3MXDA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor kc53 in complex with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxdA00
5P69A 5OYTA 2I4WA 4DPIA 1U8GA 1ZAPA 1C6YA 3QBHA 4DJOA 5P2QA 5P1UA 5P6DA 5P4UA 1SMEA 2V16C 4Y4EA 2XFJA 3KDBA 4GJDA 3VSXA 4Y3EA 5P22A 2IGYA 5P30A 3PWWA 2QK5A 1K2CA 1QRPE 2AVVA 5P47A 3L5DA 4QJ8A 3NUOA 3KA2A 1ZTZA 4LXAA 4ER2E 5P35A 1RV7A 5P0WA 4F75A 5P7QA 2FGVA 3K4VA 1EBYA 3C9XA 4RROA 5HDZA 2G94A 2PWRA 1MIQA 1EBWA 2FNSA 5OYRA 4COEA 2PQZA 4LXKA 4GMIA 1AZ5A 1HTEA 1XDHA 4KB9A 2IRZA 5P6LA 5P5TA 2QI1A 3NWQA 2APRA 3UDQA 2FMBA 2P83A 5P8PA 5P0KA 5P43A 5AHBA 2HC0A 4EJLA 1F7AA 5SXNA 3SA4A 3ZPUA 3BXRA 5P8TA 2AVQA 5P27A 1HVIA 1FEJC 4Y36A 5COKA 5P6EA 5P7FA 3FIVA 2IQGA 5P4ZA 4YBIA 1LYBA 1YM2A 3TLHA 2FDEA 5P76A 3OOZA 1HEFE 1HVCA 4EXGA 5KAOA 1HOSA 5P1FA 5P5IA 3OU1A 3LPKA 4J0TA 3OQAA 4J1CA 2A1EA 4Y3PA 5P2AA 1FQ8A 1NPWA 2B7FA 3OUDA 4FSLA 4R91A 3NR6A 4I0ZA 3QROA 5P65A 4I0DA 5E5JA 1IZHA 2VIEA 2J9JA 5P0UA 1MPPA 3EKYA 3NDUA 1HTFA 2CEMA 3PI5A 3EBZA 3QS1A 1XL2A 1EPPE 5OZLA 2QCIA 4FM8A 3PI0A 2I4UA 5P7JA 4J0PA 5P04A 2VNNA 3EM3A 2ZJIA 5P70A 1N49A 4J5JA 1GNOA 2HS1A 2VJ7A 2F8GA 2H6TA 5P0LA 4K4QA 2ER0E 2I0DA 4EP2A 4OBFA 4FE6A 4Y3HA 5P0VA 5P1LA 2QMGA 2V11C 5P8FA 3QVIA 1UH8A 4J0YA 2XFKA 4FAFA 5P29A 2QAKA 5P3HA 5P4RA 5P4VA 5P7HA 4OD9B 4A4QA 5HU1A 5P49A 1B6LA 3S43A 1APWE 5P20A 4Y3ZA 1EEDP 4LXMA 4DPFA 5OZJA 1SGZA 3SPKA 3OQKA 2P8HA 5HTZA 3PBZA 4HDFA 3LZYA 2WJOA 5TOLA 4K9HA 4WY6A 5SZ9A 4D88A 4Y37A 1D4KA 2QNQA 2O4SA 3GI0A 5P1MA 1HPSA 5P7TA 3T11A 1RNEA 1APTE 3OHFA 3APRE 1SP5A 4R5NA 5P0BA 5P1WA 2IKUA 4GIDA 5HE7A 2WHHA 5P14A 1E5OE 3KMYA 1HEGE 5P73A 5P2ZA 3KFPA 3R0YA 4HZTA 4J1KA 3SA6A 5OZGA 5P60A 1E80E 2ZHTA 3O9HA 3A2OA 1GNMA 3UF3A 