3OO7A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
GPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMKRDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
total genus 141
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A02
1IXIA 3HHGA 4GIZA 2REGA 3RPWA 4GD5A 2M8CA 4IGTA 4UACA 3GBBA 3CVGA 3VLWA 2YLNA 2NOOA 4G68C 4EQ9A 2O84X 2PBWA 5H8QA 1SW4A 1QJMA 4MH5A 1FQFA 1WODA 3O66A 3OO8A 1YPNA 3FATA 2VP1A 2O7UA 2F34A 1B52A 3KN8A 1LCFA 3LUYA 2KLFA 1PB8A 4OFJA 3PPPA 4E0WA 1JVXA 4I62A 3SERA 5BUUA 3TCHA 4QFPA 3SEYA 3GLBA 2ZXTA 1OMPA 2OK2A 3IOUA 3PU5A 1B3LA 1PBQA 3OSQA 4OZ9A 2XX9A 3H6TA 2RC8A 3PPNA 3VLUA 3TQLA 4RNSA 1US4A 2D3IA 2OZZA 1IXGA 3S9LC 1OLAA 3WAFA 1MQIA 5JK4A 3L6HA 1BP5A 3LSLA 4NF4B 4H67A 1NNKA 4TLLB 4IO2A 2F78A 4G8MA 5FHMA 3IJOB 4HS7A 2I4CA 4K3FA 4LVQA 3O28A 3KN3A 4P0IA 3MQ9A 2XD3A 2ONRA 4LQ5A 4OMBA 2UVHA 4DCYA 4YB7A 4FIMA 2H5YA 1URSA 1XVXA 2ZYMA 4LUBA 3CIJA 1I6QA 2V3TA 1N0TA 2P0SA 1D9YA 4BDNA 4NF8B 4P11A 5K2XA 4EF1A 3V8XB 4QFLA 1Y1MA 3R26A 4R73A 4F2OA 2DOJA 4ZEKA 1LFIA 4ZE8A 1H44A 1MQDA 5EHMA 2AIXA 2I58A 3SEXA 1MXXA 1MM6A 3OO9A 2Z8EA 2RC7A 5CMMA 2ZYKA 3G3JA 1B51A 1N84A 3G3FA 3S2VA 2XX7A 3UN6A 4AB6A 4OWDA 5H8NA 4OQOA 4XKNA 4XKQA 2I48A 3HSTA 2QPQA 3KSJA 4ONYA 3UA8A 3T9UA 3MZBA 3JV9A 4NWCA 4ELOA 2IEEA 5TP9A 5JEIA 1LBBA 4LP2B 3OSRA 1B40A 5ELVA 2VGQA 2Q2AA 4ZE9A 2Q2CA 4WKMA 1Y4CA 2YPNA 4I8CA 3PUYE 1AH5A 1POTA 5KCJA 2HXWA 2I6EA 2WKYA 4MLQA 1TXFA 4KPTA 4F3BA 3M3LA 4IO7A 4F39A 3BFUA 3K0VA 2H4IA 4LONB 5I2KA 4R2FA 1LAGE 3TYHA 1QULA 3SEUA 4IO3A 4BDMA 3W15C 1PDAA 3T9HB 1DPEA 1JNFA 2P2AA 3IX1A 4POWA 4NF5A 3TTMA 3M3FA 2HCAA 4U21A 1SW5A 3T96B 1MQGA 5DVFA 2O69A 1OLCA 4X1BA 2ESNA 1A40A 3BKIB 1Q1KA 4KYDA 4EDPA 4IGRA 2XX8A 4G77A 1LLSA 1YAEA 4G2ZA 4ELPA 4U4SA 2QJEA 3FXRA 3PUVE 3TQWA 4O3CA 4U22A 3U93A 3EN3A 4IO5A 4KD5A 4YKJA 1UTHA 4QF9A 1JVYA 4FECA 1QVSA 4EQ7A 4U1ZA 1Z7ME 1ZIUA 5I57A 1LAFE 