3OPZA

Crystal structure of trans-sialidase in complex with the fab fragment of a neutralizing monoclonal igg antibody
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Trypanosoma cruzi
publication title Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Trans-sialidase
total genus 176
structure length 625
sequence length 634
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3opzA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 3opzA01
1CPMA 1QMJA 4WA4A 3RG0A 1S0GA 5HCBA 1LULA 1SBDA 3ZPYA 1G9FA 1WLDA 4YG0A 1MWEA 1WW7A 4FOVA 1DILA 4GDIA 1BYHA 4XJAA 1V3CA 4YM1A 5HUMA 3OPZA 2DVBA 3RRDA 3SLIA 2EF6A 4AWDA 5DZGA 4DS0A 1F5FA 3R05A 4AVSA 4XIOA 3O5SA 1F8CA 1FYUA 2ES3A 1WW5A 3INAA 4YW2A 1W6NA 1SCSA 3AP9A 4R9AA 5GZDA 3B3QE 3WV6A 1D2SA 1F31A 3KM5A 4ZXKA 4HZVA 1NSBA 4Y22A 4FP3A 1MS8A 1IS6A 5H9RA 1MACA 2P3IA 4XJZA 4GA9A 1UAIA 4TYSA 4MYEA 4PBOA 1X50A 1G7YA 2HT7A 2A70A 3BEQA 1H9PA 2ZKNA 2PHXA 3B69A 4GZWA 1YRZA 1SLCA 2DVGA 4XZPA 1LHOA 2G4IA 4Y20B 4FQZA 3HR9A 4ISQA 5JVVA 1XOEA 1A4QA 2DURA 3M3EA 4PQ9A 1RINA 1W6PA 1NLSA 2ZA9A 3ASIA 2GNTA 4CPMA 4M3MA 2DTWA 2RHPA 1W20A 4Q1PA 5F5QA 4B7JA 1U0AA 4M3CF 1ULDA 2PHFA 1DQ2A 1LEDA 1LGNA 3I4IA 5F9TA 3TAYA 6NN9A 1Q8QA 4M3CA 2A6YA 4XXAA 2D6KA 1JOJA 2ZGOA 1CVNA 3AX4A 3D4KA 4DQAA 1DYKA 4C1XA 2F10A 3OGGA 2JDZA 2AEQA 1INYA 1S0JA 1N1SA 5M1ZA 4P14A 1AX0A 2JE9A 2OVUA 2ZACA 2ZGMA 3ATGA 4M01A 3H0OA 1GLHA 3WG3A 2HT5A 2A7AA 3AYEA 2R1DA 2A6WA 4UF7A 3WHTA 2E6VA 2GMPA 4YGBA 4K1YA 4Y1YA 2W5NA 1G9DA 3SH3A 1INXA 1B9TA 5T5LA 3N7KA 5FRAA 3ALWA 4AVTA 5BYNA 3ZYPA 3BODA 5JYYA 2NM1A 2F29A 3GVJA 4KBBA 3AP7A 1QF3A 3VKFC 1USXA 3HMYA 3ZSLA 3H72A 3JUUA 1LECA 3ALXA 5DUUA 3GALA 3ZSJA 1INVA 5GZGA 4XTPA 1E8UA 1BJQA 1F9KA 2UWCA 3D6EA 4K21A 4FPFA 2B7YA 2A71A 1QOSA 2NP0A 2SIMA 2PHTA 1HQLA 1V2IA 3ZYRA 2F12A 4NO4A 2A3XA 2P3JA 1I1EA 2ZHMA 1DFQA 2SLIA 4ISRA 2W38A 4FPYA 2ENRA 5T5JA 3AYCA 5DG2A 2AGSA 3O0VA 4C1WA 3UL2A 2ZGPA 4MJVA 4XJWA 4MWJA 2A3YA 5IT6A 3WOGA 2V5YA 1LOAA 1V6IA 2DVAA 3SITA 3USUB 5EYXA 1CONA 5CNAA 1UX6A 1UN1A 4CPZA 5T55A 3WDXA 1EUSA 4FJ6A 4K1KA 2WT1A 5JDBA 3V0BB 2H0BA 4XOGA 2CL2A 2HTQA 4FP2A 2ZGNA 