3NFAA

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nfaA00
3DLEA 2ZD1A 3LAMA 1KCFA 1HMVA 4IG3A 3WNGA 2OPSA 3T3FA 1J5OA 3NGZA 2R7YA 1BIZA 3ZSWA 5J2PA 3OJSA 4CHOA 2I5JA 3LPTA 2NUBA 4CJPA 4DTRA 4DQPA 2ATQA 1RBRA 1TL1A 2GUIA 4E1MA 2G8HA 1G15A 4CJKA 4O5BA 4O44A 3S9HA 4YFUA 3TI0A 1Q9YA 2X6NA 1S1WA 4FJMA 1RT7A 3LZIA 2GBZA 4CE9A 4F2SA 3OYDA 3DLHA 1S5JA 5I3UA 1ZBUA 1QS4A 3KLFA 4EZ9A 3HYFA 1TK5A 2G8IA 3NHGA 3VQ7A 3HM9A 4GMJB 4KI4A 3CYMA 3KIOA 1S1XA 1BHLA 2EX3A 3I0SA 3OS0A 3D45A 1JLGA 3MXIA 3AO1A 2F96A 4CEEA 1HPZA 1S9GA 2ITGA 3V1RA 1LV5A 3LANA 4FJNA 4N76A 4IG0A 4CGFA 4XIUA 3PO4A 1VSLA 4Z4EA 3RTVA 2WOMA 1KFSA 4IFVA 1R0AA 4HUEA 3SNNA 5K14A 3K2PA 1HNVA 3VQPA 3HPOA 3SI6A 2A1RA 1U49A 4FVMA 2B6AA 1IKVA 1WLJA 4CF9A 5J2QA 4IDKA 3MAQA 3ZT3A 4H4MA 4PWDA 3DRPA 3VQEA 1JXEA 5SWMA 2HNYA 4C8OA 4N41A 2A1SA 4RW9A 4CJVA 3AA2A 1T03A 1C1CA 1RT5A 3NDKA 3CFPA 3BDPA 1BGXT 4B08A 3SYZA 4KPYA 4KHSA 1CLQA 3MXJA 3VQQA 4CGDA 3PV8A 5C25A 4IFYA 1O1WA 4IBNA 1LW2A 4CJEA 1ZBLA 2YNHA 4FW2A 3PX6A 1BQNA 4KTQA 4CF0A 4Z0UA 4PUOA 4FXDA 4L8RB 3SV4A 2QXFA 3P5JA 3TAMA 4BWJA 2FC0A 4AHVA 4JS5A 3F73A 3SCXA 3SPYA 1ZBHA 2Z1JA 1RCHA 3AVHA 3CG7A 3VQCA 3VQ8A 4CJ4A 5HP1A 3S3NA 4CJFA 1QTMA 4M3YA 2XY6A 1B9DA 2OPPA 1JLFA 3K59A 1U48A 1HRHA 4OPKA 4FLVA 2E6MA 4O0JA 3VQDA 4ID5A 2VG6A 1YTAA 1LW0A 3OYKA 2Z1HA 3SQ1A 4HUGA 4BE1A 3C6TA 4DFJA 4F2RA 3OYEA 3M8SA 4DF8A 4B8CA 4ZTFA 1RTDA 4WE1A 4YNQA 2KZZA 1J9AA 5DK5A 1RT1A 2ZQBA 3AVMA 2AJQA 3DLKA 2W42A 1KLNA 1ASUA 3AVIA 1TK0A 4E3SA 3QO9A 1NK9A 2XY8A 4DTXA 2PYJA 1QE1A 3NFAA 4DFKA 3KD5E 2QK9A 1SKSA 4B9NA 4LD0A 2YKNA 1VSHA 1XC9A 4DG1A 4MQ3A 1BCOA 4KREA 4BACA 2E4LA 3T1AA 3CFRA 2HNZA 3LP0A 4KFBA 3ZCMA 3OYFA 3NF7A 4DQSA 4CK2A 2F8SA 4CGIA 4HVJA 3LDSA 3HP9A 4OJRA 4CHQA 4O0IA 3OS1A 4B9LA 4W5NA 1VSIA 1W9HA 1NK7A 4KHQA 4LH5A 3WNEA 2D0BA 4ELVA 4DQQA 1VSMA 3OS2A 3QEPA 1JLAA 3M8PA 3MEDA 2Z1IA 5E41A 3VQAA 2D0AA 3DOLA 4AHCA 3I8DA 3L2UA 3SQ2A 3KLHA 4CIGA 1RTIA 1ZBFA 4E0DA 1WAJA 3O3HA 2LSNA 4FM2A 2FBTA 2HHTA 2BE2A 2QKBA 2OZSA 1NKCA 2YNGA 4UQGA 5HRSA 4M45A 4O4GA 