3O99A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd13
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o99A00
1A94A 3QP0A 1ZP8A 4YE3A 1HVKA 1B6JA 2V13A 5P6GA 3VUCA 3OUCA 3G6ZA 5KOSA 3SACA 3ZOVA 3PSYA 3OHHA 2G24A 5OZFA 1XDHA 3Q3TA 5P2FA 4F73A 3WB5A 3O9LA 4JPEA 3OQAA 2HB4A 5P58A 4AUCA 1HPOA 5P2VA 2QAKA 2FNSA 3UQXA 1W50A 1FG8C 4JP9A 3I6OA 5P8EA 2I4DA 2I0AA 3EL9A 2NXLA 1A9MA 3RSXA 5P5BA 1YT9A 4ER4E 4GMIA 3IGBA 5P0ZA 3OGQA 3PWMA 5P5WA 3FKTA 5P02A 5P5LA 4I0ZA 1G0VA 2I4VA 5P2WA 4CPRA 4L1AA 4OD9A 1HOSA 5P1QA 2ZE1A 3GI6A 3VV8A 5AH7A 1GVTA 2IGYA 4Y57A 4Y9WA 4B1DA 4Y5PA 3TKWA 5P74A 2FXEA 2XFJA 5AHBA 1YTGA 3T6IA 1DIFA 5P7XA 3CKPA 2PYNA 4ZE6A 3VYDA 3MSKA 2QZKA 2MIPA 5P5VA 4EQ0A 5E5KA 5P83A 5OYWA 3S43A 1ZJ7A 4Y3TA 5I3VA 5KR2A 5P09A 4FSEA 5P8QA 2B42A 5P6DA 4Y4BA 5P2BA 3LIYA 3TPPA 2OHMA 1HTEA 5P1EA 2P83A 1HPSA 2O4LA 3QROA 3EL0A 2NPHA 5P6OA 4Z4XA 5P7RA 4Z50A 3GI5A 5P82A 4D88A 5P8HA 2B7ZA 1BDLA 5P17A 3Q4BA 1K6CA 5KQZA 4U7VA 1BXQA 4NJTA 1TCWA 4FM8A 5P60A 4TRZA 1HXWA 2FDPA 4LXAA 5P1MA 1META 4K4QA 1FQ8A 4Y3ZA 1K6PA 3UDHA 3I2LA 2G20A 2I0DA 5P0FA 3ZKMA 1E80E 3PB5A 1UH7A 5P4XA 1FMXA 1WBKA 4Y36A 1WBMA 1YX9A 1XS7D 2AVMA 2RKGA 1APWE 5P36A 2AVVA 5P3EA 5P3YA 3NR6A 3PM4A 5P3HA 5HDVA 1EC0A 3CIDA 5OZQA 5FIVA 3O9HA 5DR3A 5DQ5A 1GKTA 4DJPA 4DJWA 1AZ5A 3BHEA 3S53A 2NTRA 2VA5A 4FGXA 3AIDA 2Q63A 3ZMGA 5OZYA 3AUPA 5P7OA 5P7GA 4LP9A 3DV5A 4I0JA 2VIZA 5DPZA 5P0QA 4Y37A 1EBZA 1CZIE 7UPJA 5P3QA 5P0JA 3EKVA 3SA3A 5P0BA 2B60A 1FFIC 4ACUA 4GJAA 4Y51A 4H3IA 1ODWA 3NU3A 4ER1E 5P5FA 1ENTE 3BVBA 3OXWA 4KUPA 4L6BA 5P1FA 3PLDA 4I0IA 5P72A 5P2XA 5JFPA 5P2KA 5P1LA 5P5GA 3SABA 3OWNA 6FIVA 5P84A 4BFBA 5P89A 5P29A 3EKPA 4H3JA 3KDDA 4Y5EA 1MRXA 2FLEA 3DV1A 5P2SA 3SA8A 