3NWQA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with mvt-101
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nwqA00
2Z4OA 5IVRA 2WEAA 2P4JA 3INFA 1EPNE 3A2OA 3IA9A 5P0GA 5P8CA 1YTIA 1LF3A 4Y48A 5OYZA 4Q1WA 4Y3XA 4Y3YA 3LITA 3L38A 3KN0A 5P07A 4R92A 1A8GA 4Y5AA 4QJ9A 1K2CA 1NPAA 4FM8A 3HW1A 3WZ8A 2G21A 1U8GA 1IZEA 4HA5A 4LAPA 1D4SA 2VJ9A 1HIIA 1HOSA 2R5PA 1BAIA 3FX5A 1APVE 5I3VA 5P14A 2AOIA 4OBFA 2JXRA 2HAHA 5F01A 3OU3A 5P48A 4TVHA 3T6IA 3AIDA 3HDKA 5P58A 5OZKA 5P0SA 2PQZA 3OTYA 5P6ZA 5P4HA 4B1DA 5P7JA 4DJUA 2QHCA 5P6YA 3EKYA 2ZJKA 1EPPE 2UY0A 3OUDB 2AOJA 3UDNA 5P3NA 5P0UA 4ZSRA 4Y3SA 3VFBA 3EKTA 4I11A 5P6RA 3D1XA 3SFCA 4PZWA 2IQGA 5P3WA 2NNPA 5P5BA 5P8TA 3QBHA 4B78A 5P2NA 1HPSA 3OK9A 3N4LA 3VV8A 2QZLA 4Y3RA 4ZSPA 2B7ZA 2HPFA 1C70A 1HPVA 1M43A 3PLDA 4WTUA 4F73A 2PYMA 2F8GA 1ZSFA 2ER9E 4Y45A 4Y4JA 4APEA 5P8NA 1AXAA 4YHQA 4Y5LA 5P64A 5P7ZA 5P1UA 5P3XA 1UPJA 2WJOA 5P5EA 1NSOA 4OBGA 4RCDA 3OXXA 3SACA 5P62A 5T4SA 3KT5A 2HS2A 3KT2A 3EL0A 4QLHA 1A9MA 5P0XA 2BPYA 3EKWA 1K2BA 2QNNA 4Y5EA 2WF3A 3OQ7A 3R0WA 1MERA 3VEUA 4PEPA 3QRMA 4HDPA 4A6BA 3CICA 2G27A 5P60A 5P4NA 3UDMA 4EP2A 1EC1A 4OC6A 4Z50A 2FMBA 5OZ1A 3F9QA 1SIPA 2WF4A 3UQXA 5P8LA 2FNTA 3S7LA 1EPLE 2I4VA 1LYAB 3ST5A 5P1TA 3TPLA 4GB2A 4CPUA 4DUSA 3NYGA 1W50A 4J54A 3NU3A 1FFFC 5P1MA 4RZ1A 4RROA 5P0IA 4GJ6A 5P70A 5P8UA 2AVMA 5P8VA 2FGVA 1FQ6A 5C9FA 5P6NA 3OU1B 5OYWA 1OEWA 2IDWA 3Q4BA 4I0ZA 4H3GA 5HE4A 3HVPA 4NPUA 5P4JA 2FS4A 4Y4WA 1IZHA 2AQUA 3HAWA 1EBKC 1EPOE 4Y3GA 1MRWA 5OZQA 4EJDA 1HVSA 5P81A 5P5OA 5P47A 4J1HA 1XN3A 1T6GA 2B60A 4PPHA 3ZOVA 3PI5A 1EPME 5PEPA 5KR0A 2Q64A 1HVRA 5C9DA 4R91A 3LPKA 2RKGA 2Q3KA 2XYEA 1PSAA 2AOFA 3EM4A 5P71A 5P2XA 3PWWA 2HB2A 1ODYA 2QI7A 2BPVA 1W5YA 3LHGA 4DJXA 4Z2ZA 2UPJA 4DJRA 1YTJA 5P3TA 4A6CA 2OHUA 3OQDA 