3NFFB

Crystal structure of extended dimerization module of rna polymerase i subcomplex a49/a34.5
Total Genus 9
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
9
sequence length
115
structure length
110
Chain Sequence
YQPPSDYKQCKHLKSFPVSELKGDNKELWLMKVPANIDISQLKSLPLDTDATVSTVELGSKNFNVLQNTSTQEGSDNTNLSLLIPSKKETLKVATSKSVYFDRVFTISET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Candida glabrata
publication title RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNA polymerase I subunit A49
total genus 9
structure length 110
sequence length 115
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nffB00
3NFGB 3NFFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OXXA 2C30A 2LGCA 1OITA 3PJ8A 4FTMA 3P79A 2QOFA 4AGDA 3GOPA 2JKMA 4PMSA 2IG7A 3TTJA 1STCE 3NW5A 3F88A 1YWRA 3R9OA 4FUXA 3D5XA 1H1PA 3CLYA 5CF5A 1W98A 2V55A 4NK9A 4PP7A 2OJFE 4EK6A 3CQWA 3BHVA 4XG9A 4FGBA 5HVYA 4FSNA 3TDVA 4X3FB 4TYIA 4NIFB 3PUPA 4YU2A 4UWYA 1FBNA 3CQUA 3NNVA 2VTQA 3CTHA 4DDGA 1JKKA 3NSZA 4NCTC 2H6DA 3AMBA 3VW6A 4R1VA 3FE3A 2BDJA 4F1MA 2NO3A 3RVGA 2W4OA 2O8YA 2QG5A 2QHNA 2UZVA 4BDEA 3ANRA 3R1YA 3P5JC 4NFNA 4AW5A 1P4FA 1T46A 4O38A 2FB8A 3H9FA 2X81A 3UO5A 2YIQA 2RKUA 4IAKA 2YCQA 3KK9A 3PY1A 3U8WA 3CEKA 4I20A 4O0YA 2ITYA 3VS1A 3VRYA 2IW6A 3R7OA 5DWRA 3ZO4A 5EHLA 5DIAA 3EQCA 3NRMA 3QD2B 3ZO1A 4DCEA 4AT5A 5M51A 4IZAA 1CMKE 3G90X 4AXEA 4FIIA 3D5VA 4NWMA 1SM2A 3CQEA 3PA5A 3R7UA 3NX8A 3VHKA 4XG6A 3MFRA 3RAIA 3NWWA 3PWDA 4KRCA 4EC8A 5L6OA 1M2RA 3F2RA 4F08A 2XA4A 5FXQA 2DQ7X 3CKXA 2CNUA 4E93A 3A4PA 3IDCA 4X2KA 2CMWA 2JDRA 5AWMA 3WI6A 3LCKA 2J2IB 2JDOA 2ACXA 2JEDA 5BPYA 2Z2WA 3DDQA 2OXYA 2XM9A 2JIVA 5EW8A 1YKRA 1VR2A 3RK9A 3W55A 4C3RA 3QAME 4OGRA 4L42A 4ALVA 4F7JA 1EH4A 3ORNA 4G5PA 3ZEPA 1E1XA 4PL4A 4V04A 5DFPA 4GH2A 5AIRA 4G6OA 4MKCA 5L8KA 5C8NA 1XH8A 4XG7A 2OFUA 