3MW0A

X-ray structure of the doubly hydroxylated iron complex-nika species, nika1/o2
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 152
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mw0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mw0A01
1O7TA 2HZKA 3FV2A 2F6PA 3EHUA 1JW1A 3UIFA 2AL5A 3MVWA 2DQVA 4KFQA 4XKPA 2VGQA 1LBBA 1Y1ZA 3KN3A 2OJTA 3PD8A 4H1XA 1VFDA 3EPEA 4R73A 3FASA 4RPNA 3CSBA 1FW0A 4HS7A 4ELPA 5L9SA 2Y7KA 3H6TA 3K00A 2H25A 3PGFA 3S9LC 4IGTA 2NOOA 1P1QA 1B4ZA 1B7UA 3R6UA 3IB0A 3TDJA 1B52A 5TP9A 4E0XA 1MXUA 3ZKLA 3H6WA 3CRBA 1CB6A 3H06B 1GR2A 5AA2D 4WXJA 3G3IA 2I4BA 2Q2AA 1Y3QA 2H9BA 4GL0A 2QL3A 1TXFA 2NVUB 3HSTA 4OMBA 2B4MA 4KPTA 1URSA 2B4LA 1PB8A 3R26A 4ONYA 2V93A 1MY4A 2F36A 4NF5A 3IR1A 3B7DA 4R9GA 3OEKA 2H98A 4TLMB 1I6BA 3T9HB 4YKKA 4BDMA 1MY0A 3LSFB 1D9VA 4RXLA 2QJEA 1H45A 3FJ7A 3G3HA 5K2XA 3BFUA 2GH9A 1QW0A 1UQWA 4TOZA 3VDFA 2UYEA 2F7AA 3H6VA 3G7WA 4PETA 5L9OA 2WOLA 4KQPA 4DLDA 4PFTA 3C33A 3CIJA 3GXAA 1MPCA 2NXOA 2DXYA 3EF7A 3TKDA 3PU5A 5IKBA 4N07A 1T0KA 4BDOA 3O6GA 3PUZE 4Q0CA 1D4NA 2X7QA 4KYDA 2W7YA 3L6GA 3FJMA 4ECFA 2ZYMA 4NWCA 4LZ5A 3FVGA 1B46A 4K3FA 4OWDA 3T66A 3TCFA 2ZNUA 4IO7A 1AMFA 3RLFE 3RGYA 4QHQA 3QAXA 1MXZA 1JEVA 1B1XA 4U2RA 3EHSA 1N7XA 3LC8A 4WKMA 1B40A 4BDLA 1NNPA 3TPAA 2VP1A 4IGRA 2F34A 4JDFA 4ZEKA 1GV8A 4QFOA 1GGGA 3FV1A 1Y9UA 3H3GA 3ODBA 3HHFA 3KSJA 3K0VA 3GLBA 4KHZE 4ELOA 4AB5A 2Y7WA 2PBWA 2H4IA 2RCBA 3MQ9A 3K1NA 1FQAA 3E13X 2QS3A 1LBCA 5FHMA 3SKPA 3QYTA 4FJPA 1P1UA 3CFLA 3PPRA 2XXRA 4ELQA 5K2YA 3QIMA 2UVIA 2I3WA 5AA4B 4EUOA 1MH4A 2D3IA 3C9HA 4FORA 3R7XA 1QUKA 4FECA 1Z7ME 1MPDA 5FHOA 3GBBA 2XX7A 3T22A 4Q5TA 1B05A 1LCTA 4RYAA 3IOUA 1YAEA 2XXYA 3RQTA 1MDQA 2RINA 4ZECA 2O69A 3PMVA 1DPEA 2G93A 4N13A 1A55A 2FYIA 3DRIA 1BTJA 3MJNA 4XIGQ 4IY6A 3DRGA 3FXRA 1B4HA 1B3EA 3LR1A 3FATA 5ICTA 2FNCA 3OSQA 2VD3A 1JVYA 1ZU0A 2UVHA 5DEXB 2D5WA 3CSGA 1AOVA 3OSRA 3HHGA 4U22A 1POY1 