3NQD | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAITVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nqdA00

2A0NA 1QR7A 3P74A 1W3TA 2C18A 4TU1A 3MI3A 1SO3A 5FF7A 3QSRA 3JS3A 5EL1A 5F4WA 3EX4A 4RZ4A 1YTEA 3M47A 3S0CA 4JD4A 4N9EA 4O52A 5DCEA 1BTMA 3LHZA 3WK2A 1LBFA 1QDSA 2OCZA 2Y85A 4NJJA 4JTKA 5F2MA 4NJIA 3L21A 4A29A 1TPFA 2Q3RA 4HNVA 4UFIA 1L6WA 4UTWA 2VFHA 1RV8A 4NJGA 1CI1A 3GB6A 3KVLA 3S1WA 1MO0A 4NQ1A 1S3HA 3QFEA 4AH7A 4UFKA 2QCFA 3KAOA 2BWGA 4RZ6A 4GUFA 3DHFA 3T55A 4DF0A 1TREA 5I3FA 4MYAA 4HSOA 5DXXA 4BI7A 2ABAA 4MYXA 3I6RA 3TUUA 2AGKA 4AHOA 3NAVA 4R53A 4IMDA 4ZQRA 4UTHA 2VFEA 3N19B 3T44A 2CZ5A 4UTIA 3PSVA 4I7VA 1SPQA 1IIHA 3GR8A 4IXHA 5KZMA 4PFMA 1P4CA 4Y90A 4UR7A 3PB0A 4LC8A 3I65A 2RFGA 3LHWA 3N2MA 5HMSA 4UCGA 1WDWA 2ZA3A 3DU0A 1UJPA 1M7PA 3G8EA 1TV8A 1YADA 4QISA 1EP2A 4X3ZA 1QWGA 3TXVA 4FEZA 1WBHA 3UWWA 4O1CA 1R46A 4WY0A 3C2VA 1G4TA 5LNUA 3W1QA 3W2NA 3FIGA 5AHLA 3LTPA 3LCIA 4UFMA 1FQ0A 3NOEA 4AMAA 2YCEA 3P7YA 3UWQA 4Y6GA 1TJPA 3QPYA 4AVFA 3TFXA 3LX9A 4WZHA 2NV2A 3W1AA 3UZJA 2BZNA 5CZSA 3W1RA 4POCA 1AW2A 4LS2A 2VOMA 3WFAA 4P61A 1QPQA 1TCDA 3LBMA 3P61A 3NL5A 1XBYA 1RQBA 1Q6LA 1FDZA 1W5QA 2WOQA 1OFEA 2JBMA 3P67A 3TR2A 3BW4A 2E1DA 2NXIA 1RVGA 3TW6A 3E12A 1ML1A 4O19A 1BWLA 3INPA 4NU7A 3HGJA 3HIJA 3B0UX 3S5NA 3CWNA 2JK2A 3ATZA 5C54A 4EWND 3IVSA 4ORIA 5FI8A 1ICQA 2ZRUA 3B04A 3N73A 4O54A 5AOUA 3GDMA 1GEQA 1KM0A 3S5ZA 2YYUA 2H3DA 1V5XA 2TPSA 3STEA 1KM5A 2PC4A 4ZQNA 1LOQA 4LVFA 1LRNA 3HB9A 3P82A 4XBSA 5G2HA 4O15A 3QQ1A 4HN4A 1P1XA 2CLKA 4LVGA 4FXSA 4KKXA 5DBTA 3W7NA 3N34A 4ADTA 4UTMA 3JRKA 4UIOA 2Z6IA 3KVMA 2Y63A 3DFSA 2GOUA 3LCGA 5TBOA 1P5BA 1VHNA 2WKJA 2P0OA 3A22A 3YPIA 2VFGA 2QKFA 3W07A 1BEUA 3TK7A 2ZRWA 5LGXA 4FHAA 3M7WA 2VFDA 4LUJA 1XI3A 5DCDA 3NQ6A 1OABA 2HS6A 5C5YA 4MZ8A 1LOLA 3HGSA 1SO6A 1JCNA 2YZRA 4DEFA 1W3IA 4LC6A 3W7CA 4RJEA 1FDJA 3EX6A 3L9CA 1YXYA 