3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
3LP0A 2E4LA 1BCOA 3O3HA 3ZT2A 4CJLA 3OYLA 4O0JA 4ID5A 4CJQA 1N6QA 3AVLA 4I2PA 1S9GA 4PWDA 2ZE2A 2AJQA 1CXQA 1O1WA 4DTMA 3TI0A 4RW7A 1C0UA 1SL0A 2P5OA 3RR8A 5FRMA 1X1PA 4CEEA 3I0RA 3TABA 4Z0UA 3MXIA 2F96A 2IS3A 4Y1DA 4AHSA 4DS5A 1HMVA 4M3RA 3VQCA 2B4JA 2YHBA 3AVHA 4CGDA 4DFJA 4B9TA 4FJ9A 1BISA 3V9ZA 3KD5E 3HO1A 2G8KA 3TAQA 4C8LA 3MAQA 1LWFA 3SV4A 2YNFA 1LV5A 4HVJA 1BCMA 5KGXA 5T7BA 4JS5A 4CF1A 1NK0A 1VSDA 2B5JA 4DTXA 4LY7A 4BE2A 3KKRA 3NAEA 3HT3A 1ZBFA 1S6QA 3V1OA 2X74A 4CHQA 3MEDA 1F21A 3VQ8A 5J2MA 3KLFA 1T05A 4OPJA 3QERA 3DM2A 1TL1A 3IG1A 1A5WA 4DF8A 5HLFA 1L5UA 1BQMA 4DLGA 4OGEA 1DTQA 4IBNA 4CK2A 1Q9XA 3HK2A 3ITHA 4MFBA 4GW6A 4M42A 1ASUA 4M45A 3ZSXA 4AHVA 3OYEA 1T03A 1WSEA 2ZQBA 3LPUA 5KTQA 1ZBUA 2RF2A 3VQ7A 4DU4A 4KV8A 2GBZA 1B92A 4CHYA 3TWHA 4DSJA 3AVKA 1HYSA 1QSYA 4CJEA 3AVMA 1C1AA 4CJRA 3RR7A 4EP4A 4E19A 4N5SA 2R7YA 3BDPA 1NJZA 3M8PA 1S1WA 5J1EA 3OY9A 1LWEA 1IKVA 3KJVA 3RTVA 3JYTA 3CFRA 4ZTJA 4FK2A 4MQ3A 4C8OA 1BHLA 1WAJA 3DRRA 4O4GA 1QE1A 3L2QA 1S1VA 4CECA 4DG1A 4KAZA 3B6OA 4BE1A 2IAJA 2KZZA 1UOCA 1KSPA 5FDLA 4DTRA 4CF2A 4KB0A 1WNSA 4B08A 1YTUA 3PX4A 3IS9A 4PY5A 3AVGA 4FM0A 3TR8A 1J54A 3OYMA 4FZXC 4FW2A 1KVCA 4FJKA 2RPIA 3WNGA 4FLYA 4H8KA 3VQ9A 3HP6A 1TV6A 1Y97A 3V9XA 3OYNA 3QEIA 4HHTA 1FK9A 3OYIA 3QEWA 2KQ2A 1U45A 4Q0BA 4CJFA 3HJFA 1ASVA 3RMBA 2HHVA 3DLBA 1XHZA 2HVHA 4FLUA 1SL2A 3ISNC 1SKRA 1WSHA 3DRSA 5KRTA 2HHXA 3G0ZA 4NYNA 4CHNA 3O3GA 1YTAA 4O55A 4FJHA 1KCFA 3AO5A 1RT4A 2ETJA 1RBUA 3AA5X 4F4KA 4AHUA 3SPYA 2VG6A 3HP9A 4RW8A 3CM5A 1BI4A 1WN7A 4EZ9A 1KRPA 5D3GA 4ID1A 3K5LA 1D8YA 3OYDA 3T1AA 1GOAA 5J2PA 3RMDA 4IFYA 3KKSA 1JLQA 1WSGA 1U04A 3OJUA 1LWCA 2G8HA 4PA1A 3RMAA 1C0TA 4KRFA 3DLHA 4Z4IA 3TANA 4M3WA 3MEEA 3ZSZA 4Z4EA 4EP5A 1X9WA 3L8BA 3QEXA 1QHTA 3V9WA 3F73A 4I2QA 1U49A 3D0PA 3LALA 4FYDA 3IRXA 1HYVA 3DMJA 2VG7A 4AH9A 2JGUA 4CFAA 4Z4HA 4OKJA 2W42A 4ZHRA 3OYFA 1UA0A 4FJXA 1RILA 3VQ6A 2O4IA 3P83D 3A2FA 3SCXA 5KRSA 1ZBLA 4OLAA 1SV5A 2XY5A 1W9HA 2OYQA 4DSIA 1VRTA 