3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
3PY8A 1BI4A 4Q5VA 1U48A 1VSEA 1C1AA 4EP4A 4KB0A 1TV6A 2Z1GA 3RTVA 1RT3A 3ZSQA 4HTUA 1TK8A 4ELUA 1IKXA 3SZ2A 3NGZA 3AVNA 3KLFA 4CEDA 1NJYA 1REVA 2G8KA 1BHLA 3HPGA 1UOCA 1SKRA 4FJMA 3NGIA 4CIEA 4CHNA 2XRIA 4CHYA 1RTHA 4OKJA 3HP9A 3DI6A 2R7YA 3RRHA 3SUQA 1Y97A 1A5XA 2QKKA 1C1BA 3TABA 3KKRA 4F8RA 1EP4A 4OLBA 4N41A 4DTJA 5FRMA 3WNEA 1ASVA 3AO3A 1JKHA 4B9NA 4FJLA 4FJGA 3SNNA 1J54A 1RDDA 1WNSA 3MXIA 3T1AA 1BCMA 1HYVA 4H8KA 3CFPA 3NF8A 4HCCA 4E7JA 4B3OA 4I9QA 2GBZA 1RBUA 4RW8A 3AVMA 3LPTA 3WNHA 2VWJA 1QHTA 1KFDA 4ELTA 1EKEA 3WNFA 1TKXA 1Z25A 4DTSA 4CFCA 1KVAA 2IDOA 3VQDA 4FLUA 1N5YA 3P83D 4DSJA 4CK3A 1RT6A 1D5AA 4DTOA 4IFYA 3C6TA 3VA0A 2VG6A 3AVGA 4CJLA 3HO1A 4FJ9A 1RDBA 1DLOA 2PYLA 3VQBA 3QEXA 1CXQA 1I39A 3QEWA 2HHTA 3LAKA 4KHYA 2ZQBA 3C94A 4GMJB 3LALA 4PA1A 3ZT3A 4CJVA 1X9SA 4J2AA 4B8CA 3SUPA 1L3TA 2X6SA 3RWUA 1NKBA 3TAEA 3HK2A 1NK7A 2HMIA 4DFMA 4QOZB 4CF1A 3OS1A 4JS5A 1BQMA 1QS4A 3OJUA 3NF6A 2G8IA 1EETA 1RNHA 3AVKA 1XHZA 3CM5A 3KD1E 4OPJA 2P5GA 1NK5A 5C42A 4FK4A 2B5JA 3LZIA 1VSIA 3TANA 1NK9A 1FKPA 4CGGA 3S9HA 4PUOA 4CESA 5E41A 2VG7A 4CJSA 3TWHA 4HUGA 3LZJA 4CIGA 3S3OA 1SL1A 3LPUA 5FROA 4CEFA 3PX0A 1LV5A 4B9SA 4HCBA 4KHNA 1TGOA 4DS4A 3AVLA 3OYKA 4I9LA 5JS2A 5DMRA 2O4GA 1UA0A 4FXDA 4M3RA 2KFNA 2O4IA 3SV4A 4CCHA 3AA3A 4GVMA 3VQQA 1NOYA 4C8OA 3O3GA 3VQ7A 4M3TA 1CZ9A 4C8MA 3VQ5A 1VSJA 3V81A 4LSLA 1VRTA 2IOCA 1S1VA 1JLQA 1UWBA 1S1WA 4FLWA 1U47A 2EX3A 3ZT0A 3THVA 1QSYA 4O55A 3ALYA 4KREA 1BIUA 3NE6A 1BGXT 3NGYA 4CFDA 2KZZA 3L2WA 4DU3A 4AHTA 4B08A 4IBNA 3AO2A 3O3HA 2PZSA 3DLGA 1B9DA 1NOZA 3JSMA 1FKOA 2OA8A 3S3NA 1IG9A 3D0PA 4E7LA 3LWLA 1X1PA 4CJUA 4Z4IA 4FJ5A 3C95A 5C24A 4J2BA 2P1JA 3P5JA 3PV8A 4NCAA 2ZE2A 4KTWA 3B6PA 3I0SA 3T19A 3C6UA 1KFSA 2Z1IA 4DLEA 3NHGA 4FZYA 1HPZA 2E6LA 