3O97A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
Knots found
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A02
1MY2A 3IAZA 1B32A 3VVEA 5EHSA 1FW0A 3CSGA 3OO6A 4ESXA 4H67A 4R74A 3MWBA 3KGCA 3O97A 3G3FA 2GH9A 2RF1A 3H06B 1AH5A 5FTHA 4C1TA 1MDP1 4ZDMA 3USDA 2X7QA 2PVUA 2X7PA 1UIVA 1USYH 2XXVA 4Q5TA 4NE4A 4IGRA 1ZMGA 4F1UA 3OSQA 2A5TA 5K2YA 2NWJA 3UN6A 4NF5B 3W9WA 3QUJA 3O66A 3RTWB 3G7WA 3Q26A 2B3BA 3FV2A 1ATGA 2O6AA 5DT6A 3IOWA 1D9YA 3V5AA 1B0LA 2DWAA 2IEEA 5CBSA 4G68A 4GXAA 3PUXE 1SQYA 2RKMA 2OJTA 3EHSA 1NNPA 1Y4CA 2QPQA 4RPOA 4OXVA 4TLLB 1TT1A 3UA8A 5CMBA 4ELPA 5EYFA 5I2KB 3CG1A 1MXYA 2DE4A 1Z7ME 4FATA 1JVYA 1FCKA 1I6QA 1B52A 5AA2D 4NEDA 1O63A 1LFGA 4HS7A 4KQPA 4O3AA 5H8QB 1LAFE 4RA1A 2QS4A 5F1QA 3W15C 4AB6A 1QUKA 2RCAA 4LUBA 3EHTA 4YB5A 1N3XA 5H8HA 3M3FA 3RUMA 5JK4A 1NNFA 1XOCA 3HHGA 4XXUA 3B6WA 1Y3PA 2F7AA 4U1ZA 2H9BA 3S9LC 3RPWA 4PE5B 4U1OA 3OXNA 3JV9A 2H5YA 2O7UA 2ONKE 4EQ9A 3DP8A 1MY0A 4LQ2A 3E3KA 2Q2CA 1MDQA 1LAHE 3K1PA 3WAFA 3MBPA 3I5OA 5L8DA 1B7HA 2THIA 2Z23A 3IJXB 4H65A 3G3KA 3MAMA 1MRPA 1WVJA 1MQIA 3PPOA 1ANFA 1Y4TA 4ONYA 4R2FA 1L5TA 4P0GA 4OTEA 4FECA 1AMFA 3CFXA 3KSXA 1N7XA 4UA8A 3FD3A 3ILTB 1S50A 3MPLA 3CFLA 1SW2A 2I4CA 3IO6A 3IX1A 5HM4B 3R26A 1OVBA 2REGA 1N04A 1JW1A 1B5IA 3K4UA 3K2DA 3PD8A 1HSJA 2O1LA 1YPNA 4XKPA 3KFMA 1JW5A 1NFTA 1JQFA 1QVSA 5DVIA 5H8FA 4R2BA 5EHMA 2P2AA 1MXUA 2I6EA 3LBSA 1IIWA 1OQGA 4QSDA 3HHFA 1DTGA 3CR9A 3CSBA 5I2NB 1BTJA 3MP8A 1BP5A 2ONSA 4R73A 2DE3A 5I57A 4F18A 2BJJX 2XXIA 4RK2A 1YTVA 3S2VA 4RY1A 1IZ1A 5TPAB 1I6AA 3VDFA 4WEDA 4DIGA 2Q8JA 1B0HA 3QSLA 4MBPA 3K1NA 2ZYOA 3HO7A 1TWYA 2FA7A 2HQ0A 3O9PA 3QXMA 4MF3A 5TPAA 3EF7A 3VLWA 2X26A 3SEVA 3TYHA 3JYRA 3LUYA 4KPTA 2DOJA 3UK4A 4M4GA 4JSDA 2Z22A 3ZS6A 4OHNA 2R9JA 4NMYA 2ABHA 2VD3A 3E4RA 4OFLA 3KOTA 1BKAA 1US4A 3TTLA 1NNKA 4I9DA 2I3VA 4ESWA 4OWDA 1MXWA 2DS9A 3H03A 2DXRA 3OO9A 3B7DA 2XXQA 4E0XA 3KN7A 1SI1A 1MQHA 3K1MA 1M5CA 1LGBC 1H43A 2QS2A 5DVFA 4XKQA 4GLIA 1Y1ZA 3FJGA 3RTFB 3V89B 3DLNA 5ICTA 3C9HA 2YPNA 2O1MA 2Q89A 3S4UA 2B65A 3BFTA 4C0RA 4M1VA 2I3WA 