3OE8A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
443
structure length
433
Chain Sequence
PCNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSGSNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYHQKRKALKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYAFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 158
structure length 433
sequence length 443
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe8A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe8A01
1L58A 247LA 3NYAA 1JFPA 5H2MA 4UHRA 1JV7A 1DYEA 3DDLA 2B6YA 1L54A 2NTHA 1QUDA 1SX2A 211LA 1L21A 1BRDA 4XTLA 123LA 1G1WA 205LA 250LA 1L0MA 1L46A 3HANA 212LA 3A7KA 3QJTB 238LA 178LA 3EH3B 4PXKA 3V2WA 2KS9A 5B35A 1G0MA 4QI1A 1L44A 258LA 4I7OA 2B70A 4EKRA 4YXCA 1G0PA 3OE6A 4UG2A 1CV3A 2ANVA 1L97A 1F88A 1L91A 4DJHA 1QUOA 1AP9A 256LA 4XXJA 4QIDA 158LA 227LA 3F9LA 1QT3A 1CU0A 3BVDB 1DYAA 1L69A 1E0PA 141LA 1TN5A 3MBVA 3UONA 102LA 1L15A 4WW3A 1L43A 1DYCA 5H2HA 3C7ZA 2HUMA 1L85A 4FAAB 1L19A 103LA 5A45A 1T6HA 3C83A 4W56A 1P7SA 155LA 5H2IA 112LA 230LA 163LA 1P2RA 1CU2A 1LW9A 1OWZA 7LZMA 4JR8A 3QBLA 5LWEA 1F50A 1L37A 5A44A 1P46A 257LA 2R4RA 1LGXA 5BR5A 151LA 201LA 1QS5A 3CDVA 4GP5B 3CAPA 3ODUA 1L79A 5TGZA 1G0QA 3C82A 2KSYA 261LA 1L92A 3V2YA 2HULA 4ARQB 1HZXA 248LA 1T97A 5B6XA 3GUMA 2B6ZA 3D4SA 1D9WA 1L56A 1QT4A 2ANXA 232LA 3UTXA 1L98A 4MBSA 1L08A 3GUJA 249LA 3DN2A 4EXMA 1P6YA 1C6BA 1AT9A 2AT9A 3S8FB 5I14A 2B72A 1OWYA 4HWLA 5H2KA 1QTZA 4LDOA 1L86A 200LA 3PBLA 5G36A 3VHZA 1KY1A 1L01A 2B6XA 2RB0X 4W59A 260LA 2PEDA 3NS0A 4MD1A 1PY6A 1BRXA 1CX7A 4I7MA 1CVKA 1S52A 2Y03A 1XJIA 3HAOA 1QS9A 3C81A 3UZCA 187LA 2F47A 162LA 4XT1A 4GBRB 2RBSA 4DKLA 1PQIA 1R84A 3HTGA 192LA 3SB8A 2Z55A 1P8UA 3SN6R 5DYSA 1QTVA 149LA 1G1VA 2Q9EA 173LA 1L45A 1NHBA 2B75A 3HU9A 4TL3A 5B34A 1C6TA 1LN6A 4I7KA 5B2NA 114LA 1D3MA 122LA 4S0WA 1L48A 1L40A 4GP8B 3GULA 1CV1A 1L73A 1SWYA 4YXAC 107LA 4AQNA 2L78A 161LA 5A8EA 237LA 1L67A 1T8AA 2QPDB 1KS3A 1L65A 1M0KA 3QJQB 1L74A 1C61A 1EHKB 4LZMA 1PXSA 4MQTA 2R4SA 5B6VA 4FPDA 1CTWA 3REYA 4K5YA 2F32A 1C3WA 1FBBA 4EIYA 1PQDA 165LA 2I1XA 109LA 1L36A 5JJNA 1L12A 156LA 169LA 1QKOA 4X1HA 1L70A 1BM1A 3C9MA 1G07A 3RZEA 1QHJA 1P8IA 1LI6A 