3NYDA

Crystal structure of kemp eliminase hg-2 complexed with transition state analog 5-nitro benzotriazole
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
AAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGMVWPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIGGGMLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVGEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYIMDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVSILMLDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGISVFGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Iterative approach to computational enzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoascus aurantiacus
total genus 121
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nydA00
3W27A 3VIOA 5E0CA 5CPTA 4KWUA 3W53A 1GOOA 4KMQA 1PX3A 4PCTA 3VDCA 1SYTA 4CVWA 5D9OA 4PBGA 3ARSA 4Z2KA 1U33A 4JFVA 5E70A 3UG3A 4FLOA 3FHAA 1OGSA 4LQ1A 1IZJA 3OLGA 6TAAA 2PBOA 4HOZA 3FY1A 2VZUA 2FHBA 1FHDA 5KEZA 3GXIA 1JDDA 3PTMA 1NH6A 1VFFA 2XHYA 3CUHA 3AIWA 1OIMA 1TVPA 2WXDM 2PWHA 1MXGA 2GJXB 3WEMA 4CD6A 1J0ZA 2G3MA 4AD4A 2VCAA 1DWFM 2OYMA 4J28A 1K6AA 1DWIM 1UR8A 1E5NA 5CPSA 4GI9A 3WDQA 5A8QA 4PMUA 4PUDA 1WZLA 1K9EA 2MANA 2AOSA 1GZJA 1C8YA 3WF4A 1NWRA 3BAIA 2Y4SA 3WF2A 2VURA 3IJ8A 1CYGA 3L4TA 5D9MA 3PZMA 3F5LA 2XTKA 2W5FA 2IUZA 3K8KA 1XHGA 4PEEA 4B3KA 2XFFA 3SEPA 3WQWA 1VENA 2OSWA 1LLOA 3N1AA 4MAZA 4A4AA 3CZGA 3VMOA 1MW3A 3AS3A 2FGZA 2J75A 1V0LA 5CSUA 5C71A 2XVGA 1UHVA 4CN4A 2ZUWA 1TVNA 2VQUA 3B9AA 5A6LA 1HKKA 1WNOA 1JFHA 4HA1A 3SCWA 1QHZA 2J78A 5TD4A 4RE2A 1GNXA 1SR0A 5AYBA 1HKIA 3VIMA 4WLCA 2DT1A 3T2OA 5EBAA 2WSKA 2YDRA 5HXMA 3U7VA 1JXJA 1FH7A 4IM4A 3ARYA 4M80A 1J0YA 2J77A 3PZUA 1UKTA 4MTVA 1V02A 5E6YA 3PBGA 2W91A 1E6QM 2WB5A 1C93A 1C91A 4V2XA 1JXKA 4TUFA 1W1YA 2J8GA 4HPHA 2EBNA 4GKLA 2DEPA 2E3ZA 4X0VA 1MW0A 1GQJA 4NZCA 1A3HA 3VGDA 4E4PA 1TG7A 2BY1A 2HVMA 3BLKA 2DSZA 4QAWA 1UKOA 3U5YA 2GJXA 2BXYA 3RM8A 4AXNA 3WQVA 4FF5A 3KWXA 3W24A 2V5CA 1LJYA 1ZBVA 4CVUA 5GNYA 4H7VA 1KXQA 1B3VA 2X09A 4R5EA 1E6SM 4GQRA 