3O9SA

Effector domain of influenza a/pr/8/34 ns1
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nonstructural protein 1
molecule tags Viral protein
source organism Influenza a virus
total genus 33
structure length 122
sequence length 122
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9sA00
3M5RA 3OA9A 3KWIA 3P39A 3O9RA 3O9SA 3O9TA 3EE9A 3P31A 2GX9A 3RVCA 3EE8A 2KKZA 4OPHA 2RHKA 3P38A 3D6RA 3L4QA 3KWGA 3F5TA 3O9QA 4OPAA 3O9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GTDA 4PQUA 3HI0A 2O8BB 3W0LA 4DFKA 2GWKA 5C25A 3E9PA 4AM7A 1S72N 4I6MA 4CEEA 4LFBK 4BRAA 2VWBA 3T1YK 2E4LA 3E66A 1M90O 3FZHA 1U2VA 4O0JA 3SUNA 2W6LA 3AVGA 3L3VA 3BY5A 3G0ZA 4X62K 1C0GA 2FBYA 2O8CB 4H5NA 2D0PA 4H0TB 5SZTA 4PKGA 4HVJA 3VERA 3VN5A 1GLBG 3L0QA 4CF9A 1KAXA 4WYBA 1D8YA 1HQEA 4CGIA 3A8YA 1X9SA 3CJAA 2P9SB 2P9NB 3U6FA 4CBUA 3PX0A 1Q9YA 1HYSA 2FBVA 1H1VA 4DR5K 4KBOA 4CJVA 2CH5A 3THXA 2E1ZA 3KKRA 3OA9A 1J5EK 1Y97A 3RMCA 3MXIA 1VQ9N 1QQCA 3K9JA 4Y1CA 1XQSC 4H5RA 5BRDA 2ITGA 3HVTA 4WQ5C 4EAHD 5M1KA 3DLBA 4A57A 3QDKA 4CFBA 1NJWA 2FF3B 3EE8A 5C2DA 1RFQA 3DOKA 3WNHA 3OYBA 4BWJA 3DXMA 2P9PA 4DTSA 4B9VA 3LZIA 4Z4EA 3HOTA 1EKEA 1DTQA 1ZBUA 4M3ZA 1QVFM 1D9FA 3AA3A 5AQQA 3VQ8A 3SQ2A 1N33K 1VSEA 3K0SA 2Z1IA 4JI8K 3CXCM 4BQZA 3AV9A 2D0CA 1MA9B 3FZFA 3TWHA 3NF8A 4GMJB 5KGXA 1VSKA 4X64K 4BC2A 3MECA 3EKUA 5AZJA 1RDCA 3UB5A 4BRDA 2FC0A 3V9SA 1T44A 2HOEA 4B9MA 3OYIA 3BGRA 3QBWA 5AJ3K 4FK4A 2V7YA 4DFMA 3T3FA 4KHNA 3FZMA 1IG9A 1KLNA 4BROA 3QNOA 1L3TA 1C0TA 1WSFA 4R5PA 4DS4A 3L2RA 4JD2A 1IKYA 5J2QA 4ELUA 3KLGA 3NDKA 3LL3A 3TI0A 2VYPA 1VSLA 3OTOK 1TYQB 4JKCA 4OPAA 5GAGP 3CM6A 3AVHA 4JEPA 4KI4A 1RDUA 4CJFA 4BR0A 4BVOA 3P83D 2O8CA 4EIAA 3JXUA 3S9HA 4WQ5A 4W5OA 4CCHA 1DKGD 2ASOA 3RVCA 3SPYA 4GKJK 2ZE2A 2GBZA 4YORA 4O8UA 5C42A 1Q86O 1NGEA 1YI2N 4CIGA 3VPZA 1JLEA 3DOLA 4HWIA 2ITMA 