3O9HA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd26
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9hA00
2JXRA 4OBFA 4Y3DA 5P7SA 1TSQA 3URJA 1VIKA 5OZZA 3HD8A 5EZZA 5P0YA 1SIVA 1EPPE 1FQXA 4DQCA 2OHTA 4DVFA 3NDXA 5F01A 4ZSMA 4DH6A 1SGUA 5P53A 2B60A 4EHCA 2IL2A 5P67A 2MIPA 5P2GA 1YG9A 2VKMA 4GYEA 2APRA 2P3CA 3D1XA 2AOIA 1Z8CA 4DQGA 3APPA 2HB4A 5P0OA 3ER5E 4Y4XA 3O9HA 2HM1A 2BPWA 5OYSA 5P57A 5P4PA 3KFSA 3S7MA 3GGUA 1NSOA 1DP5A 1OD1A 1IZHA 2G1NA 3HVPA 1HTRB 3EKYA 4Y3FA 5P6TA 4CPTA 4CPSA 4RROA 5P63A 4I0EA 5IVRA 5HD0A 2RKFA 3ZKXA 3O9EA 5P4WA 4NPTA 1BIMA 4FAFA 3BUFA 3OXVA 5BS4A 1W6IA 1HVIA 1C6XA 5P20A 1KJGA 5T4SA 4CMSA 2QD7A 1LZQA 3SLZA 4LXMA 4DJYA 2H6SA 4OBKA 5P2RA 4QJAA 2FIVA 2NPHA 5P3ZA 3TOFA 2ZHVA 5P2NA 2OHNA 3OXWA 1YTGA 1E82E 4NPUA 5DQ2A 4FRIA 5P37A 4I1CA 3OU1B 1IVQA 3PGIA 2QHZA 3TTPA 5P3OA 5P60A 4JPEA 5P86A 5OZ2A 5P7CA 5COKA 5P3BA 3EKPA 5ISJA 5P18A 5OZFA 1LYAA 2P83A 3PB5A 1DMPA 3NU5A 3A2OA 1EPNE 4Y3QA 4Y3RA 5P3KA 2AOHA 5OZEA 5OZVA 4EXHA 2ZHTA 1A8GA 3DV1A 2AZBA 4DJVA 1AJXA 5OZAA 3WZ8A 5P4AA 3DV5A 1EAGA 3KF0A 5P4EA 3DCKA 4A6CA 5P3WA 3SA8A 2HS2A 4YD6A 5P7BA 2PH6A 1BILA 1MVPA 5P4UA 1DPJA 5P7LA 2OHSA 4B1DA 5P4YA 5P5PA 3IN4A 4H3GA 4X2LA 2QMDA 1EBZA 1KJ4A 5P12A 4XKXA 2O4NA 1U8GA 4Y9WA 5P6AA 3TLHA 1D4YA 2F3EA 4I0FA 3PRSA 2ZJNA 1YTIA 3D20A 4NKKA 4YD7A 2QZLA 5HDXA 1APWE 3EXOA 1FQ6A 1GVUA 5P24A 5OZ9A 1APTE 2I4XA 3U6AA 3NSHA 5P71A 2CEJA 3PLDA 3LPJA 5P5ZA 4APRE 2Q15A 3T7PA 5P2JA 5P73A 2G1OA 3ZLQA 5P55A 4CPXA 3UDHA 2NR6A 5P26A 1T6EX 4K8SA 5P6KA 5P87A 4JECA 5P3IA 3UTLA 4Y44A 5P4IA 5IE1A 2QMGA 2XYEA 3NXEA 3IAWA 4APEA 4CPRA 4KE0A 3Q4BA 4D88A 3O9CA 2ZE1A 2QP8A 2B7ZA 1T7KA 3DCRA 5P1BA 5OZSA 3ZOVA 2FLEA 3QIHA 4Y3LA 5P27A 4R8YA 