3OK9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with new oxatricyclic designed inhibitor grl-0519a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Probing Multidrug-Resistance and Protein-Ligand Interactions with Oxatricyclic Designed Ligands in HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ok9A00
1LYBA 3VF5A 2NXMA 5OYQA 2Q11A 5P30A 1J71A 5I3WA 1FQ7A 1D4LA 3LZYA 5P3ZA 2FNSA 5P8KA 4F76A 1IVQA 2F81A 5P40A 2QI0A 5P8UA 2V16C 4GMIA 2AOJA 1AAQA 5P4NA 4FGXA 3FNUA 5OZ2A 5IVQA 1G0VA 4DPIA 5P7KA 5P55A 5P26A 2NNKA 3BRAA 4JP9A 5P8TA 3QP0A 2IDWA 5P29A 5P2GA 1HSHA 4Y3NA 5P5GA 2P8HA 1RQ9A 3KT2A 3I6OA 1T7IA 3TPLA 3KM4A 1NH0A 5P76A 2R5PA 4DJYA 2ZHRA 1HVSA 5OZBA 2I1AA 2Z54A 5JFUA 1ZPKA 2WF0A 1OHRA 3O9BA 5P84A 3IVHA 1C6ZA 2JJIA 4JOOA 4M8XA 1F7AA 3IXOA 5P1TA 5OZ9A 1XDHA 3LITA 1ODYA 4B1CA 5P1CA 3ZMGA 3FV3A 5AHCA 1GNMA 5OYUA 5P65A 5ENMA 3S43B 3T3CA 2O4NA 6FIVA 5P2WA 3KFPA 5P16A 4Y4WA 2R3TA 4MC9A 5P5JA 1PSOE 4YA8A 4PEPA 3PCWA 1EPQE 5P1FA 2UXZA 4R8YA 5P2EA 4DQHA 1MT9A 1FQ8A 3EL4A 2OHRA 2PYMA 2OAHA 3NDTA 2AVSA 3T7QA 4D89A 3GI0A 5HU0A 5OZTA 4J0YA 5DQ1A 3OU1B 4LAPA 2ZHTA 4J1CA 5P8SA 1BDLA 5P49A 5P0AA 5P25A 3QROA 1K2CA 5P0NA 1M43A 4TRWA 4HDBA 2WEBA 3ER3E 5COOA 4Y5NA 5E5JA 3HBOA 1W50A 1UH8A 4KB9A 1EPRE 1DMPA 4ER2E 5P7WA 4LXAA 3UCBA 4DQCA 4QJ6A 1XE5A 5P0UA 3CYWA 3UQXA 1D4JA 4Y58A 4ER4E 2I0DA 5OYWA 4LBTA 1CMSA 2QZLA 5P1WA 4TVHA 4Y39A 3LZUA 4YD4A 5OZAA 5P2NA 1Z8CA 3R4BA 2G1RA 1MTBA 4UPJA 4K4PA 4Y3QA 1T6EX 3S7MA 3QPJA 3SLZA 4DQEA 3AIDA 5DR8A 3UDRA 1QBSA 1GNNA 4L6BA 4EJ8A 3BXRA 4FAFA 3PSGA 4Y36A 1A8GA 5P3BA 3S7LA 1W5WA 1T6GA 5P7ZA 2ZJKA 4TRYA 3O9FA 3U7SA 3VYEA 4OBFA 3S43A 1ZP8A 4J54A 1A8KA 1PSAA 1W5XA 2PSGA 4R5NA 3UFNA 1EBKC 4HEGA 3OQAA 4YD7A 5P8LA 5P7EA 4J1IA 5P6CA 3TLHA 5P3PA 5P7SA 4CMSA 5OZWA 3OOTA 2VJ7A 4ZSMA 3SKFA 2ZJLA 1HRNA 1YT9A 