The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
122
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structure length |
122
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
33
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPH A; 3O9U A; 3EE8 A; 3OA9 A; 3M5R A; 3P38 A; 3O9Q A; 2RHK A; 3O9S A; 2KKZ A; 3P39 A; 3KWI A; 3RVC A; 3L4Q A; 3O9T A; 3KWG A; 4OPA A; 2GX9 A; 3P31 A; 3F5T A; 3O9R A; 3EE9 A; 3D6R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FK9 A; 4FWM A; 2P9K A; 4DSI A; 4CBU A; 5HL7 L; 3FFI A; 3DLE A; 3QIO A; 5AQO A; 3HPG A; 3ZCM A; 4BDZ A; 1OH8 A; 2E6L A; 5J2Q A; 1RIL A; 1Q86 O; 2BGG A; 3TSP A; 3L4Q A; 1LW0 A; 2HB5 A; 3U9Z A; 4H5W A; 1C0T A; 2WON A; 3OTO K; 3CER A; 3DAW A; 5AQQ A; 4LF9 K; 4JKB A; 5M1O A; 1NK0 A; 3KLG A; 3CMA N; 3VQE A; 3EE8 A; 4BWJ A; 3CPE A; 1BCO A; 1NGJ A; 4RW9 A; 4RCH A; 1FKP A; 2VGN A; 1RBT A; 1JKH A; 3SLC A; 3J7Z O; 3DLK A; 3DLB A; 3TU5 A; 3LDO A; 1RBR A; 2O8D B; 3NGZ A; 1BU6 O; 4FYD A; 2F4V K; 4KHP K; 1HPM A; 5HRN A; 2D0C A; 3TAR A; 1KVC A; 1DTT A; 4NLB A; 3QIC A; 1BWF O; 4JN4 A; 4M3T A; 4DR4 K; 5BPN A; 1NMN A; 3HST B; 3L2W A; 4E1N A; 4CZE A; 1O1W A; 3QER A; 1VSE A; 3L2R A; 3PLA A; 4CJW A; 3LZI A; 1X9J A; 1EP4 A; 3DLG A; 3HP9 A; 4FJG A; 3FGU A; 1YUW A; 4CHN A; 5J2N A; 4NYN A; 4B9Q A; 4CEF A; 3QEW A; 3OBY A; 3NH2 A; 1YVU A; 1ESV A; 3S3M A; 1HQE A; 4DUZ K; 3AAP A; 3CC2 N; 3SYZ A; 1YTU A; 4AHU A; 4YOU A; 3O9R A; 5AQI A; 1VQ7 N; 3PSF A; 3LAL A; 2G8I A; 3PV8 A; 3LPT A; 2GWK A; 3ZSW A; 1HR0 K; 1KAX A; 4FLV A; 4KI6 A; 2QKB A; 5AQL A; 3CD6 N; 2YX6 A; 1LCU A; 1MA9 B; 4CJ5 A; 3FFK B; 4DFM A; 4J2B A; 5BRH A; 4BC4 A; 5BRF A; 4HHT A; 3TTD A; 2DY4 A; 3SAF A; 3SAG A; 4BRE A; 2A1R A; 1R0A A; 1SZ2 A; 1WSE A; 1L3T A; 3UE5 A; 3K58 A; 3NMU A; 4IO9 L; 2PZS A; 1IO2 A; 1Y64 A; 3NF8 A; 4DF8 A; 4JS4 A; 1NM1 A; 1NJI O; 1QSY A; 4B1V A; 4H0O A; 1QQM A; 1D9F A; 1HRH A; 1RT1 A; 3SQ2 A; 2D1K A; 1C0F