3INFA 4R92A 1W5XA 5JFPA 4FSLA 2JE4A 2R5PA 2I1AA 1LF2A 2OF0A 2PSVA 4GJ7A 3UFLA 1LYBA 5P8SA 1UH8A 4Q1YA 4Y4GA 5P17A 4HDBA 5P6FA 4GJ5A 5P84A 3APRE 1SDVA 5OZRA 5JG1A 1B6JA 5OZ0A 5P1IA 3TH9A 4H3FA 5P8KA 3JW2A 4OBGA 1MT9A 4PHVA 5DQCA 4Y3YA 1RL8A 4OBHA 2O4LA 4QJ2A 5P1OA 1XE5A 4EP3A 2OAHA 3R0YA 2PMAA 1B6LA 1ZPKA 1FIVA 4RZ1A 3PHVA 4R91A 3U71A 5OZ4A 5OZ1A 1UH9A 4D85A 4B77A 4EJLA 3MSKA 5C9DA 3LZSA 5OYXA 3OADA 2P4JA 5P5HA 2ASIA 3MXEA 4YE3A 1HIHA 3SA6A 3NLSA 2P3BA 4Y5MA 4DJRA 2HAHA 2Q64A 5P0WA 5P0PA 1OEWA 1K6CA 3FNUA 5P3FA 3EM4A 1ZSRA 1IDAA 2HIZA 3BGBA 5DGWA 4TRYA 5P2UA 3SACA 3LITA 5OYZA 3H0BA 5P1RA 4M8YA 4XX4A 5P2VA 5OZBA 2PH8A 5P2YA 3AIDA 4DQBA 5P83A 4S1GA 5P48A 3VSWA 1T3RA 4A4QA 1D4HA 5P7DA 4EWOA 3LIQA 4YOBA 3O9BA 2QD6A 4I11A 3UPJA 2SAMA 1UH7A 5P79A 3CKTA 1HTFA 3LZUA 4Y39A 5P1GA 3KFPA 5P3SA 1WBMA 5P2LA 2I4UA 3TL9A 2VA6A 4GMIA 4Q1NA 3SO9A 3NDTA 3NWXA 4QJ9A 1EC3A 2IDWA 5AH6A 2RMPA 2QHYA 5TOLA 2ZJHA 5P25A 5OZDA 3PM4A 3OAGA 2G24A 2WEAA 5P43A 5P75A 3O9DA 2VIJA 1WBKA 3NYGA 1QBUA 2NXMA 4GJCA 3S45A 1BXOA 4JOOA 1RQ9A 5P5DA 3K4VC 2FS4A 4L6BA 1C6ZA 3OXXA 5BRYA 3FV3A 4Y4BA 2R9BA 4ACUA 5SY3A 4LBTA 3NXNA 1ZP8A 2Q11A 4Y3MA 4Z2ZA 4Y5EA 4GJ9A 5P6RA 5AHBA 2NMZA 3LZYA 1EC2A 2PSGA 1K6TA 3OOZA 3BUHA 3RSXA 2FNTA 3OQFA 5P4XA 2B8LA 3Q3TA 3UDMA 4A6BA 5P38A 2AVOA 5F00A 4LXKA 5P0TA 1K6VA 5P4VA 3HAWA 1XDHA 2QI1A 5P8OA 5P5UA 1LYWA 2Q63A 3ST5A 3F9QA 1LYAB 3RSVA 5P3CA 3L5DA 4KE1A 3I6OA 4LXAA 2XYFA 3ER3E 2AOCA 4L7JA 5ENKA 5P74A 4FS4A 1HEGE 1CPIA 1T6GA 5EZXA 3KFRA 4QJ7A 4YHQA 5AHCA 3RTNA 3OTSA 5P1UA 4Y5GA 4QLHA 3D1ZA 1NH0A 4R93A 3PWWA 3PVKA 2BKSA 2AZ9A 4EQJA 3S2OA 4DFGA 3QBHA 2VNMA 3BUGA 4OBDA 2WF3A 5P3QA 4OD9B 5P2EA 3INEA 4DJQA 4MC9A 2PC0A 3LZVA 3PMUA 5P29A 5P62A 