3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
1BISA 4LD0A 4NCAA 2BANA 4CEOA 4W5QA 3L2UA 4HCBA 2BGGA 1KLMA 1WLJA 3CFOA 3HYFA 4CFCA 1D9FA 3QINA 3KD1E 3HJFA 4CJFA 4CHNA 3PUFA 3OYLA 3MXIA 1FK9A 3QIOA 4CESA 1TK0A 3SQ2A 3ZT2A 4JS5A 3CYMA 1SL2A 1D9DA 4CGJA 2Y1JA 4KI6A 3LAMA 3DLRA 3LDSA 1TVRA 2IOCA 1RT1A 1RT7A 2Z1IA 1RNHA 4HCCA 1O1WA 4FLYA 4FLXA 4KTWA 3JSMA 3HSTB 4BWMA 1S5JA 2VG7A 4FLTA 2OZMA 4LY7A 4J2DA 4CE9A 4OKKA 3AVNA 1NK6A 4J2BA 3AO2A 4IFVA 1ZYQA 4GVMA 2G8UA 4M42A 1KVCA 4O44A 4M45A 4FJ7A 3IAYA 4PUOA 3RTVA 2X78A 1CZBA 3RMDA 1RILA 4B9VA 4HUGA 1UOCA 2OPRA 2GUIA 1U45A 1HYSA 1B92A 1VSKA 3VQ6A 4B9MA 2A1SA 3QO9A 4FJMA 4BDPA 3VQPA 4FJNA 4B08A 4DU4A 3OJUA 3K5MA 3TI0A 3DLEA 3NF9A 4DQSA 4DFKA 3KK3A 2VG5A 3OYAA 2LSNA 1W9HA 3NCIA 4E7IA 3U3GA 3C94A 3DLBA 1RBVA 3M8QA 4RW4A 1C0UA 4M3TA 3B6PA 5CYMA 1I3AA 4CK1A 4CJ5A 1RDAA 4DU1A 4W5OA 3WNHA 1BQNA 3T3FA 1RT5A 1Z26A 3TAGA 2X6SA 4HUFA 4CF8A 1KCFA 2HHVA 4RG8A 2XY7A 1ZBIA 2FC0A 3HM9A 2IC3A 3AVKA 3M8SA 1JXBA 1TKTA 3EY1A 3K5NA 1NOYA 4M3XA 3LALA 1VSJA 3SUPA 3C6TA 2HB5A 2OPQA 1NKBA 3S3OA 2PY5A 4FJKA 3OYJA 4CFDA 3OY9A 4PQUA 3V6DA 3OYBA 1LAWA 3K5OA 2KTQA 4YNQA 1NJYA 3AVMA 1DLOA 1JL2A 4CGDA 3DM2A 2RN2A 5KI6A 1NK5A 3SQ0A 1RBSA 4E7LA 4E1MA 3AA4A 4NCBA 5J2MA 4IDKA 3CM6A 3NF6A 3ZT3A 3K57A 4DF8A 1Q9YA 3LWMA 1XHXA 4DU3A 3SV3A 3QETA 3L2WA 4O55A 5C25A 1C1BA 2X6NA 4KV8A 2B5JA 1RTJA 1HNVA 4C8MA 3TANA 4B8AB 3B6OA 4E19A 3TAFA 4GMJB 3L2QA 3LP3A 4DG1A 2G8WA 4KHWA 2WONA 4LSLA 3VQBA 1JKHA 2GBZA 2YKMA 3ZSRA 2ATQA 2EHGA 4OLBA 3VQCA 4H4OA 2Z1HA 3K5LA 1CXQA 3LPTA 4CCHA 3TAPA 3NGZA 4PY5A 2FBXA 4FJ8A 3G0ZA 2AJQA 1LW2A 4CJEA 3DOKA 3L2RA 3LZIA 2XY5A 3OS0A 3ULDA 4DQRA 5KGXA 4CERA 4HTUA 3VQ7A 3AVCA 3VQ8A 4CJSA 3OYMA 3AVAA 1L3TA 2QKBA 3OYHA 1J9AA 3NF8A 3V1OA 2OA8A 2BE2A 1VSFA 4CJ4A 4ZTFA 2RKIA 4FLVA 4XIUA 3LAKA 4B9SA 3VQDA 3C95A 3NHGA 4E3SA 3AO3A 2KFZA 2DY4A 3NDKA 3SQ4A 2YNHA 1S6QA 3DLKA 2E6LA 3E01A 1IO2A 4ELVA 1XI1A 1TK5A 2PYLA 4N41A 3HL8A 2Y1IA 3SZ2A 3KIOA 3K2PA 4DSLA 1SKRA 1RDCA 4Z4IA 4R5PA 3KKSA 1YTUA 4CK2A 1TKDA 3VQ4A 