1EPYA 2O4WA 1JV6A 1L50A 4JQ6A 4ARPA 182LA 2VT4A 246LA 2F93A 1L84A 1QUHA 3GUIA 2OU8A 1C8RA 4I7RA 1DYDA 1DZEA 3HAQA 3SB7A 1L32A 1L39A 2RBQA 3DQBA 5DHGA 4BEYA 1G06A 2KSAA 3UG9A 190LA 4BWBA 139LA 1L89A 198LA 1C69A 3HH5A 1WTHA 1I6SA 2OTZX 2OE7X 5J7AA 1KW7A 3VG9A 1IXFA 1L53A 3S3CB 2NTWA 1CUQA 254LA 1CV5A 3HU8A 4OO9A 235LA 2RBRA 1L11A 1IW9A 5AHYA 4X31A 174LA 1L99A 213LA 2B7XA 224LA 1C6FA 1LWGA 1L81A 1KMEA 1D3JA 206LA 3DMVA 1FBKA 4NC3A 1TLAA 4X32A 3UZAA 4GYCA 1U19A 4ARMA 2B73A 1L18A 1KNIA 1L31A 4E97A 1M0LA 2O7AA 1C6KA 1L00A 1SSWA 242LA 130LA 239LA 1QSQA 1XJTA 4EKQA 4W55A 4XTNA 2LZMA 228LA 1C6GA 1C6NA 5G2DA 2J4YA 1QTHA 1SSYA 5JJJA 1L02A 111LA 2KSBA 3OAXA 1L66A 197LA 1CV0A 2B6WA 3HTFA 3EH4B 167LA 1L26A 4MD2A 4L35A 1L82A 1P3NA 1VGOA 3UTVA 3QJSB 1P2LA 3S8GB 4EPFA 4KLYA 3C8RA 243LA 1C63A 1JTNA 1PQKA 2F2QA 5B6YA 3KJ6A 3G3XA 5LZMA 1L47A 168LA 2M3GA 1ZWNA 1LYIA 166LA 164LA 3SB6A 147LA 3ZPRA 1L14A 1OV7A 244LA 1DYFA 1L88A 1OVKA 3RUNA 1KG8A 1K28A 2IGCA 4BVNA 1L42A 2L6XA 120LA 2RBPA 4IB4A 4I7SA 2YCWA 3ZPQA 1KY0A 159LA 2YCYA 4BV0A 1H2SA 241LA 4HYJA 2YDVA 5G2CA 1LYJA 4L6RA 1QT8A 3AM6A 3QAPA 1OV5A 1L41A 2OE9X 4FBZA 4I7TA 1QSBA 1L07A 6LZMA 3AYNA 1QTDA 2HPYA 1T8GA 183LA 5AHZA 1CV4A 1LGUA 4EA3A 216LA 127LA 1L52A 1QUGA 1C8SA 4I7PA 1B6IA 138LA 2OEAX 5AWZA 5H2PA 1P64A 3HH4A 3QJUB 4Y9HA 1QKPA 3WQJA 4I7QA 1ZYTA 1ZURA 2EI4A 1LLHA 3PDSA 1D3FA 1L25A 1L49A 1L77A 2RBOA 4LDLA 2LC9A 4J4QA 3QJRB 5ITCA 1JGJA 1P36A 2BRDA 1CU6A 4AMJA 184LA 1GZMA 2OTYX 5B0WA 1JQUA 219LA 1L9HA 2Y01A 4JKVA 1C6LA 1LYEA 4GRVA 3CDTA 1L16A 3EH5B 1T8FA 3DN3A 4QRYA 5DHHA 3RFMA 221LA 1L57A 3K2RA 176LA 3DN4A 1C66A 131LA 1O0AA 172LA 1L33A 2B6TA 3C7WA 1R2NA 1X0K1 2JAFA 4KNFA 186LA 2NTGA 188LA 3VVKA 3ZEVA 1L72A 2RAYX 1C6EA 1L29A 3GUPA 1S8LA 5G2AA 4W54A 1CWQA 1QT5A 259LA 5H2LA 1LI2A 2OU0X 4ARJA 4W51A 1GU8A 3GUKA 3NY9A 229LA 4PK0A 1CUPA 4I7LA 1OVJA 108LA 4ARMB 195LA 191LA 2HUKA 1XIOA 255LA 3HT8A 1L27A 4G71B 1S54A 1F4ZA 236LA 1DYGA 3L64A 3HAPA 2OU9A 1S8JA 5ITEA 1L09A 1L22A 3VI0A 3SBAA 177LA 128LA 1L05A 1L94A 3GUNA 1TN0A 1L87A 3FI5A 4G7SB 1OVHA 1L93A 1L59A 3VGAA 1OYUA 1L30A 2Y00A 180LA 1C65A 5H2NA 1C6HA 4N4YB 145LA 215LA 2A4TA 1UAZA 5G53A 1L95A 4PJZA 1C67A 1G0LA 3L2XA 3DMXA 3CDOA 