3PMYA 3CIDA 2WEZA 5OZKA 3LIYA 1N49A 1SDVA 3EM6A 3O9IA 1ZJ7A 5P7FA 1ZLFA 5P23A 1BV7A 3OHHA 5P52A 1MRXA 1TSUA 3OU1A 1D4YA 3L5CA 3APPA 3IA9A 5P7MA 3NDUA 3VG1A 1QBTA 5P28A 6UPJA 1C6XA 5P3FA 2ZJIA 4AZYA 2HB3A 5SY3A 3PCZA 1VIKA 5P5CA 4OD9B 4H3IA 1LV1A 3DM6A 4Y51A 3R0YA 3MWSA 3HVGA 5P6AA 1APTE 5P6RA 2ASIA 2A1EA 2AOGA 1XL5A 2WF4A 2FDEA 4F75A 3FX5A 4J55A 1LF2A 3SACA 3SAAA 3S53A 1W6HA 4WY1A 1MIQA 3JVWA 3SO9A 5P4XA 4EJKA 1BXOA 3DCRA 5OZFA 4EXGA 3OOZA 3RTMA 5B18A 8HVPA 3I25A 4B1EA 4CPXA 3OTSA 4YCTA 3VLBA 2O4PA 1K6PA 1ENTE 1D4SA 2I0AA 5P6NA 5P64A 1BIMA 3SA5A 5P7PA 1XN2A 5P5RA 1AJXA 4D8CA 4OBZB 4Y5BA 5HTZA 5COPA 5P2RA 2WEDA 3ZPSA 5P73A 1YTJA 4FS4A 2CENA 3LZVA 1AJVA 5P35A 1MVPA 5P6LA 4B78A 4YCYA 5P1HA 4EQJA 4ZPFA 5P1PA 4ZSRA 4GJ7A 4QJ2A 5OZ0A 1SGUA 5P43A 5EZZA 4FLGA 1RPIA 5P13A 1EC3A 1XS7D 3NXEA 1HVKA 3ZKGA 3PWMA 5P6EA 5P7CA 3QVIA 1MUIA 5P2KA 4CPTA 2QAKA 5P5HA 5IE1A 1HVIA 3TOFA 4Y53A 4OD9A 5P66A 4EQ0A 2PSUA 5P58A 4RCEA 3PI5A 2HIZA 1HPOA 4K8SA 1FQ4A 2Q5KA 2H6TA 4A6BA 1AVFA 1DIFA 1T7JA 1HVLA 2FLEA 1HVHA 5COKA 1FQ5A 3PSUA 3URLA 3D1ZA 3VV6A 1BVEA 1BWAA 3IN3A 5P6ZA 4FAEA 4Y6MA 3T11A 5P89A 4I0IA 4FSEA 4S1GA 5KR1A 4K4RA 3H5BA 5P5VA 4CPUA 3S2OA 3ZL7A 2AZCA 5P4EA 3INFA 3I2LA 2JYSA 3HVPA 4Y3ZA 2I4QA 1PFZA 5P72A 2O4SA 4DJQA 1OEXA 1MRWA 2HM1A 1BILA 2G26A 4OBZA 5P5EA 4DPFA 3DK1A 3OY4A 4Y38A 1B6MA 3K4VC 5P11A 1FMUA 1KJ4A 5P2AA 2ZGAA 4Y3XA 2WJOA 1FGCC 4H3FA 3UQPA 5P7GA 3SA8A 2BPVA 3WZ6A 3VSWA 3SQFA 5P0HA 5P1EA 1HTEA 2QU3A 2FXDA 3UQWA 2V00A 3OXCA 5P53A 5KAOA 5P1MA 1TQFA 4X2LA 2H6SA 1NSOA 1IZEA 3KF0A 4J1KA 5P6JA 5DGUA 4OC6B 5P6YA 2QHCA 5HDVA 4OBKA 3UFLA 5P1AA 3OGQA 4Y3TA 3CICA 5P3NA 3O99A 4ACXA 5P59A 4Y5AA 2OHKA 5P2VA 4FL8A 2QU2A 2ZHVA 5P56A 2P3AA 3CKRA 4XXSA 5P2MA 2MIPA 5AHAA 5P45A 1PSNA 4YDFA 3O9LA 3N3IA 1HEGE 3D20A 5P6GA 4I0JA 1ZTZA 1EBZA 1HVJA 3BVAA 