4U2AA 4FZHA 1Y7BA 2OUJA 4MWVA 4HIZA 4DFSA 1GKBA 2JKBA 4DGRA 2WLQA 3LCPA 1Q56A 4XBQA 1BZWA 2HTYA 4WVWA 1JXNA 5DG1A 4LBKA 1INHA 2C4LA 3TI8A 2WQZC 4Q6KA 3AP4A 4HZXA 1LODA 1A78A 5DUXA 1LESA 4BMEA 1HLCA 2VW2A 4UW5A 1MZ6A 1DIWA 1S0DA 2D6NA 1GNHA 2GNDA 1N47A 3UK9A 2D6MA 1Z50A 3OBRA 1Q8PA 2F13A 4FPLA 3O0XA 4WA5A 2VWDA 4Q27A 4YFZA 2TEPA 1V3DA 2V73A 4FQ4A 5JMCA 3B7EA 4KS4A 2NMOA 3TB0A 5GZCA 3LSDA 3JU9A 1W21A 5SV8A 4GWNA 3WCSA 3WG2A 4QN6A 1JW6A 1QDOA 2YA7A 1XQNA 1IOAA 1MVQA 2C9AA 3TIAA 4XHBA 3AXDA 4CPNA 2VSMA 2DVFA 2NN8A 3WDVA 4YZ3A 4FPEA 4BM8A 2ZGLA 4PF5A 4GZOA 5H9QA 4YW4A 4YGEA 1B09A 4UW4A 3IMNA 2ZHNA 2A3WA 1LENA 4K1ZA 5T52A 5B2DA 3T1EA 2WSVA 4YW5A 2AEPA 1IKPA 4P9WA 5HUNA 1V6JA 2D3RA 1IS3A 4CPLA 4XIKA 1RITA 4JRAA 1HDKA 4D69A 1A4GA 4LBNA 1N3PA 4NN9A 4MWXA 1G9CA 3WNXA 1QU0A 3TI4A 4YG6A 4PBPA 1Z4VA 2P3KA 3K39A 3VKOA 4B7QA 3MW2A 1CQ9A 2CMLA 4CRQA 5DXDA 1DLLA 4NCSA 3AZVA 3POSA 3A72A 4H53A 3PVOA 2ZMNA 3WHUA 4Z8BA 4UW3A 4Y1UA 4MWLA 3WLUA 5E88A 3ENRA 2JECA 2F27A 1MZ5A 1WLWA 5GLZA 4XJ8A 5CA6A 1Z4XA 2D44A 4B7MA 4Y24A 4AVVA 2R0HA 4WEGA 1CIWA 1WCQA 3APBA 1ENQA 2CWMA 2F28A 4KS1A 1QDCA 1W6PB 1AJKA 4CZSA 1LU2A 3NV1A 1AXZA 1G86A 1DQ0A 1W0OA 2YXSA 1W6MB 1W0PA 3MEPA 3A0KA 1NXD1 4TZDA 3NV2A 1W1XA 4M3CB 1B9VA 3VUOA 3O12A 2ZGQA 2XZKA 4YGCA 1AX2A 3AZYA 2HTUA 1APNA 2ZB5A 5CBLA 1IVFA 2LALA 2P2KA 3A71A 4Q1RA 2DTYA 3WDUA 2XZJA 4LBQA 1FV3A 1ULCA 3AK0A 3FLRA 4P9YA 4X47A 1CPNA 2ZGKA 4FPGA 4MJUA 4FVKA 1I3HA 3VKLA 5FREA 3DGTA 3OY8A 2OW4A 2W5OA 1S0EA 2QWDA 4ASMB 1JUIA 5H9PA 4Y1ZA 2AENA 3D12A 2E53A 4YLZA 3B9CA 1BJIA 1YXWA 4LBMA 2VY0A 1GZCA 1SBEA 3AZXA 2JE7A 2UU8A 2DWRA 1GV9A 4MZAA 4Y26A 2GMMA 2YDTA 1E8TA 1OKQA 1AF9A 4GZPA 2W52A 3ILNA 1Z78A 4XMAA 2A6XA 1FV2A 4YZ1A 1ENRA 4K1JA 2OUHA 2Z42A 4DPNA 2D3PA 3C2UA 5JOWA 2EXHA 1MS9A 1VIWB 3BOPA 1CN1A 3K37A 3GNEA 2EXJA 3UJQA 5JOZA 1N1VA 4Q8KA 4K1IA 2XB6C 2ZAAA 2R16A 4XJ9A 1JYIA 1YI7A 3INBA 3T1MA 2HT8A 3CYEA 2YA8A 2F24A 3TI5A 4M4NA 1WW4A 4JF7A 3PVEA 1W6QB 2D6LX 2W08A 5GLVA 3VKMA 1R1ZA 1WD4A 2D7FA 3ILRA 1EPWA 1MS0A 4U36A 3M2MA 3WDYA 3SH5A 1GZWB 2BQPA 7NN9A 1F8EA 3AYDA 2W68A 4AGGA 1AJOA 3GVKA 4H52A 1C57A 1FX5A 