3ONMA

Effector binding domain of lysr-type transcription factor rovm from y. pseudotuberculosis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
191
structure length
190
Chain Sequence
GSLIIGASDDTADTLLPFLLNRVATLYPRLAIDVRVKRSPFIADMLSSGEVDLAITTAKVSHPHVILRTSPTLWYCSVDYQFQPGEPVPLVVMDEPSLYREMAIEHLTQAGVPWRIAYVASSLSAIRAAVRAGLGVTARPIEMMSPDLRVLGETEGLPGLPETRYVLCKDKQCDNELALAIFSALQNSYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the effector-binding domain of the LysR-type transcription factor RovM from Yersinia pseudotuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule keywords Transcriptional regulator LrhA
total genus 51
structure length 190
sequence length 191
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA02
5F7VA 1J1NA 2LAOA 2X7QA 3TYHA 4EXKA 3O66A 2H4IA 4YKJA 1PBPA 3A3CA 4Q30B 4GOTA 1MXVA 3I5OA 2ZMBA 4Q5TA 2Q9TA 1N7XA 5I58B 3TAJA 1IXGA 5H8SA 1DPPA 2F6GA 1MXXA 1S9TA 2D3IA 3OSQA 4FECA 2XXIA 4UACA 3RT6B 3O28A 3TTNA 1ZMGA 3SETA 4EDPA 1QJMA 2DVCA 5H8HB 4NWCA 3C34A 5EYFA 3IORA 3SEYA 5FHOA 5TP9A 2QL3A 4H65A 2DWAA 5ELVA 1BKAA 2HAUA 4BDOA 2ZYMA 2Y7RA 3FVKA 4TLLB 1SW2A 2CZLA 1MM6A 1SBPA 3TPAA 1UTHB 1POY1 1JW4A 1B0LA 2AYSA 4YU0A 4G77A 3FV2A 1DMBA 1M5BA 2YLNA 1A99A 4GL8A 5EHSA 3N26A 3IOTA 3GBAA 4JSOA 5CMCA 1MH4A 4ELPA 4ZEBA 4XTCQ 1H44A 1R1NA 1B32A 4PETA 3PGFA 5IKBA 2VOZA 3KBRA 4IO5A 5BWJA 3K1PA 5TU0A 4P11A 5HPQA 2ONKE 3CG1A 5CMKA 2DP8A 3PUVE 3OENA 4NF6B 3DM0A 4GD5A 2R9JA 1US4A 2Z23A 5KDTB 3FXRA 4ZEIA 2I0CA 3V5AA 2V3QA 3RY3A 3D4CA 4IGTA 2UXAA 2ZNTA 3OELA 2NWJA 2I6EA 4H5GA 3CRBA 4F29A 1P1NA 3SEWA 2UVHA 3C35A 1M5EA 3PPPA 4KI0E 2F8DA 2AL5A 3I6VA 3T66A 5ITOA 3PMXA 2FYIA 1UTBB 4MLVA 5IAIA 2ESNA 1TFDA 2F5XA 2V84A 4JWXA 3KG2A 3C9HA 5BUUA 4NF4A 1LAFE 1B3GA 4YKPA 4YB7A 1QUIA 2M8CA 