3PB5A 2R9BA 4DJOA 4RGHA 3T7PA 2QZKA 4Y50A 3T7QA 5P13A 1HSHA 3L3AA 1QBTA 5P39A 3BGBA 4L1AA 4YCTA 5P7DA 5P10A 4EWOA 1LYBA 3OQKA 4Y4BA 5P4XA 1SBGA 3K4VC 4I1CA 5DR0A 5OZRA 5DQ5A 5P25A 5P0NA 4B1EA 1F34A 1RV7A 5P0DA 3GGVA 2JYSA 1M4HA 5P7PA 5P89A 5P4MA 1A8KA 5P4AA 2HM1A 3NU5A 3INHA 1HVHA 2QZXA 3OOZA 5IS4A 4FE6A 5F00A 2JJJA 3CKRA 2R8NA 3UDYA 5OZEA 5OZAA 5P2OA 2XFKA 1DPJA 2P8HA 1ZBGA 2FDPA 1MUIA 5OZZA 6FIVA 1META 2VNNA 1MIQA 1XS7D 3FNTA 1MT7A 4FRJA 4A4QA 5E5JA 2ZJLA 5P2HA 2SAMA 1LYWA 2QP8A 5P7XA 1EC0A 5P87A 5P0KA 3RSXA 5OZ8A 5KR2A 3NWQA 3OUBA 3MSJA 5OYXA 5P6MA 5EZXA 1EBWA 3O9BA 5KAOA 5P1CA 5P6EA 3TPPA 3TPJA 3Q3TA 4CPTA 2ZHTA 3LNKA 2J9JB 2QMFA 3D3TA 5EZZA 3OADB 3HVGA 3PEPA 5P65A 2AVQA 1FKNA 3GI4A 4GJ8A 5P74A 4EXGA 3PCWA 5P2TA 2FGUA 5KQZA 3C9XA 3O9IA 2FXEA 4GJCA 2IENA 2IRZA 5P5HA 4I0FA 5OYQA 1FEJC 5P7LA 5P2ZA 2FDDA 5P0WA 1APUE 5P6DA 2B7FA 3SABA 4Y51A 5P5WA 5P88A 1HVJA 4Y3EA 3OGQA 2BB9A 4YD6A 1MEUA 2RMPA 3SA5A 1MPPA 2NMYA 4Y37A 5P8GA 2NTRA 2G1OA 2UXZA 3QP0A 2BBBA 5P1JA 2IL2A 5P1GA 4DV9A 4Y4EA 5P4ZA 1UH7A 3LIXA 3OU4B 1CMSA 4Y4UA 3EC0A 8HVPA 2PK6A 5P3JA 5P5MA 3IN3A 2O4SA 4GIDA 4YOBA 5P12A 2ASIA 4ER1E 3DM6A 5I3XA 3B7VA 2HC0A 2NXLA 4LXAA 3WZ7A 3B80A 5P3GA 4Q1NA 5P1IA 1KJGA 4QJ2A 4EYRA 2A4FA 3PRSA 2VJ6A 2QI6A 3O9FA 5P0LA 5P31A 5APRE 1MVPA 2G94A 3K5CA 5SXNA 4NJVA 2WEZA 5HD0A 5P6BA 5OZ6A 2NXMA 1SGZA 4XXSA 1YM4A 4Y5KA 5JG1A 1TW7A 1FMXA 2IS0A 3KFPA 3BRAA 4CPWA 2P3CA 5P2VA 2PK5A 5P5IA 4Y3PA 1HBVA 5P4LA 4DPIA 2PWRA 1XL2A 3CIDA 4EQ0A 3GW5A 3ZKQA 3CIBA 2CEMA 4K4PA 5P5VA 1W6HA 5P8DA 2J9KA 1W5VA 1HXWA 3GI0A 3UDPA 3S2OA 5P6KA 5P7HA 1FB7A 3O9LA 1ZJ7A 3KFSA 1VIJA 4ZEAA 5P5FA 5P05A 4OBDA 2FLEA 4UPJA 3L5DA 5P32A 2XYFA 5P2KA 5P6OA 5P2AA 2VIJA 4GJ7A 5I70A 5P0PA 3OQFA 5HE7A 5P51A 4RLDA 1QDMA 3PBZA 5P7TA 2P3BB 1EPRE 5P46A 1HIHA 