3MW0A

X-ray structure of the doubly hydroxylated iron complex-nika species, nika1/o2
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 152
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mw0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mw0A01
5JTYA 1R1NA 2VD2A 4ZEDA 5L9MA 5HBCA 4LUBA 4NF4B 2DS9A 4R73A 4XIGQ 5F7VA 4ZEKA 5B70A 2Z23A 2ALUA 2XXWA 4NWCA 5DVJA 3VXCA 4YAHX 3KOTA 3MUQA 2X7QA 1TFAA 5I56B 4XKRA 4AB6A 1M5BA 1MXZA 4PFWA 1LCTA 2GHBA 3CSGA 2XX7A 4R2FA 3EF7A 3IO4A 1LAFE 3KN3A 3FVKA 2Y84A 3TELA 1USYE 2XXPA 1MQDA 5CM6A 4NF5B 3FV1A 4YMBA 4DIGA 4KR5A 5I57B 3C31A 3HHFA 3RPWA 2WOPA 1GTKA 1A8EA 1VR5A 1N84A 3KOSA 4NF6A 5F1QA 3G3FA 1FQFA 1LAHE 4PETA 2RC8A 2IA4A 2GH9A 2LAOA 5IKBA 2DWJA 3FUZA 1B5JA 3I3VA 1B40A 4X1DA 1AL3A 3FV2A 4EF2A 4DCYA 4IY5A 1WVJA 5H8NB 3G3GA 1MDQA 1CE2A 2OZZA 2DE4A 3T9UA 3E4RA 3MZBA 3H03A 3DRHA 1N7XA 4BDRA 3HN0A 1P1UA 2V25A 1H43A 1ZIUA 5B7DA 3TEPA 4ZZAA 3K6XA 2ZYNA 3CVGA 3K2DA 1OQHA 3H6UA 4QRZA 3TTKA 4IGRA 3M8UA 3UA8A 1PBQA 5AA4A 1N3XA 2I58A 3UP9A 3MZ1A 5LOMA 3H6WA 5CMKA 1FCKA 1EZPA 3K6WA 1B46A 5I58B 4IO3A 4ELOA 4LZ8A 1VSOA 2HZKA 2XHDA 3I5OA 3OXNA 3TZAA 1DOTA 3K0VA 3PPOA 4RY1A 5FTHA 4NF8B 3T22A 3EPEA 3K00A 1T0KA 2ABHA 1NNTA 1XHYA 2I4CA 2V84A 2B4LA 1Y3NA 1YPNA 3S9NC 1MXVA 3FJ7A 3O97A 1USYH 3FVNA 3T93B 4G68C 1JEUA 3LSWA 1A99A 3SETA 3ZSFA 5AA2D 3H6VA 4RJZA 4G77A 4WXJA 4O3CA 4C1TA 3FIRA 4F39A 2QS2A 4MFIA 1SYHA 4LZ5A 2Z22A 4KFQA 2M8CA 2R6GE 3KSXA 5TPAB 3C4MA 4FATA 1CB6A 4OERA 3QUFA 5IAIA 4EUOA 1JQFA 3CR9A 1RYXA 4BLAA 3SESA 1GR2A 1B3GA 3SEWA 1D9YA 4M1VA 1OVTA 4KCDA 4QSEA 3MW0A 2V3TA 2V3UA 4I62A 1DSNA 1SYIA 2I4BA 5DEXB 4MBPA 2IEEA 3PPRA 1UIVA 2W7YA 5CBRA 1VFDA 3FD3A 4HW8A 1GV8A 3R7XA 5I2NB 3FASA 1AIVA 1QUJA 4TOZA 3RTFB 2Q88A 3D4CA 4NMYA 4OETA 3QYTA 4IO5A 3S2VA 3U92A 1Y4CA 4ELQA 3VE1B 4R6YA 5KDTA 4H1XA 4OFJA 4BDMA 4F3BA 3IO6A 4POWA 4R9GA 4P0IA 4GXAA 2OJTA 4OQOA 2Y7RA 4R72A 3MPLA 3RUMA 3ZKLA 