3NSHA

Bace-1 in complex with eln475957
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors: structure-activity relationship of the aryl region.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 372
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nshA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nshA02
5C9BA 4EJ8A 3N4LA 3D1XA 5P4YA 2UPJA 1UH8A 3GI0A 1SGUA 2BKSA 5P8PA 3KT5A 3K5DA 1HOSA 2Q11A 3TOGA 4YCYA 3EL1A 5C9DA 5DQ2A 5P4QA 5DR0A 4RVXA 1PSOE 1B6PA 4OBKA 3VEUA 3JW2A 3OU4A 1C6ZA 4YD6A 2IENA 1GVTA 1FMUA 4NJUA 4YD5A 1ODXA 3VYFA 5P3XA 4B78A 2BBBA 1OHRA 2OAHA 5P3IA 4GJ8A 5P2UA 3ZKXA 4F76A 3BUGA 5P7YA 3EM6A 5P08A 3BC4A 1QRPE 5P6MA 4COEA 4YA8A 5P0CA 3MSLA 3IXKA 1GVXA 1HPVA 5OZYA 1HSHA 5P1AA 4XX4A 5OZ0A 5P3SA 5P4IA 4IVSA 3DCRA 3UQWA 3TNEA 3S54A 1U8GA 5J25A 4ER2E 3OHHA 2PH8A 3VFBA 1DMPA 5P8KA 3EM3A 3KF0A 5P5HA 4Y5BA 5P1GA 4WTUA 3IGBA 4IVTA 5P8GA 1NPWA 1HHPA 1MRXA 5P23A 1W5WA 5P5NA 4Y56A 5P26A 1YM2A 5P1RA 1LYWB 3LNKA 3NU3A 3NWXA 2VIJA 1A9MA 1SDUA 3HLOA 5P2VA 2P83A 4D88A 1UH7A 5OZMA 5P53A 2I4DA 5P2XA 4K4QA 2NR6A 4TVHA 3K4VA 1YTJA 1TSQA 4LP9A 4QJ7A 5P4ZA 2I4QA 2NPHA 5P06A 5P2HA 3OQDA 1K6PA 2V0ZC 4FL8A 3TTPA 1HSIA 2Z4OA 2ZHSA 5E5JA 5OYTA 2MIPA 2QMPA 1IIQA 1MTRA 4EQ0A 4QJ8A 5P72A 2FIVA 4GZFA 2HIZA 5DR1A 3EM4A 3KFPA 4YCTA 3S43A 4I12A 3KDBA 1IBQA 5P5WA 2F3FA 1JLDA 2WECA 1W6HA 1BDQA 1EBKC 3RTMA 2Q64A 2XYEA 1K2BA 3DM6A 5SY2A 1EPNE 1B6KA 5IVRA 5OYVA 2AVSA 5P81A 1IDAA 3QRVA 3TPJA 1MEUA 1FFFC 5HCTA 4Y38A 4Z22A 1D4YA 5OZFA 5P39A 5P6XA 5P7IA 5P1CA 3ECGA 2AIDA 1D4KA 4Y37A 1UH9A 3LPKA 5OYSA 5JODA 4A4QA 5OYRA 5HU1A 4FAEA 2P4JA 4J0ZA 4KUPA 5OZBA 2F80A 5P85A 2G1YA 2FGVA 5P7SA 4J1KA 3PLDA 3TOFA 2UXZA 5P0LA 4GB2A 3EKTA 5OZGA 5OZZA 4LXMA 4Y48A 3K5FA 5P1LA 3BVAA 4Y3MA 5P5JA 