5P2RA 4YD4A 5P4OA 1IDAA 1N49A 4RCFA 1AIDA 2WF1A 3UDRA 4I8ZA 2VJ7A 1NPVA 5P63A 2RKFA 2O4KA 5P0YA 4DJPA 2ZDZA 5OYUA 3DOXA 5P8RA 2QI5A 4Y3QA 1DIFA 3S43B 5P77A 5P1YA 4AA8A 3MXDA 5ISKA 1W6IA 3TPRA 4BEKA 5P3RA 3TLHA 1T7JA 5KR1A 3OAGB 1HTRB 3T3CA 3GI5A 5P1DA 1FMUA 2PC0A 5P1FA 3PI0A 5P4SA 4KUPA 3BUGA 1PSNA 1MTBA 1K6VA 2AOHA 2AVOA 4J0ZA 3NXNA 1SH9A 1AM5A 4Y3FA 4B72A 3UFLA 3WZ6A 1SIVA 5AGZA 4FGXA 5OZLA 1G0VA 5P2QA 1FQXA 1HSIA 3VUCA 5P5NA 4OD9A 5HCOA 5P1EA 2P83A 5P19A 2IGXA 4NKKA 2OAHA 3BHEA 1DMPA 5P5RA 5P36A 1APTE 1LEEA 3EBZA 3OGPA 3URLA 5P4WA 3ZKNA 1NPWA 1E80E 5P2JA 1HVCA 5P34A 3KYRA 5P6UA 1E82E 1GVTA 5P8BA 1APWE 3ZMGA 4EXHA 1B6LA 5P0TA 2WL0A 4ZSMA 5P3ZA 1EAGA 5P68A 4Y58A 3S54A 4FSLA 1LV1A 2WEDA 5P1SA 3I8WA 1HVLA 5P0VA 2I0DA 1SDUA 5P37A 5P7VA 3L59A 5P6TA 3GI6A 2A1EA 5P8HA 2G1NA 5P1BA 4RRSA 5P1QA 3R4BA 3SA9A 5P6JA 3UCBA 2HPEA 4LL3A 3ZLQA 1BBSA 1K6PA 4JECA 3U6AA 3O99A 5P01A 5P4BA 3QVIA 3Q5HA 1ODWA 4JPCA 5COPA 3L5CA 4QJ8A 4Y4ZA 5KR8A 3WB4A 3O9CA 5P50A 3I2LA 4FM6A 3U71A 3PSGA 5P0FA 1B5FB 4TRWA 3S8IA 3DUYA 5P00A 5P7UA 4KE1A 4RCEA 3URIA 5P3SA 1WBKA 5P41A 3KDDA 5P52A 3LPIA 4H3IA 5P1RA 5P4FA 3U7SA 5OZ5A 3UDQA 5P1LA 3VF7A 5HU1A 4EJKA 4J0TA 2FIVA 5P22A 2ANLA 1QBRA 3TH9A 1AJVA 1BDLA 3L5BA 5P1HA 1T7KA 4YOAA 4Y3MA 3OUDA 2WKZA 3NLSA 4QJ6A 1HIVA 3NDXA 5P18A 5ENMA 5P33A 5P0MA 5P44A 5OZ0A 1EPQE 5FIVA 5P8OA 1KJ4A 4L7HA 4Y6MA 2OHMA 4RVIA 1HEGE 3NU6A 5P38A 3UQUA 4CMSA 3CKPA 5P5QA 6UPJA 2QMDA 5P5ZA 4HE9A 4CP7A 3SA4A 2OHSA 3QN8A 1QBSA 1FF0C 5P3IA 5P2FA 5P4VA 5AHCA 5P4YA 5DQCA 2R5QA 5P72A 5BRYA 2OHNA 2QNPA 3KFRA 3PGIA 5P42A 3SAAA 2V13A 1ZP8A 4I0IA 3R2FA 1OD1A 2XFJA 5P20A 5P69A 5P17A 5P8MA 4N00A 1ZTZA 3UTLA 2Q63A 2QI0A 6APRE 5P75A 1RL8A 3MWSA 2NXDA 3PWMA 3ECGA 3WB5A 4D8CA 4YDFA 3UQRA 4M8YA 4D89A 1ODXA 5P7GA 5SY3A 5P3FA 4Q1XA 