1EZOA 2OWSA 1FQBA 2AL5A 2FYIA 2ANJA 1H76A 4NF4A 3M8UA 3VXBA 3THIA 4QFNA 3H6VA 1TXFA 3TMGA 2I0CA 2QL3A 2F6PA 3T66A 4BDOA 3IORA 1MY4A 2UYEA 3ONMA 4UACA 3M3LA 4BDLA 5AA4A 2F78A 3H3GA 2F35A 4YMBA 4ZE8A 3S9NC 1MS7A 5AE4A 1OMPA 1IXGA 4GOTA 4JSOA 3MVZA 3OO8A 1RYOA 1Q35A 3RLFE 3KZGA 5H8NB 1ZU0A 4OEVA 4ZEFA 1M5DA 2O51A 4FIMA 3RQTA 3PGFA 3TODA 2QJEA 2ZNUA 4BDRA 1FQCA 2PBWA 3RN8A 3TTMA 2WKYA 3DP6A 2DVCA 1DOTA 1OVTA 3PV0E 5A5XB 1NNTA 2O69A 4DLDA 1NH7A 4OENA 1OQHA 1IXIA 1SVXB 1A55A 1P1QA 4YB7A 5ITOA 3C33A 1AIVA 4YZZA 5A5XA 2PX1A 2PYYA 3FZVA 4EDPA 3PU5A 2DXYA 4OETA 1SD3A 1EZ9A 1UQWA 4HCYA 1DMBA 5TP9B 3EPEA 1NH8A 3MZBA 4ZEDA 2RC9A 3FATA 1Y1MA 4DCYA 1GVCA 1VSOA 3W9VA 1B1HA 3ZSFA 3A3UA 3BBRA 2HFBA 5I56B 1XT8A 1OLAA 1NKXA 4H5FA 4GVOA 2UVJA 3O6IA 2XXUA 4KYEA 2GFEA 3TCFA 5CMCA 1P1WA 3OELA 3DM0A 4YAHX 3VFJA 4H8IA 3GBBA 3IOUA 4ISUA 4RJZA 5DEXB 3TELA 2D3IA 4H6DA 1QKBA 3I6VA 3WAEA 4NF5A 4KCDA 2F6GA 4Q30B 4R6HA 3DELB 3TUSA 4KHZE 1ZKBA 2R71A 3TTNA 2PMSA 5CI5A 2AIXA 3OEMA 2D21A 3LSWA 2V3QA 3PUWE 3QK6A 1PEBA 3PPRA 2ZXTA 1VR5A 3K6UA 5AA2B 2UVGA 1QUJA 3G3JA 4F1VA 1SYHA 3OEKA 4F3PA 3MVWA 4KYSA 3IB0A 5ICQA 3IK6B 2RC7A 2REJA 2CMOA 2GHBA 5I2KA 3T9UA 2F36A 4PFYA 3TFLA 3M3KA 1MXXA 1UTHB 1R1NA 1BIYA 5H8QA 1Y9UA 1Y3NA 4JXIA 4IY5A 4YKKA 1T0KA 4FAJA 1UTHA 5DYHA 2OBGA 2UXAA 1R6ZA 2F7CA 3E9XA 4YKJA 1BLFA 5CRYA 3TZAA 3FJ7A 4F1YA 5DTBA 3RT8A 3UGWA 4O3CA 1MY3A 3PUVE 1Q1KA 4U23A 1B3LA 2F7BA 4RYAA 2RINA 4LVQA 3KBRA 1RKMA 3O28A 3TCGA 2H4IA 3QIMA 3A3CA 3O6HA 3PPPA 3LSXA 4ZECA 4N13A 1HSLA 3MPKA 4HW8A 4KCCA 4LATA 2HAVA 1JETA 3PUZE 4R6KA 3FVGA 1XVXA 4QFLA 3HPIA 2V25A 1UTBB 2XD3A 3O6GA 1B3FA 2AYSA 2Y7KA 1VFEA 3PPQA 3GLBA 1VE4A 4YKIA 5I59B 4ND9A 5HPQA 1N7WA 4MLVA 4WKMA 4TLMB 4EUOA 3OENA 1MM6A 2NVUB 3K00A 1FTLA 4JBZA 5I59A 3FGSA 3MZ9A 3GBAA 4F2OA 1EU8A 1PC3A 5L9SA 1SYIA 1A99A 3TTRA 4ZE9A 1B46A 3TTKA 1MQGA 1N84A 2B3FA 1D3KA 3CVGA 3KSJA 3KN8A 4U21A 2ZMBA 3SESA 1B6HA 4OZ9A 4NF8B 4ELOA 3BKIB 4R9GA 4G68C 1N76A 2ZNSA 4RPNA 3KOSA 3TEPA 3Q28A 4GL0A 4ZZEA 2M8CA 3N6UA 4LZ8A 4DXBA 2G93A 5I2NA 4LZ5A 1URSA 1GR2A 