3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
1RILA 1TL3A 3DM2A 2OZMA 4ZHRA 2IOCA 2ZE2A 3AO4A 4DTRA 2A1RA 4CEEA 4FJJA 2KZZA 1VSEA 2IGIA 2BGGA 4DLEA 4O5BA 3K59A 4CHQA 1A5VA 4M3YA 3DLGA 3O4NA 4M42A 4H4OA 1QSLA 1C6VA 5HRNA 3VQ8A 4CFCA 3S3NA 1U4BA 4C8MA 3EYZA 4Y1DA 2G8IA 3ZT4A 3SYZA 3QERA 1BIZA 3VQDA 4M3TA 2B4JA 1SV5A 3LP1A 3HYFA 3AVFA 4CF1A 3DLEA 3K57A 3G10A 3MXJA 3V9XA 4I9QA 4FXDA 3HT3A 3NH0A 4CHYA 2YHBA 4FJXA 1CXUA 3NDKA 2D0BA 2I5JA 3ZT1A 2VWKA 4DFPA 4E1MA 1XHXA 3TANA 3HJFA 3C6UA 1LW0A 1TK0A 4DSLA 4KHUA 1X9WA 3PX0A 4HCBA 3S3MA 3KKRA 1HMVA 3LAMA 4ID1A 3NHGA 2VG7A 2Z1JA 2GBZA 2HNZA 4MQ3A 4OGEA 4B9TA 1IG9A 1U47A 3AVIA 2OPRA 5J2NA 3VN5A 3ZSYA 4DQIA 3AA3A 4B9UA 1L3VA 4O44A 2G8UA 4F2SA 2QKBA 4Z4HA 1ASWA 3I8DA 1K6YA 2HNDA 2FBTA 1RTDA 4NYNA 2HHQA 4CJRA 2G8KA 3IAYA 1RDAA 4KTZA 4M3UA 1SL2A 4BDZA 1RT5A 2OPSA 3F73A 1I3AA 1LWEA 4QAGA 4BWJA 4DTUA 4XIUA 3OYJA 1T05A 1SKWA 1LV5A 4FZXC 2VG5A 4W5QA 4DSJA 3ZSRA 4E1NA 1TAQA 3V9WA 1IO2A 3MEGA 4W5OA 4CEZA 1S6QA 4CJ3A 5FDLA 4AHSA 4FZYA 1TAUA 1S9EA 1VSMA 2DTUA 1RNHA 2YNIA 4CHPA 2YKMA 2HHVA 1UAXA 2HHUA 1Q8IA 4IFYA 3L2WA 1KLNA 1HPZA 3CG7A 1VRUA 2VWJA 4CEDA 3RMBA 1GOCA 1XHZA 1LAWA 3NGYA 4NCBA 4CECA 1HQEA 1B92A 4FLXA 1L5UA 4FJ9A 1HJRA 3RTVA 3DRPA 3OJSA 4O0JA 3DLBA 4FJMA 1TVRA 3HP6A 3DOLA 3L8BA 4H8KA 4DTJA 2IAJA 3OYBA 3HXMA 4AILC 3PX4A 1XI1A 1BQMA 3PX6A 4M45A 2XO7A 3IS9A 3JSMA 1VK0A 3HPHA 1HYZA 2Z1HA 1ASVA 1KTQA 5CYQA 4OLAA 1NJXA 1WNSA 1QS4A 3ZT0A 4OPKA 3O3HA 3M8QA 3HSTB 4O4GA 3OYMA 1EKEA 1VSKA 1HYVA 4I2QA 2KFZA 2QKKA 1TKDA 4B9NA 2ATQA 3DYAA 4KRFA 2B5JA 1TGOA 3OVNA 3MXMA 3RRHA 4CGGA 3QINA 4FZZA 3CM5A 1NK5A 2HW3A 3AVAA 3SV3A 3NF6A 4DFKA 3NF8A 1QSYA 4E7KA 3OYNA 4FLZA 2E6LA 1CZ9A 3DRSA 2G8VA 2KTQA 3TI0A 5DMRA 3BGRA 4ICLA 3LPTA 4M3XA 4KFBA 3H08A 1YTAA 2VG6A 3SQ0A 4PQUA 3ISNC 1RTIA 1FXXA 1YVUA 2KFNA 3VQAA 4CJ5A 1R0AA 4QCLA 4FLVA 2YKNA 4KTQA 3WNFA 4B9SA 3O4QA 4AHVA 3OYKA 3ITHA 4NCAA 3QIPA 1WLJA 5KRTA 2Y1IA 1J53A 1NJZA 4Z4GA 2X74A 3CFPA 4DU1A 4Q0BA 4CEAA 1RT3A 3OS2A 4DFMA 2F96A 4DTNA 4DTSA 3NH1A 4DS4A 