3NGZA

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (gc) with one mg in the active site
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
b'TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngzA00
3CYMA 4NCGA 3AVMA 1SKRA 3SV4A 4R5PA 3KK2A 4E0DA 1O1WA 2B5JA 3M8SA 3P5JA 2KTQA 2HNZA 2P1JA 4RW9A 4HTUA 4FCYA 4OLAA 4CEAA 3LZIA 5CY4A 4JS5A 3EZ5A 4BE0A 2IAJA 4CCHA 2DFHA 1ITGA 4OKJA 3L3VA 3HPGA 1IH7A 1NOYA 1HNIA 2IC3A 3NGZA 4NCAA 4OJRA 3HYFA 1CXUA 3M8PA 5HRRA 2QK9A 4W5NA 1U47A 2E6LA 1S1VA 1NJXA 1BI4B 3MEEA 3V6DA 1SL2A 4W5QA 2GBZA 5I42A 1TL1A 3DLBA 4E7LA 4CJFA 1UA1A 4CESA 3K5LA 3V9WA 4FLTA 2I5JA 3TWHA 3LZJA 4ZHRA 3OYAA 1RTDA 4M3RA 4CHQA 5DMRA 4PY5A 4FJMA 3AVIA 1HYVA 1NJYA 3DRSA 4CECA 4W5OA 4H8KA 4H4OA 4Z4EA 2HHSA 4F3OA 3MAQA 4OPKA 4I9QA 1B9DA 3VQCA 3NF6A 4E1MA 2WONA 4DFMA 3SQ1A 4CGHA 4KI4A 4RG8A 2VWJA 1X9WA 2O4IA 1VSIA 3QEPA 1SKSA 3OJUA 1KRPA 3CFOA 3V81A 1TV6A 4JLHA 4OVLA 2P5GA 4DG1A 3IG1A 3WNFA 4CF8A 5J1EA 4FYDA 4KHYA 1J9AA 2YNFA 1JL2A 3LP0A 4EP5A 2B4JA 1JLCA 3TAEA 4FK2A 1C0MA 1RBSA 3L2QA 4XIUA 3VQ5A 4I2QA 1JL1A 3MXIA 1DTQA 2D0AA 3KIOA 1TGOA 4CJTA 3OYIA 2XHBA 4Y1CA 4E7JA 3SQ2A 1ASUA 3SCXA 1ZBFA 1K6YA 1RBUA 2F96A 1HYZA 4FW2A 1L3SA 2QKBA 1UAXA 4RW4A 4Z4CA 4FZZA 4N76A 2GV9A 1VRTA 4QAGA 4DFPA 3AVJA 3KLFA 4DTRA 3O3GA 3NH2A 2OA8A 3CFPA 3RR7A 4KB0A 3TAPA 2BANA 1L3VA 1QSLA 1CXQA 1W0HA 2DFEA 2YHBA 4FM2A 4C8LA 1LWCA 2B6AA 4CHPA 3AVCA 4HVJA 1ZYQA 1U49A 2PYLA 4L8RB 4FJLA 2HVHA 2ZQBA 1HMVA 1WSJA 4DTXA 1NK9A 3AO3A 3VA3A 3ZT1A 3OYFA 3FFIA 1GOCA 3ZSOA 2KZMA 2D0CA 1W9HA 4CJEA 4GVMA 4MQ3A 4IG3A 1FXXA 3QIPA 4N47A 2P5OA 4DSIA 4FK4A 4KHSA 3LWMA 1WAFA 3KK1A 4B9MA 4FJNA 1KCFA 4KTWA 3PUFA 3PX6A 3HK2A 3O3HA 4CE9A 4FJ9A 1ZBIA 2BGGA 3RTVA 4CERA 3HPHA 3KD1E 2ETJA 4B9VA 1CZ9A 3B6PA 3C95A 4CGDA 1VSMA 2DY4A 1C6VA 1BCMA 4O5BA 4CHNA 3VQBA 4DS5A 4KREA 2HHQA 2P51A 1Y97A 3AVGA 1F21A 4DTUA 4KHWA 1S9EA 3HT3A 3T3FA 1SL1A 1S6QA 1TKXA 1RTIA 2JLEA 1I39A 4FZYA 1JLAA 3D0PA 4Z4HA 3G0ZA 4IG0A 2IS3A 4AHCA 1B92A 4PWDA 3DLGA 4LSLA 3AVKA 4E7IA 3C6TA 4CJLA 4M42A 1WSGA 3SJJA 1NK7A 4CF1A 4Z4IA 1U48A 2WOMA 