3OE9A

Crystal structure of the chemokine cxcr4 receptor in complex with a small molecule antagonist it1t in p1 spacegroup
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
437
structure length
420
Chain Sequence
CFRNFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein, hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
total genus 137
structure length 420
sequence length 437
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe9A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe9A01
3HUKA 2RAYX 3C9MA 2O7AA 1ZWNA 1L34A 1QTVA 5G2AA 3AYNA 191LA 3GUJA 139LA 120LA 5G28A 1L00A 2RAZX 240LA 3VI0A 200LA 3QDCA 3QBGA 1C65A 1PQMA 3QAPA 148LE 172LA 2QPDB 1L14A 244LA 252LA 177LA 4IB4A 4W55A 1FBKA 3HAOA 1C6NA 1C67A 2B6YA 4W52A 4MBSA 137LA 166LA 1DZEA 4I7TA 4DKLA 3REYA 1L01A 3QBIA 3UTWA 1UCQA 2Y04A 3VG9A 4EIYA 211LA 5AX0A 4BUOA 218LA 1C6QA 4HYXA 1O0AA 1KY1A 1C62A 1L33A 3GUIA 1C6HA 1FBBA 2OTZX 1PY6A 4EPFA 229LA 2OU8A 1QKPA 199LA 4JR8A 1P3NA 237LA 1L74A 1G07A 4EJ4A 1AP9A 1LYIA 3FADA 1QTBA 1XJUA 4G71B 1LI3A 2OEAX 3G3VA 1DYAA 4G7QB 3NY8A 1L96A 2RBRA 3DMVA 1P8HA 239LA 2ANVA 3GUNA 4WW3A 1QT8A 2NTGA 1DYCA 1HZXA 2I20A 3HAPA 1G1VA 5LWEA 1KNIA 1L22A 1QTHA 248LA 1QS9A 5TGZA 1L11A 217LA 1CU5A 1XEPA 1L58A 3PQRA 4BVNA 189LA 1P56A 3HTBA 3QJQB 2CUUA 4GBRA 1C6PA 1D3MA 258LA 1L68A 4W54A 1EHKB 1JFPA 1S54A 1S8JA 1C69A 3GUKA 1P8UA 250LA 3ZEVA 3CDVA 1L73A 1IXFA 149LA 155LA 3G3WA 129LA 2Y03A 138LA 3EMLA 2Y02A 5DHGA 2RBOA 4YXCA 103LA 3UZAA 3PXOA 1SX7A 3SB7A 1LLHA 5JJJA 1L85A 3HWLA 3CODA 5F8UA 1DYDA 1L69A 3C8QA 1JV7A 3HTDA 1SWYA 156LA 1S51A 3C7ZA 3SBBC 161LA 1GUEA 1LGUA 4EKRA 4I7JA 3C9LA 112LA 1L60A 4ARPA 1D2YA 3UG9A 181LA 1L88A 115LA 2HUMA 4ARMA 164LA 3HASA 3HDEA 5G54A 2LZMA 3HT8A 4HYJA 3F8VA 3FI5A 4N6HA 114LA 4HWLA 3COCA 1L40A 1L83A 1L08A 1PQDA 1C6DA 152LA 1H68A 2RBPA 1C6IA 1L03A 3OAXA 3T45A 3JR6A 221LA 