3UE5A 1SKWA 2O8DB 4CD3A 3D0PA 4RCHA 3AY9A 3P31A 2F8TA 3CJ7A 5BR8K 3HM9A 3IKMA 4OGCA 3KK1A 3R1XA 3EN9A 3IRXA 4XH1A 2P5OA 3H3OB 2HSTA 2Q36A 2D5RA 3VESA 1TL3A 2E2PA 3VENA 5JVGL 4OVLA 5AQSA 3TR8A 4W5TA 3O1BA 4JKEA 5KPRA 1N36K 1T8EA 4JN4A 2QA4N 1EETA 2V52B 4DV7K 3O3GA 4FSVA 4CEFA 4E1MA 4EZ9A 3LWLA 3D7EO 3CFRA 2WONA 2PAVA 5FPEA 4AH9A 3ITHA 4RWTA 3K2PA 3NGYA 2JLEA 3AO3A 1JL2A 4N41A 3C0BA 4CJLA 4JS5A 3RMAA 4IEEA 4E7KA 4LF6K 1JCGA 4BR2A 4PY5A 3V1OA 3KK7A 2P9LB 1KFSA 2YKNA 4TSXA 4IJAA 2QEXN 4I9QA 5E26A 3L2WA 1QSYA 4NYFA 4DTNA 3HP6A 4BC3A 3MXMA 4DV2K 3C7NB 2NRHA 4NO7A 4O5BA 1BHLA 4CZJA 4RW7A 3EKSA 4K42A 1JXEA 1U48A 2P9UB 2QXFA 3HPOA 4IXCA 3C94A 1ZBIA 1P8ZA 3DI6A 1NOYA 1E4GT 1JLFA 1O13A 4BRFA 1YUWA 4JHDB 4ZTJA 1VQ8N 1LAWA 3BP8A 3L2VA 5J2MA 3IFRA 1C0MA 1KQSM 4ID5A 3L3UA 1REVA 4ILHA 1NKBA 1RT2A 1GOCA 4H0YB 1BOTO 2UXDK 4KTZA 2RPIA 4OO1J 3A5OC 3KZBA 2QWLA 2G8IA 2DY4A 1RT5A 3VF2A 3LPTA 2G8HA 2OYQA 2DFFA 2IIRA 1OVYA 3DLRA 3GG4A 1HJRA 2KZZA 3O4WA 4M3XA 5E84A 4CJWA 2KQ2A 5KQ8A 1N34K 3WXIA 1RDWX 4B1VA 3ZYYX 1NGDA 2YHBA 1FJGK 5AQKA 1VRTA 2HF3A 4NCGA 4CHNA 5DMRA 1HR0K 1RCHA 4CJUA 1QHAA 3DJCA 1S3XA 3ZT4A 4W5NA 1S1UA 4FJIA 4LH4A 2HHTA 4JKFA 1EX4A 2ASMA 2E2NA 4DUYK 1I94K 1SUQA 4IWVA 3FFIA 4QOZB 3TAPA 2XO7A 1X9WA 4Z4GA 5I3UA 2YNFA 1MWMA 1HNVA 1HKGA 4BGBA 3M8RA 3OHRA 2E8AA 3KLHA 3DXKA 2NRWA 1SZ2A 5GIPA 1WSIA 4JI6K 4DV1K 4FJGA 3I33A 3M8PA 4MLHA 2BTFA 3ULEA 5I9EB 3HT3A 1UAXA 1K9MO 4BRNA 2UUAK 3RWUA 4H5VA 3G71N 5CE3A 1A5VA 4IKFA 1NGHA 1LW0A 1BU6O 2B6AA 3M3ZA 4GV3A 2RKIA 3G25A 5AQVA 4JI5K 1GOBA 4J8FA 4DQQA 3EZ5A 4BRHA 1HNXK 2GUIA 1NGAA 4CF0A 3WQUA 5M1PA 3VF4A 1IV0A 4B9UA 4H0XB 4J2EA 4N47A 1S9GA 2Z1GA 3VA3A 4IOAL 4BE0A 1HLUA 4FLYA 3CETA 4FWRA 3G10A 2ZGZA 1W9HA 3IDHA 3NVKA 1S6PA 5J2NA 1ASUA 3VQCA 3ZX2A 5M1OA 2PY5A 2YNIA 4DU1A 3CHWA 1BWFO 3AGKA 4E0DA 1NOZA 2FSNA 4CJSA 3TU5A 4OGEA 