3ONMA

Effector binding domain of lysr-type transcription factor rovm from y. pseudotuberculosis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
191
structure length
190
Chain Sequence
GSLIIGASDDTADTLLPFLLNRVATLYPRLAIDVRVKRSPFIADMLSSGEVDLAITTAKVSHPHVILRTSPTLWYCSVDYQFQPGEPVPLVVMDEPSLYREMAIEHLTQAGVPWRIAYVASSLSAIRAAVRAGLGVTARPIEMMSPDLRVLGETEGLPGLPETRYVLCKDKQCDNELALAIFSALQNSYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the effector-binding domain of the LysR-type transcription factor RovM from Yersinia pseudotuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator LrhA
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule tags Transcription
total genus 51
structure length 190
sequence length 191
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3onmA02
2REGA 4LZ5A 1ZJLA 1LAHE 3TODA 4FATA 4G68B 3C35A 3PPOA 2DE2A 4DCYA 4KPTA 1I69A 4IB2A 3K1MA 4IGTA 3SEVA 3ZS6A 4EQ9A 3HN0A 3FVOA 1YPNA 3O9PA 1FQFA 3GBBA 3TTMA 1MM6A 3ECRA 5H8NB 2DS9A 3LBSA 5CMBA 3TELA 3UA8A 1R1NA 3O6GA 4NF5A 4YICA 2ZMBA 3TYHA 4N07A 3TPAA 2ZYOA 4GD5A 4DXCA 2IEEA 4TLLB 4QRZA 3KN7A 3TFLA 3BFUA 4U22A 4DCXA 2AL4A 3MP6A 3MUQA 3OELA 1NH8A 2F34A 3C31A 4RK2A 1HSLA 4FIMA 2XXUA 1B7UA 2O7UA 2QMWA 2XHDA 3MZ9A 2ESNA 4EF2A 3IB0A 1MQIA 3MZBA 2XXYA 2Q8JA 3N94A 2F7AA 3RLFE 3T96B 1VE4A 2QSXA 2Q88A 1CE2A 1NNPA 2I58A 1A55A 3VVEA 1SD3A 4F1YA 2E0SA 3TMGA 3UP9A 3K0VA 3SKPA 2Y84A 2X7PA 2XX8A 2DP8A 4BDMA 1UTBA 4YZZA 3KN8A 3TDJA 4R9FA 2DSFA 1MXVA 1GR2A 2ZYMA 1H43A 3THIA 3SEXA 2XXHA 3VXBA 1N0TA 3SEUA 3TCFA 4F1UA 3CR9A 2O6AA 2PT1A 1B46A 1YAEA 2ONKE 2ZNSA 5AA4B 1AIVA 4H0WA 1NNTA 4F3BA 4PFWA 2DYXA 1M5EA 4OMBA 3B6WA 4N13A 2O69A 4POWA 4RA1A 5CM6A 1JW5A 3E13X 5TPAA 2I4CA 3G3JA 3MAMA 2YJPA 4Q8RA 4QF9A 3H3GA 3KSJA 4EQ7A 1A99A 4U23A 3K4UA 2O1LA 