3G3WA 2RAZX 2Z6BA 1D2YA 3CDRA 3UTWA 1L04A 3QAKA 2I20A 3HT9A 4DAJA 2WJLA 2JAGA 4IAPA 2YDOA 142LA 3PQRA 3HUKA 226LA 3SB9A 1XJUA 1P56A 2RB2X 3DN6A 4EKPA 2OE4X 2QB0B 1KGBA 2Y02A 5AZDA 1L0JA 175LA 1CV6A 5B6ZA 1L10A 115LA 189LA 1L0KA 1C68A 2F95A 4MQSA 2RH1A 181LA 4N6HA 3CODA 3QDCA 1QTBA 3QBKA 3C7YA 1KW5A 4GPOA 4I7NA 137LA 2NTUA 4A4MA 4AMIA 2RBNA 214LA 1C62A 3DKEX 4YX7C 4G7QB 3HT6A 1H68A 171LA 1L75A 1L60A 251LA 1D2WA 1L38A 3HDEA 2I21A 170LA 2ZZLA 218LA 1Q5JA 3QBIA 3UTYA 4W52A 2Q9DA 4W57A 2ZIYA 3HUQA 3OE9A 4ARLA 5G28A 140LA 4I7JA 3HT7A 3LZMA 3VW7A 2Y04A 4G72B 4XT3A 1LYHA 2LNLA 2WJKA 4WAVA 1QM8A 3JR6A 5G54A 1L20A 110LA 1CU5A 1QTCA 233LA 4OV0A 1L96A 2G87A 3X3BA 2YCXA 3DMZA 4EJ4A 1G0GA 1P8HA 125LA 1L03A 1SWZA 4LDEA 1X0I1 1XMEB 2QPEB 1L61A 1L80A 4W53A 3PXOA 5B6WA 1PQMA 4G70B 234LA 3HH6A 1L34A 2X72A 3NY8A 1L55A 3OE0A 1GUEA 1L51A 1L83A 3DN1A 3T45A 5AX1A 4W58A 1E12A 1C6DA 1CX6A 1L71A 1LGWA 5ETZA 5H2JA 3CDQA 1LYFA 1C6JA 1SX7A 1LI3A 5EN0A 225LA 1S51A 157LA 1UCQA 4XTOA 3EMLA 2O79A 3DN0A 210LA 185LA 1C6PA 5F8UA 129LA 4IARA 4IAQA 1XEPA 1G0KA 2RB1X 3OE8A 3NSBA 1DYBA 1M0MA 2YCZA 3P0GA 199LA 1PQJA 152LA 1Q5IA 5C1MA 3X3CA 3HH3A 4ARQA 4EPIA 1C6AA 1L68A 3S3BB 1D3NA 253LA 4EKSA 4GP4B 3C80A 1L06A 148LE 150LA 223LA 3G3VA 1BRRA 3FA0A 143LA 2I35A 1JTMA 4G7RB 5JJEA 3COCA 196LA 1C64A 3HDFA 2CUUA 1S53A 5BR2A 3HWLA 3SBBC 231LA 3HASA 1P37A 3QJVB 1IW6A 1CU3A 1L64A 1L13A 1L63A 209LA 3ABWA 5H2OA 1PQOA 1X0SA 1MGYA 1L17A 118LA 2LCBA 3C9LA 3HARA 1L35A 113LA 3PWHA 2ZFEA 1L28A 4ZPUA 4BEZA 1QT7A 3HUAA 252LA 1VJMA 144LA 3GUOA 3S3DB 104LA 3HTBA 4GBRA 2QARC 1P5CA 126LA 3QBGA 1L62A 1LYGA 4HYXA 1QT6A 2Z73A 1LWKA 4N4WA 1G0JA 1PXRA 4PXFA 2B74A 5AX0A 3DN8A 4FA7B 119LA 1C60A 217LA 245LA 1C6CA 222LA 5FJGA 1KG9A 1LYDA 262LA 1L24A 160LA 1C6QA 1L76A 3C8QA 3HTDA 3DNAA 1C6MA 1LPYA 1L90A 1C6IA 240LA 3F8VA 3AYMA 5KKHA 3FADA 146LA 3C8SA 1L23A 4BUOA 3SB5A 220LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVKA 1JFPA 1GE1A 3RNXA 3DDLA 2B6YA 2H5ZA 3AZ6A 4NGKA 1SX2A 211LA 1QUTA 4E3UA 1BRDA 1G1WA 1L46A 3A7KA 4LYOA 3EH3B 4PXKA 2YVBA 1BVXA 2KS9A 1G0MA 258LA 2B70A 4EKRA 1I1ZA 4YXCA 4LFXA 3W6DA 1L91A 3HBHA 3F9LA 1QT3A 4OWCA 3BVDB 1DYAA 1NQIA 1TN5A 1HFXA 3UONA 102LA 