4G1QA 2XY6A 1UAXA 2X78A 4IKFA 4IFVA 4FJMA 2NUBA 1XC9A 2QXFA 4N76A 4ZTFA 3E01A 1CLQA 1ZBHA 1B9FA 2BANA 3VQAA 4CJTA 4CIFA 3SV3A 1S1TA 1DTTA 2F8TA 3K5MA 2IDOA 2P1JA 3LZJA 1EX4A 3KLGA 1BGXT 5SZTA 3KLIA 3OYKA 3QEPA 5C24A 1IH7A 4L8RB 1B9DA 1T8EA 3DLRA 1U48A 4DSEA 1TKZA 1VSIA 3SQ0A 1A5VA 1HNIA 4CCHA 4CJKA 4C8NA 3WNEA 4FJ8A 4CJUA 3KK2A 2PYJA 2B6AA 1JL1A 3DYAA 1HNVA 3PV8A 4FLXA 1NK6A 4QCLA 4CEFA 1NJWA 3OS2A 1C1BA 3OJSA 2Q3SA 3D45A 4LH4A 4CK1A 1YT3A 3O4QA 3NFAA 4JRPA 4DTUA 4FZYA 4DQPA 1RT1A 4KFBA 1KFSA 4CGHA 3K5OA 5HRPA 4NYFA 4FJ7A 1EETA 3QLHA 5JS2A 2OZSA 4W5RA 4E7JA 1JLCA 2DFEA 5KGWA 3QEVA 2A1RA 3V1RA 4DFKA 2HHSA 4CERA 4E7HA 3NF9A 1KLMA 3AA2A 3AVIA 4CIEA 3OYBA 4I9LA 3HVTA 1UWBA 4HTUA 2VWJA 2G8UA 4ELVA 1L3TA 2OPSA 3QESA 3RRGA 1TKTA 4CJSA 3NH1A 3WNHA 1VSHA 4I9QA 3LDSA 4M3XA 2OPQA 1RDAA 1RTJA 1WAFA 4NCBA 5E41A 3VQ4A 3NCIA 3SI6A 3AA3A 4DMNA 1L3VA 3C6TA 3QIPA 4CJVA 3L2RA 1Z25A 4O5BA 2HVIA 4F8RA 2YHAA 2DY4A 4CHPA 1KVAA 2Y1IA 3OS1A 1NJXA 1TK5A 2KFNA 4RW4A 3ZT3A 1I3AA 4B8AB 4FJJA 1HQEA 1VSLA 4BE0A 3G10A 5HRNA 3HYFA 3DLEA 4KTZA 4OKEA 4KHYA 3K59A 3UIQA 5HRSA 4PUOA 2ZD1A 2OPRA 2D0BA 3VQEA 2HMIA 1C6VA 3AVJA 4FK4A 4CEOA 2HHTA 4J2EA 4JS4A 3ZCMA 4FW1A 1RT7A 3H08A 2BE2A 2BDPA 1EXQA 3ZSWA 4BDYA 1I39A 3AA4A 4HUEA 2P5GA 3DOKA 1WSIA 4FVMA 2G8FA 1RCHA 2OA8A 3T3FA 4NCGA 1R0AA 4FK0A 1RDBA 1NK7A 4DQIA 4AHCA 4PQUA 4B9SA 2OZMA 3HPGA 5HRRA 1GOCA 3SQ1A 3AV9A 1ZYQA 4FM1A 3SUQA 4KI4A 1JLEA 1NK8A 1CXUA 3K2PA 3AO3A 4DU3A 1JKHA 1FKPA 1TAQA 5CY4A 4FJNA 2Z1JA 3U3YA 2O4GA 1D5AA 4BACA 4NCAA 4DTJA 3ALYA 4DS4A 4DQSA 3AO1A 3V6DA 1Z26A 3NH2A 5SWMA 4FJ5A 3I0SA 4KHUA 1RBSA 3CFOA 1REVA 1BIUA 4KO0A 3JSMA 4N47A 2FC0A 3OS0A 3S3NA 1ITGA 4CHZA 4DSLA 4N56A 1QTMA 3ZT4A 4E1NA 3S3OA 1U4BA 4CGGA 2X6SA 4YFUA 3IAYA 4OJRA 4CEAA 4KKOA 3T19A 2QKKA 2GUIA 2YNIA 4O44A 4CF8A 5J2NA 5J2QA 3S3MA 3LWLA 1NK4A 2XHBA 4B3OA 4WE1A 4E1MA 1HPZA 1NJYA 1IKYA 2XRIA 1SKSA 3AO4A 3AVBA 2IC3A 3QETA 4F2RA 4OKKA 3HL8A 2HW3A 3S9HA 3LWMA 4BDPA 4IDKA 3B6PA 2KTQA 5HROA 1NKBA 1TVRA 3U3GA 4DTNA 4H4OA 3NBPA 4BWMA 2G8VA 