The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
33
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| structure length |
117
|
| sequence length |
117
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RVC A; 3O9Q A; 3EE9 A; 3P39 A; 3O9S A; 3D6R A; 3KWG A; 3P31 A; 4OPH A; 2KKZ A; 3O9R A; 4OPA A; 2RHK A; 3O9T A; 3F5T A; 3KWI A; 2GX9 A; 3OA9 A; 3O9U A; 3L4Q A; 3M5R A; 3EE8 A; 3P38 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NGI A; 3SAG A; 1KQS M; 3ZSX A; 1JJ2 M; 3WEE B; 4IXC A; 2WBN A; 1VSM A; 1I3A A; 1GLJ O; 3W3D A; 3HSC A; 3HOS A; 2V7Z A; 1IKY A; 3AVG A; 2Q1N A; 4CJ7 A; 1XHZ A; 5EVZ A; 1UA1 A; 3VQ5 A; 5CYQ A; 4DTU A; 2D0B A; 1NGE A; 1T3V A; 1NNE A; 4H03 B; 4B1U B; 1HKG A; 5HRN A; 1Q8I A; 3SQ1 A; 3DWL A; 4K0K K; 2F8T A; 3T1A A; 1A5V A; 4FL9 A; 4B9S A; 2O8D A; 4BC5 A; 2YHX A; 3EE9 A; 1BG3 A; 3LDQ A; 3ENH A; 2HOE A; 5AQZ A; 3UB5 A; 2NRV A; 4NLC A; 3NF8 A; 4FM1 A; 1RDW X; 3CCV N; 3VF2 A; 4G1Q A; 3QNN A; 3EEQ A; 2E8A A; 2PY5 A; 3O4W A; 3D7E O; 5AFU H; 3HXM A; 1SKS A; 3RWU A; 1HX1 A; 2CH5 A; 3NF7 A; 1RGI A; 5KGW A; 3OS0 A; 1L3S A; 3C0B A; 4YDU C; 4QS8 A; 4PWD A; 4DR1 K; 1QSS A; 2HHU A; 1JXB A; 3DXK A; 4CBW A; 3HI0 A; 1ZBL A; 2D0A A; 1NM1 A; 4IOA L; 2P9I A; 2QXF A; 3EKS A; 1C6V A; 3F2K A; 4EP5 A; 2E20 A; 3GG4 A; 2Q97 A; 4BG9 A; 4I6M A; 4IOC L; 5K14 A; 1D9D A; 4CF1 A; 4FLW A; 4OO1 J; 1IBL K; 2HMP A; 3PLA A; 2B4J A; 4DB3 A; 1S72 N; 1U47 A; 4B9L A; 3J8A A; 4AHS A; 3AA5 X; 1TUU A; 4FO0 A; 1RNH A; 3JAM O; 3NBP A; 1WB9 A; 3ZX2 A; 3TAM A; 2VWK A; 3DLL L; 3E9P A; 2ZJR L; 3VOV A; 4GV9 A; 1X1P A; 1QSL A; 4OLA A; 5BRE A; 1TL1 A; 1IH7 A; 2JWL A; 3TAE A; 3VA3 A; 5BN8 A; 3DLB A; 5FRO A; 1OVY A; 3CM6 A; 4IG0 A; 5KGX A; 3I8B A; 3LZJ A; 4H0V B; 1BDG A; 3H08 A; 2XRI A; 2BGG A; 5F1X A; 4H4M A; 1TVR A; 4E0D A; 5CZ2 A; 1HQE A; 2HHX A; 4CD1 A; 1RBS A; 4B3O A; 1X3N A; 4CEQ A; 4KAZ A; 3DYA A; 3DXM A; 1C1C A; 1HJR A; 2YNH A; 4M3W