4E7JA 3NGYA 3DLGA 3SQ0A 3CFOA 1TKZA 5FDLA 3OY9A 4DU4A 3A2FA 3K5NA 1N5YA 4CCHA 1HYSA 4BE2A 4C8MA 3V9UA 3NBPA 1D8YA 3SZ2A 3AO5A 3C94A 3VQ9A 4CHPA 3HVTA 4DLGA 1NK8A 4CEBA 4BDPA 1KLMA 3THVA 4PQUA 3NF9A 4CFCA 3KD1E 3MEEA 1VSKA 4FJJA 3DI6A 4Z4IA 3VQ5A 3NCIA 4Y1CA 4JLHA 3S3MA 3CQ8A 3L3UA 1WSFA 3HT3A 4M3UA 3ULDA 4CESA 3SUOA 4FLZA 4C8NA 2O4IA 1RTJA 1XHZA 3NE6A 1VSEA 1UAXA 2VWKA 4DQIA 1UOCA 3SQ4A 2KTQA 5KGWA 3S3OA 3K58A 1NK0A 1BI4B 1SL2A 3QEXA 2XY5A 1TKDA 1VK0A 4FCYA 4M3ZA 2KFNA 4B9TA 1LWEA 4LSNA 3P83D 4CEOA 3SUQA 3AO3A 4CFDA 3TABA 4CJSA 4FJ8A 4CIEA 3DLBA 3U3GA 1FK9A 3B6PA 1RDAA 4DSFA 3QETA 1FKOA 4AILC 2YV0X 1QQCA 1NJWA 1BIUA 4KTWA 3V81A 1A5WA 1DLOA 2HVHA 1J53A 5HRRA 4W5OA 1Z26A 3KLGA 5D3GA 1S6QA 5CYQA 1RILA 2IC3A 1IKWA 4E7LA 4FLUA 1I39A 4CEAA 3HSTB 4CEDA 5J2MA 1ZYQA 4KB0A 4M3WA 2VG7A 3WNHA 4DMNA 3OYCA 4Z4GA 1VRTA 1W0HA 3KK2A 2KQ2A 3OYGA 3PX0A 3LWMA 4JRPA 1GOCA 3O4NA 4M41A 1D9DA 3K5MA 2PZSA 4PA1A 3CM5A 4CJWA 1ASWA 3ZSOA 1NK6A 4DWIA 4B9SA 1HJRA 4CGHA 3QLHA 3WNFA 2HMIA 4DTMA 3DRRA 3NH1A 1LWCA 4NYFA 4AHTA 2BGGA 1RT2A 4FJLA 3RR7A 1XI1A 1KRPA 1LAWA 3KKSA 4NCBA 2IS3A 2Q3SA 1S1TA 1S1UA 1L3UA 1C0UA 4FJIA 3NGIA 3TAEA 4F4KA 1RTHA 1VSDA 2HNDA 4CHZA 1JLCA 4Z4HA 3OYHA 3K5OA 1SL1A 4FJ5A 4KRFA 3VQBA 3AO4A 1XHXA 3QIPA 4CGGA 4M42A 1L3TA 4OLBA 4NCAA 3CM6A 1KTQA 4CHYA 5HBMA 4FLWA 3QEIA 1WSGA 2KFZA 3QEWA 4FM0A 4RG8A 3OYLA 3UIQA 3KJVA 3LP1A 4TSXA 3AA5X 4HUFA 2DFEA 3V9ZA 5DMRA 4DFPA 2G8UA 1BQMA 4JS4A 2OA8A 4C8KA 4CEFA 1EKEA 4N47A 3VQ6A 3ZT2A 3NAEA 4DU3A 1KVBA 1NKEA 5FROA 2YNFA 4Q5VA 3K5LA 4CK3A 1Q9XA 1RBSA 1TAUA 4FZXC 4Y1DA 1B9FA 1RDBA 2DTUA 4FJHA 2XRIA 5SZTA 4LH4A 5CZ2A 1LAVA 2Y1JA 2HHSA 3FFIA 3LZJA 4E7KA 2G8WA 1ASVA 2X74A 3G10A 3IG1A 5T7BA 1WSHA 4N5SA 3OYIA 1KVCA 3PY8A 4B9MA 4PY5A 3ZSYA 3U6FA 1WSEA 3NH0A 1QSLA 4HTUA 1BL3A 3HL8A 4FZYA 3AVGA 1JL1A 3VN5A 4CF8A 3OVNA 4DTSA 3KTQA 4KHWA 5FRNA 4R5PA 1RBTA 2B5JA 3DMJA 1NK5A 3AVLA 1RT6A 4H8KA 3ZSXA 4K8ZA 2DY4A 5HRNA 3KLEA 4CEQA 1WSJA 1RNHA 3OJUA 4KO0A 3QEVA 3U3YA 2PY5A 2HHVA 3KLIA 3VQ4A 3V4IA 3TR8A 4CJTA 1C0TA 1CZ9A 