The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
103
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sequence length |
312
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structure length |
312
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Chain Sequence |
LNRVIATVGTVSISELDLDDATEKYNRLQKHLKHEDYRKSFRTRIIDFLIDRAIVDVVAEEESIQVNEQRVDSEIEKRMEVMGITNRKQFEKTMETSSGMPFELWVTELPYQIKKGQLLQLKIAVPPPNEQEIRSWYNQNKDKVGFEIRYRIISIAPENDSIQEENRLYKEVSEIRKSILADPSSFALIAGSPRNDPALRARRGMVEWISSFDLYKYSKITATIAAPLPNGGVSEVFRDERKRYCILKIEGKRPTPMENLRGGIQNILYRDKEEDTFHRWLKESRAEIPIQIFDEAYRKENKIPLKEETFHL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the leptospiral hypothetical protein LIC12922 reveals homology with the periplasmic chaperone SurA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Leptospira interrogans serovar copenhageni
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| molecule keywords |
LIC12922
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| total genus |
103
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| structure length |
312
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| sequence length |
312
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13145 | Rotamase_2 | PPIC-type PPIASE domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Triger factor/SurA peptide-binding fold | Triger factor/SurA peptide-binding fold | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MNT A; 4ODR A; 1YW5 A; 5HWB A; 3KAI A; 1EQ3 A; 2ZR6 A; 1QPL A; 1T11 A; 1FKK A; 4ODL A; 1KT1 A; 3O5J A; 5J6E A; 4DRP A; 1J4H A; 2PBC A; 3H9R B; 4JFL A; 2MF9 A; 4J4N A; 1BL4 A; 4DRN A; 1U79 A; 1D6O A; 3TDB A; 2XP9 A; 2Y78 A; 5HT1 A; 3IK8 A; 2M08 A; 2K8I A; 2RUD A; 5GPG A; 1ROT A; 1ZCN A; 4DRH A; 2ZR5 A; 4U86 A; 1D7I A; 4MGV A; 1JVW A; 1M5Y A; 1TCO C; 3KAD A; 3PA7 A; 3O5M A; 3RGC A; 1Q6I A; 1YAT A; 2RUR A; 4QT2 A; 4IQC A; 3UI4 A; 4FN2 A; 1A7X A; 1R9H A; 2ZQS A; 3RFW A; 1FKR A; 3KAH A; 5HW7 A; 3EY6 A; 3KAB A; 2PV1 A; 2MLY A; 4ODP A; 2AWG A; 1FKD A; 1NSG A; 4ODQ A; 4GGQ A; 3O5I A; 2RUQ A; 3JXV A; 3NRK A; 3KAF A; 3TC5 A; 1J4R A; 4JFJ A; 5I98 A; 1FKS A; 4TYO A; 2KGJ A; 