3NF9A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf9A00
5HRSA 1BI4B 3L3UA 4I9LA 4B3OA 1NK6A 3V9WA 4FJGA 4B9NA 3NE6A 5I42A 4BDPA 2HHUA 1RDBA 4KKOA 2X74A 3RRHA 2OZMA 1X9MA 3KK2A 4NCBA 1T05A 4DSIA 4C8NA 1A5XA 4RW6A 4AHTA 3NF8A 3L2WA 2HB5A 3OS0A 4FCYA 3AVHA 4C8LA 1LW0A 1A5VA 5FROA 1BGXT 1RBVA 4EZ6A 1IKWA 3HPHA 1NK8A 4DF8A 4DQSA 4B9VA 3QEVA 4CGGA 4IKFA 3AVNA 3AVMA 4DSJA 3LP3A 4H4MA 1S9EA 4KHYA 3WNFA 3SCXA 1KVAA 3SPYA 1BQMA 1D9FA 4ZHRA 2D0AA 1JLFA 3DOLA 4FLXA 4HCCA 4M3UA 1BHLA 4CJVA 1BCOA 3SUQA 1J9AA 1UAXA 4FJNA 3QEWA 2KFZA 3VQ6A 3TAMA 1UWBA 3AA4A 2FBVA 1DTTA 3MAQA 2G8WA 1T7PA 5HRRA 3OJUA 3CM5A 4H8KA 3KLFA 1ZBFA 5HP1A 5HRPA 3V1RA 1VSJA 1JLCA 4CJSA 1SL0A 1HYSA 1WSEA 3M8SA 3WNGA 4B8CA 4ID1A 4KI4A 4CGHA 4QCLA 3OY9A 4DSLA 2HHVA 1RDDA 1RT2A 3SQ1A 4CF9A 1C1CA 4CE9A 2G8HA 4CF0A 4IG0A 1XI1A 3RRGA 1VSMA 3WNHA 2KTQA 1F21A 4CK1A 4DF4A 3V1OA 4HCBA 3RR8A 4DSKA 3M8PA 4OKKA 1NOZA 3OYIA 4Z4GA 3LPUA 4CJEA 3K57A 3RMBA 4DQQA 1REVA 3SQ2A 1BIUA 4GW6A 3HSTB 3RTVA 4AHCA 4CHPA 3EYZA 5DMRA 4PA1A 3ZT1A 3SPZA 1NKBA 1QTMA 4Y1DA 1KRPA 4DFKA 5CYQA 3K2PA 1XC9A 1C0TA 3HP6A 4FLVA 4FJIA 4OLBA 4E7IA 2PY5A 3NHGA 4ELVA 4WE1A 4O0IA 3SQ4A 1WN7A 3QNNA 3TANA 1HMVA 2QK9A 1ZBLA 4O5BA 2AJQA 4CEEA 1LAVA 5KGWA 3VQ7A 4FLUA 1NK9A 3UIQA 1QQCA 3TABA 5FRNA 1IKVA 1W9HA 3OYAA 2HW3A 4O4GA 2O4GA 4KHQA 3AVFA 4GMJB 1NK0A 2RPIA 2DTUA 1GOBA 1QE1A 3LP0A 1TK5A 2XY8A 4CIFA 4M42A 3AVLA 4CJWA 2HMIA 4B9MA 1JLEA 3NFAA 2D0BA 2QXFA 3AA5X 1HPZA 4HUGA 1DTQA 4RW4A 3PV8A 3S9HA 2Z1GA 3ZSQA 2LSNA 3LANA 1NJXA 4DG1A 1I3AA 1LWEA 3OJSA 5KTQA 1NK7A 1HYZA 1S1XA 4ID5A 3AO2A 3DMJA 4CK3A 4CHQA 2KQ2A 3SNNA 3AVIA 4Z4HA 4FK0A 3ISNC 1RCHA 1RBTA 5C24A 3TI0A 4B9SA 1ZBUA 4NCAA 5JS1A 4QAGA 3ZT4A 2FBYA 4CJUA 4GVMA 4O44A 1TVRA 1VRTA 3MECA 4FZYA 3H08A 3K5MA 2O4IA 3KK3A 3KLGA 4E7LA 3KD1E 4N41A 1C1BA 1U48A 1D5AA 