3NWXA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with kvs-1 inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nwxA00
3PWRA 3O9IA 1ENTE 5P0UA 5BS4A 1ODWA 3SA6A 3MSJA 4EXHA 3IVIA 3OADA 4GJ6A 3FSMA 1EEDP 3HAUA 4Y3YA 5P2RA 1EAGA 2VNMA 1W5XA 2G1NA 4EJDA 3QN8A 5P7DA 3VV8A 5P3JA 2V13A 5P88A 2QZXA 2BPYA 5P6OA 3SA4A 4EJLA 4FM6A 5P84A 5HE4A 4HEGA 5HDXA 3BVBA 5P74A 5P08A 1HVHA 5OZRA 4FLGA 2QI0A 2FGVA 5P32A 1FKNA 5P64A 3S53A 5P3OA 1IZHA 5P5SA 5OZIA 3APPA 3TOGA 4S1GA 5P20A 4Y43A 4Y6MA 4Y3TA 5I3WA 3HZCA 4TVGA 1IBQA 1LYBB 3TPRA 3MXDA 5P2KA 3SKFA 1XN3A 4YA8A 2AOJA 2OHQA 3LINA 5CONA 5P2WA 2FXEA 2PK6A 3PSYA 4TRZA 4WY6A 1DIFA 5C9DA 3LZSA 3UDRA 1IZEA 3PHVA 3TLHA 5OYZA 4J1EA 5J25A 4GJBA 1EPPE 1C6YA 5P2BA 1HVRA 5P57A 5P5RA 5P72A 2BPZA 5P6IA 4CPRA 3URJA 5P80A 5P18A 2AIDA 5P0LA 4DJWA 1RV7A 2AVVA 2XYFA 4QJ6A 2XYEA 1NPAA 4IVTA 3O9LB 4YOBA 3HVGA 5I3XA 4YHQA 3KF0A 1HIIA 4L1AA 3JW2A 5DQ4A 1T3RA 5P6MA 4Y36A 1BAIA 5HCTA 4J5JA 4RRNA 1B6JA 3EKYA 5ENKA 5P6PA 5P48A 1FG6C 4J1CA 5OZBA 4K8SA 1W5YA 4HLAA 5DQCA 5P77A 5P6LA 3VFBA 3KT2A 2OHPA 3PM4A 2Q3KA 2VJ9A 4M8XA 1MSMA 4R91A 3NUJA 2QI7A 5P4MA 3KFRA 2Q11A 1FG8C 1AVFA 5P2LA 5P0GA 5P3FA 3D91A 2I1AA 4J54A 5P3YA 5C9BA 5P54A 3B80A 4YDGA 3ZKXA 1EBZA 3INEA 4OC6A 4N00A 1K2CA 1MSNA 5P2QA 1GNOA 2QMGA 4LC7A 4Y4EA 1FQ7A 3NXNA 2QHYA 1G6LA 3PVKA 3PBZA 2IGYA 4PZWA 3G6ZA 4DV9A 2V00A 5OZFA 2NNKA 3CYXA 4DJPA 3PLLA 5OZ0A 3OOZA 4HDFA 4B78A 3R0WA 1BDRA 5P4HA 5P6CA 2Q54A 2QNQA 4K9HA 1HVSA 1LYBA 4F74A 3DUYA 2AQUA 4KE0A 5P8CA 2APRA 4LAPA 4FM7A 5P3KA 4Y4AA 2ZHVA 4PHVA 6APRE 3O99A 5P4DA 4HDBA 5P4GA 2OAHA 1HSIA 1PPKE 5OZLA 5T4SA 5P59A 5I3VA 4FCOA 3VYEA 1Z1RA 5P5BA 1AIDA 2HB3A 4NJTA 4RROA 5P39A 4J0YA 3ST5A 5AH9A 5P3NA 2WECA 1FIVA 