3NFAA

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nfaA00
3MEDA 1EKEA 3AV9A 4CJRA 3L2RA 3KTQA 1MU2A 2BANA 1TKDA 3RRGA 4C8LA 1RBSA 4C8MA 5CYMA 3M8SA 4C8NA 4FJGA 1L3VA 1J53A 4CEZA 4CJEA 3AO2A 3ULDA 3NDKA 2E6MA 3HYFA 3SV3A 4B9LA 1BI4A 1Q9YA 2OZSA 4DSEA 2A1SA 4CGHA 3RR7A 2F96A 4M3WA 3IRXA 3KKRA 4PA1A 1VSIA 4JS4A 1NJWA 1CZ9A 1WSEA 2Y1IA 3NE6A 3AVFA 1IH7A 3PV8A 1JLBA 1CZBA 4MFBA 3MECA 3TAFA 4JRQA 3SI6A 3QO9A 1C1BA 1XWLA 3AVAA 3SUOA 3M8QA 1K6YA 1SL2A 3I0SA 3NF6A 3OYKA 3VQPA 1FXXA 3ZCMA 4CHZA 1SL0A 3OYDA 4OLBA 2FBXA 1WSHA 4FLYA 4N76A 3ZT3A 1BI4B 3DLRA 3CQ8A 5DMRA 2HHSA 4QAGA 1L3SA 1HYVA 4OKJA 4BDPA 3B6PA 4EZ9A 1VSHA 3V9UA 5C42A 3O4NA 1Y97A 4LH4A 4FZYA 3H08A 4CEDA 4RW4A 1EP4A 4CEFA 4C8KA 4DSKA 1RBVA 3AVKA 1C0MA 4OGEA 1KLMA 4KREA 4BWJA 4FLVA 1RT4A 4B9TA 4NYNA 1S9GA 3RMCA 2G8UA 4CJ4A 5K14A 1HQEA 3CM5A 3LALA 3QIPA 3SUQA 2PZSA 3T1AA 2PY5A 4N41A 3B6OA 3AVHA 1IKWA 1NJYA 1YTAA 4Z4GA 4KV8A 4FM1A 4O4GA 5CZ1A 3OYAA 1HMVA 3M8PA 1B92A 2LSNA 3L2QA 5FDLA 1BIUA 4Z4HA 1NK5A 1KCFA 4CK3A 3LWMA 2HW3A 3V1QA 4DTRA 3VA0A 4B9UA 1T7PA 1XHZA 3CFRA 1N5YA 2O4IA 2HMIA 3THVA 4CIEA 4KAZA 4KO0A 2YNFA 4B8AB 3PX6A 1NJZA 1S9EA 1GOBA 3PX0A 4FXDA 5JS1A 3S3OA 2D0BA 2D0AA 3VQ9A 1TK0A 4YNQA 3VQBA 2G8IA 3D0PA 1YVUA 2Z1JA 2B5JA 2WONA 3KD1E 1QS4A 4DTMA 4B9MA 3AVMA 3S9HA 5DK5A 3UIQA 5E41A 4OJRA 3EY1A 2XY5A 4FZXC 4CFCA 1TK8A 3SQ1A 1VSEA 3OYNA 3S3NA 2OPQA 3HVRA 3KKSA 2ETJA 4O55A 3ZSQA 2OYQA 1ASWA 1EXQA 2QXFA 1EETA 2KW4A 4BDZA 3DRPA 4W5QA 1UWBA 4ZTFA 3E01A 4ZHRA 3HM9A 3RMAA 2OPRA 3OYCA 5FROA 3TWHA 3O4QA 3DYAA 1VK0A 5T7BA 3G0ZA 3OYIA 4DQPA 4DSFA 1JXEA 1VSMA 3ZSOA 2HNDA 3HJFA 4KI6A 2KFNA 1BHLA 4B9VA 4CGIA 2YNHA 5J2QA 1KFSA 2YV0X 2A1RA 3ZSRA 3K59A 1HPZA 4O0IA 3VQ5A 4OPJA 3L2WA 5HROA 2HHXA 1LAWA 4JS5A 1WN7A 3V1RA 1TL1A 4LD0A 2WOMA 3KLEA 3AVBA 3VQ6A 3QERA 3O3GA 2D0CA 3NAEA 4E1MA 1TKTA 3MAQA 1BCMA 3A2FA 1NOYA 1SL1A 3LP1A 2IOCA 4NCAA 1TV6A 1NK9A 1ZBUA 3CFOA 2FC0A 3LAMA 3P1GA 3WNEA 3V9ZA 1NK0A 4KKOA 4FJKA 1NOZA 4N56A 1FK9A 1RT1A 1RTJA 3LP2A 4E0DA 4F3OA 1HRHA 3AA3A 4RW9A 1QHTA 