3OE9A

Crystal structure of the chemokine cxcr4 receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
437
structure length
420
Chain Sequence
CFRNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 137
structure length 420
sequence length 437
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe9A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe9A01
4I7TA 2O79A 3HU8A 4MQSA 1JQUA 1L63A 2YCXA 4A4MA 1NHBA 2HUMA 174LA 104LA 1L60A 1L74A 1L92A 3C82A 1DZEA 1S52A 2X72A 3GUNA 4DKLA 2YCWA 2ZIYA 3HU9A 3UZAA 4FPDA 2ANXA 2PEDA 156LA 250LA 3HUAA 4AMIA 1QT5A 2RBRA 1L49A 1BRRA 3C7YA 107LA 1DYFA 3C8SA 2WJLA 4MBSA 1QT4A 5ITEA 3DN8A 1L41A 3GUMA 2B6XA 1S54A 175LA 1LN6A 2ZZLA 1L09A 1LYIA 2NTWA 240LA 3OAXA 1P7SA 3UZCA 3HARA 5G2AA 4LZMA 1C6FA 224LA 2RBSA 1XJIA 3DQBA 1QS9A 1P2LA 3AYNA 4BEZA 1C69A 1L10A 3HDEA 4GP4B 1QUDA 1CV1A 1L08A 1O0AA 242LA 1L80A 150LA 3GUOA 5H2PA 1TN0A 1L28A 254LA 3UONA 4TL3A 112LA 1L85A 2KSBA 209LA 4KNFA 4G72B 1L79A 1G07A 4EKRA 1PXRA 3F8VA 3NS0A 1L96A 4I7SA 4XT3A 1SSWA 4QI1A 1C60A 1C6CA 1L35A 1MGYA 4NC3A 4XTNA 229LA 244LA 1S53A 3KJ6A 206LA 2HUKA 1Q5JA 4G71B 215LA 3HT8A 4HYXA 3HTFA 2QB0B 169LA 4EPFA 1L20A 4DJHA 161LA 1XIOA 1L25A 3OE8A 2KSYA 1QM8A 1DYBA 1L01A 1C6TA 140LA 1L94A 1QUGA 3HDFA 5AX0A 139LA 1CUQA 2ZFEA 3GULA 1T8GA 4I7MA 1L27A 160LA 4EKSA 3RZEA 108LA 1L37A 5C1MA 115LA 1L29A 4QRYA 245LA 2Y03A 1QTZA 4BV0A 1L69A 241LA 1KMEA 1F50A 1DYAA 218LA 3DN1A 4WAVA 1BRDA 205LA 4L6RA 3REYA 120LA 4BVNA 1VGOA 1GU8A 187LA 1CV4A 1CU6A 5EN0A 1PQDA 3NY8A 1C6PA 1L57A 1L66A 103LA 1P8IA 3CDQA 3DN4A 2F2QA 1L83A 3PXOA 2OU0X 1TN5A 3QBLA 145LA 2RAZX 4BEYA 1L17A 3DMVA 4IAPA 1L0JA 221LA 1IW6A 3HH5A 1OVKA 1L54A 3QJSB 1L52A 2YDOA 5AZDA 1SX7A 4W58A 2RBOA 4XT1A 3VHZA 1CTWA 3DN0A 4HYJA 1P8UA 3QJRB 5G28A 128LA 157LA 3K2RA 1AT9A 1L53A 4X31A 3QBGA 1CU5A 3C7WA 1DYCA 3QBIA 186LA 1BRXA 1L76A 155LA 4G7QB 5AX1A 1OV5A 1LLHA 3SBAA 3HAPA 228LA 1L87A 247LA 1L26A 3VG9A 1QTCA 212LA 1C8SA 