The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
KELVLVLYDYQEKSPRELTVKKGDILTLLNSTNKDWWKIEVNGRQGFVPAAYLKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of an alpha-spectrin SH3-domain mutant with a redesigned hydrophobic core.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
11
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GTJ A; 3NGP A; 1YWP A; 1K76 A; 1WI7 A; 3PE0 A; 4J9F A; 2DBM A; 2L3S A; 2GTO A; 1VA7 A; 2F2X A; 1GL5 A; 1UEC A; 2L2P A; 2HBW A; 5IHN A; 1Y0M A; 1OEB A; 2YT6 A; 3EHQ A; 2RF0 A; 2KR3 A; 2X3X D; 3LH5 A; 1I1J A; 2DYB A; 2KRO A; 3M0R A; 2K7A A; 3VS3 A; 2K6D A; 4R0K A; 2LJ3 A; 1QKW A; 3QWX X; 5EC7 A; 3H0I A; 3THK A; 2DRK A; 4HVV A; 2MCN A; 1E6H A; 2ABL A; 3VRY A; 4AFU C; 1ARK A; 2EYX A; 2K2M A; 2MOX A; 2EYY A; 2EGC A; 3SHW A; 4JJB A; 3UA7 A; 1EFN A; 1S1N A; 2EW3 A; 2P4R A; 1W6X A; 4RTV A; 2LX7 A; 4FSS A; 1HD3 A; 1SHF A; 2FO0 A; 1K0X A; 5IH2 A; 1ZUY A; 2RQR A; 1Z9Q A; 2JMC A; 2JS0 A; 4LUD A; 1QKX A; 1W70 A; 1ABQ A; 3PVQ A; 1N5Z A; 1GFC A; 2EBP A; 3PVL A; 1M3B A; 4K11 A; 4E6R A; 5FW9 A; 2K79 A; 1CKA A; 2KGT A; 1TUD A; 3VS6 A; 2BTT A; 2J6O A; 1KSW A; 2A37 A; 1HJD A; 3H41 A; 2YSQ A; 3TSZ A; 2JT4 A; 2RQV A; 1BK2 A; 2ROT A; 1V1C A; 1T3L A; 1ZSG A; 2J05 A; 2AZV A; 1GBR A; 1JXM A; 2O2O A; 1K9A A; 2ECZ A; 3H0F A; 3FJ5 A; 2GNC A; 2JW4 A; 1MV3 A; 1SEM A; 4RTW A; 2KXC A; 1J3T A; 3EG1 A; 2EVR A; 1RUW A; 1UTI A; 3U23 A; 1QWF A; 1GCP A; 3ULR B; 2KT8 A; 3VRZ A; 4J9G A; 1LCK A; 1CKB A; 1WA7 A; 4A63 B; 4F14 A; 1WFW A; 2PTK A; 2JM9 A; 3IQL A; 4RTY A; 5ECA A; 1X2Q A; 2DL4 A; 3I35 A; 1NEG A; 1PKS A; 1AZG B; 1AWJ A; 3H0H A; 1RI9 A; 3NPF A; 2DLP A; 2W10 A; 1NYG A; 1SSH A; 3VS1 A; 3I9Q A; 1AWW A; 1AWO A; 2DL3 A; 2FRW A; 2F2W A; 1OOT A; 4LE9 A; 1ABO A; 4OMQ A; 2EGA A; 1H3H A; 2FG0 A; 2EGE A; 3EHR A; 5HCK A; 2DX1 A; 1W1F A; 2BZ8 A; 2DM1 A; 2LJ0 A; 2AK5 A; 2EKH A; 4RTU A; 1H92 A; 2YDL A; 1ZUU A; 2CUD A; 1NYF A; 2DIL A; 1BBZ A; 2YUP A; 4AG1 C; 2LMJ A; 1OPK A; 2FPD A; 3UAT A; 4M4Z A; 2W0Z A; 3EG3 A; 1JU5 C; 2VVK A; 4CC4 B; 5GJV B; 1G2B A; 4LNP A; 1X27 A; 1Y57 A; 2J6K A; 2CT3 A; 2J6F A; 3M0T A; 4JZ4 A; 1UDL A; 2KRN A; 2DNU A; 