The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
b'SEALKILNNIRTLRAQARESTLETLEEMLEKLEVVVNERREEESAAAAEVEERTRKLQQYREMLIADGIDPNELLNSMAAA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
H-NS forms a superhelical protein scaffold for DNA condensation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA-binding protein H-NS
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| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule tags |
Dna binding protein
|
| total genus |
29
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | H-NS histone-like proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NI8 A; 2MW2 B; 3NR7 A; 1LR1 A; 4ICG A; 1OV9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KL1 A; 3OAA G; 2Y69 B; 4IIJ A; 2WLK A; 4UCU A; 5HFL A; 2Z0A A; 4LFB O; 2EJR A; 2CH7 B; 3B8M A; 2N74 A; 1Q8I A; 1SQG A; 2JJ1 G; 3H1I H; 3PJS K; 1O9H A; 2QWN B; 4DRX A; 1XMQ B; 2PUS A; 2UUB O; 4DV6 O; 2DQ3 A; 2EIN B; 4JI7 O; 5LGU A; 5KA6 A; 1DK1 A; 3CC2 V; 3FFQ A; 1V54 B; 4XDL A; 3JAK A; 5BMV A; 2UUC B; 1UPG A; 3M8A A; 3G4S V; 3CYO A; 1AB3 A; 1M4U A; 3SPJ A; 1Q82 W; 3QF7 A; 3QNE A; 4MVR A; 2UXX A; 5CA1 B; 3DGE A; 4EB6 B; 4FLW A; 3KZI Z; 4MTF A; 2RNB A; 1H2L A; 2O57 A; 4HBN A; 3L71 H; 1I94 B; 1FFX B; 1SET A; 1N34 O; 3BVO A; 2IBZ H; 1VQ9 V; 3T4Z A; 1NR7 A; 2VQE O; 3ABL C; 5JQG B; 4KHP B; 2Q7E A; 4B3M O; 1QQC A; 4CH6 A; 1M1K W; 5LBQ A; 1ARO P; 1ZL8 B; 2R9R B; 3D36 C; 3E22 B; 1AJP A; 4G28 B; 2KG7 A; 4UB6 Z; 5FPR A; 2ZIN A; 5LXT A; 2P6J A; 1GN2 A; 5FPO A; 3KCX A; 5DM6 V; 1M57 C; 5L3D A; 4ZHQ B; 2RDC A; 4DV7 B; 4YXW G; 5LHH A; 4WFH A; 1WB8 A; 1KD1 W; 1KQS U; 3DC5 A; 5B1N A; 2Q7H A; 2Q9L A; 1XNQ O; 1JVM A; 2GV9 A; 2R70 A; 4B7K A; 2LGQ A; 2P06 A; 3CJH A; 4DR1 B; 1WPX A; 4CS2 A; 1RPR A; 1V55 B; 3A0R A; 3WG7 B; 3HKB B; 4RQF A; 2DYS B; 2CE4 A; 2JGD