2DQVA 4RYAA 3ZKKA 2Q2CA 3IOWA 2QRYA 3VLVA 4LQ5A 3TKDA 3IK6B 3T93B 3VV5A 3PMXA 2UYEA 3KJTA 2ABHA 2F7BA 1BTJA 4QFLA 1YTVA 3T9VA 2XD2A 3KSXA 3H4ZA 2O7IA 1RYOA 4QFPA 3QAXA 5KCJB 4ONYA 4NF8A 3BFTA 4F18A 1QUIA 1PBQA 4KFQA 2Z8DA 2XXTA 4KCCA 2GFEA 4P11A 1UQWA 4XKQA 4R75A 4R72A 1LFGA 3FJGA 1AMFA 3BKIB 2VD2A 3VVFA 4H8JA 4LONB 1B3HA 4PFYA 2UVJA 1LCTA 2GH9A 5I58A 1KWHA 4XKNA 3QIMA 1Y3NA 3PUWE 2XXIA 1A8EA 3UORA 4WEPA 5A5XB 3MZ1A 1B1HA 5H8FA 4F39A 4IO6A 3O28A 1JW1A 4RNSA 3FV1A 2YPNA 3KBRA 3KGCA 1XT8A 4G68C 4MLVA 2I49A 1B5HA 1POY1 1Y9UA 4GOTA 3RT8A 4JSOA 4YMAA 3N6UA 2Y7IA 3GLBA 4ISUA 3TTRA 5AA2D 1R9LA 3PGFA 4OVJA 3RPWA 4O3BA 3IR1A 3OENA 3UN6A 1N7WA 1DMBA 4OXVA 5FHNA 1ZTYA 4QFNA 3CFZA 3Q25A 1IUDA 1FTOA 4NF5B 2NVUB 4DE8A 4NE4A 4JSDA 3SEWA 5CBSA 4MF3A 3V8XB 2I0CA 4X48A 1TXFA 1HSEA 4YB6A 1VSOA 1IIWA 1EZOA 2ANJA 1LFHA 3RN8A 4ZEIA 4QSEA 5DVFA 3I6VA 2Y7PA 4MFIA 1FQCA 1MXUA 4R6HA 3K2DA 1OLAA 2R9JA 2DE4A 5DT6A 4X1DA 4OYVA 4NEDA 3U94A 4OZ9A 1Q35A 4OEVA 1MPDA 4F19A 4G77A 3AXFA 2GRVA 2DWJA 3B6TA 2Y7KA 4GL8A 4GVOA 1PB7A 2DXYA 3HO7A 2VOZA 1SW2A 2HAUA 4ZEKA 4OFLA 2Q89A 3O2AA 2V3UA 4RXLA 4FEBA 3HPIA 1DPPA 3EF7A 1IQ7A 4FEDA 4JXIA 4HW8A 5IKBA 3N6TA 1UTBB 4TLMB 1SW1A 2HCAA 3IAZA 1FQDA 1MXXA 3OEKA 3EHUA 5JTYA 3QK6A 3IL1B 4R6KA 1MY1A 1N3WA 4HCYA 1MG1A 5KDTA 2O1MA 1B40A 1OQHA 5TU0A 1RYXA 2DWAA 4O3CA 3EN3A 3FUZA 3I3VA 2ZXTA 3L6HA 4GL0A 5AA3A 3DELB 3K00A 1SVXB 4GXAA 1O64A 4I62A 1B3GA 1EH3A 2THIA 3VXCA 1UTHA 4XTCQ 4LP2B 3FJ7A 3GBAA 4DIGA 4L17A 3VE1B 4ZE9A 3FXUA 5I56A 4YU0A 3CRBA 4YMBA 4ZZEA 5CMKA 3QSLA 3RTWB 4LATA 4ZS9A 4U1OA 4XKPA 1JW4A 2HFBA 3D4CA 4IO4A 1H76A 5EYFA 3TTLA 5H8HA 2NXOA 2OZZA 3OXNA 1Y4CA 1XVYA 1VFDA 1MY0A 2BJJX 2F7CA 4Q5TA 3G3HA 5ITOA 3SESA 3MPLA 3O29A 3PMVA 4MLQA 1NNKA 3A3UA 3PUVE 3IJOB 2B3BA 4DXBA 4TOZA 4NF8B 