1ZBIA 2RKIA 3M8SA 3KK1A 3K57A 3SUPA 4I7FA 1J9AA 4IG0A 2LSNA 2HNDA 3P1GA 2FBXA 4KI6A 1RNHA 3QNNA 1LW2A 1S9EA 2DTUA 2D5RA 1VRUA 1XWLA 3C95A 4M41A 3LP3A 3NE6A 4K8ZA 3ZSVA 2Z1HA 3CG7A 5CZ1A 3L3VA 3V9UA 1RTIA 3V4IA 3K58A 3SZ2A 3HM9A 1LW0A 1S6PA 4LSNA 2G8WA 1GOBA 5DMRA 1VSMA 1TK0A 3M8QA 1SL1A 4AHTA 1RBRA 1LAVA 3PUFA 5JS1A 2Z1GA 3L2UA 4OLBA 1JLGA 1IKXA 4Z4FA 2HHUA 1TKXA 5CYMA 4FCYA 3O3FA 4DSKA 3C6UA 3THVA 2YNHA 3LAMA 1WLJA 1QSLA 2YKMA 1KVBA 4FLTA 3PX6A 1D9DA 3BGRA 1T7PA 4CGIA 1XI1A 4E7LA 3DI6A 4C8MA 3ZT1A 1X9SA 1J5OA 4HCBA 1XHXA 4J2BA 3DLGA 4JRQA 4DTOA 1SUQA 4CEBA 2XY7A 3U6FA 2A1SA 3SUNA 2RN2A 1VK0A 4UQGA 3AVCA 4E7IA 4FZZA 1NOZA 3QO9A 2FBTA 3NF7A 3KK3A 3NF6A 4CGJA 4DTSA 4OVLA 5K14A 4FJGA 3ZT0A 4LD0A 1L3SA 4ELTA 2ITGA 3PO4A 1RT6A 5KI6A 2QKBA 1QS4A 1BI4B 3NF8A 4B9NA 3CYMA 4HCCA 2KZMA 1BL3A 2JLEA 3TAPA 4B9MA 4J2AA 3EY1A 1QSSA 3VQDA 4M3TA 3FFIA 3DLKA 3LPTA 1VSEA 4AILC 2I5JA 3OYCA 2Y1JA 3RRHA 3HPHA 1L3UA 1EP4A 4KHSA 3VA0A 2PY5A 4RW6A 3VQPA 1RBVA 4CJ4A 1S1XA 4XIUA 3CM6A 2XO7A 4RW9A 4LH5A 4DWIA 3NGYA 2G8IA 4HUGA 3LP1A 4FLVA 4E0DA 1HJRA 4DF4A 3PO5A 1IKWA 4F2SA 3NDKA 1VSKA 4CESA 1VSJA 2HNZA 1K6YA 3MECA 1ASWA 2WOMA 3OYJA 4F3TA 3QIOA 3TARA 4FXDA 2HHQA 1TAUA 3TAEA 5FRNA 4KREA 2E6MA 3V81A 1G15A 3VA3A 4KHNA 3DOLA 4FLZA 3LAKA 4TSXA 4CF0A 5EU7A 3OYHA 2XY8A 1J53A 5CYQA 4O0IA 3PY8A 2F8SA 4H4MA 3ZSOA 1WSJA 1HRHA 2PYLA 2DFFA 4M3YA 4FLWA 2IOCA 5C42A 2YV0X 1RT2A 3MXJA 2FBYA 4AHRA 5DK5A 1X9MA 3RMCA 3ASMA 2DFHA 4CEZA 1NK9A 4QAGA 3M8RA 1RTDA 1MU2A 4GVMA 4C8KA 3P5JA 4E89A 3OYGA 1CZBA 1JLFA 2PZSA 1YVUA 1BQNA 4CF9A 3TAFA 1JXEA 3NH0A 4W5QA 4CEQA 4B9VA 4F3OA 1IO2A 4CFDA 4KTQA 3PX0A 4Y1CA 1CZ9A 3VQQA 4J2DA 3VN5A 1FKOA 1JLBA 1JL2A 3AO2A 2Z1IA 3F9KA 3QINA 4Z4CA 3HXMA 3SPZA 3OVNA 1TGOA 4B8CA 3KTQA 4M3UA 3KLHA 4W5OA 4CHOA 4FJIA 4FJLA 3V9SA 3LP2A 2E6LA 3NGZA 3HPOA 1RT5A 3MEGA 1D9FA 2HB5A 5CZ2A 4KHWA 1NKCA 4CIGA 1RDCA 2D0CA 1RDDA 4KPYA 1S5JA 1DLOA 3AVAA 3CQ8A 3LANA 4HUFA 4CJ5A 3OYAA 2IGIA 1JXBA 1SKWA 4B9UA 4RG8A 4DTPA 2VG5A 4CE9A 2GV9A 1U47A 1EKEA 2EX3A 4Q5VA 5I3UA 1NOYA 