3O05A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1 complxed with substrate plp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
MLKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGELM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus 86
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o05A00
1ALDA 3IV3A 5D38A 4OV4A 3S1XA 4IGHA 3RU6A 4UC5A 2Z6IA 3PAJA 1NF0A 1H7PA 4RR4A 1J5TA 3GB6A 4IPJA 1LTDA 3M1ZA 3DKLA 3LM7A 4AF0A 1G4TA 3OVRA 1XUZA 4JIPA 1O94A 5KTLA 5DN1A 1QPOA 2A6NA 4A29A 3S1VA 3TQ0A 1TQJA 4IX0A 3DFPA 5BW6A 3QMRA 1VC4A 4UTMA 1W3IA 1PL9A 4RZ6A 3B4UA 1SZFA 4Z1CA 4AB4A 1OJXA 4BWLC 2ZRUA 4FX7A 3TW6A 1HFBA 2FLIA 3STEA 1F5ZA 4AWTA 4JDYA 3OVPA 1JQXA 1W3TA 1XI3A 3KVLA 4FNPA 3DI1A 4K39A 3TJLA 1XKYA 2V81A 2Y6ZA 1VLWA 1VGAA 2Y89A 4R53A 4MYXA 2GJNA 2CZFA 5K3VA 3R89A 3GDKA 4K37A 3VNDA 3SR7A 5C6MA 1H7XA 1UJPA 4PFMA 3QW3A 4UCGA 1I2NA 3A22A 3W7CA 3QF0A 1JUEA 1NSJA 3TX9A 1WOBA 3NPXA 3IIOA 3GDTA 2Y85A 1F05A 3HF3A 2J9XA 4WX2A 1SW7A 1OX6A 3TSBA 1A5BA 3LDVA 3W6YA 1W56A 3LV5A 1KW1A 3SY5A 1JVNA 1KM6A 2A1YA 1Y0EA 1ZALA 4UNLA 3U6WA 1VCFA 1SZNA 2QJHA 5D04C 5HJLA 3T55A 4O0ZA 1YTDA 1H62A 4UTIA 4UFMA 2QEZA 3UY7A 3TAOA 3NG3A 1OFQA 5BRBA 3L0NA 2I1OA 2JKEA 1H61A 4HNVA 1Q6RA 1S5VA 1P0NA 3NQDA 2OCZA 1MEIA 3C2FA 3F4NA 4QQ3A 3C2OA 1LRQA 3TIMA 4UTHA 1OYAA 1P1XA 4JGDA 1HUVA 2Y7DA 3QJAA 2QUTA 3EWBX 3MBFA 1FXQA 4O54A 4AWSA 1CW2A 1SSGA 4K7VA 1X6UA 5AHMA 2YZRA 4CCCA 3BG9A 1PS9A 4HSOA 3R5EA 4QM1A 3TMQA 1F7BA 4LNYA 4JDBA 3TE9A 1ICQA 2TMDA 3OVQA 4RZ5A 2Y7FA 5DLCA 1LOQA 2ISVA 5F4WA 1J2WA 2CZEA 4O1DA 2V82A 2GVLA 5AC8A 5D30A 1LLWA 5D09A 2CLIA 4AMAA 4WJEA 4YMZA 3M5YA 2YW3A 4O8RA 1H51A 1B9BA 1IGSA 2FTPA 3RNDA 4PODA 3CEPA 2JKAA 3G0XA 1RQBA 4LY8A 3H54A 1G69A 3CU2A 2C18A 3A23A 1EP1A 4Y90A 4GJ1A 4FNRA 1FY6A 1XBVA 3GYEA 3O15A 1FCQA 1OK6A 4RZ4A 5J5RA 4G1KA 4GUHA 3SFKA 2QKFA 3LLDA 3W07A 1EWEA 3NL5A 1KFKA 2J9ZA 4GNJA 4JYFA 3LCFA 3M44A 4IXXA 1K7XA 