1LWCA 4RW9A 2YNFA 5C24A 4DSEA 2X6SA 1NK8A 1S1WA 4O55A 5EU7A 3AVJA 1A5XA 1VSJA 3U6FA 4CIFA 4DF8A 1ZBIA 1CLQA 3I0SA 4M3WA 3AO2A 2FBXA 4DTMA 3ZSQA 4M3ZA 4HUEA 1RBSA 2YV0X 3NF7A 4OKJA 4DG1A 5C42A 1DLOA 1G15A 4ID5A 1BHLA 3AA4A 4K8XA 4KV8A 4IG3A 3QNOA 4JS5A 1DTTA 3NGIA 4DQQA 1NK6A 2HHSA 5JS1A 4E19A 4B8CA 4CGIA 3LDSA 4N76A 4B9MA 2G8HA 4IG0A 3AVMA 1WSIA 5FRMA 1Q9XA 1IKVA 4LD0A 2PZSA 1TV6A 1W9HA 3VQCA 5SZTA 1JXEA 3ZSOA 3KLEA 3M8SA 2HVHA 2BDPA 4W5NA 4HVJA 1SL0A 1JLFA 4FW1A 5HRSA 2DFFA 3EY1A 3SUPA 3AO1A 4CEBA 3DMJA 1C1CA 2IDOA 1WAFA 4LSNA 3AVGA 1BL3A 1EXQA 4KPYA 3VQ4A 5HROA 3RWUA 3K5LA 4E3SA 3QETA 3M8RA 4FJ8A 1XC9A 2PYLA 3O3FA 4F2RA 4KB1A 3ZT2A 2DFEA 4E7LA 1BCMA 1QSSA 1L3SA 1SUQA 3SQ4A 2BANA 4FVMA 1UA1A 4CF0A 3OYCA 1N5YA 4KO0A 1BCOA 1D8YA 3RMAA 1KVCA 3OYEA 2HNYA 3U3YA 3MECA 4Z4EA 1T03A 2EX3A 3TR8A 4FJIA 2D0CA 3S3OA 2BE2A 1ZBHA 4KREA 1T8EA 2D0AA 3EZ5A 4CEQA 3V9ZA 3KLHA 4NYFA 3U3GA 1IKYA 1XWLA 1HNVA 1S1TA 1J5OA 1BISA 3AVCA 4CEOA 3OYIA 3QO9A 4CJTA 4OKKA 3VA0A 1JKHA 2YNHA 1TKZA 2PY5A 2Y1JA 2RPIA 1MU2A 3OYLA 5J2QA 5I3UA 4RW4A 2XY5A 4F8RA 1TK5A 3SZ2A 1J54A 3LZIA 1I39A 4CIEA 4CHNA 4FM1A 4FK0A 4N5SA 4PY5A 1QHTA 4YFUA 3D0PA 1Z26A 4DTPA 3CYMA 4DSIA 5T7BA 3SUOA 2QK9A 3VQ7A 1UWBA 4F3TA 3MAQA 3SPYA 4KHNA 4RW7A 4LH4A 3TARA 3B6OA 3L2VA 4W5RA 4GW6A 2FBYA 1ITGA 1S5JA 5J1EA 1VRTA 3KLFA 3K58A 3NBPA 4E7IA 4F4KA 2HHXA 4CGHA 4CGJA 3ULDA 1C0UA 2OPPA 3OYHA 3KK1A 5C25A 2G8FA 3V4IA 3K5OA 3KIOA 2GV9A 4FLWA 5J2PA 3SJJA 4BE1A 4B8AB 3C94A 1SL1A 3VQEA 4CE9A 3IRXA 3KD5E 3SNNA 3ZSWA 3P5JA 3AVLA 1LW2A 1RBTA 1UA0A 3G0ZA 4HUFA 4DTOA 4PUOA 1WN7A 2WOMA 4CHOA 3NE6A 4E7JA 2OYQA 1CXQA 3VQ6A 3QEWA 1O1WA 4CJUA 3C6TA 3KJVA 4E0DA 4FJLA 3T19A 4FLTA 1N6QA 3HO1A 3ZT3A 3HP9A 4N47A 3PO5A 4DU3A 3AO5A 4DFJA 1QTMA 4JS4A 4IKFA 2RKIA 3VQ9A 1U04A 4I2PA 4NCGA 3TABA 4J2EA 1KFSA 2DY4A 1JL1A 4KHQA 4CERA 4B3OA 1RBRA 3L2QA 4FJ5A 4Q5VA 2ZQBA 4CF2A 3AVHA 1X9MA 4FJGA 3HL8A 3MEDA 4C8OA 3NGZA 4OKEA 4C8KA 1REVA 3A2FA 3RRGA 3OS0A 1A5WA 4AHTA 3IG1A 3OY9A 1JLAA 3E01A 3KTQA 2HHWA 1RBVA 1HNIA 4BE0A 5SWMA 