3OO9A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDKDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 142
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A02
4OQOA 3IJOB 1B0LA 2AL5A 3FVGA 1IQ7A 4I1DA 5KDTA 2ZYNA 4C0RA 2NVUB 1Y3PA 4POWA 5H8NA 2CZLA 1LCTA 2OJTA 3C32A 4R6KA 2GFEA 1FTOA 1Q35A 3MVXA 3MVYA 3PD9A 1LB8A 4X9TA 3TFLA 4OERA 3V8XB 3H06B 1QUIA 4DLDA 2I3VA 2BJJX 3G7WA 4DIGA 3IORA 4QFLA 4GVOA 1FQBA 4H6DA 3CFXA 4OXVA 2ONSA 1SW2A 3G3IA 3MPLA 1B0HA 4IGRA 1RYXA 4GRKA 1SBPA 2H25A 1IXIA 4XKPA 3TTKA 3FVOA 1LFIA 2WKYA 3EN3A 4O3BA 1XVXA 3DP8A 4I62A 1GVCA 2O69A 1PC3A 4QSEA 1B5JA 4OFLA 3JYRA 3KG2A 2VD3A 5CMCA 3CIJA 5EHMA 5JEIA 4G2ZA 3M3FA 2G29A 2UVIA 2HXWA 4GIZA 3T9XB 3UN6A 3FASA 3IR1A 4ZECA 1VFEA 1OMPA 1Z7ME 2GHBA 3PU5A 2OBGA 4PFWA 1MXZA 3VE1B 2Y7RA 4AQ4A 3PPPA 1BIYA 3O9PA 4AB5A 4JWYA 1D9YA 1IXCA 3RUMA 2HEUA 1P1OA 3MW0A 1FQCA 1JNFA 4GFRA 3TCGA 5DVFA 2A5TA 1HSLA 1DTZA 1OLAA 3RQTA 2NWJA 1EH3A 3TAJA 4LQ2A 3W15C 4H65A 3D4CA 2XXUA 3T9UA 3DP4A 5TPAA 4G8NA 2QMXA 3MBPA 3OEMA 5CRYA 5FHMA 1B7HA 5TU0A 3N94A 1JQFA 3IB0A 3I3VA 2RCAA 4NTLA 1H3DA 2RC9A 3N6UA 2O1LA 4WKMA 5AA3A 3TZAA 2X7PA 5KCJB 5DVJA 3MZ1A 2D5WA 2F6GA 4ND9A 4XIGQ 5J1DA 4GOTA 1B52A 3TDJA 1R9LA 4U4XA 1SYHA 1FQDA 1WODA 2XD3A 3T22A 5DEXA 4Q8RA 1XVYA 3ZSFA 2B65A 4YKIA 2Z22A 3S9MC 4IY6A 3H6WA 2DWAA 4MH5A 2REJA 3ZS6A 4H5GA 2HFBA 2P0SA 4FECA 1L5TA 4E0XA 4R9GA 5CI5A 3KBRA 4F2OA 4LUBA 1B5IA 3LSXA 3T96B 2RF1A 4NF8A 1ZU0A 1BLFA 4NF4A 4F2QA 1MQHA 1XOCA 4H8IA 3UGWA 4C1UA 1ATGA 2XXQA 3OO7A 3E3KA 4R6HA 1DPEA 1B46A 1B1XA 1B3EA 1N3WA 1UTBB 2E1SA 3BFUA 4LQ5A 5AA4A 1OLCA 3K6WA 3SEWA 4FATA 2Z23A 4NF8B 2AL4A 3TELA 4X48A 4F1VA 1B3FA 4KHZE 1NFTA 3MP1A 2ANJA 1IEJA 3UA8A 3DP6A 1QVSA 1LAGE 5I56A 1MY4A 3N6TA 4P0GA 2Q8JA 3A3UA 5FTIA 1N0TA 4G68A 4G68C 1EZ9A 4QFKA 3SEVA 3IOTA 1M5DA 5DEXB 1ZMGA 1A55A 2VHAA 1TXFA 3AXFA 3CSGA 1URDA 4FEDA 4LA9A 