3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
4I7FA 1NJWA 3AVIA 3NF7A 4CEBA 4CF1A 4DTUA 3OYDA 1QS4A 2Y1JA 5J2NA 1YTAA 1U49A 2Q3SA 1VSFA 3ZT0A 4CK2A 4E89A 1XC9A 3RRGA 3NH0A 4FJLA 4CF8A 3NH2A 1WSIA 3MAQA 3V1RA 4CEQA 1Y97A 1WNSA 1A5WA 3OJSA 1Z26A 1Q9YA 1EX4A 4DS5A 5J1EA 4I9QA 2IDOA 3HO1A 4G1QA 2R7YA 1LAVA 1BGXT 4K8ZA 4OGCA 3AO2A 3OYEA 3VA3A 3HL8A 2Y1IA 4Z4FA 1MU2A 4RW6A 1WSGA 4BACA 3QERA 3VQDA 3HJFA 2OPSA 4CGIA 2YNFA 1WAJA 4KAZA 1JLAA 4CK3A 4KTQA 4CEZA 1UAXA 3KJVA 4QAGA 3B6OA 4CEFA 3O3FA 3OYCA 1LAWA 4NYNA 4N5SA 3ISNC 1B9DA 1LV5A 4YNQA 3AVLA 3F9KA 2QKBA 4E7HA 3MXMA 1IKXA 1HMVA 4OJRA 3DRPA 1VSMA 3LP2A 1LW0A 3QEPA 1LW2A 2F8TA 1NK7A 4HHTA 2XY5A 2YKNA 3TAPA 4DTOA 5JS1A 4CCHA 3CYMA 5HP1A 1TAUA 1ZBIA 3CM6A 2FBXA 3OYHA 4NCGA 4AHVA 4W5QA 4CJLA 3MEDA 3TWHA 4B8CA 1U45A 5FRMA 1RTDA 3OS1A 1EXQA 1RCHA 5HROA 1TV6A 1VSDA 4OLAA 1JL2A 3NF9A 4QCLA 4M41A 3VQ8A 4B9SA 3BGRA 3P83D 1C0MA 1NJZA 4C8LA 3I0SA 2G8HA 2VG6A 4CK1A 2FBYA 3O3GA 4DQRA 5KGWA 2EX3A 3LP0A 2ZQBA 3L2WA 3LZIA 4CJQA 3QNOA 3AA4A 2HNZA 3OYBA 1QHTA 3OYIA 3OS0A 3OS2A 1D5AA 3DMJA 3QNNA 3RMBA 4FJ5A 3H08A 4N56A 4B3OA 5C24A 4LH4A 3S3NA 2Z1HA 3S3OA 5J2QA 1T8EA 4BWMA 3K5OA 3K57A 3U6FA 1SUQA 1VK0A 1C0TA 1C0UA 3D45A 4FK2A 4DQPA 4C8MA 4AHUA 4FYDA 2KFNA 1ZBLA 4BE0A 1RT5A 4FZXC 3T19A 4J2EA 4CJUA 2G8FA 1TKTA 1GOAA 4KHUA 4HUGA 4KHSA 4KRFA 1TK0A 1S1UA 2PZSA 1CXUA 1HQEA 1L3VA 3AVKA 1YTUA 4KV8A 4LSNA 4CJ4A 3QIOA 1L3SA 1KTQA 1WSJA 1T7PA 4CJKA 1LWCA 2YV0X 1Z25A 3ZT4A 4EZ9A 4FJKA 4CHPA 4FJXA 3RMAA 3ZSRA 2X78A 4IKFA 4DSEA 2B5JA 4KHWA 3IS9A 4FJMA 4J2DA 1JLQA 4FLXA 3C95A 4HVJA 1HJRA 2IS3A 1ZBFA 4I2QA 1KVCA 3AVJA 4H8KA 3OYMA 4HUEA 3AA2A 2OA8A 4CHZA 4CESA 1KFDA 3HXMA 3VN5A 4E3SA 3K5LA 4E7IA 4B9UA 1GOCA 3AO4A 3U3GA 3KK2A 4CEOA 1O1WA 4Y1CA 3LDSA 4DSJA 3ZCMA 2YHAA 1VSLA 3G0ZA 1I3AA 2ATQA 3AVFA 3KKRA 4FJ7A 4XIUA 2E4LA 4CF9A 2X6NA 1GOBA 4CJTA 4JS4A 4DF8A 1K6YA 4CJVA 1A5XA 3KK1A 3NGZA 3HP9A 3TAEA 4E0DA 3V9ZA 5SZTA 2OPRA 3L2UA 3DI6A 1LWFA 1RNHA 5KGXA 4FJNA 4FLWA 3NH1A 4CJ3A 4E19A 1NK8A 3VQEA 3VQ4A 2OZSA 1IH7A 