3OO9A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
b'MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDKDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
source organism Actinoplanes
molecule tags Sugar binding protein
total genus 142
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo9A02
3PPNA 4BDRA 2XX7A 4R9FA 4H0WA 3SEVA 2O1MA 1MXYA 3TELA 4X1DA 5I59A 3IR1A 4POWA 4KI0E 3TTKA 3O6HA 2Q88A 4QF9A 3TKDA 4FORA 1Y3QA 4XXUA 2ANJA 4DIGA 1H43A 4DXCA 2Y7KA 4Q0CA 1R9LA 1P99A 4TOZA 3AXFA 3C32A 3OSQA 2BJJX 3TZAA 3KBRA 1OIBA 1MQJA 2VOZA 1QJMA 1FTMA 2PMSA 1URDA 3FVOA 1MDQA 3CFXA 4OXVA 2ZNSA 4F22A 3PUVE 3PUWE 3PGFA 5TP9B 5H8QB 2Q89A 1MXUA 1B2HA 4XKQA 4EXLA 3ZKKA 2VHAA 3RTFB 3T9XB 3GBAA 2O51A 4JB7A 3LR1A 1WDNA 4GIZA 3GBBA 5CMKA 2B65A 4OEUA 1B4ZA 4GL8A 4O3AA 3TCFA 3ZKLA 2Q2AA 4K3FA 4RK2A 1N3WA 3T96B 4Q8RA 1B7ZA 1YAEA 2E1SA 4OERA 1I6BA 1Q35A 5F1QA 4E0WA 5L9MA 2DS9A 2Z22A 3TTMA 1P1OA 4OQOA 4WXJA 3IAZA 1D9YA 4QFKA 1LLSA 3ILUB 2AIXA 2PYYA 1TWYA 3N5LA 3HV1A 3VFJA 5KCJB 3OSRA 3JYRA 3RUMA 1FTKA 5FTHA 5FTIA 4PFTA 1MDP1 1Y1ZA 3TCGA 3H6VA 2D5WA 4NF4A 1IZ1A 1TFDA 3MVYA 4GXAA 4QFOA 4DZ1A 1HSLA 3QUFA 4NF5A 5AA2B 5FHNA 3IJXB 3M3FA 1ZKBA 5AA2D 4GOTA 3SEUA 2QRYA 3PMWA 2I6EA 1POTA 1B32A 3V89B 2YPNA 4QHQA 2REGA 2O1LA 3C9HA 3H6UA 1QW0A 1URSA 1IITA 1H76A 4YKPA 5KDTA 2XXVA 1HSJA 4G68A 3S9EA 3DP4A 2R6GE 4LZ8A 3EN3A 3IB0A 4F3BA 1QUJA 3DM0A 5DVFA 4HCYA 1LB8A 3VDFA 3GZGA 1DTZA 2I49A 1Z7NE 2UVJA 2AL4A 2I4CA 4GVOA 2X7PA 2A5TB 4P0GA 4NTLA 1ANFA 2F7CA 4ZEIA 3H6TA 4QFPA 3B7DA 5HPQA 2HQ0A 4ND9A 1B0HA 1URGA 2XX9A 3K6XA 4ECFA 1JEVA 2ZYNA 5IKBA 4U23A 1O63A 3UGWA 4R75A 4EQ9A 4PFWA 3CFZA 4WEDA 2Y7RA 1B58A 4JSDA 4RK9A 3DP6A 5L9SA 1EZPA 4H8IA 3V5AA 2P1SA 3Q28A 3TYHA 3MPLA 2ONSA 1LGBC 4OZ9A 4F3PA 2XHDA 2O69A 4OVJA 3K6WA 5CBRA 1Y20A 4TQUQ 3UA8A 3UK4A 1BP5A 1D4NA 3G3KA 5L8DA 4IO4A 5DEXA 1MG1A 2XD2A 4Z0IA 3C31A 4U22A 4F2OA 5AA1A 3DLNA 4DXBA 2R71A 1B1XA 5ICTA 1NMUA 4KYDA 1MY1A 2GFEA 1A54A 3FVKA 4YAHX 4OENA 3TUSA 4KR5A 3RQTA 1IQ7A 1JW4A 2HAUA 4LZ7A 2GRVA 3KSJA 5BWJA 2ZNUA 3G7WA 1O64A 3ODBA 3ILTB 3C4MA 1TXFA 2OWSA 3D4CA 1US5A 5DVJA 