4O5BA 3JSMA 1Z25A 3V81A 3QEVA 4I9QA 4KHWA 4Z4FA 4CEAA 1J54A 4I2PA 2BE2A 3CG7A 3OJUA 2VWJA 1HQUA 4DS5A 4M41A 3VQ7A 4DS4A 1A5XA 3TAQA 2PYLA 4KHQA 4NCBA 3NF8A 3QNNA 4CCHA 4IFVA 1VRUA 4DTPA 4FJ5A 1JLCA 2HB5A 2OZMA 4FLUA 4J2AA 1UAXA 4DTJA 1HYZA 4IDKA 3O3FA 4DTOA 4Y1CA 3HPOA 3PO4A 1ASUA 3VQDA 4O0JA 3ZSXA 2G8HA 4F4KA 1S1VA 4FK2A 1NK8A 1YTUA 3C6TA 3K57A 4DTXA 3KLHA 3EZ5A 4M3UA 4KTZA 4J2BA 4E1NA 4W5RA 3KIOA 2Y1JA 4DFJA 1JLEA 3SCXA 2B6AA 2E4LA 1NKBA 2HHTA 2XRIA 3I0RA 4DFMA 4DSIA 2YHBA 5CZ2A 3DOKA 4DU3A 2FBTA 4H8KA 3HP6A 2XY6A 1GOAA 4UQGA 2E6LA 3PX4A 2IS3A 5KRSA 4CIGA 3L2VA 2DY4A 1S1XA 3OS2A 4IG3A 4Q0BA 1S6QA 2GUIA 2P5OA 3U3GA 1TAUA 4CIFA 4E7JA 1U04A 3AA5X 4PUOA 1TL3A 1A5WA 4EP4A 2VG5A 1RBTA 4HUEA 4HHTA 4ELVA 4FJJA 4KHNA 1TAQA 1T03A 4E7IA 1NJXA 4NCGA 2X74A 1J5OA 2KZMA 1BGXT 4JRPA 4EZ6A 1C1CA 3P83D 1LV5A 4KTWA 2HHWA 3AO3A 5KTQA 4DQIA 2ITGA 4CE9A 1RDBA 1X9SA 4M45A 4Z4CA 1NK6A 3TARA 2ZQBA 1IKVA 2XO7A 4E7LA 4I9LA 4FW2A 3SUNA 1QSSA 4DQRA 1X9WA 1RTDA 1YT3A 2EHGA 3QINA 4B08A 3DLBA 5HRSA 3SJJA 2BGGA 3DOLA 3VQ4A 2DFEA 4H4MA 2YKNA 3PUFA 4LH5A 1BCOA 1A5VA 2RPIA 1IKXA 4AHVA 3SQ4A 2HHQA 4CFDA 4B9SA 1ZBFA 4AH9A 4RW6A 4N47A 1TKZA 1KFDA 1S1TA 1RTHA 4CF8A 3NBPA 4HVJA 3VA3A 4HCCA 2KFZA 3NCIA 1KVCA 2KQ2A 3AVNA 1U47A 4E89A 4CEBA 1CXUA 2RN2A 4ZTJA 4LSNA 3KLGA 3O3HA 2F8TA 1C6VA 3KJVA 3MEEA 3OYGA 5SZTA 3V6DA 1C0UA 4KHYA 4QCLA 2XY8A 4I7FA 3DLHA 3CFPA 1JL1A 1HNIA 4Y1DA 2B4JA 1O1WA 2X78A 5C25A 3T19A 4FM2A 1SV5A 1VSJA 2F8SA 1WAJA 2YKMA 4M3ZA 3F73A 1JXBA 3ZSYA 1U49A 1N6QA 4ELTA 4HTUA 1F21A 1I3AA 3OYMA 3OYLA 2R7YA 1ASVA 2IDOA 2YHAA 4DTUA 5HP1A 3DLGA 4Z4EA 3QEPA 2D5RA 3OS1A 4BWMA 3SQ2A 2VG7A 3IG1A 4OKEA 4CJUA 3QEXA 2P51A 3F9KA 4FZZA 4WE1A 3JYTA 4CJTA 4NYFA 1UA0A 4I2QA 1U45A 3HO1A 4E19A 3LWLA 4FJLA 2G8KA 4LSLA 3RTVA 2G8VA 1T8EA 4FLZA 1WNSA 2Z1GA 3NGZA 3KLIA 4CEEA 2HVIA 1RT3A 1RT5A 4CHYA 4HCBA 3U6FA 4CHOA 3DMJA 2O4GA 4KPYA 4CFBA 2P1JA 3EYZA 2YNGA 3DRSA 3CYMA 3NFAA 1RBUA 3TAPA 5EU7A 4CJ5A 1J9AA 3I8DA 5I42A 3AVLA 4O44A 4F8RA 1RDDA 2IGIA 3MEGA 1VSFA 3NF9A 3K2PA 4B8CA 1WSIA 