3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
2OPPA 4Z4CA 4CEAA 4CHZA 3LP2A 2P51A 5J2PA 3SPYA 3OJSA 3G0ZA 3P1GA 3HT3A 1NK7A 4CCHA 4F3TA 5CZ2A 3HXMA 5JS2A 1UWBA 2G8VA 5KI6A 2HHUA 1QS4A 1U47A 3U3GA 3VQDA 1U45A 3TAMA 1SL1A 2Z1IA 3AVCA 3KD5E 3QEWA 2EX3A 1X1PA 4F2SA 4CJEA 3SV4A 2HHSA 2QKBA 3S3OA 3K5MA 1J54A 4DG1A 3L8BA 3KTQA 3HP9A 4KO0A 3VQ7A 4CEBA 1T7PA 2AJQA 1VSJA 2KW4A 3QIPA 3DRRA 1VSEA 3OVNA 3ZSXA 1L3SA 5HRSA 3RR7A 2DTUA 1BIUA 3THVA 1JKHA 3V1OA 2X6NA 1TKXA 4CJ5A 3O3FA 2FC0A 1I39A 1XWLA 3AVBA 5E41A 3O3GA 3NGZA 4FJKA 2KFNA 1SL2A 3BGRA 4BWMA 3OYCA 2F8SA 1LAVA 1EETA 1RT5A 3ZSZA 1IKYA 1A5VA 4FJXA 1L5UA 4FJLA 3F9KA 3KKSA 1VK0A 4BE2A 2F8TA 4EZ9A 1T03A 1NJZA 4O4GA 5I42A 4FJ5A 3PO4A 3V9SA 4KRFA 4BE1A 3QERA 1VSKA 1YVUA 4DFPA 2G8KA 2GV9A 1NJWA 4CF0A 3CFRA 2XY8A 5HRRA 1BISA 1HYVA 3ZSVA 4CFDA 4E19A 1EKEA 2P5OA 4CJRA 4FJ7A 4IBNA 1HRHA 1RDBA 1WSEA 1HMVA 4MFBA 5EU7A 4CJUA 4ZHRA 1RNHA 3RTVA 2D0CA 4B9MA 3I0SA 1RCHA 3LDSA 3S9HA 4CF8A 3QEPA 3OYLA 3VN5A 1GOCA 3HPHA 1YTAA 2GBZA 2VWKA 3AO2A 4DQRA 3B6OA 1WLJA 3A2FA 4DS4A 1QSSA 1QE1A 4JLHA 3KLGA 4H8KA 4H4OA 1Z26A 1VRTA 3OYHA 3AVIA 2OZSA 4BDZA 4M45A 3ISNC 3ZT3A 1T05A 4L8RB 4Z4EA 2QK9A 3ZCMA 4HUEA 4PUOA 3F73A 4ZTFA 3EYZA 4FLZA 1KLNA 1ITGA 4CK3A 3ZSOA 1B92A 2OPQA 3LAMA 1J53A 1YT3A 4ZTJA 1KVBA 4DSIA 1HNVA 4DFJA 1O1WA 1NJXA 3AVGA 1RDCA 4LSNA 3M8QA 4J2AA 3NFAA 1D9FA 1X9MA 4C8MA 1KSPA 3NHGA 1RTDA 3AO3A 3DOKA 4RW6A 4CIGA 1RT2A 1SUQA 2Z1GA 2Z1HA 4CIFA 5KGWA 3MEDA 3VQ8A 1FKPA 1IO2A 4TSXA 1BIZA 4LH5A 1CZ9A 3U3YA 1NK6A 1C0TA 3QIOA 4ID5A 3HVRA 1NJYA 4JS5A 3DLRA 3KIOA 2XY6A 1WAJA 1RT7A 2YKMA 1LAWA 3NH0A 1VRUA 2Z1JA 5HP1A 1YTUA 3WNFA 2Y1IA 1S1TA 4JRQA 3DRPA 1K6YA 4FJJA 1JXEA 4E3SA 3TAEA 3NF8A 3OYMA 1WSGA 3KLEA 3DLBA 4BACA 2XY7A 4OLAA 1VSDA 3NF7A 3LALA 3OYGA 2VG7A 3MAQA 3C95A 3VQ9A 5KTQA 3IS9A 1TKZA 1ASUA 4OPKA 2ATQA 4CF9A 3AA2A 2B4JA 4KHWA 2HNDA 2W42A 2DFHA 4NYNA 1S5JA 3LAKA 3M8RA 3MXMA 4PQUA 4QOZB 4FK4A 3D0PA 1RTJA 3C6TA 1RDAA 2G8FA 1EX4A 2E6MA 2VG5A 2E4LA 5CZ1A 2X74A 1L3UA 4ELUA 3QNOA 1S9GA 4LY7A 2JGUA 