3O9TA

Effector domain from influenza a/pr/8/34 ns1
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
SRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Influenza a virus
molecule keywords Nonstructural protein 1
total genus 33
structure length 117
sequence length 117
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9tA00
3F5TA 3O9UA 3KWGA 3M5RA 4OPAA 2GX9A 3OA9A 2KKZA 3P31A 3O9QA 3O9RA 3O9SA 3KWIA 3O9TA 3D6RA 3EE8A 4OPHA 3RVCA 2RHKA 3P38A 3EE9A 3P39A 3L4QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FDLA 3TSQA 1VSKA 3K5NA 3ZLJA 4FZYA 4DR4K 3AV9A 1TKZA 3KK2A 4BG8A 1MWMA 1V4TA 3ZSVA 5DM6L 3CD6N 4FXDA 1Y97A 3D2EB 3NFAA 4R5PA 4CJVA 5GADP 1Q18A 4KHUA 4GKJK 1P8ZA 1FJGK 2QTDA 4AILC 1K8KB 5CZ1A 2O4GA 2H3GX 3CI5A 3DM2A 2NRVA 3AA5X 2V52B 3V6DA 4E7KA 1RBUA 2XO7A 3CFRA 3WUHA 3IS9A 4H0XB 3P83D 4H4OA 2Z1IA 3B6PA 4EAHD 1J5EK 2HF4A 4QOZB 4CESA 4JK7A 4DQQA 4XIUA 5BN8A 1N5YA 4FPBA 3VETA 2VWJA 1NGJA 1WLJA 4EP4A 2ZJRL 4CEAA 1B92A 4DSIA 1ZYQA 3EL2A 4OPHA 3RR7A 3HTVA 1YTAA 4CHYA 1U45A 4K43A 4O8UA 2QI2A 2X6NA 3VF2A 4DV7K 4EZ9A 3B8AX 1X9SA 2D0AA 4JYAK 4YY3K 2EHGA 1XI1A 1FW6A 4JV5K 1Q86O 2YHAA 3CJ1A 5AQFA 4JS4A 3CJAA 1TUYA 3SBTA 3AVMA 1Q9XA 1E3MA 1ZBUA 4J2DA 4OLAA 4NXMK 1U6ZA 2QW9A 4E1JA 4WQ5C 4FK4A 1KD1O 4BGBA 3SPZA 3LAMA 2CH5A 3MEDA 1YITN 3PSIA 3QLHA 1BI4B 1T7PA 4CEZA 3WXIA 5KRSA 5TKWA 2Q31A 2Q2RA 5FPEA 3NMUA 3QNOA 1A5WA 3THWA 4I9LA 3F9KA 4CIEA 2BE2A 4JEPA 4FYDA 2NLXA 2KQ2A 3DOKA 3EE9A 1WSIA 1HPMA 3F5TA 1C0GA 4IDHA 4FOEA 2UXCK 3R3LA 1NK9A 4MDAA 3EZWA 3LDSA 2Q36A 3A5LC 3AA4A 4H0TB 3NCIA 2NUBA 1KAZA 4JKHA 1REVA 1VSFA 4IG3A 4FJNA 3A5NC 3BDPA 1BIUA 1D9DA 1BDGA 4DR6K 4DTXA 3WXKA 1HJRA 1MU2A 4HHTA 2D0OA 1QS4A 1KXPA 4ILGB 4BRGA 1X9WA 4CJEA 3T1HK 3U9ZA 4WF9L 4FWOA 5HRPA 4I9QA 4DG1A 4U67L 3QEPA 4Z4HA 1ESVA 1UA1A 2ETJA 2WTUA 1LAVA 2F96A 2QXFA 3NF9A 3WNFA 3H6EA 3N4PA 4YDUC 3KTQA 3L0QA 1TKTA 4ZTJA 4JKCA 2P5OA 3NH1A 4CEBA 3HP9A 3G71N 4E7LA 4KHNA 1S1TA 1HKCA 3K9KA 4E89A 2BANA 4BE2A 4FM1A 3CCJN 2HMIA 1C1CA 5AQHA 1VSHA 5KTQA 1RT7A 2VGNA 3L3VA 3VTIA 1YJ9N 3ITHA 3K59A 3SV3A 3U6FA 