3BGRA 3UIQA 4O44A 4E19A 4LH4A 1ASUA 1S1TA 1JLEA 1G15A 2DFHA 1QSSA 4BE2A 4RW7A 5HRRA 1ZYQA 3AO4A 1CXUA 3E01A 1U45A 3DLBA 1ITGA 4JRQA 1XC9A 1S6PA 3DRSA 3OYGA 3QIOA 1U04A 1SKWA 3IAYA 5KGWA 4BDYA 1TAUA 3ITHA 5I3UA 3DLEA 4IDKA 1T05A 3NFAA 3DYAA 1WAJA 4I7FA 3K5NA 4CEEA 4K8ZA 3DRRA 1BL3A 1LAVA 1JLBA 4KV8A 4GW6A 3SUNA 4FJKA 3NAEA 1CZBA 2QK9A 3VQPA 4EP5A 2QXFA 1NKEA 3ASMA 1NJXA 3H08A 4CIFA 3PO4A 4KKOA 1YVUA 5FDLA 4KRFA 2ATQA 1TL3A 2EHGA 3RMDA 1JLGA 3G10A 4ZTJA 4JLHA 3ULDA 4DTPA 1D9FA 3VQ9A 3OYFA 2W42A 2OZSA 1QSLA 3AVAA 4CF9A 1IO2A 2YV0X 4NCGA 4W5NA 1LAWA 1NK8A 4J2EA 1RBTA 3IG1A 3O3FA 4DF8A 3MXMA 4XIUA 1JL1A 5J2NA 4CE9A 2Y1IA 4PY5A 2DTUA 4W5OA 3MAQA 3PX4A 4DFKA 4DQPA 2F96A 3VQCA 5SZTA 3U3GA 1NK4A 1A5VA 2B6AA 4YFUA 3K5LA 1WN7A 2LSNA 1TK5A 3ZSYA 1IH7A 5C25A 3DOKA 4CJPA 3U3YA 3QERA 4CJFA 2YNHA 1J5OA 4BDZA 4DFJA 3M8RA 3HL8A 3SQ0A 3LP0A 4Z4EA 2BANA 3K57A 1VRUA 3AO5A 3HP6A 1KLNA 1C1CA 1TVRA 4CGHA 3BDPA 3CM6A 1S9EA 2XY6A 1KRPA 4KFBA 3TR8A 3SQ4A 4EZ9A 2G8HA 3TAPA 4IG0A 4TSXA 4HUEA 3V6DA 2NUBA 2P51A 4E89A 4FZZA 4AHRA 1C0TA 2YHBA 3LANA 5J2MA 2Z1JA 5CZ1A 1SL2A 1TAQA 3KD5E 1TKDA 3MECA 1WSEA 3VQAA 1C0MA 3OYCA 1A5WA 4CJWA 3NDKA 4CEBA 3L3UA 4CK2A 4M3XA 3ZSVA 4KPYA 4CEZA 4FLTA 1X9WA 1TKZA 1ZBFA 4B8AB 2G8WA 3OVNA 4HHTA 1KSPA 4NCBA 4WE1A 3HVRA 4E7KA 4BWMA 3KIOA 5SWMA 1VSLA 3CQ8A 3OYMA 4KTQA 1RBVA 5FRNA 3L2RA 4KI6A 4OGEA 4CF8A 4CHZA 1HQUA 1LWEA 4W5RA 3SJJA 3TI0A 1VSKA 1QTMA 3MXJA 1CLQA 1D8YA 4I2QA 3RMCA 4DS5A 2B4JA 1J9AA 4AHCA 1JLFA 3OYLA 1DTTA 5K14A 4F3OA 2BE2A 5HLFA 4Z4FA 5HRNA 4Z4HA 1IKYA 3AO1A 3LAMA 4RW9A 4QAGA 3L2UA 3QEVA 3M8QA 2KQ2A 4BDPA 4OJRA 3M8PA 1XI1A 1NK0A 3HYFA 3V4IA 2AJQA 3M8SA 4O0JA 1HYZA 3SPZA 2RPIA 4DTNA 2IAJA 3VA3A 3ZSXA 1FK9A 1RBRA 3L8BA 4KHWA 2PY5A 3EY1A 1KLMA 3ZSZA 3RRGA 3QINA 3OJSA 2PYJA 4DTMA 3ZT1A 3QETA 3KK2A 2XY8A 4N76A 