3O9EA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af60
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9eA00
5P1KA 5P3AA 4D8CA 2NR6A 1SBGA 1CMSA 3CIDA 5P2LA 4IVSA 3BUFA 3SA5A 4E43A 3CKPA 4Q1XA 1AAQA 2ASIA 4Y3TA 5P6UA 1J71A 4Z2ZA 4K4QA 5P3CA 1B6PA 4B05A 3A2OA 3APRE 5P1MA 5P0GA 3UQPA 5P0TA 2HPEA 5P76A 2HB3A 4NJUA 5P50A 5P8EA 1K6CA 1W5VA 4GMIA 5P3DA 3NDWA 2IL2A 2QMPA 1IIQA 2FGUA 3G6ZA 5HE5A 5P6ZA 4I0FA 3DV1A 1M4HA 5P32A 3QROA 1U8GA 4J1HA 4DJRA 3B7VA 5P07A 3TLHA 3U7SA 4TRYA 2G1SA 1Z1RA 2G94A 5P2MA 5OZKA 3OUBA 1EC0A 1YM2A 3IXKA 5OYQA 2FXEA 3KFSA 1XN2A 4Y6MA 4Y3XA 5AH6A 5P89A 3DJKA 3EL9A 5P1HA 2I0DA 5P37A 3VSWA 5OZIA 5P0MA 1HVCA 1K2BA 1M43A 2FDPA 4EXGA 1FMBA 3LIQA 1EBZA 3ZKQA 3SAAA 4EP3A 3OTSA 3WZ8A 1K6PA 2VIJA 4Y3QA 3OU4B 4ZSQA 1C70A 5P05A 5P0XA 1HHPA 3KYRA 4B72A 1MESA 4Y3NA 3DCRA 5P39A 4YD6A 3R1GB 5P46A 3NDUA 3RVIA 4Y3LA 1MPPA 3ZL7A 3LIZA 2G21A 3NU6A 5ISKA 3UDMA 3QP0A 4I12A 3QS1A 1IVQA 3RTHA 3HVGA 1D4LA 3FNUA 4JP9A 4DJWA 2Z54A 5I3XA 3EBZA 5P74A 3LZVA 4EYRA 1KJGA 4X7IA 2B7FA 3HAUA 2IENA 1NSOA 1QRPE 2BQVA 2QCIA 4A6CA 4APRE 3QI1A 5P6OA 3EM6A 3TNEA 7HVPA 1A9MA 3ZKIA 1ME6A 5P59A 3VYEA 4EP2A 2WKZA 5P34A 3TKWA 4CPRA 5P86A 3LHGA 5P5IA 4PYVA 5P7AA 2HS2A 3ZOVA 2P3BA 3O9IA 4IVTA 4Y3YA 2WEZA 1HVSA 2BPYA 2PYNA 2XFIA 4Q5MA 4YD7A 1EC2A 5OYXA 1BBSA 1AJXA 1LYWA 1SP5A 5P3GA 5P3OA 3UDJA 3UHLA 2OHSA 5P1IA 4YCKA 4R93A 2XYEA 3VF7A 1K2CA 4NPTA 5P4BA 2R3WA 3HBOA 3UDKA 1YTGA 2R5QA 5P8IA 2Q55A 1E80E 3PHVA 3I8WA 2O4PA 5P4UA 1B6MA 3DUYA 3HZCA 5P4EA 3U71A 1D4HA 2XYFA 3QN8A 5P8FA 5P1DA 2AVMA 3ECGA 3R0YA 3QVCA 5OYYA 4Y3ZA 1RL8A 4H3IA 5P7TA 5P25A 5P6XA 5P0JA 3UF3A 5P6MA 4I8ZA 4I0GA 3SA6A 3L5CA 4RYGA 1HPSA 5P2WA 1FQ7A 2ZHVA 5P7BA 5P6JA 3O9EA 5P2HA 