1S7YA 2D5WA 3QIMA 3FUZA 4Z0IA 1IUDA 3THIA 1B3HA 5H8NB 3USDA 1N3XA 2O7IA 4JSDA 2P1SA 1BTJA 1J1NA 2Y7WA 3TZAA 3U92A 1DSNA 3C35A 1JEUA 4U2RA 2DWAA 3MWBA 1EZPA 3ECRA 2F5XA 2F36A 5TP9B 1FTOA 2Q89A 2Y7PA 3LSFB 4U23A 5F7VA 5CBRA 3E13X 3C31A 2R6GE 4BLAA 3T22A 5KCJB 3JZJA 1R9LA 2V3UA 4WXJA 1IEJA 4H5FA 3SEVA 2DE4A 2XXWA 5JTYA 3MP1A 3K02A 1JEVA 1B05A 5CMBA 1N7WA 1HSEA 2IA4A 3F11A 1IZ1A 4ZZAA 1TT1A 4R9FA 3RQTA 3TEPA 3MZ9A 5FHNA 4R2BA 1NNTA 4NF5B 2XXRA 3PPQA 1AL3A 1RKMA 2D21A 3VXBA 4RK2A 1NL5A 2VD2A 3MZ1A 3IO6A 3QAXA 5DT6A 2ONKE 4JBZA 3VE1B 4M4GA 3ZSFA 3VVEA 3DP8A 4PETA 4H8JA 4JWOA 2V93A 2Z23A 4KI0E 5AA4A 4EXLA 5I57B 3VVFA 4OHNA 3K4UA 2DYXA 4PFTA 1QW0A 3TTRA 3CFLA 1OQGA 3OO6A 3RY3A 4FORA 4ZEBA 3K6XA 4KR5A 4ZDMA 3FZVA 1MH4A 3R7XA 5CBSA 2CMOA 4O3AA 4GVOA 5KZTA 3P7IA 3IOWA 1PEBA 1P1WA 1MDQA 4RK9A 2UYFA 2OWTA 4ESWA 4NEDA 3MC2A 2I0BA 3K01A 3M3KA 1SBPA 4GL8A 3U1OA 1N76A 1S50A 4Q30B 1MY3A 2DWJA 2RCAA 5FHOA 2DSFA 2ANJA 3B6TA 2XXTA 2O6AA 2YJPA 1B5JA 5JTYB 3CR9A 3FVOA 3TMGA 4ZECA 4LZ8A 3C33A 4NF8A 2THIA 3JYRA 5L8DA 2XD2A 2AYSA 2UXAA 4DDDA 3V5AA 4Z7EA 1MS7A 1PB9A 3SKPA 3U94A 1KWHA 3QUFA 4XXUA 2RCBA 3L6GA 3VVDA 2HAUA 3D4GA 2I3VA 3O6IA 3PMWA 4GL0A 4NTLA 2H25A 2OBGA 3TCFA 4R6HA 1P1UA 1QKAA 1NNPA 2Q88A 4EF2A 2G29A 4PQJA 3KG2A 5TPAA 3TKDA 4KYSA 4PP0A 3K6VA 1HSLA 3S9EA 4FE8A 4KCDA 5AA3A 1I69A 3HO7A 3D4CA 5K2YA 1SYHA 4F1YA 1BKAA 3MAMA 3VLVA 4QFNA 5L9MA 3C32A 1MY2A 3FVKA 4E0XA 2H98A 3Q28A 4F3GA 4ZS9A 1BIYA 5AA4B 4NWDA 1MH3A 1MXYA 1SI0A 2NWJA 4RYAA 2DE3A 3FGSA 3C36A 3SESA 1R1NA 1USYH 3KFMA 4RY1A 3H06B 2LAOA 1LB8A 1FTLA 1M5FA 1A55A 3TELA 1P1OA 4ELRA 1YCJA 3CSGA 1Z7NE 3H4ZA 3MPLA 3KGCA 4QHQA 2Y7KA 2F35A 2XXIA 5CC2A 4X1DA 1LFHA 3E4RA 3N6TA 1O7TA 3K1PA 4QRZA 3A3UA 1ZKBA 4Q8RA 1Y3QA 1Y3NA 4EQBA 2VHAA 3OOAA 1LAHE 1XVYA 1ZTYA 4QSCA 2Q9TA 3H7MA 3OMBA 3TODA 2RC9A 3Q29A 3LC8A 4EUOA 2NVUB 1MQJA 3T66A 2XXVA 3A09A 4YB6A 2QS4A 2XXHA 