4N4YB 1C61A 3X3BA 3DDLA 1Q5JA 1L62A 1CX7A 3PBLA 1D9WA 4KNFA 2PEDA 3DNAA 1L53A 1QM8A 3X3CA 1QTCA 3HDFA 3MBVA 2YDOA 1CTWA 1L54A 3DQBA 1BRDA 107LA 215LA 3OE6A 1L32A 141LA 2AT9A 5LZMA 3G3XA 1CV5A 2JAGA 1CU6A 3VGAA 5AHYA 4AMJA 173LA 225LA 4G70B 157LA 1G0MA 1L0KA 1OV7A 2B6WA 1BM1A 1B6IA 1QKOA 1X0K1 3HARA 2RBNA 2F93A 2WJKA 150LA 1PQOA 3SB5A 146LA 1L29A 4GP8B 1LN6A 4YX7C 1L25A 1SX2A 255LA 1L45A 4IAQA 5B35A 223LA 2QPEB 3DMXA 4LDLA 2NTUA 168LA 5AZDA 4PXKA 1L75A 2OU9A 205LA 3D4SA 4L35A 1L26A 3ZPRA 3QJSB 2RB2X 1KG8A 2B6XA 2RH1A 1L12A 261LA 1L44A 4W59A 1LYDA 2KSBA 1L56A 3WQJA 104LA 224LA 2J4YA 2B6ZA 3QJUB 1L47A 235LA 1L21A 5FJGA 1XIOA 1P2RA 3F9LA 5G36A 1L39A 1L61A 1S8LA 219LA 1C6FA 5B6WA 3DN4A 3HANA 3OE8A 3SBAA 4MD1A 1C6TA 5B0WA 3GUOA 1P46A 1L86A 2X72A 1C6CA 3CDRA 2HUKA 4I7KA 4EKPA 144LA 4TL3A 1P8IA 2LCBA 4MQTA 1QT5A 1AT9A 1L49A 3HT9A 3HAQA 245LA 3CDOA 5C1MA 1NHBA 130LA 1C68A 1KG9A 3QBKA 1I6SA 4J4QA 256LA 2I1XA 3QJVB 1L50A 1ZYTA 176LA 5I14A 5J7AA 4FA7B 5EN0A 2RB0X 1G0GA 1C6GA 3DN1A 6LZMA 2BRDA 1C6AA 187LA 2B6TA 162LA 170LA 1QUDA 1C63A 1P5CA 2L78A 3ZPQA 7LZMA 3PDSA 5AHZA 2HULA 180LA 3DN3A 4W58A 3EH4B 3HUQA 142LA 4LDOA 3SB8A 2ZFEA 113LA 2Z55A 3DN8A 5A45A 1LI2A 1C6EA 1IW6A 1L89A 2R4SA 4IARA 1DYBA 1LWKA 4XT1A 4Y9HA 3S3CB 4YXAC 183LA 1C6MA 1OWZA 2KSYA 4BEYA 1L02A 228LA 1LPYA 145LA 125LA 1XMEB 3HH6A 3S3BB 3UZCA 4XTOA 1C6BA 1P2LA 1L51A 4AMIA 4I7NA 2L6XA 1L59A 126LA 3V2WA 4NC3A 1L94A 1L18A 251LA 3KJ6A 1T8GA 1S53A 5B6VA 118LA 1EPYA 5JJEA 198LA 4QIDA 1CV1A 4I7QA 4PXFA 2JAFA 3UTXA 2NTWA 1LW9A 4GBRB 1L36A 4PK0A 3C81A 3P0GA 5A8EA 1C66A 1L42A 1L13A 4EPIA 1XJIA 1CWQA 206LA 1E12A 1L79A 3VW7A 158LA 3DN6A 3UTVA 3HU9A 3GUMA 1BRXA 3C83A 1VGOA 1GZMA 1TLAA 2HPYA 3C82A 233LA 2YCYA 1G06A 1KGBA 2F95A 160LA 4E97A 4FPDA 4I7RA 1P36A 1L76A 1QT4A 3S3DB 1L95A 4LZMA 4LDEA 4ARQA 5H2NA 249LA 4A4MA 1QHJA 1L37A 214LA 201LA 2OE7X 3CDQA 