4DTJA 1MU2A 1R0AA 1N5YA 1BCMA 1RT3A 1KTQA 3AA3A 1S1WA 1S6PA 1RTHA 3V1QA 2Y1JA 1SKWA 4F2RA 1B9DA 4FLVA 3NGYA 4E7IA 4KKOA 1QSYA 4CFBA 3O4QA 3RR8A 1VSLA 4CHYA 3OS2A 4E0DA 2OYQA 2KZMA 1IKXA 2KZZA 1NK9A 3O4NA 5SWMA 4M3UA 3C94A 2XO7A 1CZBA 3AVAA 3ITHA 4N76A 4JS4A 1Z25A 3TAGA 1U4BA 1HNIA 1ZBUA 4PA1A 3ALYA 1FKOA 4KTZA 4DFMA 4Y1CA 1DLOA 4O0JA 3ZSYA 4CHQA 3OYJA 4KHQA 3QESA 1CLQA 5DMRA 1JL2A 4N41A 3ZT4A 3PX0A 2ZQBA 1KRPA 1IKVA 3OYFA 4GMJB 4Z4HA 4CHNA 3K58A 5HRNA 1KCFA 3ZSQA 2HB5A 2HHWA 3EY1A 1JLAA 1VSHA 4N56A 5HRPA 4E7LA 4BDYA 5D3GA 4W5NA 4CK2A 3OYEA 3AVLA 3SQ2A 5KRTA 4FJGA 4B08A 5KGXA 3RMDA 1RBUA 1XHXA 4O55A 4O0IA 3HM9A 3E01A 4B9NA 1TGOA 2OZMA 3DOLA 3ULDA 4GW6A 4AHUA 4DTUA 3OYAA 4ELTA 2G8UA 3K5LA 3MXIA 4FW2A 4DTRA 3V9UA 4CERA 3V6DA 1GOBA 1NK8A 3SQ4A 4BWJA 2XHBA 1BCOA 3DYAA 4CFAA 1Q9YA 4AILC 4CHPA 2YNIA 3P83D 3QEVA 4CF1A 5J2MA 3L3UA 4FK0A 1KVAA 3I8DA 3NGIA 1LW2A 2BANA 2O4GA 2P1JA 3I0RA 2IC3A 4OGCA 4HTUA 4C8OA 2B5JA 4OGEA 3VQAA 3WNHA 1S1VA 3VQ6A 5CYMA 4M3YA 3G10A 2IDOA 3DI6A 1T8EA 3HSTB 3IRXA 3DLHA 1W9HA 4CJ3A 2QKKA 1C0UA 3S3MA 3LWMA 3CFPA 3MEGA 4IG0A 1ASWA 1JLGA 3NCIA 2OPSA 4LSLA 4UQGA 3V9WA 3LZIA 4F8RA 1RTIA 3VQBA 4DU1A 1RBVA 5FDLA 3O3HA 1X9SA 2D5RA 3HYFA 4CIEA 1LWCA 4CGIA 4W5QA 1BGXT 3KD1E 4HCBA 2D0BA 3OYDA 4CJ4A 2VG6A 1EXQA 4RW4A 4Z0UA 4E7JA 2BDPA 4CJTA 3PX6A 1RBTA 3OS1A 2HW3A 4HUGA 4IG3A 1EP4A 1LWFA 3CFOA 4I7FA 3AVMA 4IFYA 4KTWA 3CQ8A 5HROA 4B9TA 1CXUA 2P5GA 4FLTA 2IGIA 4EP5A 3TAPA 3LZJA 1L3VA 2HHQA 3T3FA 4EP4A 3L2VA 4G1QA 4DSFA 4DSKA 4W5RA 3EZ5A 1J9AA 1UOCA 3NF6A 4FLYA 2XY5A 4FJHA 3OS0A 1VSFA 3VQEA 1LV5A 3NBPA 1WSIA 4R5PA 3SUOA 1D8YA 3PX4A 2B6AA 4M3XA 4CHOA 1BL3A 3KK1A 3SI6A 4E1NA 4KI4A 2ZE2A 4Z4GA 4C8LA 3AO1A 3K5OA 3MEEA 4OPJA 3TWHA 4KI6A 4HVJA 5J1EA 3KK3A 4KB1A 2HHTA 4DSJA 3SYZA 3PO5A 4N47A 4CGFA 4DTMA 4CEFA 4CGJA 3TAQA 1IG9A 4FZYA 1ZBFA 3L2QA 4B8CA 4B9LA 4DWIA 4CJPA 3LPUA 1QHTA 5HBMA 3WNEA 4YFUA 3OYIA 1U49A 3TABA 1VSIA 4KV8A 3RRHA 2ZD1A 1B9FA 3RMBA 1TK0A 4NCBA 3RMAA 4FM2A 3S3NA 1QQCA 1NOYA 2EHGA 1A5WA 5KRSA 3AV9A 5J2NA 1ASVA 