A; 2VG5 A; 3MEG A; 4FLT A; 2HHS A; 4H5N A; 4PKG A; 1VSL A; 2NUB A; 4IXC A; 1DEJ A; 4AIL C; 4LF4 K; 3TAG A; 3P83 D; 4CVN E; 2D0A A; 3VGM A; 1D9D A; 1BL3 A; 4QS7 A; 1RDC A; 4CJE A; 2W41 A; 3K57 A; 1X3M A; 3RMB A; 3PX4 A; 3AO2 A; 2YKM A; 4JS5 A; 1Z6R A; 2EWS A; 2OTJ N; 3CI5 A; 4JKG A; 2F7T A; 2XRI A; 1NGE A; 4GV3 A; 3SBT A; 2QXL A; 2O8F A; 3T19 A; 3ZET A; 4FWL A; 5JS1 A; 4KB0 A; 2WTU A; 1HNI A; 4FO0 A; 1SL2 A; 1SKS A; 4DQR A; 3AVJ A; 3TAF A; 3V1O A; 1HUX A; 3OJS A; 2HND A; 4GMJ B; 3HI0 A; 3QML A; 2OZS A; 4BAC A; 3SAH A; 4ZTF A; 1VQM N; 4KAZ A; 4AF1 A; 4DSJ A; 4CZJ A; 1VQ5 N; 4BRO A; 4B3O A; 4CJP A; 4KBO A; 3KLI A; 5C10 A; 1NKB A; 3HTV A; 3L8B A; 1RBV A; 2WFB A; 3MMV A; 2JWK A; 4PKH A; 4B9S A; 4FM2 A; 2FXU A; 2PBD A; 2DFH A; 2QM1 A; 2FSJ A; 3ENB A; 2F96 A; 1GOC A; 2F9T A; 4IG0 A; 1C0G A; 1RDD A; 1YVN A; 3MEC A; 3MEE A; 4KRF A; 1KQS M; 3THX A; 4A62 A; 5AQN A; 1VQN N; 3GE1 A; 4M3W A; 4BVO A; 4DSK A; 3HJF A; 1QQC A; 1IKV A; 1W97 L; 3A5M C; 4FOI A; 5AQX A; 4FVM A; 2KZZ A; 4WFB L; 3AVL A; 3ZT3 A; 4CEC A; 4JD2 A; 1KVA A; 3QDK A; 1GOB A; 1CZ9 A; 4Z0U A; 4BC5 A; 4XEI A; 3VQA A; 1SS6 A; 4CZM A; 2WUS A; 3TPQ A; 4IJA A; 4GVM A; 4CJR A; 1EX4 A; 1Q9X A; 1ZBU A; 2P9I B; 1V4T A; 2ATQ A; 3D6R A; 4A61 A; 2BH1 A; 3QNN A; 4CGG A; 2UXC K; 3AVB A; 4O8U A; 4YOY A; 3S3O A; 1C1B A; 4I6M B; 1VK0 A; 3QFU A; 4YOW A; 4NXM K; 1S6Q A; 4M3Y A; 1L3S A; 1NKE A; 1TKX A; 2WC9 A; 1ATS A; 1YJN N; 1WAF A; 2V52 B; 2Z1I A; 4E7I A; 4FSV A; 4B8C A; 4WQ4 A; 3SZ2 A; 3CQX A; 2EX3 A; 4CIE A; 2YNI A; 1WLJ A; 5KPT A; 1TGO A; 1HKC A; 2O8D A; 1HNZ K; 3QLH A; 3FZH A; 3HSC A; 2UXD K; 3FLC O; 3H1Q A; 4YDU A; 1HNV A; 4NCB A; 2D0P A; 1CZA N; 4FJM A; 3WEE A; 3L2Q A; 3NH1 A; 4W5R A; 3O4Q A; 2GBZ A; 1LV5 A; 2P9K B; 3A2F A; 4HUG A; 5C2D A; 1MWK A; 3F5T A; 4RW6 A; 3WXL A; 4CD1 A; 4RW8 A; 4JI8 K; 4H4O A; 3HM8 A; 3ZSO A; 3NCI A; 2QWQ A; 3BZK A; 4DHY A; 4JRP A; 1HNW K; 2BAN A; 4FWK A; 3AA3 A; 