2I4WA 5P8VA 5P45A 3CMSA 1W5YA 3KF0A 1EBKC 3FNTA 1AAQA 3VF7A 3GI4A 1G6LA 3QRSA 3EMYA 2HS1A 4Y47A 4Y3NA 4TRYA 1FLHA 1APTE 1IZHA 5P2CA 1GVVA 3EM6A 4Z2ZA 9HVPA 4EXGA 3NDTA 5P14A 1HPVA 4DJYA 4QJAA 5DR0A 4J55A 1BBSA 2JE4A 1MTBA 5P70A 1QBSA 4Y4AA 4BFDA 1MT8A 4I0HA 2G1YA 2VA7A 5P6XA 1M4HA 1HIHA 3OOZA 5BRYA 4RRSA 3LZUA 5P4YA 3R0YA 1SDUA 4J1EA 1FQXA 2XYEA 1W5VA 3O9IA 1LF4A 4OBZB 5I70A 2AOGA 4LBTA 5OZAA 3VG1A 2G1NA 4RROA 4UPJA 3PCZA 5P3OA 4F75A 4Y3HA 4FRKA 5IVSA 2WHHA 2IRZA 3BXSA 4A6CA 4Y5NA 5PEPA 5P5QA 2PWRA 5EZZA 5P6IA 3N4LA 1U8GA 3DOXA 5BWYA 3M9FA 3OTSA 2CENA 4Y4UA 5P64A 3INDA 3IVHA 4Y3SA 3RTHA 3KFNA 4FS4A 5P6QA 4B72A 3RVIA 5C9FA 4HLAA 4KE0A 4XX4A 5HDUA 5P42A 5P65A 1AM5A 1PPLE 2AOCA 2QI1A 3SA9A 1ME6A 5P0UA 5OZTA 2QI6A 5P4TA 4IVSA 4FL8A 3EL5A 4CPQA 5P7HA 2CEJA 1ODYA 5P1KA 1M43A 5HCTA 4YBIA 3IXOA 4Q1NA 4YCTA 1EBWA 2P3BA 1IBQA 5KQYA 4GYEA 2IENA 3F9QA 1LYWA 3EKWA 4Y43A 5OZSA 4Y5BA 1SDTA 1D4HA 4EJDA 1K6VA 4Q1XA 1Q9PA 1SGUA 2HB2A 3UQPA 4LAPA 2WJOA 1ZSRA 5SY3A 5P4ZA 3OHFA 1FG6C 2QU3A 5B18A 1SH9A 1ZAPA 5OZUA 1HTGA 1NH0A 4J0ZA 5P6TA 2WECA 4B1EA 5ENKA 5OZKA 3APRE 1W5WA 1E81E 1OEWA 4A6BA 5P8LA 2BPYA 3EKQA 3OXXA 3SKGA 1KJGA 5P8OA 4LL3A 5OYSA 1HEGE 4DI2A 2G94A 2PH6A 5ISJA 4D85A 4EJLA 2PMAA 2QI5A 3B7VA 4H1EA 5HDZA 5P7UA 3EKXA 5P4EA 3INHA 3K5DA 3QN8A 4FRIA 1D4SA 3GGAA 5DQ2A 4J1FA 3PLLA 5P1SA 2SAMA 3ZL7A 1IDAA 4Y3PA 3ZKSA 3WZ8A 5P3WA 4DQHA 2V0ZC 3WSJA 4EP2A 1HTFA 5P6UA 2VIEA 4YD5A 2V10C 1TSUA 5C9BA 2BBBA 4GJ7A 1FGCC 1DPJA 3FNUA 5P3CA 5OZ1A 1QBTA 5I3WA 2F3KA 1RL8A 4R8YA 2AQUA 1T7JA 5P37A 3FSMA 5JG1A 4Q5MA 1EEDP 5P3PA 5OZRA 3I7EA 3ZLQA 5P2TA 1GNOA 1XN2A 5P6JA 5T4SA 3BGCA 5P01A 2WEZA 3H0BA 4Y5KA 2NXDA 3OADA 1PROA 5KR0A 1C6XA 6APRE 1FQ5A 4CP7A 3IAWA 