1P99A 3OO7A 4P0GA 3G3IA 4XXUA 4YU0A 1LAXA 3N5LA 4R2BA 5I59B 3E13X 4PFTA 4N6PA 3MJNA 3B6QA 3MVZA 2F34A 5HM4B 3IL1B 3RT6B 2OWTA 3A3UA 4TLMB 1B5IA 1URDA 4GFRA 1BIYA 2H9BA 3H06B 4YKKA 2ZNTA 4Q5TA 4GXSB 2BJJX 1FTMA 4JXIA 4DXBA 4MLVA 4DLDA 3PD9A 4F31B 1A55A 1OIBA 1LFGA 3UGWA 3O66A 3B7DA 2B65A 1MDP1 3T9XB 3MP1A 3C32A 3QIMA 3N6TA 3OOAA 1MQGA 2O84X 5CI5A 4F3PA 1B52A 1MH3A 3ILUB 2DE2A 3RYAA 4KCCA 1JVXA 5JTYB 1BTJA 4HTGA 1OLAA 5CC2A 3G3JA 5H8HA 2O6AA 3E3KA 2XX8A 2VOZA 5CMMA 1B5HA 2Z8EA 1MQIA 1LLSA 1FTKA 3T96B 4FEDA 1LBCA 4QHQA 1RYOA 2RCAA 3DLNA 4DZ1A 1B51A 4XKPA 3CFZA 3KJ7A 3TPAA 3LSFB 2O7IA 3VFJA 3DRGA 1DTGA 1FQDA 1R6ZA 1N7WA 2UVGA 3PMVA 4ZDMA 3LVUA 5DVIA 1B9JA 3DRIA 5AA3A 3ODBA 4LP2B 1N76A 4YMAA 3TAJA 4JDFA 3TCGA 2XXXA 5J1DA 2KLFA 1MPCA 1JVYA 5ELVA 4NF6B 1NMUA 4I8CA 1Y4TA 2AIXA 5ICQA 1AH5A 4OFOA 3M3FA 3H3GA 4HCWA 2DP8A 2WKYA 4RA1A 4F3SA 2I0BA 1L5TA 1QKBA 4P11A 1FQAA 5HPQA 1QW0A 2ZYKA 4OTEA 1QUIA 2I3VA 3TDJA 2DWIA 2O1LA 2FA7A 3K1PA 5KCJA 3M3LA 4DE8A 2X7PA 3L6GA 4YB6A 4QFLA 5AA4B 3EN3A 2PMSA 5K2XA 2A5SA 1JEVA 5AA2A 1UTBB 1KWHA 1H45A 4R74A 5EHSA 5AA1A 1PB9A 3M3KA 2NWJA 4PFYA 5KZTA 2QS4A 4OYVA 3IJOB 4BDNA 4X48A 4QSDA 3U1OA 3S9MC 4LZ7A 1Y1MA 3MPKA 4OXVA 3DRFA 4JSOA 4U21A 1QJMA 3SDFA 1MY1A 2X26A 3TTMA 3PMXA 2NOOA 1P1WA 3R6UA 1WDNA 1MY0A 4Q30B 4EQ9A 3OO9A 5BWJA 2O1MA 3DM0A 3N26A 2OBGA 4IY6A 1NNPA 4ELPA 1B0HA 2H99A 1HSLA 4ONYA 3IB0A 4FECA 3TTRA 1SD3A 3H6TA 1A40A 3IORA 2F97A 2R9JA 1XC1A 4GLIA 2E1SA 4ZEBA 4O3BA 1IXCA 2A5TA 2VP1A 2F6GA 5BUUA 3ONMA 2UXAA 5AE4A 2ZNUA 3T9VA 4N13A 4RNSA 3RLFE 3K1MA 1OVBA 1PDAA 2ANJA 1DTZA 1OQGA 4QFNA 1B3EA 3ILTB 2ZMBA 1I69A 4FJPA 2F7BA 4GVOA 1IEJA 1BP5A 1LFIA 2ZYOA 4GIZA 4LATA 1FW0A 3OMBA 3C35A 4U23A 4U2RA 1UTBA 3GLBA 1MXWA 5CMBA 1PBPA 5KDTB 3KJTA 2WOKA 3V5AA 4MH5A 5JEIA 2QPQA 2OLBA 3B6TA 4IGTA 1HSJA 3OEMA 3IOVA 3JV9A 3W15C 1NL5A 1IZ1A 2UYFA 4F1UA 5H8FA 3PUWE 1ZKBA 3RN8A 1MQJA 1NKXA 1TWYA 2DWHA 1R9LA 