4ISE A; 5AQG A; 4KTQ A; 1ZBI A; 4YOR A; 4W5O A; 3VEN A; 3CME N; 5EXW A; 2KFN A; 4KO0 A; 3TAM A; 2I7N A; 4M42 A; 1NK8 A; 3C6H A; 3TAP A; 1ASU A; 4N41 A; 1YIJ N; 1FW6 A; 3CCJ N; 3HP6 A; 3DOK A; 1BG3 A; 3C95 A; 4ILJ A; 2DFE A; 5TKW A; 3C65 A; 4HUE A; 4BRK A; 5C12 A; 5GAE P; 4MQ3 A; 3ZX0 A; 1TKT A; 1EQY A; 3G10 A; 1JL1 A; 5AQR A; 5FRO A; 3J81 O; 3VA0 A; 1BIS A; 3OYI A; 3AVG A; 3W3D A; 4BY9 C; 1SQK A; 4N5S A; 4H03 B; 4EHT A; 4B9M A; 4H0V B; 5CYM A; 3IKM A; 1W0H A; 4FZY A; 3NVM A; 4FW1 A; 4OX9 K; 1BO5 O; 4CGD A; 3THY A; 2E5L K; 1S1X A; 3VPZ A; 3VTI A; 1T44 A; 1SAZ A; 3H6E A; 4DB3 A; 4FJ8 A; 3QEI A; 4LSN A; 2P5O A; 4R79 A; 1E3M A; 4DSE A; 4B1W B; 3SQ1 A; 4HCB A; 4AM7 A; 4CBX A; 2A3Z A; 4Z4I A; 4RWT A; 5EX5 A; 3O80 A; 1S9G A; 2HHV A; 2VWK A; 2Z1J A; 1F21 A; 5FPN A; 2HHQ A; 1ZYQ A; 4FK4 A; 1N6Q A; 3RTV A; 1MU2 A; 5JLF A; 2YNF A; 1I94 K; 4WFA L; 3MCA B; 3VMF B; 2NRX A; 3N4P A; 4CIG A; 4DTU A; 3KZB A; 4DV4 K; 1U48 A; 3VEO A; 2QA4 N; 3O8M A; 1VAZ A; 4JI6 K; 1K8A O; 3H1V X; 1S72 N; 4O8K A; 3UB5 A; 4OLB A; 1KCF A; 2ASP A; 4BRF A; 2OYQ A; 3O9U A; 2VQF K; 3G4S N; 4FWQ A; 2G8V A; 1UA1 A; 3RR8 A; 2ZQB A; 3MX5 A; 5C0Y A; 1NGD A; 4L8R B; 3Q7B A; 3R3L A; 1TKD A; 2HF3 A; 4BRP A; 3KTQ A; 2HVH A; 3J8A A; 4YY3 K; 3TR8 A; 3KKS A; 4C8K A; 3LAK A; 2NLX A; 1Q82 O; 2Q31 A; 3H45 C; 3OBW A; 4M3U A; 3BEX A; 4WF9 L; 3LDQ A; 2YNG A; 1WUA A; 3DM2 A; 3OYC A; 4YOV A; 1J9A A; 4O0J A; 2CGJ A; 3SUN A; 4UQG A; 4B1X B; 3O3H A; 4M45 A; 2VGM A; 2YKN A; 3CCS N; 4KI4 A; 4I2P A; 5F1X A; 4H0T B; 2V7Y A; 3OYM A; 3U8X A; 4CF0 A; 1YT3 A; 2F8S A; 1VSM A; 3SMP A; 3U9D A; 1JLF A; 2RPI A; 2G8F A; 5AQZ A; 4KH4 A; 1L3V A; 3G25 A; 1UA0 A; 3HBT A; 4Y1C A; 3LPU A; 2A1S A; 3O1W A; 1BDG A; 3WXK A; 3KK7 A; 3OVN A; 3T3F A; 4FVU A; 3AAQ A; 3LWL A; 2QTD A; 2IAJ A; 4CW7 B; 1U2V B; 3HZ6 A; 2O8F B; 3O9T A; 1J5O A; 2B5J A; 3A0I X; 3MWT A; 5HLF A; 1VQ9 N; 3WXJ A; 3V9W A; 1N33 K; 1S9E A; 3DMJ A; 3C94 