3NU4A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant v32i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nu4A00
4B1CA 3LZVA 1PROA 3OUAA 3PI5A 4L7JA 2NNPA 4NKKA 3OAGA 3N4LA 5P2NA 5P3HA 2FS4A 2ZJIA 2PK5A 1W5YA 4GZFA 2I0AA 5P0EA 4Y38A 5P1TA 3T3CA 1C6YA 5HTZA 4YHQA 3L5DA 4FM7A 2NPHA 1QS8A 5P57A 1UH8A 4Y3PA 1HVSA 5ER2E 5P84A 3UDNA 1W6HA 3BXRA 4ZSQA 3UQRA 1D4KA 2O40A 5P56A 4JP9A 3B7VA 3IAWA 5P2VA 1W5VA 5OZNA 2OHSA 1YTJA 5P70A 2CEMA 3T7QA 3NXNA 4Y5KA 3CKTA 5KR2A 3PGIA 4OBKA 1IZDA 5P4JA 5JG1A 2IKOA 3Q6YA 5OYXA 2R8NA 3UDHA 4Y4WA 3KFNA 2I4XA 5OZ1A 5P2BA 1FMXA 3BXSA 4QJ6A 2WF0A 2NMYA 4LXAA 5P2LA 3NLSA 4R8YA 4EJLA 3D1ZA 3WZ7A 2B7FA 1SDUA 5P5IA 4J1FA 4CKUA 3OK9A 1QBRA 1KJHA 1BWAA 1APUE 1EC0A 5EZZA 4CP7A 5I70A 5P5UA 5P3AA 5P54A 3AUPA 5P82A 5P5DA 1K1TA 4EWOA 4PZXA 3KFSA 4RVXA 3OADB 5OZ3A 2IENA 4DJYA 1B6LA 5P69A 2CEJA 3OUCA 4GMIA 1FFFC 1HPXA 3IVHA 3I25A 5P37A 2HPEA 5P2KA 4KUPA 5P4NA 4I12A 3HAUA 1QBUA 5P3JA 5P7DA 1RQ9A 5HE7A 1FEJC 4KE0A 1ODXA 5JODA 2WL0A 1B6KA 4Y3TA 5P0IA 5P29A 4ER2E 4AZYA 3QN8A 3DJKA 1T7JA 2WEDA 2Q63A 4I0JA 3OXWA 4Y4GA 4H1EA 4Q1YA 1HIHA 3VG1A 4Y5CA 4FS4A 3EBZA 4YCTA 3RVIA 5COPA 2QU2A 4DJRA 3PLLA 1K6PA 5P1ZA 5ISKA 1AAQA 5KQFA 5P55A 4GJ7A 5P8LA 5P86A 1LYAB 1Z1HA 3TPJA 1PSNA 5P0PA 4F74A 5P66A 5P59A 7UPJA 4Z4XA 2FDEA 5P7ZA 3UDJA 1Z8CA 3OY4A 5COKA 5P0JA 5P1IA 3TH9A 5P1AA 5P4TA 5OZCA 5P4MA 2OHTA 1BBSA 2AOFA 5P0YA 3LINA 3TNEA 1HWRA 1LYAA 3URIA 3U71A 1APTE 2G20A 3RSVA 4K4RA 5P8MA 5P5AA 3SKFA 4J0ZA 4H3IA 3TLHA 1W50A 3DM6A 5P7MA 3FX5A 1VIKA 4QJ2A 4YD3A 3Q70A 4RRNA 1MSNA 4J1CA 5P7PA 1MSMA 5DGWA 1PFZA 5P58A 2RENA 4EJKA 4FE6A 5DR1A 1EBYA 1JLDA 4Y4TA 5P5EA 3PVKA 4ZPGA 4PPHA 3S8IA 2R3TA 5HCOA 1DIFA 1E81E 5P65A 5P3UA 4RLDA 1AJVA 3TKGA 5P8PA 4Q1NA 3JVYA 3EL5A 5P7WA 4LAPA 3K5FA 4U7VA 1SIVA 3NSHA 5OZPA 3SO9A 1HSHA 1SDTA 5P0RA 5P81A 4FM6A 5IS4A 2I4DA 5P3IA 5KR1A 1ODYA 5P0OA 4Y5MA 4DJQA 2AVQA 1LYBB 3BUFA 5P62A 1BVGA 4HVPA 5P3EA 