3ODUA

The 2.5 a structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist it1t
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
466
structure length
466
Chain Sequence
PCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGSKGHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTSAQHALTSGRPLEVLFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 161
structure length 466
sequence length 466
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oduA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oduA01
4WW3A 217LA 3UZAA 3C7WA 1GUEA 2F2QA 169LA 172LA 170LA 3RFMA 1L82A 1CV3A 2B72A 4JQ6A 1L33A 1L63A 1X0I1 1LYIA 1SX2A 3T45A 1QUHA 1PQIA 3NY8A 2M3GA 4GP5B 1QT6A 1L11A 1L40A 1PQOA 4EJ4A 1AP9A 4W57A 1L26A 238LA 141LA 5DYSA 1HZXA 2OE4X 1O0AA 1ZWNA 3CDVA 1P56A 3HH4A 2LNLA 168LA 1LGWA 3HANA 1R84A 1C6AA 152LA 3HU9A 1TLAA 5AX1A 3S3DB 3X3BA 1CUQA 2JAFA 2I21A 1LYGA 3FADA 1QT5A 4QRYA 3X3CA 1SSYA 1C63A 182LA 1QSQA 1L18A 1XJIA 1BRXA 1L30A 2OTZX 231LA 2OU0X 2RAYX 3UTVA 5AX0A 1JV7A 200LA 201LA 1D2YA 1OYUA 1C6NA 1L73A 1L62A 1TN5A 2YCZA 1C69A 3UZCA 4TL3A 4DKLA 3QJSB 1L88A 1P36A 3P0GA 2LCBA 142LA 1D3JA 1I6SA 1L44A 236LA 4ZPUA 4I7LA 3HTFA 1L67A 210LA 149LA 2YDOA 2HUMA 4Y9HA 1PQJA 1QM8A 3VI0A 1H68A 3DN3A 1L34A 1L21A 2B6TA 4DAJA 1CV4A 3SBAA 3VHZA 1C6IA 1L35A 3VW7A 1X0SA 4LDEA 3QJVB 3C7ZA 2OE7X 1M0LA 3DKEX 2X72A 243LA 4G7QB 3OE8A 1L10A 4X1HA 1D2WA 4XTLA 3HH3A 127LA 4EIYA 3C8RA 4GP8B 232LA 1G0MA 1L46A 4I7KA 1L0MA 4IAQA 1L02A 1L24A 1KMEA 4MD2A 3REYA 3CDOA 4GP4B 1L09A 2B70A 1C61A 2F47A 4S0WA 3EH3B 5J7AA 226LA 189LA 1L98A 5B34A 138LA 4N6HA 1QT8A 4J4QA 140LA 1L79A 4KLYA 1LPYA 1L86A 1KGBA 1DYCA 5DHGA 3DDLA 5G2AA 2RBQA 258LA 246LA 4EKPA 1JTNA 2WJLA 1CU2A 171LA 5ITEA 1JQUA 1L72A 259LA 5DHHA 1C6JA 212LA 164LA 4I7JA 1M0MA 1L20A 1L61A 3HH6A 3QBLA 5JJEA 1L36A 229LA 3QBKA 4PXFA 2RB2X 1DYDA 1NHBA 3HT7A 177LA 224LA 4E97A 3KJ6A 1F88A 3QJRB 3SB9A 2QB0B 1LYFA 3GUPA 1C6BA 1OV7A 4G7SB 5C1MA 211LA 241LA 1L92A 1G06A 166LA 1Q5IA 4NC3A 1L01A 2J4YA 2RB1X 1LGUA 235LA 4I7OA 1P6YA 1L93A 2RBRA 1L23A 1L65A 2PEDA 3QJUB 4LDLA 1T8FA 5JJNA 4EPFA 1G0QA 1L29A 1L56A 3CDQA 1E0PA 1LN6A 220LA 3UTYA 3JR6A 1C67A 114LA 162LA 1L80A 2Y03A 1L71A 148LE 4BV0A 1T97A 1L37A 250LA 260LA 2KSYA 1L55A 