3NYGA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-gly51,o-gly51']hiv-1 protease complexed with mvt-101 inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
total genus 17
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nygA00
1AZ5A 3URIA 2OHKA 3RTNA 5P3AA 5P5FA 5J25A 5P1TA 2BKTA 3ZKXA 3UDNA 2HPEA 2VNMA 4DQCA 5DGUA 4CP7A 2I0DA 1PPKE 3OTSA 1HVHA 4FLGA 4Y3NA 7HVPA 2NMYA 1BVEA 5P4AA 5P7CA 3U71A 3SO9A 5P2WA 3TPLA 1K2CA 2NTRA 2FS4A 4Y4JA 4ZSPA 4B1CA 5P7XA 2RMPA 3UCBA 1PFZA 1ZSFA 4Y4ZA 4Y3EA 5P7WA 4Y51A 5P8AA 2ZHSA 2VA6A 4H3GA 4ER4E 3EKQA 4J54A 5IVQA 3DJKA 3GI6A 1FQ4A 2AVOA 2QU2A 5P03A 5OZPA 1HTEA 2VIEA 5P62A 4WTUA 1GVUA 5BS4A 3M9FA 3T7XA 5P11A 2QAKA 2FIVA 3SLZA 1U8GA 3KF0A 2WF0A 3VV6A 4WY1A 5P1BA 4QJ6A 3EM3A 3DOXA 5KAOA 1EBWA 1EAGA 5P43A 5IVSA 5P57A 5OYXA 4DH6A 1EC2A 3INHA 5P63A 5P3NA 4K4RA 3QP0A 5P6EA 3UQRA 1KJ7A 2JJIA 1SP5A 4NJSA 3VYDA 5P6QA 5P1KA 2OHMA 5P6UA 2BBBA 1PSAA 2IKUA 5P6RA 2V0ZC 4OBZB 2J9JB 4TRZA 5P1AA 3NU4A 3KN0A 4RROA 2B8LA 3PBDA 3PEPA 3BVAA 1HPVA 3OADA 4RCDA 4HDPA 4YBFA 5P66A 3EKWA 1K6CA 3ZKSA 2V16C 5P5RA 2ER7E 2BPYA 3OU4B 5HDXA 1KZKA 3BGBA 5P0EA 3PM4A 3SFCA 1IVQA 2UY0A 3ZOVA 5P8IA 5P6AA 5P1GA 4ACUA 3CIDA 3KFPA 2RKFA 5P8UA 4H1EA 3OUBA 3PI5A 5CONA 4DVFA 1PPME 3QVIA 1DAZC 4PPHA 3PGIA 5P7AA 5P13A 4Y41A 3PWRA 3JW2A 4I0JA 5ER1E 5P26A 5OZIA 2FXDA 4FSLA 5P4SA 5AHBA 2F3KA 5DQ2A 2Z4OA 5P2FA 2OHUA 2FGVA 4Y3YA 5OZEA 5P1EA 4Y57A 5P0ZA 1M4HA 3TOGA 3BC4A 3VG1A 5P2AA 1FKNA 2QCIA 4Y5PA 5P3HA 3K5CA 5UPJA 5OZ8A 3L5CA 5P3OA 1GKTA 4GJ9A 1QDMA 2Q11A 3QRSA 2PWRA 5ISKA 4U7VA 4Z4XA 1MTBA 1EPNE 2R8NA 3R0YA 4FE6A 1CZIE 1SDTA 4CPSA 5P4QA 4GB2A 2H6SA 1YTJA 3NDWA 4NJUA 1XL2A 5COOA 4J0ZA 5P7RA 5P77A 5AH9A 1IDAA 4QJ7A 2AZCA 1RL8A 4RZ1A 2NPHA 1A30A 2FMBA 