2ZD1A 4E0DA 2HHSA 4IG3A 4B9NA 1S1UA 3SCXA 4F3OA 1QQCA 2PYJA 4DTRA 2F8TA 2F96A 3L2VA 1WAFA 1RTHA 1DTQA 1XC9A 3V9WA 3S3MA 1NKEA 4FJHA 1ASWA 1N5YA 1NK4A 5J1EA 2KQ2A 2P5OA 1YVUA 4CJ3A 3O4QA 2VWJA 3AV9A 3PX0A 4ZTJA 4FJJA 1ZBFA 5T7BA 3MAQA 3QEXA 4DSIA 2YNGA 1HJRA 5FROA 3RMBA 2P1JA 4TSXA 1RCHA 3LP2A 1JLAA 4IFYA 5KGWA 3HXMA 4EZ6A 1TL3A 3ALYA 1WSEA 3S3NA 3V9SA 1YT3A 1S1WA 1KLNA 3O4NA 1R0AA 1U47A 3A2FA 2XY8A 2XHBA 4O4GA 4HUEA 1IKWA 1BL3A 1JL1A 3DLHA 1QE1A 3D45A 1UA1A 2YNIA 3AVJA 1TAUA 1A5VA 2FBTA 2E4LA 4W5RA 4CK3A 3CFPA 1BGXT 2BDPA 3HP9A 1ZBHA 2O4IA 2HW3A 4BE0A 1KRPA 3QEWA 1SV5A 1EKEA 1NJWA 1T8EA 2OZSA 4KHQA 4CHOA 2G8KA 1FKOA 3OVNA 1TK8A 1ZBLA 2QKKA 1JXEA 4IBNA 3QNOA 3RR8A 4FW1A 4C8KA 4ZHRA 5CYQA 1XWLA 3TARA 2EX3A 4B8CA 1BIZA 2ETJA 4DSFA 1Q9XA 4YFUA 1CXUA 2QXFA 1SUQA 5K14A 4CJKA 4AHVA 4FLZA 5HROA 3LWLA 1VSDA 4B9UA 1RT6A 3OS2A 1IKYA 3H08A 2HNZA 3ZT1A 1T7PA 3O3GA 4RW9A 2D0BA 4OPKA 5CZ2A 3S9HA 1GOCA 4O0JA 4F2RA 1U49A 1J53A 2YKNA 4RW6A 1EXQA 4OGCA 4DFMA 4CGFA 4J2EA 5JS2A 2RF2A 1RBTA 2I5JA 4CF2A 1IG9A 4AHUA 4BE1A 2X74A 4NYNA 4L8RB 3CM5A 4OLAA 4DTPA 3U3YA 1QTMA 1U04A 4KKOA 3AO4A 3AA3A 5CZ1A 4E7KA 3KD5E 3RWUA 3VQ5A 3OJSA 3RMCA 3UIQA 3TWHA 4CEAA 4F2SA 2G8IA 4B3OA 4CJWA 1TL1A 4Y1DA 1WAJA 4CJLA 1C1AA 4CJQA 3VQ9A 1BI4B 4CGIA 3QESA 3SPZA 3PO4A 3SNNA 3BDPA 5J2NA 3NGIA 2B6AA 2YV0X 4EP5A 3OYGA 4MQ3A 3KK2A 1IKVA 3V9UA 4FCYA 1SKSA 4Z4FA 2PZSA 2DTUA 2HHQA 4Z4HA 3NFAA 4Q0BA 4FJ5A 1BCMA 1U48A 3SI6A 3I0RA 2B4JA 3OYDA 3I8DA 4CGGA 1X9MA 1J5OA 3T19A 4DQPA 1BIUA 2Z1JA 3VQEA 4DS4A 3L8BA 2D0CA 4K8XA 4FJIA 2HVIA 2P51A 2OPSA 3QEIA 1IH7A 5HRPA 3AVFA 4I9QA 1HYVA 1WSJA 3F9KA 4DTJA 2QK9A 4CIFA 4AHSA 4LSNA 3AA2A 1U4BA 4KHSA 4DSKA 4CJPA 4F4KA 1VRUA 3DYAA 3NAEA 1WSIA 3ITHA 1NK0A 4K8ZA 1CZ9A 3QERA 3DRSA 2HNYA 4ID5A 4AH9A 1UWBA 4CEDA 1RBRA 3KLHA 3QEPA 4DSJA 3HPOA 1CLQA 1LWFA 4JLHA 2W42A 2XY6A 1IKXA 4OKEA 4WE1A 2A1RA 1X9WA 1NK9A 4ELUA 1REVA 3L3VA 4LH4A 4CF1A 3THVA 4M3ZA 3BGRA 4FM2A 3SUQA 3QEVA 4M3WA 4N5SA 3VA0A 3ASMA 5FRNA 3LPUA 4CHZA 4CEEA 2VWKA 5KTQA 1DTTA 4E7JA 4CEQA 