5B35A 1G0JA 216LA 3SB8A 1G0LA 3GULA 3RUNA 4XT3A 3DN6A 3CAPA 1L07A 4W55A 3WQJA 1SX7A 5LZMA 1IXFA 4MBSA 5G28A 3MBVA 1L83A 3QAPA 185LA 1KY0A 1KG9A 1QUGA 1QTCA 2Z6BA 3LZMA 1LWKA 4XTNA 4FAAB 4GPOA 1T6HA 3VGAA 1L42A 4LZMA 1C6HA 1BRRA 1L85A 230LA 137LA 1C6LA 1L9HA 1DYAA 1AT9A 1S53A 1P2RA 2IGCA 2O79A 3AYMA 4JKVA 1L87A 1MGYA 5AHZA 3HTBA 4G72B 1L25A 1KNIA 1L77A 1LI6A 3HT8A 3RZEA 251LA 3C81A 3AM6A 3C9LA 1KG8A 2BRDA 1OWZA 4I7NA 249LA 1C6MA 214LA 1KY1A 3K2RA 5TGZA 1L28A 3CODA 2ZFEA 113LA 3SB7A 1C6EA 2RH1A 3SN6R 2OU9A 2YCYA 5AWZA 3NY9A 4GBRA 1CV0A 3C9MA 5AZDA 1P3NA 6LZMA 1L05A 5H2HA 1P8HA 3FI5A 1E12A 1LYJA 3OAXA 1L16A 3EH4B 2A4TA 4X32A 2RBPA 1L00A 4XT1A 2L6XA 1L41A 3HUAA 4A4MA 2RBSA 3AYNA 3VG9A 1C62A 146LA 4FA7B 1QT4A 2RB0X 3DN2A 1L38A 3HT6A 1QKOA 1P46A 1C65A 5G54A 1L99A 1QHJA 4XXJA 2KSAA 252LA 4EPIA 2Y02A 3UTWA 147LA 1C68A 3CDTA 4OO9A 1QUDA 2LZMA 1KS3A 126LA 1L50A 1UAZA 1QT7A 3GUNA 1P37A 1ZYTA 2B75A 3V2WA 4ARPA 1P5CA 1T8AA 1OVJA 4AQNA 1IW9A 1LYHA 2CUUA 4HYXA 4PJZA 1L06A 1SWYA 4ARQA 4MD1A 4XTOA 1Q5JA 1P8IA 123LA 109LA 5H2JA 2QARC 1L31A 1L0KA 5I14A 2F95A 1GZMA 5B6YA 1DYBA 181LA 3PQRA 4QIDA 2ANVA 5H2MA 261LA 188LA 3OE0A 118LA 4W59A 197LA 4W58A 5B6ZA 1CVKA 1L32A 3G3VA 1CTWA 1G0KA 4DJHA 2F32A 1CV6A 1PQKA 184LA 215LA 3UONA 1L54A 2Y04A 205LA 4FPDA 227LA 5B2NA 1DZEA 107LA 2EI4A 5A8EA 1JTMA 1CU6A 173LA 5H2OA 3DN4A 1C8RA 1LI2A 4G71B 1PQMA 1L90A 1XEPA 1QS5A 2JAGA 234LA 3GUOA 4W53A 198LA 1SWZA 240LA 2OE9X 120LA 1SSWA 4IB4A 131LA 1BRDA 3EH5B 3C82A 1LW9A 1LYEA 4EKSA 1L58A 256LA 1L97A 4EA3A 122LA 219LA 2OU8A 196LA 242LA 3PDSA 3HAQA 4BEYA 3HUQA 1DYFA 225LA 1F50A 3GUIA 3UG9A 2R4SA 4UHRA 4I7RA 1G0PA 2Q9EA 1R2NA 3HT9A 3HAOA 3S8FB 1CV5A 1K28A 2RAZX 4EXMA 1S52A 1PY6A 1L12A 1L68A 2O7AA 4BWBA 223LA 2G87A 239LA 4BVNA 1L19A 180LA 1BM1A 1D3NA 1L17A 2Z55A 143LA 4K5YA 5ITCA 1KW5A 4I7SA 1L14A 3DMXA 3HTGA 1L94A 3ZPQA 4X31A 5LWEA 1L48A 1QTVA 5H2PA 150LA 4W54A 2HPYA 1L91A 262LA 3C8QA 2F93A 2KS9A 1L57A 2B6XA 3PBLA 2RBNA 3SB5A 218LA 3GUJA 4LDOA 1IW6A 4W51A 5H2IA 2B6ZA 2YCWA 4IAPA 4G70B 4WAVA 1TN0A 4BEZA 2HULA 2QPDB 1LGXA 1B6IA 5G53A 3FA0A 3PWHA 253LA 4MQSA 1FBKA 1L64A 2B7XA 3DN1A 3S3BB 3S8GB 2B73A 1CU5A 1S51A 1L69A 3HDEA 3NSBA 5H2KA 221LA 2KSBA 237LA 247LA 1UCQA 5KKHA 1QTDA 3DN8A 1C64A 