2P3BB 2G24A 1T7KA 4YCKA 5P3TA 4Y5PA 5P1QA 2ZHSA 5DGUA 4DJVA 3GI5A 3L5EA 5OZ4A 2B60A 5IVTA 1ZPKA 3RTMA 3QBHA 1APWE 4Y4EA 2G1RA 4J1HA 5P1VA 5DPZA 4MC9A 3KYRA 5OZOA 5P4KA 5P7OA 4R91A 2P3BA 4YCYA 4FLGA 1ODWA 3IXKA 2OHMA 5P7QA 1ZAPA 3OTSA 1KJGA 1EPME 3EL1A 1ER8E 5P88A 2J9KA 4Y37A 5P3KA 5P8CA 5P0UA 4NJVA 3LITA 4LHHA 5SZ9A 1DPJA 5OZYA 1OD1A 1GNOA 5P6GA 5HU1A 2NXLA 4I0GA 2APRA 1HEFE 3U6AA 5P2GA 4QGIA 1HSIA 5P87A 4Y3MA 1XL5A 2QI5A 3KT2A 4I0FA 5P45A 3OQKA 5BRYA 3QVIA 5EZXA 2JJIA 5P1EA 4HDBA 4JECA 2RKFA 4LBTA 5P34A 1Q9PA 5OZMA 2QMDA 5P77A 1HVCA 4Y35A 2QI1A 2PYNA 3K4VC 5HE4A 5P04A 3OGQA 3CYWA 5P0NA 4Y4XA 3ZKNA 3PEPA 2PWRA 4KE1A 2Q3KA 3S7MA 2QI3A 5HDUA 1SBGA 3GW5A 2XFKA 4GJ5A 2HS1A 3O9IA 3ER5E 4I0EA 1T7IA 5P27A 5KQXA 5P5GA 5P4PA 5P5YA 1NPVA 5DR8A 5P2JA 2G27A 4B05A 5P5PA 1U8GA 2HC0A 2VIJA 4ER1E 1FF0C 5P1PA 4APEA 4COEA 3O9CA 4S1GA 2R3WA 2I4WA 5I3VA 3VF5A 3MWSA 5IE1A 2ER7E 2V10C 5P5KA 4DPFA 1DW6C 5OZLA 2G26A 1FIVA 2OHPA 3O99A 3SA7A 4DQGA 1RV7A 4IVSA 1C6XA 2FLEA 5P4OA 4Y3JA 2F81A 5F00A 4L7GA 3UDYA 3R0YA 2O4PA 5HVPA 5P6JA 5OZUA 5OYUA 3GGAA 3I7EA 4GJCA 2FMBA 4XXSA 3INFA 4YA8A 5P5MA 1XDHA 5P8OA 4XX3A 1WBKA 2AOGA 5P3LA 4CMSA 3CKRA 3CMSA 5E5KA 4NJTA 5P09A 1K2BA 3G70A 5P5OA 5P6NA 5P17A 5P6QA 5ENKA 4OBZB 4MC6A 2ZGAA 5P20A 1D4JA 3KM4A 5P2XA 1HOSA 4MC2A 5OYRA 1EPRE 2Q54A 2QHZA 4DQEA 1HVKA 2V13A 3B80A 4LXMA 2WKZA 5P4RA 5P0WA 2P8HA 5E5JA 2I4VA 3HZCA 2ASIA 4HE9A 4K8SA 3KT5A 3S54A 5P43A 1M43A 2NXMA 1T6EX 4DV9A 1IZIA 1ZTZA 5P4DA 1K2CA 4EXHA 2BPWA 3ZKIA 5AGZA 5P4FA 3SA6A 3VSWA 1RPIA 1LS5A 3EKVA 1CPIA 3IXOA 3WZ6A 2WEBA 4CPSA 3NDXA 2R38A 4K9HA 4JPCA 1CZIE 2Q64A 3LIQA 1TSQA 5AH7A 5OZIA 5P0SA 4Y4DA 5P7VA 1E5OE 5P41A 2ZHUA 4GJDA 5TOLA 3CYXA 4YD6A 5P53A 5P8VA 2MIPA 5P76A 1NPAA 2ZHTA 4Y3XA 1UH9A 3OQDA 5OYVA 1MEUA 2OHNA 3UQPA 2CENA 2AVVA 1ZSRA 3EC0A 2ER0E 4Y43A 1B6JA 5P3NA 5P3BA 4I10A 4Y5NA 2QZKA 4K4QA 2VNNA 2QNPA 4HDPA 1MT8A 3R1GB 4J17A 4H3FA 2AVOA 2OAHA 2QU3A 