3RSVA 3D91A 5SXNA 5P50A 5P7PA 1G35A 4ZPGA 4LAPA 3CIDA 1T3RA 3PI0A 2ZJJA 5P17A 1OEWA 2PSGA 5COPA 4TRZA 1TCWA 2PSUA 3NDTA 5OZ3A 5P45A 1BXOA 4H1EA 1GVWA 3O9BA 3LPJA 5P73A 2OHTA 1EPQE 2R3WA 3ZKSA 5OYWA 5P14A 2G26A 2F3EA 5I3VA 5P7LA 3L5EA 1B5FA 2OHRA 5OZKA 5P7HA 5P3YA 5P6SA 5P1ZA 1A8GA 3CKPA 3VF5A 5P0DA 4FLGA 3OGPA 4J1FA 3O9EA 5P6QA 2IRZA 2BB9A 3UDHA 2AZ8A 2P3CA 3T7PA 4I0JA 3RTHA 5P7QA 5OZAA 2BPWA 1F7AA 2AODA 5P68A 4QJ6A 2R43A 5P31A 3PHVA 5KQZA 1EC0A 5P79A 3ST5A 3BGCA 1MT7A 1ZBGA 5P4CA 3RU1A 2IGXA 4DJXA 1EAGA 3VV7A 3CKRA 3NDUA 4OD9B 1YX9A 1HVIA 5AH8A 4CMSA 3OTYA 4OC6B 1E80E 2VNNA 5P40A 5HDXA 3CKTA 4Q1XA 1M4HA 3EBZA 5P63A 3WZ7A 5P70A 4GMIA 3CMSA 1BBSA 5P2JA 5JFPA 4KB9A 4DJWA 1DPJA 3IVHA 1BIMA 4LXAA 5P02A 5HE7A 3OTSA 5OZ6A 3DUYA 4Y3ZA 3DOXA 4B00A 3IAWA 5P7UA 2ER0E 5P1WA 4YD4A 3ZKMA 5P3MA 1E5OE 5P5FA 5P3QA 3D3TA 4FCOA 5P8SA 4DQCA 5KQXA 1Q9PA 5P6FA 3MWSA 3T7QA 4RYGA 3ZLQA 2FDEA 5P4PA 3VYEA 5P0HA 2VJ9A 1M43A 4H3IA 4Z50A 2G1SA 1YTGA 5OZTA 3SKGA 2A4FA 2Q5KA 5UPJA 5KR8A 4Y9WA 5P1UA 2VJ7A 1EBWA 3FNUA 4JP9A 4MC9A 4DH6A 5DR4A 3UPJA 1B6MA 4X2LA 4DVFA 1LF3A 3NYGA 4Y3XA 4NKKA 3VV6A 2AVVA 3I2LA 5OZSA 5P48A 3UFNA 1RPIA 1FF0C 1FG6C 4I8ZA 3QAAA 1FMBA 2BPYA 3EL5A 5P4FA 5P89A 1TW7A 4J0TA 1KJFA 1BILA 5HE4A 3O9LA 4OBZB 1F34A 5P7FA 2AZ9A 3Q3TA 2PSVA 3VYDA 1BV7A 4RYCA 5P46A 5P8DA 5PEPA 5OZ4A 1Z1HA 3RSXA 5P2NA 5P7KA 4GJ9A 2V10C 3BGBA 2AQUA 5COKA 1XDHA 1LYAA 1AXAA 1FQXA 5P2SA 5P3CA 3U6AA 1IDBA 1XL5A 1XS7D 8HVPA 3OUDA 2O4NA 5P5EA 5P6BA 4PPHA 4WY1A 1RL8A 4CP7A 3Q5HA 2I0AA 5P76A 1AZ5A 4DFGA 4Q1WA 2I4WA 2R8NA 5KAOA 1TSUA 3TLHA 1HEGE 3SABA 1ER8E 5P5SA 5HCOA 1HXBA 5P3BA 3Q70A 3KFRA 1W51A 3OADA 3SAAA 5AGZA 4Y4DA 3SA3A 1DW6C 5P3AA 5P41A 4Y6MA 5P28A 5OZCA 1HXWA 5P37A 3HDKA 3UTLA 4PZXA 3TKGA 4Y3JA 4FSLA 