3MW0A

X-ray structure of the doubly hydroxylated iron complex-nika species, nika1/o2
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 152
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mw0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mw0A01
2XXUA 4TOZA 3QYTA 5AA4A 1PB9A 3SEWA 3K6WA 2UYFA 4RK9A 3K1PA 1QUJA 2OCUA 2PX1A 4BDOA 5TP9A 3ECRA 1UTHB 4IO7A 5K2XA 3L6GA 2E0SA 4R2BA 3OMBA 4XTCQ 2OWSA 3A3UA 4DXCA 2HZLA 1L5TA 3W9WA 1ZLQA 3MVWA 2I0CA 4HTGA 3MWBA 3OO7A 1LCFA 3C31A 3MBPA 1XVYA 3M3KA 3SEVA 1QJMA 5KCJB 1FTKA 2ZYMA 1WODA 1OLAA 3QUJA 4GQOA 2V84A 3PUZE 3T93B 3Q29A 2Y7PA 1SYHA 2XXTA 5TPAB 4RPOA 1GTKA 3TUSA 3K00A 2H25A 3OSRA 2HEUA 2NXOA 4OVJA 1S50A 1N7XA 2LAOA 5LOMA 4R6HA 2I4BA 3SETA 1I69A 3THIA 1SW1A 2F7CA 3KGCA 3G3IA 3FJMA 1B32A 3EPEA 5H8NA 3RN8A 1NH8A 1MY4A 2DE4A 3LVUA 1Y1ZA 4G68B 1JNFA 1B2HA 4U2RA 4AB6A 3WAFA 3T96B 5JK4A 4F3GA 4LUBA 3TKDA 1MQHA 4NF6B 3L6HA 3E13X 3IAZA 2DQVA 3B6TA 1MXVA 4JB7A 2VD3A 2A5TB 5I57B 2B4MA 4G8MA 2OK2A 2R6GE 5I56B 4IO4A 3TAJA 3IJOB 4ELRA 4O3BA 3QSLA 3LSXA 4ND9A 3QAXA 4YMAA 2VOZA 1B3HA 3LSLA 1QUKA 5AE4A 1AOVA 4IB2A 5HM4B 5AA4B 2B4LA 3MC2A 2VP1A 5TP9B 1MPBA 1HSJA 3U93A 4X48A 3FVOA 1BTJA 1Y3QA 3S2VA 4QSCA 4DXUA 1SI0A 4OWDA 3IO6A 3FXQA 2X7PA 5CMBA 2GHAA 2R71A 4RPNA 1P1NA 3O6IA 1ANFA 3K6VA 5ISUA 1FTOA 4PFWA 1NKXA 1MY3A 4DZ1A 4X9TA 2XXYA 3H6UA 1NNKA 4YB7A 2PT2A 4BDNA 4P0IA 4QF9A 2QPQA 2F6GA 2V3UA 3VLVA 1BLFA 2QRYA 4PETA 1XOCA 3KJ7A 3VVEA 2I3WA 4OERA 1J1NA 5I59A 1NNPA 2ZMBA 3SEXA 3SKPA 4EQBA 3K4UA 1S7YA 3ZKLA 2QS3A 4EF1A 4OESA 4FEBA 5H8NB 3FASA 3VVDA 3G3KA 3C36A 1AL3A 3FUZA 4YICA 4JSOA 4FE8A 1EZOA 1FQFA 2I0BA 3ODBA 3RY3A 4ZEDA 4ONYA 2H98A 3RUMA 5CM6A 3MZ9A 5CMCA 4NWCA 1RYXA 2Z8DA 3MVZA 2P2AA 4U21A 5B70A 3RGYA 4GXAA 1XC1A 2XX7A 1IUDA 2QJEA 2DS9A 1Y4CA 4QRZA 4N6PA 5CMKA 4POXA 4Q8RA 4JDFA 3GBBA 5JTYA 3W15C 5HBCA 3DRKA 3UA8A 3OEMA 3O6HA 4XKRA 3FTOA 3ILTB 3KSJA 2REGA 4H5FA 3EHUA 2F36A 