2XRIA 3ZT4A 1ASUA 1S9GA 1X1PA 4BDZA 1XHZA 3O3HA 4DQIA 3WNGA 3EYZA 1L3SA 3ZT0A 3OYNA 4ELTA 1JLGA 3I0SA 1ITGA 3SPYA 5SWMA 2G8HA 5D3GA 1TAQA 3OYIA 1C0TA 3AO5A 3KLGA 3RRGA 4ICLA 4EP4A 1MU2A 5JS1A 4HVJA 2HHXA 4DLGA 1KSPA 3ZCMA 3WNFA 2P5GA 4DWIA 3IG1A 1X9SA 4FZYA 1HMVA 3KTQA 3PV8A 1JLBA 1UA0A 4GW6A 3ZSYA 3DI6A 1J54A 3V4IA 4CEFA 3KK1A 4OGEA 1SL0A 1B9FA 4W5NA 1NJXA 1B9DA 3TAEA 4FK4A 4OJRA 3ZSVA 5CY4A 3HK2A 4CF0A 2KZMA 1C0MA 4Z0UA 1WSHA 1BCOA 5HRSA 2IGIA 3G10A 3RRHA 1SL1A 3FFIA 4FZXC 3MXJA 4B9TA 3LP0A 4QAGA 2DFHA 3ISNC 2F8SA 5KRSA 4M3RA 3ZSOA 3DLGA 4IKFA 1VRTA 4KHUA 2HVHA 4B9LA 5C42A 3AVHA 1RTIA 3MEEA 3LANA 4BWJA 3QNNA 5I3UA 4E7HA 1EP4A 4Z4CA 2IAJA 3VN5A 2RPIA 1HQUA 1S9EA 4OPJA 2D5RA 2Z1GA 1KFSA 4QOZB 1VSLA 4FLWA 4FZZA 3RR7A 4N47A 3EZ5A 1S1TA 5FRMA 3SV4A 4FM0A 4NYFA 4KFBA 1D5AA 1A5WA 2KW4A 2DFEA 2YHBA 4H4MA 3DRRA 5DK5A 1KTQA 5EU7A 3TR8A 4G1QA 4CIEA 4C8NA 5SZTA 4DLEA 1QSLA 5J2QA 2HHUA 3NH0A 4M41A 1W0HA 3ZSZA 1RT4A 4AHCA 4O0IA 4CEBA 5J2PA 1WSGA 2IDOA 1JLFA 3PX4A 4J2AA 1LWEA 3VQQA 1D8YA 3PY8A 4FXDA 3HP6A 1L5UA 4FJXA 1LV5A 3AVLA 5HP1A 3DMJA 1NOZA 1JLCA 1RT2A 4LH5A 3KJVA 1NJZA 5HRRA 4C8LA 3DOLA 4DTXA 4BE2A 3TAQA 4KB1A 4JS4A 2NUBA 2D0AA 3NH2A 4FLUA 3V81A 4M3UA 4KB0A 3C6UA 1N6QA 4DTSA 5DMRA 5I42A 4AHRA 1C1CA 4CGHA 4PA1A 4Z4GA 4KRFA 4CEZA 3SYZA 4C8OA 5KRTA 2HNDA 1TGOA 3ZSXA 2YNFA 4FJLA 4DF4A 3PO5A 3KLIA 1UAXA 4E1NA 3OYKA 2WOMA 3K58A 1F21A 1K6YA 4AILC 1JLQA 3NH1A 1HRHA 2IS3A 5E41A 1FKPA 1VSIA 1LWCA 3TABA 2JLEA 4CHPA 3OYCA 3SQ1A 2OPPA 4I9LA 4EZ9A 3PX6A 1KVBA 4AHTA 1QHTA 2HHTA 4DTUA 1Q8IA 1TKXA 1QSSA 2G8FA 3ZSQA 4N56A 1TV6A 4KREA 4CF9A 1QSYA 4DTMA 4OKJA 4DFJA 4KPYA 2O4GA 4O5BA 3SUNA 3HVRA 3HPGA 1HYZA 1HQEA 3MEDA 3OYFA 1NK7A 4KHYA 1BI4A 1RDDA 2ZE2A 3NE6A 4DQQA 3AO1A 3P1GA 1EETA 2ITGA 3P83D 2FBYA 3WNEA 5HRNA 3V1RA 2Q3SA 3DRPA 3L3UA 4KTQA 1Y97A 3LP1A 2R7YA 4I2QA 3P5JA 1EX4A 4M3YA 3NBPA 4Z4EA 3HO1A 3D0PA 2HHWA 4DTOA 4FVMA 1RT3A 3CQ8A 1T05A 1L3VA 4MFBA 2G8VA 3V9ZA 2JGUA 4W5TA 4FJ9A 4Y1CA 1S1VA 4E89A 4DSEA 3KKRA 4BDYA 4DFPA 1VSEA 1BHLA 3V1QA 4FYDA 