3V9SA 5I42A 2PYJA 1B9DA 2P51A 3LP0A 2XY7A 4R5PA 3RR8A 1RT1A 3V1QA 1BI4B 3NH2A 3HVRA 4FLUA 1SKRA 2W42A 1BIUA 1EETA 1C0MA 2XRIA 3SQ1A 2KZMA 1YTUA 1S1UA 4WE1A 3O3GA 4E7HA 4EP5A 5HRRA 1U49A 3DRRA 4HCCA 2NUBA 3DI6A 3L3VA 4HTUA 1IKXA 3UIQA 1WSEA 3F9KA 3V6DA 3OYFA 4DU4A 1KFDA 1S1VA 2EHGA 2RN2A 3QEIA 4B9LA 1VSDA 4ELVA 2OA8A 5KGXA 3I0RA 3SCXA 1IH7A 1J9AA 1B9FA 3L2RA 1RT7A 2IC3A 4HHTA 1FKOA 2A1SA 1RDCA 3VQQA 4RW6A 2GUIA 1VSIA 4CJWA 1X9SA 4KHYA 4OLBA 2KW4A 3KKSA 3QNNA 1KCFA 1X1PA 4J2DA 3CM6A 3NF9A 3HM9A 1U48A 1IKWA 1JLCA 5CYMA 3ZSVA 1CZBA 4KKOA 4IBNA 4M3RA 2E6MA 4BDYA 4FK4A 4PWDA 4CCHA 3SUNA 4KI6A 1JLQA 4CGDA 3OYGA 2Z1GA 1JL2A 4FJKA 2FBVA 2WONA 3HVTA 2X6NA 4CF8A 3SUQA 5FRNA 1BI4A 1HYSA 2D5RA 1RCHA 1UOCA 3ZSXA 3HPGA 4GVMA 1VSFA 3TAEA 1C0TA 4ZTFA 1BGXT 3AA2A 4DQRA 4DS5A 1QQCA 3T3FA 3AV9A 4BDPA 1TK8A 3SPZA 4CF9A 3PUFA 3MEEA 1JLGA 1LWFA 4OVLA 3VQ5A 1WSHA 4CIGA 1JLEA 2ETJA 2LSNA 3QEVA 3KD1E 2ITGA 4C8NA 5KRSA 3KK3A 4FJNA 2F8SA 4J2BA 4DQSA 1RTHA 3LWLA 4C8LA 2XY8A 3OJUA 5HLFA 3OYDA 4FJHA 1S6PA 1NKEA 1GOBA 3LALA 2DFHA 3SV4A 2XY6A 4FYDA 1QE1A 3CFOA 5J2MA 4GMJB 3QEPA 4CGFA 3V1RA 3JYTA 2HHTA 4B08A 3RMDA 3M8PA 4H4MA 4CJ4A 3TAPA 4CFBA 1RDDA 4FJ7A 4MFBA 1YT3A 3QLHA 4CFAA 4CEFA 3WNEA 4CJLA 3KLGA 1NK0A 4CJKA 5CZ2A 4BWMA 1RT2A 3HPOA 2YHAA 4AHUA 4JRQA 4FM2A 2G8WA 1RBUA 4DSKA 4F3OA 4EP4A 3VA3A 4K8ZA 3CQ8A 4RW8A 3KLIA 4YNQA 3DLRA 4Z4CA 3QIOA 4BACA 3QESA 3NAEA 1L3TA 1D9FA 4FW2A 4I9LA 3LANA 3LWMA 2XHBA 3VQPA 2R7YA 4J2AA 4L8RB 5E41A 1WSFA 1HQUA 5FROA 3OYAA 4CJSA 4BE2A 3RR7A 5CY4A 1RTJA 4JRPA 1LAVA 2X78A 2HB5A 4DF4A 2QXFA 1RDBA 4FLYA 2OZSA 1S9GA 1VSLA 2Z1IA 5K14A 3K2PA 3BDPA 2B6AA 4EZ6A 1GOAA 1SKSA 1D9DA 3AVKA 1Y97A 3LP3A 3WNGA 4AH9A 3AVNA 4FM0A 4Z4IA 3P83D 1C1AA 3FFIA 3L3UA 4CJQA 3QEXA 3OS1A 1NJYA 4Z4FA 4G1QA 4CHZA 3D45A 2AJQA 1ZBUA 1NKBA 4PA1A 3LP2A 4KTWA 4OGCA 4LY7A 3K5MA 3S9HA 5KI6A 1S1XA 3NFAA 2IS3A 4DWIA 4IDKA 1NOYA 3SI6A 4IFVA 4CFDA 5D3GA 4Y1CA 3AA5X 2JGUA 3NCIA 1WAJA 4UQGA 3TWHA 5JS2A 4CK1A 3SQ2A 1DTQA 4TSXA 3AVBA 1ASUA 2E4LA 4Z0UA 1D5AA 3WNHA 1KLMA 