3OQDA

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPFNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oqdA00
5OZEA 3UQPA 3FKTA 5P81A 2FIVA 3K5CA 5P7JA 1AJXA 4WY6A 5P0RA 4FE6A 4RCFA 3B7VA 2PSVA 2BQVA 3T11A 5P6NA 4FAFA 1K6TA 5P6DA 2FNSA 1ZPAA 2QI0A 2FS4A 2F8GA 3VFAA 5P2DA 1B5FB 2A4FA 3CMSA 4OBJA 3EL1A 4FRSA 2V16C 5P1OA 3S43B 4F75A 5P2OA 1DIFA 5E5JA 2HM1A 5P4WA 5P08A 2QI5A 5P5XA 3ZKQA 2OHRA 1SMRA 4OBZA 3O9LB 1C6XA 2AZCA 5OZ0A 3TPPA 4WTUA 5P5CA 5P5VA 3SO9A 3MSKA 5I3XA 3LHGA 1Z1RA 3NU3A 3SA9A 3NYGA 5AH7A 2OHTA 2VJ7A 4L1AA 1MT9A 3HAWA 3LIXA 2BJUA 2OAHA 1BDRA 5P8NA 5P57A 1B6MA 5P42A 3S85A 3SA8A 2I4DA 4QJ8A 4H3JA 3NXNA 4GMIA 4Y41A 4RRNA 5P1ZA 5P7TA 1MERA 4RVIA 5P14A 5P1GA 5P7VA 2OHPA 5HE4A 5P58A 5P7CA 2PYNA 2B60A 3QRVA 4AMTA 3VG1A 5P35A 2QU2A 4Y5MA 5IVQA 3NXEA 5FIVA 4IVTA 3BHEA 5DR0A 4NJUA 2G26A 3ZLQA 4LL3A 5P80A 5P84A 4K4RA 4GJ7A 3EKPA 1LF4A 3PWMA 5P7BA 3CYXA 3GGVA 4Y5EA 1IVQA 4EPJA 5P1CA 2F3FA 4Y5CA 1BV9A 1W5VA 5P2FA 3HW1A 3K5GA 3PMYA 2G20A 4FRKA 5P2YA 5OZGA 4NPUA 3KMYA 3AUPA 3T7QA 3VF7A 4UPJA 5AHCA 4Y38A 2QHZA 4LBTA 5P2ZA 1K6CA 3N3IA 3PEPA 4EP3A 5P4RA 2Q15A 5OZMA 4NKKA 3CKTA 3LPIA 1HEFE 3KDBA 5P1HA 2RMPA 1QS8A 1GVVA 3PCWA 3S2OA 2Q63A 2I4UA 1T3RA 1OEWA 4BFDA 4Y3RA 3FIVA 3ZMGA 1RQ9A 4I0EA 2VNNA 1HTEA 5P6VA 2Q55A 4Y3TA 3OK9A 4K8SA 5F00A 4DJWA 4GJ5A 1MRWA 5OZ4A 3H5BA 2HB2A 2HPEA 5P7ZA 1IZHA 3MWSA 5P04A 4J0TA 1EPNE 2XFKA 2QMPA 1E81E 5T4SA 5P24A 5P77A 1FLHA 3LZVA 2QNPA 5P07A 5OZ1A 5OZXA 1GNMA 2V12C 4DQEA 1FFFC 3VV6A 1E80E 4NJVA 3UCBA 3GI5A 3KA2A 1ZSRA 4J1KA 5P1LA 1B11A 1EAGA 1LS5A 5P1PA 1LYAA 3BUGA 2SAMA 2R9BA 5P4PA 1K1TA 5P3IA 5DR1A 5P49A 3QVCA 3O9FA 4Q5MA 4HDPA 5P5GA 5DQ1A 5P88A 3ER3E 3IGBA 5P7SA 3DM6A 5HDXA 3EKTA 5P63A 5HDZA 4B05A 5KOQA 2WEAA 1G35A 2NPHA 3OAGA 5P83A 5P4DA 1U8GA 4LXMA 3WZ7A 