2IIRA 1QHAA 3LDPA 4E7HA 1L3VA 1M90O 1IBMK 4DV1K 2O8EB 4DV5K 2G8WA 2IVNA 1TVRA 3T1YK 4DCHA 1G15A 1IV0A 4M3UA 3TABA 1XNRK 1HYVA 1OVYA 4N76A 4F2SA 1Q82O 3DXMB 3K5LA 3ZSXA 1TL1A 1KAYA 3U9DA 1NJZA 1HNXK 1WSEA 4FW2A 1XHZA 3KHYA 4YOXA 2V7ZA 1HR0K 4DS4A 5GIOA 1MDUB 1DT9A 4B1XB 4OKJA 3LZJA 1NK6A 5JMVA 3VEOA 1GLDG 1KCFA 2GX9A 4EZ6A 4QS8A 5K14A 4CHPA 1QVFM 2AP1A 3L6QA 4L8RB 1Y64A 3TR8A 1J5OA 2GTDA 1OVQA 3OJUA 1NK0A 3PSFA 4CJ3A 3P39A 4I2QA 3KK1A 3QEIA 1BIZA 1KFSA 2XY6A 1WBBA 1VRTA 1GLFO 4M45A 4FO0A 2E5LK 3BF3A 4JRQA 4UQGA 2ATQA 3WEEB 2P9PA 2I5JA 3VEWA 5JS1A 4NCBA 2FC0A 3QICA 2ITMA 2YNHA 5M1NA 4PQUA 1KVAA 4CBUA 3SUNA 4CHZA 3HPOA 4CCHA 2HMPA 2UUBK 4Y1DA 3WXMB 4CJ7A 3AO4A 3DLRA 2W6KA 1U04A 4HTUA 2YCHA 4JI5K 1CXQA 1L3UA 1XWLA 2YHBA 5CZ2A 3GE1A 3LDQA 1D8YA 3DLEA 5TKYA 4W5OA 2FXUA 4DS5A 4FVUA 4A62A 2G8UA 5J1EA 1C6VA 3CQXA 3I33A 1O1WA 2O8CB 2ZJQL 2A1RA 4B1UB 2JWLA 4BRAA 2FBVA 1ZBSA 4I7FA 2UUCK 4QCLA 1DKGD 3FFKB 1VSJA 3EZ5A 4WFAL 3B6OA 4BC2A 3I0RA 4CFDA 2VQEK 5J2PA 4CF8A 4J2EA 4GVMA 1GOAA 1JXBA 4B9NA 3WXJA 4JD2A 3DMJA 1T6CA 3C6HA 4K0KK 4DR2K 5I42A 4AM6A 1ZBLA 3A5OC 5AZJA 2P9UB 1MA9B 2QA4N 3ENOA 4CK3A 3VOVA 4JKGB 4LF8K 1ASVA 2P9IB 2NZTA 4DB3A 4C8OA 4NCAA 2WBNA 2Q0UA 3ZSWA 3KWIA 5AQSA 3MECA 2A5XA 4DU1A 2HHWA 3ZSZA 1S9GA 1NBWA 3MN9A 4BROA 5C12A 4A61A 3CC2N 3SJHA 1NKCA 4ELTA 2QKKA 4FJHA 5CHIA 4FLYA 4FWMA 4DUZK 4X66K 3DOLA 4CF0A 2A6AA 1UA0A 1Q7YO 4K8XA 1RCHA 3OHRA 3HM8A 3T7ZA 1DEJA 1DLOA 1CZAN 3VMFB 2QK9A 4RCHA 5CY4A 3TI0A 1N36K 4MFBA 3FFIA 3THXA 1SV5A 3SQ4A 3KD1E 3RMCA 4LFCK 3VEYA 3J7YP 1QQMA 4DV2K 2BH1A 2Y1IA 1UWBA 1IKXA 4RW9A 4FJ7A 4GV6A 1TYQB 3G0ZA 3LM9A 1U4BA 2DFEA 1LCUA 2X78A 3MCAB 3D6RA 3FZKA 4FJ9A 5KPZA 2KTQA 3CPWM 4JLHA 3ZT0A 3LDLA 2WC9A 4J2BA 1T03A 4ELVA 1TV6A 1HPZA 4YOYA 3THVA 3D45A 3O1WA 3CQYA 5AQGA 3VQCA 1FK9A 3UKUB 1HQUA 1ATSA 4CGGA 1NKEA 3CC4N 4QS7A 1ZBFA 3AVJA 4BC4A 1TK0A 5AQNA 5LMUK 1T44A 1XMQK 4BWMA 1RT3A 1DGKN 3MX2A 2HNZA 1TKXA 4H5RA 3UB5A 4FJGA 3K9JA 3P38A 5LY3A 2AJQA 3EN9A 4B1VA 3SV4A 4JHDB 2KHOA 2D1KA 4DTNA 4BRHA 1YVNA 3P4IA 5AFUA 3ATUA 4IFEA 2D0PA 3NGZA 2E8AA 