3MZ9A

X-ray structure of nika in complex with hbed
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 158
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mz9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mz9A01
1B51A 2ANJA 1HSJA 3N94A 4GIZA 4XIGQ 1N84A 3TAJA 1P1WA 3CSGA 4OWDA 4JBZA 4NTLA 3OMBA 1ELJA 2YLNA 4FIMA 2UYEA 3E9XA 4F3GA 4Z0IA 3S9EA 5DEXA 3N6TA 3IOUA 5K2YA 1O64A 2X7QA 2RKMA 3TYHA 1M5EA 4YZZA 4TLMB 2XD3A 1OIBA 1Y3QA 2Q8JA 3FXUA 2DYXA 1B0LA 4GVOA 1N7XA 3U72A 2NVUB 5ISUA 5FTHA 4ELQA 1NH8A 1P1QA 3USDA 4EF2A 1QW0A 3PPRA 4O3CA 1EZPA 4N6PA 1R9LA 4MBPA 2QSXA 2FYIA 1FQAA 1MDP1 5AA4A 2DE4A 2A5TA 4YAHX 3E4RA 4KCCA 4YB6A 4IB2A 4GRKA 3DRJA 1P1UA 4NF6B 4QHQA 4DE8A 1A8FA 1UTBB 4QFLA 3KN8A 4LVQA 4RNSA 2UXAA 3UN6A 3IL1B 1URDA 3PPNA 2Y7IA 1MS7A 4FORA 4EXLA 1JVYA 1LLSA 1B46A 5K2XA 2Z22A 3TPAA 5FTIA 4IO6A 3FVNA 4IO7A 2G29A 5H8QB 1XHYA 3VE1B 2QS1A 3QUFA 5IAIA 2HXWA 2O1MA 4F2QA 3VLUA 4O3BA 4OHNA 2B65A 5I58B 3TODA 2QRYA 3PUXE 4LZ8A 2ZYNA 2RF1A 4GL0A 3DRKA 1XVXA 3PD8A 3G7WA 4LONB 3SESA 3F11A 3MUQA 2QL3A 3VLWA 4DLDA 3CRBA 4KFQA 3HCQA 3MVXA 3RGYA 1QVSA 2DE3A 2I6EA 4M1VA 3IR1A 1P99A 1BP5A 1B6HA 4F22A 1FQDA 1LFGA 3KSXA 1MPCA 4G8HA 4ELOA 3EPEA 2REJA 1JVXA 4JWXA 4ZEDA 4JWOA 1XOCA 1MXUA 1B5JA 4R6YA 5CC2A 3FASA 3PUZE 5I59A 3OEMA 3RLFE 2Q9TA 1VSOA 1JW5A 3QIMA 3K6XA 3PUYE 4YB7A 3TTLA 4XKNA 4ECFA 5ELVA 3O29A 1Y9UA 3C33A 4POWA 3HPIA 3SEYA 4GOTA 1MQHA 4X48A 4EQBA 4OFLA 3LSXA 2O51A 1FQBA 2NXOA 4F1YA 4QSDA 3DP4A 4RPNA 5DVJA 4ZEIA 1DTGA 2XXXA 3CI8A 3G3FA 2F34A 1PBQA 1B52A 3WAEA 5H8SA 3IAZA 5I2NB 3UP9A 5ITOA 4H65A 4UA8A 4RK9A 3A3CA 3CIJA 3A09A 1FQFA 3EN3A 2F7CA 1S50A 1KWHA 3C4MA 4IO3A 3MPLA 1UIUA 5AA3A 1Z7ME 1TXFA 5DVIA 5H8NB 1VR5A 4ZZEA 4NWCA 1RYOA 4NF5A 1SI1A 3KEIA 1HSEA 3PGFA 1OQGA 2DE2A 5I2KB 2Q2CA 4NF6A 3VXCA 1DPPA 3Q25A 1GTKA 3O6HA 3H6TA 4YKIA 3O6IA 4HCWA 3LSLA 3IK6B 1QUIA 2HZLA 3G3GA 1A54A 5KZTA 3TELA 3PAMA 3RQTA 