3OE6A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in i222 spacegroup
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
442
structure length
418
Chain Sequence
NFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFLGAKFKTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 418
sequence length 442
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe6A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe6A01
4PJZA 1WTHA 3UONA 5H2MA 152LA 205LA 2OEAX 4DAJA 1L22A 1F88A 1XJIA 4XTLA 1R84A 3WQJA 1LGWA 1L9HA 3OE8A 4XT1A 2O79A 1AP9A 1L76A 1L45A 1L54A 243LA 3HAPA 3KJ6A 3BVDB 4GP5B 1L97A 2F93A 149LA 139LA 1L42A 1LGXA 1C6MA 2RBRA 3GUOA 4ARQA 4EA3A 1KW7A 178LA 237LA 1KGBA 3RFMA 4BV0A 4GYCA 4EKQA 3VVKA 155LA 1C6FA 1CV3A 4A4MA 1DYFA 1QS9A 1ZYTA 2Q9EA 1FBBA 4LZMA 1L91A 5H2NA 4W53A 3HUAA 1C6BA 1BRRA 1KS3A 224LA 4FPDA 4I7NA 214LA 1H68A 1L86A 4ARQB 1G1WA 3QBKA 221LA 5J7AA 3CAPA 201LA 1VGOA 3SN6R 3DDLA 1UAZA 3HH6A 2B6XA 1L07A 216LA 5B34A 4G72B 7LZMA 3DQBA 4QI1A 1C6NA 181LA 1C6JA 3C83A 1QSQA 3X3CA 177LA 5KKHA 3HDFA 2R4RA 2I35A 4KLYA 3VG9A 1L0JA 245LA 2A4TA 1PY6A 3C7WA 4W59A 3UTYA 2OE7X 5G2AA 161LA 103LA 1L12A 1CX7A 5AX0A 1C60A 5B6ZA 5TGZA 1LI6A 5B6WA 1QTZA 5H2PA 1L81A 4EJ4A 1L35A 1L62A 4YXCA 1CV0A 1D2WA 5AWZA 1L44A 3RUNA 241LA 2ANXA 3QJVB 1L28A 1DYGA 3DN3A 1SX7A 1L68A 1KY1A 2LC9A 1KMEA 5AZDA 2YDVA 1L09A 4KNFA 253LA 1L29A 2YDOA 3COCA 1L10A 4BVNA 1QTHA 2OTZX 1P37A 4LDOA 5DHGA 1C68A 1FBKA 1S51A 219LA 3OE9A 4MD2A 2NTHA 4G70B 1KG9A 244LA 3HT7A 1QTBA 4K5YA 115LA 1P6YA 1PQMA 1OWYA 4W57A 4W56A 3DN0A 5A45A 1L18A 3C7YA 126LA 118LA 143LA 210LA 3C8SA 165LA 1G0LA 5A8EA 227LA 252LA 3FADA 1CV5A 1JV6A 1L41A 1LYEA 1T6HA 184LA 162LA 1CTWA 174LA 1D9WA 4L35A 2RBPA 5ITEA 4HYJA 5G2DA 3L64A 1P8UA 2VT4A 228LA 3GUPA 3CDRA 1F50A 250LA 199LA 2HPYA 2QPEB 1L98A 1S8LA 1L49A 5LZMA 1E0PA 3D4SA 2YCYA 5B0WA 187LA 1L30A 1C6AA 1D3JA 1XJUA 3C7ZA 2RAZX 1C6GA 3F8VA 3SB9A 107LA 1OYUA 190LA 5G28A 129LA 2NTGA 1R2NA 3QJTB 3UG9A 1P36A 1P5CA 3DN4A 4EXMA 259LA 1L00A 1P3NA 2EI4A 147LA 1M0MA 2WJLA 4XTOA 1OVJA 168LA 4WAVA 183LA 5ETZA 1JQUA 2NTWA 3HDEA 173LA 3SBBC 1L26A 233LA 2RAYX 5DYSA 5H2OA 3HTBA 1DYEA 3S3DB 1L66A 5EN0A 1DYDA 1L69A 5FJGA 192LA 1KG8A 3NY9A 188LA 2I21A 