1LBBA 3DP6A 2H98A 3GBAA 4JWXA 4OEUA 5I84A 4OENA 1O64A 4OZ9A 1YCJA 3O6HA 3Q25A 3DRJA 5L9OA 2Z8DA 2V3QA 4OEVA 4RXLA 5ISUA 3CG1A 3S9LC 3OELA 3FXRA 1URGA 4GQOA 1B4HA 1MXXA 4ND9A 5DVFA 4OFLA 3O28A 1ANFA 2DOJA 2NUVA 1S7YA 3KG2A 3IK6B 1XVXA 1N0TA 4I9DA 5L8DA 2YJPA 4GF8A 1F9BA 1FQCA 2RCBA 3KFMA 4R75A 2HZLA 1HSEA 4G8MA 1A7LA 1FQBA 1Z7ME 1TFDA 3U8QA 3FTOA 2CZLA 4F2QA 4Z7EA 5H8HB 1M5CA 5I2KA 2F8DA 4F3GA 2H25A 3UK4A 4R6HA 4EF1A 2XXVA 2DSFA 2Q9TA 1B3FA 1B58A 4ZEIA 3RYBA 4QFOA 1JETA 2P2AA 2R71A 4ZE8A 1IITA 2HXWA 1SW1A 4GL8A 4L17A 5ICTA 3UIFA 1D9VA 2F7CA 3EHSA 3U93A 3ZKKA 4F2OA 1MM7A 3N6UA 3F11A 2O69A 2QMWA 1URSA 3CRBA 2I48A 3MP6A 2G93A 5ITOA 3DP8A 4XKNA 3LUYA 3U72A 5FHMA 1I6AA 3TTLA 1Y20A 3ECRA 1SW4A 4FORA 5JK4A 3WAFA 3FXUA 1Y1ZA 1MY2A 1UIUA 2RINA 4KD5A 4YZZA 4I1DA 4U4XA 1IUDA 2RC9A 4NWDA 3H4ZA 4E0WA 3PUXE 3C36A 1J1NA 4F29A 4EQ7A 3IOWA 3WAEA 3V8XB 1US4A 3BFTA 1FTJA 4H6DA 4YKJA 2OK2A 1US5A 5KCJB 1A54A 1B3LA 2PBWA 2F6PA 1POY1 1JW4A 3CG3A 4M4GA 3I6VA 4IO4A 3N94A 2QSXA 3QK6A 4THIA 4OESA 3KN7A 3R26A 5AA2B 1B2HA 1IQ7A 1OMPA 3SERA 4ECFA 2XX9A 3SKPA 3D4GA 3PV0E 1MS7A 5TU0A 3O2AA 4Z0IA 1RKMA 3VVDA 1S50A 1SW5A 4BDQA 3G3KA 2Q89A 1LB8A 4G4PA 3KZGA 2YPNA 1OLCA 1JNFA 4K3FA 3JZJA 4OWDA 1GGGA 4G68A 5DTBA 1SDXA 3FVGA 4G8HA 2PYYA 4RK2A 4C0RA 1MY3A 2DXYA 3K1NA 4ZE9A 1LB9A 1ZTYA 4LQ2A 1ZJLA 2XXYA 2O7UA 4U1OA 3VVEA 2Y7WA 1LAGE 3A09A 4U4SA 2DVCA 5EYFA 2HFBA 3T9HB 3IB1A 2QS1A 4H67A 4RPNA 4GOTA 2QRYA 3EHTA 3TQLA 3S9EA 4F1YA 1Q1KA 2F36A 1SVXB 4U1ZA 3PGFA 4FAJA 3PPPA 1B1HA 2RKMA 2B3BA 4ISUA 1PB7A 1NH7A 1P1QA 2DWAA 4YKIA 2YLNA 3CHGA 2A5TB 3LSLA 3MBPA 3RTWB 3GBBA 2I0CA 4G8NA 4OVJA 3FZVA 2ONSA 1N04A 5DT6A 3HHGA 4F1VA 3C33A 3VLVA 2H5YA 4G2ZA 1A8FA 1DPPA 1YTVA 4H5FA 1JW5A 4GD5A 3OO6A 4RPOA 5CRYA 4NE4A 1Y3PA 2THIA 2B3FA 2NXOA 4KQPA 3IR1A 4N07A 2FNCA 3PUYE 5M2VA 3IJXB 3EHUA 2QJEA 2XXUA 4WKMA 5A5XA 4EXLA 3VLWA 2PT1A 4QFPA 4BDLA 5H8QA 3USDA 4IO2A 3PU5A 2XXQA 