3OUDB 4EYRA 3EMYA 4AA8A 3RTMA 3IA9A 2EWYA 2Q15A 5P6GA 1D4LA 5P1SA 1NPWA 4QLHA 1ZPAA 1M0BA 4YCYA 2F3EA 5IVQA 4D85A 3MSLA 3PWWA 4Y3XA 3PSGA 2BPVA 5P01A 3O9LA 3LIQA 5P6SA 4AMTA 2NTRA 2VA7A 5P0JA 3MXEA 3WZ7A 4EJ8A 3KFNA 3OQAA 5OZNA 1C70A 5P6XA 4QJ7A 1B6MA 5P1ZA 5P8FA 4QJ9A 1WBKA 4ER2E 4RVXA 3R0YA 3QAAA 4BELA 5OZJA 5P6EA 5P06A 5P7TA 4DPIA 1FMXA 5P56A 1T7IA 5P7GA 1SGZA 5P4ZA 5OYVA 4CPQA 4I1CA 1IVQA 4EWOA 1HBVA 1MEUA 2I4QA 3AIDA 2PSUA 5P2DA 4BEKA 4DQBA 5P2IA 3Q5HA 1HPOA 5KQZA 3UDPA 2B42A 4FRIA 2ZJJA 1MTRA 1LV1A 1M4HA 3BXSA 3QBFA 5P8TA 1B6KA 2QZWA 5OZGA 1AJVA 4I0IA 2AZ8A 5E5KA 2G20A 2R3WA 3OAGB 2ZJHA 1D4IA 1GKTA 2QI6A 4QJAA 1ZBGA 5P5TA 4UPJA 5P1RA 5P4YA 1F34A 5OYSA 3SACA 5P1YA 3SPKA 1PSOE 1KZKA 5E5JA 3PBDA 5P1NA 2NXLA 3INFA 4NJSA 3QVIA 3OQDA 3QPJA 5P1PA 3RTNA 4KUPA 3UDNA 5OYQA 4F76A 5P3XA 2ZJLA 3M9FA 4YOAA 3DV5A 3EC0A 5HCOA 5OYWA 2QMPA 3ZKMA 3ZPUA 4EJKA 3CIBA 4XX3A 3UPJA 4Q1WA 1FFFC 2RENA 3S56A 5P75A 1HWRA 3VF7A 4HVPA 1LF3A 3LZYA 5P51A 4DJXA 4RVJA 1FQ8A 2FDEA 2QMFA 2I4DA 4CKUA 4X7IA 1OHRA 2O4NA 1SIVA 3QRSA 5KQFA 3OK9A 5KR0A 1BVGA 3GI6A 3DCRA 3R2FA 1APTE 1T7JA 4FRKA 3WZ8A 3EKXA 5P4OA 5P5FA 3GW5A 4J1IA 5OZMA 1MT9A 4APRE 3BUHA 2FNTA 4YD3A 5P2OA 1N49A 3UCBA 2QI3A 3ZKQA 1GVWA 2FS4A 3PGIA 1EPOE 1SDUA 2WEDA 5P71A 5P8BA 5P4LA 4I12A 5P5DA 3UF3A 5P07A 5P6BA 4D83A 3NDUA 1LYAA 4DJVA 4FS4A 2B8VA 3FNTA 5P7RA 4I8WA 1B5FA 1E80E 3T7QA 2VA5A 4GJ7A 5P6QA 2G27A 3O9FA 3QP0A 5DQ1A 5P1JA 1DW6C 1AXAA 3FX5A 2RSPA 1TSUA 5P0AA 3LIVA 1YT9A 1ER8E 1A30A 2IGXA 1CZIE 1PROA 5P44A 1T7KA 1AZ5A 2WJOA 3C9XA 4ER4E 5B18A 4GIDA 5KR1A 2CENA 4FAEA 3QIHA 3NDTA 1FGCC 1EPNE 4LHHA 2R43A 1MIQA 4NJVA 3PCWA 1FFIC 5P7JA 2R9BA 3ER5E 3IN3A 3I8WA 1M43A 4Y5EA 4Y4GA 2Z4OA 2QU2A 2I4UA 