5P0ZA 3ZPUA 4ZPFA 5P5PA 5P5SA 1HXBA 1PSNA 4YCYA 1FQ7A 3L5CA 3OXWA 2HS1A 3OU3A 4ZPEA 4AA9A 4TRWA 4Y4WA 5P8OA 4TRYA 5P43A 3HVGA 3OTSA 1FG8C 4HLAA 4I12A 5P1SA 1D4HA 4DPFA 1AXAA 3PGIA 1NH0A 4KUPA 5P6KA 1W50A 1Z8CA 4Y3DA 8HVPA 2WF2A 4QJ9A 4PHVA 4RLDA 1HWRA 3WSJA 5KQFA 4RVXA 3URJA 5P6XA 2G21A 3LPKA 1FQ8A 2QNNA 5P6UA 3Q70A 1LF2A 4R91A 2ZHRA 5P8IA 3KT5A 1UH9A 3INFA 5P5KA 2CEJA 3OTYA 4B78A 4I0IA 1BDLA 4D83A 2V11C 2VA7A 4WY1A 3IXKA 2R8NA 3QBFA 3PMUA 2WKZA 1HVKA 4HDFA 3S53A 2QD8A 1ZJ7A 5OYWA 3NUJA 5P1TA 5P3MA 6FIVA 4Z22A 5P67A 2NXLA 4GJCA 5AH8A 4H3GA 4NPTA 3ZL7A 5P7GA 3NSHA 5P7RA 4OBKA 5P7EA 5OZAA 5P52A 4DH6A 4DUSA 1E82E 5P68A 4Y3HA 3OGPA 2WL0A 5P65A 4Y3PA 3EC0A 5P1QA 5P85A 3BUHA 5P2LA 1EPLE 2FDPA 3EXOA 3JVWA 5P34A 4DJQA 1BBSA 3FX5A 5SY2A 3PBDA 5OZTA 5OYYA 5KQYA 5OZKA 1SGZA 5OZHA 3U7SA 5P8BA 1YTHA 2WEBA 5IVTA 5KR8A 3Q3TA 5P8MA 2P3BB 4BELA 3L38A 3IN3A 2VA6A 3SA7A 4LC7A 4KE1A 1QRPE 5P0VA 1B6JA 4APEA 3VYDA 5P7WA 3JW2A 3S54A 4RCDA 5P8PA 4I0DA 5P8SA 5P3YA 4R5NA 5P4HA 1QDMA 5P8JA 3UDKA 3D91A 1GNNA 5P2WA 3QAAA 2UXZA 3EKQA 1RL8A 3UPJA 3OQ7A 5P33A 5P4FA 5P2RA 3VLBA 1UPJA 4I0FA 4YCKA 1MTBA 1NSOA 5HTZA 5P3DA 3TPJA 3HD8A 1EC0A 5BWYA 3OOTA 1D4KA 3PCZA 3K5FA 5ISKA 4LP9A 2OHQA 5P1FA 1ZBGA 3EL5A 2V10C 3QI1A 5P0KA 5P23A 3GW5A 3K4VA 1LV1A 3G70A 5P7PA 1T7IA 5P1XA 2NNKA 3RSXA 4F76A 4OBZB 1M4HA 5P27A 3UDHA 4J1IA 3NR6A 5P75A 5KOSA 3LZUA 3MXDA 5P3LA 1XDHA 3SFCA 3OXVA 3MSLA 4BEKA 2QMGA 5P0PA 5P8AA 4L1AB 4Q1XA 4ZSRA 1LYWA 5P6FA 3IAWA 4JPEA 4Y5KA 3TKWA 5I70A 4EJLA 1B6PA 1EBKC 2AOIA 3RU1A 1MESA 1ODXA 5P2IA 5P2CA 5P4KA 1EBZA 5IS4A 4Y3YA 4DVFA 2BKSA 3OU4A 4Y57A 2QHYA 5P6EA 1IZIA 4YCTA 2B8LA 5P28A 3PM4A 5P0TA 1WKRA 1OEXA 3TPRA 1EPRE 2P3DA 3TKGA 3D20A 4GJBA 2ZHUA 5OZUA 5P4BA 1ZPKA 5EZXA 4L7HA 3A2OA 5OYVA 3PRSA 1HSIA 3OU1B 1W5XA 3PBZA 