1RL8A 1MRXA 5OZHA 1TSQA 5IVTA 4RRNA 4RCFA 4J1FA 1C6XA 5P0TA 5P32A 5B18A 3QRSA 2BPVA 2WF4A 2OAHA 1D4HA 5P3QA 3INFA 3EM6A 5P51A 1A9MA 4UPJA 5P46A 3U71A 5COPA 2OHRA 4K4RA 3VF3A 5P4CA 1FFIC 1RPIA 5P52A 2ZJJA 5P2EA 3GGUA 3EL9A 1DPJA 5P44A 2QMDA 4RVIA 3OGPA 1ZBGA 4LL3A 3K5GA 4J1HA 2P3CA 2HM1A 1NH0A 2WEAA 1PFZA 1QBUA 4K8SA 3O9FA 5P8UA 2B7ZA 3OXWA 1HIVA 3RTNA 3H0BA 3NDWA 5P6QA 2A4FA 3Q4BA 4B05A 1EBZA 2ER7E 3LIVA 5DR0A 3PSYA 2ZHUA 5P4YA 3INHA 4JOOA 3LPIA 4Q1YA 4KUPA 4Y5PA 3VLAA 4BFDA 4Y44A 5P5AA 2R8NA 2WL0A 3BUHA 2PH6A 3NYGA 3GGVA 5DQ1A 3HLOA 4EPJA 1UH7A 5P53A 2WEBA 5HVPA 2G1RA 3D20A 2WEDA 5P78A 5I3YA 3QP0A 5IVQA 4CPWA 3TNEA 1EC1A 1F34A 5IS4A 1FQ6A 2FNTA 4B1DA 5ISKA 5P5EA 1HVLA 1CPIA 3CIBA 2G1OA 5AH9A 1YTJA 1ER8E 3S54A 3DJKA 1BDQA 5P2TA 3OQ7A 3QAAA 2PSVA 3TOGA 4I12A 1LYBB 4H3FA 2XYEA 4ZSRA 5HE5A 2AIDA 4DJPA 3ER5E 1NPVA 3Q5HA 4DQEA 5P3KA 1B6JA 3OU1B 3WZ8A 1A8KA 2RENA 2G1YA 5P1BA 3D1XA 5P1YA 2P3DA 5JODA 4MC6A 1EPRE 3L3AA 4L7HA 3OUCA 3OUDB 5P3PA 5P1CA 5P7SA 5OYZA 5P62A 1KJGA 4CPQA 3LZSA 5P5ZA 2F81A 2J9JB 1EC0A 3PJ6A 1QBRA 4B78A 1MUIA 3UHLA 2QI6A 2BJUA 3NDTA 1HBVA 8HVPA 5P5XA 1MRWA 3OQFA 2PC0A 3ZKIA 5P3UA 2VA6A 2I4QA 4L7GA 3SA7A 4Y3LA 5P3ZA 5P39A 5P15A 4AZYA 5P7IA 3UQRA 5P8BA 1Z1RA 5P3RA 5OZNA 5P1HA 4OC6A 1UH9A 5P33A 5P7AA 1HVSA 2ZHRA 1HIHA 3RTHA 5P2GA 5P74A 3L5CA 5P1JA 5I3WA 5OZIA 3DV5A 3S43B 1DAZC 4D8CA 1ODWA 2V0ZC 5P86A 5P5UA 2O4PA 3OUAA 4B00A 3TPLA 2VA5A 4YCKA 5P3IA 5P77A 3T6IA 3QPJA 5P28A 2OHTA 3GI6A 5ENMA 2Q5KA 5OZZA 4H3IA 3UDNA 1TZSA 4D89A 4EYRA 2QHCA 4J54A 1HRNA 5P3OA 1EPQE 5P0EA 7UPJA 5OZAA 4QGIA 4Y5CA 5OZXA 4CPXA 4AUCA 3SA9A 3INEA 3RSXA 1EPOE 3PMYA 4MC1A 5OZ6A 5P3XA 4Y54A 5E5KA 4DJQA 2G1SA 1IZIA 1B5FA 1ZP8A 2Z54A 5P7KA 1A8GA 4RVJA 