1WDQA 1WDPA 3ZIZA 3ZT7A 2X0HA 5IXEA 5BXRA 2OWCA 1BAGA 2DIEA 4KRUA 4JHOA 1JF5A 4S3KA 4H41A 2NW0A 2PWEA 3RO8A 1BVNP 1UD6A 5I2UA 4IISA 1C3FA 5DF0A 1XH0A 2VNCA 2XFYA 3QHNA 1E15A 3VO0A 1ZBWA 3OLDA 4PSPA 1H0IA 3ZR5A 3D5HA 1I1WA 1G0CA 4BCEA 1XH1A 4TX6A 4E8DA 3AMDA 2HISA 4JHZA 2XVKA 3WFLA 3CZLA 3TTYA 1ISWA 1F4HA 1XYFA 5A2CA 5ECUA 4P8VA 1HNYA 4KGJA 3WDPP 2VCCA 2A3CA 2J79A 2XM1A 1E4NA 2J7DA 2ZUUA 3POCA 2J47A 3AXXA 1ZS2A 4PTMA 1E56A 4MB4A 1U30A 3CIVA 2WZEA 3WUGA 1SMAA 4Y7EA 3BAXA 4URIA 4K68A 1ESWA 2J7GA 4ATWA 1UKQA 1E4LA 3GBEA 4L4OA 3W6MA 2EXOA 1HVXA 1KCKA 4JFTA 3W0KA 3SUSA 4QDMA 3BAWA 2VT0A 1GPFA 2J74A 4Z2HA 5LA0A 1VFMA 2W66A 4OIFA 8CGTA 1JZ7A 2ZUNA 4CD5A 1RD6A 4AY1A 5M3WA 1B30A 1LG1A 2X2YA 3T0AA 4AD5A 2ZIDA 3WNNA 2XIIA 2W92A 4UQEA 1FH8A 3N04A 4QCFA 1E3XA 3BAKA 3CHFA 1LF1A 2YDSA 2GUYA 3CGTA 3AISA 4B9YA 3CBWA 1KXVA 4CN6A 5A6KA 3FN9A 1FOBA 1JZ3A 3GH4A 3QOKA 5DT7A 2ZUTA 1OBAA 1V3LA 3VX1A 3VTRA 1MQPA 4HP5A 3VGFA 1VJSA 1XRVA 3N11A 1UR4A 1XSKA 1EA9C 2UY4A 2VVNA 1E3ZA 2A3EA 4C7GA 3ALFA 3CUJA 4UFIA 4TVUA 3ZJ6A 2XM2A 4FLSA 3ARWA 2AMGA 1PEZA 1B90A 3CUIA 2RGLA 4QCEA 1QOXA 2VQTA 1PBGA 3ZSSA 4JFUA 4MDOA 3OIHA 3PZTA 2EPOA 1NQ6A 1PZ3A 5GQBA 4GXPA 4W5ZA 5E6ZA 5I6SA 1QBBA 3N17A 1CGWA 3FAWA 2J8FA 1UD4A 3AIEA 2G3JA 4HMDA 5A1AA 1CXKA 2CKRA 4XV0A 2BY2A 1EDGA 5DEZA 1V3JA 2FH6A 4MAVA 1LQ0A 2DSUA 3AMLA 3AFBA 4NSBA 3A4AA 3VGEA 3B8SA 2ZX8A 3M07A 5ABGA 1UH4A 1FFQA 2RGMA 1GONA 3CPUA 1H49A 3G6LA 2E40A 2QLYA 1D7FA 3WQ5A 1W3LA 2XPKA 3PHAA 2E4TA 3VOCA 4DM2A 2WAGA 3AHYA 3AICA 2CETA 2DSVA 2EO7A 1Q4NX 1MWOA 5FOOA 1XD1A 2ZUMA 3MUZ1 1NP2A 3AHXA 2DDXA 3SIMA 2PC8A 1JNEA 4W7WA 3W82A 4UOZA 1V6UA 2CNCA 3VGBA 3CO4A 3UESA 1ZL1A 3VIJA 4MNLA 1JZ8A 1G94A 1VEPA 4D6JA 3VUPA 4ZENA 3MKKA 3T0DA 5ABHA 1QNSA 1C92A 2UWFA 3WUFA 4H8VA 3AMGA 4UCFA 4AC1X 3WEOA 4QP0A 1LL6A 4P7NA 4FLRA 1L8NA 1XSJA 2WMIB 2DT3A 1PIFA 5JUVA 5LYRA 2CYGA 1HJQA 2ZICA 1V6WA 5DO8A 3WNOA 3S6TA 2O9RA 3BGAA 1WDRA 3CLWA 3DYPA 2WHJA 1GVYA 2J62A 3T0BA 5IFPA 2J7HA 1CWYA 4D6FA 1JFXA 1ISVA 4TVCA 1KCLA 4GI6A 2WCAA 3EYPA 5BCAA 1E70M 1O6IA 4PRWA 3K46A 