1D9FA 1UA1A 4H4OA 4RW6A 3VA0A 3AVCA 4B9VA 3ZSQA 1X1PA 2XY7A 4ICLA 5CY4A 4DTNA 3PUFA 3LAKA 3AA3A 2P51A 2GV9A 4RW8A 3AVNA 4CK1A 5I42A 1XWLA 1QHTA 5J1EA 5CZ1A 1SV5A 4CF2A 3K57A 3AV9A 3SUNA 2HB5A 3RWUA 1CXQA 2DFFA 4HCCA 3V1OA 2XHBA 5HRPA 3TAPA 2P5GA 1HQUA 3ZSRA 5EU7A 3OYAA 4EZ6A 4DFMA 1IG9A 1KVAA 2P5OA 2KZMA 5JS1A 5JS2A 4DU1A 4I9LA 1REVA 3BGRA 3O3FA 3HVRA 2HHUA 1WN7A 4KHNA 2D0CA 1U04A 3L8BA 3HPGA 4DF4A 1HYZA 5FRMA 1A5XA 4CHNA 4OLAA 4CJUA 3AO2A 4J2EA 1S1VA 4FK0A 4FM1A 1NJXA 1BCMA 1A5VA 4J2AA 2D5RA 1RDDA 3ITHA 3VA3A 5HLFA 3TAFA 4AHSA 3AVJA 1QSSA 3HJFA 3L3VA 1CZBA 3HO1A 2DFHA 1TGOA 4RW4A 3AA4A 3QNOA 3TAQA 1RDCA 4QAGA 1TL3A 4B3OA 3DOKA 4MFBA 4CJRA 1IO2A 4W5RA 3LWLA 1X9WA 4N56A 4CJ3A 1NJYA 4QOZB 1EX4A 4CJQA 3SJJA 3EY1A 3OYNA 3HK2A 2WONA 4DQRA 2X78A 4OGCA 3SPZA 1BI4A 1SKWA 2P1JA 1FXXA 3AVAA 4BWMA 4BDZA 1B92A 1VSJA 4FK4A 4DTOA 1NOYA 2HHQA 4E19A 4FLYA 1UWBA 1EXQA 4LSLA 4HHTA 1L5UA 2XO7A 4OGEA 3HPHA 1J54A 4E89A 4ELTA 3AVBA 4QCLA 4JRQA 1NJZA 5KRTA 3ZSVA 4CIFA 4W5TA 3QERA 2G8KA 2OYQA 3OYBA 3IRXA 1GOAA 1RT4A 3L2RA 1T7PA 4DSEA 3QINA 4J2DA 1KSPA 2HVIA 2RF2A 4FW1A 1DTTA 3LALA 1F21A 3TAGA 3DYAA 3V6DA 3H08A 3NF8A 3V9XA 4ZTJA 2YHBA 4LY7A 4IKFA 1Y97A 4KKOA 3ASMA 3HP6A 3G0ZA 4FJ7A 4I7FA 1MU2A 5KTQA 2HW3A 2BANA 2JLEA 1D5AA 4Q0BA 3ZT4A 3NH2A 5C24A 4I9QA 2IDOA 3V1QA 3QESA 4DLEA 3EZ5A 3TWHA 1UA0A 1TK8A 1RT3A 3I0RA 3QIOA 1TKTA 4Z4FA 3EYZA 2HHXA 1JKHA 4GVMA 4O55A 4OKKA 3KK3A 2HHWA 3ZSZA 3O3GA 1U4BA 4CJ5A 4CFAA 4DS5A 1X9MA 1HYVA 1VSFA 2KW4A 4M3RA 1NOZA 1DTQA 1NKBA 4I2QA 4G1QA 4CEZA 3KKRA 4RW7A 5KRSA 3RMBA 4E1NA 1QSYA 3RR8A 3RMDA 3OYMA 4DSJA 4K8XA 2B4JA 4KB1A 1GOBA 4Z4CA 1C1AA 1IH7A 2FBYA 1ZBIA 3L2QA 2YNIA 1WAFA 1ITGA 3DLRA 5HROA 4B9UA 4M3XA 5C42A 4M3TA 4OKJA 2PYLA 2O4GA 4ELUA 3TARA 4OVLA 4DSLA 1JL2A 4F3OA 1VRUA 3ISNC 1YT3A 4F3TA 4DSIA 3M8QA 4DTPA 1T8EA 4FLXA 3LP2A 4EP5A 4FLTA 4NYNA 3MXMA 1T05A 2FBXA 2FBVA 3RMAA 2IAJA 2OPQA 3P1GA 4I2PA 4FYDA 1L3SA 3NF6A 1I3AA 2F8TA 5J2NA 4CFBA 2IOCA 1IKYA 3D0PA 2G8VA 2VG5A 2RPIA 1C0MA 4AHRA 3TANA 1WNSA 3SUPA 1JLQA 1SUQA 3SV3A 