4GYEA 3WB4A 4MC9A 2PYNA 2VJ9A 5P8AA 5HCOA 1NSOA 3NWXA 4MC2A 1C6ZA 3URIA 1WBMA 4YCTA 4D85A 5C9DA 2WEZA 4KE1A 2AOGA 2R5QA 5HU0A 2QU3A 5P2FA 4Y3MA 3ZMGA 5OZWA 4B0QA 4DJXA 5P1ZA 5IE1A 1GVTA 2ZJHA 1FQ4A 3KF0A 3CKTA 1Z8CA 3EKTA 3HVGA 4XKXA 1J71A 1MSMA 3HZCA 5OZTA 2HB3A 5P4AA 2I4XA 4RYCA 4FLGA 4Y4WA 3JVYA 2F3FA 4Q5MA 5P72A 3KM4A 2JJJA 5P4WA 4EHCA 2IEOA 4LBTA 4WY1A 5P1RA 1FG6C 2QD8A 3VEUA 5DR8A 3O9DA 5BS4A 3GI5A 5KR0A 5OYVA 1G2KA 3OUBA 2AZ8A 5P0GA 2OHQA 5P5JA 1FKNA 5P4LA 5P0MA 4CKUA 1W6HA 4PZXA 2NXMA 3DCRA 2AZCA 2VA7A 2NPHA 3KDCA 4Y4GA 3VV8A 4Y4AA 3ZKSA 5OZ5A 1W5VA 3EL1A 4CPSA 4F73A 2QI7A 1BV7A 1IVPA 4GJ7A 4NJVA 4ZPEA 1G35A 3QRVA 3N4LA 4Y51A 1LF3A 3AUPA 3NDXA 3PWMA 4I10A 3O9LA 1W51A 5DQ4A 4DQGA 1EC3A 3TPRA 4GZFA 4YD5A 2RSPA 2FDPA 3EMYA 3SM2A 5P40A 2ANLA 5HDVA 3ZKMA 3OADA 4CPTA 5P0DA 4AA9A 2VKMA 3PEPA 5OZ2A 4Y9WA 4DVFA 5DR7A 1QDMA 3S53A 2QZXA 4HA5A 5P1PA 1D4JA 1K6PA 3KFSA 3UFNA 1T7KA 4I11A 1YX9A 5P6FA 3M9FA 4Y3SA 5AH7A 2BQVA 4WTUA 5HD0A 3OXCA 4GJ5A 5DPZA 3K1WA 5DR3A 1E81E 1HPXA 5P2UA 5OZ7A 4Y3DA 5OZBA 5HDXA 5P0HA 4F76A 2R5PA 4GJ8A 1MSNA 5BWYA 2XYFA 2QI3A 2ZJMA 5P6RA 2AVMA 2PK5A 1BDLA 2Q3KA 3UDYA 5P7BA 3R0WA 3SLZA 2HPEA 1PPME 1XE5A 3CICA 2V13A 5P3DA 5P4SA 5P6YA 5P84A 3D1ZA 5P03A 5P4OA 1K6CA 3LIXA 5OYYA 4LC7A 9HVPA 5P68A 1BV9A 5P8IA 2AVOA 5KQXA 3ZLQA 3BGCA 1MT9A 3HDKA 1ZSRA 4HE9A 5P38A 5ENKA 1W5XA 4OC6B 3FV3A 2AOJA 3NSHA 1HIIA 4B77A 4PPHA 3IXOA 1BWAA 1FMBA 2ZHVA 5P58A 3FNTA 2B60A 4ZEAA 3VFBA 1W6IA 2VIJA 1LYWA 5SY3A 2PSUA 4ZIPA 2PSGA 3MXDA 3ZKNA 1BDRA 4NPTA 1BBSA 1HVRA 4GJ9A 2QZLA 5P02A 2NNKA 4I0GA 4CPRA 3ZKQA 2OF0A 1DMPA 4DJRA 2P3AA 3QN8A 1B5FB 5P10A 5P4MA 3NU9A 3PCZA 2OHSA 2OHPA 4GB2A 3UDHA 1IZEA 3KFNA 2F80A 4FCOA 2I0AA 3SA5A 3CMSA 5OZFA 