3NR6A

Crystal structure of xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) protease
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
124
structure length
120
Chain Sequence
TLGDQGGQGQEPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Protease p14
publication title Crystal structure of XMRV protease differs from the structures of other retropepsins.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp62
total genus 27
structure length 120
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nr6A00
5P1RA 3OUAA 4ZSPA 5P7RA 5P0YA 5P6AA 1LS5A 1MIQA 3BGCA 5P8PA 3I25A 2J9KA 5P4TA 1LYBA 4Y4JA 2QI0A 5HCTA 1B6PA 4Y51A 2JYSA 5P8LA 3GI5A 2VJ6A 1KZKA 1LF2A 4PYVA 3QVCA 4Q5MA 1HPOA 4J1CA 4Y3YA 2BPVA 2BPZA 3SKFA 4QJ9A 5P8HA 2NMZA 3FSMA 4Y3LA 5P7UA 5DR7A 3ER5E 1IDAA 3GI6A 1SMEA 1B6KA 3NDUA 1W5YA 5P6VA 4UPJA 5P2HA 3PI5A 3PSGA 5BWYA 3HZCA 3O9BA 5P4MA 1GNNA 5P3GA 5P37A 3BVBA 1MERA 5P1CA 2V16C 5P4UA 4YBFA 4B72A 4APRE 3LPKA 3FX5A 1XS7D 3RTHA 5OYXA 1ZSFA 2WJOA 2F3KA 2O40A 2AOHA 2FGVA 3QBHA 4Y57A 5ISKA 3EKTA 3OGQA 4Y3NA 3ZKQA 4X7IA 3OADA 2P3BA 3LITA 4K9HA 4KUPA 3EM3A 5P0OA 1IVPA 2VJ7A 2XFIA 2NMYA 3EKYA 3ST5A 5HE5A 4GMIA 5P3PA 2F3FA 2FIVA 5P27A 2G21A 1EPOE 5P4OA 4WTUA 3T6IA 4Y3MA 4EWOA 5P5XA 3S43B 4OBGA 1ODYA 5P25A 5P6EA 4Y5CA 4H3GA 1E5OE 4Y53A 5P02A 2RSPA 4DFGA 1D4IA 1FQ6A 4D83A 4WY1A 4PZXA 5OZSA 4RRNA 5P33A 2QCIA 5P78A 4EXGA 1RNEA 3PSYA 1HVSA 3PB5A 3UFLA 5P1MA 4RVJA 2ZYEA 3UCBA 1YG9A 3OTYA 5P55A 5OYTA 2VS2A 4CPRA 2JJJA 2FDEA 5OZTA 1SIPA 1TZSA 3OY4A 3G72A 1LYAB 2XFKA 1HSIA 4DJXA 4XKXA 5P5QA 5P0RA 1PSOE 5P85A 1EC0A 2G69A 3PGIA 1TQFA 4J0VA 4R95A 1YX9A 4RZ1A 5DR4A 3ZMGA 3VSWA 4Y3JA 3O9AA 4J5JA 1QBSA 2R43A 1E82E 3VV7A 4A4QA 3WB4A 1AIDA 3OQFA 1MESA 5P8IA 1GVWA 3KFRA 5ER1E 3NU4A 3KT2A 3LINA 5P5FA 5P8AA 1CZIE 2UXZA 5P5ZA 1DPJA 1FQ7A 2QAKA 3OUBA 1BWAA 5P7CA 5AHCA 3QS1A 4KE0A 5F01A 5OZ5A 5P09A 3UDYA 5P80A 3UDNA 5KR8A 4Y36A 3KMXA 4B70A 1DP5A 3WB5A 5DGUA 4ZSRA 1EBYA 2PSUA 3S85A 5KR2A 5F00A 5P4KA 3VFAA 4Y4GA 3K5GA 