3O9AA 1RPIA 4F76A 1LYAA 1T7IA 1MSMA 5P5GA 3S45A 5JODA 2IEOA 5OZCA 4FS4A 1GVWA 5P0AA 5P8SA 2R38A 2OHPA 4AA9A 5P5CA 3OOTA 4L1AB 4APRE 2P3DA 1KJHA 3BVAA 5P24A 1TZSA 5P45A 1HRNA 4WY1A 5P3OA 1B6KA 1K1TA 3TOGA 5P0JA 1WKRA 3OU1A 3SKGA 3CMSA 5P6HA 4Y36A 2VIEA 4Q5MA 1G35A 1PPKE 3UDKA 5OZ9A 3M9FA 5OYSA 1QRPE 3IN4A 2ZJHA 3BUHA 3SA6A 3ZKXA 5P1XA 4NJSA 1ZPAA 4YD7A 5C9BA 1YTHA 5P82A 4LC7A 3RTHA 1KJFA 3LIYA 2AOCA 4J0PA 4MC1A 5P6IA 3SA7A 1YTGA 4MC6A 5COOA 4DQHA 5P7EA 1NH0A 4YCYA 5OZBA 5P6SA 3PCZA 1HTFA 5KOSA 5DR3A 1YT9A 3VG1A 2ZJNA 1ZSRA 5OZ7A 4LXKA 1FMBA 3VYFA 4DH6A 3LZUA 3I7EA 5OYTA 3OHHA 4YE3A 1A94A 4Y47A 5P3PA 5P5KA 3NSHA 3VV7A 3APRE 2G22A 5P7MA 1BILA 5DGUA 3NU4A 2BPXA 3VCMA 4OBKA 5P2LA 2AOGA 4QJAA 4J1FA 2RENA 1HTGA 4Y3NA 3JVWA 4LBTA 1TCWA 3CKTA 2QHZA 2VIYA 2O4LA 4YD5A 1A30A 3EKPA 4BFDA 2RSPA 3PLLA 5OZ4A 5P4EA 5P85A 5KQYA 5P3HA 2QMPA 5DR7A 4Y3HA 1FQ7A 3NR6A 4EJ8A 4COEA 4EP3A 4Z4XA 3GGAA 2F81A 3ZKSA 2I4XA 3IXKA 1XN2A 2O4NA 5P26A 4U8WA 4D88A 1RQ9A 2ER6E 5P5LA 3NDTA 2HB4A 5DPZA 3OUCA 4K8SA 2QK5A 5P1NA 1FLHA 2VS2A 3EL4A 3SKFA 3APPA 5P1KA 1HSGA 4OBHA 5SY2A 5OZTA 5P78A 2B42A 3D20A 3UHLA 1BDRA 4YDGA 3HZCA 3SLZA 2IKOA 3EKQA 2AZBA 3EL9A 1K1UA 2F80A 2PYNA 4R5NA 3RSVA 5AHBA 2J9JA 2OHLA 5P29A 3VFAA 2QHYA 3RTMA 3OADA 4B70A 5KQFA 4H3FA 4I0DA 5ISJA 4RYCA 1AJXA 1E81E 4RYGA 3O9HA 1WBMA 5P1VA 1HEFE 3NUOA 4TRZA 2AIDA 3KFNA 2OF0A 4Y5BA 3EMYA 4ZIPA 4Y4DA 4DQEA 3BXSA 5P3KA 2I0AA 3ZKMA 5P5DA 5P3BA 3SA8A 1PSOE 5P0EA 3D1YA 1FQ8A 4KE0A 4AUCA 2PSVA 1B11A 5ER2E 3D1ZA 5HVPA 5P3MA 3URJA 1IVQA 3PMUA 4B1CA 5P3LA 5OZ2A 4I12A 5P8EA 5P3QA 1RNEA 3MSKA 4DJWA 5P4CA 3KMXA 3QAAA 2H6TA 1SDTA 2Q11A 5P8IA 3T7XA 3ZL7A 3QIHA 4R93A 5P6PA 4L6BA 2QD6A 3IGBA 4I0GA 2V0ZC 5P11A 1XE5A 1GKTA 3L58A 3BUFA 4CKUA 5DR1A 4D85A 5P43A 5P61A 5P0CA 3SQFA 4DQGA 2OHTA 