5P5LA 4IVSA 4I8ZA 5P34A 5P7DA 4X2LA 5P37A 4OBDA 4NJUA 2FS4A 2QZWA 4FAEA 3VLBA 3O9GA 2UXZA 3UQUA 2AOHA 5OYSA 3RVIA 3NXEA 3T3CA 5P1GA 2PK6A 3NU5A 2AZ9A 1WBKA 2NTRA 2ZJKA 1PSNA 2QMFA 2ZHSA 4LAPA 2NMZA 2Q55A 2OHKA 5P4TA 3MXEA 1GVUA 5ER1E 2P4JA 5P4QA 1IZDA 4R8YA 4Y3JA 4Y41A 2R3WA 3G6ZA 5P6SA 2AOIA 5OZ3A 2G27A 4Y4BA 4DJVA 4Y47A 1A30A 5P1AA 5P5YA 5OZYA 4RRSA 3RTMA 3VSWA 3UDJA 5P5CA 5P16A 1HXBA 5P7CA 4B72A 5P3CA 3BUGA 3OU4A 5KQFA 2XFIA 5P48A 5P11A 5P3FA 3R2FA 3LIQA 1HXWA 5P6AA 1C70A 3PCWA 3BGBA 4Y3QA 4DJYA 1MESA 1CZIE 3OHHA 1BVGA 5EZXA 1FF0C 3IAWA 5OZPA 3URJA 3D1YA 2AOCA 3DV1A 5P17A 1PPKE 3O9LB 1TW7A 1HVKA 2CEJA 5OZQA 2VJ6A 5P5MA 4TRWA 3OY4A 2NMYA 5P0RA 1YG9A 2I4VA 5P3VA 3ZOVA 3DCKA 3IXJA 5P2WA 5P06A 5P87A 3OADB 4B70A 1Z1HA 5P0OA 5P2XA 5P5SA 5P5NA 5P82A 5P6GA 4AA8A 3OXXA 3PSGA 3RSVA 2ZJNA 1ODYA 1VIKA 3OTSA 5OZEA 5P3BA 4R92A 4ZSPA 5P1EA 1MTRA 3LIYA 4Y5KA 5OZOA 1UPJA 4Y5AA 1IDAA 5P4IA 5DQ5A 5P07A 1FMXA 1AM5A 4X7IA 3K4VC 1BIMA 4APRE 5P7XA 5P4FA 4JPCA 3UDMA 2AODA 4ACXA 1VIJA 1IVQA 5IVRA 1ZSFA 4IVTA 3OK9A 2IS0A 5P7VA 4Z22A 1SDUA 1T6GA 4TRYA 5P41A 4U7QA 4XXSA 5P0FA 5COOA 3O9BA 5P8SA 3BUFA 1K2BA 3I7EA 3L59A 3T7XA 2QNNA 4FRKA 1BILA 2NNPA 5P6JA 5P45A 5P6WA 1TCXA 3BRAA 1PPLE 1AVFA 1XL5A 4Q1WA 2ASIA 4Y4TA 1MT7A 1ZPKA 5P8NA 5DQCA 2G20A 5P61A 5P0AA 4CPUA 3LINA 3UFLA 1WKRA 5AH6A 4DQCA 1PSOE 5KQZA 5P4GA 2BPZA 5P8OA 5P56A 3OQDA 5P66A 5P1QA 2FLEA 4M8YA 5P8MA 3VG1A 4RYGA 3UQWA 2VS2A 4BEKA 1GKTA 3MWSA 2O40A 1KJ4A 1IIQA 3PWRA 1APUE 1LYWB 4I0HA 5P2JA 3TOFA 3I8WA 3EKXA 2G69A 4Y3RA 4CP7A 4YD6A 3SKFA 1LF2A 3NLSA 4K4PA 4YD7A 5DQ2A 2SAMA 1SDTA 1OEXA 2ZDZA 4RZ1A 4RCDA 2ZGAA 3I25A 5ISJA 4GJCA 5OZ0A 1XE6A 3ST5A 3VYEA 3L5EA 4ER4E 1FQ5A 5AHAA 5OZUA 4DQBA 1FGCC 1DW6C 