3NH0A

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (aac)
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 64
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh0A00
4Y1CA 2OZSA 2FBTA 3QIPA 3DRPA 3HPHA 1WSEA 1CXQA 3U3YA 3SPZA 1SL1A 3SV3A 4FK0A 3IS9A 1T05A 4ZTJA 4FJKA 4DTOA 3VQ4A 2HNZA 4E1MA 2Q3SA 2RN2A 1NOYA 4F3OA 4AHCA 3KD5E 3V4IA 2G8IA 3DLGA 1EXQA 3AA4A 3L2VA 1S6PA 3AV9A 5FROA 1BIZA 3FFIA 4HTUA 1NKBA 4BWJA 4B9MA 1QSYA 2XRIA 5HRPA 1ITGA 3SQ0A 4O44A 4ZTFA 1L3UA 4DTXA 3NF7A 1RDAA 4JRPA 3KKSA 3U6FA 3QEXA 1NKCA 3NH1A 3BDPA 4LH5A 4FJ9A 3RWUA 3DMJA 4OKJA 3QEVA 2KZZA 1EETA 4KPYA 3EZ5A 1D5AA 1IO2A 2HHSA 1Y97A 1RT4A 3PX4A 2E6LA 4N76A 4KTQA 2DTUA 2Z1JA 3P5JA 4RG8A 5J2MA 3NBPA 3C6UA 1QSLA 3HXMA 5DMRA 4FVMA 1WSHA 3CFPA 1J5OA 1NK5A 2YNIA 3V1OA 4DQIA 4ELUA 2D0AA 2D5RA 3DLEA 1JKHA 4EZ6A 1BQMA 4E1NA 4FK2A 3B6PA 1Z25A 2HHTA 4IG0A 4M3RA 5SWMA 3SQ4A 3TAQA 4DTNA 3HSTB 1IKXA 4BE2A 5FRNA 4B9VA 3ZSZA 3QETA 4E7JA 4CEAA 1TK0A 2OPRA 4B9TA 3KLHA 4DF8A 1NK8A 4C8OA 2G8HA 3KK2A 4BE1A 1U47A 2EX3A 5HRRA 4CECA 3QLHA 3PX0A 4B9SA 1WAFA 3L8BA 1S6QA 1Q9YA 3T19A 3EY1A 1RBVA 3AVMA 1RT2A 3LP3A 4BWMA 1GOCA 3KK3A 3SCXA 2PZSA 1RDDA 3TAEA 3V81A 3HK2A 2GUIA 4E0DA 2ZQBA 5HRSA 3MXMA 5HBMA 1VSLA 1RTIA 1JLQA 3AVFA 1IKYA 4KHWA 3PX6A 3F73A 1R0AA 1BI4B 2KZMA 1TV6A 3TAPA 2FBVA 1BIUA 4RW9A 4CIFA 1SL0A 4DSEA 3CYMA 4OVLA 1ASVA 4J2AA 4J2BA 4CF0A 4KHUA 4YNQA 4DWIA 1S1TA 2QKKA 4CGIA 1D9DA 4B08A 2F8TA 1C6VA 5CYMA 3I8DA 4DQQA 4AILC 4M3YA 3OY9A 1BI4A 3AVNA 3VQDA 2QXFA 4DQRA 3NE6A 4M3ZA 2ZE2A 3V1QA 3SQ1A 3ULDA 1RT1A 3AO3A 1X9WA 2PY5A 1RDBA 1C1AA 4CJVA 3KLFA 3VQ8A 4BDYA 4FM1A 4AHVA 3QEWA 3TAMA 1BCMA 3OYGA 3LWLA 4CGFA 4E7LA 4FJ5A 1HJRA 4M3UA 4CHNA 1NK6A 4FJNA 3OYDA 3ZSQA 2GBZA 1N6QA 4J2EA 3SUNA 5CZ2A 1RBTA 3QESA 1VSMA 4DMNA 4B3OA 3OYFA 4CEBA 4FJXA 3S9HA 4N41A 3ZSVA 4Q5VA 4C8NA 2KQ2A 1WSGA 5HP1A 2YNHA 2HHVA 3RR7A 3U3GA 1ASUA 4LSLA 1L3VA 1T7PA 4I9QA 2HVHA 1IKWA 4JLHA 3PUFA 4DSLA 3L2WA 4B9UA 3CQ8A 1VRUA 3LPTA 1B92A 4CK2A 4CE9A 4CEZA 4Z4CA 1JXBA 3KK1A 3NHGA 3PO4A 3KIOA 4KI4A 2VWJA 3C6TA 3K58A 1RILA 4F3TA 