1L90A 2Z55A 4X1HA 5AX1A 1Q5JA 1L34A 226LA 1AT9A 5JJEA 1KNIA 1CV4A 1CUPA 1BRDA 1L32A 3RZEA 1VJMA 232LA 3OAXA 3JR6A 2Y03A 4IB4A 4N6HA 235LA 1D3MA 1L02A 1L21A 180LA 3QAPA 3K2RA 1OVKA 2Y04A 4PK0A 222LA 3G3VA 1O0AA 3UTVA 1QUHA 3AM6A 2YCZA 4BEYA 4X31A 230LA 5I14A 2KSAA 3CODA 4I7OA 3GUIA 2Y01A 1E12A 1SWZA 4DKLA 1LYHA 1XMEB 5H2JA 3EMLA 1U19A 1C6DA 4NC3A 4PXFA 4I7KA 3HTDA 4I7SA 2I20A 261LA 159LA 167LA 1Q5IA 1QTVA 1P2RA 3GUJA 1L01A 4LDEA 4FA7B 3AYNA 4EPFA 3HH3A 3HUKA 4YXAC 1L50A 138LA 1C61A 4G71B 3T45A 1T8GA 2YCXA 1L99A 1L89A 1NHBA 1G0GA 2B6ZA 5JJNA 160LA 3QJQB 1L31A 1PQJA 5H2LA 158LA 198LA 2R4SA 4G7SB 137LA 1HZXA 6LZMA 4OV0A 1LYFA 1L56A 1D2YA 2B6YA 1L08A 3C8QA 3GUMA 2Z6BA 1MGYA 1L23A 2OE4X 1CU2A 4HWLA 2L6XA 1L95A 2LZMA 1QT4A 3C80A 3MBVA 112LA 1OV5A 1T8FA 3HAQA 3X3BA 1L51A 5DHHA 1QUGA 2ZZLA 1X0K1 1QSBA 1SSWA 4YX7C 1JTMA 4MQTA 2OTYX 1L11A 1IXFA 2HUKA 4ZPUA 4EPIA 1GZMA 1G0KA 1L58A 3AYMA 120LA 3SB8A 3F9LA 1P2LA 4I7JA 2RH1A 1CV1A 1F4ZA 1KY0A 3QBGA 1D3FA 1C65A 1C3WA 2LNLA 189LA 119LA 218LA 2B7XA 3DNAA 3SB6A 4XT3A 4X32A 1DZEA 1XJTA 1T97A 1PQIA 1PXSA 127LA 175LA 2NTUA 4AMIA 1JV7A 125LA 1S53A 3DN1A 4J4QA 1L75A 3LZMA 242LA 3HTFA 5G54A 1L13A 4PXKA 151LA 3C81A 3HU9A 146LA 3UTWA 5ITCA 1BM1A 4JR8A 1LPYA 2Q9DA 2G87A 234LA 1LW9A 3DMVA 4G7RB 3S3CB 123LA 1DYAA 1EHKB 3UZCA 1OVHA 1G0JA 1L80A 2Y00A 4GP8B 3PWHA 4ARMB 3VI0A 236LA 2YCWA 182LA 4G7QB 1JTNA 4IARA 4N4WA 130LA 1C64A 3PQRA 2B75A 4ARJA 1C6EA 1QKOA 5AHYA 3OE6A 1L60A 3HT6A 2PEDA 3DKEX 1KW5A 1L88A 5G53A 225LA 4AQNA 3VGAA 229LA 4W55A 1L63A 3P0GA 251LA 1L47A 4S0WA 4I7MA 3HARA 4QIDA 1L46A 4UG2A 1QM8A 3UTXA 104LA 2RBSA 4HYXA 4DJHA 4W52A 4Y9HA 256LA 1SSYA 1M0KA 2QARC 2X72A 1S52A 211LA 3PBLA 4TL3A 4XTNA 1L39A 1C6CA 4UHRA 1L0KA 1LYIA 1P8HA 5B2NA 131LA 217LA 145LA 197LA 2Y02A 3HASA 185LA 4WW3A 1OWZA 1L24A 5B6YA 170LA 1T8AA 3ODUA 3QBIA 2B73A 3V2YA 1BRXA 2OU8A 3S8FB 5BR5A 1L43A 2O4WA 3SB7A 1S54A 113LA 1DYBA 3HWLA 2M3GA 1L36A 257LA 157LA 2RBNA 1L55A 3HT8A 3FA0A 254LA 1L74A 1L77A 3DN2A 4ARLA 1LN6A 1M0LA 1PXRA 1X0SA 4JKVA 3DN8A 3QJSB 2HUMA 166LA 1LLHA 2B6WA 122LA 1QT6A 1G0MA 1XIOA 1L25A 3QJUB 1QT3A 1L16A 4ARPA 5G2CA 1L65A 5LWEA 3NYAA 3C8RA 258LA 3CDTA 206LA 262LA 1C6PA 1C6QA 1L40A 3NSBA 1TN0A 1CVKA 