3NDTA

Hiv-1 protease saquinavir:ritonavir 1:1 complex structure
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Investigation of 2-Fold Disorder of Inhibitors and Relative Potency by Crystallizations of HIV-1 Protease in Ritonavir and Saquinavir Mixtures
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ndtA00
3ZPTA 3GI6A 1LF2A 4Y57A 4HDPA 3SFCA 3T7QA 5CONA 1CPIA 3NLSA 3TH9A 2Z4OA 5P6EA 3NU4A 3TOHA 2G22A 5P6SA 1FMUA 4EHCA 3OXVA 5P56A 5P1KA 1A8GA 2VNMA 3HDKA 1QRPE 3CYXA 5OYSA 5OZ9A 4YD3A 5DQ5A 3B80A 3OTYA 4NJSA 3DCKA 2G1RA 3NU6A 3SLZA 5P38A 4EP3A 4NJVA 5KQYA 1NPVA 3APPA 1Q9PA 1APUE 5P23A 3I6OA 3NXEA 1HXWA 2OF0A 4J1IA 3TTPA 4OD9B 1META 3O9HA 1G2KA 3PSUA 2VJ9A 1MSMA 5P5EA 3UQWA 4B1CA 4YE3A 2B60A 5I3XA 2BJUA 3OQDA 5P1YA 1EPOE 1B6JA 3EL0A 4FRIA 1FMXA 1GVWA 5P11A 4J5JA 2AODA 5P31A 3JVWA 1N49A 5P8MA 3SA9A 2O40A 5OZYA 3D1YA 2IQGA 3CKRA 1ENTE 3GI5A 3VLAA 4TVHA 1OHRA 2F3FA 1EBZA 3EKXA 3K4VA 5P25A 4EYRA 3F9QA 3KT5A 4ACUA 3TKWA 3EXOA 3SA6A 2B8VA 5P0HA 3QN8A 4B72A 1W5XA 2B7ZA 3OXCA 4B0QA 4GJ5A 4AA8A 1SBGA 2IENA 2NNKA 5OZ4A 5OYTA 3EC0A 2FNTA 4Q5MA 3KDDA 3HLOA 3QIHA 1C6ZA 3FNUA 4ZPFA 5P2ZA 5P3FA 5P2JA 1FQ4A 3PCWA 3L5CA 5DR0A 2QD6A 3T3CA 1B6LA 3RSXA 4PZWA 2VKMA 3EM3A 2IEOA 2O4LA 4K4RA 3SPKA 4Y44A 3RTHA 3VYFA 3IXOA 4YA8A 5P24A 3LIXA 5P2EA 2B8LA 5P70A 1K6TA 5P4HA 1M43A 3UQUA 5P5UA 1LYAB 4B78A 2PYMA 5F00A 3URLA 1ZPKA 3M9FA 3AUPA 5ER2E 2ER7E 5KR2A 5COKA 3KFNA 3GI0A 1IDBA 4M8XA 4R8YA 3VCMA 2P3CA 5P19A 1MIQA 4JPEA 4I12A 1MT9A 5P7DA 1MESA 5P3RA 5OZEA 2G1YA 4Y39A 1EC1A 3VF5A 3PSYA 5OZ2A 3S2OA 2V10C 4Y5NA 5P30A 4JECA 5P1ZA 4YBFA 4RCEA 5TOLA 3BUFA 2WF3A 5P1BA 1YG9A 4CPQA 2V0ZC 4OC6A 5P2CA 4Y38A 5P04A 3LZUA 5P03A 3IN4A 1T7IA 1HVSA 1LF4A 1VIJA 5P59A 5P5AA 1XL5A 3VYEA 3ZLQA 3ZKIA 