2HNYA 3ZSRA 4K8XA 1Q8IA 2WONA 3SNNA 1QQCA 3L3UA 1TKDA 1C0MA 1BIZA 4DFMA 4GMJB 3O4NA 3KD1E 3HSTB 4CJWA 2EHGA 2YKNA 4DU1A 2FBVA 3WNFA 4CEDA 1W0HA 1KFDA 1RTHA 1UA1A 1JLAA 4W5NA 4ELUA 1A5XA 3TAMA 4JLHA 1LAWA 2KFZA 3I8DA 4DSFA 4YNQA 3EYZA 4KHQA 2X6NA 2ATQA 4Z4GA 2D0AA 3AVNA 3KIOA 3KLEA 3K5NA 3SQ2A 4IG3A 4KTWA 5HP1A 1RT3A 3AVFA 4B9LA 4CFCA 4CJ3A 3VQ5A 5FROA 3NGIA 1NKEA 2VWKA 2YNGA 3SYZA 3CFPA 4DFPA 4CGFA 3DRPA 3EZ5A 1VSFA 4EZ6A 3ULDA 1TL3A 3SUOA 3RWUA 4QOZB 4OPKA 4DQQA 4R5PA 4FM2A 3V1QA 3SQ4A 5I42A 1KLNA 4M3ZA 5HBMA 4CJPA 3ZSQA 4E3SA 3HVRA 1TK8A 4BWJA 1C1CA 3NHGA 2OPPA 3MXMA 4LSLA 2P51A 1KTQA 3VQBA 1HYZA 3TAGA 4N41A 4ICLA 3L2VA 4DLEA 1RBTA 1IG9A 2BGGA 4W5TA 1HQUA 3LZIA 1Q9YA 3C94A 1WSFA 4CK3A 3L2WA 4KB1A 4E7KA 1NK5A 2QK9A 1FXXA 5C25A 4CFBA 3ZSYA 2HHWA 4DQRA 3QNOA 2KW4A 4OGCA 1N5YA 1S1UA 3SJJA 4BDZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O3HA 2O8FB 1BCOA 3AVLA 4I2PA 1S9GA 5BR9A 2ZE2A 1CXQA 1O1WA 3TI0A 4RW7A 1C0UA 4KBOA 1SL0A 1EWRA 1X1PA 3TABA 4AHSA 3VQCA 2A41A 5JVGL 4NXMK 4H5RA 3U9ZA 4DUYK 1BISA 1VQLN 5AQFA 2AP1A 2WBNA 1LWFA 1LV5A 4HVJA 5KGXA 3VEVA 4DTXA 1IJJA 5F0XA 4BE2A 3K9KA 1QQNA 5AQWA 5EVZA 3DM2A 1BQMA 3OW2M 4JNEA 4YHHK 3HK2A 3CCMN 4MFBA 4GW6A 4AM7A 3LPUA 5KTQA 1ZBUA 2P9PA 2GBZA 1B92A 1JCEA 1Z05A 4ILJA 4JK8A 3AVMA 3RR7A 4E19A 4N5SA 3BDPA 4J8FA 1E4FT 1NJZA 1IKVA 3H46O 4MQ3A 1H1VA 1BWFO 3N4QA 4DG1A 2KZZA 5AQSA 2QWPA 4B08A 4PHTX 3OYMA 1J54A 1FJGK 2RPIA 3HP6A 3V9XA 3QEIA 3OYNA 3OYIA 3CJ9A 5TKWA 4Q0BA 4CJFA 2HHVA 4B1WB 2E1YA 3HSCA 2HVHA 3ISNC 4MO5A 5CHIA 5AZIB 3G0ZA 4U7BA 1KCFA 1NGIA 4F4KA 3CM5A 2Q31A 2V7ZA 1KRPA 5D3GA 4K0KK 3OYDA 1NGBA 4IFYA 5AQIA 1JLQA 1U04A 3RMAA 3H1QA 2ITMA 3DLHA 4Z4IA 4EP5A 1X9WA 1SAZA 4JKBA 3D0PA 4Z4HA 2W42A 2VG7A 2JGUA 2W6LA 3GL1A 2NRWA 4OKJA 4FJXA 1VQ6N 3PLAA 4GVEA 4K42A 3VQ6A 1ZBLA 1SV5A 3QFPA 2XY6A 1HKBA 4FJMA 1ZBHA 4CIFA 3VQAA 4CJTA 4NB4A 2JWLA 3K5MA 3HTVA 3MX2A 1EX4A 3EKSA 2W40A 2HHHK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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