4BR2A 3GG4A 5ADXH 1VQPN 4FK2A 3QBWA 3AVBA 3TAPA 1RDCA 1KLNA 4CW7B 1HX1A 2E6LA 2HB5A 2NRHA 3LM2A 3KLEA 2YI1A 4DKWA 4YNQA 2OPQA 4DU4A 1S5JA 2QKBA 2CGKA 4FSVA 3AVKA 4KH4A 4I2PA 4NLBA 3H45C 2PBDA 4J8FA 4OKEA 1CXUA 1X3NA 1EP4A 4JAXA 4GNIA 1L5UA 2P9KA 1S1XA 3CXCM 1SKWA 1QTMA 3PX6A 3M8PA 3C65A 1RT1A 3OJSA 1T3VA 1LW0A 2EWSA 4E0DA 2YJFA 2ZGYA 1Z26A 2G8IA 5MLCQ 4E3SA 3IKMA 3QESA 1R59O 3LPUA 5AZIB 1NG9A 4W5QA 3NH2A 1OH5A 1F21A 3C6TA 4DFJA 4WFNL 4DLGA 3KLHA 3T1AA 4IJNA 2ZM6K 4KTZA 3PV8A 3U3GA 3CIPA 2Q0RA 3BZCA 1NNEA 1QZ6A 2OANA 2P1JA 3CJCA 3IMXA 5A2QO 1WBDA 4HUGA 1WAFA 2IDOA 3V9WA 3O4NA 3OYCA 5BPNA 1LAWA 3OS2A 2NRZA 1B9DA 4BRKA 3AA2A 3IDHA 3ALYA 3LDNA 1VSDA 3A2FA 4L3QA 5GAEP 3O5BA 5C2FA 4CGDA 4IFVA 1WAJA 2FSNA 4JI4K 2P5GA 1D4XA 2VWKA 4JI6K 2HHHK 2HHTA 3QDKA 4WQ4C 3EYZA 5GAGP 4FLUA 3IUCA 4JRPA 3S3OA 4V19S 3ID6A 1BQMA 1GOCA 3UKRA 4Z4CA 4JK9A 3QEWA 3PIPL 2KZZA 1JLFA 3PX4A 3WNHA 1J9AA 2P9SB 2UXDK 4OPKA 5I9EB 1RBVA 3MEGA 5BN9A 3EEQA 4BR0A 3JYTA 2P9LB 1BL3A 5EOYA 4AF1A 4CK2A 1T6DA 4DTUA 1C0UA 3NDKA 4JK8A 1C1AA 1EKEA 2IGIA 4FJLA 1JLCA 2QWLA 4DQIA 3I55N 4DR1K 4OO1J 3M3ZA 3T19A 4BC5A 4KHQA 4A5AA 1UAXA 5JVGL 3ID8A 4HTLA 4PHTX 5C25A 1S6QA 1NGIA 5H1SQ 4WQ5A 5AQLA 1NJXA 2W41A 3D2EA 3MCPA 3ZETB 3P5JA 3ZSRA 4C8KA 3GL1A 4NYNA 1XC9A 2GV9A 3CM5A 4BRCA 2O8BB 2YV0X 4M41A 1EETA 3S3MA 1B9FA 4JKAA 3VQ8A 3K0SA 5C42A 1IKVA 4ZHRA 4DFPA 4FWKA 3AVGA 3BY5A 4H5WA 1U48A 3QETA 4N56A 5B8HA 3ZYYX 4AHUA 4K25A 2UXBK 3L2VA 5M1FA 2QWNA 2UU9K 5ADXA 4RW7A 4CI6A 3D2FA 3CPEA 1RT6A 3C0BA 3RMDA 4AHTA 3JAMO 3SUOA 4BVPA 4JI0K 5E84A 1TK8A 4CZHA 3VEVA 4ILHA 3K57A 3DI6A 4I6MB 4CJ4A 1HYSA 1NU0A 3CF5L 1S3XA 2DFHA 3TSPA 4FWLA 1IH7A 1WSHA 4CIFA 3PY8A 4AHSA 4YFUA 1LWFA 4BRQA 3NE6A 4B08A 3H1QA 2YNGA 4LD0A 1DTTA 4CJRA 3V9SA 4H4MA 3RTVA 4Z4FA 3OYIA 4E1NA 1BI4A 4YDUA 1WOQA 3CQ8A 5EVZA 3LALA 4KBOA 4DMNA 2E88A 4N47A 3WT0A 4LF6K 4H8KA 5FROA 3R8EA 4DR7K 3THWB 4ID1A 4CZKA 4FVMA 3J80O 4IOXA 1NMNA 2D0CA 3FZLA 3OBWA 5CR4A 5EY4A 2YKMA 3SMSA 2Z1HA 3OS1A 4BGAA 1JCEA 2VG5A 3T3FA 5M1KA 4EIAA 2KFNA 4DSEA 4BQLA 4B8AB 5IWAK 3SQ2A 3H46O 3AO5A 2I7PA 