3FV1A 3FVNA 1LSTA 2R71A 1Y20A 2I0CA 2QS3A 3IB0A 3IR1A 1MRPA 4H0WA 4HCYA 2ZYOA 3C34A 4AQ4A 5TPAB 4GRKA 1SYIA 2AL4A 4YZZA 1VFDA 1MPBA 3IB1A 3W9WA 2Z8DA 2DE2A 3HPIA 1A54A 3UGWA 1FTJA 3G3KA 1B32A 3QK6A 1MXZA 2O51A 4LA9A 3LSXA 2V3QA 1GVCA 3PD8A 3IJXB 4KHZE 1VR5A 3SDFA 3TFLA 1PB7A 3SETA 4ECFA 2DXYA 4TOZA 4DXUA 3AXFA 3PUXE 3N94A 5DVJA 3I5OA 2F7AA 3LSWA 3GXAA 1SQYA 1SDXA 1O63A 2PX1A 2Q8JA 1RYOA 3KN7A 3VXCA 2ABHA 3C4MA 2GH9A 3H6UA 4ISUA 5DYHA 1EU8A 3DM0A 4H65A 4OETA 4JSOA 5TU0A 4MLVA 4C0RA 2BJJX 3QYTA 5EHSA 1B58A 3QXMA 4KQPA 5AA1A 3ZKLA 3B6WA 1MXUA 5LOMA 2HZKA 1MQHA 4THIA 4F18A 4BDOA 1ZLQA 1URDA 4YMBA 2G93A 1SVXB 3KSXA 1D9VA 5ISUA 3H03A 3IK6B 2PMSA 2O1LA 2VOZA 3EPEA 4JXIA 3ZS6A 1B7UA 4FATA 3O29A 4P0GA 5L9SA 1XHYA 4IY5A 1EH3A 1D4NA 1US5A 2XXXA 1FQAA 3KOTA 2QS2A 1XS5A 1B5HA 3BFTA 2Y84A 3S4UA 1MM7A 4UA8A 2ZNUA 4O3BA 1LCTA 2F6GA 4DIGA 4QSDA 4ZEIA 3K00A 3GBAA 4QSEA 1FW0A 4HTGA 3OXNA 4YU0A 1JW5A 3PGFA 2F97A 1A7LA 4I1DA 2HQ0A 1NKXA 1M5DA 2A5SA 4OFOA 1MG1A 5CM6A 4GFRA 2F7BA 3TCGA 4DE8A 4R74A 1FQBA 4ESXA 1II5A 4U1OA 4KCCA 2ALUA 5KDTA 4F1VA 2QL3A 5CRYA 3IL1B 4AB5A 2O68A 1H76A 3K6UA 3TPAA 2W7YA 2RKMA 2XHDA 4OFLA 1B5IA 3B6QA 3MW0A 3EQ1A 2I3WA 2HZLA 4OEVA 3G3IA 4YAHX 3UP9A 5ICTA 2DWIA 3I6VA 4RXLA 1P1NA 4C1UA 3A3CA 2H9BA 3E3KA 1B0LA 2DVCA 4IO6A 5DEXA 3PPOA 4LATA 1MDP1 3IOVA 3H6WA 2V84A 2E0SA 3Q26A 2F8DA 5J1DA 3RGYA 4XIGQ 3Q25A 4WEPA 3GZGA 3PUWE 3FD3A 3FJMA 3EHSA 2H99A 1ZMGA 4TLMB 4GQOA 2X7QA 3EF7A 1GR2A 3OELA 5H8FA 4G68B 1QUJA 1JETA 2DVZA 3MVZA 1SW2A 3KJ7A 3UIFA 3W9VA 4XKRA 3LBSA 2I4BA 1B3EA 1IIWA 4OERA 1QUKA 3IORA 1UIUA 3K1MA 2CZLA 4MBPA 4F29A 2Z8FA 4HW8A 3UORA 5DVIA 3T93B 2I49A 3RLFE 5CMCA 3MP6A 1M5CA 3TTNA 4FEBA 1DTZA 4BDQA 4IO4A 1M5EA 3QSLA 2ZNTA 4F3PA 1I6AA 4FEDA 1FQDA 4G8HA 3TUSA 3H3GA 2GRVA 5HBCA 3RT6B 1DMBA 1M5BA 1FQEA 1B1XA 5A5XA 4WEDA 4BDLA 3KEIA 3RUMA 5KDTB 4OENA 1VFEA 3MJNA 3RN8A 3TTLA 5HPQA 1AIVA 