4N70A 4ZOGA 5K5NA 3QTUA 3O71A 3QZFA 2QC6A 5IH5A 3UZTA 5LVLA 3E88A 3LFDA 2OJ9A 3LOKA 4TN6A 2W1EA 4GFMA 4A4OA 1R0PA 2OZAB 3MA6A 4WSYA 4L7FA 5DEWA 3V8SA 2REIA 2IJMA 2YCFA 4J7BA 5M08A 2QURA 4CTCA 2PMLX 4LL5A 3SOCA 2XUUA 4J8NA 4UALA 3TM0A 4IZ7A 4WT6A 4MXCA 3K5UA 3W2OA 1NT2A 3EIDA 1YW2A 3EN4A 3FMKA 5DOSA 3PY0A 2YIWA 4FV7A 3C4WA 2B9IA 3RPYA 2FGIA 3QXOA 3Q04A 4HZRA 4QQ5A 3QQFA 4XLIA 3HECA 3KULB 3EQDA 2QOBA 2R5TA 4UYAA 3MVJA 2E9OA 3OXIA 1S9JA 3BV3A 2G2IA 3LCOA 4JOAA 3D4QA 4Y85A 3UG2A 4ZTMA 1H08A 5IQDA 3F3ZA 4FKJA 2GTMA 5EI8A 2RFEA 4I6QA 2OI4X 1GNGA 5FTQA 1H27A 3B8RA 5LCJA 3WILA 1H07A 3JR1A 3SGCA 2J0KA 2Z7LA 1DM2A 4XV2A 4KKGA 5AA9A 4CZUA 3SKCA 2CLQA 5C8MA 3EQGA 4YJSA 4RZVA 2QOIA 1E9HA 4AU8A 4RC2A 4A9SA 5EFQA 2B9FA 3FYKX 4FTLA 4MXAA 1Q41A 3NUXA 3O96A 4BDGA 3R7EA 5CAVA 4L9IA 5AIKA 2R3QA 1XJDA 4GFOA 2W1CA 1JSVA 2J0LA 3POOA 3KEXA 3P78A 4HVSA 3KL8A 3SD0A 3EYGA 4ZZMA 3ZSGA 3O8UA 3OUKA 3VC4A 5TR6A 3IKAA 5FBOA 4RPVA 4D0XA 4F99A 3Q9XA 2OGVA 2VTTA 3GC8A 4BDAA 4DEHA 4FV4A 3NFFB 1PXKA 1GOLA 3B8QA 4AE9A 3O5AA 4N6ZA 2ZM1A 1ZOGA 3NUYA 4CRSA 4IEBA 4BCHA 1OKZA 1RW8A 4IFCA 3NIZA 3KRJA 2BAKA 2DYLA 4FSMA 1NVQA 3HZTA 3PA3A 4QNYA 5FM3A 2WB8A 1QCFA 3R30A 4RWKA 4U41A 4QPAA 3P7BA 4FSUA 5TF9A 4EZ5A 1M2QA 3R9DA 4D4VA 4BCJA 2F2UA 2XRWA 4EH2A 3CP9A 3TMOA 4O91A 2WXVA 5ETCA 2XK8A 5FEDA 3RAKA 3PLAE 3OWJA 2RIOA 4RIXB 3TNHA 5L6WL 4YSMA 5KMIA 4G3DA 1OUYA 1U54A 2CKPA 3UQCA 5FRIA 1H4LA 1J7UA 1UV5A 1OPJA 1OBGA 5EDRA 5E8YA 3VNTA 2C5XA 3FUPA 3ERKA 3OD6X 3PP0A 3WF7A 4L6QA 3C5IA 5ITAA 2FSTX 2WMBA 4GFGA 2ZFYA 1YDSE 1O6LA 3KRXA 1KE5A 1AGWA 2E9UA 2GHLA 3H4JA 3SDJA 4ZTSA 3ORLA 4YJUA 1Y91A 2XK3A 4QEBA 4FTNA 4FT7A 3TG1A 5KBQA 5C4KA 3CE3A 3NVMB 3Q9YA 2VTMA 3DU8A 3MPAA 3T9IA 4FSWA 4QMWA 1L8TA 5IUHA 2XAMA 4CMUA 2R3OA 2E9VA 2YIYA 2NNWB 2O64A 3NEWA 3GQLA 2WTKC 3KRWA 3TV7A 2O5KA 4DH3A 4IX6A 5M4FA 