4YCOA 1HFBA 3AJXA 3IGXA 1HO4A 2ZTJA 4O0ZA 1LLZA 4R33A 1C8VA 1A5BA 4LY8A 1G69A 5BMWA 2CLEA 3W2LA 2C1HA 4ZQCA 2DJXA 3C4UA 4GUHA 4O1AA 1G7VA 4MPQA 1QPRA 3LHTA 4ZQOA 2E5DA 4NVTA 3U2OA 1TQXA 1ZCOA 2NUYA 2PRMA 4NT0A 4XKYA 4FNPA 1O5XA 4IQLA 4JDBA 3LXBA 3P80A 1D9EA 2QDGA 1DQXA 3C2FA 2A7NA 5HWNA 3L0GA 2V5BA 2EPHA 1AK5A 1TPEA 2ZZ7A 3G1SA 3NNTA 1IIGA 3ZWTA 3A24A 4LV4A 1UASA 2QCNA 1KFBA 3ZS4A 2E77A 3BGGA 1HO1A 4UTUA 3TW7A 1I2QA 2C15A 1XBVA 2BXVA 3C2EA 5DY2A 3W22A 4E2DA 1MEWA 1KBJA 1R47A 2Y89A 1H61A 1CW2A 5G2WA 1XFBA 1EUNA 4GNJA 4O4VA 1D3HA 1W31A 1SZEA 1K8XA 3BARA 1OFAA 3SZ8A 2NXHA 5FESA 5EA9A 1LCOA 1A5SA 1H5YA 4K8HA 4X22A 1XL9A 2JKAA 2YX0A 3KFTA 1W5PA 2P10A 5D04C 2YXGA 4WQ6A 1JRBA 1VC4A 2JKEA 1OYBA 1QFEA 5D38A 1C29A 4TR9A 1K8ZA 3CQ0A 3GYEA 4FX7A 3MO7A 1H60A 2TRSA 1U83A 2TYSA 3OEXA 3M5VA 3CTLA 3CHVA 3FS2A 3HG4A 3EWZA 2BTMA 3TSMA 2RDWA 3W1XA 3B06A 3SGZA 5CSRA 1LYXA 3QEZA 3W88A 4EIVA 4UUIA 3SJ3A 1HUVA 1K8YA 4WD0A 4YXGA 4AHQA 4CQ8A 4QJ1A 5KMYA 2NX9A 3OHIA 2ZZ5A 1YXDA 4MY9A 1HTIA 4CCCA 4XUGA 1J5TA 1ZAJA 5CPLA 3LRLA 3WK3A 1X7FA 2H90A 4H6KA 4RR4A 1HL2A 3PBVA 3L68A 1YTDA 1LRQA 3HPSA 4QQ3A 1OFBA 2QJHA 4K38A 4Z08A 3DZ1A 4RXFA 4DBEA 1JQVA 4JN6A 4FX8A 4O28A 1O60A 2QAPA 3VCRA 1K7XA 3UWUA 3LCXA 3SGUA 1YPFA 2Z2UA 2ZCGA 3E9AA 3M44A 8TIMA 3RF9A 2OJPA 1SW3A 1T96A 1K7EA 1H7RA 1XKYA 4NXKA 4GC4A 4Y9AA 3OVQA 1SW7A 1H7NA 5F2IA 1KFEA 3TJLA 1I2PA 4WX2A 3QF0A 5HR7A 1OX5A 2ZRYA 2FLIA 4IPIA 5F2LA 2QCDB 5G1YA 2V30A 1D3GA 1M6JA 3LRKA 3O1NA 4A22A 3DGRA 4L4MA 3E02A 3PB2A 2B7OA 2BSLA 3BV4A 3UXDA 1VYRA 4DQWA 3W1LA 2E6AA 3GNDA 4GUJA 3GXTA 4NJKA 5SWUA 3U6WA 4UTKA 1F05A 6ALDA 3T4CA 3R5EA 3N9SA 4KFOA 1F7BA 1GWJA 5HNRA 1EUAA 4FIRA 3WJWA 1KM4A 3QSTA 4YCPA 2H8ZA 4LWWA 3RMJA 4RK8A 4UC5A 5IBXC 4ZQPA 4DBDA 3L66A 1GZGA 4BK9A 4UXDA 3M1ZA 2G5WA 1GG0A 1LLWA 3TIMA 1TIMA 4WOZA 2EAWA 4PL1A 4LRSA 4JX5A 1V7YA 1ME9A 4Q33A 2C3ZA 3MJYA 