3FIVA 2HB2A 1IDBA 4TVGA 3NU9A 5P6NA 5OYWA 4GIDA 5P79A 1NH0A 1A8GA 4H3GA 2BJUA 2WF0A 1HSHA 3SM1A 3GGUA 3QBHA 4YDFA 5P4ZA 1EBYA 3VSXA 4B00A 4Y3PA 1G2KA 3TOHA 2F8GA 4S1GA 4Y4DA 5ER2E 2O4NA 4ZSRA 5P0IA 4KE0A 5OZ4A 5P66A 2ZJHA 4RROA 3H5BA 4PHVA 3T6IA 5P13A 3LZUA 5P1VA 5P2EA 4FRJA 4FM8A 5P6BA 1APWE 5P7JA 3INDA 3GGVA 4DJOA 1DP5A 2Q11A 5DR3A 4R91A 4QGIA 3S85A 5P0UA 2OHQA 3KA2A 5DQ1A 1B6LA 3IN3A 4ZEAA 2FGVA 5P6RA 3C9XA 4DQBA 5OZQA 1XE5A 2B8VA 4CPSA 3MSLA 4Y53A 1LS5A 3VYFA 2HM1A 2G27A 2G69A 3NU5A 3KFPA 5P1OA 4ZLSA 4HDBA 3VF5A 4FRKA 2B42A 4LXAA 4YCTA 3SKFA 3DM6A 1QDMA 5P83A 5P5TA 4LP9A 5P3NA 3UDNA 2IQGA 3PSUA 1OHRA 3BVAA 1EC3A 3EKWA 1XS7D 4YOBA 1ZBGA 4GB2A 5P8JA 2ZHRA 3IA9A 2VNMA 1BDRA 5OZOA 1SGUA 5P5MA 3S8IA 4Y5KA 1TCWA 4Y4XA 5P1NA 1E5OE 5P38A 1CPIA 5HVPA 5P20A 3KDCA 2HPFA 3OAGA 2WEDA 5P88A 5OZGA 4R5NA 4XXSA 5P2JA 5OZ1A 5P3YA 4L1AA 1OEWA 2AVQA 3D1ZA 4Y4AA 5P15A 5SY2A 5KOQA 5P5OA 2QD7A 3EL0A 1AM5A 5P14A 4WY6A 1ZSFA 4L6BA 2ZJNA 4H3JA 1HPOA 1M0BA 5P3FA 1MRXA 5P0FA 3UFLA 5P8AA 2FS4A 3O9HA 5HE7A 2G22A 4Y4JA 5OZDA 1W5XA 3TTPA 2NTRA 4XX4A 3HVPA 1GNNA 5P06A 1FFFC 1AZ5A 2WL0A 5P1YA 3I2LA 2ZJIA 1Z1HA 5P19A 4FSEA 5P3KA 5P6VA 5P44A 2OHRA 3BGCA 5P6QA 4F75A 1Z8CA 1B5FB 3BXRA 4YD5A 3EKYA 3JVYA 4J0YA 5OZ9A 5APRE 3SQFA 3NDTA 3S2OA 5P4JA 1APVE 5I3VA 5C9DA 2PSUA 5P5SA 2QMGA 1EPQE 3OUCA 5P64A 4CPQA 4B77A 3URIA 1KZKA 5P5VA 1BV9A 5DQ5A 3FV3A 1QBSA 3LIYA 2ZYEA 4HZTA 2BPXA 5P8GA 1RQ9A 5C9FA 1BWBA 3OU4A 4DQCA 4J54A 2I4QA 4HEGA 5P5QA 4FIVA 5KQFA 2FNTA 4OBHA 3INHA 4HVPA 5DPZA 3BC4A 1HVIA 2NXDA 2P3DA 5P22A 4F76A 4EXHA 3GI6A 2VIEA 1A30A 1YM4A 1E82E 2PQZA 5P1AA 4NJTA 1LF4A 3MXEA 5P0KA 2OAHA 5P24A 5UPJA 2ER6E 4OBGA 5DR8A 3FSMA 5P3JA 4Y41A 1N49A 5P6CA 5P4NA 5P7LA 