3P1AA 3UBDA 2YM8A 3L9MA 2PVKA 4FNZA 4FZDB 4IX5A 3V01A 2GMXA 3QC4A 5IMEA 3CC6A 2PZRA 4MBLA 4A07A 5HE1A 3W2RA 2HWOA 3R2YA 5JRQA 1J3HA 4ANQA 1PYEA 3DLSA 4AAYA 3FHIA 4GT3A 3BKBA 3GU6A 3MY1A 3ACJA 1ST0A 1Z57A 3E8NA 3FLWA 3ENHA 5D41A 1DI9A 4FGRA 3DTWA 3FMJA 3BLRA 3NVKI 2CKQA 4DHJA 4BDFA 5J7HA 4QTAA 5CQUA 3WYXA 1PKGA 2QOKA 5CSXA 2YN8A 3IOKA 1G8AA 5A3XA 4OLIA 1OL1A 4HGLA 5BVOA 3MH0A 3PVGA 2ETRA 1OL6A 4NM5A 4BI2A 2W1FA 3ORXA 5C01A 3HV7A 4L45A 2GSFA 3TWJA 4AN2A 4HYSA 4O2PA 5DT3A 2ITPA 1U5QA 4D2SA 4ENYA 3KU2A 2X9EA 3R0TA 3O8PA 3QGYA 2VGOA 3GNIB 4C7TA 4ZS0A 3DV3A 5HX6A 3ZU7A 4EWHA 4LUDA 5ACKA 4FK6A 1UWJA 3CD3A 4CT1A 5JFWA 2X6EA 3B2WA 4PMTA 3EMGA 3O0GA 4FODA 2R3NA 4TL0A 4H05A 4YJQA 1KSWA 5JGBA 4FV0A 4C36A 4U3YA 2GS2A 5AV1A 2VWVA 3TUCA 1YRPA 4O81A 5CU2A 2C5OA 4U40A 3QTQA 4BCKA 2W5BA 3KN5A 2E9NA 4GG7A 4I94A 5AEPA 2W4KA 3ET7A 5ETIA 3AXWA 3CBLA 4RA4A 1IG1A 4R77A 1VJYA 5CAPA 3BBTB 3MB7A 5JGDA 4LV5A 4XG3A 4EOMA 4EUTA 5HLPA 2C1BA 3QCXA 4ZTQA 4ITHA 2CGXA 3EWHA 5E8ZA 3Q3BA 5DVRA 5HG9A 4DGMA 2PPQA 1J1CA 4U42A 1LP4A 3R8VA 2XB7A 3QCYA 3ZCLA 4O7WA 4G2FA 3EB0A 5CAOA 2O0UA 5AAGA 2RFDA 5IQEA 3LXPA 1REJA 4U8ZA 2V0DA 2W05A 1HOWA 3IG7A 2VZ6A 5F4NA 5AUXA 3H30A 4BCQA 3V5LA 3FEGA 2YWPA 3BEAA 3FWQA 1PJKA 5KMKA 3TUBA 3W18A 4U81A 4EWQA 3BU3A 4MD8E 3RJCA 4U80A 3ANQA 1ZRZA 5KHXA 4FEXA 5I5ZA 2B4SB 3FZTA 4BCOA 3VS6A 4DE4A 2JAVA 3K3IA 3QUDA 5DR9A 1OM1A 3TKHA 2Z60A 3EHAA 5HNIX 4IM2A 2Y6OA 4KSQA 3DAJA 4ITIA 4MYGA 5CEKA 3R9HA 2C0OA 2UVYA 3I7CA 4GKIA 4IJ9A 3UZPA 2ZMDA 4FVPA 2XAOA 4YHTA 4JDJA 4Z16A 4DFZE 3R22A 1BYGA 3FLQA 3OXTA 4LOOA 5D12A 3CS9A 5EI6A 2Y7JA 3V5TA 4ACMA 4KIOA 3F3VA 3DZQA 3M2WA 3EL8A 4C38A 5BVFA 4ZAUA 2KTYA 4FYOA 3P7AA 4RJ6A 4HPUE 4EC9A 2I6LA 4KNBA 3KA0A 4JIAA 3RKBA 1YDRE 3D7TA 4PWNA 3BU6A 1ZOHA 2R3MA 3WARA 3AD6A 4YHFA 3F82A 4BTJA 5IEVA 2WMRA 2PWLA 2PE1A 4UXQA 2VO7A 