A; 4J10 A; 1Q90 D; 5JH7 A; 4EEQ A; 4E4E A; 1AI7 A; 2EZO A; 4J9Y B; 4FM0 A; 1COW G; 4HYO A; 2P4V A; 2Q0A A; 5IWA O; 1ZWI C; 4AQY B; 3U0Z A; 4FJC C; 2UXB B; 2CTR A; 5LHG A; 2E76 B; 1P7G A; 5L3E A; 1M90 W; 1X59 A; 4DUY B; 2E3C A; 2Z5U A; 4J9Z B; 1K3E A; 2XND G; 5KHK A; 4JYA O; 4IYI A; 4DW1 A; 3C3S A; 4LBE C; 4OX9 B; 3VQY A; 5JJJ B; 4BWA A; 4MT8 A; 3RYI A; 1Y76 A; 4JV5 O; 2ZDI C; 4I5S A; 3MD0 A; 2OCC B; 3L70 H; 5FNV A; 5IDJ A; 5IY5 C; 2DN9 A; 2WLI B; 3BEH A; 2OTL V; 4O4L A; 1GN4 A; 2KSD A; 3F5T A; 4OPH A; 5LGN A; 3G6B A; 5JWP A; 2JGU A; 1GO3 F; 5LYJ A; 5KHG A; 4LFB B; 3RYH B; 2P4K A; 1H2G A; 4J7Z A; 1GN6 A; 3HKE A; 2Y48 A; 4JI5 O; 5CMU A; 3U10 A; 2ZE7 A; 3P3P A; 2WLH A; 1RM1 B; 3SYO A; 4UCR A; 1GTO A; 2IU3 A; 2LQT A; 1AI4 A; 4R50 A; 3OFN G; 1D2D A; 4U3J B; 3CD6 V; 2VWK A; 1GRJ A; 3ZHS A; 3OEH G; 2QWQ B; 4X65 O; 4XDK A; 2LW7 A; 4FFB A; 2YXL A; 1VF6 C; 3JCZ A; 4DV2 O; 2XAJ A; 5BXZ A; 1XEQ A; 5J2U B; 4RWU A; 4LH7 A; 1FAF A; 2F4V O; 4JAV A; 4FZ0 A; 2PZS A; 1N33 B; 2DYR B; 4ABM A; 2ITD C; 3ZCC A; 2WPD G; 1VF7 A; 2ZKO A; 1IDS A; 3MHH C; 3I5D A; 2EIJ B; 1WP7 A; 1Z5W A; 4X64 B; 1M56 B; 4YHH B; 4LF6 B; 1Z5V A; 1OCC B; 1AJN A; 3FX7 A; 4O4J B; 3ML0 A; 1YVW A; 4UVC A; 2QKS A; 4GUN A; 2YSU B; 1YJW V; 2RN9 A; 2IJH A; 1J95 A; 2BSK A; 3BA8 A; 3B77 A; 4I0X A; 5B1B C; 1S5L Z; 4FFK A; 4JI2 B; 1SQP H; 5KAF Z; 3JAS A; 3E2E A; 1I5X A; 1XNQ B; 4LP8 A; 5K1P A; 4JI4 B; 3SJA C; 4QE9 A; 1CEZ A; 2AHY A; 1VF5 B; 5B1O A; 1PP9 H; 3W7W A; 4TQD A; 1GM9 A; 2ZM6 O; 2ZXW C; 4LF7 O; 2BCC H; 4I9Q A; 2V4D A; 4DO2 A; 3RVY A; 4PD4 F; 1VMG A; 2ARH A; 2FB5 A; 2YEV B; 5JVD B; 2PI4 A; 5C8Y A; 4DW0 A; 1P49 A; 1TA8 A; 2Y0I A; 1FXK B; 4FVM A; 1S72 V; 3JAT B; 1Q6U A; 5J2T B; 4R6Z A; 3CE2 A; 1WAZ A; 4I55 A; 1PD3 A; 1RSO A; 4JYA B; 4GCZ A; 2ZIO A; 3ZMV A; 4H44 B; 4DR2 O; 3FYE B; 2KQX A; 1F7Y A; 