4F2RA 1SKRA 2Y1IA 3PX6A 1J54A 2YV0X 3V1QA 1L5UA 4Z4IA 1KLMA 3KIOA 3I0SA 4FJXA 3AVAA 3DLGA 2VWKA 2OPQA 4YNQA 4CJ3A 4DLEA 4FM2A 2Y1JA 4BWJA 1XHZA 2G8FA 5J2NA 3AVKA 2VG7A 4M3XA 1U04A 1X1PA 4E7JA 5J2QA 1HNVA 4BWMA 3NH2A 3AV9A 2OZSA 4OGEA 3ZSYA 2YKNA 3VQ4A 4BE0A 1C0UA 4F2SA 4M41A 4Q5VA 4DQRA 3DLEA 1EKEA 4XIUA 2G8KA 1L3VA 4ELTA 3FFIA 4F4KA 3OYDA 1NJYA 2WOMA 3AO1A 1VSHA 1JLBA 3DOKA 3ZSRA 1IG9A 3HK2A 4KHUA 2KFNA 4AILC 1RT4A 5D3GA 1YTUA 3QINA 1U45A 3U3YA 3RR7A 4F3OA 1BISA 4LD0A 3IS9A 5HRNA 4CHNA 1FXXA 4KAZA 3L2RA 1RDAA 1WSIA 3HM9A 4KO0A 2HVHA 2JGUA 1JLGA 4FJ9A 3T1AA 2G8VA 2X6SA 4Z4FA 3A2FA 4Z4EA 4DFPA 4C8KA 4CFAA 2X6NA 4EZ9A 3K5OA 4KTWA 2PYJA 1KVCA 3NDKA 4DU4A 3WNEA 5HROA 4DS5A 3QNOA 3VQBA 2DFEA 3C95A 3KLIA 3CFRA 2HVIA 3B6PA 2B6AA 1NK4A 4DWIA 1NJZA 4O55A 1KFSA 4FW1A 4KHNA 1IH7A 3OS1A 2GUIA 3HT3A 3AVGA 2RF2A 4N47A 3LWLA 3V9UA 2YHBA 4DTSA 4DTXA 2G8IA 2HHQA 4CHOA 1A5WA 4B9UA 1CXUA 2XRIA 5FDLA 3AVJA 3CM6A 4FM1A 1U4BA 1SL2A 3DLKA 3ULDA 3SYZA 3LAMA 3HO1A 3VA3A 3KLHA 3HXMA 4CEZA 3QERA 4Z4CA 3ZSXA 3NF9A 2Q3SA 1NKEA 5C25A 3CQ8A 4CJPA 1S6QA 1TKDA 5SWMA 3PX0A 1NK5A 1D8YA 4E89A 1KSPA 2G8UA 3SQ0A 3OYCA 3SV4A 1UA0A 4I7FA 4HUEA 1FKOA 4OLAA 4E7HA 2VG5A 2OPSA 4EP5A 1RTHA 5CYMA 4W5QA 4DTPA 3MXIA 1RT3A 4DQPA 1Y97A 2ZQBA 2XY6A 1SV5A 1ASUA 4CJKA 1KFDA 3RMCA 1J5OA 4HHTA 2WONA 3NGZA 2W42A 4KPYA 2BGGA 4FVMA 4FYDA 1TV6A 2YNGA 1RNHA 1C0MA 3VQEA 4CEDA 2EX3A 4M3RA 1RTJA 4G1QA 1RBSA 3LWMA 4DS4A 3S3MA 3SUOA 4HUFA 4KRFA 2F8TA 5KRSA 1NKCA 2DFHA 1JL2A 2OA8A 3BDPA 4FZZA 4IFYA 4JS4A 3O3HA 3OYKA 1IO2A 3HVRA 2HNZA 1TAUA 1FKPA 3SUNA 5C42A 1RBRA 1VSKA 2FBTA 4NYFA 5EU7A 3VQ5A 2IDOA 4DQIA 3VQDA 4DU3A 2OPPA 3QIOA 2OPRA 3PUFA 4Y1CA 3VQ8A 3ZSZA 4CEBA 3OYHA 2ETJA 1TK0A 4I2QA 4CJRA 2GV9A 3RMAA 1BI4A 4E19A 4R5PA 2ZE2A 3IRXA 1L3SA 1BQNA 3QEIA 1BIZA 1T03A 1KVBA 1WAJA 3VQQA 4MQ3A 