3DOLA 4F2RA 3KJVA 4IKFA 4Z4GA 3OS2A 1LWFA 2G8UA 3HVTA 5CZ2A 3TAFA 1RDCA 3SPYA 4CECA 4FJNA 4CJ3A 4DQIA 2DFEA 1JLCA 3EZ5A 3PO5A 1BIZA 3TAQA 3ZSRA 4W5TA 4DWIA 3CFRA 4CJKA 1JXBA 3OYNA 3L2VA 3VQ8A 3VQ4A 4DF4A 1EX4A 1YTUA 1HJRA 1W0HA 1HYSA 4HVJA 4CJTA 1VSHA 2RF2A 3D45A 5EU7A 4AHVA 3CYMA 2XY5A 4CHQA 3LWMA 2G8VA 2HNDA 4M42A 1B92A 1GOBA 5KGXA 2OYQA 4N47A 1HNIA 1KVCA 4LY7A 2YNFA 4CGJA 2XHBA 4AHSA 1I3AA 1RTIA 4B9MA 4B9UA 4F2SA 4CJ5A 4M3WA 1TKTA 1Z26A 4CFBA 4G1QA 3AVBA 2IS3A 3DLRA 3IRXA 1TL1A 3WNGA 5CYMA 2IC3A 3I8DA 4OKEA 2P5OA 3U6FA 4C8LA 4B9TA 3OYDA 1R0AA 3SQ2A 3K5OA 4KHSA 4DSFA 1HRHA 3SUOA 3DMJA 3LDSA 4DSEA 3DRPA 3KTQA 4J2DA 4E7HA 4CGDA 1VSFA 5CYQA 2F8TA 1RDAA 1JLAA 3NH1A 3RMBA 4BE0A 2KTQA 3T3FA 4QCLA 4Z0UA 3ZT2A 1T8EA 1RT2A 1B9FA 4FW2A 4CERA 4CJEA 4CK1A 4OPKA 2HVHA 4KI4A 2KFZA 4JS4A 1BQNA 3AVIA 2YKMA 4NYFA 3OYBA 1ZBLA 2KZMA 4ZTFA 2ITGA 3K5MA 4M41A 4JRPA 3QNOA 3TAGA 3V9XA 1S5JA 4RG8A 4KHUA 1RTDA 2FC0A 3KLGA 2X6NA 4DLGA 1DTQA 4RW4A 4BE1A 3A2FA 4IFVA 4KHQA 2HHUA 3VN5A 4FM0A 1L5UA 4FK0A 4BWJA 4Y1DA 4CF2A 2Q3SA 2X78A 4F3TA 3MEDA 3QLHA 2F8SA 2HHXA 4FJJA 1EXQA 1IKWA 1XHXA 1T7PA 4RW6A 3G0ZA 4E1NA 4FCYA 3HT3A 3OYEA 3SQ1A 4M45A 1KCFA 4H4MA 3SV3A 3O4NA 3OYJA 3QIPA 4FLZA 2GV9A 4H4OA 4DU4A 4UQGA 1VK0A 2IGIA 3JYTA 2JGUA 1S6QA 4LD0A 1J53A 2DFFA 2E6MA 1YTAA 3EYZA 3NH2A 3PX6A 3QO9A 3AVHA 1ZBUA 3QESA 5I42A 1IKVA 2HHQA 3MEEA 4CEAA 5HRSA 2HHWA 1ZBHA 2RN2A 2I5JA 1T03A 3PUFA 4N5SA 3OS0A 2DY4A 4KO0A 3DLKA 4ELVA 2YNIA 3NF7A 1BI4B 3ZT4A 3IS9A 5KRSA 1HMVA 2ZD1A 1NJZA 1NK6A 1L3UA 1N6QA 1SL0A 1BISA 3AVFA 2OPPA 3AVCA 4FVMA 4OGCA 4C8NA 3OYHA 4HUFA 2FBXA 2A1SA 3L3VA 4IG3A 1W9HA 3V1RA 4CGFA 4ZHRA 3F9KA 4CEOA 4DTUA 1NKCA 1L3SA 3O4QA 3SI6A 4O5BA 2XO7A 1KVBA 3V1OA 4CGIA 4DQSA 1WSIA 2WONA 4DSIA 2Z1HA 3NBPA 1SUQA 5HBMA 1RT1A 3B6OA 4O0IA 1FXXA 1RBSA 3SCXA 4B9LA 4M3UA 