2NTUA 3NYAA 3S3CB 1DYGA 2AT9A 4KNFA 1XJTA 4ARQB 3G3XA 1L52A 3A7KA 3QBGA 255LA 1C6TA 3EMLA 4GYCA 1L04A 233LA 4FBZA 5G2DA 1L66A 4L35A 3BVDB 3DMVA 4ARMA 2I35A 161LA 3VVKA 1WTHA 1M0KA 1QS9A 4PXKA 1L22A 1L0JA 4I7QA 5A44A 1X0K1 2OTYX 3F9LA 163LA 3L64A 1G1VA 2Y00A 5B0WA 1GU8A 178LA 1VGOA 156LA 4AMJA 3C7YA 1L15A 2OEAX 1CV1A 144LA 2Y01A 5H2NA 3PXOA 5A45A 103LA 1C6KA 1F4ZA 1JV6A 160LA 175LA 222LA 145LA 1C60A 209LA 245LA 4EKQA 5B6WA 4JR8A 125LA 1L08A 7LZMA 165LA 2I1XA 3OE6A 1P64A 1OWYA 1QUOA 3HU8A 3DN0A 1JFPA 4N4WA 1L59A 3COCA 3HTDA 3C83A 3D4SA 1L95A 1T8GA 1QKPA 1L60A 4L6RA 1D9WA 3GUMA 2HUKA 1KW7A 1L51A 4G7RB 4I7TA 1VJMA 4GRVA 2NTHA 4I7PA 1FBBA 1D3FA 1C6DA 3CDRA 4W52A 3QJTB 3QAKA 110LA 186LA 1P2LA 3F8VA 3GUKA 3HWLA 1QTZA 1XIOA 4YXCA 5AHYA 2ZIYA 1L70A 1D3MA 1L45A 1L96A 3HAPA 187LA 1OVHA 1L43A 2R4RA 1EHKB 213LA 3OE9A 257LA 4MQTA 1C6PA 1QTHA 2L78A 4ARLA 4HYJA 102LA 104LA 1QSBA 2B6WA 3G3WA 1U19A 3C80A 1L49A 5FJGA 190LA 2I20A 5G2CA 1JGJA 248LA 1QT3A 5B6VA 3UTXA 3QDCA 2YDVA 3HUKA 4OV0A 1L03A 1L76A 183LA 1L89A 1C6GA 4W56A 155LA 159LA 1C66A 1L47A 1DYEA 115LA 1LYDA 4PK0A 1CU3A 1P8UA 108LA 1L74A 2B6YA 192LA 4ARJA 5F8UA 1C6CA 1L75A 1ZURA 1P7SA 3V2YA 4I7MA 3ODUA 228LA 111LA 5BR2A 4UG2A 1CX6A 1LLHA 1EPYA 1S8JA 112LA 3DMZA 3QJQB 3DQBA 5EN0A 5B6XA 2NTWA 4IARA 4AMIA 1C3WA 2NTGA 1PQDA 191LA 206LA 4N4YB 244LA 5BR5A 4EKRA 2QPEB 1OV5A 2YCXA 2ZZLA 1CUPA 1XJUA 4GBRB 2O4WA 3C8SA 128LA 4BUOA 3DNAA 158LA 3ZPRA 254LA 1G07A 5ETZA 3NS0A 5JJJA 1L39A 1L84A 1CU0A 199LA 1L81A 4ARMB 1XMEB 1PXSA 2VT4A 167LA 1LWGA 3HARA 2Q9DA 1L13A 1S54A 1LI3A 1QTBA 4YXAC 2ANXA 5H2LA 3HDFA 1PXRA 1C6QA 4QI1A 130LA 3HASA 151LA 2LC9A 3SBBC 2WJKA 5G36A 2RBOA 1H2SA 3ABWA 3ZEVA 1C8SA 3QBIA 2B74A 119LA 1CX7A 3HH5A 1OVKA 1CWQA 1G0GA 1L27A 1S8LA 3L2XA 4YX7C 157LA 176LA 129LA 139LA 4HWLA 1L53A 3SB6A 1C6FA 174LA 2Z73A 195LA 1G1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A3ZA 3UZAA 1LKRA 3RFMA 1CV3A 5D5FA 3A6BY 1GAYA 1SX2A 4LZTA 1QT6A 1L11A 4W57A 1GBZA 3CDVA 1P56A 2LNLA 1R84A 3HU9A 5AX1A 3P64A 3FADA 1G7JC 1RCMA 1SSYA 3OK0A 5B1FA 1BRXA 3W6CA 200LA 3LYMA 1JJ0A 3QNGA 1PS5A 3QJSB 142LA 1ZV5L 1D3JA 4WM5A 3A96A 1HELA 4ZPUA 4I7LA 2FBBA 1GBOA 2DQGY 210LA 2HUMA 4Y9HA 1QM8A 3DN3A 4GLVA 4DD9A 1GB0A 1OUEA 3D3DA 1XFPL 