3FR0A 4CGIA 1Z05A 3QNNA 2FBXA 4DTJA 2P51A 2O8FA 2IS3A 5HBMA 3S41A 1WN7A 3MXIA 3GBTA 3J7AP 4Z4IA 1BG3A 3G10A 4BR9A 4KPYA 2FSJA 4W5TA 1SS6A 1N32K 3CCRN 1NJIO 1T8EA 2E2QA 4O0IA 1SKSA 4K42A 1SZ2A 3RVCA 3JXUA 2QXLA 4K41A 4B9TA 3NVKA 3HL8A 3ZX0A 5M1PA 4E7JA 2ZWHA 4AHRA 4CJSA 2GUIA 4JI7K 1NGGA 1D5AA 4FJXA 1J54A 3H1VX 4GY2B 4A2BA 5FRNA 3FLCO 1NLVA 3O9QA 3AO2A 1KVCA 5BRHA 3TWHA 2BDPA 4C8MA 3HK2A 3CJ9A 4DQPA 4CD1A 4OVLA 4KHSA 5M1QA 4U7BA 4ELUA 1YTUA 4PA1A 3DXKB 5AQPA 4DF8A 2OCEA 1RT4A 3K2PA 2OTLN 2WOMA 3KWGA 4RWTA 1JLAA 3RRGA 4WYBA 1KVBA 3A5MC 5C2DA 2PY5A 4BY9C 2O8EA 3C95A 3AAPA 3LP3A 3CG7A 1KAXA 3E01A 3EE8A 3NF7A 1NGHA 4KH6A 3O08A 3CETA 3ZEUB 3DXMA 2JWKA 3CFPA 2YHYA 3O4QA 4DF4A 3AGKA 1X9MA 2QM1A 1W0HA 4JKDA 3SZ2A 1VQ7N 2KFZA 4A57A 4R79A 3CHWA 3AVCA 4GMJB 3QB0A 4B3MK 3D7EO 3VQ4A 1SKRA 3M6GA 3MWPA 1JCGA 4CZLA 1K9MO 1EQYA 4GW6A 3VF4A 3IFRA 5KQDA 5AQXA 4QS9A 4C8LA 4W5RA 4DSLA 1VQ9N 3TARA 3NVMA 1YVUA 2E2OA 3FE1A 3THYB 4CF9A 3VA0A 1EWQA 1RNHA 5BPLA 2QWPA 3VGMA 4LSLA 3U3YA 4C23A 1BA0A 1E4GT 4RW4A 3HT3A 1LW2A 2RE2A 4LH4A 4KB0A 5EX5A 4Q0BA 5CYMA 3ZT2A 4BE0A 4IO9L 4WCEL 1RBTA 3LZIA 1Q81O 3O9UA 5AQWA 1CZBA 3WEEA 4BDZA 4H5NA 4DLEA 4N41A 5HP1A 3IG1A 4DV0K 1BO5O 4JI1K 4BR5A 3SYZA 2KW4A 1D9FA 4LF4K 3UE5A 4CD3A 4B1WB 4FM2A 4E1MA 4AQYK 5DK5A 4YOVA 3VERA 2RPIA 2V51B 4FLWA 2VQFK 1BUPA 2ZJPL 3VEXA 4F4KA 1WSGA 1I39A 3ZX2A 2JLEA 1S6PA 3OYHA 4IDKA 3ULDA 3KK3A 4MQ3A 2E1ZA 4AH9A 2KKZA 4ISEA 4LY7A 2Q97A 4C1NI 1QQCA 3JSMA 1QE1A 2FF6A 2VG7A 4JKBA 1BU6O 3A0IX 3OS0A 4X62K 1YT3A 1CLQA 1RDUA 4MO5A 1JLBA 1RTIA 3TTDA 1GLCG 3L8BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F5T A;  3O9U A;  3KWG A;  3M5R A;  4OPA A;  2GX9 A;  3OA9 A;  2KKZ A;  3P31 A;  3O9Q A;  3O9R A;  3O9S A;  3KWI A;  3O9T A;  3D6R A;  3EE8 A;  4OPH A;  3RVC A;  2RHK A;  3P38 A;  3EE9 A;  3P39 A;  3L4Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5FDL A;  3TSQ A;  1VSK A;  3K5N A;  3ZLJ A;  4FZY A;  4DR4 K;  3AV9 A;  1TKZ A;  3KK2 A;  4BG8 A;  1MWM A;  1V4T A;  3ZSV A;  5DM6 L;  3CD6 N;  4FXD A;  1Y97 A;  3D2E B;  3NFA