4CK2A 2OPQA 4KAZA 4FK2A 2KQ2A 4OJRA 4N56A 2JLEA 1KVBA 3PV8A 1JXBA 2O4GA 3VQBA 3ZCMA 4E89A 1TKTA 5HP1A 1NK9A 2RF2A 4CJVA 4CJPA 3LPUA 2P1JA 2P5GA 2Q3SA 3ASMA 5DK5A 5HRPA 3PY8A 1NK7A 4QOZB 4AHRA 4DQPA 3CFRA 5CZ1A 3DLKA 4ZTJA 3DOKA 1F21A 1W0HA 4M41A 4RG8A 1KRPA 3TAGA 4FCYA 3ZSZA 4KHSA 4HUGA 1TKXA 1EX4A 1NOZA 1FKPA 4LSLA 4AHCA 4OPJA 3RMCA 4B9VA 3C95A 3K5NA 1BQNA 4W5TA 2HMIA 5HBMA 1U45A 2F8TA 1WSJA 2HVIA 1KSPA 5KGWA 4KHWA 4DMNA 1WSGA 3TAFA 4DTXA 1NK4A 4DLGA 4LH5A 3TAMA 1RT4A 3B6PA 1Z25A 4O0IA 4CESA 4CJFA 3V81A 3MXIA 5KTQA 1ZBLA 3V9UA 1ZYQA 2YNGA 3KK2A 1T7PA 1RT6A 1JLBA 1Q9YA 4ELUA 1KVAA 3PO4A 4CJEA 3T1AA 3LAKA 1NJWA 3L2UA 3ALYA 3DLHA 4EZ9A 1EP4A 4ELTA 4KB0A 4JLHA 3V1OA 2ZD1A 1NKCA 1C1BA 3LZJA 3P1GA 4KI4A 3HK2A 1HRHA 1VSHA 2FC0A 3AO3A 4CK3A 3TAQA 1ZBFA 3THVA 4N41A 4DSFA 1TL1A 2O4IA 2P5OA 1L3UA 1FK9A 4I7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZHRA 4H5WA 4FJJA 4CEEA 2IGIA 4PL8A 3K59A 4CHQA 2ZGYA 3O4NA 1Q86O 1QSLA 5AQOA 3VQ8A 4C8MA 2G8IA 1YIJN 1BG3A 4CF1A 3DLEA 3G10A 4NXNK 1J6ZA 4CHYA 2YHBA 2O8EB 4IEEA 4JKEA 2E2NA 2I5JA 3ZT1A 2VWKA 4YORA 1XHXA 3TANA 3HJFA 4MLHA 4DKWA 1TK0A 1HMVA 4ID1A 3VEZA 3NHGA 3VPZA 3CJAA 2VG7A 1IG9A 2OPRA 2Q0UA 2D0OA 2BTFA 3ZSYA 4B9UA 3CMAN 3CMEN 5GINA 2HHQA 4CJRA 4KTZA 1IJJA 4DTUA 1LWEA 1SKWA 2VG5A 1TAQA 3V9WA 4JKAA 4CEZA 2O8EA 1K8KB 4H0TB 1EWRA 5AQWA 3L2WA 4FO0A 3RMBA 4CEDA 4CW7B 1XHZA 1LAWA 3NGYA 4CECA 1L5UA 1B92A 4FLXA 4FJ9A 1HJRA 3RTVA 1TVRA 3R6MA 5AQVA 1OVYA 4BRCA 3SBGA 2XO7A 5ADXH 3JSMA 3HPHA 4LF8K 1HYZA 1ASVA 3VEXA 5CYQA 1QS4A 4ILGB 3M8QA 3ENBA 3HSTB 4O4GA 1VSKA 3OYMA 2ZM6K 2QKKA 1TKDA 4B9NA 1NU0A 1OKJA 2ATQA 4JNEA 4CGGA 4YOVA 5E26A 4FZZA 5JICA 3AVAA 4FOIA 4BRPA 4DFKA 1U6ZA 4JKHA 3E66A 3TTCA 3TI0A 5DMRA 3BGRA 5CE3A 2VG6A 4PQUA 1K8KA 2QTDA 1FXXA 2KFNA 4DV7K 4QCLA 4B9SA 3K0SA 4JHDB 3ITHA 3QIPA 4U7BA 2QWOA 1NJZA 4CEAA 3OS2A 4DTNA 1LWCA 1T6CA 5C24A 4DSEA 3VENA 5TKWA 1S1WA 5C0YA 4A2BA 3U6FA 4CIFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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