2I3WA 3TKDA 1XOCA 2HEUA 2UVIA 3K4UA 3SEXA 1NH8A 3U94A 1VFEA 3PPQA 1B7ZA 4PP0A 1SBPA 3MVYA 2VHAA 3VXBA 3GXAA 2E0SA 1P1OA 3CFLA 1M5FA 5H8FB 2P1SA 1ATGA 1R9QA 2ZNSA 1ZU0A 4PE5B 4DCXA 2ZYMA 4TQUQ 2F35A 3IOTA 2ESNA 4UACA 4KYEA 3CSBA 4X9TA 3KN8A 2NVUB 2V93A 3RT8A 3CFXA 2UYEA 4FEBA 4JWOA 5H8SA 4YKPA 1I6BA 1PB8A 1XS5A 4MF3A 1YAEA 2UVHA 1SW2A 3DP4A 4XKQA 3LSXA 3CI8A 1FTOA 3KSJA 4IO7A 1FQEA 4JWYA 4Q8RA 2DQVA 1IXGA 2D21A 1LGBC 5TP9A 3E9XA 4LONB 1MXYA 3TFLA 3B6WA 3OSRA 4LQ5A 3KGCA 4H0WA 3FVOA 1GVCA 5I2KB 1UQWA 3OEKA 2F78A 3PUVE 4EXKA 1WODA 1B4ZA 4NEDA 1B7UA 4WEPA 1MG1A 3MC2A 1Y9UA 3MVXA 4OHNA 4H8JA 2RC7A 3O6IA 3SEVA 2PT2A 4E0XA 3DELB 4AQ4A 1PC3A 4OMBA 4QFKA 5ITPA 1Z7NE 1MY4A 4ESXA 1UTHA 2OWSA 1PEBA 3RNNA 1ELJA 4POXA 1Q35A 1NNKA 3SEUA 4DDDA 3LC8A 4H5GA 2REGA 2HAVA 1MM6A 1NFTA 1B1XA 5EHMA 1ZMGA 3O6GA 2DVZA 4YICA 3HSTA 3PUZE 4LA9A 1MRPA 1FTLA 4Q0CA 1M5EA 2PVUA 3H7MA 4NF4A 1LSTA 4H65A 2Q2AA 3GZGA 3G3HA 3Q29A 3BFUA 1H44A 1MH4A 2AYSA 4U22A 2F5XA 5I56A 1O7TA 3W9WA 5L9SA 4EDPA 2O68A 1DPEA 1IXHA 3VDFA 1II5A 1IIWA 4IO6A 4GL0A 1AMFA 1TXFA 3TUSA 4NF5A 2QS3A 3HV1A 3FXQA 4QSCA 5I57A 3C34A 4AB5A 2Y7IA 3MQ9A 3RY3A 1MXUA 2XD3A 4IB2A 3RGYA 1NNFA 2QMXA 4ZS9A 2I49A 1AOVA 3L6HA 3OENA 1QKAA 4KI0E 5FHOA 3LBSA 2AL4A 2F7AA 1EU8A 4HS7A 5FHNA 3KEIA 3G7WA 3VLUA 3OO8A 2Q8JA 2Y7PA 2VGQA 4GWOA 5H8NA 3MAMA 4JSDA 2DE3A 1H3DA 3Q26A 2B4MA 3VV5A 3SEYA 2HQ0A 1EH3A 1H76A 4F19A 4G68B 5K2YA 4PFUA 3EQ1A 3O29A 3P7IA 1B32A 5CBSA 4JB7A 3IB2A 3V89B 3PPNA 3QAXA 4FE8A 3PAMA 2HAUA 3FJGA 2WOLA 1XT8A 3JYRA 1S9TA 4XTCQ 2O51A 2UVJA 1B0LA 5I58A 2Z8FA 1SQYA 4O3AA 3K6UA 1B7HA 2ONKE 2FYIA 2XXIA 4HCYA 3K6VA 4H8IA 1DMBA 4NF8A 1EZ9A 2D5WA 3CIJA 3KBRA 3O9PA 3UORA 5DYHA 3AXFA 3MP8A 2XD2A 2DYXA 4KYDA 2REJA 3QXMA 2ZXTA 3FATA 1BKAA 4YB5A 2QL3A 3TCFA 3V83A 2XXRA 3ZS6A 4TLLB 1XVYA 3K01A 4KYSA 4QF9A 5TPAA 3IOUA 4JBZA 4MLQA 2D3IA 1MQHA 3TTNA 5A5XB 1JW1A 3C9HA 3TCHA 3W9VA 3OD7A 1B3HA 1MPBA 