3OS1A 1WSFA 2KZZA 2E6MA 1GOBA 2GV9A 1HPZA 5C24A 3MXMA 1VSMA 3OYEA 1I39A 1KVAA 3V9XA 4KI4A 3IRXA 3M8RA 4CECA 3K59A 3HPHA 1GOAA 1ASVA 1S6PA 1TKZA 4KO0A 4ID1A 1YTAA 2DFFA 3TAMA 4KHNA 4IG0A 4RW8A 1LW0A 4CIGA 4Q5VA 4CJUA 1NKCA 1VK0A 3T1AA 4OVLA 3CFRA 3HT3A 3QIPA 4JRQA 5HLFA 3O3FA 1WNSA 1KFDA 3AVBA 3AVGA 1C6VA 2OYQA 4DMNA 4BACA 1QS4A 5HBMA 2FBVA 3VA3A 4I2PA 4JRPA 3ZSWA 1JLEA 4FM1A 4CJTA 3CG7A 4H8KA 4RW7A 4CJVA 2XO7A 1L3UA 3MECA 4DTNA 1SKWA 3QLHA 4F8RA 4CFBA 3U6FA 3IS9A 1RDBA 4CJRA 4CFAA 1LAVA 1VSHA 1ZBUA 2VG6A 2ZQBA 3AA5X 4KTZA 4HHTA 3SUOA 2HMIA 4KAZA 1RTDA 1RBUA 3LZJA 1HNIA 4F3TA 3NGYA 5FDLA 1FXXA 4CHYA 3AVIA 3KLFA 1G15A 1A5XA 3SJJA 1S1XA 1Z25A 4DS5A 4FW2A 4FK2A 2YHAA 4NCGA 1WN7A 4I7FA 3NF7A 3HVTA 4UQGA 4QCLA 1BQMA 4CHQA 3MEGA 1T03A 3RMAA 2KFNA 4PWDA 3M8PA 3VQAA 4N76A 4FK0A 1NK8A 4FJGA 3JYTA 3KLEA 3F73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BISA 2BANA 2YJFA 2GUPA 1WLJA 4BGAA 3CFOA 3ZLJA 3KD1E 2W41A 3EE9A 4DV4K 1TK0A 4H0VB 4DV1K 1YJ9N 3NVKA 1SAZA 2ZGYA 3VEZA 3AGRA 4CGJA 2Y1JA 4KI6A 4JKEA 4NO7A 1TVRA 1RNHA 3SAFA 3M3ZA 4FLYA 4KTWA 3JSMA 4IFEA 4FLTA 2ZJRL 4OKKA 4J2BA 1ZYQA 1XMOK 4PUOA 3IAYA 2OPRA 1HYSA 4U67L 1B92A 3VQ6A 4FJMA 2VYPA 4ISGA 3MN5A 3VQPA 3DLEA 3NF9A 2LSNA 1W9HA 3NCIA 4C23A 4E7IA 4DKWA 4B3MK 3M8QA 4RW4A 1C0UA 1I3AA 4CBXA 3WNHA 3TAGA 1Z26A 2X6SA 4PL8A 4RG8A 2JWKA 4NXNK 1HJOA 1VQ6N 3K5NA 4M3XA 1M1KO 3LALA 2CGKA 3S3OA 4X66K 3G4SN 4FJKA 4CZFA 3WQTA 4CFDA 4E1JA 4PQUA 2YJEA 3BF1A 1NGBA 4H0XB 3V6DA 2IVOA 2KTQA 3AVMA 1DLOA 5BRDA 4CW7B 2RN2A 3SQ0A 3ATVA 5JICA 4E7LA 4B3TK 4NCBA 3CPWM 1Q9YA 4JI3K 1NG9A 4MDBA 3SV3A 5C25A 1C1BA 4MO4A 1OVYA 3OW2M 4BC2A 5AQNA 4KBOA 3PIPL 4BRDA 3LP3A 3L4QA 4XH5A 4KHWA 4LSLA 1JKHA 3E66A 4DV2K 2YKMA 1I94K 3DJCA 3VQCA 4H4OA 2Z1HA 1CXQA 5AQPA 5M1KA 4FJ8A 4CJEA 3DXKA 1T3VA 5GIOA 4Y0WA 3H1VX 3ULDA 4GV9A 4CERA 3HOSA 3VQ7A 3VQ8A 4CJSA 3VEWA 3IKMA 1L3TA 3NF8A 5AQRA 2BE2A 4ZTFA 5AZIA 4FLVA 3D2EB 3VQDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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