYA 2OLBA 5ICQA 5EHSA 4ECFA 3K1NA 3E4RA 1ANFA 5DVIA 2Z8DA 3G3KA 4KYDA 1MQIA 4P0GA 3W9VA 5I57A 2HCAA 2Q88A 2I3VA 5K2XA 1OMPA 4Q5TA 1DSNA 4TOZA 1Q35A 1OQGA 1B5HA 1VE4A 5ITPA 2LAOA 1FTLA 3SEWA 2P0SA 4RPNA 3T9VA 3K6VA 4WXJA 3KSJA 4KHZE 4AQ4A 5DYHA 1MDP1 5I2KB 1A54A 1NH7A 3T22A 3USDA 5JEIA 1OLAA 5DEXA 1MH4A 4XKQA 4Q8RA 3DELB 4F22A 3KZGA 2ZYKA 1B51A 2F7BA 5EYFA 3PPQA 3KJTA 4H8JA 1B7UA 3TCGA 3JV9A 3PD8A 2D5WA 4U22A 4HCWA 3VLWA 4BDOA 2DWAA 4QFNA 1QVSA 1SYHA 1M5BA 1II5A 3UK4A 4R6HA 3S4UA 1B05A 1I6QA 4N13A 3S9MC 2Q9TA 1OLCA 5CMKA 3M3LA 1EZPA 3PMVA 5CMMA 1LCFA 1URSA 3RGYA 2M8CA 3RUMA 4N07A 5DVJA 2Z22A 3HO7A 4MLQA 4FE8A 3TDJA 1VFDA 1IXHA 1XC1A 1MDQA 1JETA 3TTRA 1N04A 4U21A 3V89B 4R6KA 1VR5A 4GQOA 5L9OA 1QUJA 4GOTA 3K00A 3WAFA 1P1UA 3VFJA 1I6BA 2ZYMA 3H3GA 2F34A 3QUFA 3H06B 3GBBA 1B3HA 1USYE 3RT6B 1EZ9A 4NWDA 1NL5A 3CFXA 2GRVA 3MUQA 2DVCA 2VHAA 4F2OA 4POXA 3PUVE 1IZ1A 4QFLA 3G3IA 2O51A 4PQJA 5AA2A 3GBAA 3SESA 2WKYA 1S50A 4XXUA 4H67A 3K0VA 4JSOA 5H8HA 4KFQA 3W15C 3FJ7A 2BJJX 3O6HA 2AIXA 3SETA 1LBBA 4MFIA 1SYIA 1FQFA 4LP2B 5CBSA 4KYEA 4FIMA 2XXXA 2RINA 1CB6A 2ZXTA 2UVIA 1MXZA 1SQYA 5DEXB 4XTCQ 4ZDMA 3EPEA 4XKPA 2DP8A 3FJGA 1XT8A 3QAXA 1KWHA 2GFEA 1N7WA 4ESWA 5JTYA 3IORA 1UTHA 2WOLA 1XS5A 2Q89A 3CI8A 2PT2A 3EHTA 3O2AA 2XXIA 2REGA 3C35A 2XHDA 3A3CA 3OSQA 2HFBA 3ZKLA 2B4LA 3HHFA 3T66A 3IO4A 5H8FB 1P1QA 2Y7KA 4R72A 4LUBA 4NF6A 1US5A 3UN6A 4NF4A 4LVQA 1OVTA 4AB6A 3O9PA 3R26A 4LQ5A 3ILUB 1WVJA 2DQVA 3THIA 5I2NA 2I3WA 1R1NA 4IGTA 3TKDA 4R74A 1QUIA 5I56A 4G2ZA 2DXYA 1NMUA 3ODBA 4KD5A 1PEBA 3SEVA 2HEUA 1MPBA 5LOMA 4LZ7A 3K6WA 3HCQA 3Q28A 1URDA 3K01A 1Z7ME 4DDDA 4MLVA 2DXRA 2B3BA 3HPIA 4XKRA 1GTKA 1DTZA 1GR2A 5K2YA 3U93A 4OEVA 4N6PA 4NF8A 4YU0A 1B2HA 2HQ0A 2QMXA 3VE1B 2E1SA 5AA2B 3DP8A 4MF3A 2NWJA 1D9YA 5TP9A 2WOKA 2Q2AA 1MH3A 3IOWA 3FXRA 4U2RA 3W9WA 3VVDA 4I1DA 3WAEA 4C1UA 4GIZA 3SKPA 4POWA 2QSXA 1N0TA 5B7DA 4ZEDA 4YICA 4M1VA 2PYYA 4O3BA 1GGGA 3H03A 4QF9A 4R73A 2Z8EA 3JYRA 1NFTA 3R7XA 4L17A 5JTYB 3LSWA 5I2KA 3D4CA 2DWIA 4EF1A 4P0IA 3BFUA 3CHGA 2GHBA 3PV0E 5TU0A 4JWXA 1JEUA 4JSDA 1R9QA 4NF5A 