3TPLA 5P29A 4Z2ZA 5P2EA 5P2VA 5P72A 2G27A 2J9KA 4Y4BA 2PWCA 5P39A 1N49A 1HSGA 4J55A 2I0AA 5P6OA 5P19A 5SY3A 4F74A 5P1IA 4ACXA 5P2GA 5JFPA 1D4LA 1KJHA 2P8HA 3OXXA 3PI5A 5CLMA 4Y35A 5P89A 2ZJLA 1K2BA 3IN4A 5P0GA 3R0WA 3TLHA 5P1EA 5HCTA 4IVSA 3FNTA 1VIJA 3IVHA 1BILA 2AZBA 1FMBA 4J54A 3BRAA 4GJ8A 1EPME 3O9AA 5P3EA 2HS2A 5P8TA 1HXWA 1BXOA 4TVHA 1BIMA 1YTJA 4EJDA 5OZ7A 4Y47A 2AOJA 2P3AA 3R4BA 4QJ6A 3CIDA 1HTRB 4GJ6A 1YM4A 1MEUA 5I3VA 2Q3KA 3LNKA 4R95A 5OZBA 2WHHA 2RENA 3BC4A 3HLOA 4HDBA 5P6SA 4OC6A 4J1CA 3DJKA 4YBFA 3KFSA 3RTMA 5HU1A 4D85A 2VIYA 4RVJA 3SABA 5OZYA 1CPIA 1LYAB 1HVIA 5P59A 3EL4A 5P02A 3INHA 1BWBA 5BRYA 5P37A 5P6TA 3HBOA 5P7LA 2BPXA 5P2AA 4TVGA 1ZP8A 1TQFA 5OYTA 4DI2A 5P0UA 4B72A 2AOGA 1FKNA 1K6VA 3LIQA 2PH8A 3OQDA 4CPRA 2QAKA 1MVPA 3OAGB 1M0BA 2Q54A 1XS7D 3KYRA 4AZYA 2WF0A 4Y5GA 5P0LA 5P0DA 4FM6A 3ZPSA 3T7XA 4YD3A 3PWWA 5P5LA 2QI1A 4DJXA 4HVPA 2QD7A 5P6CA 3L59A 2FMBA 2RKFA 3L58A 3SA5A 3SQFA 1G6LA 3UDPA 5P6LA 4EQ0A 1Q9PA 2HC0A 4EXGA 3S7LA 2CEMA 4JPCA 1OHRA 5HCOA 5P78A 1YT9A 3PLDA 5P38A 4D88A 1MUIA 3I25A 3EM4A 5P8VA 2IRZA 4I0JA 3UFNA 5P5IA 5P76A 3ST5A 4J1HA 1GNOA 2WEDA 1FQXA 1SGUA 2G94A 3UQWA 1DAZC 5P4SA 5OZ3A 3OU1A 5P0HA 4YD6A 3TOGA 2ZYEA 4Y3MA 4YD5A 5P3PA 5P73A 4DQGA 4I10A 4GB2A 4Y3ZA 3PWRA 2IKOA 3BXSA 5P82A 3MSJA 1PFZA 5P05A 5KQZA 3KFRA 2IQGA 3QP0A 4B1EA 3DV1A 4PPHA 5IVSA 5AHAA 5KR2A 3SA3A 5P8RA 5DPZA 4FRIA 1GVUA 2H6SA 1IZDA 1KJ4A 3B80A 5P1DA 5P87A 5APRE 3VYFA 3GGXA 3OUDA 2OHUA 1IIQA 1LF3A 3SKGA 1LYBB 5P1YA 5P3UA 3SM2A 4PZXA 3GI0A 4RZ1A 4Y56A 3VEUA 2QD6A 1A8GA 3KM4A 4J0YA 4RROA 5P8LA 4GJAA 3QPJA 5P4QA 5J25A 3EMYA 3K1WA 1PROA 5P64A 5P0QA 3BVAA 3KDDA 5SZ9A 3DUYA 2B42A 3CKRA 5P6WA 2B8VA 5OZQA 1KJFA 5OYXA 4CMSA 1ZLFA 4FM7A 3CKPA 1TCXA 5DGWA 4Y4GA 5P6JA 1F7AA 1FGCC 5P74A 1RNEA 1APVE 5P1RA 3Q6YA 