2DJLA 5BOOA 3C8FA 3BW2A 2FPYA 3PG8A 1LM1A 3T7VA 1PIIA 3M6YA 3QRHA 4UNLA 3CIXA 3JR2A 4XQ6A 3W1PA 1W5NA 3EX3A 3HGOA 5K3VA 1DVJA 4OU1A 4LV9A 4DPPA 1VRDA 1KLZA 3R13A 4ZMGA 2H8XA 4O53A 3S42A 4LVDA 2R8WA 4LVBA 2BX7A 2WNQA 3UWZA 2FB2A 1CX9A 4CNOA 3NM1A 2JGYA 3G1AA 4GUGA 1EP3A 1Y0EA 1ZNNA 2ZDRA 1P0NA 3CPRA 4A2SA 3QW4B 3L0KA 5U7SA 4IX0A 5G4EA 3A23A 1W5OA 5AHMA 2CW6A 3DENA 1EWEA 4JTEA 5CKSA 4H4IA 2ALDA 1Z48A 4IPJA 5AHNA 1I2NA 3LHUA 1J2WA 5EMUA 5FEXA 3FEMA 4AEOA 3TSDA 2A1YA 4O11A 1S5WA 3PR2A 5I3IA 4UMCA 1FWNA 4D2JA 5LNWA 3DHDA 3P5ZA 4FNQA 4M19A 3KVJA 4XZ9A 1TV5A 1PE1A 4W9TA 1QO2A 3G1FA 4M6QA 4MJZA 3LB0A 5D2XA 2B7PA 5K7JA 3BK0A 4MY8A 3TJXA 3L0NA 1QCWA 4JTUA 3NO5A 3G0XA 3O6YX 3PY2A 3TDFA 3RLUA 5IM51 1Q6OA 4BWLA 2GQ8A 4RV8A 1YDVA 1OX4B 2GVGA 4JTTA 5AC7A 5HQEA 3G0UA 1F74A 3MUXA 5I3JA 4ZVJA 1WAUA 1T99A 3I7QA 3EKZA 3TNOA 3MBFA 3PUEA 1O5KA 1S5TA 1MEHA 5KZDA 3VNDA 5D2TA 4EF9A 3TXZA 1UBSA 3S6DA 4PODA 1OHLA 3UXAA 2F84A 3IVTA 4UFHA 3HG5A 4RLIA 3ZFHA 2NZLA 5CZ0A 4L4LA 4RX0A 1XUZA 3KRUA 5EKYA 3O16A 3TQVA 4JTJA 1O4UA 2WJZA 3NPUA 4UTTC 3EX2A 1K02A 3L65A 4N9DA 4AWSA 1C9DA 3NQVA 2GVJA 4AXKA 4NXSA 1I2OA 4OV4A 3N3MA 2A5HA 2WSRA 1WXJA 3QJAA 1OFDA 3O6CA 2WQPA 2X30A 1RR2A 1DJQA 3FJLA 1K3UA 3LV6A 4FB7A 1X1ZA 4N4QA 2CWNA 1A5CA 3NPVA 1F2JA 1ICSA 1GQNA 3TCEA 1R2RA 3MMTA 3B03A 2HS8A 3B0PA 4YWIA 3EXSA 3LTSA 3DAQA 2V9DA 3ELFA 1TO3A 5DXYA 4BF9A 3SIZA 5CZJA 3S1UA 1VJIA 3LLFA 2B7QA 3OG3A 3W7HA 5I3HA 1EPXA 4N9BA 3IIVA 2QR6A 1AG1O 1ZAHA 1FXQA 3GK0A 3FYPA 3GLCA 2GPTA 1O95A 2V8ZA 5E0KA 3EWUA 3VFLA 1PVNA 3EEGA 1LOSA 2XFWA 2ISVA 2I14A 1GVRA 2A2IA 2YFNA 4FNRA 1YTKA 2EHHA 4JY9A 4S1FA 4IMCA 3LCFA 2GJNA 4XTDA 4AF0B 2W6RA 4HKPA 4AB4A 2QDHA 1XBXA 2E6YA 1JULA 2ATMA 1VHCA 3M5XA 3HPXA 1I8JA 1QNVA 3PF3A 1ME8A 2X1UA 3FKRA 5DY3A 3G3DA 5LNVA 5DN1A 5C55A 1O94A 3HBLA 1W0MA 1XUUA 5D2YA 4QNWA 4JGDA 3C2OA 3Q94A 3W1TA 2RKXA 2W79A 2I1OA 