2QMXA 4TQUQ 1B3GA 4ND9A 1QUIA 2QS1A 5F1QA 4H8IA 5I2NA 1Y4TA 4F31B 4YKPA 3FXQA 2O1MA 3K2DA 4LZ5A 5DEXB 4OYVA 3O9PA 3KOSA 4ZEFA 1AMFA 1B46A 2E1SA 1Q35A 4QFKA 3PPRA 1ANFA 3FASA 3ILUB 4R9GA 5FTHA 1EZOA 1R9QA 4YKKA 5CI5A 3B7DA 4GF8A 3DELB 1H45A 1IITA 3EHTA 4XKPA 1F9BA 2DQVA 1WDNA 5H8FB 3U72A 3N5LA 3EHUA 2ZYNA 3QUJA 3PUZE 1L5TA 1IXHA 4N6PA 4RA1A 3ODBA 2PYYA 1P99A 1MXVA 3H6VA 1MY0A 3IO4A 5M2VA 5I56A 1NH7A 1ZU0A 2XXPA 3CG3A 3G3HA 4PFYA 4Q5TA 1B4ZA 2ZNSA 5CMKA 1NMUA 3VFJA 5IKBA 3MPKA 1NH8A 4NF6B 2GHBA 3V89B 1ZJLA 3OEKA 1B4HA 4GOTA 1UTBA 4JWYA 2F7CA 2RINA 5A5XB 1H43A 3CG1A 4LQ2A 4H1XA 4NMYA 5IAIA 1SW1A 3CRBA 4FJPA 4KFQA 3MVWA 1LFGA 2F6PA 1OVBA 3T9XB 4ZZEA 2XXQA 1LGBC 4X9TA 5I2NB 1IXCA 5FTIA 4U4XA 2QSXA 1S9TA 1FCKA 1MPCA 4NE4A 1UQWA 1EZ9A 3I3VA 1Y9UA 3MVYA 3E9XA 5H8QB 1Y1ZA 4BDRA 1FTMA 4DLDA 2OJTA 4OXVA 5BWJA 3IAZA 1GTKA 4GLIA 3O97A 1NNFA 1FTKA 5DTBA 1MY1A 1QKBA 4F19A 1P1QA 2ONSA 2Y7RA 1RYXA 1N04A 1TFAA 3RTWB 3MVXA 2ZMBA 2UVIA 4OEUA 1N3WA 3ZKKA 2X26A 3V83A 4OTEA 5B7DA 1R6ZA 2B3FA 3O2AA 2XXUA 4F1UA 4XTCQ 4DZ1A 3FJGA 4RPNA 4X48A 1A99A 3FIRA 4EXKA 4G8NA 1B7HA 5I56B 2OLBA 5ICQA 1T0KA 5AA2D 5H8SA 4PE5B 4OESA 2QRYA 1FQCA 4F22A 5B70A 3K6WA 5I58A 4YMAA 3OENA 4JDFA 1LAXA 2A5TA 4N13A 1UTBB 4F3SA 3RNNA 3U8QA 1B7ZA 4RJZA 2HAVA 4PFWA 2DP8A 3TTKA 3S9NC 1LBCA 4MF3A 1B9JA 4IB2A 2NUVA 3CI8A 3UK4A 4GXAA 4DXCA 1PBPA 3K1NA 5H8HA 4H5GA 1VE4A 3SEWA 3O6HA 1POY1 1JW1A 4L17A 1JQFA 2DXRA 4ZEDA 1AOVA 5AA2A 3HCQA 2PT2A 1CE2A 2RF1A 4G68A 4DCXA 1OIBA 4HCWA 1CB6A 2V25A 1IQ7A 5I59A 4G4PA 4GWOA 4DXBA 3Q27A 1XOCA 5ITPA 2DS9A 3HN0A 3TDJA 3RTFB 1HSJA 2DWHA 1OQHA 3DP4A 3PV0E 2B65A 4QFOA 4LZ7A 3N26A 3ONMA 3MBPA 4JWXA 2PT1A 1GV8A 5I84A 1TFDA 3CFXA 1I6BA 1B6HA 1GGGA 2B3BA 3O6GA 4JB7A 1URGA 3G7WA 3T9VA 1O64A 3PD9A 4Q0CA 2Y7IA 3IOTA 2NXOA 4H6DA 5I2KB 3MP8A 1MXWA 3KBRA 4FAJA 5I58B 3DLNA 4I9DA 3ILTB 4YICA 3HHFA 1MY4A 4M1VA 3DP6A 3M8UA 