1XWLA 4OKKA 2HNZA 5HRPA 3RR8A 4F4KA 3P1GA 4FJIA 3V9UA 4FJ8A 1HQEA 1QE1A 2D5RA 2WOMA 2FBTA 1WSGA 3LP2A 1KTQA 4CJRA 4FW1A 3AV9A 4BACA 4NYNA 4KTZA 5HROA 1WSHA 4M3ZA 4CFAA 2RKIA 3AVJA 2BGGA 4L8RB 3VQ6A 3HJFA 4FJXA 4W5QA 2OPQA 1U4BA 1RCHA 1VSDA 5DK5A 4E1MA 3HPOA 3LP1A 1X9MA 1HNVA 1WSJA 4E7IA 4DSKA 4KAZA 2A1RA 4DSLA 2YNGA 4PQUA 4Z4CA 4DU1A 3S3MA 1S1UA 4CEQA 3NCIA 4CHOA 1SKSA 2FBYA 3MEGA 3NH0A 3HXMA 2KW4A 4ID1A 4Y1CA 3DM2A 4AH9A 4FZXC 3FFIA 1SV5A 1UA1A 4FK2A 4MQ3A 2OPRA 1RT5A 2HNYA 3AA2A 3OY9A 1GOAA 1S9GA 4MFBA 3VQEA 3QEIA 3V9WA 2D0AA 2OPSA 3L2QA 1RT4A 4FM1A 3RMAA 4EZ6A 3KK1A 1WSFA 4C8KA 4FJHA 1BCOA 4N56A 1O1WA 4LSNA 5KI6A 3K58A 3F73A 4FLXA 2XY7A 1L3VA 3K2PA 3DLHA 2HVIA 3V9SA 3TARA 4PWDA 2BDPA 4B9VA 2D0CA 1JXEA 1S1XA 3KLIA 1Q9XA 2HHVA 3KLEA 3ZSWA 5J2PA 3SYZA 1U49A 3CFOA 2D0BA 1JL2A 3RR7A 4FLYA 4M3YA 2VWKA 4CF0A 2HW3A 4FLVA 2GUIA 3V9ZA 1C6VA 4O4GA 1Q9YA 3HPHA 1MU2A 3HSTB 4ID5A 1VSMA 2G8FA 1RILA 4OVLA 3OYAA 1GOCA 4DQRA 2QKBA 5JS1A 4YNQA 3QEPA 5HP1A 2OZMA 3QNNA 3I0RA 1UAXA 2VG5A 3KKSA 1YT3A 4CJQA 5J2QA 1QQCA 3OYIA 4E0DA 4ICLA 3HM9A 2Y1JA 1LWCA 1D9DA 2E4LA 4Q0BA 2JLEA 1C0UA 4DG1A 1RT7A 3AA4A 3TAMA 4DQQA 1TK0A 3ZCMA 1RTJA 2YHAA 3K59A 1ZBIA 1LW2A 1ASWA 5CY4A 5T7BA 3AA5X 4R5PA 4OLAA 2YKNA 4AHUA 4AILC 2X74A 1WAFA 1F21A 2HHSA 3LP3A 4FJ7A 5KRTA 5D3GA 4DMNA 1Q8IA 4DTRA 3ISNC 3KK3A 2FBVA 4K8XA 1WLJA 2ETJA 4DTXA 4FM2A 4E3SA 1NJWA 3NF9A 5J1EA 4KB1A 3ZSOA 4CJ4A 3V1QA 5KTQA 3CG7A 4DFPA 4FYDA 3KLHA 4CHPA 4I2PA 1LW0A 1K6YA 2HB5A 4LH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NLCA 4DV2K 3BZKA 1XMQK 4K43A 2Z1GA 4LF6K 3RTVA 1RT3A 4B1VA 3S41A 2KHOA 3AVNA 3KLFA 1H1VA 1REVA 3T7ZA 3UB5A 3U8XA 2HHHK 4FJMA 4CHYA 4OKJA 5KPZA 3RRHA 3SUQA 3PSIA 1EP4A 4N41A 2A6AA 1ATNA 1ASVA 4FJLA 3CIPA 3SNNA 1J54A 3THXA 4A2BA 5JLFA 1HR0K 2NRVA 4E7JA 4I9QA 1RBUA 