3PBDA 3NXEA 2EWYA 5P0SA 5P47A 5DPZA 5P5JA 5P68A 4ER1E 4FM6A 2OHUA 4NJVA 2QMGA 4DPIA 3OUDB 5COPA 1IZEA 5OZIA 3APRE 2Z4OA 1JLDA 5P3OA 3VFBA 1TSQA 1K6PA 3S45A 1GKTA 5P86A 3VYEA 2PQZA 5P14A 5P17A 2PWRA 3MSKA 3LIYA 5P7KA 4H1EA 5P18A 4TRZA 2VIZA 3OU1B 1HPXA 1K1TA 2ZJNA 1LF3A 3Q6YA 1EBKC 4DJUA 4YHQA 5P7PA 5P1JA 3EXOA 3QI1A 2OHKA 2QNNA 2VJ9A 5P0IA 3QRMA 3OU4A 3UFNA 4YD7A 5P24A 5P49A 4JOOA 4QJAA 5P60A 2I1AA 5P4BA 4ZPFA 1HVKA 5P11A 3BVAA 3OTSA 1MSNA 1ZLFA 3R4BA 4LP9A 3L5EA 2FNTA 1GVXA 4Y9WA 5P0BA 2HAHA 3T3CA 3EKXA 4JPEA 2UPJA 5P01A 3UQXA 1B11A 1K1UA 3TPLA 4COEA 4Y5AA 1A9MA 4LAPA 3DV5A 4I0FA 1HVRA 1RQ9A 3I2LA 5P6UA 3LZSA 3KN0A 4Y3WA 4Y6MA 4DJWA 5P4XA 2IRZA 5P6PA 1FG6C 1YTIA 5P56A 5P38A 5P6HA 3Q4BA 1APVE 2BJUA 2OAHA 3PVKA 3EKWA 3KA2A 2CEJA 2I0DA 1IBQA 3L5FA 3A2OA 4OBZB 2QI3A 4Y45A 3SQFA 3NUOA 4FS4A 3PM4A 5P2CA 4Y5NA 3VV6A 3DOXA 3QROA 5OYZA 4YOBA 3KM4A 4E43A 1IIQA 1HTGA 1K2CA 1MUIA 3PSUA 2VIYA 3OQAA 4NKKA 4EJDA 4Z22A 3IN3A 5P34A 5AH7A 9HVPA 5OYSA 1B5FA 5P5DA 5C9DA 5P6DA 4YD3A 2AVOA 4RROA 3CMSA 3EKPA 3UHLA 1K6CA 3INEA 3QIHA 5P67A 5P6ZA 2FDDA 1LYBB 1XL2A 2OHQA 5P5LA 5P8RA 4RYGA 5P53A 5P13A 3EL0A 3OQDA 3LPJA 2R9BA 1DW6C 1KJ4A 3SKGA 1EBZA 2WF4A 1HEFE 5P2NA 1TW7A 3MSJA 5P2IA 5P89A 3OGPA 3LIVA 3OXCA 5P5NA 1GNMA 3SA3A 5P0QA 2R5QA 2I4QA 4Y4EA 5OZ7A 5P2MA 3OUDA 1A8KA 4GB2A 5P3LA 4Y3GA 3NWXA 1SDTA 2ZJLA 5P8MA 1A8GA 3NUJA 1M43A 4Z50A 4J17A 3NU3A 1FGCC 1G6LA 4NPUA 4EJKA 5HDVA 4OD9A 4B77A 1BDRA 2Q5KA 3NSHA 5P10A 1NPWA 4J55A 2BKTA 2WHHA 5P6GA 3S8IA 3BUHA 3BXRA 3KFSA 5P7EA 4CPXA 2BB9A 5P3TA 1HXBA 3IXKA 4Y3TA 5P8TA 4J0YA 4Y58A 5DQ1A 3VCMA 5JFPA 1WBKA 3G6ZA 1M4HA 1EC3A 4NPTA 2BQVA 4YCKA 2QP8A 5KAOA 3PEPA 4LBTA 5OZ8A 5P1GA 3OHHA 3TKGA 3GI0A 3OOZA 5P06A 3NDTA 1LZQA 5P0EA 4GJBA 3S53A 2V13A 4Y4WA 5P82A 3SABA 5AH6A 2QI1A 3ZLQA 2FGUA 1ENTE 3CKRA 4Y3FA 5AH9A 2Q3KA 5IVQA 1HTRB 5P0MA 2RENA 1CMSA 2ZJKA 3IA9A 3WZ7A 4F73A 5P2XA 2QNPA 5P0JA 1FEJC 3S2OA 1APTE 4I1CA 5CONA 1MRXA 1MTBA 3EL4A 1BXOA 5P22A 5P0GA 1YTHA 3EL9A 3KDDA 5P2WA 2QZWA 2UY0A 