3MXFA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with the inhibitor jq1
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Selective inhibition of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Cell cycle
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3mxfA01
3IU5A 3MULA 5ENEA 4IOOA 5CPEA 5BT3A 4YADA 5TCMA 4TU6A 4YYIA 5L97A 5HQ7A 4GPJA 3D7CA 5F61A 5ENJA 4HBYA 4WIVA 3TLPA 3HMEA 3G0LA 3JVKA 4KCXA 4LYSA 5L98A 4IR3A 2H60A 5FG5A 5CQ5A 4UYEA 3MUKA 3QZTA 5DKCA 3AADA 4NYXA 3U5PA 4PCIA 4O7BA 5CQ3A 5LJ0A 2MJVB 5E9KA 4YK0A 3ZYUA 5IGMA 2I7KA 4NUCA 5FE7A 5D3JA 5CUCA 5FFVA 3IU6A 4Z93A 4CL9A 3U5LA 5HRWA 3UVDA 5A5PA 5FFYA 1E6IA 4Z1QA 4YY6A 4LZ2A 2I8NA 5CQTA 5EWVA 4XY8A 5EU1A 5C89A 5COIA 4LR6A 4TQNA 4O74A 5EV9A 4YYJA 5FE5A 5CQ7A 4J1PA 5E9LA 3LJWA 5LKUA 4A9KA 5D3HA 4QSTA 4O7EA 5DKDA 5C85A 4N4GA 5CS8A 5LJ1A 5D3PA 4YABA 4J3IA 5HJCA 5EWCA 3UVXA 4CUQA 5BT4A 4MEOA 2OSSA 5CFWA 5HFQA 5ENFA 5HRXA 5EPRA 2E7NA 2RI7A 4UIXA 4HBVA 5F5ZA 5D26A 5L96A 5ENHA 4QSVA 5I86A 5D3NA 2DWWA 4QYDA 2RO1A 3DAIA 5A5RA 3AQAA 4QR4A 3O33A 5CY9A 3U5KA 4YAXA 4LDFA 5CTLA 3I3JA 4A9NA 5FE8A 4LZRA 4ZQLA 4YBMA 2RNXA 4LYWA 5I88A 5KU3A 5C4QA 5EQ1A 5FB1A 5KTXA 4HXOA 3ONIA 4QR3A 5ACYA 3O35A 3FKMX 4CUSA 4MR4A 5TB6A 4J0RA 5I29A 4LRGA 2NXBA 4XY9A 5H1TA 5DLZA 5FG4A 5H1UA 5IIDA 4A9JA 5FG6A 5D7XA 2RNYA 4TU4A 2D9EA 4QZSA 5DFBA 2YYNA 3QZVA 2DVVA 4QSSA 5IGLA 5E74A 5II2A 4NR7A 5FE6A 2L5EA 4TTEA 5HQ6A 4YYMA 1JM4B 5ENCA 5I80A 5CZGA 4IOQA 5E9IA 4QR5A 3JVMA 2LSPB 4IR5A 2RS9B 5HFRA 5LKTA 4LZSA 3HMHA 4HXLA 5I1QA 4UYDA 3UV5A 1X0JA 5IGKA 3Q2EA 4PY6A 4PS5A 4YBTA 4YH3A 5G4RA 2R10A 3P1CA 5E9MA 4OGJA 4NYVA 4QSQA 4A9MA 1JSPB 4QUTA 5A7CA 4QY4A 5KTWA 3UW9A 5D0CA 3Q2FA 4F3IA 5C8GA 5DYXA 4NRBA 5DBMA 4CFLA 2GRCA 4O7FA 5HRVA 