3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
189LA 1P36A 4JR8A 4G70B 1G0QA 3LZMA 4IARA 1DYCA 1DYEA 143LA 4J4QA 1OVJA 4UG2A 3QDCA 3UTVA 1P37A 2RBQA 4W58A 1L71A 1DYDA 3VG9A 2RH1A 1L73A 1L03A 123LA 2RBSA 1HZXA 2RAZX 205LA 4NC3A 5AWZA 5B6ZA 1GUEA 2B73A 2BRDA 3QAPA 3SN6R 4EIYA 1DZEA 1QT5A 5AHZA 1OV5A 4G7RB 1KY1A 4XTOA 1D3FA 1C6NA 2OE7X 174LA 1XJTA 261LA 4I7PA 144LA 3HT9A 3GUJA 1C6BA 1PQDA 4MD2A 233LA 1L25A 4ARPA 2YCYA 1LYIA 4X1HA 2JAFA 3EMLA 2OE9X 115LA 4G7QB 1L35A 1S52A 1C69A 196LA 1P3NA 1L14A 4XTLA 4I7RA 1XMEB 3F8VA 4I7MA 3S3BB 3KJ6A 1BM1A 127LA 1G0PA 1DYBA 1L15A 3SB7A 2B6WA 1C60A 1Q5IA 5B35A 4XTNA 1SWYA 234LA 166LA 1P46A 2F95A 3ZEVA 1L27A 4JKVA 4S0WA 156LA 5AX1A 191LA 5G2DA 3VI0A 4EKQA 1JV7A 3NY9A 1C6TA 1L00A 2B6YA 5ETZA 1ZWNA 1L82A 4LZMA 190LA 3VW7A 4LDLA 1P7SA 1C6GA 1OWYA 1U19A 1C62A 1CU3A 1L64A 1L93A 3QJTB 5KKHA 180LA 5BR5A 2QARC 4K5YA 2Y04A 160LA 254LA 1R84A 120LA 3AYMA 3HASA 3PQRA 1L32A 4BV0A 218LA 1L11A 4HYXA 186LA 3EH3B 5AHYA 1L83A 3C9LA 1G0MA 1L16A 146LA 2PEDA 1G0KA 2B6TA 3C8SA 1IW9A 3QBLA 3QJSB 2LC9A 1T8AA 3OE9A 1XJUA 237LA 4GYCA 3PXOA 1L79A 3GUPA 1F88A 2YDVA 2Y02A 3CODA 4E97A 173LA 240LA 4ARQB 5B34A 3COCA 3UONA 1L67A 5AZDA 3DKEX 1OYUA 1CU5A 1L88A 3HTDA 213LA 5H2KA 1L08A 1LGWA 1LYHA 1S8JA 3CDVA 1VJMA 3F9LA 2Q9EA 2HPYA 2M3GA 4FAAB 107LA 1D3JA 1L86A 3FI5A 4W56A 2R4RA 1CTWA 4MQTA 151LA 2B6XA 2Y03A 2F47A 216LA 2YCWA 3OE0A 1DYFA 1L97A 126LA 225LA 1L44A 5A45A 4EA3A 1D3NA 1L90A 1QT4A 5G2AA 1K28A 164LA 1L28A 5B0WA 1C65A 1BRDA 3HWLA 2OU9A 3GUMA 3SB8A 1L29A 3DN1A 230LA 4AMIA 206LA 3ZPQA 110LA 3HH6A 1L19A 2NTHA 3UZCA 139LA 247LA 2OEAX 1L24A 114LA 130LA 262LA 4N6HA 236LA 2YCXA 3HT8A 1CV0A 1D2WA 1L31A 215LA 4ARLA 1UCQA 2Z55A 3CDRA 4I7QA 1LYEA 1QUGA 122LA 3RZEA 5ITCA 4KNFA 211LA 187LA 1L75A 2KSBA 2LCBA 3V2WA 1OVHA 4ARMA 259LA 1D2YA 129LA 1OV7A 2QPDB 1LYDA 2OTZX 157LA 1ZURA 5ITEA 3REYA 5JJJA 1L09A 1L47A 3VHZA 1G0GA 1I6SA 1L05A 1C6KA 4I7JA 1S53A 3NY8A 1PXRA 4MQSA 1R2NA 4GBRA 4BUOA 3BVDB 178LA 1T8FA 2Y00A 3C8RA 7LZMA 185LA 5B6YA 249LA 1F50A 4UHRA 1AT9A 1C6LA 5JJNA 2ANVA 5LZMA 152LA 3L64A 5A44A 4BVNA 4WW3A 3SB9A 1KNIA 1L65A 