3KDCA 2FS4A 3OADB 3L38A 4J1HA 5P2GA 3OK9A 5SZ9A 3SLZA 2OHPA 3TPRA 3WZ6A 5F00A 1B6PA 5P5ZA 3QVIA 5P0TA 4OBHA 1TSQA 4DQCA 5CONA 3O9FA 3OUDB 5P07A 4FM6A 1DP5A 2Q11A 3FX5A 4RCFA 1LF3A 3Q6YA 3OU4B 2G1OA 1IZIA 5IVQA 2ER6E 3LIVA 3GGVA 1HVLA 3BUHA 5P6ZA 4Y45A 1IIQA 2QNQA 5P7VA 3OUAA 3KM4A 4ZPGA 2PK5A 4J0VA 5OZOA 5P47A 1MUIA 1XE5A 5P43A 5OZZA 4R91A 3FIVA 4AA9A 2Q3KA 4YDFA 1LYBA 3HLOA 2A4FA 5HVPA 1W5XA 3K5CA 4Y4TA 5P2ZA 5P6RA 2H6SA 3NXEA 2QD7A 5P26A 5P27A 2JYSA 5P11A 2IDWA 5OYZA 1EPNE 5P5MA 2QCIA 5P1DA 2ZJKA 4OC6A 3ECGA 1RNEA 3SM1A 3EC0A 3PSUA 1OEXA 4RCDA 5OZ9A 5P8FA 3R0WA 4J0YA 5P1YA 2AVOA 4HEGA 3HAUA 5P4DA 5P22A 1BV9A 4L7HA 6UPJA 4Y5GA 3UCBA 3VCMA 5P5SA 5P4PA 2VIYA 2B8VA 5F01A 4YD7A 2OF0A 3VLBA 5P1HA 3BUGA 1HSHA 4DJOA 5DR8A 4FIVA 3CKTA 3O9LB 5ER1E 4J1IA 4ZPFA 5P4BA 4Y38A 4RRNA 3CYWA 3PI0A 2PSVA 3DUYA 2Q54A 5OZ7A 4DPFA 1UPJA 5P1GA 2R43A 4I0EA 3UDNA 4B77A 1NSOA 5OZNA 5P1OA 4AZYA 2FIVA 3PI5A 1XE6A 2QI0A 5P2RA 4L1AB 4OD9B 5P68A 5OZ2A 4I10A 2OHTA 1RQ9A 3PSGA 2H6TA 5P0IA 5P5RA 2OHNA 5P5KA 2AODA 3PEPA 2ZHTA 1AXAA 2QP8A 3NU6A 5P32A 2OHKA 4X2LA 3KYRA 2AZ8A 3NLSA 3O9BA 1IZEA 4Y4JA 3UTLA 3KMXA 1BVEA 5P7CA 1K2CA 5P6AA 3L5BA 4YOAA 3VSXA 5KR8A 5P3FA 5P8KA 2RMPA 3S43B 3QS1A 2ER7E 5P2JA 1KZKA 1PPKE 3FNSA 4Y41A 4CPSA 5P2UA 1MSNA 3SA6A 4Y54A 3FV3A 3ZKGA 4DJXA 3BVAA 4L7JA 3K4VC 1SDVA 1VIKA 2G22A 4K8SA 5HU0A 5P76A 3T7PA 2OHLA 5P8BA 4DVFA 5P13A 3VYFA 1E5OE 4EYRA 5OZWA 5P8UA 4XXSA 3PHVA 4FLGA 3K1WA 5DR4A 4FRSA 1HWRA 1DW6C 3OQ7A 3ZKQA 4CPWA 1MERA 1LV1A 5P8NA 5P0WA 2OAHA 3NU5A 1B6MA 1A30A 4BEKA 2IL2A 3QIHA 4J0TA 1EC2A 3PBDA 1W6IA 1RPIA 1GVXA 2QZLA 2ER0E 4XX3A 1C70A 2G69A 2P4JA 1HVHA 2Q15A 3H5BA 3UDPA 4NJVA 4DUSA 5P0XA 2Q64A 3I8WA 5P4HA 3UDJA 5P6WA 3SKFA 