5BS4A 5DQ1A 4Y38A 2G1SA 3JW2A 5P4DA 5OZVA 4JPEA 3FNUA 4LHHA 5P0RA 7UPJA 3IVHA 2QI4A 5P1AA 4Y3AA 5P5XA 3K5GA 2NNKA 4I0EA 1Z1RA 2V12C 1AZ5A 4ER2E 4XX4A 4HEGA 4Z22A 3LIVA 4Y5GA 5P6VA 5P6FA 1HXBA 2G20A 2QI1A 4GMIA 1Z1HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Z4O A;  5IVR A;  2WEA A;  2P4J A;  3INF A;  1EPN E;  3A2O A;  3IA9 A;  5P0G A;  5P8C A;  1YTI A;  1LF3 A;  4Y48 A;  5OYZ A;  4Q1W A;  4Y3X A;  4Y3Y A;  3LIT A;  3L38 A;  3KN0 A;  5P07 A;  4R92 A;  1A8G A;  4Y5A A;  4QJ9 A;  1K2C A;  1NPA A;  4FM8 A;  3HW1 A;  3WZ8 A;  2G21 A;  1U8G A;  1IZE A;  4HA5 A;  4LAP A;  1D4S A;  2VJ9 A;  1HII A;  1HOS A;  2R5P A;  1BAI A;  3FX5 A;  1APV E;  5I3V A;  5P14 A;  2AOI A;  4OBF A;  2JXR A;  2HAH A;  5F01 A;  3OU3 A;  5P48 A;  4TVH A;  3T6I A;  3AID A;  3HDK A;  5P58 A;  5OZK A;  5P0S A;  2PQZ A;  3OTY A;  5P6Z A;  5P4H A;  4B1D A;  5P7J A;  4DJU A;  2QHC A;  5P6Y A;  3EKY A;  2ZJK A;  1EPP E;  2UY0 A;  3OUD B;  2AOJ A;  3UDN A;  5P3N A;  5P0U A;  4ZSR A;  4Y3S A;  3VFB A;  3EKT A;  4I11 A;  5P6R A;  3D1X A;  3SFC A;  4PZW A;  2IQG A;  5P3W A;  2NNP A;  5P5B A;  5P8T A;  3QBH A;  4B78 A;  5P2N A;  1HPS A;  3OK9 A;  3N4L A;  3VV8 A;  2QZL A;  4Y3R A;  4ZSP A;  2B7Z A;  2HPF A;  1C70 A;  1HPV A;  1M43 A;  3PLD A;  4WTU A;  4F73 A;  2PYM A;  2F8G A;  1ZSF A;  2ER9 E;  4Y45 A;  4Y4J A;  4APE A;  5P8N A;  1AXA A;  4YHQ A;  4Y5L A;  5P64 A;  5P7Z A;  5P1U A;  5P3X A;  1UPJ A;  2WJO A;  5P5E A;  1NSO A;  4OBG A;  4RCD A;  3OXX A;  3SAC A;  5P62 A;  5T4S A;  3KT5 A;  2HS2 A;  3KT2 A;  3EL0 A;  4QLH A;  1A9M A;  5P0X A;  2BPY A;  3EKW A;  1K2B A;  2QNN A;  4Y5E A;  2WF3 A;  3OQ7 A;  3R0W A;  1MER A;  3VEU A;  4PEP A;  3QRM A;  4HDP A;  4A6B A;  3CIC A;  2G27 A;  5P60 A;  5P4N A;  3UDM A;  4EP2 A;  1EC1 A;  