3OO7A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
GPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMKRDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 141
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A02
3MJNA 4GF8A 5TPAB 5I2NA 3ZKLA 5KDTB 3UIFA 3HHGA 5EYFA 2F36A 3SETA 4NF4B 3LC8A 3TMGA 3A3CA 1NKXA 4NF5A 5H8FA 4F3GA 4OFLA 4IGTA 2ZYOA 1RKMA 3TQWA 1UIUA 2XXXA 3O29A 4R6KA 2HXWA 1JW5A 3THIA 2PYYA 2E0SA 2G29A 2QS4A 3U1OA 1QJMA 1PB7A 1NNFA 3BFTA 2Y7RA 3CSBA 4DXBA 5AA2B 1A8FA 4OQOA 2ZNUA 1D9VA 3TKDA 4DXCA 1POY1 4M4GA 3CR9A 4TQUQ 3K6WA 3RNNA 4ELPA 3U72A 4I8CA 3IOWA 4EDPA 1Z7ME 2H5YA 2VP1A 3VLVA 1NH8A 1B7HA 3DP4A 2M8CA 1PBPA 5L9SA 4GLIA 2RC7A 4G8NA 3CSGA 3K2DA 2O1MA 4DXUA 1LBBA 3FZVA 1AIVA 1OLCA 2I48A 1MXZA 5AA4B 1P1WA 4NF8A 2OBGA 3SEWA 4IO2A 1MPBA 2HQ0A 2ONKE 3H7MA 2ZXTA 4ELQA 1MY4A 3IB2A 4G77A 3GBBA 3KSXA 4KYDA 3C35A 3V83A 1USYH 1P1OA 3OOAA 3CVGA 4YB6A 1QVSA 2O7IA 2W7YA 4C1UA 4LQ2A 4R72A 1Z7NE 5CMMA 3T66A 5I2KA 3ECRA 1B0LA 4BDQA 4K3FA 4OWDA 1FQBA 3HHFA 5I58B 3R7XA 1IZ1A 3K01A 1Y4CA 4GVOA 2V93A 4GXSB 1FTMA 1FTKA 2ANJA 1JETA 4U1OA 2XHDA 1WODA 1Y20A 3CFZA 2XXIA 3B6WA 3G3KA 4QHQA 4HW8A 1S9TA 5AE4A 1AH5A 1A40A 3TELA 3HV1A 3C34A 3IR1A 1LFHA 1EU8A 1PB9A 3TCHA 2FNCA 4EQ9A 3VLWA 3C9HA 3FXUA 4F22A 1AOVA 3B6TA 1DOTA 4RK2A 4JBZA 4MF3A 4QRZA 5CM6A 2DS9A 2D3IA 3FGSA 3KG2A 4XKNA 5B70A 2VHAA 1ZJLA 1MPCA 3VXBA 1MDP1 3M3FA 2Y7KA 3O28A 4OYVA 5DVJA 3RQTA 4Q30B 4WEPA 3FUZA 4OMBA 3SKPA 2YJPA 4F1VA 1OMPA 2DQVA 2X7QA 4U21A 1WVJA 5I57A 4RA1A 3CRBA 4I62A 3VLUA 1Y3NA 2QMWA 4GL8A 3MP1A 3O9PA 2V3TA 3PMXA 4NF8B 3TZAA 1H45A 1MM6A 1DPEA 4JWYA 2HZKA 5EHSA 2XXTA 1QULA 4LZ5A 3TEPA 3SEVA 1POTA 3IOUA 3IOTA 4PETA 1JEVA 4GL0A 3RPWA 4ZECA 3TTLA 2IEEA 1URSA 4OEVA 2HEUA 2I4BA 5BUUA 1YAEA 3OMBA 4FORA 4OFJA 2Q88A 1Q1KA 3QSLA 3CFXA 1N04A 5ITPA 5CC2A 4G68A 2P2AA 4X1BA 2H9BA 4NTLA 1P99A 1JVYA 1LSTA 4QFNA 1N84A 