1LZQA 2VJ6A 5P1MA 4YOAA 1QDMA 2QP8A 1ZJ7A 1B6LA 4Y3HA 5P32A 2J9JA 1K6CA 1APVE 5CLMA 2OF0A 5P16A 2ER7E 2HB4A 2UY0A 4ZSRA 2WEZA 3LINA 1IVPA 3UDKA 5P0FA 4FRJA 5P1IA 4DJYA 4ZIPA 1OEXA 5P59A 4ER4E 3MSKA 4OBJA 5P5BA 4D8CA 3N3IA 4CPRA 4HDFA 1SIPA 4HVPA 5DQCA 4DPIA 4ZSMA 1G2KA 2G27A 3EKPA 3B80A 5P3PA 5HDZA 5P5VA 5P8AA 2WF4A 5P6IA 5P7OA 5P19A 1A94A 2WF2A 3DK1A 5P78A 4ZLSA 5P09A 3EXOA 2NMZA 1KZKA 3QRSA 3NWQA 5P0GA 3R1GB 3LZUA 5P0YA 1HVSA 3QVIA 5DPZA 3OXXA 4GYEA 5P6NA 3PBDA 5P3LA 4OBFA 3GI5A 6UPJA 2FNSA 5P33A 1HIIA 5P2ZA 3R4BA 3UF3A 5IS4A 4L1AA 2HAHA 2O40A 4H3GA 1DIFA 5P03A 5P2QA 3VUCA 2QK5A 4HDPA 1LYBA 5P5AA 2I0DA 5P2LA 1HRNA 2G22A 4FRIA 3EL0A 1APUE 4PYVA 4B1CA 5P2GA 2ZJHA 3VF7A 2P8HA 3T7XA 2AZCA 5P6PA 4B05A 5P4OA 2QMDA 5P5PA 2IKOA 2P3BA 1MSNA 1APTE 3INHA 5P6ZA 1BWBA 3OK9A 5P0QA 2WL0A 2ZJKA 2F8GA 4Y35A 5P60A 1ZTZA 2FDPA 3L3AA 4R95A 3APRE 3UQXA 4Y57A 3OHFA 3D1ZA 4NPTA 1T6EX 3CIBA 4N00A 1TCXA 2IEOA 5P4TA 2V13A 2SAMA 1C6XA 2G1NA 4Y4WA 2B60A 5P5TA 5P00A 5P5KA 2EWYA 3B7VA 5P6WA 2RKGA 1DP5A 1FQ5A 3VFAA 3NUJA 5HE5A 4Y54A 3TPLA 4B77A 5P61A 5ER2E 3S45A 4FRKA 3BUFA 2VIZA 1K6TA 3OXVA 4R5NA 2I4VA 2VIEA 4J54A 2G69A 5P6YA 1LF4A 1IZEA 3GGXA 4YOBA 3UCBA 4BFDA 3TPRA 4GJDA 4PZWA 4RLDA 5P0EA 5P3ZA 4A6CA 1NPAA 4L7GA 1HTFA 2QD6A 2ZE1A 3UHLA 3EC0A 5DQ1A 3PCWA 2QU3A 1HWRA 2G1OA 5P18A 5EZXA 1CZIE 4Y51A 4ACUA 2QI4A 3LIYA 2QCIA 5P01A 5P84A 2QZXA 5P83A 5C9FA 3SACA 3UDNA 3L5DA 5P0VA 5APRE 3SM1A 2FNTA 1BVGA 1AJVA 2ZHRA 2CENA 4Y5GA 2BPVA 4Y43A 3WZ6A 5OZ8A 2HC0A 2XFIA 5P1SA 3MXDA 4FRSA 3LZVA 1XE5A 1Z8CA 3IN3A 5P3FA 5P38A 5P1OA 4M8YA 4RCFA 3RTNA 4OBGA 5P0TA 1WBKA 2IQGA 3L5FA 5KOQA 5P8IA 2FGUA 4Z2ZA 3I6OA 3QN8A 4Y5KA 4NJVA 1HVLA 5OZHA 3KFSA 1T6GA 3OGQA 5P1HA 4HEGA 5P8EA 4B0QA 3HAWA 3BXSA 5IVSA 5OZEA 