4KQPA 1B46A 1FTMA 4XKPA 1B5IA 2V3TA 4Q8RA 1VFDA 1LFHA 4I1DA 2O68A 3TEPA 4QFKA 1TT1A 4QRZA 3MP6A 4RJZA 3TZAA 4R6KA 3M8UA 3C33A 5H8QA 5CMBA 2ABHA 2DE2A 3A3UA 4OEVA 2HZLA 3SEXA 3OXNA 4H8JA 1MQIA 3C32A 5DVFA 3TCHA 1SD3A 3LSLA 4XKRA 3MP1A 3WAEA 3PUYE 5TPAB 2HQ0A 4GF8A 1JVXA 4ISUA 4PFUA 1LB8A 5ITPA 3HN0A 4EQ7A 4RK2A 1M5CA 1O63A 1B58A 3OEMA 1QUKA 2KLFA 4ZE8A 4BDNA 3PPQA 3MQ9A 5F1QA 3MZBA 3EHUA 3FJMA 3IOVA 3W15C 1LBCA 1QVSA 3PU5A 2X26A 4KCDA 2H25A 3JYRA 4YKKA 1MXWA 1P99A 4MBPA 1I6AA 3FD3A 3MC2A 5HBCA 1Y3NA 2DYXA 1ZBMA 5TP9B 4O3CA 4EXLA 4QHQA 4OWDA 3PUZE 1FTJA 1PEBA 1OLCA 2Q2AA 4UA8A 2ZNUA 4FE8A 3UORA 1B7ZA 4R2FA 3UA8A 3ECRA 4KFQA 1R6ZA 2XXVA 4F2QA 2Q89A 1M5DA 1B6HA 5H8HA 4DCXA 2XXTA 2I58A 4X9TA 4YZZA 1S50A 3O6GA 4KYEA 3LBSA 1B4HA 4F18A 2XXRA 4KPTA 4G4PA 1URDA 3KZGA 4WKMA 1UTHA 5CI5A 1JETA 3Q27A 3HV1A 2XXQA 3IJXB 1CE2A 1NH7A 2Z8DA 1MH3A 3O6IA 4TOZA 3MAMA 1YTVA 1H3DA 4H8IA 2F35A 4H5FA 2I3WA 3R6UA 4F31B 2I0BA 2RF1A 5A5XB 2Z8EA 3IL1B 2UVGA 4OXVA 2VD2A 4YKIA 5KDTA 3S9EA 2QS1A 2UYEA 4HCYA 5JEIA 4OENA 4ESWA 3MPLA 3B6WA 4NEDA 3PD9A 1IXIA 5H8NB 1B2HA 4HTGA 2R71A 4RNSA 3ZSFA 1NH8A 4C1TA 3ODBA 3TCFA 1JW1A 3K6XA 4KYSA 3CSGA 2Z22A 1YAEA 4LUBA 3H6UA 1AOVA 1UTBA 3HHFA 1ZTYA 3RT8A 2A5TB 5I84A 3E9XA 3G7WA 1Z7NE 3L6HA 1YPNA 1N84A 4PE5B 5K2XA 5H8QB 3UK4A 3T96B 3PPOA 5FHMA 2OZZA 3O97A 5CRYA 4KR5A 3SERA 1Y4TA 1A8EA 1DTGA 2QRYA 4OMBA 1BTJA 3VE1B 1A40A 1B1XA 2DXRA 2OJTA 4F3SA 1T0KA 5ISUA 1OQHA 3U72A 1RYOA 2P0SA 3T9HB 2Y7IA 5LOMA 4ELQA 3U8QA 3VLVA 1HSLA 3FXQA 2I3VA 1TWYA 1N3XA 2Q2CA 4GXAA 4AB6A 1AIVA 4OETA 4ECFA 1MM7A 1MY3A 2QJEA 5CBSA 3RN8A 2B3BA 2F7CA 2VHAA 5ICTA 2BJJX 2WKYA 3KEIA 3U1OA 3THIA 1B4ZA 3UN6A 4BDQA 4GXSB 4R6YA 3HO7A 1LAGE 2Q88A 4JWYA 1LGBC 3K00A 2ZYKA 1B7UA 2DWIA 5TPAA 3JV9A 3OMBA 3K0VA 1PBQA 