212LA 3VW7A 3GUNA 1L67A 4GBRA 1G0QA 3OE0A 1C69A 2ZFEA 1L33A 1IW6A 1QHJA 1P46A 1QTCA 1L03A 4W58A 3HU8A 3SB5A 102LA 3CDVA 4W51A 1H2SA 3ZPRA 3HANA 156LA 171LA 1LGUA 200LA 2BRDA 1L06A 4W54A 3UZAA 1L82A 1L52A 1L83A 5B6XA 169LA 2ZIYA 1L96A 4LDLA 3VHZA 4GBRB 3DMZA 1L37A 2B72A 191LA 4L6RA 2I1XA 1C6IA 215LA 4I7LA 1C6LA 1QT8A 2CUUA 4GP4B 1L85A 1L15A 1L61A 2B70A 1L48A 3HUQA 4GPOA 4IAQA 2JAFA 5H2HA 1IW9A 1L04A 2QPDB 1LI3A 1L38A 4FBZA 3NY8A 1LYJA 1SWYA 114LA 5H2KA 3ZPQA 5B35A 2KSBA 1QT7A 2RBOA 3REYA 1G07A 3V2WA 3QJRB 4OO9A 223LA 1GUEA 4XXJA 1LWGA 1LYDA 4I7RA 1G1VA 4MD1A 196LA 3FI5A 1D3NA 220LA 1C66A 1L92A 2F2QA 213LA 4I7QA 140LA 3HT9A 1I6SA 3HTGA 5F8UA 3SBAA 5AHZA 248LA 1PQKA 1QUOA 231LA 186LA 246LA 1CV6A 1P64A 2OU9A 2RBQA 1CX6A 4IAPA 1QUDA 2OE9X 5H2IA 1PQOA 240LA 2AT9A 2KS9A 2Z73A 1L70A 3CDOA 4ARMA 150LA 2LCBA 1LI2A 3QDCA 1L20A 3QBLA 142LA 2RB1X 163LA 2OU0X 1L17A 1L57A 3G3WA 1L71A 1CUQA 2O7AA 1G06A 3PXOA 1CU3A 2J4YA 4EIYA 1DYCA 247LA 3C9MA 3EH4B 1L72A 4EKPA 1EPYA 5B6VA 5C1MA 1PQDA 3HH5A 4MQSA 3EH5B 1G0PA 260LA 3CDQA 1L93A 1K28A 1QTDA 1L87A 1ZWNA 1C8SA 3NS0A 172LA 1L64A 1L73A 111LA 1L59A 3DMXA 1L79A 1X0I1 4AMJA 1LYGA 109LA 1C6HA 4I7PA 4EKSA 2F95A 1P8IA 2HULA 3A7KA 1P56A 3C82A 3HAOA 1B6IA 1S8JA 1CU6A 4I7TA 195LA 1TN5A 4E97A 1ZURA 3GULA 3ZEVA 5JJJA 238LA 1C63A 110LA 1C67A 3QAKA 2F32A 3C9LA 3ABWA 4BEZA 4BUOA 1P7SA 1C6KA 1L19A 1L84A 1UCQA 148LE 5BR2A 2RB2X 128LA 2WJKA 2RB0X 3EH3B 1QS5A 1TLAA 2F47A 1OV7A 2QB0B 2JAGA 1CU5A 3S8GB 1C6TA 1SX2A 4MBSA 5A44A 1JGJA 239LA 3PDSA 2B74A 5G36A 3G3XA 1QKPA 108LA 3S3BB 2B6TA 4N4YB 1L27A 1C8RA 4QRYA 1L0MA 1L94A 164LA 1L05A 249LA 4EKRA 1JFPA 1C62A 4GRVA 4FAAB 2IGCA 3L2XA 4BWBA 1QT5A 2ANVA 2KSYA 141LA 1L53A 1CWQA 255LA 1GU8A 3HH4A 3GUKA 1L14A 209LA 1XEPA 2L78A 1CU0A 4JQ6A 1LWKA 3DN6A 176LA 144LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D6PA 1QSWA 4PJZA 5H2MA 152LA 3ZEKA 3TMXA 1F88A 4ET8A 5I4WA 4NHQA 1LGWA 1R84A 4XT1A 1L45A 4G9SA 1LJHA 3GXRA 2RBRA 1L42A 3GUOA 1LHIA 4B4IA 1GAYA 178LA 237LA 1LZBA 4ETEA 2EKSC 1J1OY 4GCEA 1YAMA 2GV0A 1CV3A 4A4MA 2BQLA 2MEBA 2BLXA 1QUSA 4LZMA 1YKZX 4W53A 2XTHA 3W6CA 1NMMA 4FPDA 214LA 1NKHA 1L86A 5KXPA 1AM7A 1G1WA 221LA 3TMVA 1UBZA 3W6BA 3HH6A 2B6XA 2FYCA 1C6NA 1C6JA 