3MVZA

X-ray structure of the (hydro)peroxo intermediate nika/1-int", after monohydroxylation of the iron complex
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 162
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvzA01
4OXVA 4F3GA 3PPPA 3U8QA 4KYDA 2GFEA 4DCYA 1SW2A 1B40A 1P99A 3KJTA 4OENA 2ZNSA 3TAJA 1H3DA 3FGSA 2OK2A 5TU0A 3G3KA 1N7XA 4BDRA 3QIMA 2OZZA 3HSTA 1MXXA 4DLDA 3R26A 4R9FA 1UTBA 2B4MA 5I2NB 3P7IA 4KCDA 1PB7A 2DVZA 3EF7A 3SEWA 4RK2A 3ZKLA 2WOLA 3IO4A 3VFJA 4F19A 1D9YA 2H98A 2I3VA 4U2RA 1LB9A 1UTHA 3O2AA 3QSLA 3ODBA 3PPNA 4U23A 1B7HA 5F7VA 1BIYA 2F7BA 3KGCA 4LP2B 1QKAA 4JWYA 3GXAA 3D4GA 4F2QA 5I56B 3B7DA 1PBQA 3VVDA 2VOZA 4X1BA 1SD3A 4F22A 4JSOA 2XX9A 1NKXA 4POWA 4R2BA 1SW5A 3PUVE 1GR2A 3FVKA 3RN8A 3I6VA 1MPCA 4G4PA 4O3CA 2A5TA 4Z0IA 5B7DA 1GGGA 3IOTA 3IORA 2XXUA 3KJ7A 5AA3A 1UIUA 3FATA 3KSXA 4E0XA 4QHQA 5H8HB 2O68A 3MPLA 4RA1A 1QVSA 4OERA 3S9NC 5DTBA 4RPOA 3F11A 1PB8A 4F39A 1JNFA 3CFLA 2QMWA 3H6VA 1EZOA 1R6ZA 1SW4A 5BUUA 2QJEA 2UVHA 4PQJA 5CRYA 2F5XA 3FJMA 4JXIA 5CMBA 1URSA 3O97A 4IO4A 3UP9A 1MY2A 3M8UA 4OETA 1TWYA 1JW5A 3KEIA 3RUMA 3IO6A 5KDTA 4BLAA 2P1SA 3N94A 1O63A 1IITA 1FQBA 3TKDA 4YZZA 5ITPA 2HZLA 1JW1A 3K6VA 1POY1 3SEUA 5ITOA 1KWHA 2PBWA 3PD8A 4PFTA 3MAMA 3QAXA 3THIA 4QFPA 1DTZA 4IO2A 1EH3A 4R2FA 4KFQA 5I57A 2E1SA 1OQHA 1DPEA 2HCAA 3IX1A 2QMXA 4ZS9A 2XXWA 4UA8A 2OWSA 1GV8A 2P0SA 2NUVA 4JBZA 4DXBA 4R73A 3PAMA 1P1WA 4ZEDA 3DM0A 1VR5A 4PP0A 5I2KA 4C0RA 2G93A 4P11A 3MVWA 1FTMA 3ZS6A 1TXFA 2HEUA 2F36A 1LCTA 2I4BA 2Q2AA 4ELPA 5AA4B 1VFEA 3EN3A 2B65A 1FQCA 3H06B 4YU0A 3B6WA 4G8NA 3M3FA 4ONYA 4QFLA 4RXLA 1TFDA 4OEVA 3LC8A 5BWJA 1XS5A 3CSGA 2ABHA 4RK9A 3FZVA 2QRYA 4EXKA 3PPRA 3TYHA 2GRVA 1LSTA 1S50A 4YKJA 5HPQA 2G29A 1LAGE 1B32A 3FV2A 4Q8RA 4UACA 4U4XA 5CC2A 3UGWA 1N04A 1Y4CA 5AA2B 4EQ9A 4I9DA 2I48A 4WXJA 2H25A 3KN3A 1MQJA 3JZJA 4MF3A 5DVJA 1XVXA 2LAOA 4PFUA 2UVGA 3RT6B 2R6GE 2RCAA 