1APWE 4AA9A 3TNEA 3SA5A 1FG8C 1IDBA 5P7HA 2HB2A 4BFDA 1HIIA 1FQ6A 2JXRA 5OZQA 3O9BA 5AH7A 3INFA 3HW1A 5P2TA 1W6IA 1ZPAA 4HDFA 4Y36A 5P79A 5P4LA 4DJWA 3S2OA 1RV7A 1MUIA 5P8DA 3S85A 4D83A 5E5JA 4DJUA 2F3FA 1SBGA 4L6BA 1F7AA 3GGAA 1YG9A 5P2MA 3KYRA 5OZHA 2FGUA 3TKGA 5OZ7A 5P2DA 3SA6A 5P37A 5P3VA 1KJGA 3DCRA 3O9IA 4R5NA 4Y3WA 4JOOA 3T6IA 4Z50A 5EZXA 1TW7A 3S8IA 3IGBA 4YD6A 3ZPUA 2QU3A 1HXBA 3FNTA 3OQAA 1MT7A 5P5CA 3K5DA 4GJDA 3UDHA 5OZGA 4FGXA 3F9QA 5HE7A 1QBUA 5P0BA 1SGZA 1KJFA 1YM2A 4YCKA 3K5FA 1G35A 4LAPA 2V13A 5P2OA 4K9HA 5ER2E 5P7ZA 2Q3KA 5P6JA 5P6HA 4N00A 3PLLA 2XFJA 1LS5A 4L1AA 3LIYA 3WB4A 3FV3A 4OBDA 5OZ6A 5P51A 5DR7A 5BWYA 5P6VA 3HAWA 1ODWA 5P8BA 5OZAA 4K4PA 3MXDA 5OZJA 2AZBA 4ER2E 3PI0A 1W5YA 5P42A 1T7JA 2QZLA 5P4MA 5P4FA 3PBZA 5ENKA 5OYRA 1MT8A 4R8YA 4ZLSA 3DM6A 3LINA 3TTPA 1BDQA 3EXOA 3CIBA 1MIQA 5KR2A 2ER6E 4FRJA 5P19A 3QIHA 2AOGA 5P1OA 5P3KA 3CYXA 5P48A 1EEDP 4QGIA 2ANLA 3CMSA 2ZJMA 5P3BA 4MC2A 5P4KA 5P25A 4PHVA 1SH9A 3OUDA 1MSMA 2R3TA 1GNNA 3NR6A 3VFBA 3PSGA 2FLEA 2BKSA 4Y4EA 4Y4GA 3TLHA 1QBRA 3VLBA 3SA3A 3VYFA 2NNPA 5HTZA 2QNQA 1W5XA 5F01A 2B42A 5P3JA 5DR1A 5JFUA 5OZBA 5P0RA 3OU4A 3SKGA 5P1LA 2FNSA 1TCWA 3G72A 2AIDA 5P6NA 3UDYA 1ENTE 3ZKNA 5P4RA 5OYWA 5FIVA 1EPRE 4FIVA 4XKXA 3OAGB 1HVJA 2Z54A 1IIQA 4JP9A 5P5UA 3SM1A 2AODA 4YD5A 5SY3A 3GGVA 1G6LA 5P2QA 1LYBB 4Y38A 3OGQA 5P1IA 4ZSQA 5OZCA 5OZFA 1HRNA 5OZ2A 3GGUA 4HDBA 5P84A 1BBSA 5AHAA 2O4LA 3WZ6A 4JPCA 4J55A 3QRVA 4DQEA 3IXKA 5P3SA 5P2SA 3OXCA 4OBHA 5P89A 1D4SA 2QP8A 3OWNA 4OD9A 5P2YA 5P05A 3LITA 3GW5A 3VV7A 1HSHA 1EBZA 2ZHVA 5P3RA 5P5AA 1BILA 3GI0A 5P58A 2QHZA 1G2KA 5P4XA 3T7QA 5P27A 1E81E 4Y4DA 1AIDA 5P3YA 5JODA 2QI5A 3EBZA 2BPWA 4Y5AA 2VKMA 5OZOA 4GIDA 2O4PA 4I11A 1ODYA 5AH8A 3UDQA 