4EZ9A 3V1OA 4FLXA 3S3OA 1LWEA 2YNHA 2Y1IA 3ZT3A 3VQEA 1LW0A 1FKPA 3M8QA 4GMJB 4ICLA 1BI4A 4DTMA 3KLEA 1RT5A 3PX0A 1QS4A 1S9GA 1X1PA 4FVMA 4BWMA 3T19A 4CK2A 4DTPA 3K57A 1NK0A 3V1RA 3LWLA 2BDPA 4FJXA 3LAKA 4KTZA 3HXMA 5J2PA 4J2BA 1GOAA 5KI6A 3QEXA 3SPZA 3OYEA 2DFFA 3ZT4A 2IGIA 4CF0A 4O0IA 3OJSA 3CM5A 5FRNA 1QSSA 4C8OA 4CJUA 3NFAA 3NF8A 1QTMA 3O4QA 5HROA 3SUQA 1YTAA 4DFKA 4DSKA 2IOCA 3AV9A 1IKYA 3CG7A 4AHRA 3I8DA 3NHGA 3L8BA 3U6FA 3PO5A 1MU2A 2XY5A 1IKWA 4DF4A 1D9DA 4FJKA 1BCOA 4MFBA 5C25A 1IO2A 3NAEA 1ASVA 3SI6A 3NGIA 4CGGA 3DLEA 3KLGA 4DLEA 1NK4A 2G8UA 5HP1A 4KHQA 2KW4A 3OS1A 1KTQA 1LAVA 3RRGA 1TAUA 4HHTA 3DOKA 4FJJA 1WSFA 4FLYA 1NKBA 4CJKA 2KFZA 3I0SA 1NK5A 4O44A 3VQ7A 3HP6A 4E7HA 5HLFA 3QEIA 1XHZA 4AH9A 3ULDA 4TSXA 1NJWA 3HM9A 4KB1A 1NK6A 4F3TA 4CEOA 4B9LA 4ID1A 2Z1GA 3OYMA 4M3XA 3MXJA 4CJ5A 4ZTJA 4YFUA 3K59A 3QNNA 5HRNA 1KVBA 4KFBA 1U45A 3TARA 2HHVA 4RW7A 3VN5A 4DQSA 2Z1JA 4CJSA 3CFRA 4QCLA 2VG6A 2BE2A 3KJVA 4I7FA 3L3UA 4LH5A 3MXMA 2QKKA 3TAGA 2HHUA 2JGUA 2OPRA 5SZTA 1JLFA 2ITGA 2HMIA 4PQUA 4DTNA 3H08A 3SZ2A 3AVFA 3P1GA 4CHOA 2E6MA 1HJRA 4G1QA 1FK9A 1C1BA 4CGIA 4HUEA 3SNNA 4DQPA 4J2EA 5JS1A 3HSTB 3HVTA 3K2PA 4DTSA 3AA4A 1Q8IA 4FLZA 3S3MA 3V1QA 1VSDA 3BGRA 1RDCA 4KV8A 5K14A 3DM2A 1SUQA 3QINA 4IKFA 2G8HA 5C24A 3AO4A 4FLUA 1C1CA 3QO9A 4E7KA 1TKDA 2HW3A 2HHWA 2OPSA 3L2WA 4LH4A 4FJ7A 1REVA 1WSIA 5I3UA 4F8RA 1QE1A 1EXQA 1RBTA 3TAFA 3C94A 1BGXT 5KGWA 4KO0A 3OY9A 1U4BA 1GOBA 4J2AA 4CK1A 4DU1A 5HBMA 2AJQA 2HB5A 1QSYA 2XO7A 5DK5A 1J53A 4FK0A 3AO2A 1N5YA 4CIEA 2HVIA 3ITHA 1TL3A 4IFYA 4C8NA 3K58A 2PY5A 3KLIA 2D0BA 3THVA 1ZBHA 4Q0BA 1JLEA 1KVCA 2Z1IA 1UOCA 3L2RA 4AHVA 1D8YA 4HUGA 5D3GA 4CF2A 2FBXA 3AVBA 2HHXA 3VQDA 3LP1A 1NJZA 1RBRA 3AVHA 5HRPA 3DRPA 3RMBA 1JLBA 3NH0A 2Y1JA 4ID5A 4KTQA 3QNOA 3JYTA 4OGCA 3HVRA 1RCHA 4DTJA 3VQPA 4CJQA 3NH1A 1L3UA 1FKOA 2X78A 3V9SA 3OYJA 3CM6A 5CYMA 2E4LA 3RWUA 1VK0A 4NYFA 3TAQA 4OKEA 1Z25A 4PA1A 4NCBA 1YVUA 3SQ4A 4CFAA 4FJ5A 1WNSA 3L2VA 3RRHA 3AVNA 4E89A 1ASWA 1C1AA 4CJVA 1T7PA 4ELTA 4HCBA 3KLHA 3F73A 4M3TA 3ZT0A 3EYZA 4EP4A 4JRPA 1BQNA 1KLMA 