5UPJA 3NU6A 4DUSA 3S85A 4RLDA 5P64A 5P7EA 3R4BA 2WF3A 3CYXA 5OZ4A 3VF5A 3L5FA 3HD8A 5CLMA 3EKPA 5EZZA 6FIVA 1AIDA 2QZKA 3UDKA 2JXRA 1Q9PA 1SIPA 5P3TA 4APEA 3PHVA 5P5GA 4NJTA 1YT9A 5HDUA 2AOFA 3F9QA 4YA8A 4EQ0A 1APVE 3EKWA 2IL2A 3OAGA 4D83A 3SKGA 4JP9A 4Y5MA 2UPJA 4EJKA 5P0IA 1YTHA 4R93A 2I1AA 1AJXA 2Q64A 4QJ7A 2NR6A 5SY2A 1ZLFA 5P2CA 5P7RA 1TSUA 5P6ZA 1KJHA 3D91A 5P2BA 3OU4B 2PYMA 2HB4A 4BELA 3TKGA 1KZKA 5P8DA 1FQ7A 4ZPFA 1SIVA 4EWOA 5P3MA 4FS4A 5P3GA 5P59A 4I0JA 4TVGA 5DR4A 1LYAA 4Y48A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P69 A;  5OYT A;  2I4W A;  4DPI A;  1U8G A;  1ZAP A;  1C6Y A;  3QBH A;  4DJO A;  5P2Q A;  5P1U A;  5P6D A;  5P4U A;  1SME A;  2V16 C;  4Y4E A;  2XFJ A;  3KDB A;  4GJD A;  3VSX A;  4Y3E A;  5P22 A;  2IGY A;  5P30 A;  3PWW A;  2QK5 A;  1K2C A;  1QRP E;  2AVV A;  5P47 A;  3L5D A;  4QJ8 A;  3NUO A;  3KA2 A;  1ZTZ A;  4LXA A;  4ER2 E;  5P35 A;  1RV7 A;  5P0W A;  4F75 A;  5P7Q A;  2FGV A;  3K4V A;  1EBY A;  3C9X A;  4RRO A;  5HDZ A;  2G94 A;  2PWR A;  1MIQ A;  1EBW A;  2FNS A;  5OYR A;  4COE A;  2PQZ A;  4LXK A;  4GMI A;  1AZ5 A;  1HTE A;  1XDH A;  4KB9 A;  2IRZ A;  5P6L A;  5P5T A;  2QI1 A;  3NWQ A;  2APR A;  3UDQ A;  2FMB A;  2P83 A;  5P8P A;  5P0K A;  5P43 A;  5AHB A;  2HC0 A;  4EJL A;  1F7A A;  5SXN A;  3SA4 A;  3ZPU A;  3BXR A;  5P8T A;  2AVQ A;  5P27 A;  1HVI A;  1FEJ C;  4Y36 A;  5COK A;  5P6E A;  5P7F A;  3FIV A;  2IQG A;  5P4Z A;  4YBI A;  1LYB A;  1YM2 A;  3TLH A;  2FDE A;  5P76 A;  3OOZ A;  1HEF E;  1HVC A;  4EXG A;  5KAO A;  1HOS A;  5P1F A;  5P5I A;  3OU1 A;  3LPK A;  4J0T A;  3OQA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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