4Y20A 2QWIA 2WNEA 3M1HA 4R9CA 3ZVXA 1LOFA 3RSJA 2YMZA 3WVJA 4SLIA 4XE9A 1SLBA 2E7QA 3V65A 2BERA 3L2YA 4XDQA 1NNAA 2QWFA 1QNYA 3SALA 1JN2P 3TIBA 4K20A 2EXKA 3K3AA 2DV9A 1SACA 2FHRA 1A8DA 2CNAA 1XOGA 1ENSA 4GEZA 4B7NA 4XYXA 1IS4A 3PMEA 1J1TA 1H30A 4ZKTB 1B9SA 1DIMA 5EYYA 2D3SA 1V6KA 4Q2FA 1OQ1A 3POYA 4WZFA 1ZM1A 1KITA 1UZYA 1WW6A 2ZMLA 2VW1A 4LBQD 1KJLA 3A0NA 2PELA 2VUAA 4XJQA 3H6JA 1IVBA 1GBGA 2YY1A 4YG3A 1V6NA 1Z0HA 3OJBA 1N3OA 1G9AA 1INWA 1L7HA 1AXKA 4BLJA 1F8BA 1MS1A 4XTMA 2QWHA 3FBYA 1VCUA 3SISA 2BF6A 4WVVA 4M00A 4YZ4A 4HZWA 5KXDA 3OYWA 1UPSA 3RS6A 1V00A 4GJTA 3UJOA 2YV8A 1Q8VA 1A14N 3CL0A 1IS5A 2ZZJA 2HU4A 1LHWA 4X49A 4QN5A 3TI6A 4NOTA 4MZEA 4FPCA 4FPKA 4H55A 3AJYA 2ZGRA 2ZHKA 1TEIA 2ZBJA 1NSCA 2D6OX 4CTEA 5EXOA 1CESA 2C4AA 2GALA 2JD4A 1QGLA 1C1FA 1IVGA 4JCKA 5KXCA 1WCSA 2VVZA 2VK7A 3AYAA 5HCFA 4FOQA 5T54A 1JHNA 2UWAA 1V0FA 3IPVB 2VK5A 5GZFA 1SLLA 3AJZA 2P37A 1AVBA 3T1LA 2AREA 3SNMA 1W8NA 2ZABA 3QLQA 3WDTA 4P9XA 3USUA 1LOEA 1PZ7A 3I8TA 5T50A 2B8HA 1S1AA 2P34A 1W6OB 1SNTA 2QWGA 3SH4A 3V0BA 4LBOA 2HTRA 2XZIA 1O4YA 3H71A 2RKCA 1HKDA 2QWBA 2YA4A 2R0FA 2GNMA 1V0EA 4L8QA 4YW3A 3RQ0A 4BBWA 1VCJA 5T5PA 1G9BA 1VAVA 1WBFA 4FVVA 4QN4A 2ARBA 4Q26A 1DBNA 2A75A 4DRRA 3NV4A 5HUKA 1GANA 1NN2A 1CR7A 4HANA 2VSKA 4BQ1A 1KDMA 4CPOA 1Z4YA 1MVEA 4KS3A 3D11A 3AZZA 3MW4A 4MX0A 2F11A 5GLUA 4MWRA 3K38A 5EWSA 1UKGA 1W6NB 3PJQA 4BOWA 4OZXA 3AFKA 3MW3A 3ZXJA 3ZXKA 1H9WA 1LHNA 3RMYA 2WJSA 4BLIA 4Y22B 1NNBA 4XXPA 1CJPA 2QWCA 4BMBA 4J9TA 2YA5A 3PVNA 2PHWA 3WUDA 2VXRA 3OY8B 5H9SA 3A4UA 4GDJA 2ERFA 3IKWA 4XILA 3FFZA 3B01A 1FAYA 4M4VA 1V3EA 2YDPA 3NWKA 2VK6A 1OFSA 3U4XA 2QWKA 3N7LA 2YA6A 5HUGA 4XBNA 1MS5A 5GM0A 5LK5A 1ULGA 4GKYA 2CY6A 3Q9OA 3AP6A 4GZXA 2R49A 1V3BA 2D43A 4YM3A 1LHVA 3BIWE 3TI3A 2ZB6A 2JJ6A 3O0WA 1SLIA 2AYHA 1DHKB 1ULEA 3R4UA 3IN9A 4B7RA 3M3QA 1LTEA 4KS5A 4WEFA 2HTWA 3N7JA 4YM0A 1QOTA 3N35A 4CPYA 2XCYA 2HYKA 4LBJA 2EXIA 5GZEA 3AXEA 5IK4A 4ATFA 1INGA 1A3KA 1BKZA 3IM0A 1Z4WA 4FOWA 4HL0A 1MS4A 3V0AA 2VH9A 2GMEA 4MWWA 2HTVA 4MWYA 1GICA 4ATEA 2CWSA 3D5OA 3CNAA 5JOYA 1NCAN 1KRIA 3N3HA 3HN1A 2QWEA 5JOXA 2PHUA 2A5ZA 2DUPA 5CAZA 