5P5JA 4HDPA 2G1OA 3PWMA 5P4AA 3RU1A 5OZQA 3S7LA 1HHPA 5P4SA 5OYRA 2OHUA 3SA5A 5P4BA 2WF1A 3KMXA 1FLHA 3F9QA 3CKTA 5P3VA 4OBZB 2V0ZC 1GVVA 3INHA 4AZYA 5P2ZA 2PH8A 3QI1A 4Y3GA 3NU5A 5OZAA 5SY3A 4Y54A 5P8NA 5P4FA 3VF5A 2PSGA 3URLA 5P1OA 3EKVA 1ME6A 1SDTA 2NXMA 3UFLA 5OZ3A 5P4CA 5P03A 2I4VA 2B7ZA 2O4SA 2G1YA 2AVQA 2OF0A 5OZXA 4YD5A 5P6RA 1TCXA 2QCIA 5P62A 4FSEA 5P4KA 4EQJA 5KQXA 4OD9B 5P1TA 5AHBA 5OYUA 2HC0A 3TNEA 2WL0A 1HEGE 3UDJA 3RVIA 3OWNA 3OTYA 5P55A 5JFUA 4Y9WA 1QBTA 1DMPA 4L7JA 5P83A 3BUFA 5P15A 5P73A 5P3HA 3SO9A 3HVPA 3LPIA 2B60A 3NXEA 3IXOA 5EZXA 4PYVA 1C6XA 3EM4A 5P3IA 5P36A 3A2OA 1AM5A 1BV9A 4RVIA 4J17A 1LS5A 4Y3PA 5P8EA 4FAFA 3UQUA 1B11A 3NWQA 5JODA 1FB7A 2ASIA 4Q5MA 4OC6B 3D1YA 4Y5MA 5P0MA 3U6AA 4R8YA 1W50A 3VF3A 4LP9A 2WEAA 3NDWA 5P6JA 4CPXA 3NUOA 5P3WA 4Y3AA 2HPFA 4TRWA 2FIVA 1KJ4A 3VV6A 1HIVA 2JE4A 3DK1A 4Q1YA 3OU4A 1K6TA 5OZOA 4COEA 2NR6A 3VLAA 3NU3A 2RMPA 3EXOA 3OUBA 4GJ8A 3DOXA 3EM3A 4ZSMA 1MVPA 5P0VA 2NPHA 3NU9A 1T6GA 1EC2A 2ZE1A 1MRWA 4FSLA 2QNPA 3ZKGA 3T7PA 2XFKA 5P4XA 5P1AA 4FL8A 4Y3WA 4Y5PA 2G24A 4J1KA 3D3TA 3QBHA 3QRMA 2PWRA 3Q6YA 3SFCA 3L3AA 5P7FA 4OBZA 5P6AA 3WSJA 2FDPA 4K4RA 4BFBA 5P0NA 5P81A 5KOQA 5P2SA 3TOFA 3PMUA 3L58A 5P3QA 2IS0A 5P5EA 5TOLA 3SM1A 3WB5A 4RCEA 4F75A 4OBKA 4Y3JA 1GNMA 2IQGA 2QI5A 4ZSRA 2P83A 2PSVA 2PK5A 1A8KA 5P3GA 5P3SA 3RSVA 1W6IA 4OD9A 5P1CA 3OUCA 2BPWA 1W5WA 1APUE 5P30A 5P29A 5P31A 5P2NA 1GVXA 4APEA 5P3MA 3TPJA 2JJJA 3FNUA 5P5WA 3NDXA 1U8GA 1HVJA 5SXNA 3IXJA 4OBJA 3BUGA 5P78A 4Y3SA 1HSHA 2V10C 3PRSA 2B8LA 1E5OE 4J0ZA 4L7HA 4LXMA 2QHZA 3S43A 2QZKA 5P5CA 3ZL7A 5P5XA 3DV1A 4AA9A 1YTJA 4H1EA 1SMEA 2QAKA 4Y5BA 1HVIA 3PI5A 3L59A 5P85A 2R3TA 2V16C 3K5FA 5DR8A 4ER1E 2P8HA 4GJDA 1C6ZA 