3MAMA 4YAHX 4NF6B 5CM6A 1TFDA 1Q1KA 4NF4B 1A8EA 3PMXA 4E0XA 1J1NA 4YB7A 4G77A 4U1OA 1NNPA 3FATA 4FORA 1PDAA 1SW1A 4PETA 3T9UA 1QKAA 1SI1A 4KCDA 2QS1A 4JDFA 1JW5A 3CG3A 3PD9A 1MG1A 5I56B 1ZMGA 3VLVA 2CMOA 1MQJA 3OO7A 1M5DA 1JEVA 2AYSA 4F19A 3PAMA 2PMSA 1D3KA 4HCYA 3OOAA 3FVNA 3MP8A 2HAUA 4ESXA 2DE4A 2I4CA 1DPPA 2YJPA 3IJXB 1YCJA 1LB8A 3A09A 2ZYNA 4GFRA 4RPOA 1RKMA 3DRHA 1B5IA 2DSFA 3OELA 3QXMA 4DXCA 4FEBA 4HW8A 2ONSA 2PX1A 3OO8A 2Q2CA 2RCAA 1MM7A 4OZ9A 1SBPA 5BWJA 3S9NC 4OTEA 2VD2A 3CRBA 3TTKA 5JK4A 3CFLA 3Q25A 4GXSB 1POY1 4LA9A 1IXCA 3K4UA 4YKKA 4R2FA 2XXHA 2D3IA 3U94A 4Z7EA 4LZ5A 5TP9B 3MJNA 3R6UA 2ONRA 3B6TA 4ZZAA 4QRZA 4DCYA 2X7PA 3FIRA 3C34A 2H5YA 4RY1A 4Z0IA 3RYAA 1DTGA 4H6DA 3M3FA 4YMBA 3MZBA 3MPLA 2E0SA 1EH3A 2FNCA 1M5FA 5H8SA 4PFTA 3T96B 1B7ZA 3O66A 4ONYA 1LAFE 5FTIA 3ONMA 4G68C 1TWYA 2XXTA 2UYEA 1S7YA 2O69A 2H98A 4G8MA 1A99A 3FV1A 2O84X 4FEDA 3TCFA 3KSXA 1Y1ZA 3VV5A 2THIA 3MVYA 3CSBA 3BBRA 1TT1A 1IUDA 3CFZA 3EHSA 2O7UA 1H43A 3O6IA 4NF5B 4PP0A 1P1NA 4WKMA 1IITA 2I0CA 3MP6A 1Y20A 5I59A 3TUSA 4BLAA 5H8FA 3G3GA 5B70A 1LFGA 2HAVA 2NUVA 4ZZEA 2RKMA 1OVBA 4IB2A 3RLFE 4F31B 4I9DA 1ZJLA 2ZYOA 3SEUA 1H44A 1AOVA 2OCUA 4RA1A 5CI5A 2H4IA 4XKNA 3KN3A 4GF8A 2DS9A 4NWCA 5EHMA 2Y7IA 4GVOA 1SDXA 3TELA 5CBRA 2XXPA 1B0LA 3Q26A 1MXXA 4PFWA 1IQ7A 1SW4A 2REJA 3PMWA 3PPOA 3ZSFA 3E9XA 3QK6A 2XX8A 4BDRA 3IOVA 4YKJA 4LONB 2OWSA 3IAZA 3PUWE 4RK9A 3KJ7A 1ZTYA 2AL5A 5DVFA 2Y84A 1MXUA 3U1OA 3K2DA 1N3XA 5TPAB 2DWHA 4QSDA 2V3TA 4OQOA 3RN8A 4QSEA 3Q27A 3QYTA 4ZS9A 2DYXA 5FHMA 1AMFA 1ATGA 5ELVA 3M8UA 3UIFA 1EU8A 3UP9A 3FASA 3OO6A 1JW1A 1NH8A 3TYHA 5L9SA 5J1DA 3VLUA 4ZE8A 1UIVA 4JB7A 1PBQA 1SD3A 2ZNUA 3FGSA 1QULA 1MY3A 1Y1MA 4ZE9A 5H8QB 3FUZA 5ITOA 3IOUA 1LSTA 1SW5A 3RY3A 2Y7RA 5FTHA 3RYBA 2HXWA 4UA8A 4ELPA 2VP1A 4F39A 3TCHA 3QSLA 4ELOA 3F11A 4ZEFA 3HN0A 1ZKBA 1LCTA 1O7TA 1F9BA 5HM4B 2UVJA 2B4MA 5AE4A 4ELQA 5BUUA 1PB8A 4H1XA 1MM6A 5I59B 3N26A 3FV2A 3TEPA 5FHOA 4FAJA 2I6EA 5AA3A 2XXWA 2O7IA 2A5SA 1B1XA 2FYIA 3OMBA 1QJMA 2HZKA 1FCKA 2VGQA 1M5EA 4H0WA 3FVGA 4ISUA 4DCXA 2DOJA 3N5LA 1PB9A 3PUZE 