2NOOA 2OZZA 4WEDA 4GXAA 3E13X 5A5XA 3H6UA 1SYHA 3KEIA 1NNKA 4FEBA 3USDA 3TCFA 3FVOA 4KR5A 2B65A 2QSXA 4FE8A 3UA8A 5LOMA 1NFTA 2CMOA 2UYFA 1D4NA 1MG1A 4JSOA 5DYHA 1AL3A 1IEJA 1OVTA 4H67A 3OEMA 4JSDA 3A3UA 1FTOA 4ZDMA 3GBAA 3TUSA 1XHYA 4YKIA 2X7PA 2DXYA 1Y9UA 5TPAA 4F3BA 2F6GA 1HSLA 4GWOA 4IO4A 5ICQA 4Q0CA 1B0HA 5KDTA 3IOVA 1B52A 1ZIUA 3FVKA 3I5OA 4H1XA 4NF4A 2I6EA 1YPNA 4H8JA 3SESA 2Y7PA 1S7YA 1R6ZA 3UN6A 1B40A 1I6AA 4R6YA 4HCWA 1B3LA 4I1DA 4YMBA 1VR5A 1MQIA 3C32A 3TFLA 4ESWA 1OIBA 4LA9A 1IITA 4KFQA 1ELJA 1M5EA 3N6TA 5K2XA 3HCQA 4LVQA 3OSQA 3TCGA 5AA2A 4O3AA 2Z8EA 3N26A 4QSEA 3Q28A 1BKAA 1MS7A 4R2BA 3FV1A 2FYIA 3RT6B 4F3PA 4C1TA 4M1VA 2BJJX 2V84A 2VD2A 3PPRA 3QAXA 1SW2A 3OEKA 2HZLA 4LZ8A 3KN8A 1R9QA 4KYEA 3ZS6A 3L6GA 1Y3QA 2UYEA 3PMWA 3K6VA 2O69A 1M5BA 4L17A 4Q5TA 1LAHE 2F7AA 1MQHA 1FCKA 5AA4A 1FQFA 3FV2A 3LR1A 2QRYA 2XXVA 3LSFB 2XX7A 1SVXB 2PT2A 2ZMBA 3TDJA 4EQBA 4PE5B 3FJGA 1JNFA 4ZZAA 4F2QA 3KSJA 1MRPA 1LBCA 4HS7A 1P1NA 2QMXA 1XOCA 5CMCA 4OETA 3S9EA 2DWAA 3W9VA 3TTNA 4EXKA 1LFIA 2XXHA 3EF7A 5I58A 4P11A 3U92A 4QFPA 3C36A 2B3BA 4OEUA 3TPAA 1US5A 3IX1A 2O51A 2P1SA 5KCJB 1D3KA 2A5SA 3FATA 1O64A 2DP8A 3E3KA 5DEXB 2XXQA 3E4RA 4ND9A 4R75A 2ZNTA 1QKBA 2DE3A 3SEXA 4LQ5A 4OZ9A 5KZTA 3K02A 1BTJA 4BDNA 1A99A 2IA4A 2Y7WA 4EXLA 1H3DA 4F1YA 1RYOA 3OO7A 3ILUB 4C0RA 3RTWB 1MXWA 5AA3A 3ZSFA 2Q2AA 1IIWA 4KPTA 1NL5A 3IB0A 4JDFA 3QXMA 1ZMGA 1D9YA 3MPLA 2Y7IA 1CE2A 2I3VA 1FTLA 3LSXA 1Y4TA 3VV5A 4ZE9A 2F7BA 4XIGQ 3K0VA 4OHNA 2GRVA 4IY6A 4N07A 1IXIA 5ELVA 3CIJA 1NNPA 2GFEA 1ZBMA 3SEUA 5CBRA 3MQ9A 3PPQA 1FQDA 3OSRA 1IUDA 2DWHA 2DXRA 4JWXA 1MH4A 4YB5A 4F31B 3P7IA 4KD5A 3EPEA 3DELB 4OFOA 2QJEA 3MZBA 2DWIA 1ZKBA 2ONRA 4ZS9A 1CB6A 4RXLA 4G68C 1YCJA 4EQ7A 3K1NA 3N5LA 3O97A 3T9XB 3O66A 1SDXA 4U22A 1UIVA 4QFKA 4XKQA 4FECA 2ZNSA 4P0IA 3HN0A 3IB1A 2Q89A 3G3FA 1MY3A 1QW0A 2REGA 1MY0A 3O6GA 4IO7A 4GRKA 3ZKKA 3V8XB 