3MB3A 3U5MA 4NRAA 3DWYA 5HELA 2N9GA 5EICA 4NR9A 5CGPA 5ETBA 2YEMA 5F1HA 5D24A 4WHUA 4UYGA 5HENA 2F6JA 5A82A 5FBXA 5AMFA 2RNWA 2YELA 5CQ6A 5D3TA 4NS5A 3JVJA 5C87A 5E9VA 4NR6A 5AD3A 3GG3A 5D3SA 4QYLA 5F36A 5F2PA 5K29A 4NUEA 3SVFA 4O77A 4UIUA 2L84A 4NYWA 4QSPA 5IBNA 5L8TA 4HBWA 5DLXA 4N4HA 2DATA 5EWWA 4HBXA 4NR8A 4CLBA 4UITA 5I83A 4RVRA 5LVRA 3LXJA 4WHWA 3UVYA 5JI8A 5HEMA 5CQ4A 4ZC9A 4QSWA 4BW1A 4HXMA 4AKNA 3HMFA 5FH8A 4OUFA 4YATA 5A85A 4HXKA 3LQJA 2YEKA 5I7XA 5J0DA 3P1FA 5EA1A 4HXSA 5DYAA 5EP7A 5FE3A 4QBMA 5F25A 3LQHA 4LYIA 5CU8A 4A9LA 1ZS5A 5F1LA 3UVWA 5KHMA 3JVLA 5HCLA 5FE2A 2YDWA 4N3WA 5DFCA 1F68A 5II1A 5I89A 5E9YA 4CUUA 4Z1SA 4YC9A 5CRMA 4O72A 5E0RA 4UYHA 5CUBA 5E3GA 4YYHA 5EPSA 5IGNA 4MENA 4XUAA 2DVRA 5CUAA 5G4SA 5CUDA 2DVSA 3O34A 4E96A 3P1DA 4O78A 5HQ5A 4NXJA 3MB4A 4BW4A 5CP5A 4ZW1A 4O76A 5FDZA 5FB0A 3U5OA 4OGIA 4NRCA 3RCWA 5FE9A 4YYGA 4MR3A 4DONA 4MEQA 2G4AA 4NQNA 5IG6A 1WUMA 4UYFA 4O7CA 5CQAA 5KTUA 4ALHA 1EQFA 2OO1A 5ETDA 4KV4A 4TT4A 5AMEA 5C7NA 4KV1A 4MR5A 5LUUA 4QSRA 4N4FA 3O36A 3S92A 3K2JA 4UYFB 5CUEA 5LJ2A 2YW5A 4YYNA 5E73A 2E3KA 4A9EA 5LKXA 4PCEA 4C66A 4NR5A 4IORA 4A9HA 4J0SA 4IR4A 5HLSA 4CURA 4QB3A 2KTBB 5FE1A 4MEPA 4QC3A 4N4IA 5LVQA 5DKHA 5EPBA 3O37A 4TS8A 4PTBA 4TT6A 4A9IA 5EI4A 4A9FA 2RFJA 5CQ8A 5D25A 5A5OA 4YH4A 5FH7A 5HM0A 5A5QA 4O75A 4Z6HA 1N72A 4YYDA 4TT2A 2FSAA 4Y03A 4O7AA 3P5OA 5FH6A 5DW2A 2DKWA 4QNSA 4XUBA 4CFKA 4ALGA 2R0SA 4CUPA 5BT5A 5H1VA 4NQMA 4QSXA 5F63A 5H85A 5A81A 4A9OA 4X2IA 4IR6A 3SVGA 5JWMA 5EWHA 5A5SA 4NR4A 4Z6IA 2L85A 2DVQA 3P1EA 2E7OA 5EGUA 4QUUA 5D3RA 4CUTA 3S91A 4UIZA 4HXNA 4QEVA 5EK9A 4BJXA 4BW3A 5CUGA 5F62A 4YY4A 5DW1A 4HXPA 5DX4A 5LKZA 5A5NA 2WP1A 2R0VA 5KO4A 3SVHA 5AD2A 5L8UA 5DY7A 4XYAA 4O71A 3UV2A 5I7YA 5I40A 