1N6QA 4OKEA 3MECA 4GW6A 4KHYA 3OYJA 4BE0A 4KTZA 1RBUA 3IS9A 5CYMA 4J2BA 4FJ9A 4CJLA 1FKPA 3ALYA 4CGJA 3RRGA 1Z25A 4KV8A 4ZHRA 4F8RA 1IKXA 1EETA 4ID1A 3DRSA 1K6YA 2Y1IA 4FJGA 2E6LA 1SL0A 3ZT0A 3AVFA 2OZMA 2RN2A 1YVUA 2YKMA 4DS4A 1U45A 3C95A 1X9SA 1L3VA 3E01A 3C6UA 1LWFA 2VWJA 4E7HA 4BDYA 1S6PA 1RBVA 2Z1GA 1TVRA 1TAQA 1C6VA 1EP4A 2ETJA 3RRHA 3L2WA 3V9WA 1HQEA 2QKKA 3KK1A 4FZZA 1NK4A 4CECA 3LPUA 1C1BA 3PX4A 3QNNA 1Q8IA 3F9KA 2ZE2A 4FJKA 1JXBA 3HXMA 4DTJA 3T19A 1JLBA 1SKRA 4FK2A 2RKIA 2YHAA 5KGXA 1U47A 1TV6A 1HNIA 4AH9A 1KFDA 3M8RA 1TKXA 4DTUA 4KI6A 4KAZA 2BDPA 1YTUA 5KI6A 1S9EA 3LP3A 4NCGA 3JSMA 4DSKA 4KHUA 1CXUA 1JLEA 4AHUA 4B8AB 4FJXA 2IGIA 4C8LA 1WSIA 3B6OA 1BISA 3ZT1A 3L2VA 3DM2A 4E7IA 2OPRA 2JGUA 2G8FA 3IAYA 2EHGA 3AVKA 3O4QA 4W5QA 4HCBA 4OPJA 4EP4A 3JYTA 3V9SA 3RMCA 4CF1A 3PO5A 3MEGA 4CERA 2X6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZJB 2UUBK 3LDNA 4IG3A 2ASMA 5J2PA 3OJSA 4CJPA 4DTRA 5LL6Z 2ATQA 4GKJK 1RBRA 2GUIA 2P9KB 4CJKA 4O44A 1RT7A 2GBZA 4CE9A 3EN9A 2I7PA 3DLHA 4EZ9A 3HYFA 4RCHA 1MDUB 2EX3A 2F96A 4CEEA 2ITGA 1S9GA 5M1KA 4M7YA 4N76A 4CD1A 3J7AP 4XIUA 4Z4EA 3RTVA 4JNEA 3EKUA 1KFSA 2D4WA 5DM6L 4HUEA 3FFKB 1NGEA 3SI6A 2B6AA 1XC3A 4PWDA 3VQEA 1JXEA 3FZMA 2HNYA 4C8OA 4N41A 4RW9A 4CJVA 1LCUA 3BDPA 3SYZA 5AFUH 4CGDA 3PV8A 4IFYA 1ZBLA 5I9EB 4FW2A 3FZKA 1BQNA 4Z0UA 3D6RA 2E2NA 3VOVA 3VGLA 4JS5A 1ZBHA 4LFBK 3AVHA 1QTMA 3VQCA 1SQKA 1B9DA 1U48A 1WUAA 3CIPA 3A5MC 4BREA 1YTAA 3EE8A 3IFRA 3SQ1A 3C6TA 1M90O 3OYEA 2Q36A 4B8CA 4WE1A 2YX6A 4QS7A 1RT1A 2ZQBA 5DK5A 2XY8A 1QE1A 1JCEA 4FVUA 4DG1A 4U7BA 3PIOL 3T1AA 3CFRA 4KFBA 3ZCMA 3NF7A 3ID8A 1GLEG 4HVJA 3MX2A 4IEEA 1HR0K 1VQ8N 3H1QA 1OKJA 3O6WA 2D0BA 4FWLA 2VCPA 4DQQA 4ELVA 1VSMA 2QA4N 3VQAA 3I8DA 1RTIA 1M1KO 3OW2M 4UQGA 4CD3A 3P31A 4E7JA 4O4GA 3NGYA 3SQ0A 5FDLA 1TKZA 1JJ2M 3NBPA 3SZ2A 4BDPA 4PQUA 1XQSC 2HF3A 4YOVA 3CETA 5AJ3K 3SUOA 3G71N 4C8NA 2P9SB 2P9PA 4DKWA 4EAHD 1UAXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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