3V6DA 4CEAA 4OPJA 3KK3A 2Q1NA 4FWPA 3VQBA 4K8ZA 3LDOA 3P5JA 1VSIA 4NYNA 4JS4A 1C1BA 3V4IA 2E2OA 1RTIA 5JLFA 1IKXA 4DR6K 4E7LA 3HSCA 4AILC 3Q7BA 4I9LA 3HK2A 4WFBL 1N32K 3F73A 2HVHA 5ADXH 1TKXA 1IH7A 3A5MC 4MQ3A 1OVQA 3QESA 4B1WB 3ASMA 3M5RA 3D2FB 4CK3A 1JJ2M 5AZIB 2UXBK 1QTMA 3OJSA 3VQ7A 4EHUA 3TAFA 1GLEG 3J7ZO 1NU0A 3ID8A 3QFPA 3ZEUB 1KD1O 4CE9A 4FJKA 4CW7B 5JLHA 4FJMA 1S1WA 4LY7A 5LJVA 3WXKA 2RHKA 3UKUA 3ZX0A 4CZFA 1JLGA 3BZCA 3LAMA 4AHSA 4BREA 1WSJA 4ILGB 1V4TA 4CJPA 3J7AP 4CEOA 3VETA 1C1CA 1QQOA 3CCRN 2ZM6K 2A41A 1D9DA 1OH6A 2PYLA 4BRLA 1BIUA 2YHWA 1EWQA 1XHZA 4FW2A 3IMXA 4JI4K 3DLLL 4DG1A 2NRXA 1BA1A 4DQSA 1LV5A 1BISA 3QICA 2O8EA 1QQMA 2NLXA 1HPMA 2DTUA 3V81A 2WUSA 4HUGA 3SQ0A 1BL3A 3SCXA 3E9LA 1WB9A 3U3GA 3O4NA 1N6QA 4IDKA 1S1XA 2V51B 1YITN 1Q18A 1RT7A 1P90A 3FR0A 3SUPA 1VHXA 5BR9A 3AVIA 3QO9A 1EXQA 4PUOA 1NLVA 5CHIA 4AM6A 1RBVA 3DLHA 1GLDG 4JI2K 2HNZA 3QEXA 3E01A 4CJ3A 3HPHA 1W0HA 2HBKA 1TUYA 2BUPA 3GDQA 5EY4A 4FLWA 4B3OA 1KVAA 4E7JA 2X78A 2ZF5O 1KAZA 3OS2A 3HL8A 2O8FA 5BN8A 4MO4A 3AGRA 3FLCO 4DSLA 2WC9A 2HF4A 3LPUA 1D4XA 1NM1A 1F21A 3I0RA 1JCFA 4CJEA 4IFEA 3RMBA 1X1PA 4B9TA 2X6SA 1WAFA 3EY1A 1HRHA 4YNQA 4CZGA 2E20A 3NE6A 4KHWA 4G1QA 1BIZA 3CIPA 1BI4A 3K58A 5I42A 2GWJA 3LALA 1U47A 2XY7A 1NGGA 1WLJA 4JRQA 2OZMA 2F7TA 1ZYQA 4CHYA 4C1NK 1T03A 3ZT2A 1EWRA 3H1VX 4ZTFA 4FK2A 1RBUA 4CFCA 1RT6A 3TTFA 3QEWA 1TKZA 3LANA 2F8SA 1YF5L 5FPDA 1T05A 3QEPA 4JI0K 3LZJA 4IO9L 2HHWA 1E3MA 1FK9A 2ZJPL 1TUUA 3O1WA 2KW4A 4FXDA 4KHSA 3I8DA 5JMVA 3VOVA 3I55N 1X3MA 1K8KB 3SK3A 3H08A 4DU4A 4LC9B 4DTPA 1JKHA 4N76A 4AHCA 2P9IA 2B4JA 1S5JA 2A40A 1WUAA 1MDUB 3VGKA 3CJCA 3HYFA 2P9KA 4M63C 2IVPA 3CCEN 3NF7A 4XH5A 1YJ9N 1T3VA 4OJRA 4CJ5A 5AFUH 3CCMN 2KZMA 1XC9A 3SUQA 3UKRA 4C8OA 5BRHA 5HRSA 1J9AA 4YOVA 4BG8A 3V9XA 1VSHA 2PYJA 3MX5A 5C24A 4GVMA 1JCEA 2FBTA 4C1NI 1S1TA 4JI3K 