3BBWA 3DFCB 4OR5A 5EQYA 3T3VA 2OW3A 1OVEA 3GCUA 1YHSA 3OWKA 4KAOA 4F9AA 5IA2A 3LM5A 5EG3A 4H39A 4I23A 4G31A 5GINE 4Z7HA 3LFQA 4RVKA 5F94A 3QHWA 3O51A 3P4KA 1ZYSA 4L67A 3MBLA 3FZSA 3EOCA 4LGGA 4QYEA 4I6HA 4ZTLA 4AZTA 2IVUA 3MW1A 5M56A 4MXXA 4W4YA 4YZDA 3SXRA 3ZFMA 4AXDA 4GKHA 2IZRA 4CFNA 2PZPA 3QRJA 5FDXA 2YAKA 4FV2A 3E93A 2XEZA 4LV8A 3F6XA 1JVPP 3AT3A 1JKSA 3CR0A 3PY3A 4MQ1A 4XG2A 2IZSA 5GNKA 1UNLA 1ERKA 4PY1A 3LFAA 3CGOA 4YSJA 4IJPA 4PDSA 3LQ8A 3VULA 4WG3A 4FTQA 3SG8A 4AN9A 3R63A 4NW6A 4Z55A 3LAUA 1VEBA 4QYFA 5FLFA 3S1HA 2CJMA 4UV0A 1DAYA 4EOPA 3ORKA 5AA8A 3A2CA 1FQ1B 3ZZEA 5BYYA 4YPSA 3GGFA 4YLKA 4D5HA 4HVGA 4HGSA 3GC0A 4XYFA 2A1AB 3KRLA 4OW8A 3UNJA 3G0EA 5HIDA 3UOJA 4OT6A 2QO7A 4E5WA 1XH4A 2QR7A 1J91A 1PY5A 2VUWA 2VWUA 4LYNA 5C26A 3VBVA 4L3JA 4RIWA 2GPHA 5JT2A 3RP9A 4RZWA 3FY2A 4O96A 4AOIA 4EK5A 2HWPA 1BLXA 4FG9A 4JNWA 1ZYCA 3FI4A 3NNUA 4EQUA 2QLUA 3HKOA 1SYKA 2UW4A 3QBNA 4D2RA 5FTGA 3KF7A 4CVAA 4K1BA 5CYIA 4AOJA 1W0XC 4C37A 3D83A 5C4LA 1GJOA 3TYKA 1ZLTA 3BELA 2VV9A 3PTGA 3OHTA 3Q6WA 3S00A 3VW8A 3WYYA 1UU3A 3BWJA 4OTIA 5LMBA 5B2MA 1W84A 2EXCX 4U43A 2GNGA 2ZV8A 5AFVA 4AAAA 2J5EA 1IEPA 3EQBA 4RIOA 4FTAA 4BIBA 4D28A 2QLQA 4YBKA 3W2SA 3PG1A 2C6TA 4NM3A 4O6LA 2JLDA 3ODZX 5AUWA 2WMVA 3E7OA 1YI6A 4M0YA 3SW7A 1FINA 2W1GA 4NM7A 3NAXA 5CF4A 3ULZA 3FQHA 1XQZA 5EM8A 3FMNA 4BJJA 4EK3A 5EM6A 4FG8A 3DK6A 5CXHA 4USFA 4D9TA 4EYMA 3IW5A 3DJ6A 5IEXA 1OPKA 2YCSA 2Y4IC 3TKUA 2HY81 5B2LA 5HLWA 2XZSA 4MNFA 5FBNC 3TNWA 2OSCA 2C5NA 3R8ZA 5EHOA 4BCNA 2FA2A 4EONA 4G3CA 4I22A 1WZYA 4YNEA 3RM7A 4AGCA 4FK3A 5EH0A 3UNKA 3IGGA 2YM4A 1W7HA 1JOWB 4BTFA 5F1ZA 3QTZA 5I0BA 1Q8TA 4XV3A 3OMVA 3REPA 2F7EE 3F5PA 4BF2A 4M97A 4X2FA 3E8CA 2GHMA 3C0IA 2YIXA 4MX9A 5CT0A 4CG9A 5D10A 4FOBA 3BPRA 4H3PA 5AUVA 3RALA 2VX1A 3PXZA 4E4XA 4FSYA 5HD4A 2F49A 3Q4UA 3VWAA 4USDA 3QCSA 4KBAA 