3DCKA 4PHVA 5P6IA 3PSYA 1A30A 3URJA 2ZE1A 5P4LA 5P3EA 3WSJA 3UQUA 3D1YA 1AM5A 4GJ9A 3ZKQA 2AIDA 4Y44A 3R0WA 3QRVA 1FMXA 3OU4A 5DR3A 1K1UA 2FXEA 3FSMA 4Y3EA 3FIVA 4NJSA 5IVSA 5P34A 2NXLA 1HSGA 4HZTA 2F80A 4GJCA 4DJWA 5P03A 3NU6A 5P3WA 5P5MA 2BPZA 3OADB 4D88A 2B7ZA 3SA3A 1SGZA 3ZKIA 5P18A 5JFPA 5P12A 3EBZA 5P6MA 2WEAA 1NPAA 3JW2A 3EM3A 2AZ8A 1W5YA 3FNTA 4R91A 4Y3DA 1LEEA 4FCOA 4Y3SA 5P51A 5OYRA 5P4KA 5P3LA 3PB5A 1SMEA 5P57A 5ENKA 3VV8A 5T4SA 1YM2A 1XE6A 2HB4A 5P2CA 2ZJHA 2BKSA 1YTGA 3KYRA 1MERA 3Q5HA 1SBGA 4Y3LA 4LXMA 3BVBA 2J9JB 3T7XA 3CKPA 3PMUA 5C9FA 5P3OA 2JJJA 2FIVA 4L7HA 4Y3PA 1IBQA 2Z4OA 1QRPE 5P3VA 3K4VA 4APRE 1U8GA 3TTPA 4Y4BA 1GVUA 2PQZA 2RENA 5P1VA 4R95A 3TL9A 2AOFA 2IS0A 5P0PA 1SIPA 1T7KA 3LNKA 3LIQA 5P4UA 2O4LA 5P61A 2QMGA 3INDA 1HIIA 2VA6A 5P5OA 4AMTA 5I3VA 3VUCA 2UY0A 2ER6E 3M9FA 5P4OA 3HLOA 4H1EA 4X7IA 3T6IA 5P4IA 5HVPA 4BEKA 4I0HA 1TZSA 3O9CA 4I0ZA 4NJUA 1QBUA 4L7JA 4JPEA 2FGUA 3OADA 5OZXA 2HC0A 4Y4UA 4EWOA 3NU5A 1GVTA 1IZHA 1BWBA 3NWXA 1TSQA 2QNPA 2I4XA 4ACUA 5P0OA 3DUYA 1LYWB 5P6FA 2ZHSA 3PLDA 4Y56A 2IEOA 4OBHA 3DV5A 3ST5A 1MSNA 5P2SA 3L5DA 1M4HA 4DJOA 2FDDA 5ER2E 1IZDA 5P6QA 3LPJA 5P4TA 5P79A 4COEA 2J9JA 4FIVA 5P8MA 1A9MA 3K5DA 5P5KA 5P87A 5P5SA 5HDZA 4RLDA 1C70A 2V10C 2IL2A 4GZFA 1G2KA 3UF3A 2PYNA 1VIJA 2QD8A 1ODWA 5P7IA 1OD1A 3L38A 4RVIA 4D83A 1FKNA 3WB5A 1HPXA 1ZPAA 3QIHA 3LINA 4L7GA 4CP7A 5OYVA 3TKWA 1HWRA 5P37A 3KN0A 5AH8A 5OYTA 7HVPA 5JODA 5P2JA 5P8HA 2AOHA 5P4BA 3NU3A 2BKTA 4CKUA 5PEPA 4QJ9A 5P6SA 3T7PA 4LL3A 1MTRA 1SDUA 3S56A 5DGWA 5P3MA 2G1NA 3B7VA 5P3KA 2V12C 4IVTA 1DPJA 1YTHA 5P5WA 4XKXA 4RYGA 2QHZA 3IGBA 4MC2A 5C9BA 5BRYA 2B8LA 3IAWA 4CPWA 4CPSA 2PH8A 3OHFA 3TH9A 4Y50A 5P5TA 5FIVA 2NNPA 5OZSA 5P36A 3UQRA 5P0VA 2A4FA 4B0QA 4Y3GA 1LZQA 1LYWA 4CPQA 3NU9A 2VNNA 4YE3A 5P6OA 3LZSA 2QI7A 3MSKA 3R1GB 