3O97A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
Knots found
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
b'YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A02
4TLLB 4P0GA 2AL4A 4LZ8A 1H45A 2ANJA 1JEVA 4NF5A 1M5BA 2E0SA 2GRVA 1MY1A 5HPQA 3OEMA 2RKMA 2UYFA 1B05A 2B65A 4KPTA 3KOTA 1CB6A 3OO9A 4NTLA 1EZ9A 1B7UA 5I2NA 1PBPA 5HBCA 4BLAA 1MQJA 3EPEA 2DE3A 4BDNA 2P1SA 3VVEA 1B4ZA 4BDRA 4OESA 1IXCA 3QIMA 4P0IA 2XXYA 4H5GA 5DVIA 3VV5A 5B70A 3MQ9A 1MRPA 4H67A 4G77A 4YKIA 5JEIA 3IJXB 5CI5A 4Z0IA 1POTA 2ZNTA 1D4NA 3CSBA 3TTLA 4OFJA 1US5A 3U93A 1N3XA 2GH9A 4XTCQ 1BKAA 4F22A 4U22A 4FORA 3IB0A 2PVUA 5J1DA 3B6WA 3OOAA 4ISUA 5FTIA 3N5LA 3VXCA 4YB5A 5I2KB 3VLVA 2XXIA 4QFLA 5DEXB 1D3KA 4HCWA 3SESA 4KCCA 3O2AA 4F3GA 3G3KA 2X26A 3F11A 3SEXA 2V25A 2I4CA 2RC9A 4LQ2A 1YAEA 4DIGA 2I0CA 5HM4B 2QS3A 4YMBA 3MJNA 3QSLA 1Z7NE 4RPNA 3O29A 4F3BA 5I59B 3KN3A 4OQOA 3KN8A 3SETA 2FNCA 3GXAA 5H8HB 1EZPA 3FVGA 5I2KA 2VD2A 3OENA 3G3IA 1TFDA 1B1XA 1HSLA 1A8EA 1ZBMA 3CG1A 1R9LA 2V84A 5AA2B 1SVXB 3MP8A 2ZYMA 3TTRA 1PB7A 1EU8A 1MQHA 3BKIB 2F7BA 3RNNA 2ONKE 5LOMA 3EHUA 4FAJA 3HN0A 5I59A 4OHNA 4NMYA 1OLAA 2PMSA 3OSQA 1M5DA 3PUWE 2RINA 4MBPA 1B32A 2F36A 5H8HA 2O84X 2XXHA 3AXFA 5AA4B 4JWOA 1LFHA 4PFWA 3GBBA 3KEIA 1WDNA 4ZEDA 5AA2A 2ABHA 4JSDA 4OFOA 3V89B 3TUSA 5ICTA 1SQYA 3G3GA 4HCYA 3VLUA 3CFZA 2ALUA 2DXYA 1RYXA 5EHSA 3H7MA 1GGGA 2P2AA 1SW2A 5H8FB 3M8UA 4BDMA 5AA4A 1QULA 1ZKBA 4XKQA 1NNTA 1OQGA 1FQEA 3MZ1A 3TTMA 2QRYA 4KFQA 4H0WA 2E1SA 1O7TA 1P1QA 3T93B 1UIUA 1UTBB 2DVZA 4QFNA 1SD3A 3FVKA 3MPKA 3MP6A 1MPDA 3K6VA 3PUXE 4JSOA 4DXBA 4H5FA 4U1ZA 1IXHA 3UP9A 2Y7WA 1USYE 5H8FA 2HZKA 3LSLA 4H8IA 3PPQA 3PMWA 4GF8A 1DMBA 3B6TA 3TELA 1S9TA 1J1NA 2O6AA 4U23A 4E0XA 4ZZEA 1SBPA 5FTHA 3A09A 1D9VA 1UTBA 1NH7A 4ZE8A 2DE2A 1A54A 2F35A 4ELQA 2DWJA 5ICQA 1JETA 4R2FA 4GQOA 3DELB 4OEUA 5AA3A 1SYHA 5H8NB 4H6DA 3QYTA 3R6UA 5AA1A 1N04A 1QW0A 1LB8A 3WAFA 4IGTA 3FVNA 2H4IA 4LATA 3HV1A 3THIA 1NMUA 3C4MA 1IXIA 4R6HA 2F7CA 1SW5A 2F6GA 4ESXA 3H6TA 3PMVA 2AL5A 3S2VA 5EHMA 1CE2A 2ZYKA 1WVJA 2R9JA 5H8NA 5H8QB 1GR2A 