2I49A 4Q0CA 1NFTA 3RGYA 1P1QA 3ECRA 4THIA 1N76A 2Y7RA 4BDNA 3MW0A 3CSBA 4FE8A 5L9MA 3CVGA 4GXAA 4PETA 3QUJA 4EXLA 1B58A 4N13A 1FQDA 2VGQA 1MG1A 1Y3QA 4YKPA 4HCYA 2F78A 3S4UA 3SEVA 3OO7A 4GXSB 5FHOA 3Q25A 1PB9A 4PFYA 3V5AA 3K2DA 5H8FA 1BP5A 3LSLA 2QL3A 4BDQA 4F3BA 1LFGA 1YAEA 1LCFA 2VP1A 4YKKA 2Y7WA 4HS7A 5CMMA 5H8NB 3CI8A 2YLNA 4TLMB 4I8CA 4NF5B 3T9XB 1NNKA 4IY5A 1FTLA 3HO7A 4H5GA 4ZE9A 1S7YA 4R72A 3TFLA 3E13X 2Y7PA 4NF6A 1VSOA 3FJ7A 4TLLB 4YAHX 3SKPA 1FW0A 1RYXA 3C35A 3T66A 3QYTA 4OFOA 4P0IA 3OEKA 4EUOA 4QFNA 2F35A 1CE2A 1FCKA 1RYOA 2V3QA 4ECFA 1N3WA 3C33A 5L8DA 2Q9TA 1A55A 3MVXA 2O7UA 3HHGA 4OVJA 5CI5A 3VLVA 3QK6A 3LUYA 2AL4A 5FHNA 5TP9A 5L9OA 4R6HA 3CIJA 1ZBMA 3ONMA 4AB5A 3G3JA 3FVOA 1M5CA 3SEXA 3OELA 3FUZA 4JDFA 2ZMBA 2V3UA 4IO5A 4OZ9A 4N6PA 2ZYKA 4ZECA 3DP8A 2REJA 2D5WA 2OCUA 1A99A 3V83A 3SETA 3OXNA 4GVOA 3ZKKA 2UYFA 4RJZA 4DXUA 1B3EA 4MLQA 2ONSA 1OIBA 2PVUA 5H8QB 4ZDMA 4ND9A 4H8IA 4BDLA 4LATA 4IGRA 2DWAA 4ZZEA 3EHUA 4G2ZA 4XKPA 4GF8A 1LBBA 3VLWA 3MZ9A 4OHNA 2QS4A 4L17A 4GOTA 1H45A 1P1NA 5AA1A 5HM4B 3DP4A 1MM6A 3U72A 1B7ZA 3MVYA 3PUZE 4PE5B 1B5IA 5H8SA 3U92A 4X1DA 2RC8A 1AL3A 3WAEA 4U1OA 4RYAA 3QXMA 1JQFA 2DE4A 3TQLA 4ZEBA 1QW0A 1YPNA 3ZSFA 3E3KA 1EZPA 3HN0A 4ZZAA 4KYEA 1N7WA 1A7LA 4OESA 1B1XA 4ZE8A 2QS1A 1MXUA 3OEMA 3HV1A 2FNCA 1M5BA 3A3CA 4OFLA 3V8XB 3IOWA 4KD5A 1MDQA 1R1NA 4I62A 3FJGA 5CMCA 4NF8B 2NVUB 3PUWE 5HBCA 3PMXA 1Y1ZA 2PMSA 3TTNA 2RC9A 1A8FA 1AMFA 3V89B 2DXYA 2B3BA 5FTHA 2XD2A 3KSJA 5A5XB 5L9SA 4F3SA 3KG2A 1M5FA 4KI0E 2XXRA 3KN8A 2ONRA 2O1LA 3K6XA 1XOCA 4JSDA 2Y7IA 3SDFA 2V93A 1MXVA 1B3FA 3K00A 4QSCA 1IXIA 3GBAA 4EQ7A 3IB1A 4OMBA 3ILTB 1LGBC 4TQUQ 2VD2A 4DDDA 3K1PA 3OMBA 2I0BA 3TDJA 4KPTA 5I59B 4U1ZA 2ZXTA 4YB7A 4GL0A 2F6GA 4WEPA 3U1OA 4OTEA 3G3GA 3T9HB 3C32A 3MJNA 1BKAA 5AE4A 1B5JA 1LBCA 3K6UA 4XTCQ 1TFAA 5JTYA 4YICA 3S9EA 4Q30B 3CRBA 3OOAA 3RYAA 1Y20A 2XXIA 3Q27A 2XXYA 3GZGA 5JEIA 2NOOA 