1UUE A; 3M0Q A; 2OAW A; 1OV3 A; 2QDL A; 4DEY A; 3VS2 A; 2PNI A; 2SRC A; 1UJ0 A; 1UG1 A; 2GBQ A; 2AKK A; 1X2K A; 3RBB B; 1SHG A; 1AD5 A; 2ED0 A; 4EIK A; 2LNH B; 1K1Z A; 5IHI A; 3VS5 A; 2LCS A; 2O88 A; 3A98 A; 1PWT A; 4HXJ A; 1PRL C; 1M27 C; 1ZUK A; 2C0T A; 2D0N A; 2KYB A; 2LQW A; 4ESR A; 1GBQ A; 2ENM A; 2GQI A; 2KXD A; 2M0Y A; 4CC7 A; 1T0H A; 1VYT A; 4HVU A; 3I5R A; 1GRI A; 4ORZ A; 4HCK A; 2L3Q A; 1YWO A; 2DL7 A; 1UHC A; 2CSI A; 2HCK A; 1YCS B; 4Z89 A; 2C0I A; 4Y92 A; 5FWB A; 3TVT A; 4CC3 A; 2HDA A; 3KFV A; 1K0S A; 1T0J A; 2AZS A; 2IIM A; 2RQW A; 2RQU A; 1E7O A; 1AVZ C; 1KIK A; 2RQT A; 2V1R A; 2RNA A; 1WDX A; 2AKL A; 2LP5 A; 2DJQ A; 2KEA A; 2OI3 A; 5IHK A; 1U5S A; 2DF6 A; 2LQN A; 1B3Q A; 1ZX6 A; 2M51 A; 5I11 A; 4Z88 A; 1WIE A; 1KJW A; 1A0N B; 2KE9 A; 1YN8 A; 2KRS A; 1QCF A; 1WXT A; 4AG2 C; 1M8M A; 5GJW B; 2KRM A; 2EPD A; 2L0A A; 2ED1 A; 2ROL A; 4RTZ A; 1XOV A; 1H8K A; 1KFZ A; 4JJD A; 2D8H A; 2MIO A; 1NG2 A; 1ZBJ A; 2FRY A; 3EG2 A; 1E6G A; 1UGV A; 1WXB A; 2EQI A; 3NHN A; 3VS4 A; 1GCQ A; 2J7I A; 3GBQ A; 4JJC A; 2DL5 A; 2LZ6 B; 1G83 A; 2SEM A; 2LJ1 A; 2VWF A; 2RPN A; 5L23 A; 2G6F X; 4OML A; 4DEX A; 1AEY A; 4F16 A; 4AFS C; 1NLP C; 1K4U S; 3SEM A; 4J9C A; 2JMA A; 1X6G A; 3M0S A; 3RNJ A; 1SRM A; 2X3W D; 2FEI A; 2K3B A; 3VS7 A; 4OMP A; 2D1X A; 3TSW A; 1OPL A; 1SRL A; 1YP5 A; 2CSQ A; 4J9B A; 4OMM A; 4QT7 A; 4OMO A; 2EYW A; 1HSQ A; 1B07 A; 2DA9 A; 3O5Z A; 2D8J A; 4KRT A; 1WXU A; 4LN2 A; 3CQT A; 2PZ1 A; 1I07 A; 2O9S A; 4WCI A; 1BU1 A; 2O9V A; 2FPE A; 1AWX A; 2DVJ A; 2BZX A; 4RUG A; 4HVW A; 2CDT A; 2O31 A; 3EGU A; 2DL8 A; 2E5K A; 1QWE A; 2NUZ A; 3UA6 A; 5FWC A; 1Z9Z A; 1MUZ A; 1TUC A; 2ESW A; 3R6N A; 1BB9 A; 1WYX A; 2VKN A; 1GCQ C; 2A08 A; 3QWY A; 2HEQ A; 2DE0 X; 2GGR A; 4CC2 A; 4F17 A; 1NEB A; 2CH4 A; 1VYU A; 4LUE A; 1VYV A; 2A36 A; 2I0N A; 4J9I A; 4Z8A A; 1T3S A; 2OJ2 A; 2KNB B; 1U06 A; 2CRE A; 1CSK A; 1X69 A; 1FYN A; 2B86 A; 4JZ3 A; 1WX6 A; 1X6B A; 2K9G A; 1M3A A; 2H8H A; 1UE9 A; 2C0O A; 2DRM A; 1X43 A; 2NWM A; 1MV0 B; 2KT1 A; 4X1V A; 3ZL7 C; 1PHT A; 2KYM A; 2J06 A; 4D8K A; 3JV3 A; 4ZNX A; 1IO6 A; 1AZE A; 4D8D A; 1NLO C; 1UFF A; 1UJY A; 1ZLM