5ENMA 5OZHA 1G35A 1PROA 4Y51A 5P1LA 1D4SA 3EKXA 2F80A 4DQEA 5KQXA 3LNKA 5P2SA 5P5QA 3QVCA 4L7HA 1MERA 3HAUA 4I0HA 4K9HA 2VS2A 2I4QA 1HPSA 1D4LA 5P2HA 3PLLA 5HDVA 5P61A 2F3KA 5P54A 1YM2A 3S56A 4IVTA 4DQHA 4EPJA 4WY1A 1RNEA 5P2FA 5P5YA 3L58A 5BWYA 5P00A 1SH9A 5P78A 2FGVA 3EBZA 3LIZA 5P7VA 2ZHSA 4KUPA 5P1QA 5P28A 3AUPA 4U7VA 2P8HA 1BDRA 1XN2A 4GB2A 4Y3TA 4D89A 9HVPA 4HE9A 5KOQA 2FXEA 1ZJ7A 1W50A 5COPA 2VIYA 3SA4A 4H1EA 3GGAA 5P8PA 4OBZB 3PWMA 2BPXA 1GVXA 3PI0A 3PSUA 1FG6C 5DR4A 1B6PA 4RYGA 4Y5AA 5P05A 1SDTA 4Y50A 3RTMA 4B00A 1RPIA 3UDKA 4YA8A 3UQWA 4I12A 4RVIA 3OXCA 3S43A 3K5GA 2WEBA 5I3YA 4UPJA 5P22A 3S53A 4YCYA 2ANLA 5P72A 1FMXA 3SA9A 2WF0A 2AOFA 4R5NA 3L38A 1MPPA 5P6YA 1IZIA 5OZYA 3SABA 5P6OA 1T7JA 5P0HA 3QP0A 2QI3A 2I4VA 5AH8A 1Q9PA 3RTHA 5SY2A 3EM3A 4PPHA 2HPFA 1TSUA 5P5AA 2J9JA 4Y4EA 5P3DA 3BC4A 4Y43A 3FIVA 2V12C 1A94A 5UPJA 1D4JA 3WB5A 5P88A 4Y3WA 5P7OA 3VLAA 3CMSA 3G72A 3SM1A 3S7LA 2ZJIA 5C9BA 1PFZA 4OC6A 3I8WA 5AH7A 3L5BA 3EL9A 5P6ZA 1DAZC 3EM6A 5P1CA 4HDFA 1E80E 4DJWA 3NDUA 4IVSA 3I2LA 3KDCA 3OUDB 2R43A 1MSMA 2A1EA 4Y41A 1A30A 5P3TA 5E5JA 2PK5A 3LPKA 1M4HA 4LL3A 4XXSA 5P04A 3KA2A 4FGXA 4I10A 2I4WA 4I0DA 2PK6A 4HLAA 5P3AA 5P2XA 1K1UA 2EWYA 1YX9A 2PWRA 4Y36A 2P3DA 5P3PA 3NU9A 1EPQE 1HBVA 2HPEA 5P5GA 5P8VA 1BXQA 5P2DA 1FG8C 5P7XA 1F7AA 1BWBA 5P2IA 2AZ8A 3NUJA 4RYCA 2NXDA 5P10A 3WZ6A 5P0QA 5P6SA 3SPKA 1HVHA 3BXRA 3HVGA 4Q5MA 5P0RA 4YCKA 3GGXA 5P03A 5P4MA 3LIVA 5P6WA 4B70A 4EP2A 1FLHA 1J71A 1B11A 2OHUA 2AODA 3DM6A 5P3MA 5P1XA 2G94A 1XS7D 2BB9A 5CLMA 5P15A 3VV7A 3OAGB 4RRSA 2NNKA 4EXGA 1FFFC 4ZPEA 4J1HA 5KR0A 2O4SA 4J1EA 4EQ0A 1W51A 1FMBA 5P0CA 4F74A 3UCBA 5KR2A 5OZ7A 4YD3A 4Y3HA 1HSIA 2G1RA 5KQZA 3KN0A 3IXJA 1A9MA 3O99A 