3OO7A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
GPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMKRDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
total genus 141
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo7A02
2ONSA 3RTWB 2VP1A 3MP1A 2D3IA 3JZJA 3I6VA 2OWSA 3SETA 1IUDA 5AA2B 1B0HA 3RN8A 1SD3A 3O9PA 3FJ7A 1BKAA 4G8MA 4NWDA 3VLUA 2I48A 1US5A 5EHSA 2H99A 4DIGA 3KEIA 3O6HA 1P99A 1USYH 1OIBA 3MP6A 1AH5A 2I3WA 1IIWA 3B6TA 1LGBC 2HAUA 2AL5A 4PP0A 3UIFA 2I58A 2PVUA 5CM6A 2THIA 4XIGQ 4OFJA 2OWTA 5I2KA 1Y1ZA 4IY6A 3IOVA 4KCDA 1B7UA 5H8FA 3UK4A 1Q35A 2Q2CA 2P2AA 4GOTA 3QIMA 3OD7A 4POWA 1L5TA 3MBPA 4ONYA 1Y3NA 4GFRA 1HSEA 2E0SA 2I3VA 4UA8A 2H9BA 3EN3A 3K1MA 1POY1 5FTIA 3DP6A 5CBSA 2WKYA 3A3CA 3S9EA 3E9XA 4KPTA 3A3UA 1B46A 3QXMA 1GTKA 3M3KA 3CVGA 4KQPA 3Q26A 4QFNA 1LAGE 3KOSA 2XXTA 3ZKKA 1YTVA 3RTFB 3ECRA 1J1NA 2O1MA 3G3KA 1D3KA 1M5BA 5I56A 2A5SA 3OEKA 2I0BA 3N26A 1LFHA 4R75A 5I58A 3T9UA 3IB0A 1OVBA 4NF5B 4X1BA 4PFYA 2I0CA 4R73A 3G3IA 2XHDA 3EF7A 1LFGA 1MH4A 4O3BA 4LP2B 1VSOA 3IOUA 1RKMA 4R9FA 3ONMA 2XXQA 2B3BA 2I49A 3O6GA 4JBZA 3S9MC 2DOJA 4FECA 1NL5A 3D4CA 3OO9A 4U2RA 4X9TA 2GH9A 2ESNA 1TXFA 2UYFA 3I3VA 3H6UA 4ZS9A 2ZYOA 1ATGA 3H7MA 1YAEA 3PGFA 2ANJA 3N94A 2OK2A 1NFTA 3FV2A 5CC2A 4BDLA 3HO7A 3BFTA 3TDJA 1B40A 4IO4A 2DE4A 5HPQA 2UYEA 5DT6A 4Q8RA 2FA7A 2QS1A 2OLBA 4GXAA 4N07A 4M4GA 3SESA 3HN0A 3U1OA 2Z8DA 4MH5A 3DP8A 5L8DA 5L9MA 5TPAA 4DXUA 1JW5A 1M5EA 5F7VA 2F8DA 4OQOA 3BFUA 1M5DA 4BDQA 4DXCA 5DEXA 1MY4A 4ZZEA 1IXGA 2QS3A 1PB9A 2NWJA 4IO2A 2IEEA 1B9JA 3DELB 1OQHA 2P1SA 5HM4B 2XXYA 1AIVA 3KOTA 4QSCA 4Q0CA 4YMAA 2B3FA 1II5A 4H65A 5KZTA 1JNFA 1UTHB 1GVCA 2UVJA 2HEUA 1A7LA 1B1XA 4OETA 5JTYA 3EPEA 2R71A 1CE2A 4RPOA 2O69A 4MLVA 4YAHX 1B51A 3QK6A 1N7XA 4GRKA 5IAIA 4F39A 3R26A 4RA1A 4F3PA 3CFXA 4JWXA 1B3GA 4OENA 1LAXA 1H44A 3TTKA 1Y3QA 4TLMB 3O29A 5TU0A 2F6PA 3C9HA 3MUQA 5FHMA 3IJOB 3CSGA 4ND9A 1Y9UA 2ZYNA 4F18A 3VE1B 2XXRA 5I59A 2HCAA 4G77A 1FW0A 2DWIA 4PFTA 2VOZA 1Y3PA 1SI1A 4XTCQ 1MRPA 4XKPA 5LOMA 2DSFA 3MZ9A 4UACA 1UTBA 3OXNA 3V8XB 4KCCA 3S9LC 2V25A 1QULA 