A; 3ISN C; 3ZEU B; 5M1N A; 3P5J A; 3TAN A; 2CGK A; 3OW2 M; 3EKU A; 2FLO A; 3HPH A; 1WSJ A; 3WXM B; 3A5N C; 5AQF A; 4CZI A; 1ZBF A; 1WNS A; 1NGC A; 3AGR A; 3HL8 A; 4LF8 K; 4BC2 A; 3A5L C; 2QKK A; 4C23 A; 3U6F A; 5KQ8 A; 1XC9 A; 4X65 K; 3M8R A; 4KKO A; 3B8A X; 1V4S A; 3E9O A; 4HUF A; 1RT7 A; 1GLA G; 1HYV A; 4KHS A; 3CF5 L; 4WQ5 A; 3VQ4 A; 2UYT A; 3LP0 A; 1ASV A; 3BY5 A; 4CZH A; 4CHO A; 1NMD A; 2D4W A; 4OVL A; 3JSM A; 3THX B; 1NJY A; 3D0P A; 2Y1I A; 4DTN A; 1XHZ A; 4HTU A; 2G8H A; 4DV7 K; 3K5N A; 3CJ7 A; 3E01 A; 5FLX O; 2P9P B; 2E2Q A; 3UKR A; 5JS2 A; 3F73 A; 3LZJ A; 2G8K A; 3PY8 A; 4JD2 B; 3KD5 E; 2KLA A; 4Z4G A; 3SUP A; 4J2D A; 3SPZ A; 1KD1 O; 5CZ1 A; 4CJ3 A; 2HOE A; 1XHX A; 1KSP A; 4QAG A; 3B6P A; 3NGY A; 4HVJ A; 4ELV A; 1XC3 A; 5KGW A; 4CGI A; 3D7E O; 4CZF A; 5JLH A; 1QHA A; 1Q81 O; 3M8Q A; 4JYA K; 1S5J A; 4G1Q A; 1C0U A; 3OHR A; 3NE6 A; 2WOM A; 3DJC A; 2ASO A; 4CHP A; 1HNX K; 1CXQ A; 1RBS A; 2GTD A; 1FKO A; 2B4J A; 3VQQ A; 3OYN A; 4K8X A; 1TVR A; 3SUO A; 2HVI A; 1I3A A; 1R59 O; 4JKE A; 3CC4 N; 2D0O A; 1Q7Y O; 4FXD A; 5DK5 A; 2PAV A; 3U3G A; 4BC3 A; 1NKC A; 3NF6 A; 4IDK A; 3AO4 A; 1NGG A; 4O5B A; 1EET A; 2P51 A; 3WEE B; 1KXP A; 2X78 A; 5M1P A; 5KPR A; 3EY1 A; 4Z4C A; 3E9P A; 5AQK A; 1TK0 A; 3TAB A; 1QS4 A; 4C8O A; 4FM1 A; 1N36 K; 4BR7 A; 4B1Y B; 4CE9 A; 3P31 A; 2H3G X; 2O8C B; 3OYG A; 3T7Z A; 5JIC A; 4B3R K; 3SBG A; 4CK2 A; 5AQY A; 2E2O A; 3PIP L; 3CG7 A; 2HHW A; 1T6C A; 3HPO A; 3SUQ A; 5AZJ B; 4FJL A; 4PUO A; 4DTR A; 4CJL A; 3GG4 A; 2Z1H A; 1T7P A; 1WSI A; 2A40 A; 3CHW A; 3A5O C; 5MLC Q; 4CI6 A; 3NVK A; 3RRG A; 2YHB A; 4YHH K; 4V19 S; 1S1W A; 3LDP A; 1NK7 A; 4JK8 A; 1VRT A; 2GWJ A; 2QWR A; 1GLB G; 4ZHR A; 1WSF A; 1RT4 A; 1KLN A; 3GDQ A; 3AGK A; 2DPN A; 2W6L A; 1LAW A; 4ILH A; 4B08 A; 1HPZ A; 2PYL A; 2HNZ A; 1W9H A; 4CJQ A; 2Q0U A; 3EZ5 A; 3HXM A; 3BDP A; 1RFQ A; 1JXB A; 4KV8 A; 1JCG A; 4H5V A; 4JKD A; 4CED A; 5C25 A; 5J2P A; 