3U6AA 1SIVA 3ZKNA 5OYRA 5I3XA 4PEPA 4Y3XA 3SAAA 5P15A 4LXKA 2IEOA 5HCOA 5P6HA 3D1XA 3NWQA 5P5PA 4M8XA 5P19A 5JODA 5OZ0A 5OYUA 5P41A 5P6BA 5P5YA 4ZEAA 3O99A 4Q1WA 4WY6A 5P0AA 2F8GA 2ZJHA 4K4RA 5P06A 4BELA 3LNKA 4JOOA 3PVKA 1LZQA 4GJ8A 1K2BA 4DQBA 1LYAA 3INFA 4HVPA 1FIVA 4J0PA 1FQ7A 3OGPA 4FSLA 4YCYA 5P04A 3EL4A 3LZYA 4NJUA 1KJ7A 4CPTA 2Z54A 3D3TA 2FDEA 1VIJA 4Y5MA 2BPZA 5P4WA 5P4KA 4GJCA 2ZHUA 3KA2A 4E43A 4J1KA 1HXBA 1MVPA 5P67A 3EXOA 3OAGA 1IVPA 1PPME 5IVRA 4ZPEA 4Y3YA 2NNKA 3ZPSA 5P33A 2HC0A 2ZDZA 3QBFA 4R5NA 5AH6A 5P8JA 2BQVA 3D1YA 4B00A 2O4SA 3IN3A 5P4VA 5HE7A 3SO9A 1JLDA 5P79A 3KT5A 1B5FA 2QK5A 4H3FA 1ZPKA 3CKRA 5P0GA 4RYCA 5CLMA 5P39A 3HZCA 1B5FB 3IXJA 2HPFA 3MXDA 2QZXA 4ZIPA 5P25A 4RCEA 3UDQA 2O4NA 4QJ8A 3QRMA 3OU3A 3SFCA 1MIQA 3KN0A 2IQGA 5P54A 4RLDA 4APRE 1HRNA 5P3MA 5P2IA 5P2LA 1BWAA 5KAOA 5I3YA 1W6HA 1D4IA 5P7DA 2VJ7A 1UH8A 4YOBA 5OZLA 2AOEA 5DGWA 4OBJA 1PFZA 3UFLA 1FEJC 3BGBA 2P3DA 4J54A 4ZSMA 3S56A 4KE1A 5OZEA 5P5TA 4EQJA 4DV9A 2UY0A 1GVUA 4YD4A 3IN4A 2AOIA 4DQGA 1BVGA 5P00A 5P5HA 2UPJA 3HAWA 2ANLA 3ZPUA 4D89A 5P31A 3UFNA 3EM4A 5P55A 3N3IA 1SMRA 2FNTA 5P5XA 5AH8A 3KFRA 2QNNA 5P5CA 4B0QA 4K9HA 1D4JA 3C9XA 2IGXA 4EPJA 3OQKA 5AH9A 3A2OA 3VLAA 1W51A 4F76A 4OBFA 4S1GA 3S7LA 3TOHA 3LIXA 5P8CA 3TOGA 2HB3A 2VKMA 1HVIA 5P3DA 3HD8A 2G1RA 3ER5E 5P5JA 5COKA 2R38A 5P8PA 3IXKA 5P1IA 2P8HA 1NPAA 1MSMA 3PCWA 5AHCA 5P5DA 3SQFA 1LF2A 2AIDA 1J71A 5P75A 1Z1RA 1FQ4A 3LZSA 2B8LA 2P3BB 2QMPA 1A8GA 1M0BA 1DAZC 1HSGA 1LYWB 2HS2A 5OZVA 5P3VA 3URLA 1HTRB 1FMBA 2AZCA 4EJKA 4Y53A 5P0RA 3OXVA 2PSGA 5BS4A 4KB9A 1HBVA 1NPVA 2JXRA 1YTIA 5P4OA 2WEDA 1HVCA 4XKXA 3KT2A 4MC1A 1QBUA 5P05A 2J9JA 3Q5HA 5J25A 4IVTA 2HPEA 1YG9A 2EWYA 1T6GA 5P0KA 5P5UA 