1A8FA 2PVUA 3OD7A 2A5TB 4N07A 1N7XA 1PC3A 1LB9A 1XT8A 2HEUA 1B3FA 3LR1A 4R6KA 4GXSB 1VSOA 2UVGA 4R75A 3CFZA 5ITOA 3FV2A 4F2QA 2QMWA 1H3DA 2HFBA 2OCUA 3RT8A 5H8HB 1UIVA 2GHAA 3PMXA 2AL5A 1A8EA 1SI1A 1Y3PA 2R9JA 3WAEA 3KJTA 1UTHB 3FXUA 1DTGA 5AA2B 4POXA 3BBRA 2OWSA 5L9OA 1B1HA 3FJ7A 3TAJA 4MFIA 1YTVA 5I59B 3S9MC 1TWYA 2FNCA 1ATGA 3IB2A 5EYFA 3R6UA 1OVTA 1WVJA 3FVGA 4PFUA 1ZBMA 4IY6A 1ELJA 4R6YA 4RPOA 4YKIA 2REJA 3N6UA 1XC1A 1JW4A 1MPDA 3MUQA 1NFTA 1DOTA 2VD3A 1BLFA 3OO7A 4NF4A 3G3GA 4R72A 3OEMA 2FYIA 5HM4B 1USYE 3VV5A 3HV1A 1SD3A 2XXYA 4NF6A 2UYEA 4ELQA 3VDFA 3C9HA 1D3KA 4YB5A 2UVJA 4C1TA 3CSBA 1B2HA 3PMVA 3KZGA 2GFEA 2Z22A 4KYEA 2FA7A 1B0HA 1DPPA 2X7PA 5AE4A 4OVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXIA 3HHGA 4GIZA 2REGA 3RPWA 4GD5A 2M8CA 4IGTA 4UACA 3GBBA 3CVGA 3VLWA 2P3NA 2YLNA 2NOOA 4G68C 4EQ9A 2O84X 2PBWA 5H8QA 1SW4A 4NAPA 1QJMA 4MH5A 4PAKA 1FQFA 1WODA 3O66A 3OO8A 1YPNA 3FATA 1LEVA 2VP1A 2O7UA 1IMBA 2F34A 1B52A 3KN8A 1LCFA 2KQZA 3LUYA 2KLFA 1PB8A 1FBGA 4OFJA 3PPPA 4E0WA 1JVXA 4I62A 3SERA 5BUUA 3TCHA 4QFPA 3SEYA 3GLBA 2ZXTA 1OMPA 2OK2A 3IOUA 3PU5A 1B3LA 1PBQA 4UABA 3OSQA 4OZ9A 2XX9A 3H6TA 1FPDA 4P3LA 2F3DA 2RC8A 4OVQA 3PPNA 3VLUA 3TQLA 4RNSA 1US4A 2D3IA 2OZZA 1IXGA 3RYDA 1QGXA 3S9LC 1OLAA 3WAFA 2XXKA 1MQIA 4HXVA 5JK4A 3L6HA 1BP5A 3LSLA 4NF4B 4H67A 1NNKA 4TLLB 4IO2A 2F78A 4G8MA 5FHMA 3IJOB 4PDHA 4HS7A 1FPFA 5DW8A 2I4CA 4K3FA 4LVQA 3O28A 3KN3A 4P0IA 2ZZWA 3MQ9A 2XD3A 2BJIA 2ONRA 4LQ5A 4OMBA 2UVHA 4DCYA 4YB7A 4GX6A 4FIMA 4P1EA 2H5YA 1URSA 1XVXA 2ZYMA 4LUBA 3CIJA 1I6QA 2V3TA 4NGUA 1N0TA 2P0SA 1D9YA 1FBCA 4NF8B 4P11A 4BDNA 5K2XA 4EF1A 1RDYA 3V8XB 4QFLA 1Y1MA 3R26A 4R73A 4F2OA 1NV4A 2DOJA 4ZEKA 1NUWA 1LFIA 4ZE8A 1H44A 1MQDA 5EHMA 2AIXA 2I58A 4N81A 2ZZXA 3SEXA 1MXXA 1MM6A 3OO9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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