1LI2A 1OWZA 1L94A 3C7YA 1L02A 3G3VA 1L0JA 2OE4X 102LA 103LA 5AX0A 1JTMA 140LA 2I1XA 1CV4A 1JGJA 1C64A 3QAKA 1VGOA 172LA 1C6HA 2HUKA 4YXAC 1L85A 1LYGA 1L92A 3HAOA 1L30A 1QTVA 2YDOA 1P2LA 1QSQA 1O0AA 5C1MA 260LA 3ODUA 3QJQB 4FBZA 2B75A 1L23A 235LA 1G07A 4EPIA 2B70A 4G7SB 3G3WA 3C81A 201LA 3GUKA 2I21A 183LA 3HANA 1L39A 5F8UA 3UG9A 5EN0A 243LA 3CDOA 4X32A 1PQIA 1IXFA 1X0I1 1P5CA 4YX7C 3HU8A 3DMVA 2L6XA 169LA 1L62A 1L69A 1L81A 2B74A 4I7TA 3EH4B 147LA 3GUIA 3HH3A 5I14A 2VT4A 242LA 148LE 3OE6A 1L36A 1XIOA 163LA 251LA 4AMJA 104LA 3P0GA 1L43A 4EKPA 5G2CA 5H2LA 1CVKA 1QHJA 5BR2A 1C66A 227LA 2NTGA 2JAGA 5H2PA 2OU8A 1M0LA 195LA 3UTXA 2F32A 176LA 4EJ4A 1Q5JA 5B6WA 1G1WA 258LA 3HTBA 1GZMA 2J4YA 3WQJA 1L20A 4XT3A 3GUOA 1CV6A 241LA 3K2RA 5DHGA 5TGZA 1L98A 1LPYA 4DAJA 1QT7A 1QUOA 158LA 1C61A 3PBLA 1L34A 1C6MA 1WTHA 1PY6A 2QPEB 231LA 224LA 1QTCA 1DYGA 3S3CB 3X3BA 257LA 3HAPA 3DN3A 1FBKA 4W55A 3CDQA 5B6VA 5G36A 3SB5A 4ARJA 2O4WA 3CDTA 1JV6A 192LA 1L96A 5B6XA 2YCZA 112LA 1PQKA 1CWQA 1L22A 1C6JA 188LA 155LA 209LA 1C3WA 5H2OA 4BEYA 1QSBA 2OTYX 2KSYA 1C6FA 142LA 1PQMA 4IAQA 1LLHA 5JJEA 1L58A 2ANXA 2HULA 1SX2A 4PJZA 4L35A 131LA 4BWBA 1L99A 1L54A 1TLAA 3QJVB 1UAZA 3QBGA 1L50A 223LA 2RB0X 1QT8A 3C83A 2F2QA 4N4WA 5J7AA 228LA 149LA 3G3XA 221LA 2RB2X 3HTGA 1H2SA 3S8FB 4TL3A 5FJGA 3AM6A 1C6EA 3HUKA 4X31A 229LA 4EKRA 5DHHA 1C6IA 245LA 1LWGA 3HUAA 4DKLA 3QJUB 3X3CA 1LYJA 1CU6A 4ARMB 4HYJA 3RFMA 1L55A 199LA 1T97A 4W51A 3RUNA 1L76A 4HWLA 1C6QA 3JR6A 4IAPA 184LA 3QBKA 1LYFA 1L57A 1NHBA 1KW5A 1CV1A 1DYAA 1L0MA 1L26A 2RB1X 3C7WA 4GBRB 1P8IA 3UTWA 4QI1A 1P64A 1CU2A 3UZAA 2RAYX 4PK0A 1L52A 171LA 1QT3A 5B2NA 220LA 1L91A 3DMXA 1QKOA 1P8HA 1QM8A 3NYAA 1AP9A 4EKSA 1M0KA 1S54A 1L66A 4I7SA 3QJRB 4GRVA 3HT6A 3ABWA 175LA 125LA 3DNAA 1L13A 1C8SA 1KG9A 1G0LA 2NTWA 212LA 145LA 252LA 4PXFA 2EI4A 113LA 1S8LA 1L37A 1L42A 3GUNA 1L12A 2R4SA 177LA 118LA 3HTFA 108LA 2ZIYA 1KW7A 4PXKA 1CX7A 1PQJA 1G0JA 4W53A 1H68A 3C82A 1LN6A 3DQBA 1P6YA 3PDSA 1L89A 5G53A 3NSBA 4EPFA 1L33A 2X72A 3EH5B 1EPYA 1M0MA 4W59A 3S3DB 2CUUA 161LA 137LA 3D4SA 1L18A 255LA 197LA 2WJKA 5H2IA 111LA 4I7LA 2LZMA 1P2RA 