1I6SA 2Y02A 3UTVA 1C6QA 5B0WA 3ZEVA 4X1HA 3LZMA 2LZMA 1SWZA 3X3CA 1P46A 3EMLA 1LWKA 2B7XA 3OE9A 1L47A 3COCA 2Y01A 131LA 148LE 1L46A 4ZPUA 1L90A 1G06A 223LA 4JKVA 185LA 3S3CB 210LA 4PXFA 217LA 4PXKA 3HAQA 4UHRA 1L61A 3F9LA 3C80A 1L93A 1LGUA 230LA 3PDSA 5B6YA 3HH3A 149LA 1T8FA 180LA 2B6WA 199LA 220LA 4G7RB 1AP9A 2I35A 5FJGA 1L14A 3DN2A 2L6XA 3DDLA 1L58A 1S51A 195LA 143LA 1OWYA 4XXJA 1C6LA 1JGJA 4AMJA 5B6VA 1QT6A 2QARC 5H2JA 1QT8A 2YDVA 3QAPA 1D3NA 4PJZA 1OYUA 3HTGA 1LWGA 1C6KA 3C81A 249LA 3HAOA 173LA 3SB6A 3NSBA 5H2MA 3ZPQA 5AHZA 4Y9HA 1LYGA 5G2CA 1L56A 1Q5IA 1QTDA 137LA 3DN6A 3WQJA 1XJUA 1LYHA 3PBLA 3V2YA 1CV3A 256LA 1QKOA 2KSAA 4N4YB 1CV5A 158LA 1L64A 3S3DB 1C6AA 1ZWNA 3FI5A 258LA 232LA 1VJMA 1KW7A 166LA 1L02A 1B6IA 2QPEB 3OE0A 110LA 3C83A 3C8RA 260LA 111LA 4BWBA 4EJ4A 261LA 2B72A 1D3MA 3VGAA 1QTVA 1L48A 3UG9A 1L70A 1L97A 1FBBA 1QKPA 3HANA 4GP8B 3RFMA 113LA 1E0PA 102LA 1L65A 4EIYA 1OV7A 1L67A 2B6YA 1CX6A 1G0JA 2RBPA 3HT9A 1P37A 4W51A 4OO9A 1D2YA 1G0MA 1CVKA 213LA 1QHJA 5DHGA 1C6GA 1C63A 2Q9DA 2RBQA 2RH1A 3DKEX 1CUPA 126LA 1L91A 1C62A 235LA 123LA 164LA 1PQKA 1TLAA 2LCBA 4MD1A 3DNAA 5H2OA 259LA 1OWZA 3SBBC 1LI2A 3GUKA 5H2KA 1P8HA 4XTOA 4FBZA 5H2HA 3A7KA 5G36A 1OVJA 1L16A 1L22A 1QUOA 2Z6BA 1WTHA 1OVHA 4GYCA 1G0PA 152LA 1LGXA 3VI0A 1L24A 1G0GA 3NY9A 1L0MA 2I1XA 3EH3B 5KKHA 1C6JA 1LGWA 1L68A 1QSBA 1KNIA 3QBKA 1C6NA 1XEPA 238LA 3QDCA 4GBRB 1T8AA 159LA 4J4QA 1UAZA 4YXCA 3VW7A 1L71A 4E97A 1KY0A 1P5CA 1G1WA 262LA 7LZMA 2R4RA 4EPIA 1F88A 1QUHA 4FAAB 3HTBA 125LA 1L50A 4I7LA 1M0MA 114LA 3QJVB 5JJEA 3HUKA 1P56A 1L43A 1P36A 4PK0A 1LYDA 1DYGA 130LA 3QAKA 5LZMA 1T6HA 2RAYX 189LA 3GUPA 3C9MA 2RB1X 1D3JA 1L73A 1L23A 1JV6A 1L21A 2NTGA 2I20A 4UG2A 5A44A 1G0LA 1C6IA 1R84A 5AHYA 2OEAX 1L15A 165LA 1LYJA 5B6XA 176LA 5I14A 1P2RA 4W53A 237LA 2B70A 5G54A 4X32A 4LDOA 1L18A 1C3WA 3L64A 2RB0X 1X0SA 4I7KA 188LA 1KG9A 2LNLA 3UTYA 1L77A 1R2NA 3AM6A 2F32A 3BVDB 1XJTA 255LA 5BR2A 4EKPA 