1SSDA 3LBCA 1OX4B 3MBDA 3W71A 4LV9A 3VI2A 4UTKA 3LERA 2VFDA 3EX2A 4TIMA 3MYPA 3E02A 3W1PA 2RFGA 4E0CA 2A6LA 2ZCGA 3G1XA 2QDHA 2J6XA 4GUIA 4AHOA 2G97A 3W1TA 2ZBTA 4BK9A 5DY3A 2IQTA 2ZRVA 4BFAA 1FWNA 3FS2A 2G96A 3PG9A 3E0IA 3DKJA 3TA6A 2NXGA 1QFEA 4IJBA 3BG3A 3HG2A 4O13A 5EPDA 1XBZA 4FIQA 4C1KA 1TPEA 4DBEA 1X1ZA 3QFEA 2Q3RA 3GNNA 4DXVA 1IXNA 1D3GA 2PRMA 3EX3A 3ZFHA 2XN2A 4RJEA 3NEVA 1LRNA 3O6DA 5FEXA 1IF2A 3LCIA 3PB2A 1TTIA 3GAYA 2QCHA 3Q2DA 1W1ZA 4LU0A 3BG5A 3W70A 4RXFA 3T40A 3BPWA 3G8EA 4JICA 3BW2A 1SO3A 1K02A 1ME8A 2TPSA 3C3NA 4Y8FA 3GR8A 2Z1BA 3S9YA 3MW7A 2FPYA 1HTIA 3VFLA 1Q45A 3DI0A 4XBKA 3MO7A 5FF4A 3CB8A 1L6YA 3W76A 3A21A 4U28A 3W7LA 3KVJA 3MJYA 3KX6A 2TYSA 3HG5A 1W0MA 3QYQA 1F73A 4L4MA 3IGSA 3UWQA 1KFEA 5EKYA 2EKCA 3IRDA 3HPZA 3OHIA 3S1UA 1KBIA 1SQ7A 2E09A 1L6SA 4NX0A 5K2ZA 2YCEA 4IMCA 3TMLA 5HWNA 3W1AA 1FXPA 1B4EA 1HG3A 1KM0A 4PEKA 1WOAA 3ZR4A 4AF0B 1WQ5A 1KLYA 1UCWA 3A5VA 2CZ5A 2ZZ2A 5SWUA 3BLEA 4FEZA 5A8GA 3HGJA 2NXHA 3BLIA 3FFSA 2F84A 5F2LA 4LWWA 5AHEA 3P67A 5FEWA 3CTLA 5TQLA 2YDAA 3O05A 1TPDA 2YPIA 1G67A 3RLUA 3W88A 2YSWA 2QCGA 1T99A 4AXKA 4S2CA 2I9EA 3W72A 4LS2A 5AHNA 3KHJA 2AQWA 3N9SA 1F2JA 4AEOA 4N9BA 3M5VA 3UXDA 3W7IA 3C4UA 1ZAJA 2J27A 1EEPA 4EWND 2OMAA 3W73A 4O18A 3LGEA 4O12A 3NQAA 3QSTA 1IXOA 1GJPA 3K30A 3TR2A 3NQ2A 2CLKA 3W1NA 3FEMA 1QPQA 4FX8A 4FNUA 1FDZA 3STFA 2CLLA 3NQEA 2DZWA 2XN0A 1SU5A 1A5AA 1RD5A 4X22A 4MOZA 3MYOA 3S5YA 3NQFA 1JCNA 4N9EA 1A5SA 1QAPA 1PE1A 3OIXA 4N6FA 4NNAA 3NM1A 4LUJA 3CEUA 5G5IA 2X1UA 1OFEA 4EVZA 3PM6A 2YXGA 3P60A 1DL3A 4MY8A 2PRLA 3T44A 3GZ3A 3W7EA 1L2UA 2Y70A 4NU7A 3NM3A 4UTTC 4UFIA 1JCMP 1X8FA 3PBYA 5G2WA 2AGKA 3HJZA 4JEQA 3JS3A 1EWDA 4UIOA 1NFBA 1RQHA 8TIMA 5CPNA 2A7RA 1YYAA 1M6JA 4ALDA 3UZJA 2NZLA 1XM3A 2O7QA 3F03K 4IOTA 4NNBA 5FESA 4TO8A 4ZQMA 5C2XA 5K9CA 4H4IA 1NEYA 2GVJA 5EL1A 1SO4A 2V2CA 3RMJA 2NUWA 2Z6JA 4C1LA 2BXVA 3EEGA 5HR7A 3P62A 1TPFA 4POCA 5K9XA 2V2HA 3LRKA 