4D85A 3D1ZA 1ZTZA 5P01A 1ZLFA 3JW2A 3QRVA 4GJ8A 5DQ1A 1FEJC 1A8KA 3INDA 2Q64A 1DAZC 4MC6A 3O9EA 1ZBGA 3S7LA 1IZEA 2QP8A 5P3WA 4Y3EA 5P3IA 5OZTA 4OBDA 2WF0A 3RTNA 3R0YA 1BWAA 5P64A 2ZJIA 3RVIA 4AA9A 1ZSRA 4GJDA 2O4NA 3UDRA 3APRE 4QJ7A 7HVPA 5SZ9A 4I8ZA 5P07A 2QCIA 4L7JA 5KR8A 5P1IA 1EEDP 5P5RA 5OYYA 4B70A 4R5NA 1EPQE 5P53A 2QI6A 1NPWA 1K6VA 1GNMA 6UPJA 5EZXA 2V00A 3INEA 5P7UA 5P3KA 3T7PA 3QVIA 4Y4DA 5P6ZA 4B00A 2IGXA 2G20A 3T7XA 2WECA 5P1JA 3UDQA 2AOGA 5P8RA 2VJ7A 5P5TA 3FSMA 5JFPA 1AM5A 3BXSA 3SA8A 4J55A 2AVMA 5P6KA 2CEMA 1EC0A 5HDUA 3OXXA 4I0GA 4GJAA 1FQ6A 2IKOA 4DQFA 4ZEAA 2I4DA 3PLDA 5KQFA 3SKGA 5P33A 4ZSRA 5C9BA 5ISJA 4OD9A 1DIFA 2WKZA 5P6MA 3QBHA 5P4ZA 2Q15A 4ZSPA 1APTE 2G26A 4UPJA 1IZHA 5OZGA 3TKGA 2G21A 4YCKA 3ZOVA 3UF3A 2H6TA 3D1XA 4ZIPA 5E5KA 2ZJKA 3SABA 1E5OE 5KOSA 4YOAA 1G0VA 5P0KA 4RYCA 2R5QA 3PGIA 1RNEA 5HU1A 3BUGA 5P0QA 5P89A 1MT7A 4H3GA 3INFA 5P6VA 5P7IA 5P1OA 4CPRA 5P2MA 3OU4B 4KUPA 4EJDA 2Z54A 2I1AA 1QDMA 3EKQA 5P0WA 1AZ5A 2G1NA 4COEA 4L7GA 1EPLE 4GJ7A 5P5WA 4J1FA 1KJ4A 2RMPA 3HZCA 2VA6A 4QJ9A 4R92A 2NXDA 1MSNA 5FIVA 3ZKSA 5P5DA 3K5DA 3TL9A 5P4CA 4CPSA 5P7FA 2FGVA 3NWQA 4BFDA 1SIVA 1FIVA 1T6EX 4FGXA 5P43A 5P0CA 1HEGE 5OYZA 3SM2A 1HVIA 5P4LA 5P8OA 1HTEA 4B1DA 3EM4A 5OYWA 5OZXA 1AXAA 3T6IA 3WZ8A 1E80E 2XYFA 4Y4BA 1KJHA 5P6AA 4U7VA 5KR0A 3LPKA 1LYAA 5P2VA 5P0BA 3FNSA 3D20A 3D91A 1FG6C 1F34A 2G27A 1BILA 5P6IA 5P51A 3VEUA 1D4HA 5BWYA 3UHLA 5P84A 5P0JA 4TRZA 2QHZA 4RVIA 5P8JA 2NPHA 5P4WA 1W6HA 1ZAPA 3QBFA 5P29A 3EKTA 3FNTA 2QZLA 1HVJA 4WY6A 5P0AA 4NPTA 5P35A 3G70A 2P3BB 2SAMA 3WB5A 2VIZA 4DVFA 3VF7A 3NUOA 4Y56A 5P0IA 1K6CA 4LHHA 5P40A 3NU5A 5P4RA 5P5NA 5IVQA 5AGZA 4RLDA 5P2SA 3LITA 2WJOA 5OZWA 3GGVA 2VJ6A 3BRAA 4XX3A 3O9IA 3Q5HA 1MERA 4RRNA 2VIYA 5P17A 