4MF3A 1MXYA 3E4RA 1FQFA 4X9TA 2Q88A 4FIMA 2V84A 1DOTA 4P0IA 4HTGA 2F35A 2M8CA 3BFTA 5EHMA 1N3XA 3AXFA 5I84A 3O2AA 4OZ9A 4JSOA 1YCJA 5CMBA 3OOAA 5L9MA 1FQCA 1ANFA 1HSLA 4I1DA 1LSTA 2PX1A 1URDA 4NTLA 3VE1B 4PE5B 5I57B 3T9XB 5HM4B 2HZLA 3K01A 3FJGA 4JSDA 3IL1B 3FXUA 1JEUA 4FE8A 3FVOA 1IUDA 4ZZAA 3TCHA 4EDPA 3VFJA 4BDNA 1JW4A 3TEPA 5TU0A 1S9TA 5ISUA 2A5TB 3Q26A 5CBSA 3BKIB 1MQHA 1OVTA 5CI5A 2WOPA 3DM0A 1B0HA 1XC1A 2X7PA 4OXVA 1LGBC 5AE4A 1B5HA 1LFIA 1XOCA 1MY1A 4DE8A 2ONSA 3MWBA 3LSXA 3IO4A 2O1LA 1B7ZA 5KCJB 2R9JA 1MPBA 3PUVE 5I2NB 2HEUA 2HXWA 1N0TA 3TQWA 3K1MA 2D21A 5DTBA 3W9WA 4LZ8A 3PD9A 4LP2B 2DS9A 4H6DA 5ICQA 3GBAA 4QSCA 4U23A 1TFDA 5KDTA 1MM7A 3KGCA 2OZZA 4ZS9A 3RTFB 3UK4A 3FD3A 3SESA 3L6HA 5DEXA 5CM6A 4QFKA 3N6UA 1JQFA 3IJXB 2ZNSA 4F2OA 4F3PA 1ATGA 1QKBA 4ZZEA 2ANJA 4OEUA 1M5BA 3C36A 4F1VA 4OHNA 2HCAA 4H8IA 1MXXA 4R6HA 2O51A 1O64A 4IB2A 4OFLA 3TTMA 1JVXA 1B3LA 2P2AA 3F11A 2ZMBA 3C34A 2Y7RA 4OENA 4TQUQ 4YAHX 1ZLQA 3WAEA 4GFRA 5H8NB 4PP0A 1XT8A 2B65A 4NF8A 2X26A 4XKRA 1ZKBA 3MVYA 4GL8A 3A3UA 2UVJA 1Y20A 4G68A 4OEVA 3V5AA 1Y1MA 4GXAA 1I6QA 1FQBA 4YB7A 2CZLA 4ELRA 3E3KA 3FUZA 4BDQA 5H8FA 3OO9A 2DVZA 3VVFA 2WOKA 3KOTA 3CI8A 1LAHE 4O3AA 4KCCA 2A5TA 4I9DA 3CHGA 2O68A 1DTGA 5ITOA 1IXGA 5DT6A 1H43A 3IAZA 3UN6A 1IXIA 1M5CA 4P11A 2F5XA 1NNFA 2RC7A 4U21A 4GVOA 2XHDA 3S9EA 2THIA 3KEIA 3KG2A 3U8QA 1D9YA 3PPQA 1NNKA 4AB6A 3U94A 2BJJX 3RT6B 5KCJA 5AA2B 1GTKA 3C35A 2RKMA 5I2NA 4QFNA 4DXUA 4ZEFA 3TTLA 1SQYA 1I6AA 3Q25A 1SI1A 2IA4A 1BP5A 3E9XA 5DYHA 4ESXA 2I4CA 2R6GE 5CMCA 1B5IA 1P1NA 1AL3A 5BUUA 1B3GA 2Z22A 1JNFA 3D4CA 2DSFA 2PMSA 1A40A 2PYYA 2XX9A 3IORA 3G3GA 4ZEIA 1LFGA 4GIZA 3MBPA 4XTCQ 1MDP1 2XXUA 1IITA 4LQ5A 3I3VA 2B3BA 4QRZA 3O29A 1WVJA 4DIGA 3LSWA 4JB7A 4DXBA 5FTIA 3B6WA 5H8NA 3RTWB 1XHYA 3KN7A 1ZTYA 3UGWA 2I48A 5IAIA 5JTYB 2NWJA 3TFLA 3G3KA 4MH5A 1A54A 4YB5A 3IO6A 4RJZA 3IB2A 2F6GA 3HO7A 4Z0IA 3T93B 3OMBA 4O3CA 3W9VA 