4MQTA 2A4TA 3HUQA 3NYAA 226LA 1L59A 2O4WA 191LA 1C64A 2B73A 4G7SB 119LA 3ZPRA 1JV7A 4W59A 1XMEB 4I7JA 3CODA 5H2LA 190LA 2OTYX 5B6ZA 3SB8A 2LC9A 4XTLA 1L0KA 1L45A 171LA 3FA0A 1CWQA 5LWEA 182LA 1LPYA 2O7AA 1E12A 1KW5A 1KY1A 127LA 1L31A 4JQ6A 4GP5B 1PQJA 1C6DA 219LA 3CDVA 167LA 1KG8A 1S8LA 2OU8A 2Y00A 197LA 4ARMB 177LA 4MD2A 1SSYA 1L03A 3DN3A 3SB9A 1K28A 3D4SA 3SB5A 2YCZA 184LA 1C66A 3DMXA 1L72A 3HASA 4N6HA 4ARLA 2RBNA 4IARA 1BM1A 3FADA 5H2IA 4ARQB 1QT7A 243LA 1QTHA 1L39A 2F93A 3HWLA 3ODUA 3C8QA 1G0KA 3DMZA 2B6ZA 3HT7A 4IAQA 1C67A 1C6EA 2F47A 4ARMA 2VT4A 4BUOA 1C6BA 1X0K1 122LA 5B34A 3G3XA 3HT6A 4JR8A 1C61A 3GUIA 4ARPA 253LA 1IW9A 1HZXA 3PWHA 1CU0A 1QT3A 1L42A 4N4WA 2OTZX 1L75A 227LA 200LA 1FBKA 248LA 1M0LA 1H68A 239LA 3UTWA 3HTDA 168LA 6LZMA 1L05A 1T97A 2OE9X 4ARQA 4QIDA 2B6TA 1CU3A 251LA 4LDEA 1L84A 5DYSA 1LYEA 1L9HA 1L98A 1L36A 1LI3A 2KS9A 222LA 1L62A 2B74A 5A8EA 4I7RA 4ARJA 4W55A 4GPOA 1D3FA 1EPYA 2R4SA 3UTXA 1EHKB 3EH4B 1L30A 129LA 183LA 1L04A 1IXFA 1C68A 118LA 1ZURA 1D2WA 2BRDA 1L86A 2EI4A 3C9LA 5F8UA 4KLYA 2Y04A 1CV6A 3CDTA 1P64A 1L32A 4IB4A 1L44A 1L13A 1L12A 3S8FB 3T45A 1L40A 2NTHA 3HH4A 4GRVA 5H2NA 3G3VA 4I7QA 1LI6A 2L78A 1M0KA 3V2WA 1L11A 3CDOA 2CUUA 4K5YA 3CDRA 4I7OA 2Z73A 192LA 3SN6R 3QJUB 1KGBA 1L33A 2HPYA 3RUNA 4WW3A 2AT9A 1L55A 3L2XA 5B6WA 1L95A 3S8GB 4LDLA 5B35A 236LA 1LYFA 2IGCA 1D9WA 3G3WA 2JAFA 214LA 5G2DA 3C7ZA 2M3GA 2NTUA 1PQIA 2WJKA 234LA 1G1VA 3GUJA 4W57A 138LA 196LA 1CX7A 3AYMA 2OE7X 225LA 4L35A 2F95A 1P6YA 147LA 1C65A 4W52A 1L34A 1P3NA 3PQRA 4GBRA 1L00A 1QTBA 2JAGA 3P0GA 1QSQA 233LA 5BR5A 1KS3A 246LA 4YX7C 1L38A 4AQNA 1DYDA 1L06A 3OE6A 141LA 1SX2A 3VVKA 1L99A 1L89A 2RB2X 4HWLA 252LA 3JR6A 5ETZA 4I7NA 1CV0A 2HULA 4OV0A 5JJNA 5A45A 3SB7A 5DHHA 257LA 3X3BA 162LA 3HH6A 2G87A 4G70B 178LA 2QPDB 1JTMA 151LA 198LA 3QJQB 1JTNA 3CAPA 5TGZA 2I21A 172LA 1UCQA 146LA 1QS5A 1C8RA 1F4ZA 1GUEA 1PQMA 144LA 1CU2A 1SWYA 2YCYA 3ABWA 5B2NA 1H2SA 4YXAC 