4RW8A 5AQHA 2VWJA 5DM7L 4ELTA 1U6ZA 4DCHA 4DTSA 3O8MA 1KVAA 1N5YA 2O8EB 2PBDA 1RT6A 4DTOA 3VA0A 3T69A 3O9UA 1DLOA 3CCRN 3VQBA 1CXQA 3QDKA 4JI6K 3QEWA 3LAKA 3N4PA 1HKBA 3C94A 3LALA 4GMJB 5AZJB 4J2AA 2NRRA 3RWUA 2OTJN 1T44A 1BQMA 3OJUA 2G8IA 3AVKA 4JI2K 4H5NA 4BG8A 1NK5A 5C42A 1VSIA 2QW9A 1K8KB 1HKCA 2P9PA 1NGIA 4CJSA 5GAHP 3LPUA 3PX0A 1ATSA 3IFRA 3CD6N 4CD3A 1C0GA 4M3RA 4CCHA 2P9KB 3VQQA 4K25A 3VQ7A 3VQ5A 3J80O 3WUHA 4LF8K 1UWBA 1S1WA 3QMLA 5AQGA 3ZT0A 3ALYA 2F9WA 1YF5L 4JD2B 4DU3A 1T3VA 1KD1O 4A57A 3O3HA 3AO2A 3DLGA 1GLEG 4E7LA 4F9OA 3QICA 4J2BA 1S3XA 3PV8A 1Q81O 3T19A 3T1YK 4FZYA 1HPZA 5BRHA 4O44A 1YXQA 2IVOA 4GV9A 2DFHA 3DAWA 1XC3A 3AO4A 5JVGL 4WCEL 1U45A 2OANA 3IAYA 1S6PA 4IEIA 5I3UA 3DLEA 2EWSA 4CEEA 3W0LA 4GW6A 1HNWK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SS6 A;  4CEQ A;  3HXM A;  1Q18 A;  4ID1 A;  3CJB A;  4DV4 K;  4BC4 A;  1UA1 A;  1JJ2 M;  3VGK A;  1RT5 A;  2HNY A;  4PL7 A;  3D2F A;  5GIO A;  1Z05 A;  3J7Z O;  1RT4 A;  4FM1 A;  3KK1 A;  1WSF A;  2O8F A;  3EN9 A;  1O1W A;  1L3V A;  3P31 A;  3V9S A;  4PWD A;  4ILG B;  2D0C A;  5AQS A;  1S1X A;  3M6G A;  2HST A;  2HHV A;  2WFB A;  3SYZ A;  3CFO A;  2D0B A;  3RR7 A;  2IVP A;  2VWK A;  2HW3 A;  3BEX A;  4PKH A;  1NGE A;  1C6V A;  3HPH A;  3MDQ A;  3HST B;  3NVM A;  4ID5 A;  3VEO A;  4OVL A;  3OYA A;  5JS1 A;  1YJ9 N;  4XEI A;  4CJQ A;  3OYI A;  4E0D A;  4ICL A;  1LWC A;  4Q0B A;  3L4I A;  4GKJ K;  2JLE A;  1RT7 A;  3TAM A;  1RTJ A;  1ZBI A;  2O8D B;  2FSK A;  1LOT B;  2QA4 N;  4OLA A;  4EFH A;  5KRT A;  3B8A X;  2E8A A;  3ISN C;  3CCE N;  4EIA A;  3CCU N;  3NF9 A;  3FZF A;  5KTQ A;  4GVE A;  3EKS A;  5AQW A;  3VF4 A;  4FYD A;  4CHP A;  1LW0 A;  4NCG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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