1CV4A 3SBAA 3TXDA 3VHZA 5LVIA 4LDEA 1GAZA 2OE7X 1XSFA 3GXRA 3OE8A 5B05A 1UICA 2BQLA 2Z2FA 4WO6A 3C8RA 1G0MA 3A3QA 4I7KA 1L0MA 2B70A 4S0WA 3EH3B 1GF4A 2GV0A 1FKVA 138LA 3J6KA 1L79A 1LPYA 3N9EA 1KGBA 1LSYA 3A92A 3WULA 246LA 1GB6A 1NWGA 1JQUA 259LA 1JWRA 4YF2A 1L36A 177LA 1REYA 224LA 2IHLA 2MECA 3AZ4A 1F88A 4H9FA 4DDAA 1OV7A 4G7SB 2W1MA 241LA 2W1XA 1G06A 1Q5IA 4NC3A 2J4YA 1B5WA 1BWIA 2RBRA 1L23A 1GFJA 3AYQA 4OWEA 5I4WA 3CDQA 4YEOA 1LN6A 220LA 1GF0A 9LYZA 1C67A 114LA 1L80A 2BQMA 4D9ZA 1KXWA 3FI7A 2KSYA 5B35A 1YAPA 1AM7A 2DQHY 4W96A 1QUSA 2LYZA 185LA 2Z6BA 1LWKA 1NF5A 1T6HA 4H1PA 1QDRA 1L85A 137LA 3K3TA 1P2RA 4DD3A 1IC4Y 3AYMA 2D91A 1BB5A 1MGYA 5AHZA 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 2B6W A;  3G3W A;  1U19 A;  3C80 A;  1L49 A;  5FJG A;  190L A;  2I20 A;  5G2C A;  1JGJ A;  248L A;  1QT3 A;  5B6V A;  3UTX A;  3QDC A;  2YDV A;  3HUK A;  4OV0 A;  1L03 A;  1L76 A;  183L A;  1L89 A;  1C6G A;  4W56 A;  155L A;  159L A;  1C66 A;  1L47 A;  1DYE A;  115L A;  1LYD A;  4PK0 A;  1CU3 A;  1P8U A;  108L A;  1L74 A;  2B6Y A;  192L A;  4ARJ A;  5F8U A;  1C6C A;  1L75 A;  1ZUR A;  1P7S A;  3V2Y A;  4I7M A;  3ODU A;  228L A;  111L A;  5BR2 A;  4UG2 A;  1CX6 A;  1LLH A;  1EPY A;  1S8J A;  112L A;  3DMZ A;  3QJQ B;  3DQB A;  5EN0 A;  5B6X A;  2NTW A;  4IAR A;  4AMI A;  1C3W A;  2NTG A;  1PQD A;  191L A;  206L A;  4N4Y B;  244L A;  5BR5 A;  4EKR A;  2QPE B;  1OV5 A;  2YCX A;  2ZZL A;  1CUP A;  1XJU A;  4GBR B;  2O4W A;  3C8S A;  128L A;  4BUO A;  3DNA A;  158L A;  3ZPR A;  254L A;  1G07 A;  5ETZ A;  3NS0 A;  5JJJ A;  1L39 A;  1L84 A;  1CU0 A;  199L A;  1L81 A;  4ARM B;  1XME B;  1PXS A;  2VT4 A;  167L A;  1LWG A;  3HAR A;  2Q9D A;  1L13 A;  1S54 A;  1LI3 A;  1QTB A;  4YXA C;  2ANX A;  5H2L A;  3HDF A;  1PXR A;  1C6Q A;  4QI1 A;  130L A;  3HAS A;  151L A;  2LC9 A;  3SBB C;  2WJK A;  5G36 A;  2RBO A;  1H2S A;  3ABW A;  3ZEV A;  1C8S A;  3QBI A;  2B74 A;  119L A;  1CX7 A;  3HH5 A;  1OVK A;  1CWQ A;  1G0G A;  1L27 A;  1S8L A;  3L2X A;  4YX7 C;  157L A;  176L A;  129L A;  139L A;  4HWL A;  1L53 A;  3SB6 A;  1C6F A;  174L A;  2Z73 A;  195L A;  1G1W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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