5DT6A 2PVUA 2VHAA 3Q28A 4AB6A 1PEBA 4H5GA 3LSWA 1AIVA 1FCKA 3RPWA 4MF3A 2XXIA 1MG1A 4H8JA 2M8CA 1N0TA 1B4ZA 3R26A 4EDPA 1BTJA 2DSFA 4I62A 3DRHA 2WOLA 1BIYA 2X7PA 1M5FA 3U8QA 4JSDA 4NF4A 3WAFA 2LAOA 5EHSA 1D4NA 2DS9A 3DELB 1LFIA 4F31B 4F29A 3SEVA 1NMUA 1LCFA 4OETA 1XS5A 1GGGA 4ZEBA 1NKXA 4LA9A 3DM0A 1LCTA 4X1DA 1WODA 2R9JA 5CM6A 3A3UA 3FXRA 2CZLA 4TOZA 3PV0E 4PE5B 3H6VA 3K6VA 3RTWB 4FECA 2I58A 1H76A 4U23A 5FHOA 2V3UA 3V89B 4WEDA 3FV1A 1US4A 3KJ7A 4L17A 2XXQA 1IXCA 2GH9A 3PMXA 4BDLA 3K0VA 5AA2B 4IY5A 4GF8A 2XXTA 2PT2A 3L6GA 3KJTA 4OEUA 2WKYA 4THIA 1WVJA 3TDJA 2OCUA 3DRGA 1ZKBA 3M8UA 4BLAA 1BLFA 3H6UA 3Q27A 5H8HB 3TCGA 4QFPA 1OLAA 1EU8A 2PX1A 3FJ7A 3Q26A 3FVGA 3RT8A 1NNTA 3L6HA 2ZNTA 4FE8A 1FTMA 5KCJA 2DWAA 4PFYA 2GFEA 4N13A 5FHNA 1SDXA 1URGA 1IZ1A 1MXWA 3TTMA 1Y3NA 2I48A 4MH5A 3GXAA 3K00A 2AL5A 1B7ZA 2V93A 3CG3A 4ESWA 3FGSA 1Y3PA 1N04A 2F7BA 4IO5A 4ZDMA 5JEIA 1TFAA 1TWYA 3S9MC 3K4UA 2ZNUA 3EQ1A 1HSLA 4LZ5A 3OD7A 1MDQA 3MP6A 3QAXA 1O7TA 4ELRA 4ZS9A 2QPQA 3JZJA 4OESA 4KYDA 4FAJA 1SW4A 1IIWA 3CFZA 4I8CA 5DTBA 2B4MA 1B7UA 2PT1A 3KBRA 3HSTA 1B5HA 1JEVA 2DVZA 2P2AA 4PFWA 1AL3A 3K2DA 1MRPA 3ZKLA 4LUBA 4HW8A 3MVZA 5I56A 5CMCA 1LBBA 3I3VA 2GHAA 1QUKA 4KYSA 2XXPA 1SI0A 4GL8A 1B32A 3CSBA 5TPAA 3C9HA 4EXKA 5KDTA 3K1MA 1OQHA 2Z23A 3O66A 3T9HB 5B7DA 4H5FA 5A5XA 1B1HA 3LC8A 1ZTYA 3VVFA 3SEWA 4XTCQ 1FW0A 1MH3A 1JNFA 3CG1A 4YKKA 1OVBA 2PYYA 3EHUA 4GWOA 3IO6A 3S2VA 1UTHB 1N7WA 3V83A 4NF8A 1AH5A 3CFXA 4KYEA 4P0GA 2X26A 2RC9A 4ESXA 4IO2A 1D3KA 4PFTA 1DOTA 4YICA 1NNPA 2Y7PA 3BFTA 4XXUA 3UORA 3KFMA 2XXRA 5L9MA 1PBPA 2ZYKA 2BJJX 1LAHE 3O6GA 4GFRA 1RKMA 1FTOA 3O6PA 3MQ9A 4G8MA 3SETA 3G3JA 3OOAA 1VE4A 2QS3A 3MC2A 2R6GE 5DVFA 2W7YA 1SQYA 3N6UA 4DIGA 3PU5A 3ECRA 3C31A 4YU0A 3OEKA 2VGQA 3UA8A 4N07A 3OXNA 3RYBA 1IUDA 2RCBA 5L8DA 4TLLB 2ONSA 3IX1A 3GLBA 1XVYA 2GRVA 1M5DA 1Q35A 2F97A 5HM4B 4G68B 2H4IA 2DWJA 3T9VA 2ONRA 1UIVA 3H06B 3VVDA 