1MSSA 1B9BA 1NEYA 5AYZA 4Z1BA 1YLVA 2YFOA 4QNEA 3NGJA 1X8FA 3FA5A 4MFEA 1Q45A 2ZRZA 1W56A 3NR0A 3W7QA 3W86A 4PTNA 2FQIA 1H7XA 3IV3A 2PCQA 3PULA 4U4MA 2DZVA 2QCDA 5EYWA 1L6SA 3LM7A 4MLRA 3I7RA 3OA3A 3P84A 4N9CA 4DO6A 4OV9A 2C13A 4MJMA 3MI6A 4HSNA 2E5CA 3UZ5A 1NAL1 3T40A 4IOTA 3STCA 4OGZA 1TJRA 1I4NA 1G7UA 4HNTA 1UCWA 3NL6A 1FWWA 4ZL1A 3ABQA 1QPOA 4CNNA 2H3BA 4E38A 4RZ5A 1SW0A 2ZTKA 5KSWA 3FLUA 1PHQA 2EF9A 1DHPA 2DU2A 2QCGA 3C61A 3V75A 3FYOA 5TIMA 4MLJA 2C0AA 1T0OA 4NUWA 3PSWA 2QCMA 1FWTA 3T78A 1KM2A 2GQAA 2YW3A 1SQ7A 1JQXA 4JS3A 4KFPA 1LDCA 2XN1A 2PRLA 4ADSA 3F1QA 1VYSX 3NVTA 3GIYA 3EWYA 4K7VA 4M7TA 1EWDA 3MYPA 3PUOA 1GTHA 2ZZ1A 2VFIA 5LSMA 2Z0IA 4TIMA 2NLIA 4UFJA 3DFTA 4P2VA 4Z1DA 3GZ3A 3PAJA 3W75A 2Q3OA 3UYCA 5LKYA 5FF2A 3G3MA 4ICNA 1K03A 3PBWA 1VGAA 1A5AA 3R12A 1OK6A 2XN2A 3M0ZA 2AQWA 4YL2A 4JX6A 2DZPA 5A5WA 3C56A 2Y7DA 3MWAA 2NWSA 4WXZA 3F4WA 3EWXA 3PVFA 3KX6A 1TYGA 1UB3A 3LCHA 3PWAA 3KRSA 1K7FA 1GVQA 1XBZA 1UUOA 2E5BA 3L5LA 3O06A 3S5YA 3O63A 3LXCA 3C52A 1WA3A 1M7OA 3M41A 5D05A 3NQ2A 2YDAA 4XBKA 1TTQA 5DBUA 1FXPA 2A7PA 2Y7FA 1B3OA 4LUIA 4ML9A 5C2XA 4HPJA 5EBUA 3KXQA 1RD5A 3NL3A 2OMAA 2Y7EA 1EB3A 4G1KA 2E68A 3PS7A 4JTGA 1NFBA 3Q37A 1YYAA 1KTCA 2CZEA 1IXNA 4MY1A 2YR1A 5K2ZA 4GWEA 2B7NA 4O13A 1FDYA 4WUIA 5BW6A 4O12A 4JTHA 3DH7A 5F4SA 2G97A 4HNUA 1KM3A 2WPBA 1TRIA 1KA9F 3CB8A 4C1LA 3G8RA 3W1NA 2DP3A 3BO9A 3KHJA 5LHEA 3GXNA 1VH7A 5LNSA 3TMQA 1FY6A 2F7FA 4O1DA 3A9IA 3QZEA 3NL2A 5IBXA 2J24A 3NPXA 3WJYA 3UWYA 1OFQA 2RDTA 3G1HA 1PV8A 5FF4A 4IJBA 2ISWA 5C6MA 3P81A 4HHPA 3O8AA 5FEWA 2BLEA 3G18A 3NPWA 4EF8A 2O7QA 4GUIA 5HINA 4OHQA 3CWOX 4WY0B 3DFPA 1H63A 1R2SA 5HJLA 1H51A 1EP1A 2CLLA 3GDKA 3TE9A 1JUEA 1N7KA 1DORA 1LZOA 3C6CA 2NWRA 2V0TA 3U8GA 2J6XA 3FKKA 1FUYA 1FWRA 1VLWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NQDA

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