A; 3REB B; 1JQQ A; 1PKT A; 2HSP A; 1I0C A; 3C0C A; 5I22 A; 1JEG A; 4GBQ A; 4J9E A; 1SPK A; 1YNZ A; 3UF4 A; 1FMK A; 2YUO A; 2CH4 W; 4J9H A; 4JPB W; 4RTT A; 2JXB A; 5IXB A; 1QLY A; 3EG0 A; 1RLQ C; 2JS2 A; 5IXF A; 4RTX A; 2L3P A; 1M3C A; 3VS0 A; 1JXO A; 1NM7 A; 2JTE A; 4J9D A; 2YUN A; 2CUB A; 1GFD A; 1PRM C; 4IIM A; 2DBK A; 4AFQ C; 2XMF A; 2KBT A; 1WLP B; 3I5S A; 2RMO A; 1RLP C; 2V1Q A; 2F2V A; 2FPF A; 1AOJ A; 1TG0 A; 2A28 A; 3M0P A; 4OMN A; 4IIO A; 2CT4 A; 4GLM A; 3REA B; 1JO8 A; 2YUQ A; 2DMO A; 3NMZ C; 1PNJ A; 1U3O A; 1M30 A; 2JM8 A; 3M0U A; 1UHF A; 2EYZ A; 4AFZ C; 2BZY A; 2RN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L89 A; 4HCB A; 1TOV A; 1EZZ B; 1WI7 A; 1OX9 A; 2V8J A; 2CYZ B; 2L5Q A; 3UPU A; 3M53 A; 5IHN A; 5FLX E; 1U1S A; 2DXB A; 2V26 A; 5AYF A; 1I4K 1; 2KR3 A; 4M75 G; 5A2Q E; 3LH5 A; 3I55 A; 3UDC A; 2DYB A; 2KRO A; 1VQK A; 1IRE B; 2K7A A; 2NUP A; 2LJ3 A; 3SDZ A; 5GAO q; 4M78 B; 3H0I A; 3THK A; 2K3Y A; 1E6H A; 3CXC P; 3CCQ T; 2ZAE A; 2EYX A; 2K2M A; 3OYY A; 1WHK A; 1TTH B; 2EW3 A; 3TRE A; 3OYE A; 4QQG A; 1SHF A; 2FO0 A; 4LDU A; 3RKX A; 1OUL A; 2EQU A; 4M75 A; 4LUD A; 3JCM d; 4XU2 A; 2X4J A; 3CCR A; 4FM4 B; 2EBP A; 4PJO D; 1IHW A; 4ELZ C; 1PG5 B; 4K11 A; 4IUV A; 3I55 Q; 1VQK Q; 4LXC A; 1V29 B; 4F7U B; 1TUD A; 1FXX A; 5GAM j; 3F70 A; 5GAN f; 2DPP B; 2A37 A; 3JB9 J; 4YTL A; 2OTL A; 2YSQ A; 5FU7 B; 3TSZ A; 5DY9 A; 1T3L A; 2XG8 D; 3EGX B; 1JXM A; 3KBG A; 4FT2 A; 2JW4 A; 2L3R A; 3HRS A; 2PQW A; 3S3O A; 2OX7 A; 4M7D G; 2QAZ A; 3HL8 A; 4QVZ A; 3OA6 A; 3CCR Q; 2JN0 A; 4KGV B; 4XQ3 A; 5L8R E; 1H3Z A; 1QWF A; 3ULR B; 4A4H A; 3VRZ A; 2CP5 A; 4EMG A; 4FU6 A; 4M75 C; 1LCK A; 1WA7 A; 1B7T A; 2DVE A; 2RK2 A; 1D1A A; 2OTL Q; 3A8O B; 3LH0 A; 4RG8 A; 5ECA A; 1X2Q A; 4PJN A; 2DL4 A; 1UGQ B; 3TU4 K; 1ACM B; 4OMF B; 1YJN A; 1KG1 A; 1RI9 A; 3NPF A; 4EMK B; 4E7S A; 4M7D A; 2F2W A; 2YRV A; 3LGF A; 3L2R A; 4E7K A; 2EGE A; 3EHR A; 2DX1 A; 1W1F A; 2BZ8 A; 2LJ0 A; 4RCB A; 2KDS A; 2YDL A; 3E1S A; 4M78 E; 1QVF S; 4XAX B; 2HNI A; 4XU0 A; 9ATC B; 2RJE A; 4PJO B; 3OBW A; 1XNI A; 1UGS B; 1OPK A; 4BY6 C; 1YJN Q; 3QO3 A; 3RR6 A; 2VVK A; 1VQL A; 4IUR A; 4CC4 