4OC6 A;  4Z50 A;  2FMB A;  5OZ1 A;  3F9Q A;  1SIP A;  2WF4 A;  3UQX A;  5P8L A;  2FNT A;  3S7L A;  1EPL E;  2I4V A;  1LYA B;  3ST5 A;  5P1T A;  3TPL A;  4GB2 A;  4CPU A;  4DUS A;  3NYG A;  1W50 A;  4J54 A;  3NU3 A;  1FFF C;  5P1M A;  4RZ1 A;  4RRO A;  5P0I A;  4GJ6 A;  5P70 A;  5P8U A;  2AVM A;  5P8V A;  2FGV A;  1FQ6 A;  5C9F A;  5P6N A;  3OU1 B;  5OYW A;  1OEW A;  2IDW A;  3Q4B A;  4I0Z A;  4H3G A;  5HE4 A;  3HVP A;  4NPU A;  5P4J A;  2FS4 A;  4Y4W A;  1IZH A;  2AQU A;  3HAW A;  1EBK C;  1EPO E;  4Y3G A;  1MRW A;  5OZQ A;  4EJD A;  1HVS A;  5P81 A; 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 3FNT A;  1MT7 A;  4FRJ A;  4A4Q A;  5E5J A;  2ZJL A;  5P2H A;  2SAM A;  1LYW A;  2QP8 A;  5P7X A;  1EC0 A;  5P87 A;  5P0K A;  3RSX A;  5OZ8 A;  5KR2 A;  3NWQ A;  3OUB A;  3MSJ A;  5OYX A;  5P6M A;  5EZX A;  1EBW A;  3O9B A;  5KAO A;  5P1C A;  5P6E A;  3TPP A;  3TPJ A;  3Q3T A;  4CPT A;  2ZHT A;  3LNK A;  2J9J B;  2QMF A;  3D3T A;  5EZZ A;  3OAD B;  3HVG A;  3PEP A;  5P65 A;  2AVQ A;  1FKN A;  3GI4 A;  4GJ8 A;  5P74 A;  4EXG A;  3PCW A;  5P2T A;  2FGU A;  5KQZ A;  3C9X A;  3O9I A;  2FXE A;  4GJC A;  2IEN A;  2IRZ A;  5P5H A;  4I0F A;  5OYQ A;  1FEJ C;  5P7L A;  5P2Z A;  2FDD A;  5P0W A;  1APU E;  5P6D A;  2B7F A;  3SAB A;  4Y51 A;  5P5W A;  5P88 A;  1HVJ A;  4Y3E A;  3OGQ A;  2BB9 A;  4YD6 A;  1MEU A;  2RMP A;  3SA5 A;  1MPP A;  2NMY A;  4Y37 A;  5P8G A;  2NTR A;  2G1O A;  2UXZ A;  3QP0 A;  2BBB A;  5P1J A;  2IL2 A;  5P1G A;  4DV9 A;  4Y4E A;  5P4Z A;  1UH7 A;  3LIX A;  3OU4 B;  1CMS A;  4Y4U A;  3EC0 A;  8HVP A;  2PK6 A;  5P3J A;  5P5M A;  3IN3 A;  2O4S A;  4GID A;  4YOB A;  5P12 A;  2ASI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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