3HPOA 4M3TA 4ZTJA 2F96A 4IBNA 3KJVA 4BE1A 4W5TA 3V4IA 4CECA 1XWLA 4BACA 1EXQA 3NGYA 3ASMA 1RT5A 1GOCA 1WSFA 4RW7A 4CESA 3MXMA 4KREA 2XY7A 3ZCMA 1S9GA 3CYMA 2HHXA 3L2UA 1RDCA 1CZ9A 2P51A 1TGOA 4JRQA 3LAKA 2E6MA 3TAGA 3AVBA 1RBUA 2P5OA 3SUPA 4UQGA 2Z1JA 1LWCA 3L2VA 3K59A 3NAEA 3THVA 2QKBA 3V9SA 3ZT0A 1Z26A 3D0PA 1VSEA 1SL1A 3KD5E 1B92A 5HBMA 2KZMA 1C1AA 4JLHA 1UOCA 4YFUA 1JXEA 3NCIA 3QESA 4LY7A 3MEDA 3PO4A 2HNYA 3EZ5A 3LP1A 3OYFA 4ZTFA 1O1WA 4NCGA 4TSXA 4CJTA 3KKRA 4DSFA 3JYTA 2PZSA 3O3FA 4CEOA 4AHUA 2IC3A 3OYMA 3TAEA 1NOYA 3VQAA 1IKXA 1VSLA 4FJKA 1LAWA 5E41A 4LH5A 2JLEA 4O0JA 3TAQA 1W0HA 2HNDA 2YKMA 5K14A 4QOZB 3HJFA 1WAFA 1X9SA 1JKHA 5J2PA 3P83D 4W5OA 1S6PA 4ICLA 4CF2A 4FLZA 4FLWA 1UA1A 1Q9XA 4LSNA 3I8DA 4B9TA 4M3WA 4OGCA 4J2DA 2FC0A 1ASWA 1RT6A 2YNFA 4DTOA 1LV5A 4N56A 1ZBIA 4DMNA 3F9KA 1SUQA 4FK2A 1YTAA 2I5JA 4OPKA 4DTRA 1TL3A 4N5SA 4E3SA 4W5NA 1RT7A 3OYEA 4E7KA 2FBXA 1G15A 3SI6A 3EY1A 1SKSA 1LWFA 4LH4A 1YT3A 4CHZA 1WSGA 1NJWA 3QETA 4L8RB 3V6DA 1WNSA 2VG6A 3HP9A 5KRTA 5KGXA 3MXJA 1L3TA 3QEXA 5JS2A 4CFCA 2QKKA 3C6TA 3D45A 3CFOA 1S5JA 4CGJA 3OS2A 4FJ7A 4N76A 1U47A 3QEPA 3VQCA 3TWHA 2A1SA 4ELUA 1WLJA 4AH9A 2HHTA 1QS4A 3E01A 3LPTA 3K5NA 3S3OA 4OKJA 4M3ZA 5KI6A 4DTMA 1S1WA 2EHGA 3ZT3A 1HJRA 5J2MA 3DRSA 4JS5A 1TKXA 3PX4A 3KLEA 4CJLA 4FJ5A 2IGIA 3M8QA 3LZIA 2IS3A 3KTQA 4LSLA 1CZBA 4CF8A 1N5YA 2D0CA 4MFBA 3CG7A 5CY4A 1VSIA 4DU1A 3LALA 3G10A 4CJ5A 1T8EA 1K6YA 4E1NA 3ALYA 1Q8IA 3V81A 3DLBA 3L2QA 2ATQA 5HLFA 1ZYQA 1VK0A 4IG3A 4EP4A 3G0ZA 2KZZA 1I39A 3OYNA 4AHVA 1D9DA 4CHYA 1HRHA 1HYVA 1JXBA 1WSJA 3LZJA 3C6UA 3LDSA 4E1MA 5CZ2A 3U6FA 3NBPA 4FK4A 1QSLA 4DTUA 3DM2A 2BANA 1B9FA 2YHAA 3HVTA 2NUBA 3ITHA 2XY5A 4BDZA 4KB1A 1JLQA 4FJMA 1HNIA 4CERA 2A1RA 5CZ1A 4CIEA 1QSYA 4Q0BA 1TKZA 1DLOA 2E4LA 3QIPA 3NGIA 3AA3A 1ITGA 3C94A 4OVLA 4BDYA 