B; 1ZHI A; 4L6V 5; 1O9S A; 2F1L A; 1D0Z A; 1X27 A; 5EG2 A; 5I21 A; 2COW A; 3PT9 A; 4KH0 B; 4M75 F; 4JZ4 A; 1UDL A; 2YXY A; 1W4S A; 2DD4 A; 3L2U A; 2QEX A; 1OV3 A; 4DEY A; 4UC4 A; 5CO7 A; 2PNI A; 5FRN A; 2RH2 A; 2SRC A; 2GBQ A; 4M7D C; 1VQ9 A; 2MWO A; 1AD5 A; 4OF1 A; 3JCM J; 2WSC E; 4ELY C; 2LCL A; 3RMQ A; 1M9S A; 4FYV B; 3JAM E; 3VKI A; 4ZGJ B; 4BE1 A; 1C0M A; 1XTD A; 1PRL C; 1K9M R; 4KGZ B; 1ZUK A; 2C0T A; 4KUD K; 1VQL Q; 5C6S A; 3QDR B; 3V7R A; 3FLG A; 4C0D C; 2GQI A; 3G7Z A; 1T0H A; 1VYT A; 1K8A U; 2ZPH B; 4XU3 A; 2L3Q A; 4PJJ A; 2QEX Q; 3X25 B; 4X9D A; 1BCM A; 1YCS B; 3M57 A; 2C0I A; 5FWB A; 4Z89 A; 1BCO A; 3CPW S; 4DOV A; 1M4Z A; 3OSS C; 1Q81 U; 4FT4 A; 1VQ9 Q; 1T0J A; 1D3B B; 1LPL A; 2Y4Y A; 2P84 A; 5GAN e; 2RQW A; 1ZSZ B; 3SD4 A; 1AVZ C; 5GAN 7; 2FZG B; 3CC7 T; 2VC8 A; 2DJQ A; 2FZK B; 5IHK A; 1DJ7 B; 1U5S A; 2DF6 A; 2JOY A; 3OB9 A; 4QVD A; 4A4G A; 1D0X A; 1W2B A; 4M7D F; 2O4X B; 3CPF A; 1Y96 B; 3FIF A; 4JS4 A; 1WXT A; 5D7U A; 2ED1 A; 4O5V A; 3QII A; 5LJ5 d; 4C5I A; 1XOV A; 3RDV A; 1YJW A; 2RHU A; 4PJO E; 2E6N A; 3E19 A; 2AT1 B; 3CD6 A; 4LDY A; 3CEY A; 2MIO A; 1JJ2 A; 2C06 A; 3OYL A; 5KYX A; 2Y4X A; 3M56 A; 4BI4 A; 5KH6 A; 4DEX A; 4AFS C; 4WTO B; 1K4U S; 3SEM A; 1VUB A; 2DIG A; 2DEQ A; 4P5N A; 1W2B P; 3M0S A; 3CCM Q; 1KQS A; 2QTX A; 3A8M B; 3LW5 E; 4B9X A; 3TCJ A; 4OMP A; 5KCO A; 4V2S A; 4F04 B; 4OMM A; 4C8Q B; 2AIR B; 1YJW Q; 3CBP A; 3O5Z A; 2D8J A; 4KRT A; 3OYK A; 1WXU A; 4LN2 A; 3A8G B; 3CQT A; 2PZ1 A; 3I56 A; 2GFA A; 4WCI A; 3CD6 Q; 4Y28 E; 2FPE A; 2DVJ A; 4HVW A; 4E47 A; 1OX8 A; 2DL8 A; 1WGS A; 1QWE A; 2CZ1 B; 3JSC A; 3C94 A; 1JJ2 P; 1Z9Z A; 5LJ5 g; 5KCH A; 1SKU B; 2NUT A; 1G3W A; 1VQ5 T; 1KD1 R; 2E64 A; 5GAN 8; 3CCV T; 4DA4 A; 4CC2 A; 3CCE Q; 1KQS P; 2MYS A; 1MMG A; 2XIC A; 5LJ3 g; 3R6O A; 1VYU A; 2LCC A; 4LUE A; 4J9I A; 1D0Y A; 1I8F A; 1QP3 A; 3LWI A; 1T3S A; 2OJ2 A; 5DLQ E; 4C92 G; 3CCS A; 1WJR A; 1VQO A; 4PFP A; 3I56 Q; 4JZ3 A; 2QEX T; 4OB0 B; 4PFZ A; 4Y91 A; 1X6B A; 1MV0 B; 3ZL7 C; 2RI5 A; 4FW1 A; 4VUB A; 1VQ9 T; 1S72 A; 1YIT T; 3RKY A; 5A0D A; 2LT1 A; 2IVW A; 2RI2 A; 1NZ9 A; 4OGC A; 1QP2 A; 4XTV A; 1UFF A; 4ME7 A; 