4MH5A 5A5XB 2A5SA 2X26A 1UTHA 1UTBA 3IL1B 2O68A 5I84A 3KGCA 3IO4A 4IY6A 5ITOA 3G3HA 1GR2A 4I62A 3THIA 4PP0A 4ZZAA 1MY4A 1A55A 1SI1A 3U72A 4AB6A 2PVUA 2OZZA 5I56B 1PB7A 1SD3A 1AMFA 3VE1B 3FXRA 3PD9A 1JW1A 3A09A 1FQEA 2AYSA 3SESA 1A8EA 3KJ7A 1EZOA 3IB2A 2XXIA 2F7BA 1SW5A 3FD3A 1PBQA 2F97A 2I3WA 3VV5A 4R6YA 4ZEKA 4THIA 3MQ9A 1M5BA 1LFIA 3CG3A 4U4SA 4YKJA 3UN6A 4O3BA 2DWIA 4KYEA 2D21A 4NF6A 3B6TA 2UVHA 4I8CA 5ELVA 3S9NC 3OOAA 2V3UA 1OMPA 2DOJA 3P7IA 1SW1A 4LZ5A 5K2YA 3EHSA 2B3FA 3MJNA 1IEJA 1B0LA 1NFTA 4R2BA 1IIWA 1GV8A 4ELQA 2XXXA 4JSOA 4U1ZA 4QFNA 2H25A 1N04A 4RYAA 3KEIA 3KN8A 3SEYA 1LAHE 4ZEBA 5H8HA 2PT1A 4IY5A 5I59B 3PMVA 1Y3NA 3G3GA 1CB6A 3UP9A 3T93B 4OWDA 4EF2A 3R6UA 4XKPA 3MP6A 1Y1MA 2F8DA 5AA4B 5I58A 3IX1A 4YB6A 3M8UA 3O6IA 4XIGQ 4N07A 1P1UA 1ZJLA 4JXIA 4H5GA 4N13A 1B40A 3OELA 1FTJA 4IO2A 4ONYA 3MVWA 4KCCA 2YLNA 4EXKA 3KG2A 3IOVA 3QIMA 4LQ2A 5EHSA 4ZE9A 1B7HA 2X7QA 3FATA 2OCUA 3H7MA 2QSXA 2XXHA 1B05A 2NVUB 1QVSA 2Z8DA 1T0KA 2F7AA 5EHMA 2NOOA 2DE3A 3M3KA 1JNFA 2I3VA 4G2ZA 3ONMA 1H3DA 4DCXA 3KZGA 4IO3A 1J1NA 3C34A 4IO6A 3LSXA 4RXLA 1AOVA 1Y4CA 4ELRA 4NF8B 2F5XA 1JQFA 4OETA 4OFLA 4XKNA 2OBGA 3OXNA 2OJTA 2OWTA 3RGYA 1MH4A 3VLWA 4NEDA 3FGSA 4LP2B 4ELPA 3MAMA 1NNTA 1MM6A 3FVGA 3KJTA 5TPAB 3K1PA 4QRZA 4U4XA 4G8HA 1DTGA 1ZU0A 2NUVA 1PBPA 4FEBA 4YKKA 4OFJA 4U2RA 4UA8A 3TTNA 5J1DA 3E4RA 1NKXA 1B3LA 1QKAA 2P2AA 4G68C 2VGQA 2V3TA 3MW0A 2RC9A 1TT1A 2PX1A 3RT8A 5CMMA 3TPAA 5JTYB 3FIRA 2F34A 1XVYA 4KHZE 2ZMBA 3W15C 3FZVA 1UIVA 2KLFA 3K6UA 1OQHA 2F6PA 3PPRA 5TP9A 2DWAA 3TCHA 3QUJA 4YICA 1N7XA 1B46A 4GLIA 4DCYA 3K01A 1OVBA 2VP1A 4DDDA 5LOMA 4F19A 4LQ5A 3BFUA 1F9BA 5H8NB 3CRBA 3K6VA 5JEIA 1YTVA 3FXUA 4EDPA 4F1YA 3WAEA 3ECRA 4H1XA 1A7LA 4R2FA 3USDA 2Z8FA 1H45A 5AE4A 3CIJA 1ZMGA 3PD8A 2RC8A 5L9OA 3U8QA 4QSCA 1USYE 4HW8A 4I9DA 1AH5A 3C33A 2UVGA 2DE2A 4P11A 2H99A 2ALUA 2O6AA 5ISUA 1D9VA 3V83A 2XXUA 4EUOA 1JEUA 3MUQA 3U94A 3K00A 1SI0A 1P1QA 4KCDA 2Y84A 2V25A 2QPQA 3K1MA 5AA2A 1JVYA 1SYHA 2VD3A 3TQWA 3TDJA 1I6QA 3R26A 4MFIA 1MPDA 1PEBA 3VVEA 3HN0A 3PUYE 2ZNTA 1N7WA 1MPBA 3DP8A 1WVJA 3HO7A 4KFQA 3D4GA 1B51A 3O9PA 