4D8CA 5P4RA 2OHMA 3VLBA 3B7VA 4FRJA 3BXSA 5APRE 4L1AA 2PYNA 1HEFE 4FL8A 2QI5A 5P8BA 1MT8A 3NWQA 1FGCC 2PYMA 2BBBA 4I0JA 5P16A 3VYFA 2PQZA 3KDDA 4F73A 4TVHA 1YTHA 4JP9A 1ER8E 5P33A 2VJ6A 3KT2A 2V11C 5OZOA 3S54A 1Z1HA 3HLOA 1FB7A 4DJOA 1HTEA 4QJ8A 1HVKA 2WEZA 1YT9A 1LYWB 5IVSA 3QROA 1ZLFA 5HCTA 1F34A 4Y3SA 1B6MA 2R38A 3OQ7A 3O9LB 1IIQA 5P64A 1E81E 5P0NA 5P11A 3CIDA 4YBFA 4J1IA 3WZ7A 2WF4A 1MUIA 5P5CA 5P4NA 5P7TA 4Y54A 1KJHA 1PPLE 3PBZA 1FQ5A 5P0AA 5OYWA 2ZJJA 5OZWA 5P35A 3UF3A 1LEEA 4CPQA 2UXZA 3OUAA 3EKWA 3UQUA 1ODYA 1AIDA 4GJBA 3TOGA 4J1CA 3KT5A 4GIDA 4Y3XA 1BVGA 5P1VA 1META 5P81A 4Q1XA 2BQVA 4ER4E 5OZIA 5P4ZA 5P2QA 5COOA 2G1YA 1XE6A 4RCFA 5P4GA 4FM6A 5P56A 3PCZA 1HRNA 1IVPA 2ZGAA 2QMPA 2AVMA 4YD5A 3ZPTA 1SMEA 1IZEA 4JPCA 2Q55A 4AUCA 4BELA 3OUCA 1YM4A 1BV7A 4H3IA 5P1EA 7HVPA 3R1GB 3UQPA 5P5BA 1HPXA 1HOSA 4YOAA 5P4SA 4J0VA 4TRWA 5P69A 4LHHA 5OYUA 3SQFA 4Y48A 2AVQA 1KJFA 5P6PA 2OHPA 4EJ8A 3GI5A 5DQ1A 3VG1A 2BPZA 5P82A 3T7QA 1B5FA 5P0SA 3H5BA 2ER7E 2Z4OA 2NXLA 5AGZA 1D4KA 1FMUA 1EPRE 5OZJA 2UPJA 2Q54A 5KR8A 5P1NA 3SM2A 3VF5A 4ZIPA 3K5CA 1ZBGA 3OGPA 5HDUA 1FFIC 2QNQA 4FAEA 1PPME 3GI0A 4EJKA 3R0WA 5P2OA 4U8WA 5P6MA 1BDQA 1LF3A 3OU1A 4I0IA 1YTJA 5P7MA 1TQFA 4FIVA 5P4DA 5KOSA 1FKNA 3EL5A 5P3UA 2QNPA 1A8KA 3TPJA 4AA8A 5HU0A 4PEPA 5P40A 2CEMA 4XX3A 5P07A 3CKRA 5P5FA 4I8ZA 5P76A 5OZLA 5P1WA 5P66A 3UDNA 5P2WA 5P8LA 4PYVA 1MEUA 2J9JB 3VEUA 3N4LA 4WTUA 1LV1A 4Y4DA 5P80A 3K4VA 1GNNA 5P7WA 2HS1A 2OHKA 5P5KA 2BPYA 3Q5HA 5SXNA 2WF2A 4ZLSA 3O9IA 3FSMA 5P85A 4OC6B 2IRZA 5OYTA 2R3WA 2FDDA 3EMYA 1SDUA 1AM5A 5P6VA 3S85A 4Y47A 2G20A 3LIYA 4Y5LA 2WKZA 3KM4A 3ZKMA 5P1YA 5P4CA 4H3JA 1CMSA 5P42A 1KJ7A 4RGHA 5P7HA 5P50A 3ECGA 4Y37A 5DR3A 4CPUA 2QI7A 