4F8RA 4J2AA 1ZBHA 2D5RA 3OYJA 3HL8A 3O4QA 1TKTA 3T19A 3L3VA 3RMDA 3SZ2A 1TL1A 4C8MA 1QHTA 4CFBA 4PWDA 1N6QA 4HVJA 4KV8A 3VN5A 1CLQA 4M3YA 2IAJA 3ZSWA 1CXQA 2GBZA 3HPGA 1EP4A 5DK5A 4Z0UA 3NH0A 1X9WA 1HQUA 4I9QA 1Q9YA 1RTDA 3CFPA 4CJFA 2B5JA 1VSDA 3MEGA 2P5GA 3ZSVA 2ZD1A 1RTIA 3S3NA 1Z25A 4PY5A 3PY8A 3V9XA 3TAFA 4CJQA 3F73A 3HYFA 3K5LA 3OVNA 3L8BA 3TARA 1ASVA 3MEEA 2R7YA 1RT1A 4K8XA 3AO5A 2XHBA 4J2BA 1GOAA 4F3TA 3SJJA 1SKWA 4K8ZA 4OKEA 2E6LA 3IG1A 3DRRA 4FM0A 3OYGA 4CEAA 3P5JA 1JL1A 1U49A 4IFVA 2KW4A 1MU2A 4CGDA 4B9LA 4CF1A 2X78A 4RG8A 3AO4A 4FLYA 1S1VA 2P1JA 3U3GA 1KCFA 4HTUA 3TAPA 1EETA 2DFFA 3DI6A 4FLTA 5I3UA 2RKIA 1TK8A 5FRMA 4FXDA 3NF6A 1XHXA 1KTQA 1B9DA 4RW9A 3VA0A 4KB0A 4B8AB 1EX4A 4FW2A 4CK2A 3DLHA 1IKYA 2RN2A 1KLNA 4KI6A 4JRPA 4W5RA 4FJ8A 3TR8A 2IOCA 3V9ZA 2ITGA 3ZSOA 3K58A 4KHSA 4J2EA 4H4OA 2OYQA 3LP2A 2DY4A 2B4JA 3JSMA 3T3FA 2VWJA 4KTQA 5T7BA 4RW8A 3SV3A 1TAQA 2Z1IA 1R0AA 4FJHA 3NF7A 1VRUA 1BCMA 3VQPA 4M45A 3P1GA 4KFBA 3DLRA 2BE2A 3O4NA 4PUOA 1QSSA 4B08A 1HQEA 4CFDA 4BE2A 3NH1A 3DRPA 4CGFA 4E0DA 1RILA 1C6VA 4CEQA 4C8OA 3O3GA 1YVUA 4NYNA 4AHSA 4CGIA 2YNIA 5J1EA 3ZT2A 3OYLA 4DSEA 3PO5A 4DTNA 4FZXC 1WSHA 2F8SA 4FJJA 5SZTA 1L3UA 3KK1A 4CCHA 2Z1HA 4DTJA 1LW2A 4DLGA 1FK9A 1BL3A 2BDPA 2PYLA 3M8RA 4FJLA 4PQUA 2HHWA 4CIGA 3QO9A 4OJRA 3AA2A 1JLAA 3OYBA 4KTZA 1S1TA 3KKSA 1J53A 1VSFA 3AO3A 4I2PA 2YNHA 4CEFA 4AHRA 4CJ4A 3BGRA 3I0RA 3QLHA 3VQ9A 3B6OA 4DFJA 3RWUA 4KHWA 3IAYA 2XO7A 4OPJA 3DYAA 4IDKA 4DFMA 1S1UA 2HHSA 3AVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8CB 3C65A 3G25A 3L3UA 4I9LA 4DR1K 1S3XA 1VQ7N 1WOQA 3NE6A 2HHUA 1X3NA 4CZEA 1RDBA 2X74A 3DWLA 3RRHA 4RWTA 1T05A 1JCFA 4RW6A 3DAWA 3L2WA 4FCYA 2HB5A 3CJCA 3OS0A 3AVHA 1A5VA 5EOYA 5FROA 1BGXT 2E2NA 5F1XA 3QEVA 4CGGA 3AVMA 3SCXA 3CQXA 3MCAB 4HCCA 4A5AA 4M3UA 4GKJK 