1VFDA 4POWA 4WEDA 1O63A 2NOOA 3ECRA 2R71A 3CVGA 1QKBA 4BDOA 2O51A 1II5A 4QRZA 2OCUA 2V3UA 4GIZA 4ONYA 4R9GA 4R2BA 2QS2A 1UIVA 4WEPA 4HS7A 3T66A 1LFIA 4G4PA 2Z22A 4YZZA 5H8QA 1MPBA 4GWOA 3P7IA 1MDQA 1OMPA 1MH3A 3PUYE 1MY2A 2RF1A 4F3PA 1MH4A 3H06B 5TP9B 1FQBA 4RY1A 4KCDA 3KN7A 2ZYNA 1FTJA 2DP8A 4PFYA 2V3QA 3PV0E 2B3FA 2DYXA 1PBQA 4N13A 3UIFA 4NWDA 1Y20A 3OXNA 2ONRA 4Q5TA 2YJPA 1RYOA 2VOZA 1MQGA 3JV9A 2HCAA 4QSEA 2NVUB 1MXXA 2UVIA 5ITPA 3IOVA 1JEUA 5TP9A 1MY3A 4UA8A 4H1XA 1Y1ZA 4H8JA 5I56B 3RTWB 2OWSA 2REGA 3LSFB 4DXUA 1QUKA 3IO6A 1Q1KA 3TEPA 4OETA 3TODA 4GLIA 2O68A 1ZMGA 2DOJA 3V83A 3CIJA 4LVQA 2XXWA 1H44A 4NWCA 2GFEA 5I56A 4N07A 3T9XB 3H6UA 5IAIA 4ECFA 1ZLQA 3U92A 3T22A 3PPRA 3KOSA 4I8CA 1GTKA 4MH5A 5DYHA 2DWIA 4OXVA 1Y4TA 2GHBA 3CSGA 3MVYA 3N6TA 3R26A 3C9HA 3K6XA 1FTMA 3RGYA 1OVTA 3DLNA 2I3WA 3SEYA 4JB7A 5BUUA 3RT8A 2P0SA 4BDQA 1B51A 3PD9A 3T9VA 1LAXA 2THIA 5B7DA 1DTGA 3OMBA 3GLBA 1BTJA 4X1DA 1LCFA 1B3HA 1A40A 3DM0A 1AMFA 4ZECA 1SDXA 3I5OA 5ISUA 1LBCA 1RKMA 3H6VA 4RXLA 4JWXA 1P1WA 2UXAA 4GRKA 5TPAB 4IO3A 3U72A 4LA9A 3FZVA 5AA2D 3K1MA 1MXWA 1Z7ME 4EQ7A 3MW0A 1Y3PA 3ODBA 2I49A 1MQIA 2O1LA 2DE4A 2XXVA 2XXRA 4KHZE 4ESWA 3N94A 4JXIA 2Q2CA 5TU0A 4EF1A 1B2HA 2I6EA 4R9FA 1FCKA 3QUFA 3U8QA 4IO4A 5CBSA 1I6QA 3K1PA 5TPAA 1B6HA 3O66A 4AQ4A 4IO6A 4X1BA 5CMBA 4AB5A 1FQAA 2Z8FA 3K01A 3E13X 3KGCA 1UQWA 4FECA 5H8SA 5DTBA 1IITA 2CMOA 1UTHB 2OLBA 3MVXA 4MLQA 3EHSA 3MPLA 4F2OA 4ELPA 4QFKA 1OIBA 1MM6A 3CG3A 1GVCA 1R1NA 4EUOA 2HEUA 1B58A 4R74A 2ZMBA 2I58A 4ZE9A 4EQ9A 3EQ1A 4QFPA 3TCFA 3T9HB 4U2RA 1MM7A 1QKAA 4F31B 1FTOA 3FXQA 4PE5B 1AIVA 4F19A 3IOTA 1UTHA 1DTZA 4G68C 1MXZA 1JVXA 3Q25A 3FJ7A 2XX8A 3V5AA 3IORA 3RT6B 3L6GA 2ESNA 2G29A 4PP0A 3LBSA 3W9VA 1XOCA 3FASA 4QF9A 3PUZE 5I84A 1VR5A 5L9MA 2XXXA 1P1NA 3M3KA 4NEDA 3O6IA 4G2ZA 1URDA 1VE4A 1N0TA 2O1MA 4F39A 4ELRA 2F7AA 1I6AA 1A8FA 3IL1B 4GXAA 3MZBA 4GVOA 1B52A 1L5TA 3HO7A 4FIMA 1ZIUA 1BIYA 4ZS9A 4F2QA 3HCQA 1A7LA 4Q30B 3VLWA 2DSFA 4TLMB 2H5YA 2XX7A 1LAFE 2XD2A 4DDDA 2DWHA 1MXUA 3QXMA 3O6GA 3FGSA 3ONMA 1SW1A 5KZTA 2OZZA 3MWBA 1B3GA 