1C1CA 4IFVA 3QEIA 4DS5A 3QEXA 4DTPA 4OVLA 1HQUA 4WE1A 3ZT2A 2G8HA 4KTQA 4O5BA 3QETA 3HL8A 4FLUA 4FM1A 4DQQA 4CGGA 3NF9A 1LW0A 3SPZA 1SKSA 3ZT1A 2PYLA 2PYJA 4M42A 2VWJA 4CK1A 4AH9A 1WSJA 3SJJA 4NYFA 4B9VA 4QCLA 1HPZA 3ZT0A 1Q9XA 1UA0A 2A1RA 4FJ8A 3VQPA 3L2RA 2HVIA 4KAZA 1RILA 4H4MA 1J5OA 2BGGA 4RW7A 3L2UA 1S6QA 4CJLA 4CESA 1XHZA 1NKEA 4DMNA 4M3TA 4M3WA 4CJWA 2FBXA 3VQ4A 2JLEA 3VQ5A 4HCCA 3HK2A 3H08A 3KLFA 4KHSA 4DTSA 3T19A 4CEDA 4CJSA 1ZBHA 3AVNA 2O4IA 4PY5A 3L2WA 3B6PA 1JL1A 4CEOA 3DM2A 3L3VA 4Q5VA 5FROA 2BE2A 1UA1A 4CEEA 4CFCA 3OYNA 3NE6A 4OKJA 3AVFA 1FXXA 3T1AA 1LWEA 4DU4A 3AO4A 3OYBA 4K8XA 4KHUA 3V9ZA 4O44A 4CJQA 2D0AA 1HYSA 3KK2A 3K5NA 1U04A 4DSLA 2WOMA 3LANA 3K57A 1NK4A 4FXDA 3D45A 3ZSRA 1D9DA 4I9LA 3V1RA 3DLEA 2YKNA 1XI1A 3WNGA 4DTNA 3M8PA 2G8WA 1IKWA 3PUFA 4Z4FA 2RPIA 4FJNA 4BDPA 2YNHA 3OJUA 4ELVA 1S1XA 3AO5A 2LSNA 4CEZA 4E7HA 5C24A 1N6QA 3HJFA 4N5SA 1SKRA 1WSHA 4OKEA 4OKKA 3DLGA 4XIUA 1A5XA 1D5AA 5SZTA 3LP0A 3LWLA 3K59A 4E7KA 4DLGA 4FLXA 5T7BA 4J2BA 3SUNA 1FK9A 4FLWA 4DTOA 2NUBA 4C8NA 3RWUA 1JLBA 2YNFA 4CJVA 2FBYA 1RDDA 1VSMA 5FRMA 1HJRA 3NH1A 2DFEA 2HNYA 2IAJA 2IS3A 1RT4A 4AHTA 3IG1A 4DLEA 4ID1A 1QTMA 4EZ6A 4FJMA 1REVA 4I2PA 4DF8A 2FBVA 2QXFA 3KJVA 1F21A 1JLEA 4F3OA 5FRNA 4KB0A 3KKRA 2RF2A 1WAFA 1NKBA 2HMIA 1JLQA 3LP3A 4RW9A 4DTXA 1ZBIA 2YV0X 3VQCA 5C25A 4DU3A 3SQ1A 1WN7A 3KLHA 2HHXA 4I2QA 4B9SA 1C1AA 2XRIA 4CE9A 2X78A 1TL1A 3JYTA 4FCYA 2A1SA 4KHNA 3P5JA 4LH4A 4FYDA 3JSMA 3SQ0A 3QLHA 3CM5A 5DK5A 4DF4A 4OJRA 4B3OA 1C6VA 3RRGA 2X6SA 4CEQA 1WNSA 3M8SA 1JXBA 1KFDA 4PWDA 3KLIA 4NCAA 4KHYA 3VA0A 4CGDA 4NCGA 4KREA 4FW1A 1DTTA 4FZZA 3TI0A 1S1UA 3HPGA 1S9EA 3HP6A 4CECA 3LP1A 2KFZA 1WSFA 3SCXA 4M3ZA 1TKTA 4E1MA 4DFKA 4QAGA 3AVKA 4Y1DA 4AHRA 4CGHA 3VA3A 1ZBLA 4HHTA 4M3RA 1TK5A 1UAXA 4AHVA 1NK0A 3SNNA 2R7YA 4YNQA 3DMJA 4DQPA 1IH7A 2GUIA 1BQMA 3NDKA 3SV3A 4KPYA 3CG7A 1ZYQA 4IDKA 3DLKA 3ZSWA 3HVTA 4W5TA 3SUPA 3IAYA 4J2DA 4HUFA 3K2PA 3RMCA 1X9WA 1TAUA 1KFSA 1QSLA 1TKDA 2RN2A 1TL3A 3AA4A 5HLFA 4DQIA 1U48A 2YHBA 2ITGA 1L3TA 4E89A 