259LA 131LA 3OE0A 3AM6A 196LA 4XTLA 1C8SA 1TN5A 2B75A 1SSYA 1T8FA 3CAPA 140LA 1OVKA 2LC9A 123LA 1P64A 243LA 4I7PA 4ARMB 4L6RA 5H2HA 254LA 4QRYA 1L10A 182LA 1G0PA 1L91A 1L04A 1VJMA 3EH3B 4G7RB 3HTGA 3DN0A 4DJHA 2Q9DA 122LA 1L27A 2NTHA 174LA 171LA 1OVHA 3C8SA 3PWHA 4UG2A 2I21A 2OE9X 2B7XA 3NSBA 1L99A 3L2XA 1G0QA 3VVKA 1CUQA 2A4TA 1L41A 4XTNA 216LA 4N4WA 5AX1A 4DAJA 128LA 195LA 3QAKA 5G53A 1L80A 1L9HA 4UHRA 241LA 4ARLA 197LA 186LA 3QBLA 1KW5A 167LA 1C8RA 1D3FA 1H2SA 2KS9A 1P7SA 230LA 3RZEA 1LYFA 1UAZA 5H2JA 1T8AA 5AWZA 4AQNA 3AYMA 110LA 2OU0X 4I7LA 1C60A 4KLYA 2R4RA 5G2DA 1L16A 2KSAA 5ITEA 1WTHA 1OYUA 2Z6BA 1X0SA 3VHZA 1L72A 234LA 5DHHA 5BR2A 232LA 3FA0A 2F32A 3HTFA 4GYCA 3SN6R 1L23A 3C7YA 2QARC 3RUNA 1CUPA 3BVDB 1L81A 1Q5IA 3CDTA 5ETZA 1DYFA 1L48A 1CV4A 212LA 220LA 1C64A 1M0LA 1T6HA 3DKEX 2Y01A 2F2QA 5ITCA 1L30A 1JQUA 2YCZA 4X32A 4K5YA 1L0JA 1L67A 3HT7A 1OWYA 4WAVA 1L98A 5JJNA 102LA 3C80A 2O4WA 1L09A 2B73A 5DYSA 4XT3A 1L55A 4OO9A 5B6XA 1L64A 3ODUA 1M0KA 4X1HA 5A44A 1LYEA 1BRRA 1C3WA 127LA 1JTNA 3DMZA 1D2WA 1L90A 4IAPA 4EKQA 4GPOA 262LA 5H2OA 4FAAB 1L93A 3C7WA 4S0WA 1E0PA 3HU8A 4I7OA 1C6KA 1JTMA 2ZZLA 1CV3A 1PQIA 1C6LA 119LA 1S52A 1L52A 4QI1A 3HH4A 1KMEA 3QJTB 159LA 190LA 2I35A 2B74A 3DN2A 1L63A 1ZURA 4PJZA 4BWBA 111LA 5H2LA 4EKSA 247LA 4GP5B 1CU0A 1JGJA 1G0JA 222LA 2ANXA 246LA 185LA 1CU3A 3S8GB 1L82A 4W56A 147LA 1L46A 2M3GA 1L05A 4EA3A 1PXRA 1X0I1 163LA 3EH5B 1QT7A 1SWZA 4EXMA 4ZPUA 1G0KA 1L87A 210LA 178LA 5BR5A 1L38A 1OVJA 242LA 4X31A 1L28A 2YDVA 5G2CA 169LA 2B70A 1T97A 2YCXA 1L71A 192LA 1PXSA 2QB0B 109LA 1C6JA 1QT3A 2RB1X 3HUAA 4ARJA 5H2KA 1L15A 4G7SB 1L20A 143LA 1XJTA 1QTDA 4MD2A 1MGYA 1L06A 184LA 1IW9A 1DYEA 1CV0A 1LGXA 231LA 3NS0A 5B2NA 5KKHA 3NY9A 1LGWA 175LA 1KS3A 3C8RA 3V2YA 1GU8A 226LA 4G72B 1CV6A 1L66A 2F47A 1LYJA 1KW7A 1P37A 1QT6A 2B72A 1L24A 1TN0A 1U19A 3HH5A 5H2IA 236LA 1R2NA 