1LYWA 5P1DA 1SGZA 1MTBA 4TRWA 4JPCA 3NXNA 5P6TA 1W5YA 4J17A 4RZ1A 2QZKA 4ACXA 1NH0A 3S56A 3HVPA 5P69A 2FXDA 4X7IA 5P4KA 3K4VC 3PSGA 5P4XA 1A30A 4LXKA 3NXEA 1M0BA 5P44A 5P1VA 2NXMA 3PEPA 5P4AA 4OBDA 2F81A 5AHCA 5I3YA 5P74A 3GGAA 5P8JA 1E82E 4AMTA 4QGIA 1EPPE 2O4SA 4ZSQA 3KMXA 5I70A 3IVIA 4S1GA 5P7BA 4D83A 5P77A 3ZOVA 1A8KA 5HD0A 2V11C 2B42A 3S53A 3OOZA 3SA6A 4B72A 5P4LA 2OHSA 4JPEA 1PSNA 4TRYA 5P5IA 5P5RA 4UPJA 1AVFA 4Y4AA 3U7SA 4FM7A 1K1UA 5OZNA 5P0MA 3L5BA 5BWYA 5OZLA 5I3XA 5P1EA 3EL4A 2XYFA 4FM6A 2HB3A 2WEBA 2XFKA 3OU1B 3O9FA 2G24A 3OAGB 3S85A 4GIDA 1IZDA 2JYSA 4M8XA 1ZAPA 3QIHA 1TZSA 1N49A 5TOLA 5P8MA 3GGUA 5P1PA 5P2DA 1PSAA 1MT8A 5P86A 5OYXA 1MT9A 2PYNA 1IZIA 5P2EA 1W50A 3UQRA 5OZ5A 1BWAA 5P66A 3CYWA 2ER9E 4GJ5A 5P71A 3GGVA 5OZ9A 2AVOA 5OZ7A 5P5ZA 2WKZA 2ZHTA 3U71A 4RRNA 2HPFA 4J55A 4EHCA 5P6VA 4ZEAA 4ER1E 1LV1A 3VSXA 5HU0A 1YM4A 4EXHA 5EZZA 4Y3NA 3HD8A 5P0WA 3ZPTA 5P8BA 1HPSA 3Q6YA 3QP0A 4CPUA 1FLHA 3SPKA 3G6ZA 2Q63A 1XN3A 3HVGA 1HVRA 5AHBA 3TOHA 1LEEA 5DQ5A 2OHLA 3S2OA 2J9KA 4Y4BA 2OHUA 4Q1NA 3PVKA 4NPUA 2Q54A 1FIVA 2V00A 4GJBA 4L7HA 2QZLA 1E81E 2QU2A 2CEMA 5OZRA 4AA8A 5P27A 5P4NA 2I1AA 1HTGA 7UPJA 2FDDA 3NLSA 2G20A 2AZBA 5P2BA 3UQPA 2WHHA 4FIVA 3O9GA 5P2AA 1BVEA 5IE1A 2HS2A 5P7WA 4YDFA 2Q55A 1EBYA 5OZVA 5ISJA 1KJ4A 4YHQA 4YD3A 4OC6A 3NR6A 4FE6A 2Q3KA 3KFNA 5OYYA 3EKYA 3DCKA 3INDA 5P1XA 3O9HA 1DAZC 4I11A 1APWE 4QJ9A 3BXRA 4EQJA 2AOCA 2ANLA 3ZL7A 1VIJA 2WEAA 2QHYA 3NU4A 5P3OA 1AM5A 2O4PA 3HW1A 4NJTA 3FIVA 2O4KA 1D4LA 3OUCA 1SDTA 5P5GA 5P0BA 4Y41A 5P1FA 5HDUA 2QD7A 4FGXA 3OUAA 3UFLA 3BVBA 1ZP8A 2NXDA 4Q5MA 4FAFA 4F73A 2ER6E 5P3WA 4I0DA 4I0IA 5P7VA 3GI4A 5P1KA 4HZTA 4J0PA 5HVPA 3IN4A 4Y3DA 1YT9A 4EP3A 5P5XA 4Y4EA 4Y4ZA 1KJHA 5P43A 1FQ4A 1PPLE 5P4UA 5P8CA 3ZPUA 