1SO7A 4YZ2A 3W58A 4WA3A 2BZDA 1NMAN 2AH2A 1IKQA 1W6MA 4MWUA 1DGLA 4RL7A 2ZGSA 1DQ5A 2QWAA 4QNPA 2A6VA 2WSUA 4FPOB 1Z4ZA 5IK5A 1NSDA 1WUVA 3WG1A 4FPJA 1LOFC 3O9KA 4X4AA 4GZSA 3V64A 1FATA 2DVDA 2WKKA 4FPHA 4YM2A 4LBLA 1LGCA 2YROA 1V6OA 5E89A 4MC7A 1MR5A 1NCDN 4HZYA 5DZFA 3QCWA 1DQ1A 1MS3A 2DUOA 4AGRA 1C1LA 4XHXA 1D0HA 4GWMA 1AX1A 3FUQA 1BQPA 4DRVA 4I00A 2UURA 1N3QA 5L73A 1LOBA 3AZWA 2ZMKA 2EIGA 1YYNA 1V6MA 3ZSKA 3O9JA 4GZTA 5AVAA 1L7GA 2VU9A 5KXBA 2NYYA 3MPPG 1KDKA 4PCRA 1NMCA 5T5OA 2F25A 2KM2A 3OYWB 2F26A 3CL2A 3W59A 4XBLA 2NZ9A 4GZQA 3T2TA 1NCBN 1SBFA 1S0BA 3N36A 2AR6A 1SLTA 1Q8OA 4Y1XA 1Q8SA 1IVCA 4XJUA 5GLWA 2GN7A 2SILA 2W20A 1LOGA 3NV3A 1RIRA 3TICA 2FMDA 2D6PA 5DUWA 3AP5A 2AUYA 3CKZA 3M3OA 1WD3A 1ZA4A 3SILA 3KQRA 1ULFA 1W8OA 1UMZA 2X9MA 3NSSA 4F83A 2DUQA 1INFA 1GZ9A 4QN3A 1W6QA 4Y1VA 1USRA 3DUIA 2WT2A 2E7TA 3JU4A 2BATA 1E8VA 1AZDA 1GZWA 3H73A 1QOOA 5HCAA 1IVDA 1V0ZA 3WUCA 1NNCA 2WT0A 1KJRA 1FNYA 3POWA 1EUTA 1LCLA 5KXEA 2DU0A 3ZXEA 1L7FA 1O4ZA 1LJ7A 1QKQA 2EALA 5IUQA 3WCRA 2HU0A 1SFYA 5GALA 2Q5TA 1KQRA 1C4RA 1DZQA 4XMIA 1VALA 4M4UA 5DUVA 1JBCA 1V6LA 3WG4A 1LU1A 4YW1A 1DQ4A 4BPZA 3B00A 1VLNA 5IK8A 4XJRA 3BTAA 2CYFA 2EAKA 1N1YA 2CTVA 2YZ4A 1GYKA 3M3CA 1S0IA 1EURA 4Q8LA 1F8DA 1HQWA 1N1TA 4R9DA 4K3YA 3FLTA 5IK7A 2QWJA 1BXHA 1YIFA 2XG3A 2DYCA 3N7MA 3OBTA 4M3CE 4GXLA 4IQPA 5CB7A 4YGDA 1WBLA 4YFWA 4GB1A 1LEMA 5NN9A 2GNBA 5B2CA 3ZXLA 3FLPA 1UZZA 2W39A 2DU1A 1IVEA 1ONAA 2ZGUA 2R1BA 4FOYA 5E8AA 2ARXA 2GN3A 3WDWA 4JC1A 1YO8A 1DQ6A 2A6ZA 5GJ6A 4X6KA 3LSEA 2I2SA 2UWBA 2GDFA 4GKXA 5JLVA 1GSLA 1G8WA 1NMBN 4D8SA 5DZEA 2E51A 2LTNA 3GVLA 2PHRA 1PZ9A 1S0FA 3SANA 4UW6A 2VW0A 3K36A 1WLCA 2ZGTA 4AGVA 4KS2A 3ZXFA 1QNWA 3WZ1A 1SLAA 1VAMA 1SCRA 1AXYA 4QN7A 1DYPA 2C5DA 1NCCN 1JYCA 3W09A 4R9BA 1PZ8A 2SBAA 4GALA 3ILFA 1UL9A 4I30A 1LOCA 4AYUA 1LHUA 4LBQB 2F0ZA 2ZHLA 1S0CA 3IPVA 4ITCA 1EUUA 3NN9A 4MWQA 4NC5A 3RMXA 4K1HA 3VKNA 4RA0A 4WV8A 5GLTA 3VV1A 4YZ5A 2NMNA 1GNZA 1LGBA 4HZZA 1URXA 4W65A 3V0AB 3FUOA 3R4SA 5HX0A 3ZSMA 1W6OA 1FNZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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