1Y3PA 3MZBA 3RN8A 1AIVA 4XKRA 1LB9A 5B70A 2GHBA 3R7XA 1XVXA 1PB9A 4OMBA 1US4A 4N6PA 1B3HA 4G8NA 5DEXB 5H8FA 3JZJA 3HPIA 2ZYOA 3Q25A 4RJZA 3PUXE 3C35A 4H6DA 1B3GA 4GF8A 4ZE8A 3CFLA 3A3UA 3HCQA 4NWCA 3VLVA 1XT8A 3EHTA 1FCKA 1SDXA 3W9WA 2NXOA 3MZ9A 2XD3A 4G8MA 2A5TA 3EHUA 5I2KA 1JW5A 3QK6A 3O28A 1LAFE 1FQAA 3IJOB 5JK4A 2G93A 4YMAA 2Z8EA 2DVZA 4WEPA 4GFRA 2RC7A 2P0SA 4GRKA 1VR5A 4H5FA 2V93A 1I69A 2QS4A 3BBRA 3EF7A 2Y7WA 4H65A 3N6TA 4EQBA 2CZLA 4ZS9A 4P0IA 1MY0A 3K02A 3SERA 4UACA 1UTHB 1B5HA 1UTBB 3KSXA 1MXXA 4LVQA 4OESA 3MBPA 3ZS6A 3QSLA 2NWJA 3IORA 2F6GA 2Y7IA 5I57A 3G3IA 4Q30B 4R9GA 1TFAA 3LBSA 1DMBA 4PETA 3RT6B 5CMCA 4ZDMA 4U21A 2YJPA 4JWXA 4BDQA 2I58A 5TU0A 1IXHA 3S9MC 1M5FA 4U1OA 4BLAA 1B9JA 1IXGA 1GGGA 3FUZA 1DPPA 4M4GA 5CMBA 4BDMA 1O7TA 4KQPA 1A40A 1N84A 4R73A 4MLQA 4YB7A 3L6HA 3KN7A 5I2NA 2HXWA 1B5JA 2B3BA 4NF6B 2XXTA 3KFMA 2HZLA 3T66A 1S9TA 4LONB 2GH9A 3VXBA 4PFUA 3S2VA 3OEMA 4MF3A 3TODA 4H8JA 3PV0E 3TQLA 4C1UA 4ZECA 1LSTA 1DOTA 1M5DA 1YCJA 1A99A 3KN3A 4FE8A 1SQYA 2RINA 5A5XA 3OD7A 2QL3A 4FECA 1B3EA 3S4UA 1NH7A 1VFDA 1DPEA 5H8HB 4X9TA 4R6HA 5I56A 1LBBA 4C0RA 1M5EA 5FHOA 3U93A 1OLCA 1SW4A 3FXQA 2OLBA 1AL3A 4FEDA 2Z23A 4IGRA 2XXWA 1GVCA 2G29A 3GLBA 1MH3A 2XXYA 1FW0A 2W7YA 4AB5A 2VD2A 4MBPA 2IEEA 4TLLB 4PE5B 3OO7A 3LC8A 4BDLA 4YU0A 5KZTA 2H98A 1USYH 4KYSA 5CRYA 1JETA 4F3SA 4F39A 4TLMB 3G3JA 4O3CA 1OLAA 3W9VA 3HSTA 3RTWB 3IB1A 1B6HA 1LFGA 1N0TA 3V8XB 3I6VA 1LCFA 1R9QA 3HHGA 1B7UA 1HSEA 3VXCA 2ONKE 3T9UA 2RKMA 4R74A 4OTEA 1FQBA 2O84X 3IO6A 5HBCA 3Q27A 3OO9A 2CMOA 3M3LA 4QSEA 2F35A 2Y7PA 3MZ1A 2DYXA 4X1BA 1IXCA 4C1TA 3CG1A 2QS2A 3WAFA 3H6WA 2HAVA 3MP1A 5FHMA 5K2XA 4KD5A 1YPNA 2XXRA 2IA4A 5AA4A 1QULA 2QS3A 3PUZE 2HFBA 5IAIA 2Q2CA 2REJA 4JWYA 1LFHA 3N94A 3SDFA 5CBSA 3TAJA 2FA7A 3IOTA 3TMGA 1NL5A 2E0SA 4NWDA 4RY1A 1ZTYA 1SVXB 4I1DA 3KOTA 3O97A 2I48A 2I0BA 3ZSFA 1S7YA 4DXUA 1LBCA 3OO8A 2AL5A 1MXZA 1SW2A 2XX8A 1D3KA 4OYVA 4PQJA 3O2AA 4OEVA 4NF4B 1BKAA 1OVTA 4NF8A 3U92A 1MS7A 1P1WA 2ZYKA 3PU5A 3VVFA 3LSLA 5H8QA 4NF5B 2I4BA 5TPAA 1IUDA 3EPEA 4F18A 1OQGA 1LAGE 2QMXA 2Q9TA 3RNNA 2UYEA 3H4ZA 5F7VA 1MY3A 