4GX5 A; 4JV5 B; 3QVN A; 3D3Q A; 1HDJ A; 3APO A; 1VAR A; 1NH2 B; 3N27 A; 1G4Y B; 1PL0 A; 5H5N A; 5LA6 B; 3CPW U; 1KKD A; 3OMA B; 2CAZ C; 5FLX N; 1TUB A; 3JD4 A; 5IE9 A; 3T1Y O; 5EYP A; 1FYJ A; 2FTK A; 2W0F C; 1AI6 A; 2GTS A; 2Q5Z A; 1YJN V; 1A32 A; 3BRC A; 4JI5 B; 2ETN A; 3ETQ A; 4CC5 A; 3CXH F; 4UVB A; 1H8H G; 1SZX A; 4X1I B; 2PI5 A; 1HW7 A; 2W6I G; 2OCH A; 1Q81 W; 3IFX A; 5GTI Z; 2HLD G; 1SQX H; 4F4L A; 4PEL A; 3SYC A; 1KUQ A; 5DEC A; 3WB2 A; 4LF5 B; 3JAW B; 3FB5 C; 2OIE A; 3HKC B; 1S76 D; 4GKJ O; 4LF9 O; 1RFY A; 4FZ1 A; 2PYJ A; 1HNX B; 4DXW A; 3W7T A; 4DV2 B; 4H33 A; 5K1X A; 3QTC A; 2NN4 A; 2V1D A; 1AP5 A; 1Y6X A; 1HNW O; 1BHA A; 2ODM A; 3B8N A; 1VQK V; 4KFM A; 4NTW A; 1NI8 A; 3HKD A; 2L6L A; 1QLE C; 1KB9 F; 2YDE A; 4FLX A; 1KYO F; 3THO A; 4UB8 Z; 5LOV B; 3OTF A; 4B3R B; 2ZE8 A; 2IH1 C; 4G27 B; 4IHJ B; 5FL7 G; 1OCO C; 2M7W A; 3RN4 A; 3BAB A; 4B3S B; 5KUK A; 3F7V C; 1D5A A; 1OV9 A; 1N4C A; 4ZKI A; 5IJ9 A; 1IBK O; 3L9D A; 1JR9 A; 4TV9 B; 4Q20 A; 4UV9 A; 2XT9 A; 1XMO O; 2OYQ A; 5EC2 C; 4BAY A; 1N0J A; 1H2M A; 1OCR C; 2Y0P A; 2FML A; 3AG4 B; 4UVA A; 2UXC O; 2CGO A; 2EJ7 A; 2QGN A; 1IZ3 A; 3AG2 C; 3VBB A; 3FKS G; 4JZG A; 4LF7 B; 1HWY A; 1M93 A; 1R3J C; 3CCE V; 4WBN B; 1PNL A; 4X1K B; 4J11 A; 5B66 Z; 1HNZ O; 4MW8 A; 3K5N A; 1Q86 W; 1EN6 A; 1F4N A; 1TVK B; 3ETD A; 4PA3 A; 3BY6 A; 4NVP A; 2GUZ A; 3CRC A; 3T1C A; 2CH7 A; 4JYC A; 2ZE5 A; 1XI1 A; 1K92 A; 4IYH A; 2Q68 A; 4YY3 O; 2X7R B; 5B1A B; 2XAS A; 2UU9 O; 1JJO A; 4JTD B; 1BQZ A; 1J5E O; 3ZRX A; 4X89 A; 2HVK C; 3ZMS A; 2LJ2 A; 1WP8 A; 2V7Q G; 1B06 A; 3FAV B; 2ZT9 B; 1JX9 A; 4O2B B; 5CA1 A; 4EB6 A; 2F23 A; 5B5E Z; 5KX5 B; 3BCC H; 2WLL B; 4JAA A; 2ADQ B; 4HAM A; 4XBF A; 3OT7 A; 3K04 A; 1FFX A; 4B08 A; 3T4D A; 4JZ2 A; 3ZN0 A; 4Z1V A; 4NKG B; 3ZRW A; 5JQG A; 1S5J A; 2A0L A; 3K0G A; 1ZL8 A; 2QWP B; 