3EBZA 5P4FA 2WF1A 3GI4A 3IVHA 4H3IA 1YM2A 3LPIA 5JODA 3GGXA 4ZPGA 4DJYA 5P0WA 3VF7A 2F3EA 2NNKA 5P39A 4H3FA 2HS2A 4B1CA 1HWRA 2G1SA 1IZHA 5P1NA 3BUGA 2VA6A 3SFCA 4AA8A 1ZTZA 4FL8A 5P03A 5P2GA 2IDWA 5P8OA 5P44A 4HE9A 5P72A 4L6BA 5DQCA 1EBWA 4RRSA 3SA9A 4HZTA 5P62A 3TKWA 4BFDA 5I3WA 1VIKA 2HB3A 2R3WA 3L5BA 5P6LA 3TLHA 1BVGA 4FM8A 1C6ZA 1PPLE 2OHSA 1FB7A 2APRA 4XX3A 5P4GA 5P0NA 3TOGA 1ODWA 4DH6A 5OZLA 4RGHA 5P1PA 4CPSA 4FRSA 3N3IA 3INHA 3L38A 5HDUA 5P7FA 4J0PA 2AODA 1AZ5A 2NXMA 1Z8CA 5P3DA 1T6GA 5P3RA 2WF0A 4GZFA 4I0HA 2ZDZA 3CICA 5P3ZA 1W6HA 4Y4AA 1OHRA 2QZLA 2PSGA 4Y3XA 3JW2A 5KQFA 5OYRA 5P3IA 5OZKA 3GGAA 1LF4A 1OD1A 3H5BA 5ENKA 2IENA 3ECGA 4EXHA 4FSLA 3KFNA 3OHFA 5HCOA 5OZ6A 1G2KA 5P2FA 1FFFC 5P7GA 5P6OA 5OZZA 1Z1RA 3CYXA 4AUCA 1GVUA 5P4EA 4DJOA 1D4HA 3MWSA 5AHBA 5P30A 5P3BA 5P5TA 3D1XA 4I8ZA 5P2YA 4RVXA 5HU0A 2ER0E 3SA5A 4JECA 3OU4B 1BILA 2JXRA 5P3KA 5OZFA 5COKA 4L7HA 5C9FA 3NLSA 1QS8A 5P5WA 2AVQA 2ZGAA 4Y3QA 2PYMA 2QI4A 1B6MA 3OQKA 4DPFA 1MEUA 1EEDP 5B18A 2PYNA 5P6MA 1D4LA 4QJ2A 5P69A 2NTRA 4Y5KA 4Y3RA 1MTRA 3LIZA 2G94A 4WY6A 1PPME 2AZ8A 4GJ5A 5P5BA 4GYEA 1XDHA 5P2VA 3BC4A 3F9QA 5DQ2A 2B8LA 3OWNA 5EZZA 5P5UA 2WEAA 2AZCA 4YBIA 1FMXA 3SPKA 2WL0A 2OHRA 2B8VA 1SIVA 4YA8A 3SO9A 5P1QA 4R93A 2QZXA 2VKMA 3O9LA 4K4PA 3S54A 2AQUA 1KJGA 3UDMA 1SDVA 5KR1A 5P7XA 3BUFA 4Y3ZA 2ZJHA 4TVGA 5SZ9A 5P3AA 3I6OA 4I11A 4M8XA 5P3QA 2PWCA 1T7KA 3QRSA 5BS4A 3SA6A 1K2BA 2Q55A 5P0UA 3VF5A 4R92A 3ZKGA 5JFUA 3K4VA 2ZHVA 4DJQA 5E5JA 4B1EA 3OK9A 3D3TA 1B5FB 5OZBA 4I0IA 3INFA 3L5CA 5OZGA 1BV9A 5P7NA 3CIDA 2Q15A 4PZWA 3VV8A 3PI0A 5P6JA 3QBFA 4J1KA 5P6IA 1MPPA 3KMYA 3UDHA 5IE1A 1OEWA 3GW5A 3BRAA 5OZRA 5P65A 3R1GB 3CYWA 1D4SA 2QK5A 2QMFA 5DR1A 3QN8A 4R91A 3APPA 2NR6A 5DR3A 5P7VA 4L1AA 2QI5A 3B7VA 3K1WA 5P70A 5OZHA 3DV1A 5P2JA 1LYWA 2PC0A 5P61A 5P23A 5ER2E 1APWE 2AOGA 4A6CA 2AVVA 4Q1NA 2J9JA 2P3AA 1EPNE 1HSHA 3O9CA 2VIJA 5P8EA 2QNQA 5OZ2A 3TPPA 2HPEA 4CPUA 3OOTA 5P6RA 4DJVA 3T7QA 5P81A 4Y39A 1FQXA 4OD9B 3HLOA 1HHPA 2PMAA 3BHEA 3NU6A 