1EPOE 2ZHUA 4OBKA 4Y56A 3QAAA 3VSXA 5KQZA 4DI2A 3H0BA 5P2HA 7UPJA 1EC1A 1C70A 5P1CA 1SIPA 1FMBA 4QJ2A 3TPPA 5P1RA 2F8GA 5P5YA 4E43A 5P1JA 1E5OE 2IGXA 3NLSA 4MC6A 5P8HA 3KDDA 4RLDA 3ER3E 5P85A 4EWOA 2PH8A 5P7KA 4YCYA 3PMUA 4OC6B 2G24A 4S1GA 3KDCA 3NU3A 3Q6YA 2IENA 5P7JA 5P22A 1E80E 5P87A 3KMYA 5P4TA 2O4NA 2QMFA 1QRPE 1EPME 3QN8A 3CYWA 3R0WA 3OTYA 5P3QA 1GNMA 2B7ZA 4A4QA 4TVHA 1MESA 1FIVA 4Y5BA 5P17A 2QK5A 2AOJA 4H3FA 4ZPGA 5P3DA 2PC0A 4Y3MA 1KJHA 4FL8A 1UH9A 4Y4AA 5P0NA 5HDZA 4QJ8A 4B72A 1M43A 4DQHA 3AUPA 2G1YA 4LBTA 4HEGA 4YD3A 3EKPA 4OBJA 2PMAA 1LZQA 4RVJA 5P5SA 5P7PA 5P7OA 4K4QA 5P3ZA 5P7IA 1SGUA 5P6FA 5P5KA 5P8VA 5OZTA 5P7DA 3UQXA 1IZDA 5P5XA 1HPOA 4PZWA 2BJUA 2BPXA 3O9DA 2I4DA 2VIJA 1SMEA 5P8PA 4AA8A 5OZWA 3UHLA 5P4DA 2QI1A 5P6OA 2AVQA 5P3UA 5P6WA 3IVHA 5P70A 5P18A 5P6LA 4DPFA 3NYGA 3L5FA 2BQVA 3S43A 3LIXA 5P1FA 5P10A 4YCTA 1MTRA 5P12A 3IN3A 4PEPA 2ZGAA 5OZLA 3PCWA 1MRXA 5P6CA 5P5TA 5P0YA 4NJVA 1A8KA 4GJAA 3BVBA 2ZE1A 3AIDA 4Q1WA 1T7KA 5P0AA 5P8MA 1LYWA 4FS4A 4DJRA 5F00A 4EQJA 3PJ6A 2R5PA 5P6BA 2OHQA 5HE4A 2WEAA 5I3YA 3O9FA 3SPKA 3QRMA 2QZWA 5OYSA 3RTMA 5P24A 4GJ8A 5P0VA 1BDLA 2Q64A 5SZ9A 4I0HA 5P23A 5DR8A 4APRE 3PWWA 3INDA 3KFSA 5P0IA 5P55A 1KJ4A 2RENA 3BUFA 3ER5E 5DQ1A 4B1EA 2QMPA 3SKFA 5P64A 3ZPSA 2G21A 4H3JA 1F34A 3LIZA 5P3XA 1NSOA 1IZEA 4HA5A 3UDPA 1RQ9A 5P4UA 3NDTA 3R1GB 3TOHA 4Y4TA 1HEFE 1XN2A 2H6TA 1ZP8A 4XX4A 5P2CA 3UTLA 2ZJIA 3UDKA 4Y4BA 3UQUA 5P61A 5P33A 3EMYA 3O9HA 3OAGA 1GNOA 4FM7A 3S53A 1FMXA 3CKTA 5P46A 5P4BA 1HVIA 5OYUA 2WKZA 5P83A 3CKRA 1YTIA 2VJ6A 3DV5A 2P3DA 5P06A 1Z1RA 5P8SA 5P7NA 4R95A 2ZJJA 2WL0A 5P7EA 3UDRA 1BXQA 1EC0A 3CICA 3OQ7A 2AZ9A 3O9GA 4RRSA 8HVPA 1PSNA 4QJAA 5IE1A 1BWBA 4FRKA 3LPJA 5OZ0A 3KM4A 2PWCA 4Y3LA 5P6TA 