1B9JA 4FEBA 3KBRA 4IY5A 2HFBA 2QS1A 2ABHA 2DE2A 1Z7NE 4DXCA 3IK6B 3JV9A 5CC2A 2XXHA 3IOWA 4EF2A 2R71A 4XKNA 3VXBA 1HSJA 2DP8A 2V3UA 3OO7A 3W15C 4U4SA 1R9QA 4GLIA 3K2DA 5CBRA 1LAFE 3ILUB 4H67A 1DPPA 3OEMA 3O6HA 4ESWA 5AA2A 2Z8DA 3S9NC 4BDRA 3WAFA 3VLWA 3QXMA 4IO2A 3A09A 3PPNA 1Q35A 4G4PA 2RC8A 2ONRA 2HAUA 1P1OA 1VE4A 1BIYA 1MQIA 1J1NA 4FATA 4YZZA 1MM6A 1HSEA 4IO5A 4YMAA 5A5XB 3RNNA 4OESA 2I58A 5ELVA 4GF8A 4FAJA 2Z8FA 3FVKA 3QUJA 3IOVA 1IIWA 4R72A 2OBGA 4LVQA 3SEYA 4YKPA 2DE3A 4H65A 1NKXA 4WEPA 2XXQA 4HW8A 3MP1A 2ZYOA 3LUYA 1RYXA 2ALUA 1JETA 3N5LA 2QRYA 3MZ9A 2REGA 4EXLA 5M2VA 1UTBA 3EQ1A 4JWXA 5JEIA 3U72A 1OLAA 5KDTB 4MFIA 4WEDA 1A8EA 4QF9A 1UIVA 5JTYA 2DOJA 2YLNA 3DRKA 3SERA 1FTMA 3O6IA 3VV5A 1EZ9A 1OMPA 1SD3A 4UACA 1OQGA 2PT1A 3LSLA 3TYHA 1IQ7A 2HAVA 2DWIA 2ONKE 4LUBA 3DP8A 3Q27A 4GXSB 3DRHA 4NF8B 1B3HA 1H44A 1MG1A 4NEDA 2PVUA 3FXQA 1S7YA 3K02A 4JXIA 4ZEDA 1MY2A 2ESNA 4LQ2A 4KCDA 2V25A 4G68B 4EF1A 2IEEA 3TZAA 3VVEA 2AL4A 1VR5A 2WKYA 1TFAA 5H8FB 3RUMA 1QVSA 2XD3A 1US5A 1O63A 2DYXA 2Y84A 3T96B 3M3KA 5H8QA 1I69A 2RC9A 3H6UA 1B2HA 4LONB 4PFYA 4N6PA 1FCKA 5I59B 3PUWE 1R6ZA 3SEVA 2V3TA 3DP6A 4ZDMA 5L8DA 4EQBA 3TTKA 2ZNTA 1ZMGA 4FEDA 2XXXA 4RPOA 5A5XA 2QPQA 3MZ1A 3N26A 3LVUA 2V3QA 4YB6A 1B7HA 1MY3A 3B6QA 3MVZA 3VXCA 3PPPA 3CR9A 1DSNA 4JBZA 3JZJA 1Y4TA 3H7MA 3MP6A 4I62A 2XXWA 4QSDA 2RCAA 4C1TA 3KN8A 1AIVA 4POWA 3PUYE 1MS7A 1P99A 4Q8RA 1LAGE 1YTVA 2KLFA 2UVGA 5I58B 3QK6A 1ZJLA 1QKAA 5HPQA 4OFOA 1NNTA 3C31A 4RK2A 3TCGA 2I6EA 4POXA 4P0GA 3M3FA 3MC2A 1R1NA 1VSOA 3FGSA 3CG3A 1A7LA 3DRJA 3P7IA 4O3BA 3T9UA 4F3SA 2GHBA 1H76A 1Q1KA 2RF1A 4JWOA 1QUIA 4LATA 5F7VA 4F29A 1PB7A 2VHAA 3CVGA 4OTEA 1UIUA 3FTOA 4YMBA 3S9MC 2F97A 4H5GA 2F8DA 3MAMA 4EQ9A 3G3FA 1WODA 1PBPA 1AH5A 1YPNA 4GD5A 4H0WA 4IO3A 1ZBMA 3M8UA 1ZIUA 3RPWA 1NH7A 1NL5A 2VOZA 2HQ0A 2XXIA 1CE2A 3CFZA 3N6TA 5CMKA 2F7CA 3PUXE 3RT8A 4RK9A 3U92A 3SEXA 4YU0A 1P1WA 3TQLA 4DCXA 