2IRZA 5IVRA 4RGHA 1EPME 1WKRA 2QI6A 5OZ5A 3QBFA 2NPHA 2OHPA 3Q70A 2BQVA 3OAGB 3AUPA 3TPPA 5P77A 2QD7A 4QJAA 4FRIA 5P5NA 3EL9A 4DH6A 5KQYA 4TVGA 5OYSA 3PJ6A 5P8PA 5P3RA 5P86A 1A94A 2G94A 3NDXA 1HTRB 1BDRA 1FQXA 5P4DA 3OQKA 5P0YA 5P5YA 2P4JA 5ISJA 5JG1A 5P46A 1BVGA 3RTNA 3OUAA 4GJ5A 4J17A 2BJUA 5P4HA 5P5DA 5DR4A 1B6JA 4F73A 2QK5A 3NUOA 3PLLA 3SFCA 5P6XA 1PPKE 1TCWA 1T3RA 2PWCA 4U8WA 4FM6A 5DR7A 5P1KA 5OYXA 4DQFA 1APWE 3Q6YA 5P5ZA 5P31A 3D3TA 4HE9A 4JPCA 1B6PA 5P2QA 3DV1A 1LYAB 3O9AA 4Y4XA 3SKGA 3VSXA 5P24A 3D91A 5P1NA 5P7XA 3LIXA 5F00A 1IVPA 3URIA 1BDQA 3QS1A 3SPKA 3I8WA 4N00A 4ZPEA 4Y35A 1K1TA 5P8JA 3VV7A 3WZ7A 1HEFE 4EYRA 4DI2A 3EKQA 2JXRA 5P5UA 1E82E 5P1OA 2G20A 1K2BA 5HE7A 5P4QA 2J9KA 2AQUA 5OZDA 1SDTA 5P39A 3MSLA 3EL0A 5P0TA 3HZCA 5P2UA 3OAGA 1ER8E 3S85A 1EC2A 3NWQA 1XN3A 5HE5A 1KJ7A 3C9XA 5P50A 4Y5PA 5P2TA 4Y3YA 3VF3A 4K4QA 2WF2A 4ZLSA 1XL2A 2PSVA 2AVOA 5P0WA 2P3CA 5DQ4A 2AZBA 3ZOVA 5P62A 5P83A 5HCOA 4KE1A 5P42A 5P6BA 5P5PA 1MEUA 2G1YA 2HB2A 2HPFA 5P4VA 3OQ7A 4Y5GA 3F9QA 4QJ7A 5P17A 3BGBA 3O9LB 1META 4DVFA 5P0DA 3VYFA 3UDKA 3SABA 5P4CA 1LYAA 2I4DA 4DJXA 2VIYA 4B70A 2G27A 3N4LA 4AA8A 3ZPUA 4YBIA 5P8RA 3G72A 1APUE 4Q5MA 5DQ5A 5P3QA 4B72A 3KFSA 2OF0A 2APRA 4XX4A 1FEJC 2SAMA 1YX9A 5P3HA 3OU4B 3PBDA 4J1FA 3GW5A 3L5FA 2FGVA 3TKGA 1HSIA 5BWYA 3UDYA 2BPXA 5OZLA 3OUBA 5AH9A 5P6TA 5P4FA 5P06A 3VLAA 4Y37A 4J0PA 4J1HA 4EHCA 4EXHA 1M0BA 2QP8A 3BHEA 3LHGA 1CZIE 5KQXA 5P0RA 2VIEA 3Q3TA 5AHBA 4ER1E 1W5VA 5P32A 1BXQA 5C9DA 2NR6A 3ZPTA 1HIVA 2ZYEA 5P0MA 3DOXA 1EBYA 5UPJA 5P6WA 5P8BA 3KDCA 5P3AA 2VS2A 3HW1A 4ZSPA 3GI4A 1LS5A 4Y4DA 2R38A 4Y5EA 4JECA 2OHTA 3ZKNA 1B6LA 2P83A 4DJVA 5P4SA 5P71A 3GGXA 2Q64A 3S8IA 2ZDZA 1LF3A 4NJTA 4EP3A 1ZSRA 2QMFA 3JVYA 4Y57A 2OHUA 2WL0A 2V13A 3LPIA 3FNSA 5DQCA 4MC1A 2QNNA 4M8YA 3U71A 2RMPA 3BC4A 3CMSA 4Q1XA 