3L5CA 3OY4A 3EL4A 4HZTA 5P3CA 3INDA 5P5QA 4YCTA 4B05A 3UDKA 4J0PA 4RCDA 3BGCA 1HOSA 4YBIA 3D1XA 2AODA 5P61A 5OZZA 5P89A 4RCFA 4J1FA 3PCZA 3PB5A 3OXWA 5CLMA 1MUIA 2IEOA 4Y3EA 2AZBA 2FXDA 5P05A 5P4IA 5P5NA 3UDHA 1ZP8A 2R5QA 1J71A 3IN4A 4JP9A 2VA6A 5P4WA 4DJOA 2FDDA 1MESA 4X2LA 5OZ6A 5P8MA 5P46A 3VUCA 5BRYA 2R38A 5P7IA 4K4PA 2H6TA 1XE6A 4CPTA 3KM4A 5P70A 5P8JA 3K5GA 1FF0C 2VIYA 5P2GA 1D4SA 3UDMA 1HVLA 5P7VA 1IIQA 1RQ9A 3D1ZA 1QBSA 5AHCA 1UH8A 1K6PA 2SAMA 1META 2J9JB 3L5FA 1PPME 4ZPEA 1ZAPA 2BQVA 4JOOA 1JLDA 2HB2A 3CKPA 2CEMA 3R1GB 3SA8A 5P11A 4H3FA 5P7SA 2ZJKA 1BIMA 4EP2A 4DQCA 1LYAB 5P0OA 3OHHA 4B00A 3ZKIA 1B5FB 3NU6A 1SMRA 4Y41A 3OHFA 5P8VA 4I8ZA 1RNEA 3K1WA 3VV7A 3LNKA 5DR1A 5P43A 2WEZA 2VS2A 3T11A 4D8CA 2RKGA 1FMUA 1XN2A 4HE9A 2BJUA 5OZYA 1UPJA 2HS1A 3D20A 1IZDA 4AUCA 1KJGA 5AH8A 3ECGA 2V12C 1WKRA 3VG1A 5P87A 5P65A 3LPJA 5HU1A 5P49A 4Y53A 3KFPA 7HVPA 1HXBA 4YE3A 4Y5KA 5P82A 3G72A 5P8UA 3DJKA 1ZSRA 4I0JA 3ZKSA 4WTUA 5P2XA 2ZHRA 1YTHA 2QMDA 1EBYA 3EKTA 1E81E 4CPUA 4EPJA 2I0AA 4ZEAA 5P4TA 4LL3A 5P0QA 2QZLA 5P7PA 2WEBA 5P5UA 1MERA 1D4YA 5P42A 2OHLA 4ZSPA 4D89A 5P67A 5P1EA 5P0ZA 3HD8A 1FQ6A 3NWXA 1AJXA 3TPLA 5KOSA 5P7UA 3I6OA 4YCKA 4GMIA 4JECA 4OBDA 1BDQA 1MTBA 4KB9A 3K4VA 1TCWA 3L5EA 1FMBA 1YG9A 5P1FA 1B6LA 5P37A 4DJRA 5P0BA 5P66A 4YBFA 3OXXA 4TVHA 2B7FA 1EPQE 2VJ6A 2QD8A 3CYWA 1A94A 3VYDA 3K5DA 5AGZA 2P3CA 4Y44A 5OZTA 4I11A 5HE7A 3LPKA 7UPJA 3WB4A 4U8WA 3T3CA 1HIHA 4Y3ZA 5P40A 4OBGA 3S85A 2J9JA 5P6NA 2AOIA 3KDCA 4MC9A 2WHHA 3KT5A 3O9HA 5P5OA 2JYSA 3VCMA 3SA7A 3UQWA 4B72A 5P10A 2AOCA 3I2LA 4ZPFA 2Q64A 2AZCA 2JXRA 4QJ8A 3GI4A 1HVKA 3CIDA 5OZSA 4DJUA 2QK5A 1RPIA 5DR4A 5SY2A 1KJFA 4RGHA 1HTRB 5P2VA 4FIVA 2QHCA 2HB4A 5P60A 4B77A 4CPSA 