3SDFA 4AQ4A 4C0RA 2DWAA 4L17A 2Q89A 2OLBA 1MQJA 3O9PA 2LAOA 2YPNA 3OD7A 5I59A 4OYVA 1FTOA 4R9FA 4E0WA 2H99A 1N84A 1MXWA 2GFEA 2QS4A 1PDAA 4IO6A 2Y7IA 3DP4A 1SW4A 3RN8A 5J1DA 5B7DA 1B3FA 1VFEA 1R9LA 4X1DA 2O84X 4MLQA 3TMGA 3TUSA 1XS5A 3Q28A 1GVCA 3KJ7A 3N94A 5FTHA 1FTLA 4RA1A 4F1YA 5I58A 1OLCA 4NMYA 2Z23A 2QSXA 3QUFA 4X1BA 3DLNA 4NF6B 1USYH 4M1VA 3IOTA 5CMMA 3MZBA 3KJTA 1DMBA 1USYE 1FQDA 3A3CA 2F78A 2QMXA 1MQDA 2O1MA 3S4UA 3V89B 1MQGA 5AA1A 5I2KB 1FQEA 4NE4A 1MXVA 1Y4CA 4NWDA 5DVFA 1SYIA 1RKMA 2O6AA 1UTBB 3PMXA 4R74A 4OQOA 4U1ZA 1NH8A 3K6XA 2H5YA 3SEWA 2I0CA 4YICA 2OK2A 4R75A 4NF4B 1Y3NA 3HN0A 1PEBA 2F7BA 1SDXA 2QS2A 2ZYKA 3HV1A 2DXRA 4G77A 1SVXB 3TTRA 1IXCA 1IEJA 1L5TA 5LOMA 4OFJA 4XXUA 1B32A 3VVDA 3CG1A 3OO6A 3LBSA 5AA3A 5TPAB 2GRVA 4RY1A 4PFWA 1MH3A 3OENA 3ZS6A 3K6UA 4QFPA 1SW2A 1D3KA 4KYEA 4GWOA 3TTNA 4KR5A 4DCYA 3EN3A 4R2BA 3V8XB 5BWJA 2AIXA 3C32A 4F1UA 2OCUA 4MBPA 1PBQA 2XXTA 4EXKA 5CRYA 1B51A 2I0BA 2XX8A 3U93A 1EU8A 4ND9A 1S50A 5H8QB 1NMUA 3PV0E 4PFUA 1N76A 3T9VA 3HCQA 1MRPA 2NUVA 3SEUA 3GZGA 4HCWA 5H8SA 1LAXA 1WDNA 1QUJA 4GRKA 2G29A 5KZTA 3FZVA 1M5DA 1XVYA 5I56B 4G8MA 1ELJA 1QULA 3O28A 3MPKA 2Y7PA 4NF6A 3UORA 1XVXA 4DZ1A 2P1SA 3TAJA 3HPIA 1OIBA 2Q9TA 3O66A 5B70A 3FIRA 3O6PA 4XKQA 1RYOA 3S2VA 2OWSA 3K4UA 4OETA 4LZ7A 2DE4A 3ONMA 5I2KA 3K6VA 4F3BA 3MW0A 4U4XA 4C1UA 1M5FA 2Q2CA 3UA8A 2GHAA 1A8FA 1UTHB 3IX1A 2REJA 3MP8A 4F2QA 4RNSA 4DDDA 4M4GA 1FTKA 3U1OA 4G68C 3ECRA 4F39A 1BLFA 3OELA 3H03A 5H8HB 3K1PA 3KOSA 3FVNA 4KYSA 2B3FA 4NF4A 4TLLB 3TELA 4OVJA 4ISUA 4KI0E 4R6KA 3PAMA 3PPOA 3C4MA 3DRFA 3IJOB 4KD5A 3G3JA 1H3DA 5DVIA 4F3GA 1LB9A 1IZ1A 5JK4A 5TPAA 3PMWA 4F19A 2UYFA 2E0SA 1II5A 2UXAA 2DWHA 3MUQA 1N7WA 2VD2A 4F22A 1EZOA 3ILTB 5HBCA 4HCYA 3CFXA 2XXVA 1OVBA 3SETA 4Z7EA 3MPLA 3MVXA 3M3LA 5ITPA 3IB1A 4ZE8A 1TWYA 4MLVA 5DVJA 2I49A 1PC3A 5EYFA 3I6VA 1SW5A 2CMOA 2E1SA 4IO4A 3V83A 4GQOA 1OQHA 2ZYNA 3RY3A 4UA8A 1SBPA 