2QCIA 2B42A 3FKTA 2VNMA 2BBBA 4I12A 1HXBA 2IQGA 3IXKA 4I0EA 5P0LA 1GKTA 3PWRA 1EBWA 5OZEA 1EPLE 5OZMA 3TPRA 3INEA 4I11A 1Z1HA 3OXWA 3QBHA 5CONA 1JLDA 5KOSA 1G35A 3SA6A 3SM2A 3EL1A 4FRSA 4J0TA 2B60A 1UH9A 3O9EA 5P0XA 2F3FA 5P70A 1KJGA 3BUGA 2FS4A 5P27A 4Z22A 4Y5KA 4J0VA 2RSPA 3H0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYB A;  3VF5 A;  2NXM A;  5OYQ A;  2Q11 A;  5P30 A;  1J71 A;  5I3W A;  1FQ7 A;  1D4L A;  3LZY A;  5P3Z A;  2FNS A;  5P8K A;  4F76 A;  1IVQ A;  2F81 A;  5P40 A;  2QI0 A;  5P8U A;  2V16 C;  4GMI A;  2AOJ A;  1AAQ A;  5P4N A;  4FGX A;  3FNU A;  5OZ2 A;  5IVQ A;  1G0V A;  4DPI A;  5P7K A;  5P55 A;  5P26 A;  2NNK A;  3BRA A;  4JP9 A;  5P8T A;  3QP0 A;  2IDW A;  5P29 A;  5P2G A;  1HSH A;  4Y3N A;  5P5G A;  2P8H A;  1RQ9 A;  3KT2 A;  3I6O A;  1T7I A;  3TPL A;  3KM4 A;  1NH0 A;  5P76 A;  2R5P A;  4DJY A;  2ZHR A;  1HVS A;  5OZB A;  2I1A A;  2Z54 A;  5JFU A;  1ZPK A;  2WF0 A;  1OHR A;  3O9B A;  5P84 A;  3IVH A;  1C6Z A;  2JJI A;  4JOO A;  4M8X A;  1F7A A;  3IXO A;  5P1T A;  5OZ9 A;  1XDH A;  3LIT A;  1ODY A;  4B1C A;  5P1C A;  3ZMG A;  3FV3 A;  5AHC A;  1GNM A;  5OYU A;  5P65 A;  5ENM A;  3S43 B;  3T3C A;  2O4N A;  6FIV A;  5P2W A;  3KFP A;  5P16 A;  4Y4W A;  2R3T A;  4MC9 A;  5P5J A;  1PSO E;  4YA8 A;  4PEP A;  3PCW A;  1EPQ E;  5P1F A;  2UXZ A;  4R8Y A;  5P2E A;  4DQH A;  1MT9 A;  1FQ8 A;  3EL4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4YOB A;  4Z2Z A;  5BS4 A;  5P7V A;  3NU4 A;  5P78 A;  5P8G A;  2B7F A;  1UPJ A;  5HU1 A;  5P80 A;  3TOH A;  4GYE A;  2ZJM A;  5P05 A;  1PRO A;  5P20 A;  5HE4 A;  2OHM A;  5OZG A;  3CYX A;  4Y4J A;  9HVP A;  5P01 A;  2FMB A;  2G1S A;  5E5K A;  5P1D A;  4Y5L A;  2IGX A;  5DPZ A;  4EJD A;  4R92 A;  5P4R A;  2HS1 A;  4B00 A;  2OHL A;  4Y41 A;  3OUD A;  4Y3M A;  4OBG