1N3WA 3IAZA 4THIA 3RUMA 3PD9A 2XXUA 4GQOA 4DZ1A 2F78A 3EN3A 1IXHA 1DTZA 1ZTYA 2G93A 4NWDA 2F35A 3PMVA 4WXJA 4FATA 2F34A 3OENA 1M5DA 4OENA 1NMUA 3IO6A 4DCYA 4RK9A 2O6AA 3MUQA 4H0WA 3PUXE 2NWJA 3FD3A 4F1UA 4FEDA 4EUOA 5IKBA 3KOSA 3RT8A 1B5HA 4F29A 2XX8A 3QUFA 3QK6A 4F19A 1GV8A 3QIMA 2LAOA 5DTBA 4FJPA 2QS2A 4I9DA 2H4IA 3GLBA 1JQFA 1I69A 2AL4A 4H6DA 5FTIA 1ZLQA 3WAEA 4KCCA 3KJTA 3ONMA 3UORA 2VD3A 3OXNA 2I3WA 4ZEDA 1LLSA 2RC9A 3H6WA 3E9XA 2H99A 1VFDA 5J1DA 2ONSA 3TQLA 1VSOA 2OK2A 5ICTA 4ISUA 1UTBB 2QL3A 3DP8A 2Z8FA 4TLMB 2THIA 1N0TA 2HAUA 4GD5A 2RCAA 1TWYA 5FHMA 3VFJA 1B4HA 1MH3A 1LAFE 5L8DA 4NMYA 5DVIA 3VDFA 5H8NB 4R9FA 4LATA 3H6TA 4QFLA 3EHUA 3FIRA 3MW0A 3TAJA 2PVUA 2OLBA 3CG1A 1LCTA 4R74A 3TYHA 1ZU0A 1USYE 3MPKA 3RLFE 3Q29A 1GGGA 4NF6B 1PBQA 5BWJA 5I59B 3PUYE 5B7DA 3MBPA 2OCUA 4YKJA 2A5TB 5FHNA 1BP5A 1XS5A 4AB6A 4X9TA 1MY1A 3F11A 5FHOA 4Z0IA 3O6HA 4N6PA 4ONYA 3GZGA 2Z23A 4IO5A 5TP9B 1B6HA 1MQJA 4F2OA 2O84X 5CI5A 1N7WA 3CFLA 4KCDA 2REJA 1MXVA 3L6HA 4UACA 5L9MA 3FVGA 3K6UA 4U4XA 4PFYA 3BBRA 2XD3A 1LCFA 1B32A 3PUWE 5HM4B 4OXVA 3JV9A 2XD2A 1OQHA 2CZLA 3B7DA 5KCJA 3I6VA 4F3SA 3SDFA 4G4PA 4FAJA 5DEXA 4ZEFA 1PDAA 1JW4A 4NEDA 5JEIA 3HO7A 2XXYA 4EF1A 1JVXA 5I84A 3M3KA 3T9VA 1GVCA 2F5XA 3FJMA 3H3GA 3PD8A 2F8DA 4E0XA 2YLNA 2RC8A 4ZEKA 5IAIA 4YZZA 2I58A 1XC1A 3R26A 5DVFA 5JTYB 1EZ9A 1B2HA 4BLAA 1JW1A 4YKPA 5CMKA 2XXWA 1A8EA 4FIMA 3IJXB 1B46A 4IO6A 3MVZA 2ESNA 1DSNA 4BDOA 3C4MA 2DVZA 1IXCA 2DWJA 3KN7A 1URGA 3U8QA 3MZ1A 4OESA 1QUIA 1B05A 4U4SA 3KN3A 3PPOA 4DDDA 4ZZEA 1H44A 3QYTA 2P0SA 2ZYKA 5AA2D 4BDMA 1Y1MA 3Q25A 3TODA 5I56B 1FW0A 3DLNA 1B51A 4U1ZA 2Q9TA 1QUJA 3JZJA 1ANFA 4R2FA 1TFDA 3G7WA 1SW1A 3FJ7A 4MBPA 4NE4A 4PFWA 3G3HA 1B1HA 1IQ7A 3S9NC 1B3EA 4HCYA 3RY3A 2XXRA 1SBPA 3OO8A 1TXFA 4G2ZA 3EHSA 4TOZA 2R71A 2F97A 1UQWA 2VGQA 3LSWA 5H8HA 2QS3A 1B4ZA 2V25A 4YMAA 3I3VA 1DMBA 4MLQA 1FTJA 2X26A 3W9WA 2Q8JA 