3G3HA 4LZ7A 1MRPA 3KN3A 2DWHA 2O1MA 3Q28A 3KN7A 3MWBA 3PUXE 1SVXB 2HEUA 1F9BA 4EQBA 1ZIUA 2REJA 2OK2A 5J1DA 1XS5A 3U92A 1IZ1A 1B5JA 2RINA 1OVTA 4O3AA 4F2OA 5CC2A 1CB6A 3RTWB 3QSLA 1M5FA 2O7IA 4ZZAA 1D9VA 2NVUB 4LQ2A 3TDJA 1Y4CA 5L9OA 1A7LA 4GRKA 4PFTA 1UQWA 1ZJLA 4R73A 1JEVA 3IR1A 3OEKA 4BDLA 4Q0CA 1JQFA 1OVBA 1H43A 3FVNA 4R74A 4DLDA 4OTEA 1P1WA 2ALUA 4NMYA 4FAJA 3S9NC 4IY6A 1B1HA 1B51A 5ICQA 3QUJA 3T9VA 2DS9A 1B52A 1IEJA 4TLMB 1O64A 4PFWA 1BLFA 3L6GA 2CMOA 1LFGA 1Y1ZA 1I69A 2RC7A 5B7DA 4LONB 5DYHA 4DDDA 3RLFE 4IB2A 4FEBA 5K2YA 1MS7A 3FASA 3RUMA 1LBBA 4YB6A 3K2DA 5FTIA 4QFPA 1B3FA 1Y9UA 4IO3A 1LCTA 5I2KB 1RYXA 4EF2A 3IB2A 4QFNA 3MJNA 1IXHA 3S4UA 3H3GA 3VVDA 4P0IA 3MW0A 3RQTA 3H4ZA 1AL3A 2H5YA 3IJOB 4KCCA 4R9GA 2NXOA 1H76A 2HXWA 4YMAA 4U1OA 1BIYA 1EU8A 1AMFA 3GBBA 3FUZA 4IGRA 1FTLA 4F1UA 5A5XA 3USDA 5EHMA 2G93A 1OIBA 2XHDA 3IB0A 1OLAA 1SI1A 1PB7A 3FGSA 2PT2A 3MZ1A 5L8DA 4I8CA 2XXYA 3RTFB 1NNFA 4HCWA 5H8NA 1SW1A 2G29A 1QKBA 2QS2A 3TQWA 1NL5A 1OQGA 4ESXA 2A5TA 2F34A 2H98A 1FQAA 4F1VA 3RNNA 1MG1A 1SW4A 4RK9A 4R72A 3KJ7A 1FTKA 1MQGA 3M3KA 3FVOA 1O7TA 4U2RA 3LC8A 1LLSA 3N94A 1Y20A 3VXBA 5DVIA 1H45A 1JNFA 1FQFA 3IO6A 2E0SA 3CFZA 1XVYA 4NF5B 3ZKLA 1B7HA 1GV8A 4G68C 4ZE9A 4ZEDA 2THIA 4THIA 2QMXA 1JVYA 3M3LA 3TODA 4WXJA 3N5LA 1Z7ME 2DXYA 4L17A 1UIUA 4G68B 3M3FA 4FEDA 3HSTA 3ZS6A 3H6VA 3K02A 3U94A 3CVGA 3VVEA 3O2AA 3JZJA 2Q8JA 3S9LC 4ND9A 3VXCA 1I6QA 2XXUA 3N6TA 4POXA 1FQEA 4MFIA 5HM4B 3VDFA 1YCJA 1NNTA 3R7XA 2R6GE 1P1QA 4OERA 3LSWA 4JB7A 3MP8A 1USYE 2P2AA 4YAHX 2HAVA 3IX1A 1WODA 1XT8A 3BFTA 2DWJA 2P1SA 4YB5A 1VFEA 5L9SA 4F19A 2QS4A 3CIJA 3IB1A 3G3FA 4ZDMA 3KFMA 3MVXA 3QAXA 3Q26A 1GTKA 2Y7WA 5FHNA 4OFJA 4OQOA 1AH5A 3E13X 5DT6A 4OESA 5AA4A 1NKXA 3MUQA 1P1UA 1A54A 4P0GA 4ZEFA 1B3LA 3VLWA 