2GHBA 2YPNA 2DE2A 1B3LA 3TTLA 1ZMGA 3G3FA 3MVXA 1LCTA 1SW2A 3TQLA 3CR9A 3DRHA 1LLSA 3OO8A 3T9VA 2Z22A 3K6XA 3GLBA 4KI0E 2DE3A 4XKQA 1USYH 1GGGA 1ZKBA 4KYSA 3EHSA 4ISUA 3RNNA 3Q27A 3U72A 2AL5A 5CC2A 4L17A 3CG3A 1Y20A 1LBBA 1DPEA 3IK6B 4JBZA 3WAEA 3VVFA 2ZNSA 1YAEA 4OYVA 3O6PA 5I59B 2Q9TA 1US4A 2UXAA 2OLBA 1NNFA 4ZEKA 3GXAA 1MS7A 4H8JA 4I62A 5M2VA 3ZSFA 2IEEA 3FIRA 1DOTA 5H8FA 1D9VA 1D4NA 1P1QA 4FATA 3PPRA 4TQUQ 3T9XB 1WDNA 3IJXB 2XXWA 1BKAA 3M3FA 1B05A 1A7LA 3IO4A 5DVJA 3IX1A 3K1MA 3S9LC 3JYRA 2IA4A 1M5CA 4DCYA 3O29A 1Y1MA 2ALUA 3DP4A 1Q35A 5JTYB 3MUQA 3K02A 2FYIA 2Q89A 1A99A 2PYYA 2RCBA 3D4CA 5AA1A 4I8CA 4JWOA 3G3HA 4F19A 1JVXA 1MXUA 2Z8FA 3H03A 4XKPA 1SW4A 4GRKA 4DDDA 3DP8A 4XKNA 3DRGA 1M5BA 4GL8A 3IR1A 2W7YA 1URSA 2F34A 4F2QA 4I1DA 3FD3A 5IAIA 1AIVA 3HSTA 1R6ZA 5F7VA 4DE8A 3E9XA 2PVUA 4KPTA 4LZ7A 1PB7A 2VD2A 4JXIA 4R9GA 4NF8A 4ZDMA 4ESWA 3UORA 1HSEA 1FTMA 1UQWA 2QSXA 1MDQA 4QFNA 2DWHA 1AMFA 1DTGA 2RC9A 2XXPA 4H1XA 2G93A 2H5YA 4GL0A 5H8FB 3RT8A 4EF2A 4EQ7A 2DWAA 4ELPA 2O7IA 3VLUA 3DELB 4HCWA 3U8QA 5ICTA 3IOTA 4WEPA 1LB9A 1B58A 3MJNA 4PFYA 1LBCA 3BKIB 1XT8A 4H67A 3FZVA 3UN6A 4JWXA 1A55A 3O2AA 2NVUB 3O97A 4AQ4A 4THIA 4OTEA 4OMBA 2QMWA 1Y9UA 3MP1A 3PUYE 1MPCA 4H6DA 2XHDA 1RYOA 1N76A 1US5A 3VXBA 3K6UA 3N26A 3N5LA 2ZXTA 3ONMA 2XX8A 2QS2A 4R2FA 4MLQA 3O66A 4MH5A 3OEKA 3PMXA 3LSWA 2GH9A 3CSGA 4ELQA 2Y7WA 3OENA 3U1OA 1N0TA 2WOLA 3V89B 3G7WA 3TTNA 1OIBA 4H65A 4BDMA 4F1VA 2O1MA 1B46A 3KOTA 4U1ZA 1N7WA 3MW0A 1NFTA 4OETA 4DXBA 2O7UA 4NF8B 4YKPA 4OFOA 3FV1A 2Y7KA 3GZGA 5L9MA 4IO2A 4XIGQ 1FTJA 3AXFA 4GD5A 4YB5A 1FW0A 4YAHX 4MF3A 4G2ZA 4XXUA 4IGTA 4GVOA 2XXVA 2QMXA 4C1TA 5L9SA 4FAJA 2YLNA 3MZ1A 1QULA 4C0RA 3M3LA 2GRVA 4QHQA 1TFAA 4HCYA 1ZJLA 1O64A 3QXMA 4GFRA 4EXLA 4F3SA 4MFIA 4F29A 1IXIA 2R9JA 4KYEA 4OEVA 1A8FA 3IORA 4R75A 1UIVA 4Z7EA 3CRBA 5J1DA 2RC8A 4GLIA 5H8HA 3RQTA 3I6VA 1MPDA 4G68C 2KLFA 2XX9A 3DP6A 3H6WA 1OVTA 2CZLA 