1L15A 1IC5Y 3C7ZA 4ETBA 1L85A 4FAAB 3TXGA 4HTQA 1IEEA 3C83A 1HEWA 1P7SA 155LA 1LSAA 230LA 163LA 1LW9A 1XGUC 1F50A 1L37A 1P46A 2MEEA 2R4RA 5BR5A 151LA 3BKVA 4GP5B 1KIQC 1G0QA 4WM6A 2YBMA 4J7VA 2CGIA 1GB5A 232LA 2BAAA 4WM1A 249LA 4EXMA 1AT9A 2AT9A 134LA 193LA 4N0JA 4PPOA 1GWDA 1QTZA 5B59A 3PBLA 1IR9A 4QEQA 3VHZA 1HEPA 4W59A 1GB3A 3B0OA 4GN3A 4NEBA 4WLXA 1CVKA 4TSBA 3WH1A 3W3EA 5AMYA 162LA 4GBRB 1XFPL 3WVYA 1QDTA 3SB8A 1UIEA 1P8UA 1JSFA 1QTVA 1L45A 2B75A 1IP6A 3HU9A 1MELL 5B2NA 5I5QA 1YAMA 1L73A 1LHIA 5I54A 3ZEKA 237LA 2FYDA 1G7JC 1TCYA 1C61A 2HTXA 1OUIA 3LN2A 3LYOA 1EHKB 3T6UA 4FPDA 1C45A 1W08A 2IFFY 3CT0A 3N9CA 1H6MA 1QSAA 156LA 169LA 1AZFA 1BWHA 3C9MA 4NSHA 1EPYA 1YQVY 3A95A 1LMTA 5IHGA 1AKIA 5B06A 246LA 1QUHA 2PC2A 2RBQA 4BEYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QT5 A;  259L A;  5H2L A;  1LI2 A;  2OU0 X;  4ARJ A;  4W51 A;  1GU8 A;  3GUK A;  3NY9 A;  229L A;  4PK0 A;  1CUP A;  4I7L A;  1OVJ A;  108L A;  4ARM B;  195L A;  191L A;  2HUK A;  1XIO A;  255L A;  3HT8 A;  1L27 A;  4G71 B;  1S54 A;  1F4Z A;  236L A;  1DYG A;  3L64 A;  3HAP A;  2OU9 A;  1S8J A;  5ITE A;  1L09 A;  1L22 A;  3VI0 A;  3SBA A;  177L A;  128L A;  1L05 A;  1L94 A;  3GUN A;  1TN0 A;  1L87 A;  3FI5 A;  4G7S B;  1OVH A;  1L93 A;  1L59 A;  3VGA A;  1OYU A;  1L30 A;  2Y00 A;  180L A;  1C65 A;  5H2N A;  1C6H A;  4N4Y B;  145L A;  215L A;  2A4T A;  1UAZ A;  5G53 A;  1L95 A;  4PJZ A;  1C67 A;  1G0L A;  3L2X A;  3DMX A;  3CDO A;  3G3W A;  2RAZ X;  2Z6B A;  1D2Y A;  3CDR A;  3UTW A;  1L04 A;  3QAK A;  2I20 A;  3HT9 A;  4DAJ A;  2WJL A;  2JAG A;  4IAP A;  2YDO A;  142L A;  3PQR A;  3HUK A;  226L A;  3SB9 A;  1XJU A;  1P56 A;  2RB2 X;  3DN6 A;  4EKP A;  2OE4 X;  2QB0 B;  1KGB A;  2Y02 A;  5AZD A;  1L0J A;  175L A;  1CV6 A;  5B6Z A;  1L10 A;  115L A;  189L A;  1L0K A;  1C68 A;  2F95 A;  4MQS A;  2RH1 A;  181L A;  4N6H A;  3COD A;  3QDC A;  1QTB A;  3QBK A;  3C7Y A;  1KW5 A;  4GPO A;  4I7N A;  137L A;  2NTU A;  4A4M A;  4AMI A;  2RBN A;  214L A;  1C62 A;  3DKE X;  4YX7 C;  4G7Q B;  3HT6 A;  1H68 A;  171L A;  1L75 A;  1L60 A;  251L A;  1D2W A;  1L38 A;  3HDE A;  2I21 A;  170L A;  2ZZL A;  218L A;  1Q5J A;  3QBI A;  3UTY A;  4W52 