A; 2IVN A; 2QWQ A; 3THX A; 1NBW A; 5ADX H; 4KI4 A; 5AJ3 K; 4GKJ K; 1RT6 A; 3EKU A; 5KRS A; 3OW2 M; 4FJI A; 1T44 A; 4N5S A; 5JS2 A; 2QW9 A; 4BE1 A; 1RBT A; 1W2B M; 3PX4 A; 3DLR A; 4EZ6 A; 3V1R A; 4GV6 A; 1KVC A; 1XMO K; 1JLA A; 4LF9 K; 4E1J A; 4Z4H A; 4DTN A; 4BRH A; 1Z05 A; 3T3F A; 3QIN A; 2Q0U A; 4DR2 K; 4M45 A; 4W5Q A; 3PSI A; 4Q5V A; 2P9P B; 3C94 A; 1C1B A; 4DV2 K; 1RFQ A; 3C7N A; 3SMS A; 3HTV A; 4HTU A; 1GOC A; 4WFB L; 1T05 A; 4BDY A; 3SAH A; 4IBN A; 3ZSR A; 5KPR A; 3VGK A; 4CZF A; 2NRH A; 3O9R A; 4CF9 A; 4DU1 A; 5M1Q A; 3ID6 A; 2O8B A; 3Q7B A; 1WLJ A; 4OKJ A; 1JLF A; 5GAD P; 2F4V K; 3VQE A; 1BGX T; 2GUP A; 1CZB A; 4BQZ A; 3ZT0 A; 4H5V A; 4Q0B A; 3CCE N; 3CHW A; 1X9J A; 3R8E A; 3DLH A; 5F2R A; 4BDP A; 4A5B A; 1DEJ A; 1C0G A; 1NJY A; 4I2Q A; 3SQ4 A; 4B1Z A; 4DFJ A; 4J2E A; 4CI6 A; 2RKI A; 4FSV A; 3CM5 A; 3K9J A; 3K59 A; 4BRL A; 4KHS A; 3E9O A; 4CEB A; 1BA0 A; 3OYK A; 2ASP A; 2E2N A; 1YJ9 N; 4YOX A; 1A5W A; 4CED A; 1S1T A; 4JKB A; 3PX0 A; 3BZK A; 1Y64 A; 2W6L A; 1K8K A; 2FSN A; 1ZBS A; 3I55 N; 2HB5 A; 4EHT A; 3BY5 A; 4RW7 A; 1DTQ A; 2QI2 A; 2R7Y A; 2FSJ A; 2E1Y A; 4KFB A; 2OYQ A; 3D2F A; 1ASW A; 5HRR A; 2IVP A; 3KLF A; 3V9W A; 5CR4 A; 3ZSV A; 4FZZ A; 3CC2 N; 3CQX A; 3EL2 A; 4CJW A; 1T7P A; 4L3Q A; 2YHA A; 1KRP A; 4XH4 A; 5C2D A; 3MK6 A; 4B8C A; 4Z4E A; 1SS6 A; 1IBK K; 2IIR A; 4OVL A; 1T03 A; 1NKB A; 3CQY A; 4HUE A; 4CFA A; 3A8Y A; 3KWG A; 3VEY A; 1ASU A; 1S5J A; 4MLH A; 3TAR A; 5BPL A; 2A1S A; 3RTV A; 3BEX A; 2CGK A; 2YNI A; 3IS9 A; 1YTU A; 1IJJ A; 3PO4 A; 3QFU A; 4CEC A; 3CYM A; 4E89 A; 3KK7 A; 3L2V A; 4WQ5 A; 4K8X A; 4YOW A; 4DUZ K; 3LDL A; 4GV3 A; 3S41 A; 1IO2 A; 1QQN A; 1U49 A; 1CLQ A; 4AHT A; 4OGC A; 1QHA A; 4CGF A; 3AA4 A; 2ZJQ L; 2AA4 A; 1XNR K; 3V9U A; 1TYQ A; 4F2R A; 4CJP A; 1IV0 A; 3J81 O; 4LFC K; 4Y1C A; 2CGL A; 2W41 A; 3KWI A; 4W5R A; 3KKS A; 3NGY A; 5GIO A; 4A61 A; 3KTQ A; 3THY B; 4PHT X; 3H3N O; 3GDQ A; 