2PK6A 4Y3AA 5P8RA 1K1TA 1TCXA 1GVWA 1EPQE 3S2OA 1C6ZA 4ER2E 2QI7A 1AVFA 2VNNA 4A4QA 2OHUA 5P30A 4FM7A 2XFIA 5OZDA 2ZGAA 4I8ZA 4TVHA 4EHCA 4PPHA 5P7KA 4MC2A 2O40A 5OZMA 4Y3MA 2PYMA 5P4GA 3BRAA 4JECA 5OZ8A 3UDKA 4CPUA 4AMTA 1T3RA 1FKNA 4FRJA 3UQWA 5IE1A 3HW1A 1MT9A 4RVXA 5P0HA 5P1RA 3JVYA 3L3AA 4J5JA 4R93A 5P3NA 4Y4XA 5ISKA 5C9DA 4FAFA 4Y3QA 5P03A 4Y3FA 3SA4A 3APPA 5P6FA 5HTZA 5E5JA 2R3WA 2RENA 1K6TA 2R5QA 3PGIA 7HVPA 5P1TA 4R95A 5P7FA 2ZYEA 3QBHA 5P4IA 4Y39A 5P51A 5P1VA 1BV7A 1AIDA 3ER3E 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A94 A;  3QP0 A;  1ZP8 A;  4YE3 A;  1HVK A;  1B6J A;  2V13 A;  5P6G A;  3VUC A;  3OUC A;  3G6Z A;  5KOS A;  3SAC A;  3ZOV A;  3PSY A;  3OHH A;  2G24 A;  5OZF A;  1XDH A;  3Q3T A;  5P2F A;  4F73 A;  3WB5 A;  3O9L A;  4JPE A;  3OQA A;  2HB4 A;  5P58 A;  4AUC A;  1HPO A;  5P2V A;  2QAK A;  2FNS A;  3UQX A;  1W50 A;  1FG8 C;  4JP9 A;  3I6O A;  5P8E A;  2I4D A;  2I0A A;  3EL9 A;  2NXL A;  1A9M A;  3RSX A;  5P5B A;  1YT9 A;  4ER4 E;  4GMI A;  3IGB A;  5P0Z A;  3OGQ A;  3PWM A;  5P5W A;  3FKT A;  5P02 A;  5P5L A;  4I0Z A;  1G0V A;  2I4V A;  5P2W A;  4CPR A;  4L1A A;  4OD9 A;  1HOS A;  5P1Q A;  2ZE1 A;  3GI6 A;  3VV8 A;  5AH7 A;  1GVT A;  2IGY A;  4Y57 A;  4Y9W A;  4B1D A;  4Y5P A;  3TKW A;  5P74 A;  2FXE A;  2XFJ A;  5AHB A;  1YTG A;  3T6I A;  1DIF A;  5P7X A;  3CKP A;  2PYN A;  4ZE6 A;  3VYD A;  3MSK A;  2QZK A;  2MIP A;  5P5V A;  4EQ0 A;  5E5K A;  5P83 A;  5OYW A;  3S43 A;  1ZJ7 A;  4Y3T A;  5I3V A;  5KR2 A;  5P09 A;  4FSE A;  5P8Q A;  2B42 A;  5P6D A;  4Y4B A;  5P2B A;  3LIY A;  3TPP A;  2OHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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