2DE0 X; 5EZY B; 4FLT A; 2VQF B; 1PM9 A; 1DF5 A; 2HFE C; 1NH2 D; 4ZOL B; 3K59 A; 1JJ2 U; 5B3S B; 4TSF G; 1EZJ A; 3ZRS A; 3SPG A; 4X66 O; 3QO8 A; 1KMI Z; 4CZZ A; 4LNU B; 3VQV A; 5IYZ B; 2Q0O C; 3N2K B; 1NU1 H; 4GT1 A; 4UCT A; 4ZHQ A; 1LR1 A; 4K0K B; 1H2S B; 1PNM A; 1GN3 A; 3GVM A; 3ABL B; 4H37 A; 1QR8 A; 3SPC A; 1BGY H; 2WLN A; 2FKX A; 4PV1 B; 2DQ0 A; 2CUG A; 4X20 B; 4JI3 O; 2BOB C; 3HKB A; 1R3L C; 1VQP V; 3ABK C; 5IYB O; 5LP6 B; 1M57 B; 4TWK A; 4KUM A; 2ZIM A; 3A2F A; 3WU2 Z; 2YIC A; 1N0N A; 2FL4 A; 1OCZ C; 2QWR B; 2P67 A; 2R9I A; 3AG3 C; 4Q6G A; 1IBL B; 4DR5 O; 2CGN A; 1OZ0 A; 1NQT A; 3OMN B; 3WB0 A; 3CCV V; 2UXD O; 1IBK B; 4LFA O; 1N32 B; 4RQE A; 1SRY A; 2AZ0 A; 2AGA A; 4LF4 B; 3CCS V; 2EX3 A; 1IBM O; 2BTQ B; 4QIW F; 2F93 B; 3ZJZ A; 5L3G A; 4DV0 B; 4U7O A; 5LL6 Y; 1BSM A; 1ZX3 A; 4CH4 A; 1R6K A; 1VQ8 V; 1IXM A; 5CBH A; 1QNM A; 1R6N A; 2EIM B; 3ZHT A; 1CPY A; 3OTO B; 4JI8 O; 4CH3 A; 3STL C; 3C3T A; 2F1M A; 2QDO A; 1WNS A; 4UXN A; 1RP3 B; 3K0D A; 1Q7Y W; 3M7M X; 1SQQ H; 2ZNJ A; 3EVK A; 2N04 A; 2QM4 A; 1WA8 B; 2B9Z A; 1YXB A; 4GLX A; 3JD2 A; 4ZI7 A; 3ZN1 A; 1J5E B; 2IM9 A; 2N05 A; 3LNM B; 4W4K A; 3JAL B; 1B3Q A; 1SZT A; 2Y4U A; 2ATK C; 2KB1 A; 2P5O A; 1NKD A; 4NTX A; 4X1Y B; 3IC9 A; 4N21 A; 3G71 V; 1BMF G; 3OUS A; 1QBZ A; 5JCO A; 3DSQ A; 5J2U A; 2E5L B; 1NT2 B; 2QSA A; 3N2G B; 5AG2 A; 3UT5 B; 1MMM A; 3LDE A; 3SYQ A; 3TXQ A; 1FXH A; 2M6Y A; 1XL4 A; 4MVM A; 3UCS C; 4DK1 A; 1BL8 A; 4CH5 A; 4FIP C; 3G6E V; 4JI1 O; 2YIB D; 3CME V; 3O9O A; 2DWD C; 4X66 B; 1KBH A; 4DV5 B; 5C93 A; 4F6E A; 2Y69 C; 4FLZ A; 1TAE A; 2QKC A; 2QM7 A; 3CRQ A; 3JAM N; 1GAX A; 4DR7 B; 1MNG A; 4DYL A; 1JFF A; 5CN0 A; 3IJ4 A; 4YJ2 B; 2PGG A; 4Z2W A; 4TUY B; 3ZMT A; 1QVF U; 2XOK G; 2H94 A; 1XRE A; 1V54 C; 1ZTE A; 4MVQ A; 2ZR2 A; 3OUF A; 2JDI G; 4PI0 A; 2GBO A; 3OR7 C; 3UO2 A; 