2D9F A; 2XP6 A; 4DRO A; 2ZQU A; 4ODK A; 1FKB A; 2OFN A; 2LJ4 A; 1JNT A; 3O5F A; 5DIT A; 2FAP A; 3B7X A; 4ODM A; 4DIP A; 3UQA A; 1J6Y A; 1W26 A; 1F40 A; 2RQS A; 2PV3 A; 3UF8 A; 3UQB A; 2XPB A; 3KZ7 A; 2DG4 A; 2MLZ A; 3ODK A; 4TNS A; 5DIV A; 2F2D A; 4O2T A; 1FKH A; 4W9Q A; 4BF8 A; 3KCE A; 1N1A A; 1Q1C A; 4QIB A; 1PBK A; 3OOB A; 2KR7 A; 3UI6 A; 4DRJ A; 1Q6U A; 3IHZ A; 1NMW A; 4JFK A; 5B8I C; 1FJD A; 4LAX A; 3O5R A; 1QZ2 A; 4ITZ A; 2ITK A; 2FKE A; 4LAW A; 3KAG A; 1FKL A; 2LPV A; 2L2S A; 2RUC A; 3O5L A; 3I6C A; 2ZQT A; 4N19 A; 1D7J A; 1Y0O A; 2MLX A; 4JYS A; 4ODN A; 5HKG A; 2MPH A; 4W9P A; 1J4I A; 1NMV A; 4MSP A; 2DG3 A; 2PPO A; 2XP4 A; 3IKD A; 4DRQ A; 5HW8 A; 1B6C A; 5DIU A; 3PRB A; 2KI3 A; 1EYM A; 3IKG A; 1QPF A; 3O5G A; 4U84 A; 4JFM A; 2XP8 A; 4GIV A; 2XPA A; 4TW8 A; 1FD9 A; 4DRI A; 4DH0 A; 4G50 A; 1L1P A; 2PPN A; 3JYJ A; 2M2A A; 4C02 B; 3FAP A; 4G2P A; 2IF4 A; 3NTP A; 2LGO A; 3TCZ A; 3O5D A; 1ROU A; 2KE0 A; 2RSE A; 1PIN A; 4QT3 A; 1D7H A; 1KT0 A; 5D75 A; 4NNR A; 4DZ3 A; 4LAY A; 4DT4 A; 2PPP A; 2ZR4 A; 4W9O A; 2XP5 A; 5HW6 A; 2VCD A; 3MDY B; 1FKT A; 1FAP A; 1P5Q A; 1HXV A; 4DRK A; 2KO7 A; 3UQI A; 5HUA A; 1FKF A; 2UZ5 A; 3CGM A; 3O5P A; 2ZQV A; 1Q6H A; 4IQ2 A; 3UI5 A; 4TW7 A; 2JZV A; 1F8A B; 2VN1 A; 3PRD A; 2N87 A; 3NI6 A; 4TW6 A; 1C9H A; 4TX0 A; 5HWC A; 3O5O A; 4LAV A; 3GPK A; 4R0X A; 3JYM A; 4JFI A; 4ODO A; 3VAW A; 3KAC A; 2PV2 A; 5BXJ A; 3O5K A; 3O5E A; 2LKN A; 1ZK6 A; 4IPX A; 4U85 A; 4DRM A; 2DG9 A; 2Q5A A; 3CGN A; 1BKF A; 1FKG A; 3LUO A; 4FAP A; 3O5Q A; 4J4O A; 4DZ2 A; 1FKJ A; 2XP3 A; 2XP7 A; 2KFW A; 2M1I A; 1FKI A; 2F21 A; 5HTG A; 3WH0 A; 2F4E A; 1JNS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1CTN A; 4WKA A; 3CHE A; 4KR0 B; 3ALF A; 3EIP A; 5HWB A; 1NWS A; 1T11 A; 4NSB A; 3O5J A; 1J4H A; 2PBC A; 3B8S A; 4JFL A; 2MF9 A; 2DSZ A; 2EUL A; 3CHF A; 4J4N A; 1BL4 A; 3TDB A; 2M08 A; 2K8I A; 3AS1 A; 1ZCN A; 4MGV A; 3WKZ A; 1M5Y A; 4Z2J A; 3FY1 A; 3RGC A; 1R9H A; 2PV1 A; 2MLY A; 1FKD A; 3O5I A; 4JFJ A; 3AS3 A; 1LQ0 A; 5I98 A; 2A3B A; 2KGJ A; 1NWT A; 4DWS B; 1EHN A; 2D9F A; 2ZQU A; 1ZB5 A; 1FKB A; 1HKK A; 4ODK A; 1JNT A; 5DIT A; 1FFR A; 3B7X A; 4DIP A; 1W26 A; 3KZ7 A; 2ETN