1Y7VA 2C7FA 4AD2A 1M53A 1LL7A 4H2CA 4CGTA 4OKDA 3BCDA 2WM0A 1UR2A 2DPEA 4AZ5A 3S2CA 4B3LA 3PN8A 4DM1A 1UD2A 2X05A 2XFRA 1YHTA 3CUGA 5A8MA 1WO2A 2VC9A 2O9OA 1GOKA 1PZ2A 4PMRA 2Y8VA 1UWQA 2WKGA 1DP0A 1ISZA 4E2OA 1IZKA 3SCNA 5M17A 3ALGA 2VRQA 2W62A 1ZBCA 1UD3A 3B9EA 1CTNA 2VZVA 1H41A 3N15A 3FW6A 1M01A 2BVYA 4HU8A 2GSJA 1QNOA 1EIBA 3UG4A 4MNMA 2Y2WA 4V27A 3WMSA 3TTSA 5C8BB 4JKMA 2VOTA 4ZXLA 3SCSA 4F79A 3L4ZA 4EAMA 3K8MA 3WQ6A 4W7UA 3PZGA 2CBUA 1NOFA 3WIJA 3VGHA 1CGYA 3WKZA 1WZKA 1UZ1A 3CMGA 5JBFA 4LPCA 3MSDA 4W8LA 4U5KA 4HU0A 1LWJA 3SUUA 2W67A 1CDGA 1V0MA 2WMIA 4TXEA 1KQYA 1ODUA 1GQIA 4N42A 1E5JA 4KRTA 5HDRA 5I0DA 1CXHA 4FLQA 1QNQA 4U31A 2A3HA 1CGVA 4TX8A 3UETA 4JZ5A 4MNKA 1GJUA 4UR9A 3WH9A 3JUGA 3KZSA 2E9LA 1G01A 3CH9A 4AMCA 4CN1A 3J7HA 4KH2A 3ARZA 1H5VA 4CD8A 2PB1A 3AIBA 3BLPX 3RPMA 1J0KA 1UA7A 1CNVA 4V28A 4HZ8A 1HKJA 3NUKA 1Q6EA 3WF3A 2YL5A 1KWKA 1UA3A 3ARVA 1ITXA 1FP9A 1W1VA 3NDZA 3SCRA 2F8QA 1BTCA 2CKSA 3LMYA 1TE1A 3KL5A 1CGXA 3VIKA 1JZ5A 5A8OA 5HPCA 3AI0A 5AY7A 1QVBA 1E71M 4S3JA 3W26A 4HA4A 3UG5A 5D9PA 2WBGA 3AHTA 2WMFA 3WUEA 1QI2A 1NARA 1HP4A 2DT0A 3GH7A 3VMPA 2V3FA 4UOJA 3WDHA 5AC4A 1JYVA 1OT2A 3PZNA 4J7RA 3CZJA 1E72M 5D8WA 1RP8A 1LL4A 2XVNA 2D2OA 2YDQA 2G8ZA 2CCRA 4E8CA 1V6VA 3ZJKA 3MMDA 1WDSA 3O9NA 1JL8A 4TVDA 1QW8A 2JFEX 3N12A 2ESCA 3CZKA 1JYWA 2ZX6A 2EPNA 2VR4A 4PUEA 1JGIA 2EPKX 1DWJM 3GTNA 3W6LA 2WMJA 5BXTA 3AS2A 1OB0A 3OG2A 1E40A 5CPQA 2OWXA 3IAPA 1E4IA 4P8WA 2G41A 3SCUA 1J9YA 2CXGA 2XSAA 4QFUA 2CEQA 2G4FA 1UD5A 1QNPA 5BRQA 1BG4A 4PN2A 2V38A 5A6SA 2FDMA 3U5UA 4AEFA 4UQCA 1TCMA 4F66A 1MFUA 1I1XA 1DHKA 2DH3A 2VUYA 3W81A 1KGWA 4ATDA 2XJ7A 1CGUA 3EMQA 4ACZB 1HKMA 3LPPA 1VFOA 2XVPA 1CLVA 1V3MA 1JAKA 3N18A 4AEEA 4W5UA 2YBUA 3I3BA 1W91A 3FHQA 3L4YA 3SCVA 2YIHA 1QW9A 2BV9A 1BHGA 1E1FA 1I75A 4GIAA 2VZSA 3OBAA 2E9BA 1E9LA 1BGGA 4EE9A 3PZOA 3MS8A 2D0GA 1V02E 2JALA 3PZ9A 2ZXAA 3UERA 4XZBA 5D8ZA 1GW1A 1BYBA 1W3JA 2VZTA 5BXPA 1E73M 2WANA 4BQ3A 2E8ZA 4WKHA 2VRKA 1UH2A 2UY2A 3BMWA 3LPFA 1LWHA 2E0PA 2WPGA 5A6BD 2WVUA 3NIYA 1EOKA 2V3GA 2CERA 2CBIA 4J3TA 