4OXVA 4DXBA 5HBCA 4KQPA 3FVKA 4LZ7A 1H43A 1FQCA 3S9LC 3JYRA 3FATA 4EF1A 1GV8A 3IB1A 3VFJA 3MP1A 1SD3A 1MM6A 1F9BA 1N76A 1NNKA 1II5A 3OSQA 1EZOA 4ZEKA 2PBWA 2H25A 3H3GA 4M4GA 2Q2AA 3RUMA 2V3QA 3GZGA 3FIRA 4IGTA 3I6VA 1MXVA 1Q1KA 1POTA 3FUZA 2VOZA 4XKQA 4I1DA 3CR9A 2QJEA 3G3HA 4E0XA 3ODBA 4G68C 4R73A 3MWBA 4IO4A 4KPTA 4F3SA 1SW1A 3GBAA 3TMGA 2HEUA 1EH3A 2I0CA 1US5A 4DZ1A 4HTGA 5F7VA 3D4CA 2KLFA 5AA2D 2DVCA 3IORA 1UTBA 3FXQA 1D9YA 4NE4A 3HHFA 4R74A 1B9JA 3FJMA 2ZXTA 3KG2A 4EUOA 5I57B 3D4GA 1I6BA 1A8EA 5JTYB 4FEBA 1R9QA 4H1XA 1URSA 1NNFA 5FHMA 1XT8A 3KN7A 5JK4A 3B6QA 2D21A 1TT1A 3EHSA 3V8XB 4H6DA 5H8QA 4Q5TA 1QKAA 1JETA 2F78A 1IQ7A 3LSFB 5L9OA 3MPKA 5I58A 1USYE 4DCYA 2QS2A 5DEXB 3DLNA 1SBPA 2I4BA 1USYH 3IB2A 2HZKA 2XXWA 1I69A 5B70A 2UYFA 5DYHA 3VDFA 3ONMA 1R1NA 3TTRA 5ICQA 1MQGA 3FTOA 3U1OA 3IB0A 4UACA 4OFJA 3U93A 1ZJLA 3VV5A 2VD2A 2O84X 5BUUA 4R75A 2HAVA 4NWDA 2OJTA 3DP8A 1PDAA 3BKIB 3SKPA 5AA4B 2XXYA 1LBCA 1Y4CA 3IO4A 1YCJA 4RY1A 4F1UA 3MBPA 4R2FA 1MXZA 4PETA 1MY0A 1ZIUA 2NWJA 4RYAA 1SYIA 2Z8EA 1IXGA 3FVOA 4G8NA 1SW5A 3SEXA 1MPBA 4G2ZA 4U1ZA 3PUVE 1A55A 1B0HA 3MZ9A 4QFNA 1DSNA 3LR1A 3MZBA 1P1NA 3HV1A 3IOVA 5EHMA 3KSJA 4E0WA 4OYVA 3W9VA 2V3TA 3B6TA 4BDMA 2F6GA 3LUYA 4U1OA 2XXHA 3BFUA 3IJXB 5I2NA 4YMAA 1LAXA 3CHGA 2DXYA 4OVJA 4F3PA 3T9UA 3EF7A 4GD5A 2H98A 1B5IA 3OO9A 5H8NA 1GR2A 5HPQA 1FQEA 4GLIA 3H03A 3O28A 3FD3A 1J1NA 4WKMA 5I84A 4POXA 4P0IA 1JEUA 3QSLA 1NL5A 4WXJA 2VD3A 2PMSA 1B1XA 2UVJA 5I2KA 4Q0CA 5CRYA 4OFOA 2H99A 4F2OA 3SEUA 4FATA 1B58A 1PB9A 1NH7A 1B4HA 2O7IA 5H8FB 3T66A 1IXHA 1N3WA 1MY3A 4FJPA 3KOTA 5I59B 1D9VA 2XHDA 4YB5A 3RNNA 1VFDA 5TU0A 4YMBA 4MFIA 2ZYOA 1CB6A 2ZMBA 2XX7A 1MY4A 3N5LA 1PB8A 2Q88A 4BDQA 4DDDA 2Y7KA 2HFBA 2GHBA 5L9SA 2R71A 1LSTA 3QYTA 1B3HA 1LB8A 2WOPA 4R9GA 1UQWA 1DMBA 1MH4A 3FZVA 3QK6A 4LQ2A 4K3FA 2I49A 1B05A 3ILTB 3Q29A 4OMBA 1H3DA 4JXIA 1CE2A 3B7DA 1OVTA 2QS4A 3SDFA 4RPOA 4ZZAA 