5CM6A 3C33A 3IOUA 1XC1A 3USDA 2NUVA 3OEKA 1IXGA 4OMBA 3RLFE 3O28A 2I48A 2Y84A 4EXKA 2GHAA 1ELJA 1LSTA 4HTGA 3VVFA 3LC8A 3SERA 1URSA 1B5JA 5A5XB 3BFUA 3U94A 4R6KA 4Z7EA 1XVYA 3KJ7A 3TMGA 3C32A 4DCYA 3VE1B 2PX1A 1TXFA 3S9LC 4L17A 1LBBA 2Q88A 3RN8A 1FQDA 4QFOA 3KBRA 4FEDA 3C36A 1Y3QA 3S9NC 4X48A 1IUDA 4XXUA 1IEJA 2RCAA 1AH5A 1N7WA 4P11A 1Y9UA 2H9BA 2B3BA 4IY6A 3ZS6A 4YU0A 5A5XA 3SEWA 1Q35A 3LR1A 4OERA 1US4A 4K3FA 3HHFA 1LAGE 4G8NA 3Q29A 1P99A 2V3TA 2VD3A 1B46A 3KSJA 2ZYOA 3OD7A 3IJOB 1Y4CA 1ZJLA 4G8MA 3KZGA 4THIA 4NE4A 2QJEA 1S50A 1B1HA 2XX9A 5KDTB 5JK4A 4OVJA 4I9DA 4RPOA 4G8HA 1HSJA 1MXYA 3K2DA 3TZAA 1GV8A 3TDJA 1NH8A 4R73A 1DPPA 2DVCA 3OO8A 4R6YA 3S9MC 1N3WA 4F1VA 3ILUB 1JQFA 2QPQA 2G93A 3TCHA 3FUZA 1QVSA 5FHMA 3MP1A 3A3UA 2RC7A 2KLFA 4U4XA 1B0LA 3FXRA 1WODA 4R75A 3K1NA 1B7ZA 1PB9A 5KDTA 4RYAA 1NNKA 3Q28A 4C1UA 4EDPA 5L8DA 3SEVA 4JBZA 2W7YA 4OTEA 3K6WA 4H65A 5KCJB 4KI0E 4OZ9A 3KJTA 1LLSA 1ZTYA 1JW5A 3B6QA 3QAXA 1LB9A 5L9SA 3H3GA 3TQLA 1M5CA 3RQTA 1B5HA 4RK2A 3IB2A 5EYFA 3C31A 3OO7A 3DP8A 3S9EA 3CR9A 4WKMA 1NFTA 4F1YA 3Q27A 1N84A 3UORA 1DSNA 4C0RA 4KQPA 4KR5A 3UGWA 2Y7KA 1PC3A 5ITOA 1H43A 4LP2B 3K4UA 1FTKA 2XXUA 1H3DA 1P1UA 5KCJA 4YMAA 3TTNA 4RJZA 1R6ZA 2XXQA 1PDAA 3T9UA 4OENA 4OEVA 3W15C 3PPPA 5I57B 4NF8B 1AOVA 1N7XA 3RPWA 1DPEA 3PUVE 4NF6B 3K00A 2F6PA 5FHOA 5M2VA 2QS1A 2NXOA 4GL0A 3ZSFA 3IX1A 4IB2A 3K02A 3PD8A 4DZ1A 1TFAA 2AYSA 3FXUA 3M3LA 2Z8EA 3GZGA 3SEUA 1MQDA 2F5XA 2X7QA 5I57A 4X9TA 1XS5A 1H76A 4NF8A 1B5IA 4JWYA 4NF6A 1R9QA 2UVJA 4GFRA 2DXRA 4WXJA 3LUYA 4HW8A 1JVYA 1HSEA 4LONB 4ZEFA 2F8DA 5CMCA 2Q89A 3RTFB 1MY4A 2F97A 4YICA 2VHAA 2OBGA 3MVWA 4PETA 2UYEA 1ZU0A 4GL8A 4DCXA 1M5FA 1XT8A 3EF7A 3WAEA 3OELA 1MG1A 1B7HA 4EXLA 2QL3A 4DLDA 4IO5A 3C35A 3FATA 2FYIA 4LZ5A 4MLVA 3JYRA 2O7IA 5CMKA 3EHTA 4FATA 2Y7PA 1OLCA 4PQJA 1YCJA 2I0BA 3ZKLA 1JW1A 1PB8A 1M5EA 3HPIA 1I6BA 1SYIA 2DS9A 2ZNSA 1B3EA 3CFXA 1LAHE 2YLNA 5DVJA 3T96B 4QSDA 5K2YA 4POXA 1SI0A 3VDFA 3LSXA 1SW4A 2UVGA 2XXPA 1ANFA 4YKKA 2XHDA 2XD3A 3CRBA 2AIXA 1KWHA 1OQHA 2QS4A 4XKRA 1F9BA 3M3FA 1N76A 4QSCA 2I3VA 4C1TA 