3LPTA 4B9UA 2HHVA 3FFIA 1CXQA 1SV5A 2YHAA 3AVHA 1I3AA 4FZXC 3AVJA 2DFFA 3V81A 3PY8A 1NOZA 2Q3SA 1RT6A 4KFBA 2E6LA 2HVHA 1KVCA 3CYMA 4Z4IA 3ASMA 4FVMA 3BDPA 4GVMA 3V4IA 4ICLA 3SUQA 3V9XA 1TV6A 1JLFA 1TVRA 3SZ2A 4LD0A 3VQQA 1Y97A 5I3UA 3NH2A 3C6UA 1Q8IA 3U6FA 2OPRA 4CJFA 1BI4B 1BQNA 3HPOA 1KLMA 1XC9A 3QINA 4J2EA 3DRSA 4OLBA 2PY5A 4RW8A 1JLCA 3UIQA 2DY4A 4K8ZA 5K14A 2YNGA 1BI4A 4RG8A 5J2QA 1HQEA 3CM6A 5CY4A 3AA5X 1TAQA 1DTQA 2IOCA 4DQSA 4B8AB 2G8IA 5C42A 2KQ2A 2OA8A 4I9QA 1G15A 4IKFA 2PZSA 4JRPA 1SL0A 1RBSA 3PV8A 3TANA 3NAEA 1HYZA 4F4KA 3HO1A 3OY9A 3OYKA 3MECA 4CF2A 4BE0A 3TAFA 2KTQA 1RBRA 2FBTA 2HNZA 3QNNA 2WONA 1NK5A 1TK8A 4FK2A 1W0HA 4Q0BA 5JS1A 2RKIA 4FJ9A 2I5JA 4AHCA 4FM0A 3TR8A 1C0MA 5CYQA 3TARA 1GOAA 4C8KA 4DSEA 1RT1A 2ETJA 4MQ3A 4M41A 2F96A 4FJIA 3MXJA 4AHSA 1C1BA 4CJKA 1NKCA 4W5OA 3QO9A 1BHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4CA 3KVGA 4CHZA 3THWA 3OJSA 3ZETA 5M1PA 3MCPA 3HXMA 5KI6A 1NGHA 5AQVA 1QS4A 3VQDA 3CPWM 4FVUA 2ZGZA 3AVCA 3SMPA 3KD5E 3QEWA 5BR9A 3SMSA 5BRHA 2HHSA 3S3OA 1J54A 4DG1A 2NRTA 3L8BA 5C0YA 3VTHA 2AJQA 1VSJA 3CF5L 1DKGD 3RR7A 3ZX2A 3G25A 3THVA 2FC0A 2AA4A 1OH7A 1SL2A 2RE2A 1TYQB 3BGRA 4BWMA 1RT5A 1OKJA 1TYQA 3F9KA 3KKSA 2QWNA 3V9SA 3QERA 1VSKA 4H0PA 1NJWA 5C12A 2XY8A 1HYVA 1VQ9N 4PKIA 4FJ7A 4IBNA 1WSEA 4MFBA 4I6MB 1KAYA 5I9EB 4BVOA 4FWRA 4XH1A 4I6MA 3B6OA 3Q7BA 4H5NA 3SJHA 4DS4A 1QE1A 2Q0RA 2DPNA 4H4OA 1DEJA 3AVIA 3D2EB 2YHXA 5TKWA 3ISNC 3O80A 4L8RB 3D2EA 5AQZA 2AP1A 4FLZA 4LF7K 4CK3A 1B92A 1SAZA 3I33A 1J53A 1YT3A 1HNZK 1NJXA 1EWQA 4LSNA 3MK6A 1D9FA 4WQ5A 5LL6Z 4C8MA 1MWMA 2Q97A 2Z1HA 2Z1GA 5KGWA 3MEDA 3VQ8A 1IJJA 4GKKK 1NK6A 1C0TA 1NJYA 2YJFA 1WAJA 1VRUA 1HNXK 2YCHA 4B1UB 3VEWA 2Y1IA 3D7EO 3CCLN 4L3QA 3TAEA 3IKMA 4M7YA 1O13A 1WSGA 3BF1A 4OLAA 2XY7A 1HKCA 1VSDA 2VG7A 1HR0K 3C95A 2BUPA 5AQXA 5KTQA 3IS9A 1TKZA 4OPKA 3O9RA 4PQUA 3C7NB 4QOZB 5AQPA 2G8FA 3C7NA 5KPRA 2E4LA 1Q82O 2VGMA 3ZX3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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