1BQCA 4M24A 3CZEA 2XG9A 3O2LA 4YHGA 2YA2A 3OGVA 2Y5EA 4OJYA 3WDJA 1CENA 5KZ6A 3EDEA 4UFLA 3RDKA 3ZJ8A 2JEQA 4OBRA 1VF8A 1V03A 2GVYA 1D3CA 1KFWA 1QI3A 1C7SA 4WIWA 3AJ7A 1BYCA 2IXVA 4NRSA 1JD7A 2WWCA 1TR1A 4W89A 4BF7A 2CBVA 3MMUA 4ZEPA 1NM9A 1BFNA 4U3AA 2QHAA 3WH6A 1E1EA 3NSXA 1J10A 2W63A 2YA0A 1C7TA 1J12A 2D24A 3UEQA 3ARRA 1JI2A 2YOCA 3EMZA 3L2LA 4Z2JA 3AHVA 3SCQA 3ARPA 4IPLA 3WDRA 3KL0A 3OB8A 5A69A 2JIEA 1HXJA 9CGTA 1P6WA 1FHLA 3WH5A 2CPUA 1IT0A 1E0VA 4UOQA 3OA5A 4ACZA 3ARUA 4HMEA 4DWSB 1BG9A 4OZOA 5CXPA 2PWGA 3MSGA 4MB5A 5A6BA 4BZYA 2D1ZA 3AZSA 2YL9A 8A3HA 4JL2A 3ZJ7A 3IJ7A 3THDA 2GJPA 4W86A 2J7BA 1V3HA 2VX4A 1QPKA 4AIEA 3VILA 5ABFB 1XH2A 1Q6FA 2WZHA 3FNDA 2NT0A 4GINA 4UNIA 3AXHA 2GFTA 1E6ZA 3WQ4A 3QR3A 1E0WA 1ZBKA 4DWSD 2XVLA 1E0XA 1UR0A 5CLWA 2BY3A 1HJVA 1QI5A 3DYMA 3WF1A 2WHLA 1JYXA 3AYRA 1R7AA 3II1A 4RL3A 4HZ6A 1GVIA 4HPGA 2DSKA 1HJUA 2WVVB 1TUXA 4X9YA 1GOQA 3OLIA 2BS9A 5IHSA 4GO9A 2BY0A 1W9XA 4QLJA 4GZIA 4P8UA 1EHAA 4J3WA 3ZMRA 3AMKA 3RM4A 3CHCA 3AHZA 4M81A 5JBDA 1M7XA 4QLKA 3RILA 1R8LA 3MUY1 3AIQA 1N82A 2ZUSA 3WNPA 1JDCA 3M46A 4XZWA 1E4MM 2Z1SA 3GNOA 5E0FA 1WZMA 4M29A 4ACYA 3A3HA 5BXSA 1NWSA 1QI0A 2Y24A 1EXPA 1DWHM 3PTQA 5LA1A 1K9TA 4GZEA 2QMJA 3WFZA 1CGTA 6CGTA 1C8XA 1VAHA 1RP9A 3VINA 1V6XA 2WSPA 3BMVA 3VDHA 1V3KA 3AZTA 2CHNA 3WD2A 2X0YA 4DWSA 3VD4A 4CD7A 3W25A 4U2YA 2C0HA 2VMFA 5CJ5A 4U2ZA 4F9DA 4AZHA 4EANA 3U57A 5CG0A 1EO5A 7A3HA 3EDKA 5A3HA 2QPSA 1WAWA 4PTWA 1HN1A 2WYSA 1NWUA 1UWTA 3HN3A 5A94A 5BROA 1OINA 4JFSA 2YL6A 5E9AA 3ZOAA 5ABFA 4MB1A 2D3NA 5CGMA 3WD3A 4AZ7A 1UR1A 2QMKA 1EO7A 4UQDA 3WMCA 2AAAA 3MV11 1Q6CA 4XB3A 3W38A 5CZKA 4CCEA 3RM9A 3WL0A 4D6EA 1H09A 3VD7A 4TOQA 1KGXA 3NSMA 4BA0A 1QI4A 3U7BA 5LA2A 3GDBA 2WVVA 4DUVA 4YN5A 3VD9A 1GOWA 5EMYA 2UY3A 1OT1A 3M7SA 4AZCB 3WQ8A 4WKFA 3PZIA 2WC7A 3AIUA 3WBEA 3WH7A 1BYAA 2EPLX 2D22A 1F4AA 1JD9A 2WMKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W27 A;  3VIO A;  5E0C A;  5CPT A;  4KWU A;  3W53 A;  1GOO A;  4KMQ A;  1PX3 A;  4PCT A;  3VDC A;  1SYT A;  4CVW A;  5D9O A;  4PBG A;  3ARS