5FFWA 4MR6A 4UIYA 4NUDA 3NXBA 4UIVA 4QEUA 3UV4A 5ENIA 5DYCA 5F3AA 5ENGA 5F60A 4QC1A 5CRZA 5E3DA 4PKLA 5EM3A 5DFDA 2YQDA 1WUGA 2D82A 4LC2A 4UIWA 5D3LA 4BHWA 3MQMA 5EWDA 2F6NA 2R0YA 3G0JA 4YBSA 5A83A 5DYUA 4HXRA 3QZSA 5EVAA 4C67A 3U5JA 4QEWA 4TYLA 5FE4A 5L99A 4YYKA 3U5NA 4Q0OA 4FLPA 4Q0NA 5E7DA 5FE0A 2WP2A 3MXFA 3LQIA 4QSUA 4TZ2A 5ENBA 4O70A 4TZ8A 2OUOA 4BW2A 5EISA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IU5A 3MULA 5ENEA 4IOOA 5CPEA 5BT3A 4YADA 5TCMA 4TU6A 4YYIA 5L97A 3D1BA 5HQ7A 4GPJA 3D7CA 5F61A 5ENJA 4HBYA 4WIVA 3TLPA 3HMEA 3G0LA 3JVKA 4KCXA 4LYSA 5L98A 4IR3A 2H60A 5FG5A 5CQ5A 4UYEA 3MUKA 3QZTA 5DKCA 3AADA 4NYXA 3U5PA 4PCIA 4O7BA 5CQ3A 5LJ0A 2MJVB 5E9KA 4YK0A 3ZYUA 5IGMA 2I7KA 4NUCA 5FE7A 5D3JA 5CUCA 5FFVA 3IU6A 4Z93A 4CL9A 1ZKRA 3U5LA 5HRWA 3UVDA 5A5PA 5FFYA 1E6IA 4Z1QA 4YY6A 4LZ2A 2I8NA 5CQTA 5EWVA 4XY8A 5EU1A 5C89A 5COIA 4LR6A 4TQNA 4O74A 5EV9A 4YYJA 5FE5A 5CQ7A 4J1PA 5E9LA 3LJWA 5LKUA 4A9KA 5D3HA 4QSTA 4O7EA 5DKDA 5C85A 4N4GA 5CS8A 5LJ1A 5D3PA 4YABA 4J3IA 5HJCA 5EWCA 3UVXA 4CUQA 5BT4A 4MEOA 2OSSA 5CFWA 5HFQA 5ENFA 5HRXA 5EPRA 2E7NA 2RI7A 4UIXA 4HBVA 5F5ZA 5D26A 5L96A 5ENHA 4QSVA 5I86A 5D3NA 2DWWA 4QYDA 2RO1A 3DAIA 5A5RA 3AQAA 4QR4A 3O33A 5CY9A 3U5KA 4YAXA 4LDFA 5CTLA 3I3JA 4A9NA 5FE8A 4LZRA 4ZQLA 4YBMA 2RNXA 4LYWA 5I88A 5KU3A 5C4QA 5EQ1A 5FB1A 5KTXA 4HXOA 3ONIA 4QR3A 5ACYA 3O35A 3FKMX 4CUSA 2EJNA 3D1DA 4MR4A 5TB6A 4J0RA 5I29A 4LRGA 2NXBA 4XY9A 5H1TA 5DLZA 5FG4A 5H1UA 5IIDA 4A9JA 5FG6A 5D7XA 2RNYA 4TU4A 2D9EA 4QZSA 5DFBA 2YYNA 3QZVA 2DVVA 4QSSA 5IGLA 5E74A 5II2A 4NR7A 5FE6A 2L5EA 4TTEA 5HQ6A 4YYMA 1JM4B 5ENCA 5I80A 5CZGA 4IOQA 5E9IA 4QR5A 3JVMA 2LSPB 4IR5A 2RS9B 5HFRA 5LKTA 4LZSA 3HMHA 4HXLA 5I1QA 4UYDA 3UV5A 1X0JA 5IGKA 3Q2EA 4PY6A 4PS5A 