4NF8A 2F34A 3L6HA 1POY1 4THIA 4XIGQ 3A09A 4FEBA 2Y7RA 1B5JA 1A7LA 1P1OA 4DZ1A 4WEPA 5TU0A 4QRZA 1RYXA 2DWJA 4TQUQ 4YICA 2I48A 4MH5A 4X1BA 1LSTA 3UORA 3FV1A 4QF9A 1B58A 3O2AA 3Q29A 4NTLA 3SEWA 3TPAA 2OWTA 2XX7A 1URGA 4U4XA 3GXAA 4XKRA 3D4GA 5FTIA 2NXOA 3UP9A 4GL8A 3VXCA 3QAXA 1IQ7A 1EH3A 1FTOA 3LC8A 4OFOA 4OVJA 4JWXA 4FJPA 1MY1A 2QS1A 3C35A 4ELQA 3FVKA 4WXJA 4G8NA 1DSNA 4OFJA 3FUZA 3R6UA 3RNNA 4F2QA 1IEJA 3PPNA 1FTKA 2YLNA 3FIRA 1H45A 3VV5A 3H4ZA 1I69A 3L6GA 1B9JA 3LSFB 1AOVA 5IKBA 4DDDA 3C32A 3K6VA 3FXRA 2DWIA 1KWHA 4BDNA 3U1OA 2VGQA 5L9OA 1B05A 4KFQA 3B6TA 2QMXA 4X9TA 4KI0E 3T9VA 4IB2A 1B2HA 1B4ZA 1R9QA 3U8QA 4IO4A 4I62A 2RCBA 1DPEA 4YKPA 4XTCQ 4R6YA 4E0WA 4NF6B 2V84A 3CG3A 1LCFA 3OMBA 3RT6B 2VHAA 2HEUA 4JDFA 3T93B 1Y20A 2DWHA 3E13X 1II5A 3S9MC 3VLUA 3C34A 4PFUA 1TFDA 1S7YA 2V3TA 2DSFA 2VP1A 2QRYA 3O29A 4MLQA 4KD5A 2OK2A 3K6WA 2RC8A 4ZEBA 1JVXA 5H8NA 1IXCA 3GZGA 1IITA 2XXYA 4JB7A 2DE2A 4YB6A 3B6QA 5IAIA 3FASA 3UIFA 3TKDA 5ELVA 3SEUA 4FORA 2H25A 4LONB 2HXWA 5KDTB 4QFPA 4P0IA 1NMUA 2QSXA 2VOZA 1XS5A 3OO7A 4LZ7A 5K2XA 2Z8FA 3K6XA 4U22A 2VD2A 5AA1A 3IJOB 4G4PA 2ONRA 2CZLA 2NUVA 5CMMA 2OLBA 2XXWA 3SETA 2UVHA 4FEDA 5KDTA 4G77A 4BDMA 3C31A 4AQ4A 1JW4A 4GIZA 2H99A 4QHQA 4YMAA 4EF1A 4PETA 4ECFA 1LAGE 1FQFA 3PMVA 4IO2A 3R7XA 2I58A 1LAXA 2Q88A 5TP9A 4LP2B 1JEUA 1SW1A 3T9HB 2OZZA 1ZJLA 1P1NA 3PUYE 1LCTA 1MQDA 2A5TB 3V83A 1B7ZA 3IOTA 3HV1A 4EF2A 3IO4A 3KJTA 1CB6A 5I56A 1A8EA 2XXRA 4P11A 4FE8A 1MM7A 1B40A 1HSEA 4L17A 1PDAA 1MPBA 1XHYA 4G68B 4N07A 4PFWA 2XXXA 1M5EA 2UVIA 1MQJA 5FHMA 4XKNA 5LOMA 2I49A 3MUQA 1Y3QA 2GRVA 5B70A 5DEXA 3U93A 2XX8A 4ZZAA 4EQ7A 2OCUA 4GFRA 4GWOA 2FNCA 3IR1A 3ZKKA 1ZIUA 1ELJA 1QKAA 1MH4A 4BLAA 3SEXA 1P1UA 1QULA 5J1DA 2UYFA 3KEIA 4OEUA 3CIJA 5AA2A 4NWCA 4PQJA 4OYVA 4DE8A 2LAOA 2P0SA 1GTKA 3SERA 3KJ7A 3PD9A 5H8SA 2A5SA 3FJMA 4DCXA 4G8MA 5B7DA 5H8HB 4GQOA 4ELRA 3U92A 3TQWA 3T9XB 1B7UA 3U94A 3TDJA 1A54A 2H98A 2XXHA 1FQEA 4RK9A 3T96B 4PP0A 4N6PA 4F19A 3EHUA 1LLSA 5DVJA 1CE2A 1ZBMA 4H8JA 4IO5A 2XHDA 2Z8DA 3ECRA 2O84X 2NOOA 4R9FA 3LR1A 4OMBA 