119LA 226LA 2I20A 1L21A 3V2YA 3HH4A 3HDEA 1GU8A 1L0KA 1L07A 1D3MA 2Z6BA 1L10A 1XEPA 165LA 162LA 2L78A 138LA 4WAVA 1LWKA 1L59A 4LDOA 1PXSA 3UTYA 4GP5B 214LA 1C68A 4I7OA 2KS9A 3C7ZA 1S51A 4QRYA 198LA 1QTHA 1JFPA 4G71B 4A4MA 1CV3A 1QTBA 1L9HA 1L95A 1IW6A 1JTNA 1L56A 1BRXA 4L6RA 1L41A 170LA 238LA 1D9WA 1L61A 3HT7A 4DJHA 1BRRA 159LA 1TN5A 1QUHA 2QB0B 3DMZA 3CAPA 5H2HA 3S8GB 3HU9A 4FPDA 1QTZA 4I7NA 5DYSA 246LA 1XJIA 1KMEA 1L68A 1L87A 3SBAA 2WJLA 1CUQA 1LW9A 2LNLA 1MGYA 4W54A 4Y9HA 2NTUA 1C67A 4N4YB 1LGUA 1C8RA 4KLYA 4GP8B 168LA 4QIDA 1L70A 4GP4B 3C80A 1KG8A 2ZFEA 1PQOA 1SWZA 4LDEA 4JQ6A 4MBSA 4BEZA 3SBBC 1C6PA 4GPOA 1L77A 2B7XA 1FBBA 3OAXA 141LA 3OE8A 3SB6A 5A8EA 2O7AA 3C8QA 2G87A 3C9MA 1QTDA 1L45A 1CUPA 222LA 1L63A 1LI3A 3PWHA 3ZPRA 1QS5A 1LI6A 1C63A 1F4ZA 1CU0A 1KGBA 2Z73A 3AYNA 4W52A 250LA 2KSAA 2I35A 3MBVA 5G54A 1KY0A 1LGXA 3DN6A 2A4TA 2B6ZA 3QBIA 4OV0A 1C6DA 3DDLA 2RBOA 1L60A 1G1VA 2O79A 232LA 4IB4A 5G28A 1C6AA 1L74A 4ARQA 2ZZLA 3VGAA 1KS3A 1L84A 210LA 2Q9DA 3L2XA 248LA 3FADA 217LA 253LA 5H2JA 4XXJA 1EHKB 1T6HA 256LA 4XT1A 181LA 109LA 1L04A 1QS9A 3HAQA 3HUQA 200LA 4OO9A 1JQUA 1L40A 3FA0A 1X0K1 2Y01A 5LWEA 244LA 1L49A 1C6CA 1E12A 3VVKA 1SSWA 4EXMA 2RBNA 1OVKA 239LA 3A7KA 2HUMA 2IGCA 1T8GA 4G72B 5H2NA 128LA 5H2MA 1SSYA 150LA 3DN4A 6LZMA 3DN8A 1QT6A 219LA 4YXCA 1L46A 3HARA 1L01A 3NS0A 1CX6A 1L48A 2RBPA 1G06A 4MD1A 3DN2A 1B6IA 4I7KA 1L80A 1E0PA 2AT9A 1SX7A 1L53A 3GULA 182LA 3DN0A 1QUDA 4W57A 1P56A 1L38A 1L51A 2RBRA 4AQNA 3T45A 2OU0X 1L72A 2B72A 1X0SA 1CV5A 1P8UA 167LA 3HDFA 1L17A 1QKPA 1ZYTA 2F93A 1L06A 4FA7B 3HH5A 1TN0A 4ZPUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
189LA 1BB4A 4J7VA 1GE4A 1G0QA 4IARA 1DYCA 1UIEA 143LA 3QDCA 2RBQA 1HELA 5EBHA 3WU7A 4DWXA 2HUBA 5LVJA 3CT0A 1L03A 1G7HC 1GWDA 1HZXA 1WQQA 2BQNA 1B5ZA 4EIYA 3A92A 3P66A 1TDYA 174LA 4NHIA 135LA 5KXNA 1JTPL 3HT9A 1PQDA 4ARPA 4X1HA 1IR9A 5ILCA 3EMLA 2OE9X 115LA 3B72A 4XJIA 3WVXA 5LVKA 4NIJA 4XTLA 2XBSA 127LA 5KXSA 2B6WA 3A95A 4BAPA 1VEDA 2ZWBA 1HMKA 2F95A 1DI5A 2YBJA 1CJ8A 4DQ5A 5AX1A 4LYTA 1XEKA 1JSFA 1MLCE 2YBMA 1C6TA 2Z2FA 190LA 1AT6A 1P7SA 1C6GA 1L93A 