1N04A 3PPQA 1LFHA 3KZGA 2HFBA 2RC7A 2Y7IA 1IXHA 1VFDA 3BFUA 4G77A 3EF7A 5FHOA 1MH3A 2I49A 5CBSA 3JV9A 4RYAA 3K2DA 3K1NA 1NMUA 1H44A 1JQFA 4EUOA 3S9EA 4IY5A 1USYE 2H4IA 5I2NA 3VDFA 4ZECA 4F3PA 3TPAA 2ONSA 2QL3A 4F31B 2X26A 3KN8A 4PE5B 4WKMA 4U4SA 4G8HA 3SEUA 3D4GA 1MY2A 4X1BA 3MZBA 2PMSA 2GFEA 3IB2A 1JW1A 3G3JA 3IOVA 3OXNA 4Z0IA 1B3FA 3RLFE 4NEDA 5DT6A 1HSLA 2DXYA 3MVYA 1QW0A 2ZYKA 1ZIUA 1H45A 1FTLA 1CB6A 3MP6A 4EDPA 4KHZE 4I9DA 3H06B 2V93A 5KDTA 2I3VA 1QUIA 1AH5A 2G29A 3N6TA 1SQYA 5ELVA 3KG2A 4UACA 2AL4A 2PBWA 2RINA 4BDLA 2P0SA 3ZKKA 3B6QA 3KJTA 4FIMA 1FQAA 2Z23A 2XD3A 4NE4A 1PDAA 3C33A 3N94A 4LP2B 2M8CA 5H8HB 1MQJA 2HZKA 4YMBA 3FGSA 3C35A 5TU0A 3DLNA 4ZE9A 3FXUA 2D21A 3K01A 5ITOA 2HCAA 1IXGA 1OQHA 2ABHA 5DEXA 1FQDA 4F2OA 4OFLA 4M1VA 4FEDA 4YU0A 1P1WA 4RK2A 2XXRA 4GOTA 4TLMB 2OWTA 4H5GA 5H8QA 4KR5A 1B0LA 5I2NB 3F11A 3MAMA 2I58A 1M5EA 4LZ5A 1I6AA 2OZZA 2ZNTA 3OO9A 1R9QA 1UIUA 1XS5A 4IGRA 1IQ7A 4R6KA 2AIXA 1TWYA 1MM7A 4BDQA 1EH3A 4EQ9A 1QVSA 1LAHE 3TCHA 2ONRA 3TYHA 2UYEA 4RY1A 1MQGA 4AB5A 3UGWA 3H3GA 1R1NA 1A54A 3FVNA 3PUVE 4GIZA 4F1YA 5HPQA 2OBGA 2WKYA 3UK4A 1UTBA 2O51A 3R7XA 4OHNA 5FHMA 1D9YA 5KDTB 3O6GA 5AA2D 3OOAA 1OVBA 1Z7NE 2O6AA 4MBPA 1RKMA 5BUUA 2OJTA 1P99A 1YCJA 3HPIA 3CI8A 1N84A 1DSNA 4R73A 2Y7RA 1IZ1A 5B7DA 3RTWB 4OZ9A 4JWYA 4KD5A 5CRYA 1MY1A 1BP5A 3KSXA 2DSFA 3P7IA 1VE4A 4P0GA 1Z7ME 3QK6A 2B3BA 2QS4A 4K3FA 3TODA 4POWA 4YB6A 1ZU0A 2O1LA 5EYFA 3TCGA 1B51A 1S9TA 1P1OA 5ITPA 1QKAA 2DP8A 1DPPA 4F18A 5DEXB 4O3CA 3LR1A 3HO7A 2F8DA 2UVHA 4RA1A 1B5IA 4N13A 1IEJA 1ATGA 1B3EA 5H8QB 1OQGA 1D3KA 3TTMA 1XHYA 1VSOA 1B1HA 3TFLA 4NF4A 1SI1A 4U22A 4MLVA 2XXHA 2O68A 2O84X 4OQOA 3OO6A 4LZ8A 1LFIA 5JEIA 1POY1 3V8XB 1LSTA 4NMYA 3DM0A 2F6PA 1A40A 2UVGA 2DXRA 3IL1B 2B3FA 2XXIA 3S4UA 4F39A 2H9BA 4FJPA 1SDXA 2CMOA 3U92A 1PB8A 1II5A 2F78A 1T0KA 1UTBB 4NTLA 1B40A 3H7MA 3IOUA 4LQ2A 3CG1A 5I2KA 1SD3A 1I6BA 1I6QA 4M4GA 3KOSA 