3SUQA 3CFRA 3K5MA 2YNFA 1DTTA 3LZJA 4DSJA 4C8MA 2F96A 1HPZA 3QIOA 4CJTA 3EYZA 4M42A 2JLEA 2XHBA 3VQ6A 1IH7A 1D8YA 3HVRA 1C0UA 2Z1GA 1LAVA 4FW1A 4CJLA 3K5LA 1EKEA 4E7IA 3OYKA 1LWFA 3O4NA 4CFAA 4DTUA 5KGXA 3M8PA 3V9SA 4GVMA 4CFBA 1A5XA 2XY5A 4ELVA 4I7FA 3VQBA 4CHYA 4FXDA 1TAQA 3TABA 3AA2A 3NGYA 1VRTA 5EU7A 3ISNC 2VG7A 4KHQA 3NH0A 3HO1A 4Q0BA 1S1UA 1J54A 4N47A 4OPJA 4JS4A 4FJHA 4CEOA 2AJQA 3SJJA 2DFHA 4KTWA 3S3MA 2HHQA 2RF2A 2VWKA 4FLWA 4BDPA 3LPUA 2X78A 4DTSA 4UQGA 3S3NA 3IAYA 1S9GA 3HP9A 2DFFA 3HT3A 4IDKA 3M8RA 4IG3A 2D0CA 4B9LA 3SUOA 3LAMA 4IFYA 4Z4IA 1IKVA 4DFMA 3G0ZA 5KRSA 4AHRA 1KVBA 1I3AA 1QHTA 4RW8A 4FLUA 1C0TA 3QNNA 2PYLA 5JS2A 4CJSA 4Z4HA 5J2NA 3LDSA 3SI6A 1HYZA 1JLBA 3AO1A 4EP4A 3DOKA 2KFZA 4PY5A 5CYQA 3VQQA 1KTQA 5CY4A 4CJPA 3QINA 4CEFA 3D0PA 5KRTA 5I42A 1B9FA 4HUEA 2P5OA 3OJUA 3DOLA 3TANA 1RTHA 2XY6A 1VSHA 2QK9A 1NK9A 2IS3A 4CEDA 3O3HA 5J2PA 4DTRA 3K2PA 4KKOA 4ID1A 4CK3A 3VN5A 4CIGA 3OYBA 3K5OA 4KB1A 3OS0A 4FLYA 1BL3A 4CJUA 3DLBA 3DLHA 3VQEA 1JLFA 2HW3A 2Y1IA 2DY4A 1LW0A 3ZSYA 3TWHA 4BE0A 4E7HA 1S1VA 3HPGA 1RTDA 5E41A 4NYFA 4KREA 4AHSA 1DLOA 3ZT4A 3IG1A 3MECA 1F21A 3HPOA 3OYEA 4KFBA 1RTJA 4CGHA 5FDLA 4KHNA 4H4MA 3OYJA 1U04A 3NF9A 3AVBA 4CIEA 3WNHA 3KTQA 1GOBA 3P1GA 4FLXA 1ZBLA 4JRQA 1BCOA 4CGJA 4HVJA 1LWCA 2FC0A 3NGZA 3QEPA 4HCBA 5CZ1A 1A5WA 3K59A 2B5JA 4IBNA 3VQ9A 3NCIA 4BDZA 4KRFA 1UOCA 2Y1JA 3I0SA 3ZT0A 5T7BA 4FZXC 1KCFA 3AO4A 4M45A 5J1EA 3K5NA 3TAGA 1LV5A 2HHUA 1LW2A 3HM9A 1UA0A 1ZBIA 3LP0A 4O5BA 4MQ3A 4F2RA 4PQUA 3I0RA 4DFKA 1U4BA 1SV5A 1NJXA 3LP1A 4IFVA 1IG9A 2HNYA 3TARA 4E19A 5SZTA 5D3GA 3PO5A 3VQCA 4CF2A 1WNSA 1K6YA 2YKMA 3JSMA 2IGIA 4ID5A 3AVAA 4CESA 4DU1A 3V6DA 4B8AB 5HROA 4OLBA 3C95A 4ZHRA 4ELTA 2BGGA 1RNHA 1VSKA 4OLAA 5C42A 4FJGA 3DYAA 5JS1A 3MEEA 3CFOA 3AO2A 3ITHA 4H8KA 2G8UA 4TSXA 3OYAA 1KVAA 1TKZA 2O4GA 3OVNA 2PYJA 4Z4GA 3RMCA 1QSSA 1W0HA 3KKRA 4LH4A 3HJFA 1TK8A 4AHUA 1XHXA 1U48A 4FK4A 2OPSA 3QO9A 5HRNA 3V9ZA 5HLFA 1WSFA 1NK7A 2YKNA 1J53A 1XHZA 4FJMA 3MEGA 2FBYA 3RRGA 3H08A 2HB5A 3NF6A 4FZZA 4KTZA 3SQ2A 1TKDA 4QCLA 1Q8IA 1EX4A 4DSKA 