5P86A 3L59A 3VUCA 5P3EA 4GYEA 3SA7A 4FRIA 4IVSA 1YX9A 1NPVA 3NU9A 3VF5A 4K8SA 4YE3A 4RYGA 1HBVA 2V10C 5P1HA 3K4VA 3NWXA 4L7GA 1T3RA 4LXMA 5T4SA 2IGYA 4B77A 5OZ1A 2VA5A 2UPJA 4B05A 3TL9A 3SA8A 1FF0C 5P7TA 3C9XA 2Q54A 3PWMA 1CMSA 4YOAA 2BPZA 2QI4A 3PMYA 5P09A 2XFIA 3QI1A 5P8GA 3S56A 2ASIA 5JG1A 5DR3A 1TSUA 1SDVA 4ZSRA 5P76A 5BRYA 1HVCA 4Y5EA 4I0EA 2G1NA 2JJJA 3PSUA 4YA8A 4DJVA 3BUGA 3G6ZA 5P1XA 5P5GA 1YTGA 1FB7A 5P0KA 5P8OA 5P16A 4HLAA 2VA7A 4COEA 1B6PA 2OHRA 2UXZA 5C9FA 5P3CA 1WBKA 5P7SA 5P2XA 3NXEA 5P0FA 1HTRB 3U7SA 4R92A 1SIVA 3OOZA 4D89A 4EJ8A 2PYMA 1MT9A 1HTFA 4DQFA 5P4ZA 1W50A 3WSJA 4CPTA 2O4KA 4B70A 4LP9A 5CLMA 4NKKA 1A9MA 2OHPA 3GI4A 3O9LA 4AZYA 4ACXA 4MC1A 5P2UA 2FNTA 2PYNA 3NUOA 2XYEA 3LIQA 4J1FA 4ZEAA 2OHNA 5P4PA 3EL4A 5HVPA 1D4LA 1AM5A 5P38A 5P7UA 1E82E 2WJOA 5P6YA 1FGCC 1VIJA 4Y58A 5B18A 1VIKA 2Q5KA 1APVE 1K6TA 3HD8A 3VCMA 4I0FA 2O40A 4RRNA 5OYVA 2HPFA 4Y45A 4R93A 5P4VA 5P82A 3WZ8A 2AZ8A 3VEUA 5KR1A 5P2NA 5P01A 1RPIA 4ER1E 3T3CA 3I2LA 2ZJKA 2WEBA 1LF2A 4DJQA 5COKA 4DFGA 4HZTA 3I25A 4EXHA 5P7LA 2CEMA 4RYCA 1M0BA 1ZJ7A 3KFNA 2WEZA 5P7GA 2NR6A 4Y37A 3KA2A 5I3VA 2IS0A 3SAAA 5P04A 4I12A 5P6KA 4J0VA 3VF3A 4Y3ZA 4Y50A 3NUJA 3OXXA 1UH7A 5P0LA 4NPUA 4YD7A 5P49A 2G94A 1AXAA 1YTHA 1LF4A 3LZVA 3FSMA 5OYQA 4EJLA 3OXWA 2AVMA 3NXNA 4D8CA 4HVPA 2G69A 1DIFA 2J9KA 2EWYA 5P5NA 4OBGA 1HVKA 5P6DA 1EBYA 1MPPA 2F81A 3U6AA 3SQFA 5P1VA 1XE5A 3O9AA 3RTHA 6UPJA 4OBZA 2J9JA 3ZKGA 2QHCA 1Q9PA 4J0TA 1BVGA 1IZIA 1IBQA 5P6MA 5P6PA 2QMGA 5I70A 5P1NA 4OBFA 1MEUA 2APRA 2WF4A 5P7FA 3LNKA 3UQWA 5DR0A 4NPTA 4YOBA 3BXRA 1K2BA 3OY4A 5KOSA 4WY6A 1YT9A 2QI0A 1B6LA 5P1PA 1FQ7A 5IVTA 1BV7A 4D85A 3K5GA 5P8QA 3L5DA 3OADB 2PSVA 4Y3HA 3OQKA 1GVXA 3QBFA 2AOFA 3R4BA 3VV8A 4J1HA 5P41A 