3UN6A 5H8QB 4EQBA 3PD8A 3BBRA 4KHZE 4C1UA 1QVSA 5DEXA 1I6QA 2HCAA 4KPTA 3IX1A 3TMGA 3MWBA 4LVQA 3TQWA 3IAZA 3THIA 4DXUA 2G29A 5I2NA 1MPDA 3HO7A 1O63A 1ZBMA 2ONRA 4WEDA 1IXIA 2Y7KA 1D3KA 3BKIB 2RF1A 3K02A 2P0SA 1P1NA 4ZEFA 4ELRA 2GRVA 3FGSA 4PQJA 4DXCA 1LFHA 2PX1A 3MZ9A 4ESWA 2OCUA 3PMWA 4RYAA 3LR1A 1EZOA 3Q28A 1QULA 2DXRA 3S4UA 3T66A 3QSLA 1TT1A 1D4NA 2I6EA 3MVWA 1POTA 5I59A 2XXHA 3DRKA 2GHAA 4F18A 4ZECA 3A3CA 3OSQA 1SI0A 5TP9B 1Y3QA 1VE4A 3FJMA 4RK9A 1N3WA 1B05A 2H4IA 4FIMA 3VVFA 2VD3A 1BLFA 3O6PA 3TYHA 2GFEA 1M5DA 4X1BA 3HCQA 1SI1A 2AL5A 4ZZEA 3Q27A 1B6HA 4R6KA 5FTIA 4UA8A 3RQTA 4YB7A 4GRKA 2Q2CA 1UTHB 3HPIA 1ZLQA 4BDOA 5CMCA 1LCFA 4NTLA 4R9FA 4F22A 3QUJA 2XXTA 2CMOA 1QUKA 3TODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JTYA 1R1NA 2VD2A 5A5LA 4ZEDA 5L9MA 5HBCA 1NUYA 4LUBA 4NF4B 5EYHA 2HPGA 3FBPA 4NG7A 2DS9A 4R73A 4MIJA 4XIGQ 5F7VA 4ZEKA 5B70A 4P1LA 2Z23A 2ALUA 2XXWA 4NWCA 5DVJA 3VXCA 4YAHX 2KQZA 2WX9A 3KOTA 3MUQA 2Q8MA 2X7QA 1TFAA 5I56B 4XKRA 4AB6A 1M5BA 3A29A 1MXZA 4PFWA 1LCTA 2GHBA 3CSGA 2XX7A 4R2FA 2OX3A 3EF7A 2PFYA 3IO4A 1LAFE 3KN3A 3FVKA 2Y84A 3TELA 1USYE 2XXPA 1MQDA 4DI4B 3MSTA 5CM6A 4MMPA 4GWZA 4NF5B 4OANA 3FV1A 4YMBA 4DIGA 4KR5A 5I57B 3C31A 3HHFA 3RPWA 2WOPA 1GTKA 1A8EA 1VR5A 1N84A 2FIEA 3KOSA 4NF6A 5F1QA 3G3FA 1FQFA 1LAHE 4X04A 1NI9A 4PETA 2RC8A 2IA4A 3RPLB 2GH9A 2LAOA 5IKBA 2DWJA 3FUZA 1B5JA 2JJKA 1B40A 3I3VA 1AL3A 3FV2A 4X1DA 4EF2A 4DCYA 4IY5A 4AS4A 1WVJA 5H8NB 3G3GA 1MDQA 1CE2A 2OZZA 2DE4A 2CZHA 3E4RA 3T9UA 3MZBA 3H03A 3DRHA 1N7XA 4H45A 4BDRA 3HN0A 1P1UA 2V25A 1H43A 1ZIUA 5B7DA 3TEPA 4ZZAA 3K6XA 2ZYNA 3CVGA 3K2DA 1NV5A 1OQHA 3H6UA 4QRZA 3TTKA 4IGRA 3M8UA 3UA8A 1PBQA 5AA4A 1N3XA 2I58A 4NHBA 3UP9A 3MZ1A 4N81A 5LOMA 3H6WA 5CMKA 1FCKA 1EZPA 3K6WA 1B46A 4OVTA 5I58B 2QVUA 4IO3A 5F24A 1FPGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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