4Y3AA 5UPJA 8HVPA 2ZHRA 5P5KA 5P16A 1DAZC 2R38A 4J0TA 3PWRA 5P6BA 2WF3A 2QU2A 3RTNA 5OZQA 3URIA 2JE4A 5P4ZA 4NJTA 1TCWA 2IGYA 5P75A 2AVMA 5P8GA 3WZ8A 1W5VA 5P1LA 2NPHA 4OBHA 3MXEA 5P8NA 2I4XA 1MRWA 2OF0A 1ME6A 4DJRA 1AM5A 2PK6A 2OHMA 1YM4A 4PPHA 1EPLE 5P41A 5P7DA 2FMBA 2H6SA 4HLAA 3N4LA 4YDFA 2QD7A 4D85A 5P3CA 1FLHA 5OZOA 2Q11A 5P31A 5P79A 1M0BA 4ZEAA 1PSNA 1META 5P87A 4FIVA 5P2BA 2XYFA 4DQHA 1LEEA 3LHGA 1FQ4A 2P3DA 5P1FA 5E5KA 1MT9A 2SAMA 1EC2A 1IVQA 5P7AA 4LXKA 3PCZA 5P58A 4X2LA 1T7IA 3KFPA 5P0ZA 5P6WA 2B7ZA 1NPVA 2AOIA 1XN2A 3NR6A 5JG1A 3PBZA 3TH9A 5P1KA 3VYFA 4HVPA 3CKPA 1Q9PA 2O4KA 5P54A 4Y5BA 2XFJA 5OYVA 5P4DA 4PEPA 4OBFA 2OHPA 1OEXA 5P4JA 2QHZA 4LXAA 5P07A 4I8WA 5P28A 2RKGA 2CENA 1T6EX 5OZ9A 1NSOA 5P2OA 3ZKSA 3DM6A 3LZYA 1AXAA 1SBGA 1YTGA 5IVRA 1QRPE 1ZAPA 5OZAA 3T7XA 4J0ZA 2QU3A 4MC2A 5P3SA 5P6YA 4N00A 5KOQA 6UPJA 4Y4XA 5KQXA 2QMDA 5P04A 4D8CA 1NPAA 4ACXA 1EPQE 1ODXA 1HTEA 4LL3A 1DIFA 1WKRA 1E80E 2FS4A 5P4CA 2OHLA 5P0FA 1AAQA 3U71A 4Y5PA 2V11C 2AOFA 4I0EA 4D89A 3UF3A 4GJ7A 4Y4DA 1DMPA 1QBRA 2Q63A 3FV3A 5P8DA 1FF0C 2ZJIA 4GJAA 3HVGA 3TNEA 5IS4A 2OHTA 4RVIA 5P0CA 5P5AA 2HPFA 5OZPA 2FXEA 4MC9A 1PROA 2NNPA 3RSVA 4FCOA 2AOEA 4JP9A 5P8JA 3IXJA 4DQCA 3EMYA 5OZVA 4I0DA 1BIMA 3AUPA 5OZ0A 4DQGA 2G1YA 5SXNA 5P5VA 5P7IA 1APUE 3QP0A 4K8SA 5ENMA 3DCKA 5SY3A 5P2QA 5DQ4A 3K5DA 5P29A 4EJ8A 1A94A 5DQ5A 5P1SA 4FLGA 5P1ZA 3KT5A 5P0LA 4DV9A 5P51A 1SP5A 3VEUA 2IS0A 1BBSA 4Y41A 4ACUA 1HVJA 3URLA 1EPPE 6APRE 5OZWA 1HXWA 5HTZA 1K6VA 5I70A 1BV7A 3HAUA 4EYRA 1TCXA 5P8UA 3SAAA 3PMYA 2P83A 5I3VA 2AZBA 5HDZA 5P7HA 5P3MA 3KF0A 4IVTA 4A6BA 1WBMA 2G22A 3QPJA 3O9IA 4DQBA 3LNKA 1B6JA 2B42A 2FDPA 3Q3TA 1HPVA 4OBJA 4I0GA 2I4WA 3VF3A 4Y5LA 3MXDA 2G1OA 2WEDA 5J25A 4GJ9A 1EPME 2Q64A 3CIBA 3VLBA 5P5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1R A;  3OUA A;  4ZSP A;  5P7R A;  5P0Y A;  5P6A A;  1LS5 A;  1MIQ A;  3BGC A;  5P8P A;  3I25 A;  2J9K A;  5P4T A;  1LYB A;  4Y4J A;  2QI0 A;  5HCT A;  1B6P A;  4Y51 A;  2JYS A;  5P8L