4WXJA 2QSXA 2RINA 2XX7A 4K3FA 3S2VA 3N5LA 4HCWA 4RJZA 2ZNTA 3G3JA 1A7LA 4F1UA 1LFGA 4N6PA 3SESA 3RY3A 1P1NA 2DVZA 2Y7IA 2UVGA 3HO7A 3IO4A 3KZGA 4PETA 2H5YA 4YB6A 3UK4A 4FORA 5ITPA 1N3XA 3OO8A 1N76A 4NF6B 3RT6B 1MM7A 3PV0E 3B6WA 2Q2CA 1R1NA 3A3CA 5B7DA 5I59A 3KJ7A 1YTVA 1I6AA 2FNCA 3GBAA 2ZXTA 2RKMA 3BKIB 4OESA 4ESXA 4F39A 3C31A 5CBSA 3TTNA 2THIA 3OSQA 1JVYA 1H45A 2I3WA 4QFPA 2V3TA 3FUZA 4PP0A 3U93A 1JW4A 2XXPA 1B1HA 2XXXA 4X1BA 3V89B 1S9TA 3ONMA 4H1XA 4IO2A 5ICTA 1SW5A 5A5XA 3OO6A 2Y84A 3FXRA 3OXNA 1YAEA 1H43A 1MQDA 1SYIA 2DP8A 4RYAA 1B6HA 4JWXA 3CRBA 5EYFA 2O51A 5CMKA 3RLFE 4JSDA 4IO5A 4OWDA 2REGA 2DOJA 3B6TA 4R9FA 3S4UA 2LAOA 4GL8A 4R72A 3QXMA 5HBCA 2O7IA 1MDQA 5TP9B 4BDNA 3KSJA 3KGCA 4M1VA 3OO9A 4KI0E 2HCAA 1D3KA 2PBWA 3I6VA 4G8MA 3TYHA 1MQJA 4DCYA 3SEYA 2RCBA 3MWBA 4GQOA 4PE5B 2DWJA 5FHOA 3T93B 1M5FA 1NNTA 1GV8A 3QIMA 4BDMA 4DXUA 4QF9A 5HPQA 1B4ZA 1JW1A 1GGGA 3PPOA 1MQIA 5TPAB 3I5OA 4ZEKA 1URGA 5F1QA 1FTMA 4E0WA 4MFIA 4NF4B 1I69A 1AOVA 4ISUA 1N7WA 1CB6A 1VSOA 4THIA 3V5AA 3H03A 1LCFA 1MPDA 1D9VA 4TQUQ 3JV9A 1ZTYA 2NUVA 4QFNA 4C1TA 3ZKKA 3H7MA 4YKJA 3SEXA 1NNFA 4KYDA 1MY0A 4HW8A 3MJNA 5H8HB 1PB8A 1XHYA 1MY1A 2PMSA 3EPEA 4OFOA 3FV2A 4BDOA 2UVHA 2NOOA 2Z8EA 5K2XA 1B7UA 2HQ0A 2VOZA 3T66A 1URSA 5L8DA 1D4NA 1I6QA 2P1SA 3QUFA 3Q29A 1MRPA 2OZZA 1QUKA 4H0WA 3A09A 3UP9A 1UIUA 2OK2A 1MXVA 1MXUA 2V3QA 4KYEA 3MAMA 4OFJA 1MXYA 2R6GE 1OQGA 4KCDA 4XKQA 3ZKLA 3L6GA 2I49A 4LONB 4ELPA 2Q89A 2ZYOA 1IUDA 3G3HA 3U1OA 1AIVA 4U2RA 3PMXA 3K6VA 5CM6A 2V3UA 5LOMA 5ITOA 4ELRA 5DYHA 3C4MA 3H6VA 4YZZA 2QPQA 5I57B 2DSFA 1QW0A 1BTJA 2ZYMA 4GD5A 3K6UA 3LSLA 2W7YA 3M3LA 4M4GA 2YLNA 2DXRA 1TT1A 2XXIA 2PX1A 3OSRA 4O3AA 3FD3A 3VDFA 1QUJA 4P11A 2XHDA 3TTMA 4DDDA 1USYE 1DSNA 3GXAA 4YMBA 3K4UA 2ESNA 1S50A 3SEUA 1EU8A 1LSTA 1FQEA 1P1QA 1SVXB 2OCUA 2VP1A 3MZ9A 5CMBA 4ZEFA 1IITA 1FTLA 3D4GA 5BUUA 4OENA 4BDRA 1DTGA 