2HW3 A; 5AQN A; 1T6D A; 1NK4 A; 1ATS A; 5AZJ A; 3AVM A; 3ISN C; 1OH8 A; 5C12 A; 3SQ0 A; 4ISF A; 4GY2 B; 1HRH A; 3HJF A; 1OH6 A; 1WSF A; 4NYN A; 4NB4 A; 2EHG A; 1ZBU A; 4BE2 A; 1U2V B; 2HHW A; 2ITM A; 3CET A; 4FWK A; 1MDU B; 4AIL C; 3OYI A; 4ZTJ A; 4GVM A; 3LDN A; 1GOA A; 4CW7 B; 5HP1 A; 3R1X A; 3HM8 A; 1VAZ A; 5M1F A; 1NG9 A; 1KXP A; 4GMJ B; 5T7B A; 4DQ8 A; 3HYF A; 3AVK A; 4QOZ B; 4DQI A; 3THW A; 2D0P A; 1SKR A; 4PY5 A; 4C1N I; 1S9E A; 3LM2 A; 3CC4 N; 1QQM A; 1IG8 A; 1R0A A; 5D3G A; 4YOT A; 1JLQ A; 4QS9 A; 1J5E K; 4BE0 A; 2OPP A; 3KK3 A; 2GUI A; 3HRG A; 3ZSZ A; 2GWK A; 1NJZ A; 3AO4 A; 4KTZ A; 3HP9 A; 4CD3 A; 4K25 A; 1Q82 O; 4DWI A; 3QET A; 3UKR B; 4IFY A; 4HUG A; 4BY9 C; 3S3M A; 2YNG A; 3NH1 A; 1ATN A; 3ATU A; 2G8H A; 4LH4 A; 3O9T A; 2NRX A; 3OJS A; 3F9K A; 3ZX3 A; 4AM7 A; 4KHP K; 4CJ4 A; 4A62 A; 2BTF A; 2CH6 A; 4F8R A; 3L4I A; 3CJ9 A; 4AM6 A; 3QER A; 3IMX A; 4Z0U A; 3C6T A; 4LF6 K; 3CER A; 3HST B; 3TAB A; 4F3O A; 4CJ3 A; 4YFU A; 3DOK A; 4F9O A; 2VWB A; 4ISE A; 3KVG A; 3O3G A; 3TAG A; 3QIC A; 4CHN A; 3DOL A; 3ASM A; 4O0I A; 1K6Y A; 4OJR A; 3N4Q A; 3OYH A; 4NXN K; 3U8X A; 3VN5 A; 3B6P A; 4R79 A; 3S3N A; 2P9K B; 3KZB A; 5AFU A; 2B6A A; 4W5N A; 3BDP A; 5JVG L; 4BC4 A; 4JYA K; 2A3Z A; 4WFN L; 3OYA A; 3CJ1 A; 1T6C A; 4CJL A; 3EO3 A; 1KFD A; 1VSK A; 4E19 A; 3ZLJ A; 3LP2 A; 2F96 A; 2P9S A; 4EFH A; 3V1Q A; 3B8A X; 1Q9X A; 4CEE A; 3SLC A; 4ELU A; 5AZI A; 4CFC A; 4MO4 A; 3ZSY A; 1Q9Y A; 2D0C A; 4NXM K; 4B9U A; 3U6F A; 2HF4 A; 3FLC O; 1WAF A; 1YVU A; 1Z25 A; 2V51 B; 3IDH A; 4LH5 A; 2QXL A; 4CJQ A; 2UXC K; 3K5L A; 3VQQ A; 1RBU A; 4M3R A; 2VG6 A; 1GLF O; 1C0T A; 4JD2 A; 5DM7 L; 4OLB A; 4OPA A; 3QML A; 4DTO A; 3O4N A; 3WNH A; 2OPS A; 1ZBH A; 5J2Q A; 3L3U A; 3CME N; 1U04 A; 4FOE A; 4XH5 A; 3HPO A; 5BPM A; 3G4S N; 3L0Q A; 2E4L A; 5KQD A; 1RT4 A; 1HKB A; 4RW4 A; 3NHG A; 3TU5 A; 1E3M A; 1FKO A; 1TGO A; 1NMD A; 4DSK A; 3E66 A; 2YJE A; 4O55 A; 