A;  2Q9D A;  4W57 A;  2ZIY A;  3HUQ A;  3OE9 A;  4ARL A;  5G28 A;  140L A;  4I7J A;  3HT7 A;  3LZM A;  3VW7 A;  2Y04 A;  4G72 B;  4XT3 A;  1LYH A;  2LNL A;  2WJK A;  4WAV A;  1QM8 A;  3JR6 A;  5G54 A;  1L20 A;  110L A;  1CU5 A;  1QTC A;  233L A;  4OV0 A;  1L96 A;  2G87 A;  3X3B A;  2YCX A;  3DMZ A;  4EJ4 A;  1G0G A;  1P8H A;  125L A;  1L03 A;  1SWZ A;  4LDE A;  1X0I 1;  1XME B;  2QPE B;  1L61 A;  1L80 A;  4W53 A;  3PXO A;  5B6W A;  1PQM A;  4G70 B;  234L A;  3HH6 A;  1L34 A;  2X72 A;  3NY8 A;  1L55 A;  3OE0 A;  1GUE A;  1L51 A;  1L83 A;  3DN1 A;  3T45 A;  5AX1 A;  4W58 A;  1E12 A;  1C6D A;  1CX6 A;  1L71 A;  1LGW A;  5ETZ A;  5H2J A;  3CDQ A;  1LYF A;  1C6J A;  1SX7 A;  1LI3 A;  5EN0 A;  225L A;  1S51 A;  157L A;  1UCQ A;  4XTO A;  3EML A;  2O79 A;  3DN0 A;  210L A;  185L A;  1C6P A;  5F8U A;  129L A;  4IAR A;  4IAQ A;  1XEP A;  1G0K A;  2RB1 X;  3OE8 A;  3NSB A;  1DYB A;  1M0M A;  2YCZ A;  3P0G A;  199L A;  1PQJ A;  152L A;  1Q5I A;  5C1M A;  3X3C A;  3HH3 A;  4ARQ A;  4EPI A;  1C6A A;  1L68 A;  3S3B B;  1D3N A;  253L A;  4EKS A;  4GP4 B;  3C80 A;  1L06 A;  148L E;  150L A;  223L A;  3G3V A;  1BRR A;  3FA0 A;  143L A;  2I35 A;  1JTM A;  4G7R B;  5JJE A;  3COC A;  196L A;  1C64 A;  3HDF A;  2CUU A;  1S53 A;  5BR2 A;  3HWL A;  3SBB C;  231L A;  3HAS A;  1P37 A;  3QJV B;  1IW6 A;  1CU3 A;  1L64 A;  1L13 A;  1L63 A;  209L A;  3ABW A;  5H2O A;  1PQO A;  1X0S A;  1MGY A;  1L17 A;  118L A;  2LCB A;  3C9L A;  3HAR A;  1L35 A;  113L A;  3PWH A;  2ZFE A;  1L28 A;  4ZPU A;  4BEZ A;  1QT7 A;  3HUA A;  252L A;  1VJM A;  144L A;  3GUO A;  3S3D B;  104L A;  3HTB A;  4GBR A;  2QAR C;  1P5C A;  126L A;  3QBG A;  1L62 A;  1LYG A;  4HYX A;  1QT6 A;  2Z73 A;  1LWK A;  4N4W A;  1G0J A;  1PXR A;  4PXF A;  2B74 A;  5AX0 A;  3DN8 A;  4FA7 B;  119L A;  1C60 A;  217L A;  245L A;  1C6C A;  222L A;  5FJG A;  1KG9 A;  1LYD A;  262L A;  1L24 A;  160L A;  1C6Q A;  1L76 A;  3C8Q A;  3HTD A;  3DNA A;  1C6M A;  1LPY A;  1L90 A;  1C6I A;  240L A;  3F8V A;  3AYM A;  5KKH A;  3FAD A;  146L A;  3C8S A;  1L23 A;  4BUO A;  3SB5 A;  220L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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