3PJ6A 5P8NA 5P0AA 5P45A 3FX5A 4DJVA 3L5EA 1HVHA 4I0HA 4R92A 5P1TA 4D85A 2WECA 5P04A 5P12A 5P31A 1MT9A 3Q3TA 4B0QA 4HDFA 5P7OA 3IN4A 4CPWA 5P8RA 1BILA 3L58A 3RTNA 5P4AA 2V10C 4B70A 5P11A 3PM4A 3MXDA 1W51A 5P5ZA 1HPVA 3LNKA 2WF2A 1META 5P5RA 1HBVA 5P8QA 4M8XA 5JFUA 2I1AA 2PWRA 3KN0A 3OAGB 5P33A 3UDRA 5P7RA 2PWCA 4J55A 3NUJA 5OZZA 4Y56A 4Z22A 4L1AB 5ER1E 4R95A 2F3KA 1MT7A 2J9KA 4TRZA 3UTLA 4JPEA 1IVPA 3LPKA 5P1QA 4Q1WA 4YOAA 1HVJA 5P3ZA 4DQGA 3ER5E 1B6KA 1HXBA 2AVSA 5KQZA 2QMFA 4I0DA 5P3TA 5P70A 4EPJA 3EMYA 5P2ZA 1PPLE 5TOLA 5OZAA 4B1EA 5OYTA 4HLAA 4PZWA 8HVPA 3O9BA 5P3UA 5P67A 5P0NA 3T7QA 3VUCA 4RGHA 4J0PA 5P47A 5P4GA 1EBKC 1LEEA 1HTRB 3LZYA 3LITA 3UDQA 4ACUA 4HE9A 5P4PA 2G1RA 2WF4A 1FQ6A 1MUIA 4DJQA 5P2DA 3O9CA 3OXVA 5P8CA 3K4VA 2IGYA 2JE4A 3DK1A 5P09A 5P2CA 2RKFA 4A4QA 3O9GA 5P0WA 4NKKA 5P54A 5P6HA 5P29A 1ZAPA 4DPIA 1QBTA 5P71A 5P51A 2CENA 5P5FA 5P6SA 5COKA 6FIVA 2AOGA 1YT9A 5P5WA 1OEXA 4Y43A 1FKNA 4Y3HA 2WEBA 3PEPA 4APEA 5P36A 3ZKSA 3VCMA 4RVXA 1MSNA 1ZJ7A 2EWYA 5HCOA 5P6GA 3D91A 3L5FA 4DI2A 1W50A 5P2OA 2QMDA 5P4CA 3GW5A 1HVLA 2Q63A 5IE1A 4Y5LA 4TVHA 3H0BA 5EZZA 5P8BA 2A1EA 5OZSA 2ANLA 5HDUA 2V0ZC 1BWAA 5P5DA 2WJOA 3GGAA 3TL9A 1ENTE 1CZIE 3ZKXA 3INEA 5P49A 3LPIA 1D4SA 5P4FA 2P4JA 3LPJA 1FQXA 5P8OA 5E5KA 5P2NA 4U7VA 4GYEA 3PLLA 2QU3A 2BBBA 4YBIA 5KOSA 1RNEA 1ZPAA 1ZSRA 2RENA 1TZSA 2O4LA 4LHHA 5B18A 5P5YA 5P2KA 2VA6A 1WKRA 3FNSA 3TOGA 3LIXA 2F80A 1UH7A 2QI1A 1T6EX 3L59A 5F00A 4X2LA 5P5BA 3BHEA 2V00A 5P3IA 3HLOA 5OZ8A 1HEFE 3S43A 3PRSA 4D89A 3G72A 4Y4WA 3I7EA 5DR1A 4J5JA 2QD6A 2I4VA 1T7IA 1EBWA 3QRMA 4QJ2A 1D4JA 3S53A 3B80A 5P1UA 4YCYA 3IXJA 3EKXA 3F9QA 5P2YA 5AHBA 5P0DA 3WSJA 1SIPA 2ZJJA 5KR8A 1MERA 2PMAA 2R8NA 2FNSA 3OOTA 