4FORA 3OSRA 1NNFA 4QFKA 3Q26A 1B4HA 3C32A 4U1ZA 3ODBA 3RY3A 3T9UA 3UIFA 3PUXE 5I2NA 1FTJA 3OD7A 4RY1A 4THIA 1NL5A 3L6GA 5I58B 2V3TA 4IO7A 4BDQA 2F6PA 4ND9A 3WAEA 1LAGE 4IO3A 4ELPA 3FASA 1B4ZA 4YAHX 4P0IA 2OCUA 5H8FB 1S50A 3K6UA 1LB8A 1S9TA 4ELQA 1QJMA 4AB6A 5I57A 4YB5A 3PD8A 4QFOA 1IXCA 4H6DA 2H9BA 4MBPA 4WXJA 2O68A 3O66A 4G2ZA 3DP4A 3S9MC 4IY5A 1S7YA 4DXUA 4R6YA 1O63A 3VVDA 2UVGA 3RNNA 4FAJA 1JVXA 1B0HA 2NUVA 2HXWA 2IA4A 3ZKLA 3Q27A 4DDDA 5JK4A 1IXHA 1II5A 4JWYA 2V84A 5HPQA 2ZNUA 3CIJA 4JBZA 5CI5A 1MY2A 4H8IA 4JB7A 1JETA 4JWOA 2QS4A 1TFAA 2F5XA 3GZGA 4LZ7A 4OENA 4H65A 4ELOA 5HBCA 4GRKA 2H99A 3G7WA 1SW5A 3E9XA 3CG3A 3KG2A 3HCQA 1L5TA 1SW4A 3O6IA 2XXVA 1GTKA 5I59A 3U93A 5I2KA 1DTGA 5TP9A 4WEDA 3MP8A 1WVJA 3TTKA 3T22A 3VLUA 3IORA 2RC8A 3C34A 1N84A 2V93A 2VGQA 2O84X 3RGYA 3I5OA 1LFIA 1URSA 2PBWA 4ESWA 2WKYA 1P1NA 1YCJA 4R2FA 3OMBA 1RKMA 2Y7RA 2HAVA 1LGBC 1Y1MA 4LVQA 4POXA 2P2AA 4OESA 3PV0E 2I6EA 1GV8A 2HQ0A 5KZTA 3IOTA 1PC3A 4BDLA 5JTYB 1MY3A 2QMXA 4EUOA 3ONMA 3QXMA 4PP0A 2QS2A 5KDTB 3OSQA 3IO4A 3CSBA 4XIGQ 1QUKA 4X9TA 3QUJA 1JVYA 3JZJA 4OETA 4C1UA 3G3GA 1US5A 1AH5A 3B7DA 2P1SA 4RPOA 3FXQA 2G29A 1PBPA 1LAFE 2G93A 3O97A 4X1BA 2YLNA 4ZEBA 4F1VA 2XXXA 5H8QA 1UTHB 1XS5A 3OOAA 1FQEA 2Q9TA 1P1QA 5I84A 3JYRA 2Z23A 3U8QA 2AL5A 5IAIA 3MPKA 5I56B 2AYSA 2VHAA 2OBGA 2LAOA 4PFUA 1MPCA 2DWHA 3EHTA 3SEYA 4PFTA 5H8SA 1ZKBA 4MH5A 2DVCA 1D9VA 1OIBA 4U2RA 3IX1A 5H8HB 1BP5A 4ZEFA 2I48A 1HSJA 3GXAA 1ZU0A 3LC8A 1B3LA 3PMWA 5JEIA 1EZ9A 2R6GE 3QYTA 3S9EA 2QJEA 1QULA 4KD5A 3OO9A 3M3LA 3IB1A 1SI1A 3FVKA 1XVXA 4NWDA 5CC2A 5DTBA 1B7ZA 4F3GA 1OLCA 4KR5A 1MH3A 4OHNA 2Q2AA 3MJNA 5DEXA 2HZLA 1USYE 4GLIA 5I2NB 2XXPA 3CFXA 4PE5B 1ZBMA 1QKBA 3H6VA 4RPNA 3K6XA 3MVYA 3B6QA 5DYHA 1MXZA 3PUZE 1D4NA 5CBRA 1FTLA 3W9WA 3K1PA 