3KKSA 4Y1DA 4DLGA 4M3UA 1RBVA 4FXDA 3SUPA 1QHTA 1RT4A 4B08A 3WNEA 4I9LA 3ZSZA 1Z26A 1I3AA 4CIFA 3QETA 2A1SA 4CK3A 3DI6A 3SYZA 4WE1A 3PX4A 3IAYA 1BHLA 1TAQA 5JS2A 1TK5A 4BWJA 3VQQA 3ASMA 3KD5E 4OPJA 4ELUA 5J2NA 1HQEA 4BE1A 3ALYA 2PZSA 4F2RA 3LPUA 4CIGA 4E1NA 4IBNA 5HRSA 4KRFA 4BACA 4I2PA 1WLJA 3DLKA 4O4GA 4M41A 5SWMA 1X9MA 1RT2A 3QEVA 4M3ZA 4N56A 3OS0A 4CJ4A 1S5JA 3ZSVA 3CQ8A 2Z1HA 4PUOA 3ZSQA 2OPPA 3DRRA 1NKCA 4K8ZA 4M3YA 2XY8A 2ZE2A 1D5AA 1XWLA 4JRQA 1IKXA 4K8XA 1WSHA 3DOLA 5C42A 2HHTA 1YTUA 4B8AB 2A1RA 1QQCA 4CJWA 4Q5VA 4IDKA 4E3SA 4F4KA 1S6PA 3DLRA 1ZBLA 3P83D 4YNQA 2YKMA 4DSEA 2X6SA 5CZ1A 4CEZA 5J2MA 5J2QA 3QEWA 1SKWA 3HPOA 1CLQA 4CJPA 4CEQA 3LPTA 4IFVA 4FW1A 4CEFA 3O3FA 4CEDA 4AHTA 4CHZA 4FJ8A 1D9FA 5E41A 5KRTA 1IKVA 1IG9A 4CFDA 4FM1A 4DU4A 2G8FA 1CZBA 3I0RA 3OYLA 4B8CA 4DFJA 3PV8A 1LW2A 4CHYA 1HPZA 3NE6A 4O0JA 1X9SA 1RT3A 2OZMA 5CZ2A 3AVLA 1UWBA 1BISA 1JXBA 3DMJA 2OZSA 1TKTA 2KZZA 1B9FA 3LP2A 3ZCMA 4CJ3A 3MEDA 4CFCA 4BDZA 2G8KA 3RR8A 4DQIA 3C6UA 3NDKA 2F8TA 4B3OA 4CF9A 3VQ8A 4BDPA 1VSKA 1JLQA 3T1AA 3OYGA 1EETA 1A5XA 3MEGA 3D45A 2YNIA 5KGXA 1HQUA 2RN2A 4B9SA 5FROA 3ZSYA 2QXFA 4KKOA 3IS9A 3OYDA 1VSFA 4H4MA 3RMCA 1NK8A 3MECA 1L3TA 1RNHA 1S1WA 1WAJA 4DU3A 3LAMA 1UA0A 1SL0A 4FJGA 2Q3SA 4DF8A 1EX4A 4CGFA 3O4NA 4KAZA 1A5VA 2EHGA 3OS2A 3WNGA 4OKKA 3VA0A 2G8VA 1U04A 3OVNA 2XY6A 3ZSWA 3PO4A 3L2UA 1LWFA 3NCIA 4CEEA 3VQAA 1LAWA 2HNYA 5FDLA 4AHSA 1S1TA 1VRUA 3V9ZA 3QERA 3OYHA 4DSFA 1TVRA 1TK8A 3IRXA 4C8MA 3UIQA 3AO5A 3SQ0A 1T03A 3V4IA 1ZBUA 4FJIA 1TKZA 3RMDA 3WNHA 4E19A 5FRMA 3QESA 2YHAA 2FBTA 2GUIA 1R0AA 3K5OA 3DYAA 4KPYA 2YKNA 3AA3A 1XHXA 4W5TA 3U3YA 4RW6A 1XI1A 4B9TA 2ZD1A 2F8SA 1S1UA 2RF2A 2YV0X 5EU7A 1KLNA 4FJHA 2VG7A 3ZT2A 3SUNA 4DMNA 3EY1A 1RT1A 3RMAA 4FLVA 2ATQA 3V9XA 1YT3A 3NBPA 4CGJA 2FBVA 3ZSXA 1C0TA 4ELVA 1J54A 3F9KA 3LP3A 4DQRA 2FBYA 2HNDA 3B6OA 4CJRA 1RTJA 1HNVA 2VG5A 1S1XA 3HO1A 1VSLA 3QIOA 3AO1A 1JKHA 4CFBA 4BDYA 2X6NA 3U3GA 1J5OA 1XC9A 2D5RA 3LANA 4LD0A 4DWIA 4W5RA 1RDAA 4AHUA 2NUBA 1VSEA 5T7BA 4Z0UA 3HL8A 4FZXC 2XRIA 4RW8A 3M8RA 4UQGA 1TK0A 4M3WA 3TABA 