3MBVA 4S0WA 5JJJA 1PY6A 1DYEA 1L88A 5AWZA 181LA 1G0QA 1L19A 1GZMA 231LA 1JFPA 1PQOA 1S8JA 211LA 2OU9A 1C6MA 2Q9EA 4W54A 1L81A 3EH5B 2OE4X 4FA7B 4EKQA 109LA 1L07A 4EA3A 1L51A 1LW9A 1C6HA 163LA 3QJTB 170LA 5J7AA 1ZYTA 2J4YA 4W56A 4DAJA 3S3BB 2Z55A 4I7PA 2ANVA 4EXMA 5ITCA 201LA 216LA 142LA 2B75A 1PXSA 1U19A 1X0I1 5G53A 1L82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBDA 4I7TA 1JQUA 3AW7A 1L63A 2YCXA 4DQ5A 4XJIA 104LA 4WMGA 1DZEA 3GUNA 4GN5C 3HU9A 2ZYCA 4HP0A 2PEDA 4FPDA 1QIOA 1L49A 3RU5A 1C46A 3C7YA 4O34A 5HNLA 1LSFA 175LA 1VDPA 1VATA 4UWNA 2YDGA 4AXTA 1QUTA 1XJIA 3AYNA 4ETAA 4BEZA 3HDEA 1L80A 2BQLA 5H2PA 1VFBC 4WLYA 2EQLA 5I4YA 5L3HA 1G07A 4ET9A 2Z2FA 1SSWA 4QI1A 1C60A 1C6CA 1L35A 4XTNA 1LMPA 229LA 3KJ6A 2HUKA 1Q5JA 1IY4A 1LZ8A 1B0DA 4TUNA 2GV0A 2QB0B 1GB5A 4NSIA 1L20A 161LA 3OE8A 5KXMA 1GFRA 3A92A 1IP1A 1QM8A 1C6TA 1QUGA 135LA 1CUQA 2ZFEA 132LA 3GULA 5HQ1A 1KXWA 3RZEA 1G7JC 5C1MA 4QRYA 2XBRA 4BV0A 1IWVA 4L6RA 120LA 1VGOA 5KKIA 1VDSA 3NY8A 1IR7A 4GCDA 1EQ4A 1L17A 3EO5A 1L0JA 221LA 1OVKA 3QJSB 1D6QA 4GCBA 4WM6A 2YDOA 5AZDA 1E8LA 4HTQA 2BQCA 1CTWA 3DN0A 1XEIA 3LYTA 1GFJA 3C7WA 1UA6Y 3QBIA 1B7OA 1OV5A 3HAPA 3A93A 1L87A 1D0MA 208LA 3ZVQA 1C8SA 4G4HA 5F16A 1GF7A 4ETCA 2Y02A 5B0WA 1HHLA 3LZMA 5K7OA 1LZ6A 1P46A 4ETEA 1GBZA 3COCA 2H9KA 1L46A 2BQMA 1LJEA 1B7SA 1KIRC 2MEHA 1WQPA 3S3CB 4PXFA 3F9LA 3C80A 2Z12A 1NQIA 230LA 1LGUA 4L41A 3OK0A 3SP3A 180LA 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 1S8J A;  211L A;  2OU9 A;  1C6M A;  2Q9E A;  4W54 A;  1L81 A;  3EH5 B;  2OE4 X;  4FA7 B;  4EKQ A;  109L A;  1L07 A;  4EA3 A;  1L51 A;  1LW9 A;  1C6H A;  163L A;  3QJT B;  170L A;  5J7A A;  1ZYT A;  2J4Y A;  4W56 A;  4DAJ A;  3S3B B;  2Z55 A;  4I7P A;  2ANV A;  4EXM A;  5ITC A;  201L A;  216L A;  142L A;  2B75 A;  1PXS A;  1U19 A;  1X0I 1;  5G53 A;  1L82 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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