A; 2MLZ A; 4TNS A; 1ZBW A; 4O2T A; 2DPE A; 1W1Y A; 3ARQ A; 4QIB A; 1H0G A; 2B31 A; 1Q6U A; 1NMW A; 1E44 A; 4DWS C; 2YBU A; 1K9T A; 1QZ2 A; 3UQI A; 2LPV A; 3I6C A; 4N19 A; 3GU0 A; 4URI A; 1D7J A; 3W4R A; 4JYS A; 4ODN A; 4W9P A; 3WD0 A; 2XP4 A; 5DO2 A; 3PRB A; 2KI3 A; 4U84 A; 4JFM A; 2XP8 A; 4GIV A; 1LG1 A; 4DRI A; 2PPN A; 3JYJ A; 4G2P A; 4UDM A; 1ROU A; 4QT3 A; 1GOI A; 1KT0 A; 4NNR A; 2A3A A; 4Q22 A; 2ZR4 A; 1NWR A; 4W9O A; 3OA5 A; 1X6L A; 4WKH A; 4DRK A; 2KO7 A; 5GPR A; 3CGM A; 2ZQV A; 1W9V A; 2JZV A; 2DT1 A; 4LAV A; 1WNO A; 3GPK A; 1IX5 A; 4JFI A; 2LKN A; 4U85 A; 3CGN A; 4FAP A; 1FKG A; 4WK9 A; 3ARO A; 3O5Q A; 2XP3 A; 1WAW A; 2F21 A; 1HKM A; 4S3J A; 4DRN A; 4DZ3 A; 1VF8 A; 3QOK A; 1YW5 A; 3KAI A; 1EQ3 A; 2ZR6 A; 1QPL A; 2PN0 A; 3AS0 A; 4ODL A; 1KT1 A; 3H9R B; 2PI6 A; 2XP9 A; 1E15 A; 4DWS A; 1ITX A; 1NWU A; 1FFQ A; 2ZR5 A; 1TCO C; 3KAD A; 4Z2L A; 3PA7 A; 3O5M A; 3RM9 A; 1X6N A; 4QT2 A; 4IQC A; 4FN2 A; 1A7X A; 4MNK A; 3RFW A; 4P8X A; 3KAH A; 3EY6 A; 4ODP A; 2AWG A; 1NSG A; 4GGQ A; 3JXV A; 1FKS A; 2DSV A; 3BMB A; 3PR9 A; 1J6Y A; 2DG4 A; 3ODK A; 3WIJ A; 4W9Q A; 3KCE A; 3WQV A; 1Q1C A; 3BXW A; 1PBK A; 2KR7 A; 1GUV A; 1LL6 A; 2WK2 A; 1NH6 A; 1JCH B; 4P8V A; 4LAX A; 2ITK A; 1FKL A; 1H0I A; 1HJX A; 2ZQT A; 2MLX A; 1E9L A; 1JND A; 2DT0 A; 1E6N A; 3IKD A; 5HW8 A; 1B6C A; 1QPF A; 4Z2I A; 1HJW A; 1L1P A; 2KE0 A; 5D75 A; 1E6P A; 3RME A; 4DT4 A; 5HW6 A; 1FKT A; 1TFV A; 1P5Q A; 1SYT A; 4WKF A; 2AOS A; 5HUA A; 4W5U A; 4Q7N A; 2UZ5 A; 1OWQ A; 1Q6H A; 3UI5 A; 3NI6 A; 4TW6 A; 4R0X A; 3VAW A; 2F23 A; 1GRJ A; 1E6Z A; 3KAC A; 3O5E A; 3GTY X; 2DT2 A; 4S3K A; 2OLH A; 5HTG A; 3RM8 A; 3WH0 A; 1JNS A; 2MNT A; 2YBT A; 4ZPV R; 2WLZ A; 3AS2 A; 5J6E A; 4DRP A; 3ARZ A; 3B9D A; 3ALG A; 2WM0 A; 4L3N A; 2Y78 A; 5HT1 A; 1EDQ A; 1W1T A; 1W9P A; 5GPG A; 1ROT A; 4DRH A; 5HBF A; 4U86 A; 1HKI A; 1JVW A; 4WIW A; 1Q6I A; 2DT3 A; 2RUR A; 3WD1 A; 4LGX A; 3KAB A; 4MNM A; 2WLY A; 4P8W A; 3KAF A; 3NRK A; 4R5E A; 1ZL1 A; 1GPF A; 4TYO A; 5GQB A; 2XP6 A; 4HBO A; 4QZV B; 3WD2 A; 1EIB A; 2OFN A; 2LJ4 A; 3O5F A; 2FAP A; 3UQA A; 2RQS A; 3UF8 A; 1LL7 A; 1KFW A; 5DIV A; 1FKH A; 4BF8 A; 2ESC A; 4MAV A; 3PRA A; 3UI6 A; 4Z2K A; 