4J2DA 4C8KA 4NYNA 2VWKA 3ISNC 4DQQA 1BIUA 4LY7A 2PYJA 1G15A 4GW6A 4N5SA 1A5WA 1LV5A 3G10A 2RPIA 4DSLA 1DLOA 4HCCA 4DTOA 3V9UA 1EP4A 1NOZA 1WN7A 1VSJA 3TAMA 2OYQA 4Z4FA 1SV5A 3A2FA 3KTQA 2G8WA 1RDDA 1BIZA 4B9UA 3LALA 3OYCA 3NGYA 3SV3A 4KI6A 3KK3A 3KKRA 2EX3A 1NKEA 1N6QA 3OYBA 4N41A 3VQ4A 2O4GA 4DSJA 1JLGA 3SUOA 1BL3A 1RDBA 3K5MA 4B9NA 1KSPA 2R7YA 2RKIA 4F2SA 4O55A 3AA2A 3TR8A 4Z4GA 3ZSRA 3BDPA 4KHNA 1RT7A 3NF7A 3OYKA 3JSMA 2XY7A 1HYSA 3K5NA 1HRHA 3HP9A 3TANA 3AVAA 4DS4A 3LDSA 4ZTFA 2LSNA 1WSEA 1L5UA 1RT6A 1VSHA 2OPQA 1JXEA 1KFSA 3DLHA 3QLHA 3PY8A 5KRSA 1KFDA 2DTUA 1DTTA 1Q9XA 2W42A 3S3NA 4LSNA 1C0UA 3AA5X 1T05A 2IDOA 3VQ6A 2YNGA 4FM0A 3NF9A 4OGEA 4M45A 4QOZB 4CEBA 4FLWA 3TI0A 2KFNA 1RTHA 2FC0A 1KVAA 5KTQA 4HUFA 1T8EA 2X74A 5CYQA 1Q9YA 3HJFA 4BE2A 4KHUA 4AILC 3OYNA 4EZ6A 4OLBA 3S9HA 3VQ9A 3E01A 3SPYA 1RILA 2G8IA 1BQMA 2KQ2A 4JS4A 1EKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CYMA 1YUWA 2O8FB 3AVMA 4R5PA 3KK2A 1O1WA 3WXIA 2KTQA 3L4IA 3PIOL 2P1JA 3MCPA 5AQMA 4LFBK 3LZIA 2KKZA 4BE0A 3CCLN 3AGRA 1Z05A 4OKJA 4GY2B 3L3VA 2BUPA 1NOYA 4JD2A 3NGZA 3P38A 1U47A 1ATSA 4LC9B 2P9NA 1NJXA 4GNIA 1SL2A 4X66K 4HWIA 5I42A 1TL1A 3DLBA 1NGCA 3TWHA 5KPRA 4M3RA 1BDGA 4NLBA 3AVIA 1YXQA 3CERA 1IJJA 4CECA 4O8KA 3WQUA 4W5OA 4H8KA 4H4OA 4Z4EA 4F3OA 2FXUA 4H0TB 1IV0A 4I9QA 1B9DA 1GLEG 2WONA 1YAGA 5FLXO 4KI4A 4MO5A 4RG8A 1OKJA 1KRPA 1I94K 3BF3A 1NMDA 3IG1A 4KHYA 3EEQA 1X3MA 4IZ9A 1JLCA 4DR5K 5C12A 3L2QA 3MXIA 2HHHK 3SQ2A 1ZBFA 2OCEA 4BRGA 2ZJPL 2P9SB 3JAMO 1XUPO 4FW2A 1NWKA 2QKBA 4BVPA 2BH1A 4Z4CA 4FZZA 5AZJB 4DFPA 4QAGA 3M1FA 3KLFA 4JAXA 4C1NK 4DTRA 2A6AA 4KB0A 3TAPA 2DFEA 1LWCA 4L8RB 4DTXA 1BG3A 4FOIA 3OYFA 3FFIA 1GOCA 2YX6A 3FZMA 3ZSOA 1U2VB 2D0CA 4MQ3A 4IG3A 4JI0K 4B1WB 4KHSA 1GLBG 5AQUA 1WAFA 4B9MA 1KCFA 4KTWA 4CE9A 5BPNA 2BGGA 3RTVA 3T69A 3HPHA 1WBBA 1V4TA 3B6PA 3C95A 3LDLA 2DY4A 2E1YA 1BCMA 3VQBA 3I33A 4DS5A 1Y97A 4DTUA 2O8FA 3HT3A 4LF8K 4YDUC 1NGGA 3D0PA 2JWLA 1JJ2M 5AQOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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