4TMBA 3S8HA 4Z1BA 1FCBA 3SI9A 1KLZA 1DJNA 3QZEA 1OG0A 3IIXA 1TPVA 3D0CA 2R8WA 2ABAA 5LHFA 1TO3A 5KMYA 3KVMA 1DKWA 2ZRYA 3B8DA 3W7KA 3M5XA 1OFPA 1RZMA 3WK1A 3EXSA 4MLRA 4M6VA 3TU9A 5AOUA 2VFIA 3IIPA 4NUWA 4MPQA 4ZQCA 2QCNA 1VS1A 2Z0IA 1KM4A 3W74A 2DJXA 4FNTA 3EX4A 3W3OA 2PC4A 3P7YA 1JCLA 5K9DA 5AYZA 3JR2A 3Q94A 3WJZA 4MLJA 1YPIA 3U8GA 4Z1DA 3LI1A 1ICPA 2FPTA 2WSYA 4JN6A 1O5KA 2FIQA 3LCXA 4HNNA 1JRCA 4FHAA 2DJLA 1M5WA 2GOUA 2X1TA 3STGA 5C5YA 1H7OA 3SGUA 3BK0A 2QCEA 3IIVA 1G4SA 4KFNA 3NQCA 1LCOA 4LC6A 5I3IA 4EF9A 4LUIA 1OABA 3NVTA 3CHVA 1QO2A 1TTJA 2WSRA 3A5FA 1H7RA 3KOFA 4IWWA 4NT0A 1IXPA 1FWSA 1LDCA 3P80A 3TROA 2RH9A 2BZNA 1T96A 4Z08A 3LXBA 3P8JA 3WJSA 4DO5A 2HS8A 1KM1A 3KFTA 3FKKA 3QH2A 4YCPA 4IXHA 3FKRA 2F7FA 2LLEA 3LHTA 1DVJA 4I9AA 2H6RA 1NVMA 2X1SA 3PBWA 1XDMA 1W37A 4TU1A 4JY8A 1GYNA 1R2RA 2VKZG 4JTEA 5HUOA 4HNUA 2ATMA 2BTMA 1AW5A 3M47A 2C16A 1GT8A 3HGOA 1KM3A 4YLWA 1I8JA 1TMHA 1TTPA 5CPOA 4DPPA 3W7NA 2QR6A 4ONVA 1UB3A 1R30A 2V8ZA 1R47A 1WYIA 4CQ8A 1KV5A 5LGZA 3M7WA 3NXFA 4HSNA 1OVDA 5GVJA 1S3HA 3UD6A 2ZA2A 3CIXA 4DO6A 3R8RA 2J9YA 4FXRA 2CLFA 4O15A 1DJQA 5HULA 3EX6A 3W22A 3QPYA 3G8RA 2Y7EA 2EAWA 1Z48A 4LS0A 1VR6A 1G6CA 1XBYA 4ICNA 3ATZA 4QITA 5CG7A 1WDWA 1AW2A 4NJJA 2V5BA 1QNVA 3G1SA 2KZHA 4BI6A 1P5BA 2A85A 2C0AA 1SFLA 2A7PA 3DHDA 1GQNA 2RDUA 1W5QA 3W7GA 3GX9A 1GG1A 1JQVA 4LVFA 2R94A 2V30A 1B57A 1Q6QA 3L5LA 5C55A 3PB0A 4TMCA 1EIXA 1YDVA 3UNDA 1JCJA 3IGXA 3DBPA 4NX5A 1TV7A 5L6UA 4B5NA 3LLFA 3W9ZA 2R91A 3ABQA 3HG3A 1EPXA 1JJKA 3ZWSA 1JCYA 5DCDA 3HQ1A 1FBAA 2WV8A 3THQA 4FB7A 1FDJA 4Y9AA 3HMJG 1KFJA 1ZENA 5LNSA 5EYWA 2VEMA 3I65A 1EP2A 2GUUA 3WFAA 1I2QA 2C6QA 1BTMA 2X1RA 2VC6A 3NQ8A 1CI1A 3W1LA 4HHPA 1W54A 4O57A 1PCKA 3AJXA 3O07A 3LX9A 4RV8A 1MO0A 1VHNA 2CW6A 2P0OA 1RQEA 3A24A 2TSYA 4LC8A 2Z2UA 3UWZA 4DBDA 1SFJA 2H3DA 4PTNA 3L68A 4IUOA 3CM4A 1B3OA 1MEWA 5DBUA 4ZL1A 4FNSA 1TYGA 3O1NA 1P0KA 2J24A 3WJYA 3G0SA 3TC6A 2EGZA 