1LBCA 3MPKA 3IOUA 1GR2A 3T9HB 3MP8A 3EF7A 3VVFA 3ILUB 5AE4A 5BWJA 3PUWE 1OVTA 1QJMA 3PGFA 1A54A 1AMFA 1M5BA 5HM4B 3RTFB 2PYYA 4ZS9A 2UYFA 3RPWA 3ECRA 2AIXA 1US5A 1UQWA 1N04A 2I4BA 2PT1A 3E9XA 4KFQA 3QYTA 1MG1A 3C35A 4FEBA 2DQVA 4QFOA 4EXLA 2Y7KA 2I0CA 3KEIA 2FA7A 4RY1A 5A5XB 4U21A 4OTEA 3TMGA 2QJEA 3HV1A 4HTGA 2I58A 4H5FA 2H9BA 3IOWA 2QS1A 3MUQA 5I59B 1JETA 1B40A 4OVJA 5H8SA 4DE8A 2DVCA 1MPBA 1B3LA 1IXGA 2QL3A 2A5TB 3IK6B 1I6BA 2D3IA 2DWHA 2H4IA 4N07A 3CG1A 1B58A 5I2NA 5I58A 2OWTA 3CSBA 5TP9A 1N7XA 1UIVA 1DOTA 3IB2A 2I48A 1ZKBA 2ONRA 1SW1A 3IO6A 3PUZE 3PMVA 4UA8A 3WAEA 3L6HA 3VVDA 3FVKA 3FGSA 3KFMA 1P1WA 3SERA 2XX9A 1WVJA 2F7BA 1Y9UA 2Z8FA 4ZZEA 5AA2A 4FE8A 1R9QA 4PFUA 4MLVA 4R2FA 1LFHA 1UTHB 4KQPA 3JZJA 4XTCQ 4JXIA 5H8QA 3IL1B 3FV1A 1MH3A 4DXCA 4EF2A 3IX1A 2M8CA 2QS2A 1A99A 4YB7A 3FJGA 1B51A 4GL0A 4R2BA 3RT8A 5DVIA 3EHSA 4ESWA 2B3BA 3R6UA 4GF8A 3VLWA 2XXRA 1PB9A 4ZZAA 3CI8A 1WDNA 3M8UA 1XC1A 3QAXA 3PUXE 1UTBA 3O29A 1PDAA 1RYOA 1ZBMA 4G77A 1CE2A 1Y3NA 2F5XA 3RN8A 2Q88A 3Q26A 4NE4A 4RK2A 2ZNSA 3UIFA 4YKKA 3LBSA 3MZBA 3GBBA 4ZEDA 2QS4A 5KZTA 4OHNA 2GRVA 4F3PA 3H6TA 3TTLA 1MM6A 2GH9A 1LAFE 3O6IA 1QKAA 3K1NA 4TLLB 3R7XA 3LSWA 4ZE9A 5CBRA 1LGBC 2HAUA 3OD7A 1EZPA 3OMBA 2ZYKA 4DCXA 4QRZA 2DE3A 3OELA 3U72A 4F3GA 1SI1A 2XXVA 2Y7PA 1JW5A 2ALUA 1B32A 3S9EA 4F22A 2ZNUA 2PVUA 3IAZA 3H3GA 5I2KB 2HZKA 2P2AA 5M2VA 4FJPA 1EZOA 3GZGA 3Q27A 3RGYA 4NF6A 5H8FB 3FJ7A 3SKPA 4EXKA 2A5SA 2HAVA 5FTHA 4U22A 5L9MA 5KDTB 5CMMA 1II5A 1AL3A 1NNKA 1Y4TA 4P0IA 1DMBA 3EHUA 4TLMB 1O63A 1BP5A 3KN7A 3KOTA 3PPNA 2IA4A 3UORA 3VV5A 1ZJLA 3HSTA 3W9WA 1TFAA 1YCJA 1ZIUA 4NMYA 1GTKA 4PQJA 3R26A 4JBZA 5DTBA 1B9JA 3K01A 3QSLA 1J1NA 4PFYA 1FCKA 4QHQA 1VR5A 2F78A 4KD5A 5AA2D 3H6UA 1VFDA 4JB7A 4RPNA 1ELJA 3LR1A 4ECFA 3E13X 2QS3A 2YJPA 3TTRA 1Y4CA 1PBPA 3HHFA 4HS7A 4F19A 1O64A 4KYSA 1H76A 1SQYA 5ICQA 2F7AA 3THIA 3VLVA 