1A55A 3OO7A 4H1XA 4ZS9A 1WVJA 1LAHE 3KOSA 1D9YA 4EUOA 5AA2D 2H99A 3V89B 3EHSA 4FORA 1MDP1 1DOTA 4QSDA 3LSXA 2OCUA 3BFUA 3VLUA 2F36A 3V83A 3K6WA 3IK6B 1QW0A 4XKQA 1VSOA 3AXFA 3KSXA 3RGYA 2FA7A 5B70A 2GH9A 3OO8A 2PT1A 4IO7A 1ANFA 4R6HA 4QFOA 5AE4A 4O3BA 1POTA 5DVJA 1D3KA 5I2KA 2DQVA 1MQJA 2QPQA 3PPNA 4N07A 1UIVA 2ONRA 3EQ1A 4KHZE 3SEUA 3TFLA 1Y3PA 4U22A 3FVGA 4GVOA 3F11A 3S9MC 1GVCA 3QIMA 4QFLA 3OSRA 1TFAA 2NUVA 2OWSA 2V25A 4MF3A 3T9XB 2W7YA 3PD8A 1HSEA 3PUWE 4OFOA 3W9VA 1FQDA 2ANJA 4BDRA 1I6BA 4GL0A 2E1SA 1ZU0A 2PBWA 3QUFA 4H6DA 3UIFA 2YPNA 4E0XA 3KJTA 5I59A 3MPKA 1TXFA 4U4SA 4F22A 3GXAA 3CR9A 4PQJA 4F3PA 1OMPA 1NFTA 4X48A 2Y7PA 1PB8A 3ONMA 3LSFB 3QYTA 1FW0A 5CBRA 3CFXA 4PP0A 3FXUA 3C36A 2XXWA 2UVJA 2O84X 4LP2B 5JK4A 3Q25A 3TTLA 1GGGA 2PVUA 4NF8A 5I57B 3GLBA 3EN3A 1N04A 4HS7A 3LR1A 1MY1A 1QUJA 1JEUA 5AA3A 2XD2A 1MPDA 4K3FA 4I9DA 4LQ5A 3CI8A 2V93A 5I2NA 4R75A 4DZ1A 3T93B 3K01A 1SYIA 1EZOA 4NWDA 4QSEA 4C0RA 4NF5A 5L9MA 3TCGA 2Y7KA 4F39A 2GHAA 4EQ9A 2O69A 3G3JA 2F7BA 2RKMA 4JBZA 3E4RA 1LB9A 3TTKA 1ZLQA 2ZYNA 4JXIA 3DELB 2OBGA 4G68A 2B3FA 3I3VA 1JW5A 1R9QA 1IXCA 4ONYA 3DP6A 3GZGA 5CM6A 1N0TA 4LZ5A 2F78A 4KD5A 3OD7A 3W9WA 4XIGQ 1N3WA 3HPIA 1ELJA 3OO9A 2FNCA 4H67A 3DP4A 5AA4B 2RCBA 4H0WA 4XXUA 2QS3A 1XC1A 2I4CA 4X1BA 3K1NA 3O6HA 3C31A 1LAXA 2XX9A 1R9LA 1SYHA 3IOWA 5AA2B 1MXYA 4QF9A 2GFEA 5H8FB 5CMMA 4N6PA 4DXCA 3PMVA 1LFIA 5DEXB 4YMBA 3FATA 3K6UA 3Q29A 4NTLA 2DE4A 2O1LA 4DIGA 5KCJA 5I56B 5JTYB 3MVYA 3QXMA 4HW8A 2X7PA 2F6PA 4RPOA 1ATGA 4U1ZA 3B7DA 2O7UA 4GFRA 5M2VA 3A09A 4RY1A 2XXXA 1VE4A 4JSDA 1RKMA 1IIWA 4LVQA 4JDFA 1B0HA 3FJ7A 3K6VA 2AL4A 1B40A 2I49A 3G3IA 2YJPA 1SDXA 1HSJA 3UGWA 3DP8A 1FTOA 2DVZA 5I59B 1B05A 4IO6A 1B3EA 1MY0A 3KSJA 4DXUA 1Q1KA 1MPCA 2HZKA 1S7YA 1LSTA 2I4BA 1MY4A 1DPEA 