4O0I A; 4DV2 K; 3DLR A; 5AQS A; 4CJF A; 2KZM A; 4QCL A; 1QSL A; 1TAQ A; 2NRW A; 4BR0 A; 2FBX A; 3THY B; 2UUB K; 2JWL A; 2KFZ A; 2OPQ A; 4FOE A; 3AO3 A; 3VN5 A; 1GLC G; 2VQE K; 4ISF A; 2O4I A; 1QZ6 A; 1C0M A; 1NK5 A; 5BN9 A; 4WFN L; 5GIN A; 1JLE A; 3IUC A; 3ZSZ A; 5CYQ A; 3ATV A; 3ENO A; 3MXI A; 1GLL O; 2D5R A; 3I0R A; 1VSD A; 3QET A; 3BF1 A; 1VHX A; 3L6Q A; 4DR6 K; 4WE1 A; 1RBU A; 1BI4 B; 4Z94 A; 4CJV A; 3SJH A; 4IO8 A; 3H46 O; 3CXC M; 2IC3 A; 4CF8 A; 4BDY A; 4PY5 A; 3O3F A; 2PYJ A; 1C1C A; 2E20 A; 3MDQ A; 1U4B A; 3LM9 A; 1S6P A; 4KHW A; 4W5N A; 5T7B A; 3K2P A; 1S3X A; 3KWI A; 4CHZ A; 5FPD A; 1YI2 N; 1G15 A; 3CJ9 A; 4DUY K; 2OTL N; 4RW7 A; 4IJN A; 1T05 A; 1ATN A; 4K42 A; 5HBM A; 3K5M A; 4IFE A; 3OYF A; 4E7K A; 3QNO A; 1U2V A; 3QIP A; 1YJ9 N; 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3SCX A; 3ID8 A; 1Z26 A; 5AQJ A; 3FZK A; 1N5Y A; 4IFV A; 1K8K A; 1TV6 A; 1X1P A; 3ZSX A; 4A2B A; 4B9L A; 4XH1 A; 3N4Q A; 3ZSR A; 2KKZ A; 4DMN A; 3CYM A; 3FZM A; 4LH5 A; 4LC9 B; 4LFA K; 5CY4 A; 3G0Z A; 1SUQ A; 1VQP N; 1IKY A; 4U7B A; 1BHL A; 1KAY A; 4PWD A; 1RNH A; 1VQO N; 1TK5 A; 3VF6 A; 3VEX A; 3KD1 E; 1XWL A; 3AVN A; 1KRP A; 2OPS A; 4PHT X; 3T1A A; 2ASM A; 5CHI A; 1TUU A; 4FZX C; 2YHA A; 4CF2 A; 1KTQ A; 1NLV A; 2YCH A; 3QB0 A; 3FR0 A; 3NHG A; 3UKR B; 4RTF D; 4CEA A; 1HQU A; 5CE3 A; 1T6D A; 2W42 A; 4FLW A; 4BG9 A; 5IT9 O; 3Q7C A; 4DFK A; 3LAN A; 2ITG A; 3CFO A; 3VQD A; 3PX6 A; 1E4F T; 3WXI A; 1RTH A; 3RSE B; 2O8C A; 2IVN A; 1JLQ A; 2YV0 X; 5ADX A; 3NDK A; 3AVF A; 4FJN A; 2NRZ A; 4B3T K; 3DRR A; 2OPP A; 1WBB A; 4DS4 A; 1NGH A; 4CK1 A; 3SMS A; 5AZJ A; 3ITH A; 3ZX2 A; 4G9Z A; 1EO1 A; 2NRH A; 1OVY A; 3O4W A; 1JLC A; 1NOY A; 4K43 A; 2Q3S A; 2E6M A; 5HRO A; 2XHB A; 3OYH A; 3EKS A; 3CCL N; 3BP8 A; 4W5T A; 4FJH A; 1JLB A; 3L0Q A; 3K9K A; 3PUF A; 5TKY A; 4JK7 A; 3S3N A; 3VQ9 A; 2VYP A; 3VQ7 A; 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