2QL3A 3O97A 1N76A 4KCCA 1I6AA 1RYOA 4DXBA 2F8DA 3KGCA 1FTMA 3SEYA 4DZ1A 2XXQA 3FVKA 2Y7WA 3T93B 3V83A 3S9LC 4DE8A 1WDNA 4Q0CA 1Y3NA 3IOTA 2ALUA 4E0WA 1L5TA 3FVOA 4PE5B 1JQFA 3PPNA 1MXWA 2H9BA 1LB9A 1R6ZA 1JVYA 1LFIA 4NMYA 1FQAA 3KOTA 5DTBA 3C4MA 4EXLA 3H6WA 1MQGA 3LUYA 3C32A 1XVXA 4QFPA 4PFYA 2RC9A 4IGRA 4AB5A 1ELJA 3FXUA 1VFEA 4YZZA 1MY2A 1Y3QA 1MY4A 5CMCA 4G8NA 1NNFA 1VSOA 1S9TA 2F97A 3EF7A 3OO9A 4O3CA 1UIUA 3HV1A 4KYSA 3HHGA 2YPNA 2IEEA 3MZ1A 3TQLA 3DP4A 5F1QA 3LSFB 4YMAA 3RTWB 2W7YA 3B6QA 3ECRA 1A40A 1LAXA 1MY0A 1Y3PA 3N6TA 3OENA 2WOPA 2F6GA 4RXLA 4F3BA 3K1MA 1B4ZA 3P7IA 4KR5A 4OHNA 2DE2A 4BDMA 3K02A 3RTFB 4TLLB 1B32A 1LBCA 5KDTA 4OFJA 4PFUA 2VOZA 1PC3A 1IXGA 3E13X 1EZOA 5H8NB 3UGWA 4ZEKA 3TMGA 2XD3A 1MXYA 3EN3A 4EQBA 2B3FA 5IKBA 1N84A 1B58A 3MZ9A 2AL4A 4I62A 3D4GA 3MQ9A 3MP1A 1XOCA 3ZS6A 3H7MA 4HS7A 1WODA 3DRIA 3CSGA 3SEXA 2X7QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QUJA 4OETA 2V3UA 3TZAA 2XXYA 1M5CA 4MBPA 5ET7A 4LQ2A 3M3KA 2QJEA 4JVCA 4BDLA 2XX7A 1ZU0A 3MW0A 4THIA 1FBFA 4ZEIA 3KOSA 1BLFA 3U92A 3E78A 3G3FA 3V8XB 3KG2A 4QHQA 3L6GA 3G7WA 1FJ9A 4PF8A 1DK4A 4N17A 1FPGA 4IR8A 3I6VA 4ZECA 3CG1A 3VVFA 4G8HA 3S9EA 1IIWA 3C31A 3CIJA 1US4A 2F7CA 1T0KA 4GWSA 1IMBA 3AXFA 3QMFA 1A7LA 1N3WA 2RC7A 2Z23A 3U72A 4G68A 2F3BA 1NV2A 4M4GA 1B3EA 2GHAA 1AH5A 1SI0A 3FXQA 4MHFA 4JVDA 5TPAA 2O1LA 2HHMA 3HSTA 3IO6A 1K9YA 2CZHA 4X1BA 2XD2A 2QS4A 4PAKA 1ZLQA 3DRGA 2A5TA 2F5XA 4KPTA 1HSEA 4EQ9A 3MVWA 4H8IA 4PC9A 1H3DA 4IY6A 1GVCA 3EQ1A 3LC8A 3FD3A 3G3JA 1KA0A 4H5FA 2ONKE 4YB5A 4ND9A 3IB0A 5ISUA 2I0BA 4YKPA 3H6TA 1P1OA 2WBDA 1A8FA 3TODA 2NXOA 3S2VA 2P1SA 1D9VA 1B3GA 3KN7A 3IR1A 4O3AA 2XWIA 3E79A 4HXVA 4OA4A 2ZNTA 4R6YA 5H8QA 1IXIA 5EQ9A 1QKBA 4IO2A 2O1MA 1TFAA 4F3PA 1NNTA 5KDTB 2Q8JA 3T0JA 1UTBB 2F35A 1FQDA 4EDPA 2G93A 4OXVA 2RF1A 5KZTA 2UYFA 5FHNA 1FTKA 3G3HA 3CVGA 2R71A 5IAIA 2QS2A 4GX3A 1O64A 1XI6A 1B7HA 5DT6A 2G29A 5IZ3A 2V25A 1Z7NE 4GL8A 3PPPA 3H6UA 4GRKA 2D21A 1FW0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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