4NF4A 3MP6A 3FXUA 1Y9UA 3W9VA 4G68A 4ELQA 3I3VA 3R6UA 5K2YA 1MY1A 2NWJA 3PD9A 5I58A 2PT1A 3DRHA 1SYIA 1GTKA 3BBRA 1JVYA 2ONKE 1IXGA 3Q29A 4YMBA 5DVIA 3LSWA 3TQWA 2XXPA 3G3HA 5DEXB 2RCBA 1SW1A 2I3WA 1DOTA 2H9BA 3FD3A 1Q35A 1B52A 2O51A 1O7TA 4MLVA 2HFBA 1B1HA 1B3LA 3PGFA 1QULA 1HSEA 3MBPA 2HQ0A 1SI0A 3O9PA 4OFJA 1HSJA 2H5YA 3MP1A 1QJMA 2HAVA 3RTFB 3O28A 4GIZA 1B3GA 4H5FA 1UTBB 1YCJA 3ILUB 3UA8A 1EZ9A 1Q1KA 1ZJLA 1MY4A 4U21A 2R9JA 4YB6A 4G77A 1LLSA 1UQWA 1B51A 3E9XA 2THIA 3B6QA 1JEUA 4GWOA 4H8JA 2O1MA 4KYSA 3DRFA 3JYRA 1UTHB 1T0KA 3U94A 3O6HA 3G7WA 2I58A 4E0WA 3K1NA 2RINA 2F97A 4LZ8A 1JETA 1II5A 2IA4A 3K0VA 1FQEA 1B6HA 1LFHA 4H65A 3T9VA 1Z7ME 2CZLA 5K2XA 1MRPA 1MXZA 4XKRA 2RF1A 3IR1A 4QRZA 3H6UA 4LUBA 5TPAA 1OQGA 3B6TA 3D4CA 1FTOA 2RKMA 4KR5A 4YMAA 3H03A 3KBRA 1FQFA 1SI1A 4F1YA 3OD7A 1S9TA 3MC2A 2A5TB 5KCJA 2CMOA 3DRJA 5EHSA 3UN6A 3C36A 1LB8A 3MVZA 2NXOA 1DPPA 1IZ1A 3USDA 1POTA 3KFMA 3EPEA 4F31B 1ANFA 5EYFA 4U4SA 2E0SA 3CHGA 3SEYA 4M4GA 3LSXA 3R7XA 1SVXB 1TT1A 3QUFA 1MY3A 5IKBA 4RNSA 1D9VA 2Z8FA 2AL5A 4LVQA 2DYXA 3K4UA 3RNNA 5KDTB 4PFWA 3IOUA 4EF2A 5M2VA 5CBRA 3GLBA 1Y4TA 3CG3A 5IAIA 1XVYA 1PBPA 4F2OA 2ZYOA 1MDP1 4RPNA 3CG1A 2QS2A 1B0HA 5I57B 2ZYMA 3TTKA 4MBPA 1B3HA 2A5SA 4X9TA 5I2NA 2XX7A 4HTGA 2Y7KA 3O6PA 1BLFA 2W7YA 4R6KA 5I2KB 3HPIA 4GQOA 5DYHA 3MP8A 4DXCA 5ELVA 1VFDA 1AIVA 3RPWA 3Q26A 3PPQA 4R74A 2DOJA 1M5DA 1JVXA 4C1TA 1MH4A 4M1VA 3KN7A 2I0CA 1ZIUA 4Q5TA 4JWXA 4DCXA 4OYVA 2ANJA 3MUQA 3K6WA 3DLNA 3L6GA 4GL8A 3VLUA 3VV5A 3CR9A 2I4CA 2V25A 5I56A 4R9GA 3MPKA 1QUKA 4FIMA 3RY3A 3UIFA 3CFXA 2I6EA 3BKIB 3IAZA 2HAUA 1PEBA 2BJJX 3N5LA 3TODA 1B0LA 1OLAA 2AYSA 4QFKA 1OVTA 3W9WA 5FHMA 1N3XA 2OBGA 2F34A 1SYHA 4HCWA 5KZTA 4WKMA 1B4HA 3VXBA 1MQGA 2GHBA 1MPBA 4NMYA 3PU5A 2REGA 2ALUA 5I84A 5H8HA 2F8DA 3SESA 3IJXB 3I5OA 5EHMA 4KCCA 2H4IA 2ZNUA 2OLBA 4K3FA 4GRKA 3PMWA 1LAXA 3FIRA 1NNPA 1D3KA 2FYIA 3LBSA 2PX1A 3C9HA 5B70A 