3HHGA 3ILUB 3IAZA 1IUDA 2F97A 1LCFA 4OHNA 4RA1A 3G3GA 3KOTA 1PB9A 2XXPA 5KZTA 4DCYA 3FV1A 3CFLA 4ELOA 2DE3A 4NF8B 3K4UA 1DSNA 4F3GA 2D5WA 2VGQA 2VP1A 4GIZA 4OEUA 4LA9A 4N13A 2DSFA 1P1OA 3G3KA 1IITA 2REGA 5I2NB 1MDQA 4Z0IA 2D21A 3EHTA 3H03A 3IOUA 2RC9A 4Z7EA 4NE4A 1MQHA 3K1MA 3U93A 1WDNA 3CG3A 4AB5A 1GR2A 3D4GA 2Y84A 3SKPA 4I62A 5I57A 1N76A 5DTBA 3TTRA 3WAFA 1SQYA 4YICA 2O6AA 1URSA 2UVIA 3P7IA 4F1YA 4OFLA 3ILTB 4GWOA 4OYVA 2XD3A 4MH5A 3R26A 1FQBA 3V8XB 4F3BA 2HFBA 3LUYA 3MVZA 5FTHA 4WEPA 1EZPA 3PV0E 3TMGA 1QULA 3IO4A 2QSXA 3H6WA 4RYAA 4BLAA 1MQDA 4JWOA 2AIXA 1PDAA 3PPRA 4BDMA 2GHBA 4FJPA 1N7WA 4C1UA 3FZVA 5I58A 2OWTA 1USYH 4R9FA 3VFJA 2ZXTA 3KN8A 1ZKBA 4IO2A 2XX7A 3MZ9A 5KCJB 3ZKKA 1II5A 3MVWA 4XKNA 1MY2A 4U4XA 3KGCA 3QK6A 1QKAA 1XHYA 4AQ4A 4FIMA 4R2BA 3FIRA 3E3KA 2F7AA 4LZ8A 2VD3A 4POWA 4EF1A 4PFYA 4WEDA 3TKDA 4ELRA 1MXUA 2B65A 5AA2A 4M4GA 4OZ9A 3TQLA 5H8FA 1NNKA 2ZYOA 2RC8A 4FATA 5DEXA 2I48A 1IQ7A 1MPBA 3OO6A 2GRVA 3MBPA 3SEVA 5I56A 1URGA 3H7MA 5JTYA 4ZZEA 1Y3QA 2HCAA 4NF6A 1US5A 1EH3A 3T9UA 1L5TA 4IY5A 5AA1A 2IA4A 4G8NA 4NF4B 3TTMA 4ZECA 2RCAA 3B6QA 4OVJA 3BKIB 3HCQA 2NOOA 1NNPA 4MLQA 4M1VA 4ZEKA 3RPWA 4DXBA 4E0WA 2PX1A 4X1DA 3FJGA 2V3UA 1Y1MA 3VV5A 2QMWA 4U23A 3TELA 4DE8A 3O9PA 1D4NA 4G2ZA 2XX8A 3PMWA 1VR5A 2XXHA 1B9JA 1BP5A 4G8HA 3O29A 1EZ9A 1NMUA 1SI0A 2H9BA 3SDFA 1KWHA 2UYFA 4QSCA 4IO4A 2OLBA 4GQOA 2ZNSA 3N6UA 1A8FA 4G8MA 4GLIA 3UP9A 1FQCA 3OOAA 1FCKA 3BBRA 3T22A 1Q35A 1PC3A 1B3HA 3B6TA 4RPNA 1DTZA 2O51A 3H6TA 2A5SA 1XVXA 3SESA 2DOJA 3TUSA 1XOCA 2Z8FA 3DLNA 3S2VA 3H06B 2ONSA 4U21A 4TQUQ 3VVFA 1SW5A 2PYYA 1MXZA 3C4MA 2IEEA 3EF7A 4RXLA 3EPEA 1B5HA 3CSBA 4LATA 2PMSA 4KYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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