3O66A 1TFDA 3TMGA 1ZKBA 3FVNA 4IGTA 4YICA 4Z7EA 2DQVA 1B5HA 3IB2A 5I57A 3VDFA 3TPAA 1B32A 4KD5A 3WAEA 1TT1A 1NNPA 5ITOA 4X1DA 4RY1A 4JDFA 1NMUA 2DXYA 4OERA 4MFIA 4F2QA 1FTLA 5BUUA 3IOWA 3MC2A 2DE3A 3TFLA 2UXAA 3LSWA 1Z7NE 1QVSA 4G8HA 3O2AA 2RC7A 1N3WA 3O6IA 4EXLA 4YU0A 1ZU0A 2F7BA 4X48A 4GIZA 2H4IA 4C1UA 1AOVA 4HCWA 5KCJA 3TZAA 4KYDA 2NXOA 3MW0A 3VLWA 5H8HA 5AA1A 1YCJA 3RLFE 2QMWA 2REGA 4F29A 3ZSFA 2R9JA 2O7UA 3MPLA 1H45A 5ELVA 1LBBA 3ODBA 4YKIA 4F1UA 3S9NC 4IO3A 2VD3A 2Y7IA 1VFDA 1B4HA 2H98A 2NVUB 2XX9A 1GV8A 3C34A 3T96B 4QHQA 5ISUA 3KG2A 3U93A 2Q89A 3MVWA 1B5JA 1MY2A 3PPNA 1IXCA 5KDTA 4I8CA 4F31B 2I4BA 4KR5A 4WKMA 3ILTB 2E1SA 1N76A 3OO7A 5ICQA 5AA2D 3U92A 2NUVA 3PPPA 1MDQA 2Q8JA 4FIMA 3KSJA 5B7DA 4H1XA 3IB1A 3PPQA 1CB6A 3K2DA 3U8QA 1QUKA 2YJPA 3LSLA 3PUZE 4YB6A 4PE5B 5L9SA 2W7YA 4H5GA 3T9VA 1WVJA 1UIUA 1MXVA 1FTOA 4ELPA 1FQEA 3HPIA 4TQUQ 1MPCA 3EHTA 2Y7KA 1HSLA 3FIRA 2O1LA 1NNFA 1UQWA 3TCFA 2GRVA 3THIA 3TCHA 4WXJA 4ZEBA 5I58B 4LA9A 3PPOA 3GLBA 2PBWA 4ZEFA 2RKMA 4Q30B 1UIVA 2O51A 2O84X 3UP9A 2V84A 4RPNA 1XT8A 3EHSA 2ZXTA 3C31A 5ITPA 1BIYA 5L9OA 3G3GA 4KYEA 3KN7A 3CRBA 1YPNA 5DVIA 1KWHA 1OLCA 3TEPA 4LQ5A 1B7ZA 3WAFA 4GVOA 3LSFB 3TCGA 4ELRA 4R2BA 3CFZA 2AL4A 4IO6A 1US4A 4F2OA 2UVHA 3FVOA 3T9XB 4ZEIA 5JK4A 3JV9A 4LONB 3C4MA 3R6UA 1IEJA 4E0WA 1I6BA 3UA8A 3FVGA 4HTGA 4LATA 5AE4A 1MQIA 5TP9A 1DPPA 2Z8FA 1MXZA 3K1NA 1GGGA 2PT1A 2AIXA 4QFOA 4EF2A 4NWCA 5AA3A 1S9TA 2RCAA 1MQGA 2F97A 5H8QB 1H3DA 1QW0A 4FE8A 2F7AA 3RT6B 2OZZA 3KGCA 5I84A 2A5TA 2F6GA 3R7XA 1EZ9A 1HSJA 1LCTA 2O6AA 1TWYA 5DEXB 2ONKE 4AQ4A 1OVTA 1PBQA 4ZEKA 3V5AA 2QL3A 4I9DA 4FJPA 2Z23A 1JW4A 1BTJA 4U22A 4JWOA 4QFPA 2XD3A 3MWBA 3TAJA 2IA4A 2XXWA 2LAOA 1FTMA 4F3BA 3RT8A 4EQ7A 3FATA 3C36A 2UVGA 1O64A 4MF3A 5JTYB 3GBAA 5F1QA 3SEXA 3IOTA 3T22A 2QS4A 4ZE8A 4GQOA 1A40A 1DTGA 4EQBA 1ANFA 1IQ7A 1GR2A 3BBRA 1LB8A 2QJEA 4XKQA 1B3FA 4RNSA 4ELOA 2GHAA 3W9WA 3FUZA 3B6QA 4OFOA 3K6WA 5BWJA 1R1NA 4GL8A 1Y1MA 3IO4A 5J1DA 1RYXA 3M8UA 1USYE 4OZ9A 3KN8A 4ZECA 1P1OA 5AA4B 1MXXA 3VVFA 2DVCA 1S50A 3JYRA 2G93A 4H0WA 1AL3A 2X26A 4RK2A 4RYAA 3Q27A 