5P6AA 4AZYA 4K4PA 5KAOA 3U6AA 4GJCA 3UPJA 5OZYA 2QI4A 2RKGA 4Y48A 5AGZA 4Y47A 2PSVA 1D4KA 1SGZA 3R2FA 2AODA 3NXEA 2PH6A 2BPWA 5P8SA 4EJDA 2NMYA 4Y39A 1EPRE 4QJ6A 3UQUA 4ZPGA 3TH9A 4FM6A 2AZBA 3PMUA 2IGXA 4D88A 1XE6A 4Y38A 5P26A 1APUE 3OTYA 3CICA 4CPUA 1HVKA 1AJVA 4M8YA 1B5FA 4Y5PA 2CEMA 4Y5EA 2FDEA 3L3AA 1B6JA 5P1CA 3O9LB 1T7KA 5P0HA 3TPJA 2PH8A 4UPJA 3KDDA 4Z4XA 1QS8A 3MSJA 3HAWA 1YTHA 1MSMA 5P56A 4Y4BA 3UQRA 3BXSA 1QBUA 5HDZA 4J1FA 5P69A 3SA7A 5OZNA 4EQJA 4ZE6A 5HD0A 5KR1A 4GJ9A 3VV6A 5P8VA 1UH8A 5P23A 1LV1A 4OBJA 4Y35A 5P2GA 3UQXA 1HWRA 3K5GA 2B7ZA 3NSHA 2NXMA 4HDPA 1BVGA 5P0OA 3NU3A 5P1JA 1IZIA 3TKGA 1BXQA 1QBRA 3OU3A 4QJAA 2P3CA 5DQCA 3Q6YA 1AIDA 2NXLA 3TPRA 2QU2A 5P8KA 5P40A 4Y51A 1E81E 5DR4A 2AOIA 5BWYA 4NJVA 4N00A 5P78A 4OC6B 5P84A 1K1TA 2UXZA 4I10A 2NMZA 2IKUA 2QI6A 5P0SA 1DPJA 4FAEA 5HU0A 2JYSA 3T11A 3CKTA 1HTGA 4BELA 2VKMA 5CLMA 1MT8A 3T7PA 3CYWA 4Y3WA 2OHTA 4MC9A 3S43B 4HA5A 3IXOA 3QIHA 3R0WA 4Y5GA 3G70A 3FKTA 2AOHA 4FCOA 4RZ1A 5P4TA 1NPWA 2QNQA 5OZPA 3NYGA 4JOOA 5P27A 1EAGA 3ST5A 5OZ3A 4ZPEA 2XFJA 4H1EA 3OU1B 3SA9A 1W6HA 2OHPA 5P30A 5P3PA 1BV7A 4TRWA 3LZSA 3OWNA 1IZHA 5P2IA 3T7XA 1ODWA 1A8KA 3SFCA 5P6FA 5OZ5A 5ISJA 4PZXA 5P4LA 4ZSMA 1A94A 4RCDA 4DJXA 3NU4A 1PSOE 4DV9A 5P6WA 2B60A 4JPCA 4Q1YA 1G0VA 4Y4TA 1ZTZA 3MWSA 2PK6A 4ER1E 5P2AA 4RVIA 3QPJA 4QLHA 3FNTA 2HS1A 2RMPA 2NNKA 3I25A 1ODXA 5P4SA 2RSPA 4XX3A 3TPPA 1AXAA 5OZCA 3OXXA 1FMUA 5KQYA 3HW1A 5P61A 2BKSA 4U8WA 5P2SA 4FSLA 5SZ9A 1EPLE 3PWMA 1SDVA 5P2FA 1KJFA 1YTJA 1NPVA 2ZHSA 3VFBA 1HOSA 3PBDA 2V11C 4J1EA 1SH9A 1NPAA 5P1SA 4FL8A 4OBZB 4Y3MA 4L7JA 2MIPA 3O99A 2Q54A 2VA5A 5P7QA 4PEPA 1HTFA 5COPA 2VJ9A 4YA8A 1FG8C 4Y57A 3OUDA 3ZPUA 5OZVA 2FDDA 2QAKA 4L7HA 3BUHA 