3EQ1A 1CE2A 2UVIA 4JDFA 4FAJA 3SKPA 1Y4TA 5JTYA 4HTGA 5KDTB 2FNCA 4F2QA 4G68B 4LATA 3L6GA 2UXAA 1PB8A 1EZ9A 5DTBA 1FQDA 3O6GA 4M1VA 1P1NA 4F1UA 3PPPA 4ESXA 3C36A 3MVZA 1NNPA 3U1OA 3OMBA 2WKYA 1H44A 2ONRA 3PPOA 2FYIA 2XXQA 4G4PA 2DQVA 5KCJA 4OHNA 4LA9A 4RPNA 4F3GA 1EU8A 2ESNA 5ICQA 1XOCA 5H8SA 1MQGA 5H8NA 3KOSA 3UORA 1MM7A 1IXIA 3MC2A 2Q8JA 2LAOA 3FJ7A 3HHFA 1R6ZA 1FTOA 2H4IA 3CSBA 4R6KA 5H8FB 3CI8A 3LSWA 4DE8A 3N6UA 4GXSB 4F31B 1UQWA 5DT6A 2V84A 4PFYA 3F11A 4HS7A 5BUUA 1ATGA 2DXRA 4QSDA 1RYXA 1XC1A 1XHYA 4FIMA 3K0VA 4ELOA 1EH3A 1POY1 1UIUA 5ITPA 3K2DA 1FQCA 5I2KB 3E9XA 1LAXA 4KPTA 2GHAA 3S9LC 1B52A 1PC3A 4JWOA 4IGTA 2DSFA 4IO5A 4FATA 4RNSA 1VFEA 3IOUA 1MQDA 3FV2A 3O66A 4GQOA 1JVXA 1A8FA 3B6WA 3JV9A 4RPOA 2HCAA 4F29A 3TTRA 1WODA 3PPQA 1ZBMA 1B5IA 1VSOA 2RCBA 4RA1A 2HZKA 4NMYA 2DWHA 4GWOA 1MXVA 1LCTA 3T9HB 5I57B 2O7UA 2F36A 3VVDA 1N3XA 4WKMA 4BDOA 3OO6A 3TEPA 1BIYA 4DLDA 3I3VA 2XXPA 4F1VA 3T22A 5HM4B 2V3QA 3OENA 3GXAA 1RYOA 3B6QA 3PMXA 1MPCA 4HCWA 2RF1A 3IOWA 3OEKA 2DWJA 1QUIA 3FASA 1B3FA 5I2NB 2QJEA 2DVCA 1ELJA 3MWBA 1DSNA 3Q29A 1Q1KA 4L17A 3N26A 4EQ7A 4XTCQ 1B4HA 3CSGA 3H03A 4ESWA 3DELB 2DXYA 2RCAA 3RY3A 1KWHA 3Q26A 2HEUA 2THIA 1QUKA 3G3FA 4GL0A 3SEWA 3FJGA 2OK2A 1N76A 3T9VA 1L5TA 3MP8A 3LSFB 4OFOA 4ZZEA 4H67A 2H5YA 1S50A 4Q5TA 4R72A 3TFLA 5CM6A 3IK6B 4NE4A 1XS5A 3A3CA 4YKIA 1R1NA 4Z7EA 1VE4A 2D3IA 3CR9A 3BFTA 3K4UA 2O7IA 3E13X 3MPKA 2QMWA 1BLFA 1FTLA 1QKBA 1ZIUA 3SEXA 4ZEDA 1FQFA 4X48A 3H3GA 1NNKA 4YB5A 4E0XA 3I5OA 4ISUA 5DVIA 4G77A 5CC2A 3QYTA 1MQHA 4YMBA 4JBZA 2DP8A 1MRPA 2PBWA 2PT2A 3VLUA 5I58B 4ZEFA 3QAXA 5EYFA 4GD5A 3BKIB 2ABHA 1SBPA 5M2VA 2M8CA 4AQ4A 4BDNA 4FJPA 1Y9UA 3MVXA 3O29A 3RPWA 3CVGA 1ZLQA 1BTJA 3FJMA 1M5CA 4YZZA 1SYIA 3LUYA 5DYHA 3QXMA 1NNFA 1GTKA 4IO7A 3UIFA 1MXWA 2ZYMA 2I0CA 1I6AA 3FVNA 4POXA 4EF1A 1NH8A 2R9JA 3K1NA 3RLFE 1PDAA 3FV1A 2H9BA 3E3KA 4QFLA 3SETA 2QS1A 5AA3A 1Z7ME 1MY2A 4LUBA 1RKMA 2ZXTA 1MQIA 1B1HA 4IB2A 3TTLA 2F78A 2UYFA 5B7DA 4MLVA 5CI5A 2DE4A 1II5A 3H06B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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