1LB9A 3VE1B 3H7MA 3U72A 3EQ1A 4QFOA 1B3HA 2QMWA 4IO3A 1SBPA 2O7IA 4F29A 2R6GE 1MG1A 1NL5A 2Y7IA 4POWA 3C36A 4DXCA 2D5WA 2V3UA 3KG2A 3Q27A 1O64A 5I84A 1SI0A 2E1SA 3IB2A 3OOAA 1FTMA 2XXTA 1GV8A 1J1NA 1P99A 4G2ZA 5FHNA 2P1SA 2F97A 3TQLA 1PB9A 2QS3A 4JWYA 3EN3A 2W7YA 3N26A 4F3SA 5BUUA 4IGTA 1XC1A 1AL3A 1B51A 2ZYKA 3PMXA 1OIBA 2Q9TA 3RY3A 1F9BA 4X48A 3VLVA 1B1XA 4RXLA 1JNFA 4F3GA 4KYDA 3K0VA 1O7TA 4TOZA 1Z7NE 2F8DA 4K3FA 3N94A 1UTBA 3PMWA 4F22A 3H6WA 4G8HA 5BWJA 3BFUA 4OQOA 1S9TA 3S9EA 2ZNTA 5H8FB 4R75A 2Q2AA 3MVXA 3QUFA 3SEYA 4I1DA 5FHOA 1MPDA 3HSTA 4MFIA 2XD2A 5F7VA 3MJNA 2YJPA 3IB1A 3HCQA 2PT2A 4C1UA 1GGGA 4I8CA 2DVZA 4OERA 2V93A 2ESNA 5I57B 3TCHA 2DP8A 1D9VA 1DPPA 3MP1A 3ZKLA 2F5XA 2HAUA 1M5BA 3CRBA 1TFAA 3G3HA 1LFIA 3KN3A 1PBQA 3CI8A 3V8XB 1N3WA 1OLCA 4HTGA 1FQAA 2AL4A 2I0BA 1ZTYA 4GF8A 4QFKA 5M2VA 5ISUA 1US5A 3MW0A 4PFTA 1QUIA 3RGYA 4GXSB 2O68A 1PB7A 3MP6A 4BDQA 4H1XA 4HCWA 1D4NA 5KZTA 3LSLA 3CFZA 5JTYB 3TAJA 2DQVA 3FVNA 3P7IA 2XXPA 1USYE 3HN0A 3Q25A 3FVOA 5HBCA 3I3VA 3ILUB 3G3IA 2XX9A 1DTZA 4U2RA 4U4SA 1MXZA 3AXFA 1LBCA 2Z8EA 5JTYA 4F31B 4POXA 1POTA 1B5HA 1URDA 3VVDA 4Z0IA 4JWOA 3FXQA 4GRKA 1EZPA 4F39A 2E0SA 3K02A 2GHAA 1M5FA 4IY6A 3OSRA 4LQ5A 4ZS9A 5CBRA 1A40A 3SDFA 1B3GA 1LBBA 1FTJA 4IO6A 4DXUA 3FXUA 1LFHA 1IUDA 4QSEA 4O3BA 5L9MA 3OD7A 1SW5A 4NF4B 4EXLA 5ITPA 3MZ1A 1A8FA 5CMKA 3JZJA 1H3DA 1XVYA 3MVYA 5CM6A 5I58B 1R9LA 4H5GA 3K01A 1IXHA 1WDNA 2IA4A 4R72A 2DYXA 5JEIA 3DP4A 1MH3A 1B3EA 2ZYNA 1WODA 3G3GA 5AA4B 4F3BA 1PB8A 5AA3A 5I58A 2KLFA 1JEVA 4Q0CA 2ZYMA 1B4HA 1ZLQA 2HCAA 5CC2A 3H6UA 4EQBA 2G29A 4NF6A 3MQ9A 2HZKA 4IO7A 4X1DA 2PT1A 4EXKA 2Y7PA 4OESA 4H0WA 3SKPA 2HZLA 1PBPA 4ZEIA 1YCJA 5KCJB 3D4CA 1MPCA 3QYTA 4KR5A 1LB8A 1MXVA 1SDXA 4RNSA 1SW4A 3T22A 3ODBA 3IOVA 3N5LA 4QSCA 3MC2A 3IL1B 4ZEKA 2ALUA 4NWDA 4Z7EA 2Y7WA 3N6TA 3F11A 5KCJA 2Y84A 1FQDA 1H44A 1QJMA 4AB5A 3VVFA 1UIUA 4YU0A 2I4BA 1I6BA 1N0TA 4GD5A 1VFDA 3H6TA 1QW0A 3C4MA 4Q8RA 4LA9A 1YAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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