4YBTA 4YH3A 5G4RA 2R10A 3P1CA 5E9MA 4OGJA 4NYVA 4QSQA 4A9MA 1JSPB 4QUTA 5A7CA 4QY4A 5KTWA 3UW9A 5D0CA 3Q2FA 4F3IA 5C8GA 5DYXA 4NRBA 5DBMA 4CFLA 2GRCA 4O7FA 5HRVA 3MB3A 3U5MA 4NRAA 3DWYA 5HELA 2N9GA 5EICA 4NR9A 5CGPA 5ETBA 2YEMA 5F1HA 4AKIA 3ERRA 5D24A 4WHUA 4UYGA 5HENA 2F6JA 5A82A 5FBXA 5AMFA 2RNWA 2YELA 5CQ6A 4AKHA 5D3TA 4NS5A 3JVJA 5C87A 5E9VA 4NR6A 5AD3A 3GG3A 4AKGA 5D3SA 4QYLA 5F36A 5F2PA 5K29A 4NUEA 3SVFA 4O77A 4UIUA 2L84A 4NYWA 4QSPA 5IBNA 5L8TA 4HBWA 5DLXA 4N4HA 2DATA 5EWWA 4HBXA 4NR8A 4CLBA 4UITA 5I83A 4RVRA 5LVRA 3LXJA 4WHWA 3UVYA 5JI8A 5HEMA 5CQ4A 4ZC9A 4QSWA 4BW1A 4HXMA 4AKNA 3HMFA 5FH8A 4OUFA 4YATA 5A85A 4HXKA 3LQJA 2YEKA 5I7XA 5J0DA 3P1FA 5EA1A 3VKHA 4HXSA 5DYAA 5EP7A 5FE3A 4QBMA 5F25A 3LQHA 4LYIA 5CU8A 4A9LA 1ZS5A 5F1LA 3UVWA 5KHMA 3JVLA 5HCLA 5FE2A 2YDWA 4N3WA 5DFCA 1F68A 4AI6A 5II1A 5I89A 5E9YA 4CUUA 4Z1SA 4YC9A 5CRMA 4O72A 5E0RA 4UYHA 5CUBA 5E3GA 4YYHA 5EPSA 5IGNA 4MENA 4XUAA 2DVRA 5CUAA 5G4SA 5CUDA 2DVSA 3O34A 4E96A 3P1DA 4O78A 5HQ5A 4NXJA 3MB4A 4BW4A 5CP5A 4ZW1A 4O76A 5FDZA 5FB0A 3U5OA 4OGIA 4NRCA 3RCWA 5FE9A 4YYGA 4MR3A 4DONA 4MEQA 2G4AA 4NQNA 5IG6A 1WUMA 4UYFA 4O7CA 5CQAA 5KTUA 4ALHA 1EQFA 2OO1A 5ETDA 4KV4A 4TT4A 5AMEA 5C7NA 4KV1A 4MR5A 5LUUA 4QSRA 4N4FA 3O36A 3S92A 3K2JA 4UYFB 5CUEA 5LJ2A 2YW5A 4YYNA 5E73A 2E3KA 4A9EA 5LKXA 4PCEA 4C66A 4NR5A 4IORA 4A9HA 4J0SA 4IR4A 5HLSA 4CURA 4QB3A 2KTBB 5FE1A 4MEPA 4QC3A 4N4IA 5LVQA 5DKHA 5EPBA 3O37A 4TS8A 4PTBA 4TT6A 4A9IA 5EI4A 3VKGA 4A9FA 2RFJA 5CQ8A 5D25A 5A5OA 4YH4A 5FH7A 5HM0A 5A5QA 4O75A 4Z6HA 1N72A 4YYDA 4TT2A 2FSAA 4Y03A 4O7AA 3P5OA 5FH6A 5DW2A 2DKWA 4QNSA 4XUBA 4CFKA 4ALGA 2R0SA 4CUPA 5BT5A 5H1VA 4NQMA 4QSXA 5F63A 5H85A 5A81A 4A9OA 4X2IA 4IR6A 3SVGA 5JWMA 5EWHA 5A5SA 4NR4A 4Z6IA 2L85A 2DVQA 