4NJUA 2AOEA 1DAZC 1FEJC 1XE5A 4DJQA 3EL9A 1HPXA 2IENA 1LYWB 5P7KA 5P00A 1OD1A 4Y57A 2PYNA 2QNNA 1K6VA 1ZSFA 3VSXA 1T6EX 4EHCA 5P7ZA 5P33A 3QROA 3TPPA 2PQZA 4L7GA 5ISKA 5P3PA 3OU4B 4Y3DA 5P5YA 1LZQA 5P3ZA 2O40A 3UQPA 3PSUA 2ZHUA 2OHRA 3VFAA 1GVTA 5P7XA 4L6BA 4Y47A 5OZ1A 4ZPGA 5P1HA 5P2JA 3UHLA 2AVOA 3QVCA 1Q9PA 2AVSA 5IS4A 4Y48A 4I0EA 1ODYA 2ER6E 4MC2A 3NYGA 4RZ1A 2ZJIA 5OYYA 3HAWA 5P8KA 5HE5A 1SBGA 2ZHTA 5ENMA 2PMAA 3OQFA 2UPJA 1NSOA 3RTHA 3ZMGA 5DR3A 5IE1A 5KR2A 4PEPA 2ZDZA 2VIZA 5P38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWR A;  3O9I A;  1ENT E;  5P0U A;  5BS4 A;  1ODW A;  3SA6 A;  3MSJ A;  4EXH A;  3IVI A;  3OAD A;  4GJ6 A;  3FSM A;  1EED P;  3HAU A;  4Y3Y A;  5P2R A;  1EAG A;  2VNM A;  1W5X A;  2G1N A;  4EJD A;  3QN8 A;  5P7D A;  3VV8 A;  5P3J A;  2V13 A;  5P88 A;  2QZX A;  2BPY A;  5P6O A;  3SA4 A;  4EJL A;  4FM6 A;  5P84 A;  5HE4 A;  4HEG A;  5HDX A;  3BVB A;  5P74 A;  5P08 A;  1HVH A;  5OZR A;  4FLG A;  2QI0 A;  2FGV A;  5P32 A;  1FKN A;  5P64 A;  3S53 A;  5P3O A;  1IZH A;  5P5S A;  5OZI A;  3APP A;  3TOG A;  4S1G A;  5P20 A;  4Y43 A;  4Y6M A;  4Y3T A;  5I3W A;  3HZC A;  4TVG A;  1IBQ A;  1LYB B;  3TPR A;  3MXD A;  5P2K A;  3SKF A;  1XN3 A;  4YA8 A;  2AOJ A;  2OHQ A;  3LIN A;  5CON A;  5P2W A;  2FXE A;  2PK6 A;  3PSY A;  4TRZ A;  4WY6 A;  1DIF A;  5C9D A;  3LZS A;  3UDR A;  1IZE A;  3PHV A;  3TLH A;  5OYZ A;  4J1E A;  5J25 A;  4GJB A;  1EPP E;  1C6Y A;  5P2B A;  1HVR A;  5P57 A;  5P5R A;  5P72 A;  2BPZ A;  5P6I A;  4CPR A;  3URJ A;  5P80 A;  5P18 A;  2AID A;  5P0L A;  4DJW A;  1RV7 A;  2AVV A;  2XYF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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