5P36A 1T7IA 2OHTA 4Q1XA 3A2OA 3BGCA 3PHVA 2ER0E 3ST5A 5P02A 2CEJA 3PSYA 4Y54A 2PQZA 2ZJLA 3QBHA 2WEDA 2XFKA 3L5EA 3FNSA 3IXOA 5P88A 3WB5A 4LC7A 3PVKA 5SY2A 5P56A 4Q5MA 1D4HA 1FFFC 1D4JA 1N49A 1ZSRA 3NU5A 5P8CA 3EC0A 5OZKA 4GJ6A 1W5VA 3INEA 4FRSA 1QS8A 2IDWA 5TOLA 3QS1A 5P5VA 4DPIA 5JFPA 2HC0A 4FM8A 3OQDA 5IVRA 2O4SA 4LXKA 2I4VA 4KUPA 4Y5CA 1B6KA 3Q3TA 2I1AA 1RNEA 4DJYA 4Y5NA 5C9BA 3B7VA 4EYRA 4Y3GA 6FIVA 1XE6A 2R9BA 1HTGA 4Y5KA 4X7IA 5P68A 5P2BA 2FDDA 5OZ3A 5P60A 2OF0A 3CKPA 2Q63A 1LEEA 1BV9A 1FEJC 3DK1A 1BWAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AZ5 A;  3URI A;  2OHK A;  3RTN A;  5P3A A;  5P5F A;  5J25 A;  5P1T A;  2BKT A;  3ZKX A;  3UDN A;  2HPE A;  2VNM A;  4DQC A;  5DGU A;  4CP7 A;  2I0D A;  1PPK E;  3OTS A;  1HVH A;  4FLG A;  4Y3N A;  7HVP A;  2NMY A;  1BVE A;  5P4A A;  5P7C A;  3U71 A;  3SO9 A;  5P2W A;  3TPL A;  1K2C A;  2NTR A;  2FS4 A;  4Y4J A;  4ZSP A;  4B1C A;  5P7X A;  2RMP A;  3UCB A;  1PFZ A;  1ZSF A;  4Y4Z A;  4Y3E A;  5P7W A;  4Y51 A;  5P8A A;  2ZHS A;  2VA6 A;  4H3G A;  4ER4 E;  3EKQ A;  4J54 A;  5IVQ A;  3DJK A;  3GI6 A;  1FQ4 A;  2AVO A;  2QU2 A;  5P03 A;  5OZP A;  1HTE A;  2VIE A;  5P62 A;  4WTU A;  1GVU A;  5BS4 A;  3M9F A;  3T7X A;  5P11 A;  2QAK A;  2FIV A;  3SLZ A;  1U8G A;  3KF0 A;  2WF0 A;  3VV6 A;  4WY1 A;  5P1B A;  4QJ6 A;  3EM3 A;  3DOX A;  5KAO A;  1EBW A;  1EAG A;  5P43 A;  5IVS A;  5P57 A;  5OYX A;  4DH6 A;  1EC2 A;  3INH A;  5P63 A;  5P3N A;  4K4R A;  3QP0 A;  5P6E A;  3UQR A;  1KJ7 A;  2JJI A;  1SP5 A;  4NJS A;  3VYD A;  5P6Q A;  5P1K A;  2OHM A;  5P6U A;  2BBB A;  1PSA A;  2IKU A;  5P6R A;  2V0Z C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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