3P1EA 2E7OA 5EGUA 4QUUA 5D3RA 4CUTA 3S91A 4UIZA 4HXNA 4QEVA 5EK9A 4BJXA 4BW3A 5CUGA 5F62A 4YY4A 5DW1A 4HXPA 5DX4A 5LKZA 5A5NA 2WP1A 2R0VA 5KO4A 3SVHA 5AD2A 5L8UA 5DY7A 4XYAA 4O71A 3UV2A 5I7YA 5I40A 5FFWA 4MR6A 4UIYA 4NUDA 3NXBA 4UIVA 4QEUA 3UV4A 5ENIA 1PUOA 5DYCA 5F3AA 5ENGA 5F60A 4QC1A 5CRZA 5E3DA 4PKLA 5EM3A 5DFDA 2YQDA 1WUGA 2D82A 4LC2A 4UIWA 5D3LA 4BHWA 3MQMA 5EWDA 2F6NA 2R0YA 3G0JA 4YBSA 5A83A 5DYUA 4HXRA 3QZSA 5EVAA 4C67A 3U5JA 4QEWA 4TYLA 5FE4A 5L99A 4YYKA 3U5NA 4Q0OA 4FLPA 4Q0NA 5E7DA 5FE0A 2WP2A 3MXFA 3LQIA 4QSUA 4TZ2A 5ENBA 4O70A 4TZ8A 2OUOA 4BW2A 5EISA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 3IU5 A;  3MUL A;  5ENE A;  4IOO A;  5CPE A;  5BT3 A;  4YAD A;  5TCM A;  4TU6 A;  4YYI A;  5L97 A;  5HQ7 A;  4GPJ A;  3D7C A;  5F61 A;  5ENJ A;  4HBY A;  4WIV A;  3TLP A;  3HME A;  3G0L A;  3JVK A;  4KCX A;  4LYS A;  5L98 A;  4IR3 A;  2H60 A;  5FG5 A;  5CQ5 A;  4UYE A;  3MUK A;  3QZT A;  5DKC A;  3AAD A;  4NYX A;  3U5P A;  4PCI A;  4O7B A;  5CQ3 A;  5LJ0 A;  2MJV B;  5E9K A;  4YK0 A;  3ZYU A;  5IGM A;  2I7K A;  4NUC A;  5FE7 A;  5D3J A;  5CUC A;  5FFV A;  3IU6 A;  4Z93 A;  4CL9 A;  3U5L A;  5HRW A;  3UVD A;  5A5P A;  5FFY A;  1E6I A;  4Z1Q A;  4YY6 A;  4LZ2 A;  2I8N A;  5CQT A;  5EWV A;  4XY8 A;  5EU1 A;  5C89 A;  5COI A;  4LR6 A;  4TQN A;  4O74 A;  5EV9 A;  4YYJ A;  5FE5 A;  5CQ7 A;  4J1P A;  5E9L A;  3LJW A;  5LKU A;  4A9K A;  5D3H A;  4QST A;  4O7E A;  5DKD A;  5C85 A;  4N4G A;  5CS8 A;  5LJ1 A;  5D3P A;  4YAB A;  4J3I A;  5HJC A;  5EWC A;  3UVX A;  4CUQ A;  5BT4 A;  4MEO A;  2OSS A;  5CFW A;  5HFQ A;  5ENF A;  5HRX A;  5EPR A;  2E7N A;  2RI7 A;  4UIX A;  4HBV A;  5F5Z A;  5D26 A;  5L96 A; 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