3O97A 4IY5A 2F34A 3IO4A 2Y7RA 2YPNA 1B3FA 2RC8A 1BLFA 3R7XA 2Q8JA 3EN3A 2QMXA 1A55A 3PGFA 3OSRA 5DEXA 4UACA 1BP5A 1NNFA 4ELOA 1URGA 3L6HA 2A5SA 2HXWA 3IK6B 4ZEBA 2OWTA 5IKBA 1FQCA 4FE8A 4ZEKA 4F1UA 4AB6A 4KYDA 3FJMA 3HSTA 4KD5A 3H4ZA 3O6HA 5I58B 3O9PA 2HQ0A 4GXSB 3A3CA 4FJPA 4F29A 1B3LA 1Y3NA 3QUJA 2DWAA 2D3IA 3PPOA 2H25A 5FHNA 3FD3A 4O3CA 2HFBA 4GD5A 3UN6A 4DXCA 3V8XB 2I4BA 3E3KA 4IO7A 2IEEA 2V93A 3ILTB 4XKPA 3MC2A 3TQWA 1NL5A 1IQ7A 2OJTA 5I58A 2WKYA 3PMXA 1QJMA 3TFLA 4EF2A 2NWJA 3FV1A 4M1VA 1MXVA 3UA8A 1VFEA 2Z23A 3CI8A 1YTVA 2CZLA 3PU5A 3K6UA 5ELVA 4ZZAA 1EZOA 3B7DA 2HAUA 4O3AA 4YAHX 2Z8DA 4MF3A 4R72A 1A99A 4MFIA 4RA1A 2Q2AA 3H6WA 1Y1MA 3GBAA 5BWJA 2H98A 2OK2A 2PT2A 4Q0CA 1NNPA 3TPAA 4M4GA 4RK9A 1XHYA 3VFJA 4F18A 1MY0A 3G3FA 3UK4A 2XXTA 3TKDA 5F1QA 5DVFA 4LUBA 3DP4A 1S7YA 2HZLA 3IOWA 5CRYA 4KYEA 3Q26A 1FQFA 5CC2A 1I69A 4U4SA 2ZXTA 1LGBC 1FTLA 3IAZA 3N6UA 4NF4B 1O64A 3SKPA 3IR1A 3KG2A 4IGRA 3HHGA 4OFLA 1IZ1A 1VSOA 1USYH 4QHQA 2BJJX 1QUIA 5JTYB 1OVBA 1MDP1 1TT1A 3E9XA 5CMMA 1JW4A 2A5TB 3MBPA 3QK6A 1SI1A 2DQVA 4Q8RA 1NKXA 5AE4A 3FJGA 3MAMA 1TWYA 2Y7IA 4I1DA 4NF4A 5CBRA 2F78A 3PPNA 2REJA 2PBWA 2ZNUA 4PFUA 3MZ9A 1DOTA 2VP1A 2FA7A 1EH3A 1FW0A 5JTYA 4YKJA 2Q9TA 3VXBA 1JNFA 3D4CA 4EQBA 3G3JA 1LFGA 2A5TA 4RNSA 1MPCA 1QUJA 3K0VA 3CFLA 2M8CA 4IO2A 3S4UA 4E0WA 3I3VA 3MVZA 4G68B 3KFMA 1ATGA 1D9YA 2O69A 4OWDA 2O7UA 4ZDMA 4I62A 1YPNA 1LCTA 2PYYA 4N6PA 4F3SA 3G3HA 3DP6A 4ND9A 4FEBA 3LSWA 4DE8A 3RY3A 3RUMA 1POY1 2IA4A 4LQ5A 4O3BA 4TQUQ 4U21A 3G7WA 4OYVA 5DT6A 2R6GE 3OO6A 3W9WA 3MUQA 3N26A 5F7VA 4G68A 4YB7A 3FIRA 1MS7A 1B0HA 2H99A 4GOTA 4U1OA 4LZ7A 4YKPA 1PEBA 2RCBA 3TCGA 3TYHA 3VVDA 2QMWA 5L9OA 1XVXA 3BFTA 2PT1A 1B40A 1IIWA 2VGQA 2D21A 1T0KA 4PFTA 2QSXA 3ZKKA 3FV2A 3E4RA 4ZEIA 1P1OA 3SDFA 3TTKA 3TAJA 2LAOA 3JZJA 2HAVA 2X7PA 1B4HA 3IB1A 4NF5B 4TOZA 3C34A 5K2XA 4KYSA 3U1OA 3H03A 4BDLA 3BBRA 3D4GA 4YB6A 4XKNA 2ONSA 2D5WA 4JDFA 3KSXA 1B9JA 5I2NB 3I6VA 3FVOA 2UVHA 1AL3A 4XIGQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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