1N7XA 2QS1A 2DE4A 1ATGA 2HCAA 1US4A 3KBRA 2ABHA 1SI0A 3RTFB 3TTKA 4GIZA 3IJOB 2V3QA 1MQDA 1FQCA 1SQYA 4UA8A 1B9JA 5H8SA 3AXFA 1N76A 1DTGA 4O3BA 4YB7A 1FQAA 1LFGA 2AYSA 3EQ1A 4U2RA 3H06B 3N6UA 2PBWA 3UK4A 2PMSA 3B6QA 1B3FA 3Q26A 1XT8A 3MC2A 3OO9A 4DLDA 3MVXA 1H43A 4IO3A 4QFOA 3MZ9A 3MP8A 4RNSA 4LUBA 1N3XA 3KOTA 2D21A 2O68A 2XX9A 2I0CA 1P1UA 4XKPA 2RKMA 3C31A 3S4UA 1VE4A 1JEUA 1XVYA 2GHBA 3UGWA 4N13A 1A55A 4ELRA 4AQ4A 2UXAA 2OWSA 1AMFA 4QF9A 3S9LC 3IK6B 3GXAA 1B3HA 1UTBA 4DCXA 2RF1A 3PPPA 4R73A 1EZOA 3C33A 4R6HA 3IO4A 5JK4A 3S2VA 1SD3A 2O7UA 1RYXA 4PFTA 3PGFA 4H5FA 4BDRA 3R6UA 4OVJA 1VFEA 3SEYA 1H76A 1UTHB 3K1PA 3FXRA 3D4CA 2YPNA 1Y3PA 3H6VA 5H8NA 3PUZE 1SYIA 1LAGE 3TTMA 4MLVA 4P0GA 1HSJA 3FASA 1XVXA 4OERA 3OELA 2AIXA 4XTCQ 4GFRA 4RY1A 1J1NA 4GOTA 2OJTA 4KHZE 4NF6A 5I59A 2E1SA 5H8HB 4ZEIA 1A7LA 2A5TA 5CBSA 4DIGA 3PV0E 1SW4A 1IXGA 1MXXA 4WKMA 2I49A 1MXYA 3Q27A 5I2NB 5FTHA 4POWA 3M3LA 5TP9A 4RYAA 2PT1A 2H98A 4H8IA 4PP0A 1F9BA 3JYRA 3N94A 4NF5B 5H8FB 1B1XA 1B5JA 5F1QA 1T0KA 2WKYA 4Z7EA 4AB5A 4O3CA 2NVUB 1B7ZA 5ISUA 1B7UA 4QSDA 5H8QA 5CMBA 4E0WA 5ITOA 3IL1B 5EHMA 3K4UA 4KYSA 2F7CA 3MP6A 2NUVA 4RPOA 2ALUA 4MFIA 3VXCA 3WAFA 3PU5A 2UVIA 4YICA 3T96B 4JXIA 2OWTA 1I6BA 4IGRA 2GHAA 1A54A 1GTKA 4IB2A 3QUJA 1O63A 1MM7A 3MVYA 1URDA 2D5WA 2DE2A 4XKRA 1B3GA 5JTYA 4IY5A 4BDLA 1LAXA 2HAVA 1M5FA 1MPDA 3S9MC 1LGBC 3MAMA 1OQGA 4H5GA 2GH9A 1PC3A 1QKAA 1BLFA 3O2AA 1MY2A 4LP2B 3W15C 3LSLA 3K00A 3U93A 1R9LA 1P1QA 4JWOA 3BFUA 3G3GA 2VOZA 1M5CA 5HBCA 4KQPA 3FVNA 4H65A 4RJZA 2F6PA 4QSCA 3A09A 5I56A 5I2KB 3T93B 3K6XA 3M8UA 3BKIB 3K1MA 1PEBA 3LUYA 4XXUA 1YTVA 3VE1B 4F39A 3DM0A 1NNTA 2R9JA 3PPNA 2O1LA 1OVBA 1R1NA 1O7TA 2XXPA 3DP6A 1S50A 2ZYNA 1TFAA 5AA1A 1HSEA 2H25A 4YKKA 1OLAA 1NH7A 2DVCA 4ESXA 4LZ7A 3CG3A 3V5AA 4POXA 1SI1A 4EF2A 5K2YA 2V3UA 3H4ZA 5M2VA 3FXQA 3VVFA 1DPPA 4TLLB 5H8QB 4PFUA 3OO6A 3OD7A 3KGCA 3HSTA 