3QAAA 1AAQA 4NKKA 3PB5A 5P0LA 1BIMA 5P0DA 5P5MA 5OZMA 5P0VA 2ZYEA 3S53A 5P4YA 5OZOA 1IVPA 4FAFA 1TCWA 3WB4A 1ZSFA 3OU1B 2Q3KA 4X7IA 1GNNA 5P3TA 3KYRA 3RTMA 3DUYA 3FV3A 1CZIE 1E81E 5P6QA 4EXHA 2OAHA 5P49A 4DI2A 5P65A 3DV5A 5P7EA 3SA7A 1XE5A 3IVIA 2AVOA 1LZQA 2QU3A 4MC9A 1G35A 5P73A 5B18A 2AOHA 5P3AA 4LXMA 4F76A 3VV8A 2QI4A 1DW6C 3G72A 3HAWA 3UFLA 3I7EA 2JYSA 4Y5GA 5P5QA 4CPWA 1BDRA 3KFSA 5P82A 5P09A 4ZE6A 5P1NA 4GJ6A 5P7QA 5P1VA 4Y3JA 4Y3FA 2AOJA 5P2FA 2PQZA 5P0MA 3CIBA 4YCTA 4J0YA 4FRKA 2ZJJA 1YTIA 4FSLA 2IL2A 2FXDA 2BPWA 4B1EA 5P6FA 1HVLA 3QS1A 1FKNA 5OZNA 3OOZA 5P6TA 3VFAA 1UH8A 3WZ7A 1T6GA 2PH6A 3R0WA 5HU0A 2QI1A 1M0BA 5KAOA 5P8BA 4APEA 1UH9A 4J0PA 2QD7A 2OHUA 5P5BA 4EP2A 1AIDA 5P0TA 4I0ZA 5P1FA 2I4XA 1ODYA 3PMUA 3IN3A 2XFKA 3LPJA 5P10A 5P8IA 2ZHVA 2WF4A 3O9GA 3KFRA 1D4LA 4Y3HA 2PYNA 3C9XA 3I8WA 3OU4A 5P7JA 4FCOA 1C6XA 4JPCA 2IGYA 5P0YA 3NU9A 1YX9A 3SACA 1A30A 3NU3A 5HDXA 1HEFE 3WSJA 4GYEA 5P8KA 4YDFA 1KJGA 2I0DA 4D8CA 3MXEA 4J1HA 5OZ7A 4DQCA 1HVRA 5OYRA 1SDUA 3UDHA 4DQBA 5P47A 5P0PA 3PSGA 2R8NA 2VA7A 1Z8CA 5P75A 3OY4A 3VYDA 3O9AA 5P68A 2AOFA 5C9FA 2AOIA 3SQFA 4Z2ZA 1NH0A 2FNSA 4YD4A 5P66A 4F74A 2ZGAA 4Y3LA 3EKYA 3O9DA 3R1GB 4FIVA 3A2OA 2VNNA 3IA9A 3ZKXA 2ZJLA 4Q1YA 5P87A 5P1HA 1MUIA 5P88A 4XX4A 1SGZA 2R5PA 4RCDA 5P6WA 5P4GA 8HVPA 3EL1A 4Y5AA 2WEDA 5P6HA 2ZHSA 3VSWA 1C6YA 4J0VA 2FGUA 4DV9A 3BHEA 2V13A 5P37A 2PK5A 5AHBA 4BFBA 4Y5CA 2QI3A 2OHKA 5P1WA 2BPVA 3KM4A 4CPTA 1IZIA 2PMAA 1MRWA 3O9LB 5OZDA 1QBRA 3K5GA 1W5YA 4I0JA 1HWRA 4R93A 2P3BA 5P2BA 5P1LA 5OZ3A 3U6AA 3PI0A 5P2XA 1HSGA 4FAEA 3L5DA 3UDYA 4WTUA 1ODXA 1T7JA 5P3VA 2NMZA 2G1SA 4Y47A 5OZJA 3EBZA 4HA5A 5P28A 5P1PA 1MT8A 3SA5A 5P3XA 3INHA 4PEPA 1TSUA 3UQPA 1YM2A 5DR8A 4HDBA 5P0UA 5P2IA 1GVTA 7UPJA 5HE7A 3ECGA 