5AH9A 4RGHA 5P7CA 4CPSA 5P8NA 4L6BA 1EEDP 3LIZA 2ASIA 3UDYA 5DR3A 1EC3A 5B18A 1HPOA 4BELA 3PB5A 1B11A 4J0VA 3PRSA 3VV8A 5P4BA 1MRWA 2FLEA 5KQFA 5T4SA 4K8SA 4YE3A 2R3TA 2F3KA 2APRA 4RCDA 3PI5A 4Y4UA 1D4HA 3HBOA 4Y4TA 4OBZA 2ZGAA 5P6UA 4RVIA 3UDPA 2ZJIA 4EYRA 2NNPA 2G21A 4DJPA 2R38A 2HPEA 3UDMA 5CONA 1LF2A 4APRE 5P6RA 2FMBA 5BRYA 4Y3PA 2WF1A 3KM4A 3PCZA 1QS8A 4FM8A 5P7RA 5P0UA 5P0SA 5ISKA 5P5LA 2AOEA 3WB4A 4YDGA 1MPPA 3HZCA 4CPTA 5P52A 3VLAA 3BHEA 5OYQA 5DR7A 4CPQA 2BJUA 5P1QA 3QI1A 5P8VA 4I0EA 1WBMA 3PJ6A 5KQYA 2BKTA 3R0YA 4B70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C9B A;  4EJ8 A;  3N4L A;  3D1X A;  5P4Y A;  2UPJ A;  1UH8 A;  3GI0 A;  1SGU A;  2BKS A;  5P8P A;  3KT5 A;  3K5D A;  1HOS A;  2Q11 A;  3TOG A;  4YCY A;  3EL1 A;  5C9D A;  5DQ2 A;  5P4Q A;  5DR0 A;  4RVX A;  1PSO E;  1B6P A;  4OBK A;  3VEU A;  3JW2 A;  3OU4 A;  1C6Z A;  4YD6 A;  2IEN A;  1GVT A;  1FMU A;  4NJU A;  4YD5 A;  1ODX A;  3VYF A;  5P3X A;  4B78 A;  2BBB A;  1OHR A;  2OAH A;  5P3I A;  4GJ8 A;  5P2U A;  3ZKX A;  4F76 A;  3BUG A;  5P7Y A;  3EM6 A;  5P08 A;  3BC4 A;  1QRP E;  5P6M A;  4COE A;  4YA8 A;  5P0C A;  3MSL A;  3IXK A;  1GVX A;  1HPV A;  5OZY A;  1HSH A;  5P1A A;  4XX4 A;  5OZ0 A;  5P3S A;  5P4I A;  4IVS A;  3DCR A;  3UQW A;  3TNE A;  3S54 A;  1U8G A;  5J25 A;  4ER2 E;  3OHH A;  2PH8 A;  3VFB A;  1DMP A;  5P8K A;  3EM3 A;  3KF0 A;  5P5H A;  4Y5B A;  5P1G A;  4WTU A;  3IGB A;  4IVT A;  5P8G A;  1NPW A;  1HHP A;  1MRX A;  5P23 A;  1W5W A;  5P5N A;  4Y56 A;  5P26 A;  1YM2 A;  5P1R A;  1LYW B;  3LNK A;  3NU3 A;  3NWX A;  2VIJ A;  1A9M A;  1SDU A;  3HLO A;  5P2V A;  2P83 A;  4D88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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