2FA7A 3OO8A 1TT1A 3B6TA 1B5JA 5I56A 4I8CA 5F1QA 3BBRA 3OXNA 4GOTA 4EQ7A 1B0LA 5EHSA 1M5EA 3H4ZA 2DVCA 4PQJA 4QFLA 2O7UA 1B58A 4JWYA 3VLVA 1POTA 4OERA 1SI0A 4G2ZA 1JW5A 5AA4A 1LLSA 1QJMA 1N04A 1PB9A 1A99A 4QSEA 3O97A 1UTHA 4F18A 5TP9B 3K6WA 1IXHA 1B6HA 2XXPA 1EH3A 1LFHA 1SYHA 4THIA 3KSXA 4R6YA 3KFMA 4G8HA 4YKJA 5H8HA 2QMWA 3TODA 4R2FA 2O7IA 2Q8JA 1KWHA 3THIA 2DWJA 4H5FA 4Q30B 2YJPA 4U1OA 3RYAA 1EZPA 2AYSA 1BKAA 3VLUA 4NF5B 4BLAA 1Y3PA 1F9BA 4G8NA 2Z8EA 1DTZA 1URGA 2A5SA 2OWTA 3DELB 3I5OA 3ZSFA 3EHTA 2XD2A 3Q29A 2PT2A 4ZEBA 3QSLA 1LB8A 4X48A 4LA9A 2P0SA 1US4A 4YKIA 1LCFA 3USDA 4H8JA 1B1HA 1NFTA 2I3VA 2ZXTA 1SW1A 3UP9A 1N3WA 4ZE9A 4F31B 5FHNA 3D4GA 3RYBA 1FTJA 3KZGA 3ZKKA 5I57A 3JYRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O7TA 2HZKA 5I5PA 4GBVA 3FXBA 3FV2A 2F6PA 3B8BA 3EHUA 1JW1A 3UIFA 4GWYA 2AL5A 3MVWA 2DQVA 4KFQA 4XKPA 2VGQA 5IM2A 1LBBA 1Y1ZA 3KN3A 2OJTA 3PD8A 4H1XA 1VFDA 3EPEA 4R73A 3FASA 3A29A 4RPNA 3CSBA 4O8MA 1NUZA 1FW0A 4HS7A 4ELPA 5L9SA 2Y7KA 2Y5LA 3H6TA 3K00A 2H25A 3PGFA 4PFRA 3S9LC 4P47A 4IGTA 2NOOA 4P8BA 1P1QA 1B4ZA 1B7UA 2FHYA 3R6UA 3IB0A 3TDJA 1B52A 5TP9A 4E0XA 1MXUA 3ZKLA 3H6WA 3CRBA 1FPBA 1CB6A 3H06B 1GR2A 4X04A 5AA2D 1FBDA 4WXJA 3G3IA 5EQAA 2I4BA 2Q2AA 1Y3QA 2H9BA 4GL0A 4MCOA 2QL3A 1TXFA 2NVUB 3HSTA 4OMBA 5LTCA 4NHBA 2B4MA 4KPTA 1URSA 2B4LA 1PB8A 3R26A 4ONYA 5I7IA 2V93A 1MY4A 2F36A 4NF5A 3IR1A 3B7DA 4R9GA 3OEKA 2H98A 4TLMB 1I6BA 3T9HB 4YKKA 4BDMA 1MY0A 3LSFB 1LBWA 1D9VA 4RXLA 2QJEA 1H45A 3FJ7A 4QXDA 3G3HA 5K2XA 3BFUA 2GH9A 1QW0A 1UQWA 4TOZA 3VDFA 2UYEA 2F7AA 3H6VA 3G7WA 4PETA 5L9OA 2DDKA 2WOLA 4KQPA 4DLDA 3KBZA 4PFTA 3C33A 1DCUA 3MSTA 3CIJA 3GXAA 1MPCA 2NXOA 2DXYA 3EF7A 3TKDA 3PU5A 5IKBA 4N07A 1T0KA 4BDOA 3O6GA 3PUZE 4Q0CA 1D4NA 2WEFA 2X7QA 4KYDA 2W7YA 3L6GA 3FJMA 4ECFA 2ZYMA 4NWCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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