4OYVA 1PB7A 1NH8A 3WAFA 4UACA 4Z7EA 4YICA 4HCYA 3SDFA 1ZLQA 3K00A 3FVNA 3O2AA 1B2HA 5IKBA 3TCFA 4RXLA 4ELOA 3K0VA 2F6PA 2IEEA 2O1MA 1VE4A 4NWCA 3MC2A 5H8FA 4YAHX 3LSFB 5ELVA 4ZEIA 1A40A 4KR5A 1A8FA 2DE2A 5H8QB 3N26A 1QKBA 4IB2A 4F31B 3FATA 2X7QA 1RKMA 3DM0A 1NNPA 3PMWA 4R73A 2F7CA 4XKNA 4NWDA 1MY2A 1OVBA 3LC8A 4RNSA 3TEPA 2D21A 4MF3A 1MY3A 3TPAA 3O66A 4GXAA 1LLSA 4ZDMA 1Y1ZA 1POY1 4EQ9A 4EQBA 4IY5A 5L9OA 2XXTA 3OOAA 3CG3A 3G3GA 4R74A 2I4CA 3W9VA 5L9SA 3U8QA 1PEBA 2UXAA 1O7TA 3V83A 3EHTA 4U1OA 3K1MA 1M5EA 4WEPA 3FZVA 4MLQA 4NEDA 1NKXA 1LAHE 1USYH 4O3CA 1B05A 2I0BA 2V93A 2YPNA 3EQ1A 4PFTA 4GWOA 4WEDA 5KCJA 2Q9TA 1SI0A 2RC7A 1JVXA 4IO7A 3KOSA 5JTYA 1PBQA 3S9NC 4OEUA 1SDXA 4OEVA 1F9BA 4U4SA 3C33A 4YU0A 2E0SA 5I2KA 1UTHA 2R71A 1Y1MA 2G93A 3M3KA 3K02A 3G3FA 3PPRA 4IGTA 1NL5A 5B70A 5I57A 2AYSA 2HZLA 5H8HA 4LVQA 1QULA 2F34A 4LZ8A 3RNNA 2F35A 1JEUA 1B4HA 2O7UA 4JWOA 3VVEA 2ABHA 2KLFA 5IAIA 1SW4A 4G68B 2PT2A 4I8CA 1MDP1 4POXA 1P99A 1P1UA 1Y20A 1KWHA 1TWYA 4GLIA 4ELQA 3S9LC 4LATA 4Q30B 2ZMBA 4DXBA 2UYEA 4NF5A 4TOZA 1MH4A 2V84A 2X26A 1FTKA 2ONKE 4OZ9A 3ODBA 4H67A 3U94A 5K2YA 3VFJA 1LBBA 2DXYA 1MXXA 3P7IA 4LZ7A 2DWIA 4G4PA 1JEVA 3Q25A 4F3SA 5JTYB 4EF1A 3TUSA 2QMWA 2RC8A 3IB1A 1T0KA 1LB9A 3SETA 3IJXB 3OEKA 4F29A 2F97A 1IIWA 1BKAA 1MPCA 4Z0IA 3C9HA 4N13A 1DPPA 3BBRA 4U23A 3HCQA 2FYIA 4XKRA 3K2DA 4FAJA 3PPQA 4U1ZA 1FW0A 1IZ1A 1TFDA 4L17A 4OMBA 4QSDA 3RTWB 3T9VA 3U92A 4F1YA 1B5HA 1Y3QA 2OLBA 3FIRA 1FQFA 2VD2A 3HN0A 3K6XA 4NF5B 4EDPA 4H8JA 4F18A 3Q28A 1NH7A 1MXWA 2GHAA 3MQ9A 1YPNA 3KN3A 4ONYA 4RPOA 3O97A 2OWSA 3H4ZA 3ILTB 2XX8A 2DS9A 3LUYA 2XXWA 3MVZA 4RK9A 1SD3A 1R6ZA 5JK4A 3C34A 3TKDA 1N84A 2XD2A 3F11A 1M5CA 3TQLA 2F8DA 2DE4A 2F36A 3DELB 1B7ZA 4YB5A 3TODA 3PD8A 1MQGA 4FIMA 1A8EA 5AA2B 3B7DA 4RA1A 1US4A 3O28A 1Z7NE 3E4RA 3IOVA 4LP2B 1IXHA 4JDFA 3PUVE 3FJMA 3QUJA 2XXYA 4IO3A 5F7VA 2UVJA 4BDQA 