5P8AA 3RSXA 2QK5A 4CPQA 2OHUA 3EM3A 3K1WA 4LXKA 3OQFA 5P5FA 1YM4A 6FIVA 4HEGA 1T3RA 3OQ7A 4Y5LA 1HRNA 3O9BA 1GVXA 4DVFA 5P6IA 2Z54A 3OOTA 5P6DA 3URLA 3KDDA 5P2CA 3DUYA 3OXVA 4Y6MA 3NU9A 5DQCA 5HE5A 4HLAA 1SH9A 4J0PA 5P89A 1KJ7A 4Y3SA 5P8IA 4L7HA 2VIZA 2VA6A 3QRSA 1ZP8A 3ZL7A 1EPNE 3RTNA 3I6OA 5OZQA 2F3EA 2QI7A 3D91A 4RRSA 5SY2A 5P75A 3BUGA 3I2LA 5P6AA 4Y4BA 3QS1A 1M0BA 1EAGA 2IS0A 3PWWA 5P67A 1UH7A 2VJ6A 2OHRA 3OOZA 1K1UA 5C9FA 3FNSA 4FRSA 5P7AA 2FGVA 4Z22A 2HB3A 1LYWB 4D83A 3L38A 5P7JA 2P3AA 5OYWA 2RMPA 5P6PA 5P1MA 3IN3A 3BVBA 3HVGA 5P7TA 4M8YA 4ZSMA 5P2RA 4Y3NA 5P3FA 3VV7A 3ZOVA 1ME6A 1A8KA 2JYSA 3H0BA 2QNQA 3WB5A 2BPXA 5P6EA 3QRMA 2FIVA 5P1SA 2V16C 5DR0A 5P36A 1ENTE 2NTRA 5P19A 2F3FA 3M9FA 3L5CA 4Y4ZA 1T6GA 4J5JA 2WJOA 1SGUA 1FGCC 3SM1A 5P11A 4I8WA 4FAFA 2IRZA 4WY1A 2QP8A 3OADA 6APRE 1HSGA 5P6LA 2WF3A 1BDQA 3DCRA 2QMPA 3BVAA 4L1AB 1MT9A 4F76A 5OZXA 2XFJA 5P3RA 3NU6A 5P02A 5P1BA 5OZGA 3TTPA 1BDLA 3Q4BA 4K4PA 4Y48A 4Y4AA 1D4IA 5P26A 3RTHA 5P35A 1IVPA 5P5XA 5P2YA 4ZPEA 3NWXA 3L58A 1FQ6A 2IEOA 3S53A 3DK1A 5B18A 2ZJNA 1XL2A 1MVPA 4Y3FA 2HM1A 1EC3A 5KAOA 5P1JA 1BILA 4H3GA 2QD7A 5P8RA 5COOA 1ZBGA 2P4JA 5KOQA 5P7IA 5P30A 3VYDA 3APPA 5P0MA 2ANLA 4DFGA 5P8UA 3N3IA 1HBVA 3NWQA 3SA9A 1FFIC 3NU5A 5P28A 4PEPA 2NR6A 4J55A 2G1OA 2O4LA 2XYEA 2AZBA 3NU4A 4YD4A 5IVRA 3IXJA 5KQYA 1D4YA 3BUHA 3BRAA 3CIBA 3HVPA 3K4VA 4Q1WA 2QNNA 5P51A 3OUBA 5P6SA 5P2UA 5P8JA 1EPQE 4B77A 1ZPAA 5ER1E 1F7AA 4FRJA 2V00A 5P1YA 3QVCA 2BKSA 3GGUA 3SA5A 5OZ5A 2A1EA 5P8EA 1LZQA 1MIQA 1HHPA 2P3CA 1EBWA 5P4UA 2A4FA 3UDPA 3UQWA 1HVLA 3OGPA 6UPJA 5OZAA 3EKQA 4L6BA 4ZLSA 2XYFA 5P6YA 1UPJA 2PH6A 5P8SA 2FDDA 5P10A 1GNNA 4QJAA 3ZPUA 2FNSA 4PYVA 5I3YA 5I3XA 5DQ2A 4QJ8A 3T11A 3NUOA 3O9AA 5OZHA 2RKGA 3I8WA 3PCZA 5P46A 5P1XA 3PBZA 1LV1A 3LPJA 3MSLA 3VFBA 4HA5A 2UPJA 3QPJA 3NDTA 2QD6A 5P08A 5P06A 5P2EA 3O9HA 3VFAA 5P2QA 5P24A 2WEZA 3EL4A 3R4BA 1YTHA 1YT9A 2ZJJA 4Y58A 5P7BA 