4KI6A 3RTVA 1TGOA 1HYSA 1ZYQA 3KLEA 4CF1A 3AVGA 3AVIA 3P83D 3WNFA 4CJRA 3OJSA 4L8RB 1G15A 3CM6A 1HQEA 4FJLA 4FCYA 4CJEA 2W42A 3KLGA 1T8EA 3AA5X 3ZT3A 1WAJA 3NFAA 3ZCMA 3OYHA 4DTJA 2P1JA 1VSFA 3NGIA 4CJ5A 4CJWA 3THVA 1RBUA 1NK4A 1KLNA 2KTQA 1XI1A 3OYNA 4CHQA 3V1RA 1BGXT 3SPYA 4XIUA 1JXEA 1NJYA 3OS2A 3LANA 4B8CA 1HNIA 4I2QA 4CCHA 4LSNA 3O4QA 2HMIA 4AHTA 4CEQA 2A1RA 1FKPA 3L2QA 3KD1E 2WOMA 4M3WA 1JLGA 2XY7A 3SNNA 4Z4FA 2HNDA 3ZT1A 1X9MA 3MEDA 3ZSRA 4PA1A 4E89A 3QNOA 4KV8A 4OKKA 1KRPA 3F9KA 2GV9A 4FW2A 2P51A 1CZ9A 1HYVA 1Z26A 2RPIA 4R5PA 1HQUA 3DI6A 3KLIA 2P5GA 3JYTA 1VSJA 4FJIA 4IKFA 1QE1A 4DQSA 3ZSWA 3TR8A 4CGGA 1L3SA 3VQAA 1LAWA 1VK0A 2XO7A 3O3FA 3V9WA 2I5JA 4M41A 2Z1IA 4W5QA 2G8VA 4PUOA 1RDCA 4I2PA 3RRHA 1NK0A 2BDPA 2OYQA 4DSFA 1NKEA 4FJ8A 4F4KA 1JLEA 2HHWA 1VSDA 3AVJA 2XY8A 3DRRA 1CZBA 1EP4A 2BANA 2RKIA 4DFPA 2YHBA 1QQCA 1YVUA 1SL2A 2Z1HA 3VA3A 2VG5A 3OS1A 1UAXA 4NCBA 5KTQA 3RR8A 4DLEA 1Q9XA 3ZSOA 2OZMA 1KVCA 1RT6A 1ZBUA 4OGEA 3LWMA 1JL2A 1X1PA 3TI0A 1ZBHA 4AH9A 3AVCA 1N5YA 4FLVA 4H4OA 1JLCA 1HRHA 3C94A 3T3FA 1SKWA 3KJVA 3DM2A 2R7YA 4FM2A 4DS5A 5I3UA 3ALYA 4B9NA 4F2SA 1ZBFA 3LZIA 3CM5A 5K14A 4LD0A 4CK1A 1CLQA 4O4GA 4DTPA 4GW6A 2HVIA 2OA8A 1C1CA 5KI6A 4BACA 3L3UA 3SZ2A 3AVKA 2G8KA 3WNEA 4W5OA 2YHAA 3LAKA 1L3TA 4DQPA 2HHXA 3WNGA 3LP2A 2F8SA 3M8SA 3V9XA 1RT7A 1RBSA 1WSIA 1KFSA 3M8QA 1D9FA 4W5RA 4QOZB 4FJ7A 1YTAA 2E4LA 3O3GA 3IRXA 1L5UA 1HMVA 3HL8A 1WN7A 2FBXA 1YTUA 4CFCA 3HP6A 1UA1A 4W5NA 3AA3A 4CFDA 4DG1A 1FK9A 3OYIA 1TK5A 4DLGA 3QEIA 1FKOA 3HYFA 4CF9A 4EZ9A 3K57A 3OYCA 1REVA 1HNVA 1MU2A 4FM0A 1QTMA 1LWEA 2KW4A 1QS4A 3D45A 3G10A 4DFJA 3SUPA 3SV4A 2A1SA 4FJJA 4CJ4A 2B6AA 4C8KA 4HCCA 3AVLA 4CHPA 4DTMA 4LY7A 4HUFA 1RBRA 3VQPA 5KGWA 5J2QA 4CHOA 2DFEA 1TAUA 4CERA 3A2FA 4MFBA 4W5TA 4J2DA 1TVRA 2NUBA 4RW4A 4KO0A 4YFUA 4E3SA 2G8WA 3PY8A 1RT5A 1C0MA 4C8LA 1NJZA 3PV8A 3SYZA 4NYNA 1JL1A 1KFDA 1UWBA 1VSEA 2ITGA 4O55A 1WSJA 3VQ5A 4NCGA 3NAEA 4M3TA 2X6NA 4CEEA 4CJ3A 4M3XA 3MAQA 4I9LA 1S1XA 4OGCA 4OKEA 2VG6A 1CXUA 3RMDA 1YT3A 1SKSA 4F8RA 1TL3A 3B6OA 1ASWA 1NOZA 4Y1DA 