4JKE A; 2RHK A; 4FWN A; 1KFS A; 2PAV A; 4FJM A; 2P9L B; 2Z1I A; 3SUN A; 1SAZ A; 4AHU A; 1X3M A; 2O8F A; 2BDP A; 3ULE B; 4M3U A; 3LWM A; 4FLY A; 2NRZ A; 4CBU A; 1XNQ K; 4CEO A; 1U48 A; 4GW6 A; 5GIP A; 4FLU A; 3NAE A; 3L2U A; 4NCG A; 4OKE A; 3HP6 A; 3CD6 N; 3MDQ A; 4DTS A; 3FFK B; 3FZL A; 5ADX A; 1NK9 A; 4M42 A; 4CGJ A; 1QVF M; 1SL2 A; 3NF9 A; 4O8U A; 4ELV A; 3LAK A; 4UY8 O; 2Y1I A; 3ZEU B; 3CF5 L; 2KFZ A; 1RTH A; 1ZC6 A; 4PL8 A; 5F0X A; 3QEW A; 2HST A; 2FLO A; 3VQB A; 1MA9 B; 1LCU A; 1WSG A; 3AVN A; 3UE5 A; 4DHY A; 4YY3 K; 4CJU A; 4E7K A; 1HLU A; 4K41 A; 3MX5 A; 1KAZ A; 3HM9 A; 3SV4 A; 2V52 B; 4F4K A; 1YVN A; 1WN7 A; 3ENB A; 4ZHR A; 5LMU K; 1QTM A; 4Z94 A; 4DSJ A; 4I2P A; 3BF1 A; 2Q0R A; 2ETJ A; 3AVB A; 4A57 A; 1YIJ N; 1BI4 A; 1BIZ A; 4UQG A; 3TTD A; 5AQI A; 3L2Q A; 1RDC A; 1HKC A; 4B1V A; 1S1X A; 4CBX A; 4DU4 A; 4AHC A; 4CES A; 4KBO A; 3P5J A; 5AQX A; 2IAJ A; 1ZXO A; 1N6Q A; 4U67 L; 1NJI O; 2RN2 A; 5HLF A; 1D8Y A; 3T1H K; 3VQ8 A; 4FOI A; 4CGG A; 3CXC M; 4CZH A; 2WUS A; 1VQK N; 2E2P A; 5JS1 A; 1QVG M; 1JLB A; 3KD5 E; 3O9U A; 3HO1 A; 5AQF A; 2W6K A; 2Q31 A; 4BRM A; 2YX6 A; 4DQP A; 3ENO A; 4JI1 K; 5FPE A; 1GLE G; 2YKM A; 3KK2 A; 3HOT A; 4JKG A; 4O0J A; 5C42 A; 3D6R A; 2QWM A; 4FYD A; 4BR0 A; 3JSM A; 4ILJ A; 4G9Z A; 5KQ8 A; 4WF9 L; 3OYJ A; 1K73 O; 3DI6 A; 3NVK A; 1W97 L; 5GAG P; 3IAY A; 3VQP A; 5GIN A; 4KRE A; 1RTJ A; 2HNZ A; 4IJA A; 4WE1 A; 1OVQ A; 1WUA A; 2NRW A; 1RBV A; 4JRQ A; 1YT3 A; 4H5T A; 4JI5 K; 1RDU A; 4KKO A; 4H0T B; 3TSP A; 2UUA K; 4AQY K; 2DTU A; 4B08 A; 1H1V A; 1Y97 A; 3MED A; 2A41 A; 2ATQ A; 3CJC A; 3JXU A; 3NCI A; 3MN5 A; 1NMN A; 3DM2 A; 1WSJ A; 1XUP O; 4DU3 A; 3QBX A; 3O80 A; 3SBT A; 3AAQ A; 4GVE A; 3FGU A; 3SCX A; 1VSJ A; 3BGR A; 1HPM A; 1S1V A; 4RW8 A; 5BR8 K; 1IKX A; 3RSE B; 3I56 N; 4H0P A; 3LAN A; 4OGE A; 1RDD A; 3G25 A; 3ZSO A; 1BCM A; 4KHU A; 3OA9 A; 1DGK N; 4X66 K; 3DRR A; 1BU6 O; 4FLZ A; 3OY9 A; 4DTR