3K58A 4DF8A 2KTQA 1JLFA 4DG1A 4AHTA 1SKWA 3OVNA 4F2SA 4FJ8A 4CGDA 4BDYA 1LWFA 4FLTA 1HNVA 4Q5VA 3HSTB 1D9FA 1TGOA 2FBYA 1X9MA 4KB0A 3TAEA 5D3GA 1CLQA 4CJKA 4CK2A 4IFYA 2QK9A 1JLQA 4KHSA 1ZBIA 3SZ2A 3QIOA 1WAFA 2VWKA 2EX3A 1KVBA 5HBMA 4CK1A 2VG6A 1EX4A 2Z1IA 3C95A 1ZBHA 1KRPA 4K8XA 3LPUA 1C0TA 4QOZB 1BISA 2XY7A 3NGYA 4IKFA 1JLAA 3ITHA 4DLGA 3DRRA 4DQSA 1U48A 1SKSA 1U4BA 1RCHA 2IAJA 3RR8A 1JL2A 4DWIA 1L3TA 1QQCA 4E3SA 4GVMA 2Q3SA 4OGCA 1QSYA 4KHUA 4CF9A 1Z26A 4AHUA 4FW1A 4CJ3A 4BE2A 3AVIA 2GV9A 3AVJA 3LDSA 1KTQA 4DU1A 1NK4A 5FRNA 4CF2A 1RBRA 1RT2A 4CHPA 4DMNA 3ALYA 3K5NA 1L5UA 2HNYA 2W42A 1QE1A 5HLFA 1IG9A 1D8YA 2KZZA 3NHGA 2FBVA 1DLOA 4PY5A 3ISNC 3TANA 4RW7A 1W9HA 4HUGA 3VQQA 3LAKA 3SV4A 1LW0A 3LANA 1VSLA 3WNFA 2BDPA 1RTIA 1XHXA 1D9DA 2OA8A 1LW2A 3D45A 1BIZA 1VSDA 4DLEA 5J2MA 5HRNA 4CFAA 3L8BA 4G1QA 1NKCA 1B9DA 4CJPA 2NUBA 4KB1A 4FJNA 1RDCA 3QNOA 3AA2A 3G10A 1S6PA 5CYQA 1FKPA 4E7KA 1BL3A 3AVGA 4KFBA 3IAYA 3MXJA 5KRTA 1SKRA 4YFUA 3DI6A 3HL8A 4FM0A 4PWDA 2Z1HA 1WSFA 3VQCA 4OVLA 3NH0A 3C94A 4FJHA 1VRTA 1ITGA 3V9SA 4MQ3A 3RMDA 3C6UA 1QSLA 4DFKA 4ELUA 1KSPA 3HK2A 4DSLA 1JLGA 3DM2A 3OYEA 1R0AA 3VQAA 4FJ9A 4CJLA 2DFHA 1XI1A 2HHUA 4N5SA 3SYZA 3OYBA 1NK7A 1D5AA 1S1UA 4AHCA 3NGIA 5I3UA 1KLNA 4CGFA 2ZE2A 2HVHA 2G8WA 5KI6A 4Z4IA 3WNHA 3SUPA 3AA4A 1FKOA 4OPKA 2X6SA 5HRRA 1TKXA 1RT7A 3MXMA 3KD5E 3KK2A 4FLXA 3T3FA 3S3MA 1C1AA 3AO4A 4DSJA 3RMBA 1DTTA 4PQUA 1WLJA 3QEWA 2P5GA 4XIUA 4CF1A 5JS2A 4J2EA 3TABA 4ID1A 4FLWA 3RWUA 4CJWA 3V1OA 3AO1A 4FJXA 3L3VA 1HYSA 1LWCA 1S5JA 4JLHA 3KLFA 4CERA 4FJ7A 2PYJA 4AHSA 4E7HA 1IKYA 4FCYA 3QESA 4HUFA 4FK4A 1VSKA 4ID5A 1T05A 4B9NA 4BACA 3KK3A 3SPZA 3ZSVA 4M42A 2GBZA 1IO2A 2ZD1A 3SPYA 1RILA 5KGXA 4BE0A 3U3YA 4W5NA 3DLKA 5J1EA 1HJRA 3LPTA 4CEOA 3OYHA 1KVAA 4Z0UA 2OPPA 4FJMA 5C24A 2AJQA 3SNNA 1WSGA 4DF4A 3QETA 4CF0A 4M3RA 1Q9XA 1LWEA 1RNHA 1L3UA 4CHNA 1BQNA 4DTSA 3V9XA 3HPGA 1JKHA 4EP5A 4J2DA 3L2UA 3OYJA 1G15A 1LAVA 3ZT0A 4W5TA 1REVA 1UOCA 3IS9A 3OY9A 4DQQA 1RDAA 1SUQA 3HVTA 2OPSA 4H4OA 3VQ8A 3ZSWA 4CJSA 1RT6A 3OJSA 