4KHZE 3KSXA 1ZBMA 1A54A 1FTJA 1FQCA 3V89B 3U72A 3PUWE 4LVQA 2XXHA 2O68A 1XVXA 3CG3A 3K02A 4NMYA 3KJTA 1B3LA 1LB9A 2Z22A 4XKRA 2QS2A 1JQFA 3TUSA 1VE4A 4QSDA 1EZOA 3H4ZA 1A99A 1B2HA 4F1YA 1SYHA 4YMBA 1P1UA 4DXBA 4PQJA 4E0XA 2F5XA 1B05A 4XKNA 3L6GA 4NF4A 1IITA 3MVZA 1SI0A 3LUYA 2I6EA 1ZTYA 3FV1A 4G68C 4H67A 2Y7RA 1POTA 4FATA 2AYSA 2XD2A 3OMBA 3AXFA 1N0TA 2CZLA 3LSXA 4O3AA 3OELA 2Y84A 1QKBA 1B1HA 4JB7A 4NE4A 4ESWA 5KCJB 1N84A 1NKXA 3F11A 2QPQA 3RY3A 2XXXA 4U4XA 1LAFE 5H8HB 3CSBA 4LZ8A 4JSDA 2DE2A 3K6VA 2V3TA 1DOTA 4OXVA 1B3EA 1I69A 1MXYA 1NNTA 4OMBA 1PBPA 3G7WA 5CMKA 2OCUA 3OSRA 2CMOA 4BDOA 1FQDA 2D5WA 3IJXB 3BKIB 4G68B 2KLFA 1B6HA 3C33A 3PMWA 1UTHA 4R72A 4GLIA 5KDTB 4DCYA 4NF6A 2X7PA 4EDPA 3RUMA 3G3HA 1ELJA 3QAXA 4Q5TA 1MQJA 3UORA 4C0RA 4R6KA 2B65A 2V93A 3M3FA 2RF1A 3FGSA 1MQHA 1JVYA 3GXAA 2M8CA 1I6AA 4ZEDA 5DTBA 4RK9A 5A5XA 1T0KA 1Z7ME 3HSTA 4HS7A 1LFIA 1NH7A 1XS5A 4YB7A 3Q28A 5FHOA 2VHAA 2UVIA 4LZ7A 3O28A 3TKDA 1B58A 5HBCA 2D21A 2QMXA 3I5OA 1LAHE 1PEBA 1O63A 4NF8A 3TTLA 3K6UA 3USDA 1JEUA 2OBGA 3K0VA 5FHNA 2YPNA 4THIA 4G4PA 4OHNA 1S7YA 5CBRA 1B0LA 1O7TA 1IXIA 5CI5A 3PMXA 5M2VA 5I2KB 3EHUA 1OLAA 2RC9A 2XX8A 5H8FB 3N6UA 1JETA 4P11A 4H6DA 1Y4TA 1R6ZA 5DYHA 2YLNA 1SW4A 1MY0A 5I2NA 4QRZA 3W9VA 2HQ0A 3K6XA 4P0IA 4ELQA 1Y4CA 4LZ5A 1NNKA 3VXCA 4OESA 3PUVE 4NTLA 3TODA 3B7DA 1SYIA 3CG1A 3PD9A 2ZNTA 2H5YA 4BDRA 1XC1A 4TLLB 5TP9B 1ZMGA 3OO8A 3UN6A 1LBCA 3D4GA 3Q25A 4OEVA 4POXA 3K4UA 1NH8A 3H6WA 5K2YA 5CMCA 5I56B 3P7IA 3HHGA 1JVXA 4DE8A 3MP8A 2XX7A 2A5TB 3MQ9A 2Y7PA 1PB8A 4I62A 2XXUA 1N3XA 3PUXE 2GHBA 3HV1A 2PX1A 1FQBA 4L17A 1DMBA 3PPRA 3W15C 4WEPA 5DVFA 3QUJA 3KBRA 1N04A 3CFLA 2V3UA 3HCQA 4MLQA 4IY5A 3TYHA 3IORA 3EQ1A 3CI8A 2Q9TA 4N13A 1QJMA 5H8NA 3SEWA 5FTHA 3MVYA 5IKBA 3SERA 3OEMA 2ZNSA 4R6HA 5DVJA 3RGYA 4FEDA 5ICTA 2HZKA 3N6TA 5K2XA 4LUBA 3FZVA 2I4CA 4AB5A 5CMMA 2FNCA 4ECFA 1Y20A 1PC3A 5AA2A 5TPAB 1XVYA 1FQAA 1TFAA 3PUYE 5JEIA 4EXKA 1AMFA 1MPDA 4BDNA 3C35A 4PFWA 4QF9A 2ALUA 2ZMBA 4YKJA 3ILUB 2Z8EA 4P0GA 4EUOA 3H06B 4R2FA 1MH3A 2VD2A 4U1ZA 1MDP1 3TELA 1JW1A 4R74A 3VV5A 1FTKA 2F34A 4K3FA 