3ARR A; 4IT6 A; 4JFK A; 5B8I C; 1FJD A; 4NZC A; 4MNL A; 4LAW A; 4ITZ A; 4ZPW R; 5HW7 A; 3WQW A; 1Y0O A; 4L72 B; 4XAK A; 1J4I A; 4MSP A; 4AY1 A; 2PPO A; 4DRQ A; 5DIU A; 3ARV A; 3O5G A; 3IKG A; 3B9E A; 1FD9 A; 1ZU8 A; 4WJX A; 4P8U A; 4G50 A; 2M2A A; 2IF4 A; 3CH9 A; 2LGO A; 3NTP A; 3O5D A; 4ZS6 A; 1HJV A; 1PIN A; 3ARX A; 1D7H A; 1W9U A; 3WD3 A; 3WL0 A; 2PPP A; 1FAP A; 4ML4 A; 1HXV A; 1UR9 A; 1FKF A; 1RD6 A; 1LJY A; 2VN1 A; 3PRD A; 5HWC A; 4PTM A; 2O92 A; 3ARU A; 5DF0 A; 1E6R A; 2PV2 A; 3O5K A; 4IPX A; 1ZK6 A; 4DRM A; 2Q5A A; 1BKF A; 1ZBK A; 4J4O A; 2XP7 A; 3AQU A; 1FKI A; 2F4E A; 4DWS D; 2G8Z A; 4ODR A; 2QF8 A; 3B9A A; 1FKK A; 1XRV A; 4MTV A; 4MNJ A; 1ZBV A; 2A3C A; 5JH8 A; 1U79 A; 1D6O A; 1W1P A; 3ARS A; 3RM4 A; 1OGG A; 3IK8 A; 2RUD A; 2A3E A; 1D7I A; 1SR0 A; 1YAT A; 1JNE A; 3UI4 A; 2ZQS A; 1FKR A; 4ODQ A; 2RUQ A; 2DSW A; 3TC5 A; 1J4R A; 3ART A; 2P4V A; 4DRO A; 4KQZ A; 1O6I A; 1W1V A; 1HKJ A; 3WD4 A; 2G41 A; 2B5U B; 4ODM A; 1F40 A; 3G6M A; 2PV3 A; 4Z2H A; 3UQB A; 2O9O A; 2XPB A; 1WB0 A; 2F2D A; 1N1A A; 3OOB A; 4DRJ A; 3IHZ A; 5DEZ A; 3O5R A; 3CZ8 A; 2FKE A; 3KAG A; 1XHG A; 3O5L A; 2L2S A; 2RUC A; 1LG2 A; 4ZPT R; 4Z2G A; 1UR8 A; 2MPH A; 4IT4 A; 5HKG A; 1NMV A; 3ARP A; 2DSU A; 2DG3 A; 3WL1 A; 3ARY A; 4HBE A; 1EYM A; 2XPA A; 4TW8 A; 4DH0 A; 4C02 B; 3FAP A; 1D2K A; 3TCZ A; 2RSE A; 3CHD A; 3CHC A; 4LAY A; 2FDM A; 2XP5 A; 1OGB A; 2VCD A; 3MDY B; 3G6L A; 1LL4 A; 3O5P A; 4IQ2 A; 4TW7 A; 3FXY A; 1F8A B; 2N87 A; 4MPK A; 1C9H A; 4TX0 A; 3O5O A; 3JYM A; 4ODO A; 5BXJ A; 3ARW A; 2DG9 A; 4HAR A; 3LUO A; 4DZ2 A; 1FKJ A; 2KFW A; 1ZBC A; 2M1I A; 2IUZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1CTN A; 4WKA A; 3CHE A; 4KR0 B; 3ALF A; 5HWB A; 1NWS A; 1T11 A; 4NSB A; 3O5J A; 1J4H A; 2PBC A; 3B8S A; 4JFL A; 2MF9 A; 2DSZ A; 3CHF A; 4J4N A; 1BL4 A; 3TDB A; 2M08 A; 2K8I A; 3AS1 A; 1ZCN A; 4MGV A; 3WKZ A; 1M5Y A; 4Z2J A; 3FY1 A; 3RGC A; 1R9H A; 2PV1 A; 2MLY A; 1FKD A; 3O5I A; 4JFJ A; 3AS3 A; 1LQ0 A; 5I98 A; 2A3B A; 2KGJ A; 1NWT A; 4DWS B; 1EHN A; 2D9F A; 2ZQU A; 1ZB5 A; 1FKB A; 1HKK A; 4ODK A; 1JNT A; 5DIT A; 1FFR A; 3B7X A; 4DIP A; 1W26 A; 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