4I9DA 4ZE8A 4OERA 2OK2A 5M2VA 4PP0A 3T22A 1QJMA 3TCHA 3W15C 3C35A 2E1SA 2I4CA 4F1VA 2WOKA 4BDRA 4NF5B 4MLQA 3PMVA 3VVEA 3KGCA 2B4LA 2F6PA 5AA2A 5CMBA 1T0KA 1AOVA 3BBRA 3U92A 5TP9B 4U4XA 4PFUA 3N26A 3C32A 3JV9A 1DPEA 3ZKKA 4DXUA 1AMFA 2REGA 2O68A 4RA1A 1POY1 3FJGA 3RY3A 1VFEA 2HCAA 4R9FA 1ZLQA 3T9XB 3QUJA 5H8HA 1Y1ZA 3PD9A 3GBBA 4GXSB 2H9BA 4GQOA 2XXVA 4RJZA 2I3VA 3ILUB 3PUWE 4KD5A 4G4PA 2DWHA 1MPDA 1B3GA 4GXAA 1A99A 1MQDA 4EQ9A 2RC7A 3T96B 4U21A 3LBSA 4Q30B 1FTJA 2CMOA 4U2RA 3RYAA 1P1OA 2F7AA 4NF4B 5CBSA 4H67A 2V84A 1RYXA 4WEPA 4F18A 2Y7RA 5ITPA 3TTKA 4OQOA 4RK2A 1H45A 2G93A 3MVYA 4XKPA 3K1PA 3V5AA 4QFKA 3I5OA 2XX8A 3TEPA 4Z7EA 3QXMA 4JSOA 1QUJA 1N3XA 3PMWA 4YKPA 5BWJA 3DRFA 4R6HA 3PPOA 4IGRA 1JQFA 4DXCA 3MP8A 3H6WA 3VLVA 1OLCA 2DP8A 4OEVA 3K1NA 1ANFA 2P0SA 1MY2A 5EYFA 3PPPA 4PQJA 3RTFB 2IA4A 5H8FA 1Y4TA 4NMYA 4KR5A 2OWSA 3K01A 4LP2B 1YTVA 4ISUA 5F1QA 4JDFA 1EZ9A 4KCDA 4R2BA 3TTNA 3ZS6A 3KN3A 3C34A 1WDNA 3K02A 4F39A 1B3FA 2ALUA 3M3KA 1QULA 2UVHA 2NOOA 5CI5A 4O3AA 1QKBA 1ZMGA 2QMWA 3P7IA 4U22A 2VP1A 4QFOA 1O63A 5J1DA 4DCXA 2XD2A 1ATGA 3G3IA 2I3WA 4OENA 4QRZA 4YKJA 2OZZA 4TQUQ 3M3FA 2AYSA 3UIFA 1MM7A 2RINA 4HCYA 3ZSFA 5KCJB 3UGWA 2OLBA 4ONYA 1FTKA 5AE4A 3HHGA 2O1LA 1UTHA 3R7XA 2V25A 4BDNA 3K6UA 3AXFA 1MY1A 1TFDA 2UVGA 4QSEA 2H5YA 2THIA 3CFLA 4R72A 3O97A 4KI0E 3KOSA 3TKDA 3S4UA 3DRIA 2DQVA 2ZYMA 2B3BA 4KHZE 4U4SA 5LOMA 4F19A 1S9TA 2Y7WA 5TP9A 2F8DA 4RXLA 3U94A 4F3BA 2D3IA 2UVIA 4H0WA 4R6KA 3HN0A 3R6UA 2ZNSA 4OZ9A 1LGBC 1NFTA 2YPNA 3M3LA 4X1BA 2YJPA 1B2HA 1S7YA 1SW2A 2A5SA 4QSCA 3G3KA 4Q8RA 5CBRA 3KZGA 2ESNA 1MQIA 2HAUA 3OELA 4LATA 2DOJA 2F5XA 3B6WA 3H4ZA 1JW4A 2XXUA 4JWYA 5I56B 3RT6B 2DWIA 3OENA 4G68A 1XC1A 1YAEA 3TQLA 2XX9A 3DP6A 1B7HA 3MJNA 2D5WA 5TPAB 3LVUA 5KDTB 4EQ7A 5CMMA 4P11A 3S9NC 4ND9A 4G77A 1Y20A 4C0RA 1LFHA 3HO7A 1ZBMA 1Z7NE 2ABHA 5A5XB 2E0SA 4X9TA 4LQ5A 3RN8A 4XKRA 1MQJA 2OWTA 4C1UA 3IOTA 4JB7A 