4DZ1A 3DP6A 3T9XB 2OLBA 2RKMA 4NWCA 5L9MA 1FTMA 1H44A 5I57B 4IY6A 2DVZA 5LOMA 4RJZA 3G3IA 3E3KA 1A40A 4KCDA 1Y1ZA 3PD9A 4OEUA 3V83A 2ONSA 1WODA 4K3FA 3DP8A 2PX1A 1MDQA 4UA8A 4XKRA 2D5WA 3H06B 2X7QA 1PEBA 3R26A 4GF8A 1P99A 3MVWA 5CMCA 1EU8A 3RUMA 1LB9A 3EHSA 3PPQA 3LSWA 1IXGA 1Y4TA 4U21A 2H5YA 4I8CA 1B58A 1VFEA 1QKAA 5FHMA 2A5SA 4GQOA 1B52A 5BWJA 3U72A 1N7XA 4IO5A 4QSCA 4DLDA 1MQHA 3A09A 3G3FA 5TPAB 4E0WA 5I59B 2AIXA 1QW0A 3ILUB 5I2KB 1MPBA 5TP9B 4JDFA 1A54A 1O7TA 1TWYA 4LZ8A 2REJA 4Q0CA 3WAFA 2I3VA 4OWDA 3OO8A 2GHAA 5ITPA 4GIZA 4NF6A 1J1NA 4ELRA 5B7DA 1WDNA 1ANFA 4FE8A 4XXUA 3S4UA 4F2OA 5FTIA 5EHMA 1P1OA 3H6WA 3TUSA 3CVGA 2XXRA 5ICQA 3MW0A 5M2VA 1DPEA 3S9LC 3V5AA 1LLSA 1FCKA 3C9HA 5BUUA 5ELVA 1DTZA 2PVUA 2I0BA 3MBPA 4NF4A 5CMMA 3OO7A 1R9QA 2H98A 4ECFA 1SDXA 1P1UA 4E0XA 5CRYA 4GXSB 1PB8A 3S2VA 1MRPA 4H1XA 2H25A 4O3AA 4FECA 3RT6B 1BKAA 1QVSA 3TAJA 2OJTA 1PB9A 1MXWA 3TTNA 2PT2A 1LAXA 3HV1A 1ZMGA 5H8QB 4R2BA 2RF1A 1IXIA 4YB7A 1QUJA 1Z7ME 5F1QA 1A8FA 4U4XA 2NOOA 4YKJA 1NH7A 2UVHA 1XC1A 1MS7A 1H3DA 2M8CA 1ZLQA 4GWOA 3FATA 1SYHA 1M5FA 4NTLA 4ESXA 5L9OA 2QS1A 3T66A 2XXQA 5K2YA 5HM4B 3MWBA 1M5CA 5FHOA 4F3PA 2NWJA 1B3FA 3ILTB 1GGGA 1MQJA 4H5GA 3M3FA 2UYFA 2XX7A 4HS7A 1FQBA 3IOUA 1Q1KA 3K6WA 2UXAA 3N5LA 1OQGA 4F3SA 1B05A 5EHSA 3OEMA 3MP1A 4ZZAA 2UVIA 2FA7A 4JWXA 3KZGA 2F8DA 1NKXA 4UACA 3TCHA 2RCBA 3W15C 1FTKA 3FJMA 4BDNA 3FXRA 3DM0A 1NMUA 3D4GA 2VP1A 5DEXB 4EXKA 1R6ZA 2A5TA 2PYYA 4F31B 3IOVA 1URDA 1URGA 3F11A 1B3EA 1XHYA 1UIUA 1LCFA 2I4BA 4EXLA 4G4PA 3DLNA 3CSGA 3O6HA 5B70A 4EDPA 3IJXB 4LQ2A 1Z7NE 3MC2A 1UIVA 2DXRA 2KLFA 2Z22A 3LSFB 4M4GA 2ONRA 3R6UA 5F7VA 1SI0A 3LSLA 3LR1A 2CZLA 1MM7A 3KOSA 4KYDA 2F78A 4BDOA 1OVBA 1BLFA 1TT1A 1LBCA 1I6BA 4Z7EA 5ICTA 3P7IA 4P0GA 2DE3A 3TEPA 5AA2A 1B51A 2RC9A 2D21A 