4HVPA 2F8GA 5P8IA 3IVHA 4RCEA 4RLDA 5P36A 5IVQA 3O9AA 5OYVA 5P09A 1MT7A 3DUYA 3I7EA 4COEA 5P0XA 5ER1E 4DPFA 2NMYA 3URIA 1AZ5A 2G1SA 1XL2A 5P7YA 5JODA 3VV8A 6UPJA 2WECA 1G6LA 4Y6MA 3VYEA 4Y3ZA 5P2ZA 4Z50A 1EBWA 5KQYA 2J9KA 4Z4XA 1ZSFA 3OHFA 4FLGA 3B80A 5P0FA 5KAOA 5P0DA 1ZAPA 3QAAA 3NDWA 3PI5A 4FM8A 4CP7A 2WHHA 1QBSA 1APUE 3T11A 2IGXA 1APVE 3SA5A 1DW6C 3R4BA 2VNNA 4DJUA 3ZKNA 1QRPE 5OZ8A 2FXDA 4GZFA 1BAIA 3DOXA 3LINA 3N3IA 5P5OA 4Y3AA 1BWAA 3PWRA 3M9FA 4M8XA 1HVCA 1B6KA 4GJ6A 6FIVA 1HHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JXR A;  4OBF A;  4Y3D A;  5P7S A;  1TSQ A;  3URJ A;  1VIK A;  5OZZ A;  3HD8 A;  5EZZ A;  5P0Y A;  1SIV A;  1EPP E;  1FQX A;  4DQC A;  2OHT A;  4DVF A;  3NDX A;  5F01 A;  4ZSM A;  4DH6 A;  1SGU A;  5P53 A;  2B60 A;  4EHC A;  2IL2 A;  5P67 A;  2MIP A;  5P2G A;  1YG9 A;  2VKM A;  4GYE A;  2APR A;  2P3C A;  3D1X A;  2AOI A;  1Z8C A;  4DQG A;  3APP A;  2HB4 A;  5P0O A;  3ER5 E;  4Y4X A;  3O9H A;  2HM1 A;  2BPW A;  5OYS A;  5P57 A;  5P4P A;  3KFS A;  3S7M A;  3GGU A;  1NSO A;  1DP5 A;  1OD1 A;  1IZH A;  2G1N A;  3HVP A;  1HTR B;  3EKY A;  4Y3F A;  5P6T A;  4CPT A;  4CPS A;  4RRO A;  5P63 A;  4I0E A;  5IVR A;  5HD0 A;  2RKF A;  3ZKX A;  3O9E A;  5P4W A;  4NPT A;  1BIM A;  4FAF A;  3BUF A;  3OXV A;  5BS4 A;  1W6I A;  1HVI A;  1C6X A;  5P20 A;  1KJG A;  5T4S A;  4CMS A;  2QD7 A;  1LZQ A;  3SLZ A;  4LXM A;  4DJY A;  2H6S A;  4OBK A;  5P2R A;  4QJA A;  2FIV A;  2NPH A;  5P3Z A;  3TOF A;  2ZHV A;  5P2N A;  2OHN A;  3OXW A;  1YTG A;  1E82 E;  4NPU A;  5DQ2 A;  4FRI A;  5P37 A;  4I1C A;  3OU1 B;  1IVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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