4Q8RA 3H03A 4G8MA 4KI0E 2RCBA 2DYXA 3KFMA 2FA7A 3MWBA 4ECFA 2Z22A 4ZE8A 4YU0A 3IORA 4YAHX 2QPQA 1EH3A 3VVDA 4NWCA 2Y84A 3SERA 5L9OA 3ILTB 5I57B 4LONB 4PQJA 1MXUA 2RINA 1Y1ZA 3RN8A 1QUKA 4RPNA 3EHTA 2UVJA 1LB9A 1Q35A 4G8HA 3U94A 2Q2CA 1TT1A 2UVGA 3ODBA 2UVHA 3T9UA 3VVEA 3CI8A 1B58A 1I6QA 2I0BA 2KLFA 1FQEA 4DE8A 2HFBA 4HTGA 1WDNA 1GR2A 4OTEA 3PUVE 1L5TA 1SW5A 3UP9A 1KWHA 2DSFA 3RGYA 4ZEBA 2B3FA 4X1DA 1MDQA 3O6IA 2DOJA 3LBSA 4MH5A 1EZPA 3G3IA 4G68B 3T22A 2I4CA 3KZGA 4R9GA 3G3JA 4X48A 3V89B 2NXOA 2ZYMA 3TTRA 3T9HB 1UTHA 1BIYA 1B5IA 5TU0A 5DT6A 4U23A 5A5XB 3KJ7A 5CRYA 5HPQA 3MVWA 2R6GE 4ELOA 1PB8A 1LB8A 1II5A 1MQGA 3HPIA 4JB7A 2PX1A 5F7VA 2AL5A 2Z8DA 3D4GA 4F18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MJNA 1FPJA 4GF8A 5TPAB 3B8BA 3D1RA 5I2NA 3ZKLA 5KDTB 3UIFA 3HHGA 5EYFA 4HE1A 2F36A 3SETA 4NF4B 4GWWA 1LBZA 3LC8A 3TMGA 3A3CA 1NKXA 4NF5A 5H8FA 4F3GA 4OFLA 4IGTA 2ZYOA 4P9KA 1RKMA 3TQWA 1UIUA 2XXXA 3O29A 1K9ZA 4R6KA 2HXWA 1JW5A 3THIA 2PYYA 2E0SA 2G29A 2QS4A 1IMAA 3U1OA 1QJMA 4P3LA 1PB7A 4N91A 1NNFA 3BFTA 2Y7RA 3CSBA 4DXBA 5AA2B 1A8FA 4OQOA 2ZNUA 1D9VA 4P56A 4GWYA 3TKDA 4DXCA 2WX9A 1POY1 4AS5A 4M4GA 1IMFA 2XA5A 1NV0A 5FBPA 3CR9A 4TQUQ 4HE0A 5ET6A 3K6WA 2V4CA 3RNNA 4ELPA 3U72A 1FPKA 3IFCA 4I8CA 3IOWA 4EDPA 1Z7ME 2H5YA 2VP1A 3VLVA 1NH8A 1B7HA 3DP4A 2M8CA 1PBPA 5L9SA 4GLIA 2RC7A 4G8NA 3CSGA 3K2DA 2O1MA 4DXUA 1LBBA 4MNPA 1JP4A 3FZVA 1AIVA 1OLCA 2I48A 4PGPA 1MXZA 5AA4B 1P1WA 4NF8A 2OBGA 1NUZA 3SEWA 4IO2A 1MPBA 2HQ0A 2ONKE 3H7MA 2ZXTA 4ELQA 1MY4A 3IB2A 2QVUA 4G77A 3GBBA 3KSXA 4KYDA 3C35A 5IZ3B 3V83A 1USYH 1P1OA 3OOAA 3CVGA 4YB6A 1QVSA 2O7IA 2W7YA 5IM2A 4LQ2A 4C1UA 4R72A 1Z7NE 5CMMA 4XFEA 3T66A 5I2KA 3ECRA 1B0LA 1K9YA 4BDQA 4K3FA 2JJKA 4MX6A 4OWDA 4HE2A 1FQBA 3HHFA 5I58B 5IZ1A 3R7XA 1IZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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