5K2XA 4FJPA 4EQBA 1LSTA 3K01A 4G8MA 1MH4A 3PUYE 2ALUA 3JV9A 4U4SA 2Y7WA 4C0RA 1OMPA 4HTGA 3K02A 5L8DA 4BLAA 3M8UA 2DOJA 3T9HB 2RCAA 4OERA 4LUBA 3R7XA 3PU5A 4EF1A 1N04A 1SYIA 3HSTA 2E1SA 1P1WA 3HHFA 3CI8A 3OO6A 2DWIA 4G68A 2R71A 4KYSA 4YKKA 2OWSA 5AA1A 3KFMA 1FQAA 4ZECA 2QPQA 4NMYA 1LBBA 1Y20A 5H8NA 3N26A 2I3WA 1TFDA 1USYH 2ZYNA 3FV2A 4F22A 3C36A 1D9YA 3KJ7A 3UK4A 4OQOA 1JNFA 2P0SA 4YKIA 1AOVA 2PMSA 4HCWA 4ZEDA 1M5DA 4NF6B 1EZPA 4KHZE 2HZKA 4PETA 5ISUA 1H45A 4IO2A 2H4IA 2RC7A 2Z8EA 3BBRA 5J1DA 1VR5A 3FVGA 2B65A 2V3QA 3H6TA 3MVZA 2RINA 1IITA 4QSDA 2GHBA 1CB6A 4OTEA 1F9BA 2O51A 3KEIA 4ZE8A 1MDP1 1B32A 3PPPA 3UGWA 4NF4B 3W9VA 1ZIUA 1I6AA 3FD3A 3H6UA 4F2QA 1B5JA 1N76A 1B2HA 3VFJA 4R74A 3E4RA 1DSNA 3TQWA 1IEJA 1PDAA 4H67A 3Q29A 2CMOA 2XD3A 4Q30B 3FZVA 4KQPA 4F29A 2ZYKA 3CG1A 3M3KA 2D3IA 2ZNTA 3C33A 3U92A 5DVIA 3S9NC 4I9DA 2V25A 1B1XA 2QS3A 3VDFA 3FVNA 3SERA 2F36A 3TQLA 4I1DA 1JQFA 4IGRA 3TCGA 3A3CA 2F35A 4LA9A 4M1VA 5AA4A 1B7HA 4GFRA 3RTFB 1B0LA 5L9SA 4KYEA 3USDA 1GVCA 3C4MA 4KI0E 3EPEA 2HEUA 1JEUA 3G3KA 1D3KA 1I6QA 3KN3A 3CFLA 3VLWA 3LUYA 1MY4A 3FGSA 1AL3A 1MQGA 3K6VA 3IB2A 4N6PA 1IZ1A 4ZDMA 2B3FA 3IO6A 1T0KA 4AB5A 4WKMA 3SDFA 1ELJA 2A5TB 4R9GA 4Z0IA 1US4A 1M5BA 3H03A 4RK9A 4H5FA 3V89B 3ZSFA 1NFTA 1JEVA 3SETA 1B9JA 5FTHA 3FIRA 5KCJA 3LSXA 2OK2A 1FW0A 4PQJA 5DVJA 1SBPA 3U1OA 5AE4A 2W7YA 3PPNA 2OWTA 4TQUQ 1DOTA 1Y3PA 2F6GA 1N3XA 3Q28A 4G8HA 1XOCA 2F97A 1B5IA 3QUFA 4YKPA 3RQTA 1MQDA 1OVTA 2FNCA 2VD3A 2XX9A 4OFJA 3MVXA 1ATGA 1POTA 2Z8FA 3TZAA 4QHQA 5AA2B 1SQYA 4G8NA 2XXWA 1A7LA 5A5XA 1MXYA 2QL3A 2X26A 1Y3QA 3HHGA 4AQ4A 1BIYA 3MQ9A 2FYIA 3K1NA 4R73A 4BDRA 4OFOA 3KOTA 4C1TA 3H7MA 3PPRA 3EQ1A 1B6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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