3CKRA 5P08A 3CMSA 3NLSA 5OYRA 9HVPA 2OHMA 5P1GA 3L5BA 4DQEA 2P8HA 4Y5CA 1GVVA 4LXKA 3QBFA 4Y3EA 2AVOA 3OGPA 3OGQA 4K4RA 5P8UA 3UQWA 2Q3KA 2QI0A 3TPLA 5P5UA 2OHLA 2IKOA 5OZWA 5P48A 5P8PA 5P4WA 4MC6A 5P18A 1LF3A 5HU1A 2A4FA 4GJ6A 1FGCC 4Y36A 2WF3A 5P5AA 3PLDA 5P8HA 4YE3A 5P3SA 5P80A 1AVFA 5P5KA 1T3RA 1XL5A 3GGXA 3L5DA 2AOCA 2J9JA 5OZLA 1EEDP 3ZPTA 5DR7A 3SLZA 4FGXA 5P55A 2V16C 4Y4UA 3D1XA 3NUOA 3PSGA 3BVBA 5P01A 5P0ZA 2WHHA 2QI5A 5P7MA 2VIYA 2VJ7A 1SMEA 3PWWA 5OZJA 5P42A 3KFRA 3O9AA 3VEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1K A;  5P3A A;  4D8C A;  2NR6 A;  1SBG A;  1CMS A;  3CID A;  5P2L A;  4IVS A;  3BUF A;  3SA5 A;  4E43 A;  3CKP A;  4Q1X A;  1AAQ A;  2ASI A;  4Y3T A;  5P6U A;  1J71 A;  4Z2Z A;  4K4Q A;  5P3C A;  1B6P A;  4B05 A;  3A2O A;  3APR E;  5P1M A;  5P0G A;  3UQP A;  5P0T A;  2HPE A;  5P76 A;  2HB3 A;  4NJU A;  5P50 A;  5P8E A;  1K6C A;  1W5V A;  4GMI A;  5P3D A;  3NDW A;  2IL2 A;  2QMP A;  1IIQ A;  2FGU A;  3G6Z A;  5HE5 A;  5P6Z A;  4I0F A;  3DV1 A;  1M4H A;  5P32 A;  3QRO A;  1U8G A;  4J1H A;  4DJR A;  3B7V A;  5P07 A;  3TLH A;  3U7S A;  4TRY A;  2G1S A;  1Z1R A;  2G94 A;  5P2M A;  5OZK A;  3OUB A;  1EC0 A;  1YM2 A;  3IXK A;  5OYQ A;  2FXE A;  3KFS A;  1XN2 A;  4Y6M A;  4Y3X A;  5AH6 A;  5P89 A;  3DJK A;  3EL9 A;  5P1H A;  2I0D A;  5P37 A;  3VSW A;  5OZI A;  5P0M A;  1HVC A;  1K2B A;  1M43 A;  2FDP A;  4EXG A;  1FMB A;  3LIQ A;  1EBZ A;  3ZKQ A;  3SAA A;  4EP3 A;  3OTS A;  3WZ8 A;  1K6P A;  2VIJ A;  4Y3Q A;  3OU4 B;  4ZSQ A;  1C70 A;  5P05 A;  5P0X A;  1HHP A;  3KYR A;  4B72 A;  1MES A;  4Y3N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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