3OO6A 4R9GA 3M3LA 4OWDA 4DZ1A 2ABHA 2XXPA 4GL0A 1QUJA 5CMBA 2XXIA 4F19A 3IL1B 1SW5A 3E4RA 1P1QA 3FXUA 3T9HB 4QSEA 4EQ9A 3H6TA 2G29A 1MXUA 2DWAA 2DP8A 1URSA 4ZDMA 3E13X 1SDXA 4NF4B 4WEDA 1A8FA 2BJJX 1QUIA 3K1PA 4F22A 3GBBA 4H5FA 4F1VA 3ZKLA 1XOCA 1MY3A 3GZGA 3H6VA 1PDAA 1ZLQA 3FJGA 1SVXB 2ZYMA 1MM6A 3TQLA 4IGRA 1FCKA 3MZBA 2HFBA 5I59B 2F7CA 2ONRA 4YB5A 1I6QA 3VVDA 5H8QA 3RNNA 2Y7WA 1XHYA 1H76A 4JXIA 4NF5A 1VR5A 2VGQA 4RJZA 3FJMA 4YZZA 3SKPA 4EF1A 1D4NA 3H03A 1UTBB 3IX1A 4IO7A 4H8JA 2QRYA 3L6HA 4GF8A 2H25A 2P0SA 4IO5A 1D9YA 1N7WA 1SW2A 1VFEA 1A8EA 2GFEA 4HCYA 1R9LA 4TOZA 1P1NA 2DWJA 3DLNA 3VVEA 5I57B 3E3KA 2Q2AA 4ESXA 1OQGA 4G8NA 3N5LA 3FD3A 4H8IA 4ZE9A 4PETA 1MPBA 1IZ1A 4F3GA 1JEVA 1EH3A 3IK6B 1SW1A 3T66A 2XXVA 2HAVA 1EZPA 1SQYA 4NF6B 1WODA 4I1DA 5EHMA 2DVZA 4BDMA 3H3GA 3FXQA 2Q88A 4R6YA 3PV0E 1B7HA 4KYSA 5B70A 3HHFA 4Z0IA 3G3JA 2PMSA 4NEDA 3T93B 3TTNA 4G2ZA 2ZYKA 1B3HA 4RXLA 3SEVA 5A5XB 4DCXA 1LSTA 3MPKA 3U94A 1RYOA 1PB7A 3OENA 4DDDA 4GWOA 3ZS6A 4GD5A 3UGWA 3S2VA 3LC8A 2DXRA 5AA4A 3V83A 1Q1KA 3VLVA 1OMPA 4O3CA 1WDNA 3LR1A 4U21A 3KFMA 3RPWA 4M1VA 4PFUA 4FAJA 1R9QA 4NF8B 3FXRA 1F9BA 4OTEA 4QFKA 1B52A 4QFLA 4BLAA 5CRYA 1B4ZA 1MS7A 3DP4A 4AB6A 4YKPA 1MY1A 2PYYA 3IO6A 3SEUA 1QKAA 3SEYA 3MAMA 3OSQA 3CIJA 1LCFA 2F35A 3C32A 2FYIA 4XXUA 3QSLA 3QUFA 1H43A 3FASA 4F3SA 3K00A 2DYXA 4N6PA 3SDFA 4JSOA 4C1TA 3KZGA 2X7QA 4ZZAA 5I2NB 2NOOA 2F78A 1M5CA 3PD8A 4YKKA 3G3FA 3FVKA 4LQ2A 1FQFA 4HW8A 1ZJLA 1IXHA 5H8SA 2RINA 2RC8A 4GXSB 1DPEA 3VFJA 3RQTA 1URDA 4ISUA 1P1WA 3MJNA 4U1OA 3TQWA 4JWYA 5EYFA 2F36A 3OOAA 2HXWA 2O7IA 1URGA 3DM0A 3LBSA 3MZ1A 1LLSA 1DSNA 3PMVA 3VXBA 4IB2A 4FEBA 3S4UA 3A09A 2REJA 1BLFA 2V3QA 2OJTA 3O97A 3QYTA 1M5FA 2HZLA 1EU8A 4DLDA 4KI0E 2DS9A 1MG1A 2R6GE 4U23A 3K01A 3TTRA 4OYVA 1BP5A 4G68A 1ZIUA 2RCBA 3TTMA 4OFLA 4FORA 1MQDA 3Q29A 3CR9A 3MVXA 3IR1A 1MXWA 2QSXA 5H8NB 1MM7A 3IAZA 4OEUA 3KJ7A 1A55A 1D9VA 1SBPA 2DWHA 2ZNUA 4OVJA 2PT2A 3KN3A 4MBPA 3B6WA 4KFQA 4U4SA 3PU5A 1B5IA 1DTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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