3UHLA 3S85A 4EXGA 5BWYA 2ZYEA 3D1XA 5P83A 3EKXA 2AZ9A 1XN2A 4YD5A 1EPPE 3GGXA 2PK6A 5P73A 1GVWA 1LYBA 2P83A 5P5VA 4D89A 5OZKA 5P2OA 1FQ8A 5P2FA 3G6ZA 3URJA 5OZSA 3O9FA 5P31A 4FSEA 5P3MA 3O9DA 1FB7A 3L3AA 3INEA 4Y36A 2QD8A 1LF4A 3OU4B 4B0QA 5P80A 3ZKGA 3BHEA 2P3DA 1TCXA 3PMYA 4TRYA 1B6PA 3EKYA 2Q11A 4B00A 5BS4A 4Y3ZA 3IA9A 4Y3HA 5OZWA 2O4SA 3O9EA 5P60A 3VYFA 2BQVA 5P0LA 4I1CA 4R92A 5P2DA 5P2AA 1PPME 3PSYA 4Y56A 5PEPA 4WY6A 3LPKA 3CKPA 1HXBA 5P14A 5P6WA 2AOEA 1C70A 3UPJA 1EC2A 1FG6C 5P7YA 4Y39A 5HDXA 2ZDZA 3UFNA 4CPTA 2JJJA 3OTYA 5P4HA 1BXQA 2PQZA 2B42A 1A30A 3IGBA 5P0CA 5P0BA 5P3GA 3UQUA 4OD9B 2F3KA 3GGVA 2R9BA 3KDBA 4ACUA 2Z4OA 2F80A 2QI6A 4FRKA 3SPKA 5DQ4A 1YTGA 3FNTA 5P7NA 5UPJA 3RU1A 5ISJA 2IDWA 5P25A 5P47A 4AA8A 3TPLA 5P1DA 3OU1B 4OD9A 4GYEA 3TPRA 4GJAA 2Q15A 1KJ4A 4X2LA 4QLHA 3LIZA 1OEXA 4EYRA 4H3JA 3UDKA 1OHRA 1ZLFA 2WF2A 3NUJA 2RSPA 4R93A 2G94A 2B8VA 3SACA 4Q5MA 3OU1A 2IQGA 4NPTA 1A94A 1B5FB 3EXOA 3DCKA 5P22A 4Y51A 3ZLQA 1A9MA 4J0VA 5OZ7A 4CPRA 5P0XA 4N00A 5P4CA 5P39A 3OWNA 3EL0A 2O4KA 4PZWA 2F8GA 1RNEA 5P8QA 1B5FA 1EBZA 3KF0A 5HD0A 4CPXA 4ZE6A 5AH6A 3DOXA 5OZ8A 5OZBA 4B70A 1MESA 2QZLA 4NPUA 5P0GA 3PWMA 5P4EA 3ZKXA 5AHCA 3S2OA 3S43B 2QAKA 2BPVA 3NDWA 3ZMGA 1BDRA 2QI4A 5ENMA 5P1FA 1K6CA 5P7XA 5P1UA 4B1DA 2VS2A 2BPYA 5P0AA 4Y3WA 1HTFA 4RVIA 1M4HA 4APRE 4YDFA 4FAEA 4J0YA 3T6IA 1HXWA 2V0ZC 5P7GA 1XN3A 3SLZA 5FIVA 5P33A 1WBMA 4J0TA 3VLAA 4J1EA 4YD7A 2QMGA 3PHVA 1TW7A 4OBZA 2AVSA 3TL9A 1ZJ7A 2H6SA 3FV3A 3JVWA 3G72A 5P1OA 1FQ7A 4Y5BA 5OZRA 3UCBA 3PSUA 5P3DA 2B8LA 4Y41A 4FRIA 1EEDP 5OZDA 5DQ1A 3DV1A 1LEEA 1HEGE 1FQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1C A;  3LZV A;  1PRO A;  3OUA A;  3PI5 A;  4L7J A;  2NNP A;  4NKK A;  3OAG A;  3N4L A;  5P2N A;  5P3H A;  2FS4 A;  2ZJI A;  2PK5 A;  1W5Y A;  4GZF A;  2I0A A;  5P0E A;  4Y38 A;  5P1T A;  3T3C A;  1C6Y A;  5HTZ A;  4YHQ A;  3L5D A;  4FM7 A;  2NPH A;  1QS8 A;  5P57 