5EHMA 1N3WA 2F7BA 1ZTYA 4OFJA 3E4RA 1MY0A 5DYHA 4YZZA 4EXKA 4X1DA 1Y4TA 3RPWA 1JEUA 3BBRA 3O28A 2QS1A 4OENA 2Q88A 1MG1A 4BDRA 1B9JA 4G8NA 3EHTA 3FXRA 1URDA 1H43A 3TELA 3S9NC 4BLAA 3V83A 1MH4A 2ZYNA 3O9PA 1B1XA 4LONB 2DVCA 3T22A 3VLWA 4ZE8A 3C34A 1BIYA 1ZBMA 4R9FA 3PMWA 4FECA 3LC8A 2D5WA 4ZEBA 1TXFA 3HN0A 2DYXA 1TFDA 5ICQA 4R74A 4KCDA 3RTFB 2ZNUA 5CMMA 5I58A 2THIA 2NWJA 4NWDA 1YPNA 3DRJA 4HW8A 3TDJA 4QSDA 4NF4B 3TTRA 2HAVA 3ILUB 4OEUA 4Q30B 1QKBA 3PUWE 4UA8A 3KN3A 1LB8A 2Q2CA 1CE2A 1R9LA 1MQDA 1LAXA 4OXVA 1JW4A 3A3CA 3PU5A 2ONKE 2VHAA 1EZPA 1M5DA 1B7UA 1MXZA 1P1UA 4E0WA 3LUYA 1B52A 3IB0A 4F3BA 4PQJA 2V25A 1IITA 4LATA 4IO5A 5I2KB 3CFZA 2A5SA 3T66A 1B4HA 2FA7A 3EQ1A 1B7HA 3PPOA 1O7TA 5FTIA 3C9HA 1EZ9A 3E3KA 3OSQA 1XVXA 3I3VA 3H6TA 4NF5A 1DTZA 3HHGA 2ESNA 4ZEIA 3KBRA 1MRPA 2DOJA 3PGFA 3IB1A 4QFPA 1NH7A 3C32A 1ELJA 3USDA 1B5JA 4H0WA 1IXCA 1VFEA 1B3GA 3C4MA 4E0XA 3CIJA 1FCKA 3R6UA 3RT6B 3SDFA 3FJGA 5AA2A 2HAUA 4U1OA 2PT1A 1MDP1 1A8EA 4PFUA 3SERA 1OMPA 2DWJA 4TLLB 1B5HA 3TQWA 2E1SA 1FQBA 3Q28A 1NL5A 4G4PA 4ZZEA 2DWIA 4QFLA 5I58B 1DMBA 1H3DA 3U94A 1MM6A 5DVFA 4Q5TA 1POTA 1FQCA 3CFXA 3B6WA 2XXQA 1MXXA 1SW5A 3A09A 1YTVA 3B7DA 3TZAA 5K2YA 4FORA 2AYSA 4H8IA 1JVYA 3TTKA 1JEVA 2I48A 3PPPA 2HQ0A 1GVCA 1LFGA 2F5XA 4RJZA 4KQPA 1PC3A 4RXLA 3OELA 1SBPA 2P1SA 3PD9A 2RF1A 3FVKA 5AA3A 3Q25A 4LVQA 3GBAA 2FNCA 3W9VA 1OLCA 2O69A 2HXWA 2B65A 3CHGA 2V3QA 3CFLA 1Q1KA 4PP0A 1PEBA 2X7QA 4NF5B 3FATA 3LSFB 1PBPA 4F1UA 4DCXA 2Y84A 5H8SA 3MPLA 3ZS6A 2NUVA 1EU8A 3SESA 1VR5A 3K0VA 3S9MC 4DLDA 2YJPA 4RNSA 4PFTA 1FQEA 3G3GA 1URGA 5I84A 4ZZAA 5CBRA 2I6EA 4F22A 5AA2B 4QSEA 4WXJA 3LBSA 4C1UA 5IKBA 2UVIA 4KYDA 3M8UA 4U4XA 3DRIA 2ANJA 4YKJA 5L9OA 2Z8EA 1GR2A 1MXYA 3FVGA 3PMVA 1LAFE 2ZYOA 4ZEFA 5L8DA 4U23A 1Y3PA 3EN3A 3I5OA 3MQ9A 1TT1A 3KEIA 2XXXA 4HS7A 1GV8A 2D3IA 3H6VA 1Y3NA 3KFMA 4Q0CA 5DTBA 4DIGA 3V5AA 4GF8A 1IIWA 3FV2A 3PAMA 1KWHA 3VFJA 2UVJA 1NNTA 