2F5K A; 3REB B; 3VYG A; 3P8D A; 3C0C A; 1SPK A; 4M77 B; 1YNZ A; 2JXB A; 5IXB A; 4MDW A; 3CCS Q; 2JS2 A; 1VQO Q; 5CCA A; 2CZ0 B; 1JXO A; 2CP2 A; 4NL2 A; 3QYH B; 2YLC A; 2JZ2 A; 2CUB A; 4MDX A; 2K5L A; 1YCY A; 3PTA A; 2QTV A; 4IUU A; 1S72 Q; 1KC8 C; 3I5S A; 1I5O B; 5GMK i; 1GXI E; 2V1Q A; 3H9N A; 1R0C B; 2G3R A; 4IIO A; 3CME T; 3NMZ C; 3A8L B; 4ZN3 A; 3Q1J A; 1PNJ A; 2PVD B; 4XTW A; 4PLI A; 3A5Z B; 2EYZ A; 1WZO A; 1M2V A; 5A0G A; 2QXF A; 1QVG S; 5KYU B; 1K76 A; 1MND A; 4C92 C; 3GOX A; 2DBM A; 3CC4 T; 2GTO A; 1YJW T; 4ZTF A; 3CCJ A; 2CKK A; 1GL5 A; 3UWN A; 3S6W A; 2RF0 A; 3CD6 T; 2E12 A; 1R8O B; 5LJ5 j; 4R0K A; 1K73 C; 3H6Z A; 2EQK A; 2GCX A; 4HVV A; 2MCN A; 1VQM A; 3VRY A; 4AFU C; 2VGM A; 1ARK A; 3ME9 A; 2EYY A; 2PUK B; 1M1G A; 3UA7 A; 1EFN A; 1Q81 C; 3LX7 A; 2P4R A; 1W6X A; 4M75 D; 1YBY A; 2CS7 A; 5KE3 A; 1LVK A; 1K0X A; 2V8K A; 5IH2 A; 1Z9Q A; 2JMC A; 2JS0 A; 3CBM A; 1W70 A; 1ABQ A; 1QCO A; 2X4Y A; 1N5Z A; 3PVL A; 3I56 T; 3NTI A; 2H3E B; 5FW9 A; 2K79 A; 1CKA A; 1UB4 A; 3BDL A; 2DXT A; 1SG5 A; 1YIJ A; 4QW2 A; 2BTT A; 2J6O A; 2YWW A; 1OU9 A; 3VS6 A; 2P4T A; 3X20 B; 1VQM Q; 3EGD A; 3V8J A; 1Q7Y R; 2RO0 A; 1HJD A; 4X34 A; 3H41 A; 8ATC B; 5GAM g; 3CC2 T; 2JT4 A; 1BK2 A; 2ROT A; 5HY6 A; 3ZBD A; 1Q95 G; 4C0Z A; 2MMP A; 4ZGE B; 1MMA A; 4PJL A; 3OY9 A; 3QJY A; 2DZ9 A; 3FJ5 A; 4M7A D; 3S3M A; 2COY A; 5LJ5 e; 4XTY A; 1QVP A; 4RTW A; 1VQO T; 4NOY A; 4C0G A; 2KSS A; 3OS2 A; 3VYH B; 3EG1 A; 2EVR A; 1RUW A; 1GCP A; 1BI1 A; 1VQ6 A; 2NUP B; 1YIJ Q; 3C4S A; 1RAI B; 4TVR A; 4L5G A; 5LJ3 e; 3RIR A; 3IQL A; 1S72 T; 3QUI A; 4J83 A; 2CP6 A; 2QA4 A; 3JB9 I; 3G4S T; 4M7D D; 1AZG B; 3H0H A; 5CKD A; 1C1A A; 1PCX A; 2W10 A; 1NYG A; 1AWW A; 3VS1 A; 3I9Q A; 2FRW A; 4QQ6 A; 4M75 B; 1ABO A; 2H3J A; 2EGA A; 4FL6 A; 2F69 A; 2DER A; 2XDD A; 1EX4 A; 3HP9 A; 1M90 R; 2DAQ A; 2BE7 D; 1VQ6 Q; 1EIF A; 4DBQ A; 2RHI A; 3EFR A; 3E2U A; 3X24 B; 3MJX A; 2PVO B; 2JUF A; 2KQW A; 2YUP A; 4AG1 C; 3OYC A; 2LMJ A; 3UAT A; 2QA4 Q; 4M4Z A; 3E9F A; 2VXE A; 1MGQ A; 2XDB A; 3RES A; 1G2B A; 1Y57 A; 1PD1 A; 2J6K A; 3OS0 A; 4DOW A; 2KY9 A; 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