3CQYA 3WQTA 2A42A 3S3NA 4DQIA 4H03B 5EXWA 2Q3SA 3O4QA 5F1XA 1SKSA 4QS7A 4FWMA 3AVJA 2GEMA 2IC3A 3C65A 4BC5A 4HTUA 4YOYA 4C8KA 4DTJA 3OW2M 3TAGA 4LD0A 1NK5A 2W42A 2IS3A 1QHTA 4FCYA 4FWKA 4DV4K 4DFPA 2NRTA 2QWRA 4CJQA 3AVLA 4BWMA 4CD1A 5F2RA 2QWNA 3CJ9A 5AQFA 3WEEB 5AQJA 2YHYA 1IG8A 3OYAA 3DRPA 3B6PA 2Q2RA 3P1GA 1KAYA 3QETA 5KTQA 1LWFA 1NKEA 4B3TK 2ZJQL 1RDAA 1A5XA 2D4WA 4IFVA 1WBDA 3J7YP 4E7HA 4DS5A 3HBTA 4FJHA 1YHQN 4IOCL 2O8BA 3AO5A 2PFUA 3HZ6A 5GINA 4X66K 4GVEA 3EL2A 4IFYA 3MN6A 2JWLA 4CK2A 3C95A 3HXMA 2RN2A 1RBRA 2WOMA 5FRNA 4DHYA 1QZ5A 4LH5A 3C6AA 3DWLA 1HPZA 1VK0A 3VEVA 3ZSYA 1Q9XA 3D45A 3ZSWA 5AQYA 4JKBA 2QI2A 4C23A 3J8AA 4KAZA 4PL7A 1U4BA 4B9LA 2P9SA 2P9NA 4JK7A 4O0IA 4AHTA 1U45A 3CYMA 1WSHA 5HL7L 3L6QA 4Z4FA 3PSFA 4GNIA 5KQDA 5GIOA 2QXLA 4YOXA 4HCCA 1Q7YO 1HQUA 3TSUA 4KB0A 1B9FA 3O80A 2HNYA 4JK9A 4YFUA 3D2EB 4HUEA 4J2DA 4FJXA 2P51A 1J53A 1KVBA 2JWKA 2HBJA 2HBLA 3KIOA 1K8AO 3AVBA 5AQLA 2HHQA 3TAQA 1TGOA 1N8RO 3VQ9A 2OPPA 3DLGA 3QBXA 4FM0A 3LP3A 3C6UA 1HMVA 4MLEA 3FGUA 1NK4A 4LFCK 5J1EA 4CK1A 4B9NA 5HP1A 1DTTA 4HHTA 2XHBA 4JKGB 3AVKA 4CIFA 3PLAA 3TTCA 5HBMA 3TSQA 4UY8O 2NRRA 3QFUA 2D1KA 1NK6A 4BDYA 1S6QA 4BVPA 4JI7K 2QKKA 3CQXA 4U67L 5BREA 1LOTB 3ZSZA 1Z6RA 2W6KA 3TAEA 2UUBK 3H6EA 3U9DA 1NBWA 3OS0A 4EP5A 3JSMA 4M3RA 5F0XA 5FDLA 4BE2A 1HKBA 1ATRA 4BRIA 3OYHA 4MDBA 4DTUA 1WN7A 2RE2A 4OLBA 3GE1A 3ATUA 3HSTB 3K5MA 5AQGA 3CFPA 3HTVA 1W7AA 1LCUA 4OKKA 4MFBA 2G8VA 3KTQA 3VEYA 5AQXA 4KTQA 4DR3K 4LF8K 1J54A 2JGUA 4Q5VA 4CZIA 3JS6A 4DTOA 3O3HA 1TL1A 2HB5A 5IWAK 3DAWA 1TYQA 3SNNA 1YVNA 4YHHK 1XNRK 3AAPA 3O6WA 3VQDA 4FL9A 1YTAA 1RT1A 3E1YA 1ATNA 4CBWA 4K43A 3MCPA 2Q31A 4I7FA 1BO5O 2A6AA 2NZTA 3KHYA 2GELA 4BRMA 1DEJA 5JICA 5J2PA 4EP4A 1RT4A 4DV5K 3V1RA 1IJJA 5CZ1A 4KRFA 1SAZA 4DQRA 2Y1JA 4F8RA 3VGLA 3MDQA 4OKEA 4CEDA 1VQPN 3NCIA 4DSKA 3TANA 1VSDA 