1Y8YA 5DR6A 3HEGA 4IAFA 5DG5A 2XK4A 1YXTA 1MUOA 1XMLA 4DG2E 1CKPA 3R1SA 4WO5A 4FKOA 5AUZA 3F61A 1Y57A 4GU6A 2BFYA 4FKGA 3DLZA 4FTKA 5AM7A 1UKHA 3GUBA 4BR3A 1DS5A 2Y9QA 3OEZA 2XANA 1ZXEA 5HVJA 2CCIA 2P55A 3H9OA 4EOIA 2WTIA 4CFUA 3VS2A 4FEUA 4TWPA 4M68A 5FQDC 2WMTA 5LMKC 4FYNA 4L44A 4GW8A 3SHEA 4EOOA 4QYYA 3FV8A 1TQPA 1UNHA 2VTSA 3EJ1A 2IVTA 3VUIA 2BHEA 2YZLA 3ZONA 3HMNA 5DGZA 4QMYA 2XYNA 3P9JA 2RG5A 3N9XA 3NUSA 3RCJA 4E73A 3HRCA 5A4TA 5KMJA 3LIJA 4XRLA 3DBFA 2BDFA 2OXDA 4XG4A 3P86A 1JAMA 3TV6A 5IQGA 3N4VA 4RJ3A 1BI7A 2QQ7A 5HTCA 3QWJA 4OTGA 5HCYA 3PDTA 2QCSA 2XCHA 1XHAA 4ZTHA 2V7AA 4ITJA 3G2FA 1R78A 4YJNA 3H0ZA 1KE9A 1OL5A 2ETMA 4ASDA 2BRNA 3RWPA 4EH4A 1VLRA 4NJDA 4DN5A 3LXLA 4TNBA 4NYEA 4G3GA 5DYJA 4W8EA 4LM5A 3W8LA 5JH6A 3IDPA 3IO7A 2R0UA 2CSNA 1O6KA 5E4HA 5LCKA 4J95A 2ZMCA 5BMSA 3ZLXA 2ZM4A 3C4CA 3LFCA 4IAIA 4MD7E 3MFTA 2HXQA 3G51A 1DI8A 4IIRA 5CWZA 4C4IA 4D1ZA 3FAAA 5CEPA 2ZVAA 5JQ8A 5JFXA 1Q99A 4AA4A 3P0MA 2OH0E 3DBCA 2C5YA 4FOCA 4PL3A 4D55A 5IH4A 3K5VA 4U6RA 2B53A 3I4BA 3O2MA 1YXXA 4AOTA 4AX8A 3DKGA 4AT4A 3NFGB 4GVJA 4C59A 2GS6A 5IPJA 3PLSA 2HW6A 4O21A 4DG0E 5D1JA 4R3CA 3PPZA 2CNVA 2A27A 3H0YA 5B2KA 2GDOA 2ZB0A 2C69A 4DEIA 4YNOA 2A19B 4XHKB 4L01A 4EOSA 5J9LA 2C0IA 3QUEA 2Y4IB 4I5HA 2F4JA 5EOLA 3ORZA 3QA8A 4TPTA 4XH6A 4P4CA 5IG1A 4GSBA 5IA0A 1B39A 4MBJA 4JBQA 1J7IA 4XG8A 4ZTNA 5DA3A 2GHGA 4XNEA 4TYJA 4YHJA 3UYTA 4AGUA 5CEMA 4FT5A 5C27A 1BX6A 2I7QA 2PVYA 3Q5IA 3WE8A 5L8JA 4AS0A 4JRVA 4PDYA 2R64A 5HU3A 4Y73A 3HV5A 1QPJA 3U4WA 1IAJA 3ZM4A 2UW9A 3ZO2A 2BPMA 4NKAA 4BDBA 5ICPA 2J51A 3VS7A 4EH6A 4N57A 4EQCA 1WBWA 2VU3A 3C0HA 4XJ0A 1VYWA 2J0MB 4KKHA 3ZC6A 4HJOA 2VWWA 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 3NFG B;  3NFF B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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