1MA1 A; 1X4T A; 4IIJ B; 4YJ3 B; 4H13 B; 4CC6 A; 1VQ4 V; 3RYC B; 5EBL C; 1EZV H; 3E8F A; 2MK3 A; 4QE7 A; 5B1B B; 1RPO A; 2JS5 A; 2YEV A; 3E35 A; 1TUE B; 4LFC B; 4DR3 O; 4PI2 A; 1YIJ V; 1FXK A; 3JYC A; 3AK3 A; 2WA4 A; 1AR1 B; 3GWO A; 3JAT A; 5J2T A; 4HNA B; 3K9A A; 3K08 A; 3APQ A; 3RT3 C; 4EKW A; 4WF9 V; 2ZXW B; 3EFF K; 2WLJ A; 3B4S A; 3RBZ A; 4MTG A; 1EN5 A; 2UUB B; 4PA4 A; 4DV6 B; 1FFT B; 5IT9 N; 3FD9 A; 4JI7 B; 4DV1 O; 2PF4 E; 1IBM B; 4JYB A; 2Q73 A; 2X6C A; 2YID A; 4UFZ A; 2UUA O; 2EIL C; 3IC7 A; 3AG1 C; 4I4T B; 2Z3Y A; 4X88 A; 4J41 A; 1WLE A; 4ZIB A; 2F95 B; 5LA6 A; 4BR6 A; 5KMG B; 3WFV A; 1Q5O A; 3VOU A; 2Q7G A; 2KG7 B; 1YCI A; 1V55 C; 3DXR B; 2YUA A; 1N34 B; 4D7S A; 2BE3 A; 2VQE B; 1OHH G; 4JI0 O; 1DGS A; 1GMG A; 2DYS C; 1SC5 B; 5KUM A; 4LC1 A; 4G2K A; 4GX2 A; 4B3M B; 1SQF A; 1XUQ A; 3E8G A; 3ASN C; 3FYI B; 5CB4 B; 3EHB B; 2ZNI A; 2PTM A; 2Q6A A; 3ICX A; 5E1A C; 4X1I A; 4JI6 O; 3A0H Z; 4F6R A; 2YI8 A; 3JD1 A; 3RW0 A; 4TT3 G; 3SJB C; 3JAW A; 3CJH B; 3HKC A; 1JCH A; 2QKA A; 2FYU H; 4PDV A; 3KCY A; 2EUL A; 3ETG A; 2JGD B; 4D7T A; 3MHS C; 1AIL A; 4PA7 A; 4JI1 B; 5LOV A; 3ETE A; 3U11 A; 4IGG A; 4DUZ O; 5IWA B; 4IHJ A; 3L74 H; 2JJ2 G; 3PN1 A; 1D5N A; 2ADP A; 1QLE B; 2HKO A; 2H3O A; 3W7X A; 3T1H O; 1Y76 B; 2AW9 A; 1K5S A; 3K03 A; 1M9N A; 5FNV B; 4QJF B; 3LDD A; 4I7Z B; 2OTJ V; 3JSN A; 1FJG O; 4O4L B; 1R73 A; 3B09 A; 1QU7 A; 4FMT A; 2CDY A; 5L3C A; 3H1K H; 3ABT A; 1K73 W; 1ORQ C; 3ZHQ A; 4WBN A; 3RYF B; 3K3W A; 4E2L A; 3J81 N; 3CS5 A; 1JPX A; 2MW2 B; 4RUE A; 3C90 A; 2ITC C; 1H8E G; 1L8D A; 5JCO C; 1MZF A; 2JEX A; 2EIK B; 5ITZ A; 3MDS A; 1JQ0 A; 4RO2 A; 2IJK A; 1Y67 A; 2LP7 A; 3FB8 C; 1E79 G; 3AG2 B; 2EIJ C; 4JAS A; 2WA3 A; 3CCL V; 1G6U A; 4TV8 A; 2B1G A; 3CCJ V; 2ZD9 A; 4NXM O; 2HJF C; 3FAV A; 1BE3 H; 5KX5 A; 4DR4 O; 1XHX A; 2WLL A; 3CP1 A; 1Z2G