2HHVA 4DKWA 2OTLN 2O8DA 2AJQA 4ZHRA 3D2EA 1IBMK 3K5OA 2ZGYA 3O8MA 3D6RA 4C8LA 4IJNA 1VSFA 3EZWA 4CFAA 3F5TA 4GV6A 4KB1A 4ILJA 3RR8A 5LL6Z 1NK7A 4KHPK 1JLQA 4CGGA 4H0OA 4BG9A 2HNDA 4CIEA 3LP1A 1T6CA 3ULDA 3ID6A 4FLVA 1ITGA 4CJ4A 1QQNA 4M42A 5JS1A 4KV8A 5EU7A 4NXMK 4PHTX 5AQPA 2Y1IA 2XY5A 3UIQA 4YOWA 3CC2N 5CYMA 3O9TA 4BR7A 5BPNA 1QVGM 1KFDA 1GLLO 4X65K 1ZC6A 2HMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M5R A;  3OA9 A;  3KWI A;  3P39 A;  3O9R A;  3O9S A;  3O9T A;  3EE9 A;  3P31 A;  2GX9 A;  3RVC A;  3EE8 A;  2KKZ A;  4OPH A;  2RHK A;  3P38 A;  3D6R A;  3L4Q A;  3KWG A;  3F5T A;  3O9Q A;  4OPA A;  3O9U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GTD A;  4PQU A;  3HI0 A;  2O8B B;  3W0L A;  4DFK A;  2GWK A;  5C25 A;  3E9P A;  4AM7 A;  1S72 N;  4I6M A;  4CEE A;  4LFB K;  4BRA A;  2VWB A;  3T1Y K;  2E4L A;  3E66 A;  1M90 O;  3FZH A;  1U2V A;  4O0J A;  3SUN A;  2W6L A;  3AVG A;  3L3V A;  3BY5 A;  3G0Z A;  4X62 K;  1C0G A;  2FBY A;  2O8C B;  4H5N A;  2D0P A;  4H0T B;  5SZT A;  4PKG A;  4HVJ A;  3VER A;  3VN5 A;  1GLB G;  3L0Q A;  4CF9 A;  1KAX A;  4WYB A;  1D8Y A;  1HQE A;  4CGI A;  3A8Y A;  1X9S A;  3CJA A;  2P9S B;  2P9N B;  3U6F A;  4CBU A;  3PX0 A;  1Q9Y A;  1HYS A;  2FBV A;  1H1V A;  4DR5 K;  4KBO A;  4CJV A;  2CH5 A;  3THX A;  2E1Z A;  3KKR A;  3OA9 A;  1J5E K;  1Y97 A;  3RMC A;  3MXI A;  1VQ9 N;  1QQC A;  3K9J A;  4Y1C A;  1XQS C;  4H5R A;  5BRD A;  2ITG A;  3HVT A;  4WQ5 C;  4EAH D;  5M1K A;  3DLB A;  4A57 A;  3QDK A;  4CFB A;  1NJW A;  2FF3 B;  3EE8 A;  5C2D A;  1RFQ A;  3DOK A;  3WNH A;  3OYB A;  4BWJ A;  3DXM A;  2P9P A;  4DTS A;  4B9V A;  3LZI A;  4Z4E A;  3HOT A;  1EKE A;  1DTQ A;  1ZBU A;  4M3Z A;  1QVF M;  1D9F A;  3AA3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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