A;  3VFB A;  2ER0 E;  3OTY A;  4HDF A;  5P5I A;  5P6D A;  1APV E;  5P3X A;  4D85 A;  2IEN A;  5P4G A;  1MPP A;  5P1S A;  5OZ6 A;  1ME6 A;  1YG9 A;  5F01 A;  2VJ6 A;  3QI1 A;  3HD8 A;  4I0F A;  4B05 A;  4Y3W A;  3ZKS A;  4IVS A;  4E43 A;  5HCT A;  5OZH A;  2OHS A;  5ISK A;  3BGC A;  4PZW A;  3KMY A;  2Q54 A;  4APE A;  4EP2 A;  5P81 A;  2P3D A;  1EC1 A;  4PPH A;  3O9D A;  2OHN A;  3VYD A;  3QRM A;  3NR6 A;  5P1Y A;  5P82 A;  3IVI A;  2I4U A;  5P5X A;  5P5F A;  4FRK A;  1SH9 A;  1ZBG A;  2QNQ A;  3VCM A;  3TPJ A;  1GNO A;  2XFK A;  5I70 A;  4I8W A;  4Y3A A;  3DJK A;  4Y3F A;  5OZ4 A;  1HPS A;  1K6C A;  2NMZ A;  2AVV A;  1HXW A;  3OWN A;  5P4P A;  2ANL A;  2XYE A;  1FB7 A;  4RRO A;  1D4K A;  3L5E A;  4Y3R A;  3MXE A;  2PC0 A;  1FG8 C;  3IN4 A;  5OZO A;  3EM4 A;  2O4K A;  4J1E A;  2PWR A;  5P7Q A;  1K6V A;  3ZKM A;  4QGI A;  1GVW A;  3PM4 A;  5OZJ A;  1FF0 C;  5P2I A;  2G22 A;  2ER9 E;  1MSM A;  3LIV A;  5P7A A;  4Q1Y A;  4PZX A;  3OQD A;  1HOS A;  5P3Y A;  1D4H A;  1K6T A;  4EPJ A;  2HPE A;  3PGI A;  2QHY A;  4RRN A;  2WKZ A;  3UDQ A;  5I3X A;  5DQ2 A;  5KQZ A;  4ZSQ A;  1FFI C;  5P7U A;  4NJV A;  2ZJN A;  3VF7 A;  3G6Z A;  3BUF A;  5P1I A;  2ZJJ A;  3QAA A;  1ZSF A;  5OZU A;  5OZI A;  4GJD A;  2HAH A;  2VKM A;  1B5F B;  2PK5 A;  1LYB B;  5P8N A;  2Q55 A;  3EKX A;  2ER7 E;  1BAI A;  1EC0 A;  4H3J A;  5P22 A;  3TNE A;  3GI5 A;  2QI4 A;  3PWW A;  5EZX A;  3BUH A;  3OXX A;  5CLM A;  1IDB A;  5P14 A;  3L59 A;  5P07 A;  1D4I A;  3UDN A;  1BV9 A;  5P67 A;  1HTF A;  4XX3 A;  2XFJ A;  3PI0 A;  4I10 A;  4FM7 A;  3BXS A;  4LP9 A;  3ZLQ A;  5OZ3 A;  5P4J A;  4HVP A;  4GB2 A;  4Y47 A;  3EXO A;  3L5B A;  4YD5 A;  3RVI A;  4ZE6 A;  2OHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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