5BR5A 2QARC 4HV2A 1R84A 4HPIA 3HASA 4BV0A 218LA 4HYXA 4AXTA 3EH3B 1LZ9A 1D0LA 3C9LA 1G0MA 2PEDA 1C46A 5F16A 3IWRA 1EL1A 1L79A 5KXLA 1IWWA 240LA 4ARQB 1JJ1A 3DKEX 5F9UA 1D0KA 213LA 2ZQ4A 5H2KA 1LGWA 4Z46A 1D3JA 4ZFPA 3FI5A 1LJIA 4BS7A 2F47A 1LZ5A 5M1YA 1FKQA 1DYFA 126LA 5G2AA 5B0WA 1FN5A 1G7JC 1LJ4A 5LYZA 3HWLA 1GF5A 2MECA 206LA 2Y8PA 247LA 5I54A 4NGLA 1SQ2L 4DQJA 2YCXA 4XENA 1CV0A 1L31A 2HEFA 4DD7A 1GBXA 1FKVA 4GLVA 122LA 3B0OA 1L75A 1AKIA 4BADA 1D2YA 1YAPA 1IWVA 2QPDB 5ITEA 3REYA 3W3EA 5JJJA 1IORA 1UIGA 1L47A 3VHZA 4XJBA 1PXRA 4D9ZA 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 3OAX A;  141L A;  3OE8 A;  3SB6 A;  5A8E A;  2O7A A;  3C8Q A;  2G87 A;  3C9M A;  1QTD A;  1L45 A;  1CUP A;  222L A;  1L63 A;  1LI3 A;  3PWH A;  3ZPR A;  1QS5 A;  1LI6 A;  1C63 A;  1F4Z A;  1CU0 A;  1KGB A;  2Z73 A;  3AYN A;  4W52 A;  250L A;  2KSA A;  2I35 A;  3MBV A;  5G54 A;  1KY0 A;  1LGX A;  3DN6 A;  2A4T A;  2B6Z A;  3QBI A;  4OV0 A;  1C6D A;  3DDL A;  2RBO A;  1L60 A;  1G1V A;  2O79 A;  232L A;  4IB4 A;  5G28 A;  1C6A A;  1L74 A;  4ARQ A;  2ZZL A;  3VGA A;  1KS3 A;  1L84 A;  210L A;  2Q9D A;  3L2X A;  248L A;  3FAD A;  217L A;  253L A;  5H2J A;  4XXJ A;  1EHK B;  1T6H A;  256L A;  4XT1 A;  181L A;  109L A;  1L04 A;  1QS9 A;  3HAQ A;  3HUQ A;  200L A;  4OO9 A;  1JQU A;  1L40 A;  3FA0 A;  1X0K 1;  2Y01 A;  5LWE A;  244L A;  1L49 A;  1C6C A;  1E12 A;  3VVK A;  1SSW A;  4EXM A;  2RBN A;  1OVK A;  239L A;  3A7K A;  2HUM A;  2IGC A;  1T8G A;  4G72 B;  5H2N A;  128L A;  5H2M A;  1SSY A;  150L A;  3DN4 A;  6LZM A;  3DN8 A;  1QT6 A;  219L A;  4YXC A;  1L46 A;  3HAR A;  1L01 A;  3NS0 A;  1CX6 A;  1L48 A;  2RBP A;  1G06 A;  4MD1 A;  3DN2 A;  1B6I A;  4I7K A;  1L80 A;  1E0P A;  2AT9 A;  1SX7 A;  1L53 A;  3GUL A;  182L A;  3DN0 A;  1QUD A;  4W57 A;  1P56 A;  1L38 A;  1L51 A;  2RBR A;  4AQN A;  3T45 A;  2OU0 X;  1L72 A;  2B72 A;  1X0S A;  1CV5 A;  1P8U A;  167L A;  3HDF A;  1L17 A;  1QKP A;  1ZYT A;  2F93 A;  1L06 A;  4FA7 B;  3HH5 A;  1TN0 A;  4ZPU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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