A;  1UH8 A;  4Y3P A;  1HVS A;  5ER2 E;  5P84 A;  3UDN A;  1W6H A;  3BXR A;  4ZSQ A;  3UQR A;  1D4K A;  2O40 A;  5P56 A;  4JP9 A;  3B7V A;  3IAW A;  5P2V A;  1W5V A;  5OZN A;  2OHS A;  1YTJ A;  5P70 A;  2CEM A;  3T7Q A;  3NXN A;  4Y5K A;  3CKT A;  5KR2 A;  3PGI A;  4OBK A;  1IZD A;  5P4J A;  5JG1 A;  2IKO A;  3Q6Y A;  5OYX A;  2R8N A;  3UDH A;  4Y4W A;  3KFN A;  2I4X A;  5OZ1 A;  5P2B A;  1FMX A;  3BXS A;  4QJ6 A;  2WF0 A;  2NMY A;  4LXA A;  5P2L A;  3NLS A;  4R8Y A;  4EJL A;  3D1Z A;  3WZ7 A;  2B7F A;  1SDU A;  5P5I A;  4J1F A;  4CKU A;  3OK9 A;  1QBR A;  1KJH A;  1BWA A;  1APU E;  1EC0 A;  5EZZ A;  4CP7 A;  5I70 A;  5P5U A;  5P3A A;  5P54 A;  3AUP A;  5P82 A;  5P5D A;  1K1T A;  4EWO A;  4PZX A;  3KFS A;  4RVX A;  3OAD B;  5OZ3 A;  2IEN A;  4DJY A;  1B6L A;  5P69 A;  2CEJ A;  3OUC A;  4GMI A;  1FFF C;  1HPX A;  3IVH A;  3I25 A;  5P37 A;  2HPE A;  5P2K A;  4KUP A;  5P4N A;  4I12 A;  3HAU A;  1QBU A;  5P3J A;  5P7D A;  1RQ9 A;  5HE7 A;  1FEJ C;  4KE0 A;  1ODX A;  5JOD A;  2WL0 A;  1B6K A;  4Y3T A;  5P0I A;  5P29 A;  4ER2 E;  4AZY A;  3QN8 A;  3DJK A;  1T7J A;  2WED A;  2Q63 A;  4I0J A;  3OXW A;  4Y4G A;  4H1E A;  4Q1Y A;  1HIH A;  3VG1 A;  4Y5C A;  4FS4 A;  3EBZ A;  4YCT A;  3RVI A;  5COP A;  2QU2 A;  4DJR A;  3PLL A;  1K6P A;  5P1Z A;  5ISK A;  1AAQ A;  5KQF A;  5P55 A;  4GJ7 A;  5P8L A;  5P86 A;  1LYA B;  1Z1H A;  3TPJ A;  1PSN A;  5P0P A;  4F74 A;  5P66 A;  5P59 A;  7UPJ A;  4Z4X A;  2FDE A;  5P7Z A;  3UDJ A;  1Z8C A;  3OY4 A;  5COK A;  5P0J A;  5P1I A;  3TH9 A;  5P1A A;  5P4T A;  5OZC A;  5P4M A;  2OHT A;  1BBS A;  2AOF A;  5P0Y A;  3LIN A;  3TNE A;  1HWR A;  1LYA A;  3URI A;  3U71 A;  1APT E;  2G20 A;  3RSV A;  4K4R A;  5P8M A;  5P5A A;  3SKF A;  4J0Z A;  4H3I A;  3TLH A;  1W50 A;  3DM6 A;  5P7M A;  3FX5 A;  1VIK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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