A; 4FWP A; 2KHO A; 1JCG A; 3GL1 A; 3TSU A; 2EX3 A; 4BC2 A; 3VEN A; 4WFA L; 1NK6 A; 3IKM A; 5SWM A; 4KO0 A; 3O9S A; 3L2R A; 3KIO A; 1LWE A; 4FK4 A; 1U6Z A; 1BIU A; 1C0U A; 1Q7Y O; 3LP0 A; 5C10 A; 4FZX C; 2HHV A; 4BRA A; 4W5T A; 5AQT A; 4I9Q A; 4CJV A; 4CK3 A; 4R5P A; 4H5R A; 4KH5 A; 2YV0 X; 4H8K A; 1D9F A; 5EOY A; 4JKA A; 4DV3 K; 3EZ5 A; 1ZBI A; 4K43 A; 5J2N A; 4B9T A; 1NWK A; 4CHZ A; 2J4R A; 3SJH A; 3KD1 E; 1XC9 A; 4FJ8 A; 3VQD A; 3MWP A; 3WQT A; 3S3O A; 2HBJ A; 4DFK A; 3WQU A; 1JLC A; 1D5A A; 1WAJ A; 4ISG A; 4LC9 B; 4PKG A; 4DCH A; 4OPK A; 2XY8 A; 4JEP A; 4HWI A; 1Q18 A; 4C23 A; 5LL6 Z; 2QWR A; 2NRT A; 4M3X A; 2DFH A; 3SPZ A; 2ZGZ A; 1QZ5 A; 4IG3 A; 3WEE A; 4GNI A; 4FPB A; 2NLX A; 4IO9 L; 4M7X A; 3F73 A; 4JNE A; 1NOY A; 4BRC A; 3RMB A; 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5BRF A; 3ALY A; 2KTQ A; 4DSI A; 3W0L A; 3HZ6 A; 3AV9 A; 4CZI A; 5J1E A; 3H6E A; 4IFE A; 3OHR A; 5BRH A; 4KHQ A; 3ZYY X; 3MN7 A; 4KHN A; 3M3Z A; 4YOR A; 4CHY A; 3M8Q A; 2DY4 A; 1TK5 A; 3LM9 A; 5ELZ A; 1KTQ A; 5AQM A; 4X65 K; 3QB0 A; 1BL3 A; 4IWV A; 4RW9 A; 1VQM N; 4DTM A; 5AQK A; 1LW2 A; 4CER A; 2PZS A; 2GTD A; 2QWN A; 3ZSQ A; 4Z4F A; 3JYT A; 3SUO A; 2HHS A; 3K9K A; 4JI7 K; 1EWQ A; 2P9N B; 5HOO A; 1VK0 A; 3G0Z A; 3QES A; 3UKU B; 2O4G A; 4JAX A; 3VQA A; 5TKW A; 3B6O A; 1YJN N; 3MEC A; 2P9P A; 3KHY A; 3F9M A; 1WBD A; 5AQP A; 1HR0 K; 1WBB A; 3WT0 A; 2EWS A; 2ZGY A; 2W42 A; 4H0X B; 4DKW A; 5AR0 A; 4CE9 A; 2OPR A; 1J6Z A; 4DQR A; 4DG1 A; 1VQ9 N; 5IT9 O; 3C6U A; 2UUB K; 1GLA G; 3EY1 A; 1EET A; 3H1V X; 4BC3 A; 1NKE A; 4PL7 A; 3CI5 A; 5I3U A; 3ZCM A; 1RCH A; 3RRG A; 3I8D A; 2PYL A; 3O6W A; 1NGC A; 5TKY A; 4LF8 K; 3OBY A; 4JRP A; 4DV5 K; 3J7Z O; 1QHT A; 4DF8 A; 3LAM A; 3LAL A; 2W40 A; 2VQE K; 4JKD A; 4LY7 A; 5JIC A; 1VSL A; 4ILH A; 4FWS A; 3V1O A; 1OH5 A; 3ZT4 A; 4CIG A; 1VSE A; 3O3F A; 4DF4 A; 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