4FK0A 3KK1A 3WNGA 3NH2A 4KI4A 3L3UA 4AHRA 4CECA 4DTNA 3LZIA 3SQ0A 2DTUA 4KTQA 1NKEA 3HPHA 4F2RA 4FYDA 3BDPA 4AILC 4KRFA 3QLHA 3V9WA 4B3OA 3FFIA 3RRHA 4IBNA 1W0HA 4GW6A 5HRPA 3VQEA 2XHBA 4CJFA 3NH1A 3K5LA 4M3YA 3V4IA 3DLEA 3AVCA 3QEIA 1DTQA 3ZT4A 4BE1A 1ZBLA 3LP3A 2G8FA 1TK5A 3K5OA 2RF2A 4ICLA 4RW8A 3BGRA 2JLEA 2QKKA 3P5JA 3TR8A 4DFPA 3M8RA 1XC9A 2HNZA 3AO5A 3LP0A 1QTMA 4L8RB 3PY8A 1CXQA 3NF7A 3TAMA 4CGGA 1ZYQA 2X6NA 1BQMA 2I5JA 1GOCA 1TVRA 4W5OA 3OS0A 3HXMA 5J2NA 3ZT1A 3K5MA 3MXIA 5J2PA 1I39A 3VN5A 4CESA 1X1PA 3PO5A 4M3XA 3ZT2A 2QKBA 5FRMA 3HP9A 2RKIA 4CGJA 4CJVA 4FVMA 5KGWA 5SWMA 4F3TA 3HT3A 1B9FA 3TAGA 2DFFA 4CJQA 4IG0A 4TSXA 2ATQA 4CEQA 1Q8IA 2IC3A 3CM6A 4DU4A 2JGUA 4C8OA 2HHVA 4K8ZA 3ZSZA 1S1WA 1WSJA 4RG8A 5CY4A 4CHQA 4R5PA 3OYFA 3LZJA 4OLAA 3TI0A 4GMJB 2YNIA 4LY7A 4M3TA 4OKKA 1UA1A 4FJIA 3ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KTQA 1MU2A 1TKDA 3L4IA 4C8LA 4FWQA 1RBSA 2W41A 4CJEA 3NDKA 2A1SA 4BQZA 4CGHA 3RR7A 5CE3A 3IRXA 3HBTA 4NB4A 2V52B 2P9KA 5C10A 5CR4A 3J8AA 1JLBA 4YDUC 4MFBA 1EWRA 3TAFA 1NGCA 3QO9A 1LOTB 2GELA 4O5FA 3OYKA 3UB5A 1FXXA 2FBXA 3ZT3A 1BI4B 2HHSA 3FFKB 3IMXA 3VF2A 1NG9A 1L3SA 4OKJA 1Y97A 3EKUA 3Q7CA 4CEDA 3LDOA 3AVKA 1C0MA 2YHXA 4FLVA 3VGKA 3QB0A 1HQEA 3CM5A 2JWKA 3AVHA 4FWPA 4BR2A 3ENBA 4FM1A 3OYAA 1NWKA 1B92A 2LSNA 2NLXA 5FDLA 4Z4HA 1NK5A 4BRGA 4JKBA 2D0PA 2NRTA 2P9NB 3CFRA 2QWLA 4CIEA 4KAZA 3PX0A 3S3OA 2VGMA 2FSKA 3VQ9A 5BPMA 3VQBA 4IXCA 3JXUA 4CZJA 1IG8A 3ENOA 3KD1E 3S9HA 3CQXA 5E41A 1YJWN 2J4RA 3SQ1A 3S3NA 2OANA 2OPQA 4O55A 1EXQA 1EETA 4BDZA 3DRPA 4ZTFA 3HM9A 1U2VA 3OYCA 2PFUA 3O4QA 4DQPA 4EHUA 3ZSOA 3HJFA 2KFNA 1BHLA 4B9VA 4CGIA 2YNHA 2A1RA 1HPZA 3VQ5A 4JI1K 4OPJA 1TL1A 4KHPK 4BRQA 3AVBA 1ZXOA 3QERA 1KAZA 1EO1A 2D0CA 1MDUB 3LM2A 4NCAA 1ZBUA 1WBBA 4JK8A 4N56A 1OVQA 1RTJA 2BH1A 4E0DA 4FWNA 1HRHA 4BG9A 3JSMA 1Z25A 3V81A 1T6CA 2W40A 3OJUA 1HQUA 4KHQA 4NCBA 3H3NO 3TTFA 4CCHA 1YF5L 1VRUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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