5P61A 4RRSA 2FXEA 4FE6A 3KDBA 5P57A 3OU1A 5DR3A 5P7AA 5DQCA 4JOOA 5P26A 4A4QA 5OYVA 1HOSA 5P0OA 5P3EA 4GB2A 3CICA 1YM4A 5OZLA 4D89A 5P78A 1FLHA 2PH8A 4FLGA 5PEPA 2FS4A 1BDQA 5KQZA 1DMPA 5P52A 3VLBA 3OAGB 4Y3MA 4DQGA 4FL8A 1PPLE 5HD0A 5C9DA 5P39A 4Y3QA 2AZ9A 4YD5A 5P6RA 4GJ9A 2QD8A 4EQ0A 2QZWA 4BEKA 5P3QA 2QI7A 3N3IA 4OBFA 3NR6A 5P8SA 3QI1A 5P2WA 4ZSQA 1W6IA 4IVSA 4Y3SA 4DJWA 2V16C 4FM7A 5P5HA 1IIQA 5P86A 1IBQA 4TRWA 4GJCA 1HXBA 4A6BA 4AUCA 2V12C 1K1TA 3UQRA 5P1DA 4OBKA 1F7AA 2FIVA 1A9MA 3HD8A 3QROA 2PWRA 2HB4A 4PYVA 4GIDA 4LXKA 3KFPA 3NXNA 5P14A 3GGAA 5P1GA 3NDXA 1BDLA 1HIIA 3MSJA 4I8WA 2QMFA 2QU2A 5P22A 1M4HA 4KE0A 3QRMA 5P1MA 3GW5A 4Y4ZA 1WBKA 3S45A 5P7HA 3VF3A 3PEPA 3TPJA 3CMSA 2HC0A 4J54A 4K8SA 1YTGA 5P2KA 2OHSA 5P2QA 4Y3AA 1K6PA 2QI5A 4Y50A 5P5IA 1SH9A 2ER9E 4DH6A 3U71A 4OBHA 3KA2A 1BAIA 4J1EA 5P27A 1FFFC 2NXLA 5P4AA 1B5FB 3BGBA 2XFJA 3LZSA 5OZ8A 1MPPA 3DCRA 5AH6A 2Q55A 4Y3DA 2QNQA 5P5LA 1KJ7A 1APVE 1GVXA 4ER2E 5P2TA 1ODWA 2ANLA 3Q70A 1SP5A 5P7RA 2ZHTA 4TVGA 4ZPGA 3SA3A 5P0RA 3LINA 4YOBA 4NJUA 4I0HA 5DGWA 2I4UA 4Y5LA 5P5FA 4WY1A 1IZDA 5HVPA 4EJ8A 4LL3A 5APRE 4FS4A 5P79A 1EPME 1ME6A 3L3AA 5DPZA 4Y5PA 5P3OA 5HE4A 4J0ZA 1HPSA 5P3ZA 5P8AA 5P5PA 1WBMA 2R3WA 4MC2A 4Y5KA 1ZP8A 4Y54A 2NMYA 5OZ1A 3U7SA 4DJOA 2ZJMA 2BPXA 4H3IA 3L5FA 4HZTA 4J1CA 5P4BA 5AH8A 2NNPA 3TOFA 5OZBA 1TQFA 2RENA 4Y4GA 1B11A 5ENMA 5P7TA 5P0GA 3K5FA 1XS7D 2F3KA 4Y3TA 5P42A 3H5BA 3FIVA 4DQHA 3O9LA 5P1EA 4RVXA 2JXRA 5P44A 5P2GA 4U8WA 3QP0A 2XYEA 1RQ9A 1T7KA 5P2LA 1QS8A 3ER3E 5HDZA 1HVHA 3EL5A 1EC2A 2HIZA 3CKPA 2VIEA 3FX5A 3BXRA 1HIVA 1UH7A 5P5XA 2JE4A 4K9HA 5P4DA 4CP7A 3S7MA 1C70A 5I3YA 5I3VA 2ER6E 5P4XA 1HSHA 4PZXA 1FGCC 3NWXA 4CPUA 4PHVA 4XXSA 2QZXA 3GI4A 3EL9A 5OZSA 5P5JA 5P4NA 5P7YA 3HVPA 