1BI4A 4FVMA 2PY5A 4ID1A 1FKPA 3AA3A 3V4IA 3LP1A 3RR8A 4Z0UA 4PA1A 1TL1A 3ZT3A 1SL1A 1SL2A 4EP5A 3TI0A 5HRSA 4DLGA 2GBZA 5C42A 2VG7A 1CXQA 3HPGA 1BHLA 3BDPA 1YT3A 4CERA 1RTHA 2XY6A 1XWLA 1KVBA 3OY9A 3PY8A 3AVHA 4O0JA 3OYFA 1SKRA 2HNYA 2G8KA 2A1SA 1NKCA 4CIEA 3M8PA 3WNFA 3CFOA 3THVA 4GMJB 4ZTJA 1TVRA 5HRPA 1WSHA 3OYGA 2PYLA 1JKHA 1JLFA 3WNEA 1QTMA 3JSMA 3L3UA 1S6PA 3LPUA 3ZSZA 1N6QA 4NCAA 1HYSA 2O4GA 4AHSA 3LAMA 2YNIA 4CGJA 3HPOA 3VQQA 2KW4A 2KQ2A 3RMCA 4F3OA 2HHSA 4FLYA 4FW1A 4DFJA 3TAGA 2HHVA 4CHOA 4AHTA 3SQ4A 1HPZA 4JRPA 1NJXA 2P1JA 3L3VA 1X9WA 2HVIA 3NFAA 4IFVA 3M8SA 3V9SA 3NF8A 1DTQA 2VG5A 4B9TA 1SKWA 4KTZA 1UWBA 4OGEA 5C25A 1JL1A 4DU1A 4CIGA 4KREA 4DSLA 3MXIA 3LWMA 1TK8A 4ZTFA 1RTJA 3SQ0A 3M8RA 4ELVA 3K59A 4QOZB 3B6PA 1WSFA 3CFPA 2W42A 5DMRA 3ALYA 4Z4GA 3SCXA 2BGGA 3MECA 4AHRA 3AVCA 3SJJA 1RT7A 5HRNA 3NGIA 1U47A 4J2BA 4DTXA 4FZZA 2AJQA 1S1TA 4FJ8A 3L2QA 3MEGA 4DLEA 3OJUA 1F21A 3DRSA 3CQ8A 2G8IA 1NJYA 3LALA 2NUBA 3VQAA 4FJIA 2FBTA 4CJPA 2IC3A 4H4MA 3TR8A 1BIUA 1IKYA 2RPIA 4FLUA 1I39A 5J2PA 1U4BA 4O44A 1QQCA 4E7LA 4L8RB 3A2FA 1RBVA 1RBSA 2DFEA 4KKOA 3SV4A 4HCBA 1W0HA 1SL0A 4JS5A 4AILC 2RN2A 2DY4A 4Q5VA 4YFUA 4IFYA 4IG3A 4DSFA 4CEEA 4EP4A 3EZ5A 3V9UA 2HHUA 1B92A 5SWMA 4M3UA 3HK2A 4DWIA 5HBMA 4CFAA 3TARA 1JLEA 4FXDA 1BISA 4LD0A 2P5OA 3KIOA 1VRTA 4LH5A 2E6LA 3U3YA 1QSLA 2G8UA 4TSXA 3ZSYA 3SUPA 5FRNA 5CYMA 4B9VA 1RBRA 1ITGA 4FCYA 4DF4A 4DS4A 1NKEA 4DSKA 3LWLA 2KZZA 4ELUA 1QE1A 4OVLA 3SNNA 3CM5A 3I8DA 4DQSA 3AVGA 3VQ6A 2XY7A 3SQ1A 3S3MA 2OYQA 4FJ9A 2HHTA 1D8YA 2B6AA 3L2RA 3SYZA 2FC0A 1UA0A 3LANA 3P1GA 1N5YA 3PO5A 4MQ3A 3AO1A 1X9MA 4AH9A 4CGDA 1BL3A 3VQBA 4N41A 4DTMA 4PUOA 2ETJA 4J2AA 2HHQA 4N47A 3LAKA 4FLVA 4CF0A 4M3WA 4DTJA 1QSSA 4BDPA 3PX4A 5KRTA 1NOYA 2I5JA 1L3UA 3C94A 1C1CA 3ZSQA 2YNHA 3AVMA 4CGGA 3V6DA 3FFIA 3NDKA 1ZYQA 5CYQA 2OZMA 1RT1A 1S1VA 2D0BA 3KK3A 3D0PA 3AO5A 4ZHRA 1WN7A 3OYAA 1S5JA 3VQ5A 3VQ7A 4HUFA 4FW2A 1HNVA 3ZT2A 4FJHA 2F96A 4CFDA 3NCIA 2G8VA 4CJWA 4CHNA 1KFSA 1CZBA 2HNDA 1KSPA 1VSKA 1KRPA 2D0AA 4GVMA 3SPYA 