5D5FA 1IWVA 1B7MA 4N8ZA 3HDFA 4EOFA 2MEFA 1NF5A 4TSCA 4W59A 4WG1A 1XGUC 1LMPA 2DKVA 161LA 1CX7A 1C60A 4ETDA 1L81A 2D6BA 1L35A 2BQDA 4NHSA 1L44A 1L28A 3DN3A 5FDJA 1KXXA 1KY1A 1F6RA 253LA 1L10A 4BVNA 4LYCA 5DHGA 1OUCA 3D3DA 1C08C 1EQ4A 2A7DA 1GFEA 3HT7A 1QTBA 1P6YA 1OWYA 4W57A 1REXA 1L18A 2Z12A 5DN4A 165LA 3CSZA 3WPJA 1G0LA 5A8EA 227LA 1B0DA 1CNSA 1PZYA 4NHIA 1LYEA 4J1BA 162LA 5ITEA 4HYJA 3L64A 8LYZA 1IP7A 1P8UA 2W1XA 1IP1A 5LVJA 2DQJY 4H9BA 1XGPC 5B0WA 1IWXA 3ATOA 4QGZA 1CKCA 4H9EA 2HEFA 1IR8A 1P2CC 1OUBA 4H8XA 3UG9A 1P5CA 1BWHA 4EXMA 1JKCA 1OUDA 2EI4A 5KJ9A 1LSFA 3HDEA 2PC2A 1L26A 2RAYX 3B0KA 1L66A 5FSTA 1L69A 5F81A 4NGVA 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 3QBL A;  142L A;  2RB1 X;  163L A;  2OU0 X;  1L17 A;  1L57 A;  3G3W A;  1L71 A;  1CUQ A;  2O7A A;  1G06 A;  3PXO A;  1CU3 A;  2J4Y A;  4EIY A;  1DYC A;  247L A;  3C9M A;  3EH4 B;  1L72 A;  4EKP A;  1EPY A;  5B6V A;  5C1M A;  1PQD A;  3HH5 A;  4MQS A;  3EH5 B;  1G0P A;  260L A;  3CDQ A;  1L93 A;  1K28 A;  1QTD A;  1L87 A;  1ZWN A;  1C8S A;  3NS0 A;  172L A;  1L64 A;  1L73 A;  111L A;  1L59 A;  3DMX A;  1L79 A;  1X0I 1;  4AMJ A;  1LYG A;  109L A;  1C6H A;  4I7P A;  4EKS A;  2F95 A;  1P8I A;  2HUL A;  3A7K A;  1P56 A;  3C82 A;  3HAO A;  1B6I A;  1S8J A;  1CU6 A;  4I7T A;  195L A;  1TN5 A;  4E97 A;  1ZUR A;  3GUL A;  3ZEV A;  5JJJ A;  238L A;  1C63 A;  110L A;  1C67 A;  3QAK A;  2F32 A;  3C9L A;  3ABW A;  4BEZ A;  4BUO A;  1P7S A;  1C6K A;  1L19 A;  1L84 A;  1UCQ A;  148L E;  5BR2 A;  2RB2 X;  128L A;  2WJK A;  2RB0 X;  3EH3 B;  1QS5 A;  1TLA A;  2F47 A;  1OV7 A;  2QB0 B;  2JAG A;  1CU5 A;  3S8G B;  1C6T A;  1SX2 A;  4MBS A;  5A44 A;  1JGJ A;  239L A;  3PDS A;  2B74 A;  5G36 A;  3G3X A;  1QKP A;  108L A;  3S3B B;  2B6T A;  4N4Y B;  1L27 A;  1C8R A;  4QRY A;  1L0M A;  1L94 A;  164L A;  1L05 A;  249L A;  4EKR A;  1JFP A;  1C62 A;  4GRV A;  4FAA B;  2IGC A;  3L2X A;  4BWB A;  1QT5 A;  2ANV A;  2KSY A;  141L A;  1L53 A;  1CWQ A;  255L A;  1GU8 A;  3HH4 A;  3GUK A;  1L14 A;  209L A;  1XEP A;  2L78 A;  1CU0 A;  4JQ6 A;  1LWK A;  3DN6 A;  176L A;  144L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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