1LAGE 1B0HA 5A5XA 4ZS9A 3CVGA 4IO6A 3SEYA 5F1QA 2Q2AA 1MQIA 4R6YA 2Q8JA 5EHSA 1UTHA 2F97A 3OD7A 5FTHA 3UIFA 2DVZA 3MPKA 3PV0E 2VGQA 3Q26A 1PBQA 2RCAA 1B6HA 5DVIA 4GXSB 2F7AA 3FJ7A 2XD2A 5KCJA 4KCCA 4QFOA 4P11A 3PUXE 4LA9A 2WOKA 3T9UA 1B7ZA 1SVXB 4IO3A 3QIMA 3VE1B 5TPAA 4QFKA 1MXWA 3UP9A 1JW5A 3PD8A 3T9HB 1F9BA 1LGBC 5BWJA 4JSDA 4YKIA 3TMGA 4ESXA 3H4ZA 1N3XA 5KZTA 1H76A 4N07A 3VXCA 5CI5A 4ECFA 4R72A 3TCFA 3HHFA 4LQ5A 4G68A 3CSBA 4YKKA 3TEPA 4GWOA 3R26A 2RKMA 3MP8A 3QUFA 3PPNA 4WEDA 1SYIA 2WOPA 4NF6A 1B4ZA 2BJJX 2NOOA 2A5TA 3N6UA 3JZJA 4IY6A 5I57A 1M5FA 2V3TA 5FHNA 3HCQA 3KN7A 1O63A 4O3AA 5I56A 3VV5A 3RYBA 4ELOA 2F35A 3DRFA 1JETA 5A5XB 4KFQA 2REJA 3RYAA 2I4CA 2H99A 3HV1A 3IOWA 3BFTA 1WVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KA0A 2XXUA 4TOZA 3QYTA 5AA4A 1PB9A 3SEWA 1NUZA 3K6WA 2HPGA 2UYFA 4RK9A 3K1PA 1QUJA 2OCUA 2PX1A 4BDOA 5TP9A 3ECRA 5LTCA 1UTHB 4IO7A 5K2XA 2XWKA 4MHFA 3L6GA 2E0SA 4R2BA 1IMCA 3OMBA 4XTCQ 2OWSA 3A3UA 4DXCA 2HZLA 1L5TA 3W9WA 4PGNA 1ZLQA 3MVWA 2I0CA 4HTGA 4N81A 1YXIA 3MWBA 3OO7A 4P3LA 1LCFA 3C31A 3MBPA 1XVYA 3M3KA 3SEVA 1QJMA 5KCJB 1FTKA 2ZYMA 1WODA 1OLAA 3QUJA 4GQOA 2V84A 3PUZE 3T93B 3Q29A 2Y7PA 1SYHA 2XXTA 5TPAB 4RPOA 1GTKA 4PTKA 3TUSA 3K00A 1YYZA 2H25A 3OSRA 2HEUA 2NXOA 4OVJA 1S50A 1N7XA 2LAOA 5LOMA 4R6HA 2I4BA 4MJOA 3SETA 1I69A 3MYUA 3THIA 1SW1A 2F7CA 3KGCA 1D9QA 3G3IA 3FJMA 1B32A 3EPEA 5H8NA 3RN8A 5ET5A 1LBYA 1NH8A 1RDZA 1MY4A 4PFBA 2DE4A 3LVUA 1Y1ZA 4G68B 1JNFA 4MNPA 4PFRA 1B2HA 2Y5LA 4U2RA 4AB6A 2WX9A 3WAFA 3T96B 5JK4A 4F3GA 4LUBA 3TKDA 1MQHA 4NF6B 3L6HA 5ET8A 2BJIA 3E13X 3IAZA 2DQVA 3B6TA 1MXVA 4JB7A 2VD3A 2A5TB 5I57B 2B4MA 4G8MA 2OK2A 4IR8A 2R6GE 5I56B 4IO4A 3TAJA 3IJOB 4ELRA 4QBAA 4O3BA 3U65A 3QSLA 3LSXA 4ND9A 3QAXA 4YMAA 2VOZA 1B3HA 3LSLA 1QUKA 1YZ0A 4OVTA 5AE4A 1AOVA 4IB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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