1JLAA 3VA0A 1VSIA 1S1WA 4KB0A 1RCHA 2IOCA 3NH2A 1BHLA 1T03A 1U49A 1BISA 4RW6A 3L3VA 2ZD1A 4OPKA 2ATQA 3ZSXA 4EP5A 4HUGA 4FLZA 3RMBA 3E01A 5C24A 3DRSA 4N56A 5C25A 3L2UA 4O0JA 4PWDA 1A5VA 2YNGA 2G8FA 2B4JA 1X9SA 4NCAA 5DK5A 4FYDA 3UIQA 1WLJA 2E6MA 2X74A 3HVTA 3V9UA 2IAJA 4DF4A 4JS5A 4GMJB 4DU4A 2IC3A 1U45A 3T1AA 1XWLA 3DLRA 4CF8A 4Z4EA 3DLKA 4K8ZA 1DTQA 4WE1A 4Z0UA 4CJQA 4DU3A 1S9EA 3OYLA 3ASMA 3NF8A 4N5SA 4DS4A 2QKBA 2LSNA 1C1BA 1NJWA 1J9AA 3S3OA 4OJRA 1GOAA 1KLMA 4K8XA 1SKRA 2O4IA 4O0IA 1RT3A 1W9HA 1TKXA 3TAFA 1BQNA 2IDOA 3L2RA 1SUQA 3OYMA 4RW7A 4FLTA 4HHTA 4KHSA 2BE2A 4CJKA 2EHGA 4DSIA 1TL1A 2WONA 4G1QA 4E7KA 3AO5A 3CG7A 1TKTA 3ZT2A 3LALA 1I39A 4CHZA 4CGDA 2JGUA 2KFNA 3AVHA 1O1WA 2YV0X 4CJFA 3VQ7A 3MXIA 4QAGA 4ICLA 2OPQA 1S5JA 2D0BA 3MXJA 3NDKA 3QERA 1KSPA 4KAZA 3BGRA 1FXXA 2ETJA 3RMAA 4KHYA 4FZYA 2OPPA 1XC9A 2X6SA 5FRMA 1B9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CI6A 4DHYA 3DRPA 1RGIA 1CXQA 5AQOA 4FK0A 3H45C 4FJKA 2O8CB 4O8UA 1NOYA 3AA4A 5FROA 3AV9A 2QWLA 3KWIA 2NRHA 2UU9K 3SQ0A 4O44A 1RDAA 2ZJRL 3U6FA 3BEXA 1KXPA 3NH1A 4LH5A 4FWQA 3RWUA 3DMJA 5FPDA 3HM8A 1GLEG 5KPTA 4KPYA 2HHSA 4N76A 2E6LA 4KTQA 2Z1JA 3P5JA 2Q0RA 4RG8A 5J2MA 4C23A 4BRKA 3V1OA 2JWLA 2D5RA 3ATVA 1NG9A 1Z25A 2NRWA 4DTNA 5DM7L 4JI1K 3OA9A 4DB3A 2G8HA 4BE1A 3CMAN 5HRRA 3PX0A 3L8BA 3J80O 2HF3A 3T19A 4BWMA 4AM7A 3KK3A 1RDDA 3TAEA 3V81A 2UXDK 1HLUA 3F73A 1BI4B 1XC3A 1K8AO 1TV6A 2PAVA 4RW9A 4EIAA 4DSEA 4J2BA 4KHUA 3UE5A 3AY9A 1K8KA 5F1XA 1BA1A 3VENA 4DWIA 2F9WA 1C6VA 3O5BA 5CYMA 3I8DA 2ZJQL 3GDQA 3Q7BA 1RDBA 1C1AA 4KH4A 4YOTA 4CJVA 3VQ8A 3H3NO 3KLFA 4AHVA 1NGEA 4FM1A 4BY9C 5EOYA 3TAMA 4JK7A 3LWLA 4I6MA 4M3UA 2P9IB 1N6QA 1RBTA 3QESA 3MX2A 1VQMN 1ZBSA 1T3VA 1WSGA 4BVOA 2YNHA 3RR7A 3WXJA 3ZYYX 4EHTA 1T7PA 4I9QA 4LFCK 2P9LB 4GKJK 1QZ5A 4JLHA 3PUFA 3EEQA 3A5OC 3CQ8A 1VRUA 3SQ2A 1B92A 1MDUB 1M90O 3HO1A 1JXBA 4KI4A 3NHGA 3KIOA 4JKFA 3K58A 3K5MA 2YNFA 5GAHP 4C8MA 2F96A 1HPZA 3QIOA 4M42A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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