4FJNA 1BCOA 4E1JA 3M6GA 4M7YA 1T7PA 3AA4A 1DTTA 5HRRA 1GLAG 5HRPA 1JLCA 4BGAA 1HYSA 3CCRN 3WNGA 4CZGA 4B8CA 4ID1A 4QCLA 4CGHA 3SAFA 4IOCL 4JAXA 3ZETA 4BRIA 1K8AO 1C1CA 1F21A 2E1YA 3SMPA 5AQXA 3OYIA 3VTIA 2RHKA 3RMBA 4DQQA 4GW6A 3HSTB 3RTVA 5BRHA 1KRPA 1N32K 3TU5A 5AQFA 3WXJA 4OLBA 4E7IA 4ELVA 4O0IA 1TUYA 2QK9A 2AJQA 3CJ7A 4JI5K 3UIQA 4FLUA 2HSTA 3TABA 5FRNA 4B1ZA 2HW3A 3OYAA 3AVFA 3I56N 2DTUA 4B3SK 3H6EA 5EXWA 3AGKA 5KPTA 3NFAA 4H5NA 4PKIA 5AFUH 4EAHD 5AR0A 4YOWA 5BREA 4DQ8A 3K9KA 1LWEA 3VTHA 5KTQA 1NK7A 2QEXN 4ID5A 4JEPA 4CZMA 4Y0WA 4CHQA 2KQ2A 3SNNA 4Z4HA 4H5VA 4GV9A 3ISNC 4LFCK 3UKUB 3TI0A 4B9SA 1ZBUA 2YCHA 1BDGA 4YOTA 3D7EO 3KK3A 1C1BA 4YOVA 4BVPA 3RSEA 1VQ9N 3PX6A 2YV0X 3CJAA 1YJWN 4FJXA 3AVAA 1S22A 2VWKA 4YNQA 3FLCO 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 3CMA N;  1GOA A;  2NRR A;  3AAP A;  3DRR A;  2BTF A;  3PIP L;  1U49 A;  4IFV A;  4RG8 A;  5C0Y A;  3HOT A;  4YOY A;  1S1V A;  1HKC A;  4HTU A;  5I3U A;  4WF9 L;  4FLT A;  1TK8 A;  2HHH K;  1LOT B;  5AQU A;  5FRM A;  4FXD A;  1GLD G;  1RGI A;  1XHX A;  3L0Q A;  4B8A B;  1EX4 A;  4FW2 A;  2RN2 A;  5FLX O;  4JRP A;  4FJ8 A;  2IOC A;  3K58 A;  2OYQ A;  2CGK A;  4FJH A;  1TAQ A;  3VEV A;  3VQP A;  1BCM A;  2D1K A;  5EY4 A;  3DLR A;  4DR7 K;  4BE2 A;  3NH1 A;  4CD3 A;  5JLF A;  3NMU A;  1ESV A;  4A5B A;  3Q7B A;  1P90 A;  3WXM B;  3O3G A;  4NYN A;  4DSE A;  2Q31 A;  4FJJ A;  5FPN A;  3KK1 A;  5GAG P;  4CCH A;  1NLV A;  4UY8 O;  3H1Q A;  3GDQ A;  4DLG A;  1BL3 A;  1ZBS A;  2A5X A;  2HHW A;  4ISF A;  3OYB A;  1NJI O;  3AA2 A;  4DV3 K;  5AZJ A;  1BA1 A;  4CJ4 A;  1Q18 A;  3BGR A;  3I33 A;  3I55 N;  3I0R A;  1R59 O;  3VF6 A;  4BRF A;  4IDK A;  2HHS A;  3AVC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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