A;  4R5P A;  4CJV A;  5GAD P;  1Q18 A;  4KHU A;  4GKJ K;  1P8Z A;  1FJG K;  2QTD A;  4AIL C;  1K8K B;  5CZ1 A;  2O4G A;  2H3G X;  3CI5 A;  3DM2 A;  2NRV A;  3AA5 X;  2V52 B;  3V6D A;  4E7K A;  1RBU A;  2XO7 A;  3CFR A;  3WUH A;  3IS9 A;  4H0X B;  3P83 D;  4H4O A;  2Z1I A;  3B6P A;  4EAH D;  1J5E K;  2HF4 A;  4QOZ B;  4CES A;  4JK7 A;  4DQQ A;  4XIU A;  5BN8 A;  1N5Y A;  4FPB A;  3VET A;  2VWJ A;  1NGJ A;  1WLJ A;  4EP4 A;  2ZJR L;  4CEA A;  1B92 A;  4DSI A;  1ZYQ A;  3EL2 A;  4OPH A;  3RR7 A;  3HTV A;  1YTA A;  4CHY A;  1U45 A;  4K43 A;  4O8U A;  2QI2 A;  2X6N A;  3VF2 A;  4DV7 K;  4EZ9 A;  3B8A X;  1X9S A;  2D0A A;  4JYA K;  4YY3 K;  2EHG A;  1XI1 A;  1FW6 A;  4JV5 K;  1Q86 O;  2YHA A;  3CJ1 A;  5AQF A;  4JS4 A;  3CJA A;  1TUY A;  3SBT A;  3AVM A;  1Q9X A;  1E3M A;  1ZBU A;  4J2D A;  4OLA A;  4NXM K;  1U6Z A;  2QW9 A; 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 1HKC A;  3K9K A;  4E89 A;  2BAN A;  4BE2 A;  4FM1 A;  3CCJ N;  2HMI A;  1C1C A;  5AQH A;  1VSH A;  5KTQ A;  1RT7 A;  2VGN A;  3L3V A;  3VTI A;  1YJ9 N;  3ITH A;  3K59 A;  3SV3 A;  3U6F A;  2IIR A;  1QHA A;  3LDP A;  4E7H A;  1L3V A;  1M90 O;  1IBM K;  4DV1 K;  2O8E B;  4DV5 K;  2G8W A;  2IVN A;  1TVR A;  3T1Y K;  4DCH A;  1G15 A;  1IV0 A;  4M3U A;  3TAB A;  1XNR K;  1HYV A;  1OVY A;  4N76 A;  4F2S A;  1Q82 O;  3DXM B;  3K5L A;  3ZSX A;  1TL1 A;  1KAY A;  3U9D A;  1NJZ A;  1HNX K;  1WSE A;  4FW2 A;  1XHZ A;  3KHY A;  4YOX A;  2V7Z A;  1HR0 K;  4DS4 A;  5GIO A;  1MDU B;  1DT9 A;  4B1X B;  4OKJ A;  3LZJ A;  1NK6 A;  5JMV A;  3VEO A;  1GLD G;  1KCF A;  2GX9 A;  4EZ6 A;  4QS8 A;  5K14 A;  4CHP A;  1QVF M;  2AP1 A;  3L6Q A;  4L8R B;  1Y64 A;  3TR8 A;  1J5O A;  2GTD A;  1OVQ A;  3OJU A;  1NK0 A;  3PSF A;  4CJ3 A;  3P39 A;  4I2Q A;  3KK1 A;  3QEI A;  1BIZ A;  1KFS A;  2XY6 A;  1WBB A;  1VRT A;  1GLF O;  4M45 A;  4FO0 A;  2E5L K;  3BF3 A;  4JRQ A;  4UQG A;  2ATQ A;  3WEE B;  2P9P A;  2I5J A;  3VEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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