4XXUA 4EUOA 4KPTA 4ZEBA 2NXOA 4X1DA 1XT8A 4LZ5A 4QSCA 3B6QA 5I56B 2H99A 3DLNA 1Q1KA 2Z8DA 2Y7WA 3MVWA 3O6HA 1POTA 3CFLA 3MP6A 4Q5TA 5I84A 3CFZA 2O68A 3FXUA 3TCHA 1OIBA 3VXBA 1H44A 3TQWA 4Q0CA 4YKPA 3VXCA 5DT6A 2XXHA 4F3BA 2CMOA 3CVGA 4GXSB 4IO4A 5H8NB 5ISUA 3VLUA 2VGQA 3KSXA 2H98A 1HSEA 3O6GA 4G8HA 1OQHA 3OENA 3FXQA 3PUYE 1ANFA 1FTJA 5AA4B 1NMUA 1B3HA 2DYXA 1FQAA 4AB6A 1B3GA 2I6EA 3USDA 3HPIA 2R9JA 3GLBA 4IO6A 1XS5A 2B3FA 2O84X 5I2NB 1LAXA 2QRYA 4MBPA 2V25A 4JSOA 4ZE8A 3KJTA 4R6YA 3BFTA 3KN8A 5AA1A 4BLAA 4BDLA 1S7YA 1AH5A 5EHSA 4OETA 2O6AA 4YMAA 1MS7A 4I9DA 4EQ7A 4KCCA 3CR9A 3G3KA 3C36A 2Q2AA 4R75A 1HSJA 3QK6A 4DZ1A 5CC2A 3HHGA 5I58B 5FHNA 3K1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYNA 5H8NA 2CZLA 2OJTA 2GFEA 4DLDA 3V8XB 4MNIA 1SW2A 3G3IA 3MPLA 1IXIA 1RDZA 1XVXA 1PC3A 3JYRA 2VD3A 3FBPA 3ROJA 3UN6A 2UVIA 4ZECA 4GIZA 5I7IA 3FASA 1VFEA 1OMPA 3PPPA 3O9PA 1IXCA 3HFUA 3TCGA 5DVFA 4OVPA 2NWJA 1EH3A 5TU0A 3MBPA 5CRYA 3N94A 3IB0A 4NTLA 3N6UA 5KCJB 5J1DA 3ZSFA 3QMFA 4MJOA 3H6WA 2DWAA 1L5TA 5J16A 4X04A 4H8IA 4R6HA 1UTBB 3BFUA 3SEWA 4OVSA 4X48A 4KHZE 2ANJA 1LAGE 3N6TA 1N0TA 1IMEA 2XWKA 1FRPA 4FEDA 2RINA 5IZ1A 3N5LA 4JVCA 4OANA 1P1NA 2DVZA 2Y7IA 3IO4A 3KZGA 4PETA 4YB6A 4FORA 3OO8A 1MM7A 3KJ7A 2ZXTA 3C31A 1JVYA 2I3WA 3U93A 1LBWA 1JW4A 4PFRA 4IO2A 3OXNA 1H43A 4RYAA 4JSDA 2DOJA 4R72A 4AS5A 5HBCA 3KGCA 3OO9A 4MNCA 3TYHA 3IFCA 3SEYA 3T93B 1M5FA 1B4ZA 3PPOA 5TPAB 4ZEKA 1I69A 4HXVA 1LCFA 5ET6A 1D9VA 4QFNA 2BJIA 4C1TA 3SEXA 1NNFA 4KYDA 1XHYA 4NF0A 3EPEA 4BDOA 2UVHA 2NOOA 2B4MA 3T66A 1URSA 1D4NA 1MRPA 1QUKA 2OK2A 1MXUA 3MAMA 2R6GE 4XKQA 4KCDA 3ZKLA 4ELPA 2Q89A 1AIVA 3K6VA 2V3UA 5ITOA 5DYHA 3H6VA 2CZKA 2DSFA 2ZYMA 2W7YA 3VDFA 1QUJA 2XHDA 1DSNA 4YMBA 1P1QA 5CMBA 1FQEA 1IITA 2PCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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