1DMBA 3O6IA 3LVUA 1N0TA 2RC7A 5H8FB 1B2HA 2O7IA 2ZYNA 1J1NA 3RQTA 1LAHE 1F9BA 1FQAA 1MS7A 4ZEFA 4X48A 4FEBA 1MM7A 1MXYA 1UIVA 4EDPA 1AH5A 4TOZA 2B3FA 1YTVA 1WVJA 4G8HA 2V3TA 1O64A 4NF6B 4NTLA 2X7PA 2DE3A 3MZ1A 5AA2D 5CBSA 3TELA 4H6DA 1A54A 3FASA 1B5HA 4H67A 1H76A 1JEVA 5AA4A 1OLCA 3S9LC 4LQ2A 3EQ1A 2FA7A 3OSQA 3DRKA 4XIGQ 1AOVA 2H99A 1NMUA 1L5TA 2F7CA 5FTIA 3PV0E 4AB6A 5TP9B 3DP6A 4AQ4A 4EQBA 1H43A 4IO3A 4OQOA 3TCGA 1NL5A 1HSLA 5LOMA 2V84A 1EU8A 4QSDA 4LQ5A 1B7UA 4YB5A 5AA2A 4EF1A 3LR1A 1SDXA 2DXRA 2UYEA 4ESWA 3O66A 3TTRA 3TMGA 4LA9A 1URDA 3IB2A 3BFUA 1N84A 1WDNA 3UORA 1ZLQA 3PMVA 3IL1B 3KZGA 1IUDA 3H3GA 1XC1A 1I6QA 1LFIA 2P2AA 3C4MA 1USYH 1DTGA 2ESNA 4ELRA 4WEDA 2PYYA 3FVNA 2Q2CA 4FEDA 1MXWA 2R71A 3AXFA 4G68C 3TZAA 2QPQA 3KOTA 3G3IA 2WOKA 1P1OA 1Y1MA 2XHDA 3OENA 4QF9A 1LAFE 2QSXA 3C31A 2QS3A 3O6GA 1PC3A 3EHTA 3OO9A 3EHSA 5H8NA 3DRGA 3N6UA 1A40A 3A3UA 2YPNA 3Q28A 2XXVA 4N07A 4NWDA 4POXA 4NF5A 3TTLA 2DP8A 3FV1A 4BDMA 2VD3A 3PUXE 3HHFA 1ZTYA 2O84X 4R75A 4IB2A 4NWCA 4GD5A 1US5A 4Z7EA 4BDOA 5DT6A 1QUJA 4JWOA 1IEJA 1SBPA 2UVJA 1D4NA 1OVBA 4ELOA 1VE4A 3JV9A 1IXCA 4KQPA 3H4ZA 1R9QA 4DZ1A 2XXTA 4ZEIA 4LZ7A 4F29A 2O69A 4IO7A 4RY1A 1US4A 4NEDA 1ZU0A 4F1UA 4IO6A 3RLFE 3MZBA 1QKBA 3MWBA 4FECA 2OJTA 3U93A 3FTOA 1NNTA 2Z23A 1H44A 1MQHA 4F3PA 4GLIA 3H6TA 2GH9A 5ICTA 1NNFA 2DQVA 3HCQA 1JW4A 2B4LA 3FXRA 2M8CA 3TTMA 5ICQA 3G3FA 5JTYB 3RT8A 3A09A 1DSNA 5H8QA 3TCHA 4R6YA 4QSEA 2UVIA 1B46A 4I1DA 4FJPA 4NF4B 4G68B 2AIXA 1QUIA 4MFIA 4O3AA 2ZNTA 1A8EA 4XKQA 1I69A 5I58B 3IB0A 4ISUA 3IJOB 4XXUA 5DVFA 2DWJA 2XXXA 2Y84A 1Y3PA 3T93B 1I6AA 1XT8A 4YKIA 3K1MA 3S2VA 4P0GA 2DSFA 5CM6A 3OO8A 2WOPA 3VVEA 1MPDA 3TCFA 1ZMGA 2IEEA 3PUYE 2KLFA 3FVGA 3CFZA 4FATA 1MY0A 3OO6A 4G8MA 1IQ7A 1B05A 4MH5A 3TPAA 3LSFB 4ZEKA 1ZKBA 1CB6A 3SERA 5JK4A 4HW8A 2F6PA 3N6TA 3VDFA 4DE8A 2PT2A 2HZKA 2DWIA 2D21A 3IK6B 2Z8EA 1SQYA 2F7AA 3VE1B 4XKNA 3M3KA 3RTWB 4NF8A 