A;  3GI5 A;  2VJ6 A;  1KZK A;  1LF2 A;  4PYV A;  3QVC A;  4Q5M A;  1HPO A;  4J1C A;  4Y3Y A;  2BPV A;  2BPZ A;  3SKF A;  4QJ9 A;  5P8H A;  2NMZ A;  3FSM A;  4Y3L A;  5P7U A;  5DR7 A;  3ER5 E;  1IDA A;  3GI6 A;  1SME A;  1B6K A;  3NDU A;  1W5Y A;  5P6V A;  4UPJ A;  5P2H A;  3PI5 A;  3PSG A;  5BWY A;  3HZC A;  3O9B A;  5P4M A;  1GNN A;  5P3G A;  5P37 A;  3BVB A;  1MER A;  5P1C A;  2V16 C;  5P4U A;  4YBF A;  4B72 A;  4APR E;  3LPK A;  3FX5 A;  1XS7 D;  3RTH A;  5OYX A;  1ZSF A;  2WJO A;  2F3K A;  2O40 A;  2AOH A;  2FGV A;  3QBH A;  4Y57 A;  5ISK A;  3EKT A;  3OGQ A;  4Y3N A;  3ZKQ A;  4X7I A;  3OAD A;  2P3B A;  3LIT A;  4K9H A;  4KUP A;  3EM3 A;  5P0O A;  1IVP A;  2VJ7 A;  2XFI A;  2NMY A;  3EKY A;  3ST5 A;  5HE5 A;  4GMI A;  5P3P A;  2F3F A;  2FIV A;  5P27 A;  2G21 A;  1EPO E;  5P4O A;  4WTU A;  3T6I A;  4Y3M A;  4EWO A;  5P5X A;  3S43 B;  4OBG A;  1ODY A;  5P25 A;  5P6E A;  4Y5C A;  4H3G A;  1E5O E;  4Y53 A;  5P02 A;  2RSP A;  4DFG A;  1D4I A;  1FQ6 A;  4D83 A;  4WY1 A;  4PZX A;  5OZS A;  4RRN A;  5P33 A;  2QCI A;  5P78 A;  4EXG A;  1RNE A;  3PSY A;  1HVS A;  3PB5 A;  3UFL A;  5P1M A;  4RVJ A;  2ZYE A;  3UCB A;  1YG9 A;  3OTY A;  5P55 A;  5OYT A;  2VS2 A;  4CPR A;  2JJJ A;  2FDE A;  5OZT A;  1SIP A;  1TZS A;  3OY4 A;  3G72 A;  1LYA B;  2XFK A;  1HSI A;  4DJX A;  4XKX A;  5P5Q A;  5P0R A;  1PSO E;  5P85 A;  1EC0 A;  2G69 A;  3PGI A;  1TQF A;  4J0V A;  4R95 A;  1YX9 A;  4RZ1 A;  5DR4 A;  3ZMG A;  3VSW A;  4Y3J A;  3O9A A;  4J5J A;  1QBS A;  2R43 A;  1E82 E;  3VV7 A;  4A4Q A;  3WB4 A;  1AID A;  3OQF A;  1MES A;  5P8I A;  1GVW A;  3KFR A;  5ER1 E;  3NU4 A;  3KT2 A;  3LIN A;  5P5F A;  5P8A A;  1CZI E;  2UXZ A;  5P5Z A;  1DPJ A;  1FQ7 A;  2QAK A;  3OUB A;  1BWA A;  5P7C A;  5AHC A;  3QS1 A;  4KE0 A;  5F01 A;  5OZ5 A;  5P09 A;  3UDY A;  5P80 A;  3UDN A;  5KR8 A;  4Y36 A;  3KMX A;  4B70 A;  1DP5 A;  3WB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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