A;  4Z2K A;  1U33 A;  4JFV A;  5E70 A;  3UG3 A;  4FLO A;  3FHA A;  1OGS A;  4LQ1 A;  1IZJ A;  3OLG A;  6TAA A;  2PBO A;  4HOZ A;  3FY1 A;  2VZU A;  2FHB A;  1FHD A;  5KEZ A;  3GXI A;  1JDD A;  3PTM A;  1NH6 A;  1VFF A;  2XHY A;  3CUH A;  3AIW A;  1OIM A;  1TVP A;  2WXD M;  2PWH A;  1MXG A;  2GJX B;  3WEM A;  4CD6 A;  1J0Z A;  2G3M A;  4AD4 A;  2VCA A;  1DWF M;  2OYM A;  4J28 A;  1K6A A;  1DWI M;  1UR8 A;  1E5N A;  5CPS A;  4GI9 A;  3WDQ A;  5A8Q A;  4PMU A;  4PUD A;  1WZL A;  1K9E A;  2MAN A;  2AOS A;  1GZJ A;  1C8Y A;  3WF4 A;  1NWR A;  3BAI A;  2Y4S A;  3WF2 A;  2VUR A;  3IJ8 A;  1CYG A;  3L4T A;  5D9M A;  3PZM A;  3F5L A;  2XTK A;  2W5F A;  2IUZ A;  3K8K A;  1XHG A;  4PEE A;  4B3K A;  2XFF A;  3SEP A;  3WQW A;  1VEN A;  2OSW A;  1LLO A;  3N1A A;  4MAZ A;  4A4A A;  3CZG A;  3VMO A;  1MW3 A;  3AS3 A;  2FGZ A;  2J75 A;  1V0L A;  5CSU A;  5C71 A;  2XVG A;  1UHV A;  4CN4 A;  2ZUW A;  1TVN A;  2VQU A;  3B9A A;  5A6L A;  1HKK A;  1WNO A;  1JFH A;  4HA1 A;  3SCW A;  1QHZ A;  2J78 A;  5TD4 A;  4RE2 A;  1GNX A;  1SR0 A;  5AYB A;  1HKI A;  3VIM A;  4WLC A;  2DT1 A;  3T2O A;  5EBA A;  2WSK A;  2YDR A;  5HXM A;  3U7V A;  1JXJ A;  1FH7 A;  4IM4 A;  3ARY A;  4M80 A;  1J0Y A;  2J77 A;  3PZU A;  1UKT A;  4MTV A;  1V02 A;  5E6Y A;  3PBG A;  2W91 A;  1E6Q M;  2WB5 A;  1C93 A;  1C91 A;  4V2X A;  1JXK A;  4TUF A;  1W1Y A;  2J8G A;  4HPH A;  2EBN A;  4GKL A;  2DEP A;  2E3Z A;  4X0V A;  1MW0 A;  1GQJ A;  4NZC A;  1A3H A;  3VGD A;  4E4P A;  1TG7 A;  2BY1 A;  2HVM A;  3BLK A;  2DSZ A;  4QAW A;  1UKO A;  3U5Y A;  2GJX A;  2BXY A;  3RM8 A;  4AXN A;  3WQV A;  4FF5 A;  3KWX A;  3W24 A;  2V5C A;  1LJY A;  1ZBV A;  4CVU A;  5GNY A;  4H7V A;  1KXQ A;  1B3V A;  2X09 A;  4R5E A;  1E6S M;  4GQR A;  1WDQ A;  1WDP A;  3ZIZ A;  3ZT7 A;  2X0H A;  5IXE A;  5BXR A;  2OWC A;  1BAG A;  2DIE A;  4KRU A;  4JHO A;  1JF5 A;  4S3K A;  4H41 A;  2NW0 A;  2PWE A;  3RO8 A;  1BVN P;  1UD6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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