4DIGA 3VXCA 2XD3A 4H0WA 1XHYA 4ESXA 5J1DA 3N26A 1R9LA 1ELJA 2WKYA 4FAJA 3BFTA 4F18A 3E4RA 3OSRA 5A5XA 4OWDA 5CMKA 2XX8A 1Y3NA 2XXHA 2UXAA 3L6HA 3K01A 4KHZE 2Z22A 2DWHA 3WAFA 3IOVA 4H1XA 5ISUA 2VHAA 3T9UA 4QFOA 1MH3A 2Q89A 2XXQA 3K02A 3S9MC 1GVCA 1B4ZA 4U22A 4LONB 3W15C 4IY6A 3UK4A 4C1UA 1RKMA 3TUSA 1I6BA 3MQ9A 5I59A 2GHAA 4GFRA 1WODA 1USYE 2Q8JA 1OMPA 1ATGA 2OWTA 3O29A 2DE2A 3T22A 3PPOA 5TPAB 4OEUA 2X26A 3C34A 3M3LA 4NE4A 2O6AA 2D3IA 1M5EA 2DVCA 1URGA 1NH8A 3VVFA 1MQDA 4O3BA 3KOSA 1FTKA 5KCJB 2Z8DA 4JB7A 2HXWA 2Q88A 1B9JA 1P1UA 5F1QA 3RYBA 1IIWA 3GBBA 4F1VA 3TEPA 3DRIA 3H7MA 1IXHA 1FTJA 4IGTA 3DELB 2X7QA 1BTJA 2DS9A 3H6WA 1Z7NE 4LZ5A 4FORA 3T96B 1NH7A 5DEXA 1MQIA 1PDAA 3FXQA 2YJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OXVA 4F3GA 3PPPA 1DCUA 3QMFA 4KYDA 3U8QA 4JVIA 2GFEA 4DCYA 1SW2A 1B40A 1P99A 3KJTA 4OENA 2ZNSA 3TAJA 1H3DA 3FGSA 2OK2A 5TU0A 3G3KA 1N7XA 4BDRA 3QIMA 2OZZA 3HSTA 3T0JA 1MXXA 4DLDA 3R26A 4R9FA 3RPLB 5IZ3B 1UTBA 2B4MA 5I2NB 3P7IA 4KCDA 3BIHA 1K9YA 1PB7A 2DVZA 3EF7A 3SEWA 4RK2A 3ZKLA 2WOLA 3IO4A 4X8RA 3VFJA 5EQ8A 4F19A 1D9YA 2H98A 2I3VA 4U2RA 4PDHA 1LB9A 1UTHA 3O2AA 3QSLA 3ODBA 3PPNA 2KR0A 4U23A 1B7HA 5F7VA 3E79A 1BIYA 1YZ0A 2HXRA 2F7BA 3KGCA 4LP2B 1KA0A 1QKAA 4JWYA 3GXAA 3D4GA 4GBVA 4F2QA 5I56B 3B7DA 3U65A 1PBQA 3VVDA 2VOZA 4X1BA 1SD3A 1VDWA 2P3VA 4F22A 4JSOA 2XX9A 1NKXA 4POWA 4R2BA 1SW5A 1EYKA 3PUVE 1GR2A 3FVKA 3RN8A 1FPGA 3I6VA 1MPCA 4G4PA 4O3CA 2A5TA 4Z0IA 5B7DA 1GGGA 3IOTA 3IORA 2XXUA 3KJ7A 5IZ1A 5AA3A 1UIUA 2PFYA 3FATA 4AS5A 3KSXA 4E0XA 4QHQA 5H8HB 2O68A 3MPLA 4RA1A 1QVSA 4OERA 3S9NC 5DTBA 4RPOA 3F11A 1PB8A 4F39A 1JNFA 3CFLA 2QMWA 3H6VA 1EZOA 1R6ZA 1SW4A 4MAGA 5BUUA 2QJEA 2UVHA 4PQJA 4N17A 5CRYA 2F5XA 4PFRA 4OA4A 3FJMA 4JXIA 5CMBA 1URSA 3O97A 4IO4A 3UP9A 1MY2A 3M8UA 4OETA 1TWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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