3MEEA 3SUOA 2QXFA 1J54A 2O4IA 1YVUA 2OPQA 4KHYA 2F8SA 1KLMA 1TK5A 1UOCA 4FK4A 1DTTA 4OPJA 3RRHA 1WSEA 2XHBA 2X74A 3K5MA 4F8RA 4E7KA 2B4JA 2HHWA 2GUIA 3ZSXA 4IBNA 4DTNA 1Q9XA 5FROA 3NHGA 4F2RA 3NF6A 3LPTA 1CZ9A 3DLRA 1BQMA 1BI4B 4CF2A 4M3TA 2EHGA 4HTUA 4UQGA 4O5BA 4IG0A 3SUNA 1S1XA 2LSNA 2JGUA 3O4QA 3DLGA 1C6VA 2RF2A 1ASWA 1NK9A 3DLBA 1RBTA 1NK0A 4CFBA 2IGIA 2P51A 4DTRA 1KVAA 1QSYA 2XY8A 1RT2A 4BE1A 1X9SA 4EZ6A 4I9LA 2VWKA 4CECA 1Q8IA 3NAEA 4Z4IA 4CHYA 3L2VA 4DTPA 3C6TA 3HPHA 3OYNA 3HP6A 2HMIA 1RTIA 4C8KA 3KLFA 3QESA 2D0CA 4DU3A 4KB0A 3MXJA 1LWEA 2KTQA 3OYKA 1XHXA 3TANA 2QK9A 3CFRA 1KCFA 4DU4A 1WAFA 4M3RA 2GV9A 1HNIA 4JRQA 4FJJA 4FK0A 4NCBA 3LZJA 1RILA 1RDAA 1TKZA 4FJGA 4RW8A 3VQ9A 3UIQA 4LY7A 4DFPA 3SI6A 1TGOA 4H4OA 1KLNA 4CIFA 2IAJA 2X6SA 1U48A 4KI4A 3WNHA 4DSIA 1B9FA 4E1NA 3RWUA 4M3XA 1RDDA 3VA0A 4CEDA 2YHBA 5KRSA 4Y1DA 3TAFA 4FLZA 1TAQA 4CJ5A 4DG1A 3KTQA 3V9XA 3F73A 4DTSA 3KD5E 4FLTA 1EKEA 3V81A 3DOLA 3PV8A 3OYLA 3KKSA 1JXEA 3QLHA 2WONA 3V1QA 4DMNA 2QKKA 4F2SA 3IG1A 4CFCA 1TKXA 3PUFA 2HB5A 3ZT1A 4BDZA 1BIZA 1BCOA 3HVTA 1FKOA 1RT4A 1S6QA 4OKJA 5EU7A 3AVBA 3DM2A 1XI1A 3QEWA 1JLCA 1WLJA 3AO3A 4FM2A 3T3FA 1NKBA 3NGYA 3TAQA 2HVHA 1C1AA 1ZBUA 4NYFA 1CLQA 3QETA 2DFHA 4OKEA 3S9HA 3AA5X 1D9FA 1X1PA 3DLKA 4DFMA 4Z4CA 4BWJA 3NE6A 1IG9A 1U04A 3P5JA 2E6MA 1REVA 4M42A 1DLOA 4RW9A 1J9AA 1HRHA 3PO4A 2ZE2A 3LP3A 1W9HA 2Z1IA 3DOKA 1VSJA 4GW6A 4LSLA 4N76A 2DFFA 5KI6A 5CZ2A 1EETA 3HM9A 1ZBHA 1T05A 3ITHA 1J53A 4DQQA 3AVAA 4CJEA 3AVNA 3KLEA 3SZ2A 4PQUA 3PX6A 1VRUA 4B8AB 4Z4EA 5D3GA 3I0RA 5HRRA 1RDCA 1FXXA 3QEIA 1XHZA 4KB1A 2HW3A 4PWDA 4I2PA 3QIPA 5I42A 5T7BA 1A5VA 3C6UA 1L3TA 3IRXA 4C8OA 3IAYA 5JS2A 3HSTB 4O0IA 2D5RA 5CY4A 2BDPA 3K2PA 3DRRA 4DQIA 4C8NA 4KI6A 5KTQA 2Z1JA 1ASVA 1IKWA 1VSEA 1S1WA 1C1BA 4HCCA 4W5TA 4OLBA 4KHNA 1HQUA 1S9EA 4BDYA 3O3HA 1HYZA 4KPYA 3OYJA 1G15A 4ICLA 2RKIA 4ID5A 4KTWA 3EYZA 5E41A 4M45A 3WNGA 3KLHA 3DLEA 1T03A 5CZ1A 3CG7A 3O4NA 4CGFA 3K58A 4RW4A 3V9WA 3T1AA 1NOZA 1TL3A 2BE2A 4Z4HA 5J2MA 4F3TA 4B08A 3TAMA 1IKVA 1BQNA 