A; 1IX9 A; 2YIB A; 2ILM A; 5IYD O; 4X65 B; 2ZR3 A; 3CB2 A; 4B7E A; 2R9A A; 3JAR A; 3B2E E; 1YTF B; 1XOU A; 1K4D C; 2PYL A; 4X62 O; 1LNQ A; 2F4V B; 3G67 A; 1XHZ A; 1N36 O; 4MSW C; 5EZY A; 4L8J A; 4ZOL A; 3ASO B; 3ABM B; 3F7Y C; 2GTA A; 4AHC A; 1MG1 A; 4PA6 A; 4MS2 A; 1KP3 A; 2JVD A; 4I0X B; 5IYZ A; 4MW3 A; 2OT5 A; 4LNU A; 3N2K A; 4JI6 B; 4HZ3 A; 1UJW B; 3SJQ C; 3G80 A; 2IU0 A; 2A9H A; 4J7J A; 1VIB A; 2HHH O; 3JCU Z; 1DLB A; 1URF A; 2A7W A; 4DK0 A; 2IJJ A; 3CCM V; 1PPJ H; 2HEP A; 1EM1 A; 2YXH A; 2R72 A; 4GKK O; 1VP7 A; 4B3T O; 1K5Q A; 1NJI W; 4KXR A; 1R3I C; 2Q69 A; 1K9M W; 3EXA A; 4JTA B; 3ZS8 C; 3K5L A; 5LP6 A; 5L3B A; 4NB5 A; 2XAF A; 5C8Y B; 3SYA A; 2A06 H; 1ENV A; 1HR0 O; 1QCE A; 4JYY A; 2ZM6 B; 4JPR A; 5TIS Z; 3SPH A; 3T2M A; 4OXS A; 1XMQ O; 3ZIA G; 2PY5 A; 2RJZ A; 1IVS A; 2LFS A; 1FD9 A; 1RSO B; 1H2K A; 4GYC B; 5D5P A; 4KP4 A; 2UUC O; 3GWK C; 3SYP A; 1M5I A; 3E86 A; 3ABK B; 5GON B; 4WFE A; 2BOC C; 3RVZ A; 3ZRV A; 3T1H B; 3S3W A; 3D8C A; 3X2Q C; 3TJT A; 4LH6 A; 4CS4 A; 5JJN B; 1I94 O; 1FPO A; 2X0L A; 2RQ6 A; 2C2A A; 1YDX A; 1K97 A; 1TUB B; 3QG5 A; 2HVJ C; 4P30 A; 4CBC A; 4DR2 B; 4BIU A; 4JF3 A; 1BHB A; 4KHP O; 4FK5 C; 3ZBH A; 1SF9 A; 4GZR B; 5EIB D; 3E8H A; 3H1J H; 4XDJ A; 4ICG A; 3AK2 A; 4ASU G; 1LUW A; 2EZP A; 5CA0 B; 2XTA A; 4QPK A; 3T1Y B; 1P4R A; 2JK5 C; 1JA8 A; 1VQ7 V; 1Y4M A; 1XL6 A; 2ZDI A; 4PDR A; 3MAQ A; 3A0B Z; 1WA8 A; 3E22 A; 4PDM A; 5L3F A; 2F66 C; 2CTP A; 1AJQ A; 1GK9 A; 4WFB V; 3DC6 A; 2JIZ G; 5BZB A; 1YZB A; 5EBW C; 3JAL A; 2YC0 A; 1Q6H A; 1SA0 B; 1W59 A; 4I50 B; 4MVO A; 1OJH A; 3DTU B; 2QTS A; 4GKJ B; 1SQV H; 4LF9 B; 4LWS B; 2JEU A; 1FKA O; 1JMK C; 3N2G A; 3UT5 A; 3M99 B; 3AG4 C; 4J80 A; 2QWO B; 4AQY O; 1HNW B; 4I9W A; 4IT5 A; 1K4C C; 5LMN O; 1Y66 A; 2UXB O; 5KA5 A; 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