2Q9EA 1L07A 1G1WA 1L19A 3UONA 2YCWA 2WJLA 4ARQB 3RFMA 4JKVA 1CVKA 4MQSA 1L57A 2ZIYA 188LA 3NYAA 1CX6A 4OV0A 5B6ZA 1QSQA 2VT4A 1M0MA 1LYHA 108LA 3HT6A 1SSWA 151LA 2OE4X 3GUPA 3ABWA 1L17A 3LZMA 2O79A 253LA 3GULA 260LA 3L64A 165LA 2G87A 1L97A 1L35A 1L43A 2Z73A 4W57A 209LA 1LI6A 1F4ZA 2RBSA 5B34A 3UTYA 1D3NA 4W51A 3SB6A 1JV6A 238LA 3QJRB 1L31A 1QUHA 1L70A 257LA 1F50A 1LYGA 4XXJA 1L92A 5H2PA 1CU2A 1D3JA 1QUGA 2Y00A 4I7SA 1KY0A 227LA 1QS5A 2RBQA 4BEZA 2LNLA 5B6YA 1F88A 3S8FB 1OV5A 4JQ6A 3SB9A 3A7KA 4BV0A 2IGCA 4GRVA 4FBZA 213LA 3HH3A 3K2RA 1L84A 4GP4B 1QTZA 4I7MA 4W53A 1PQKA 1QSBA 1R84A 1DYGA 1LWGA 1L0MA 2OTYX 1K28A 1L77A 5H2MA 3OE9A 1P6YA 1L65A 1PQJA 1QUOA 2EI4A 1G0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RAYX 3C9MA 1KIRC 2O7AA 1QTVA 3A8ZA 2CGIA 1B7RA 2NWDX 1NBYC 5G28A 5HNLA 2BLXA 172LA 1IP1A 1L14A 2LYOA 1LSMA 4GCEA 2HEDA 5I53A 3N9AA 4I7TA 4N1CC 1L01A 2MEIA 4EIYA 2Y04A 211LA 4BUOA 1C6QA 1L33A 2OTZX 3AZ6A 229LA 2OU8A 1LSBA 1P3NA 1L74A 1G07A 4WG1A 7LYZA 5I4WA 4HPEA 1LYIA 1XJUA 3A6BY 1DYAA 1UBZA 2RBRA 3DMVA 3TMXA 4WW3A 2I20A 4WLYA 3HAPA 1AKIA 1L22A 217LA 1WQMA 4BVNA 1UICA 1C43A 3HTBA 3A96A 4GBRA 2C8OA 1S8JA 1YIKA 4WG7A 3CDVA 3CT5A 149LA 155LA 2Y03A 129LA 4NG1A 1B7SA 2YDGA 1HFYA 3SB7A 1LLHA 5JJJA 2F4AA 3P66A 3C8QA 3HTDA 161LA 3C9LA 1L60A 1F10A 164LA 3W6FA 1D6PA 1LMQA 3COCA 1L08A 1PQDA 2RBPA 1C6IA 4BAPA 3T45A 5B06A 1HSXA 4H8YA 1D9WA 2PEDA 1PS5A 1LJ4A 2YDOA 3DQBA 1L54A 107LA 215LA 1WQOA 3G3XA 1CV5A 1DQJC 2BQIA 2H5ZA 5LA5A 1X0K1 1SQ2L 150LA 5KY1A 3GXKA 1L45A 4R0FA 4IAQA 1BWHA 1L75A 1LMPA 1LMOA 1L26A 3ZPRA 2RB2X 3TMVA 4AXTA 261LA 4W59A 2KSBA 1L56A 2J4YA 3QJUB 4J1BA 3WULA 1L21A 5FJGA 1OUEA 1L61A 3K3TA 3OE8A 2EQLA 5LINA 1NHEA 1IP5A 1CJ6A 2XTHA 4RW1A 4PPOA 1LJ3A 2XQOA 1GBWA 1YKZX 5F81A 4EKPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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