1LYWB 3DOXA 1MRXA 1EBWA 2PC0A 3OUBA 3KT2A 2R38A 3OWNA 1LYBB 5SY3A 1LF3A 5OZVA 4Y43A 3NUJA 5P41A 5HTZA 5JG1A 2XFIA 3OAGA 3TOGA 5P3PA 2FLEA 4DJXA 4K4PA 5P72A 1FQ8A 1QBUA 5P5YA 5COPA 4CKUA 3TPPA 5JODA 1HVKA 5HDVA 1HSIA 3NDUA 3ZPUA 2VIJA 4EWOA 3WZ6A 2JJIA 1GKTA 2BPZA 2BBBA 3EKPA 5P6PA 1OEWA 5P2DA 3NDWA 4Y36A 1RPIA 5P3GA 2B42A 5P3LA 5P6CA 2WEZA 3OUAA 1ZJ7A 5P00A 3UFNA 4QJ6A 3VV7A 1A94A 5P8LA 2QHCA 2P4JA 5SY2A 5CLMA 5P6DA 4H3JA 2RKGA 3SM1A 4NJTA 3LZVA 5OZPA 1RV7A 5DR7A 4K4QA 2FDEA 2R43A 1HIHA 5OZKA 4F73A 1HTFA 3HAUA 3ST5A 1EC3A 4Y58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZPT A;  3GI6 A;  1LF2 A;  4Y57 A;  4HDP A;  3SFC A;  3T7Q A;  5CON A;  1CPI A;  3NLS A;  3TH9 A;  2Z4O A;  5P6E A;  3NU4 A;  3TOH A;  2G22 A;  5P6S A;  1FMU A;  4EHC A;  3OXV A;  5P56 A;  5P1K A;  1A8G A;  2VNM A;  3HDK A;  1QRP E;  3CYX A;  5OYS A;  5OZ9 A;  4YD3 A;  5DQ5 A;  3B80 A;  3OTY A;  4NJS A;  3DCK A;  2G1R A;  3NU6 A;  3SLZ A;  5P38 A;  4EP3 A;  4NJV A;  5KQY A;  1NPV A;  3APP A;  1Q9P A;  1APU E;  5P23 A;  3I6O A;  3NXE A;  1HXW A;  2OF0 A;  4J1I A;  3TTP A;  4OD9 B;  1MET A;  3O9H A;  1G2K A;  3PSU A;  2VJ9 A;  1MSM A;  5P5E A;  3UQW A;  4B1C A;  4YE3 A;  2B60 A;  5I3X A;  2BJU A;  3OQD A;  5P1Y A;  1EPO E;  1B6J A;  3EL0 A;  4FRI A;  1FMX A;  1GVW A;  5P11 A;  4J5J A;  2AOD A;  5P31 A;  3JVW A;  1N49 A;  5P8M A;  3SA9 A;  2O40 A;  5OZY A;  3D1Y A;  2IQG A;  3CKR A;  1ENT E;  3GI5 A;  3VLA A;  4TVH A;  1OHR A;  2F3F A;  1EBZ A;  3EKX A;  3K4V A;  5P25 A;  4EYR A;  3F9Q A;  3KT5 A;  4ACU A;  3TKW A;  3EXO A;  3SA6 A;  2B8V A;  5P0H A;  3QN8 A;  4B72 A;  1W5X A;  2B7Z A;  3OXC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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