2GQ9A 2ZQ0A 3C56A 3E12A 3IVSA 3I7SA 3KXQA 1F74A 4Q4KA 1H63A 5LZLA 3GNDA 5LHEA 1CX9A 1KFCA 3PBUA 1TPUA 3NL2A 1ZHAA 5D2WA 4Q33A 3CC1A 3OG3A 1LBFA 3G3MA 1I45A 3HGSA 2B0MA 3NDOA 3W7DA 4FO4A 1EUAA 3PY2A 3TSDA 3S0CA 1OFOA 3DU0A 1OFBA 1QPRA 3T4CA 3P5ZA 4WZHA 4GUGA 3DFQA 5DXYA 4O16A 2OJPA 1G4PA 2ZRZA 4QNWA 3C2RA 1YDOA 3LHWA 1SR9A 3EKZA 4GUJA 5LNRA 3N34A 3W1XA 2C3ZA 1VZWA 1H5YA 1N55A 2NX3A 4IQLA 2BSLA 4JY9A 1YXDA 2CLHA 3NNTA 3N73A 4OU1A 3NPWA 4DF2A 4O0KA 4TR9A 1DOSA 2VEIA 1ZNNA 4N6EA 4RCXA 4LVGA 4D2JA 3L66A 2XN1A 1R2TA 1GYLA 1QCWA 5D2TA 3UZ5A 3HO8A 3ZS4A 5ABTA 5IBXA 1KV8A 3CLMA 2HTMA 1N7KA 2TRSA 3G1AA 1LM1A 5F1VA 4JR5A 4HPXA 1H7NA 2G5WA 1ADOA 1IIHA 3EWZA 1XC4A 3I68A 4H3DA 4K7YA 3ZWTA 2GPTA 4LW7A 5LKYA 4YXGA 4UMAA 1KFBA 2FB3A 1WBJA 5AC7A 3FIGA 4S1FA 3NO5A 2E77A 2ZRXA 4PC8A 1OHLA 3QQ1A 1B4KA 4OQVA 5G1TA 4AH7A 1JCXA 5FF3A 1K8YA 3PF3A 2CWNA 1SW3A 2ZZ3A 1YXYA 3LTYA 3LV6A 4JD4A 4ZQPA 3G1VA 2CLEA 4WXYA 4HNTA 4N9DA 2HS6A 2VFHA 1TIMA 3M5ZA 1C29A 4NXSA 3DFOA 4JTFA 1JULA 2VFGA 4MY1A 5AYXA 4UTUA 1YDNA 2CFFA 4JX5A 2WOQA 4UXDA 3NQVA 4JNMA 3S6DA 3W7OA 2NV2A 2WNNA 3M9YA 4ADUA 3L67A 1X1OA 5KZEA 1H50A 1RV8A 3LHYA 3BLFA 1Z42A 2A4AA 3FA5A 3W2MA 2ZA1A 3PC0A 2WJZA 5L9FA 1EP3A 2C19A 5CZSA 5F4SA 3W1MA 2VXNA 1J4EA 1EUNA 5CPLA 4DF0A 4JX4A 1O5XA 2FQIA 4AWUA 1LORA 4WOZA 3G3DA 1QOPA 3N2MA 4LRTA 1VJIA 2QAFA 3QRHA 3QW4B 3CT7A 3M41A 1PHQA 2E5DA 4NJGA 1VCGA 2Y63A 2VEPA 3UQNA 5CPMA 5EA9A 5G4WA 1SZEA 3I7QA 1O60A 3EX1A 3PUEA 1I4NA 5I3HA 4M6PA 1BWKA 1W5OA 5DCBA 5E1QA 5G4EA 3SECA 1ME9A 1S5TA 1YADA 3LTSA 5AHIA 3DXIA 2JBMA 3TQVA 5HWMA 3MMTA 1NF7A 1UUMA 1W5PA 2E6DA 2ZZ5A 1AL7A 3GDRA 5CZTA 3SW6A 2JGQA 4EIVA 1TRDA 4ORMA 4UTJA 4EF8A 4FXSA 4RXGA 3W7HA 1IXQA 5CKSA 3N9RA 1NAL1 3QM3A 1BEUA 4DQWA 3L0KA 3UXAA 4MY9A 5FEZA 3JRKA 3W84A 5F2GA 4KFPA 3BARA 1MSSA 3THAA 1EA0A 4P61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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