3TABA 1FK9A 3VQCA 4M3ZA 4RG8A 4PY5A 3ZSVA 1RDBA 4RW7A 3HYFA 1JLGA 3VQPA 4KHQA 1HYVA 2Z1GA 4M3YA 4OKKA 2YKMA 4CHQA 1S9GA 1SKSA 3HVRA 1NK6A 3DLHA 3V1OA 2KFZA 2HHXA 4OPKA 3K5NA 3SQ2A 2A1RA 3KLIA 4ELTA 3M8QA 3SPZA 3QINA 4KFBA 2XO7A 3L8BA 4B9MA 1RBUA 3RTVA 1VSIA 3AV9A 3ASMA 1JXBA 4O4GA 4AHCA 5DK5A 4CE9A 3QEVA 3PX0A 5HLFA 4B9NA 3JYTA 4CJRA 1R0AA 1TKDA 1NK5A 4CGHA 4W5RA 1D9DA 2ITGA 3E01A 4W5NA 4JLHA 4MFBA 4FM1A 3QEXA 1EP4A 5K14A 2KZMA 4CJSA 4B9LA 3QO9A 4E1MA 4R5PA 2IOCA 4DFKA 1UA1A 2XRIA 3KD1E 2VWJA 2BANA 2FBVA 3NBPA 3HT3A 2OPPA 4E7JA 1J5OA 4F4KA 1VSHA 4BE2A 2WOMA 1SV5A 5FDLA 1RT3A 1IO2A 4CJFA 1ASUA 2JLEA 2YNGA 3DYAA 3ULDA 3EY1A 2P5GA 1BCMA 4IDKA 4K8XA 1JLBA 3OVNA 3KLGA 3SUQA 5I3UA 4O55A 4KO0A 4FM0A 1NK4A 3RR7A 4CEAA 3RMDA 4W5OA 1RT6A 2DTUA 4FZYA 3SV3A 3G10A 3ZSWA 4WE1A 1L5UA 2PYJA 4Q0BA 3ZSOA 2G8WA 2ZD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F2KA 4DQ8A 1NJWA 2V7YA 2Y1JA 2Q3SA 3ZT0A 4JKHA 3OHRA 4U67L 5AQQA 4EAHD 4BC5A 3OJSA 5H1SQ 1BA1A 5J1EA 3H3NO 4G1QA 3O1WA 2R7YA 1BGXT 4OGCA 2Y1IA 1GLEG 3O6WA 4RW6A 1WSGA 1Z6RA 4KAZA 3ATVA 5KPZA 2P9PB 4CEZA 1NGDA 4KH4A 2UUAK 3O9UA 3OYCA 4N5SA 3ISNC 3BF3A 1N36K 3KWIA 3AAPA 3JXUA 4CZGA 3MXMA 4G9ZA 2J4RA 3LP2A 1LW0A 4HHTA 2NRWA 2XY5A 2YKNA 4DTOA 3H3OB 3MDQA 1BOTO 3CYMA 1TAUA 5AFUH 4JKDA 2FF6A 4AHVA 4LFCK 4CJLA 1SAZA 3MEDA 1RTDA 3OS1A 1EXQA 1RCHA 3VQ8A 2ZF5O 3BGRA 3P83D 3SBGA 1QQOA 4DQRA 2Q0RA 2ZQBA 4C23A 4CJQA 5GINA 4OPAA 3RVCA 2KLAA 2CGKA 3DMJA 3E9PA 3LDOA 3U6FA 5JICA 3K57A 1C0UA 4DQPA 4EHTA 2QWOA 2NNWA 4BRHA 4FPAA 4FZXC 1S3XA 2PFUA 3T19A 2G8FA 2WC9A 4KHUA 3O9QA 1S1UA 5AQJA 1L3VA 1YTUA 5C12A 1VQ9N 1KTQA 1T7PA 3RSEA 3ZT4A 3QFPA 3RMAA 2ASOA 1WB9A 4FJMA 2QM1A 2V52B 4BR2A 3EKUA 3CJAA 3AO4A 4DSJA 1H1VA 1K8KB 2YHAA 3G0ZA 4FO0A 2ATQA 4FJ7A 1XQSC 4CF9A 1GOBA 4CJTA 4ILJA 4E0DA 4BROA 1LWFA 4JI0K 1T6DA 1YJ9N 3KWGA 1E3MA 3VQEA 3VQ4A 2OZSA 2O8BB 1YI2N 3CCSN 3K9JA 1OH7A 1BA0A 3O1BA 4JKGB 5JLFA 1BHLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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