4C1TA 3OSRA 2Z8DA 2A5TB 2O7UA 3TUSA 4BDOA 2F35A 4NF8B 1B40A 3MZ1A 2RC8A 2Q89A 3K6WA 1SYHA 3VXBA 4OTEA 3OO7A 2O6AA 2B3FA 1MXXA 2ONKE 1LB9A 2HQ0A 3MW0A 2OBGA 1H44A 3T93B 3O2AA 3IJOB 1MXYA 4AB5A 1IITA 1B3EA 2P1SA 3E13X 3FV2A 2I0BA 4IY6A 1L5TA 4MLVA 3O9PA 3W9WA 2RCAA 1A40A 3TFLA 5ICTA 1YPNA 1LAGE 1SVXB 2FNCA 1IXIA 1DTZA 3TCFA 1I6QA 5CMKA 3UK4A 4ZEFA 1GVCA 1JW1A 3MVWA 3H7MA 3MAMA 5AA1A 1OMPA 4AQ4A 4QF9A 2Z8FA 3TZAA 3CVGA 1M5CA 1FTLA 1I6AA 1PC3A 3OO8A 3PPQA 3SERA 2IEEA 3C36A 3THIA 1B3LA 1ZU0A 4FEDA 2AL4A 1R6ZA 5IKBA 2O69A 4HS7A 2FA7A 2Y84A 4H8IA 1PB7A 1IEJA 1LAFE 3OO6A 2AIXA 4ELPA 3IOWA 1BKAA 1Y1MA 5I57A 5JTYA 4ZE9A 2F36A 4NEDA 4ZECA 2DXRA 3TQWA 1A7LA 2QMXA 3EHTA 1M5BA 3E3KA 2NUVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B51A 5ET5A 4N15A 2FVZA 2ANJA 1HSJA 3N94A 4GIZA 4XIGQ 3LV0A 1N84A 4PFRA 5EQ7A 3TAJA 1P1WA 4MX6A 3CSGA 4OVTA 4OWDA 4JBZA 4NTLA 3OMBA 1ELJA 2YLNA 4FIMA 2UYEA 2CZKA 3E9XA 4F3GA 4Z0IA 3S9EA 5DEXA 3N6TA 3IOUA 5K2YA 1O64A 1G0IA 2X7QA 2RKMA 1FPIA 3TYHA 1M5EA 2PFZA 4YZZA 4TLMB 2XD3A 4GBVA 1OIBA 1Y3QA 2Q8JA 3FXUA 2DYXA 1B0LA 4GVOA 2WBBA 4P1LA 1N7XA 3U72A 2NVUB 5ISUA 5FTHA 4ELQA 1NH8A 1P1QA 3USDA 4EF2A 1QW0A 1NV4A 3PPRA 4O3CA 1EZPA 4N6PA 1R9LA 4MBPA 2BJIA 2ZZVA 2QSXA 2FYIA 1FQAA 1MDP1 3RPLA 5AA4A 2DE4A 2A5TA 4YAHX 2QVRA 2HPGA 3E4RA 4KCCA 4YB6A 4IB2A 4GRKA 2WYPA 3DRJA 1P1UA 4NF6B 4QHQA 2QFLA 4DE8A 1A8FA 4N81A 1UTBB 4QFLA 3ISPA 4AS4A 3KN8A 4LVQA 4RNSA 2UXAA 3UN6A 3IL1B 4O94A 1URDA 3PPNA 2Y7IA 1MS7A 4FORA 4EXLA 1FBDA 1JVYA 1LLSA 1B46A 5K2XA 2Z22A 3TPAA 5FTIA 1FRPA 2FIEA 4NG7A 4IO6A 3FVNA 4IO7A 2G29A 5H8QB 1XHYA 3VE1B 2QS1A 3KC0A 3QUFA 5IAIA 2HXWA 2O1MA 4F2QA 3VLUA 4O7IA 4O3BA 4OHNA 2B65A 5I58B 3TODA 2QRYA 4GWUA 3PUXE 4OANA 4LZ8A 2ZYNA 2RF1A 4GL0A 3DRKA 1XVXA 3PD8A 3G7WA 4LONB 3SESA 3F11A 3MUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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