1Z1HA 4CPQA 2QZXA 2JE4A 4E43A 2I1AA 1G2KA 2O4SA 2PC0A 4A6BA 4B1DA 2QI4A 3LITA 5P4AA 3URLA 5P61A 4I1CA 4Y3GA 3UQXA 1HIHA 1M43A 4FL8A 2JXRA 5P3TA 5P2QA 3IVIA 4Y58A 5OZWA 1TCWA 5DQ2A 4CPWA 2Q64A 2O4LA 3ER5E 5B18A 1SDTA 2IL2A 2AZ8A 5DR7A 3ZKIA 1BDQA 3UFLA 3VF5A 3INDA 3NDXA 2UPJA 3EL0A 5OZJA 2AVMA 1EBWA 5P4LA 3S7MA 1MIQA 4L6BA 5P18A 6APRE 3OQAA 3TL9A 5P31A 2VA5A 1DMPA 5P6GA 2PK5A 1LYWB 4K4PA 2BB9A 3UDJA 4LAPA 2OHKA 4Y36A 2JYSA 4QLHA 5I3WA 4Y3EA 2QZLA 5DR3A 5OYSA 5P5EA 1MTRA 2O40A 3Q4BA 4DQBA 4EXHA 5P0IA 1B6KA 2QI7A 1D4SA 3OU4B 2R5PA 2AODA 5ENMA 1GKTA 5P4GA 4Y4XA 4QGIA 1FQ5A 3NWQA 4Y4UA 3UQRA 3M9FA 5P4UA 1HTFA 3NUOA 4Y3AA 2ASIA 3L5FA 4GZFA 2PK6A 4YHQA 3FNUA 2QI3A 5P2HA 3BXRA 5DQ5A 4YD4A 4R93A 4DJVA 1NPWA 1OD1A 2BBBA 5P3FA 1BVEA 4Y37A 1XN2A 2CENA 4J0PA 1A8KA 2P4JA 4FCOA 1LYBA 3L5DA 4JECA 2VKMA 5OZ2A 3PSUA 3VV7A 1BVGA 5P7DA 1AAQA 3OADB 1KZKA 2AIDA 2V00A 4NJSA 5P3JA 4DPIA 1SDUA 3NU4A 5P2BA 2BPYA 4FGXA 1ENTE 3U71A 1FMUA 1AZ5A 2OHMA 5P7UA 1HTGA 4EYRA 3QN8A 5P3XA 3ZKXA 3D3TA 1HHPA 3QS1A 3O9BA 5CONA 2BPVA 3NU6A 1T6EX 4M8XA 5P01A 5P1BA 3LZSA 5P1AA 3S45A 3SACA 4Y5LA 4YBIA 3R0YA 4OBGA 1K2CA 2HAHA 3OUAA 2I4QA 4Y3LA 1SIPA 4OC6B 3WZ8A 5P48A 5P13A 2ZHTA 4COEA 3PSGA 5P8GA 2IKUA 4I11A 3GI4A 4QJAA 5P6AA 4FLGA 1EEDP 1UH8A 3O9IA 5OZDA 5P5NA 1EPPE 3D1XA 1HVJA 1AM5A 3D1ZA 2XFJA 4AUCA 4MC9A 5P5RA 3F9QA 3OGQA 5P41A 5COKA 5P70A 3O9GA 3WB5A 5P3RA 3DCKA 5P60A 4L7GA 2ER0E 2I4VA 1A9MA 2WECA 5P6QA 3OHHA 3VSXA 2IGYA 5P0WA 4ZE6A 2R3TA 4EHCA 4DJYA 2AVOA 2FGVA 2NNPA 4OBHA 5SXNA 4Y3WA 3QRMA 4A6CA 5P2UA 2AVVA 2R43A 1FQ4A 2QCIA 3BVBA 3EKWA 5DR8A 3OWNA 5P6PA 1MSMA 1XL2A 5P3KA 4N00A 5E5KA 3RSVA 2RSPA 3UDQA 5KR1A 1J71A 1CMSA 3C9XA 3I8WA 1F34A 4ACUA 1IBQA 2J9JB 1W6IA 5IVRA 4Q1YA 2F3EA 4Y51A 1DPJA 4RYCA 4YOBA 1T7KA 4Y3JA 1BXQA 4Y5BA 3SPKA 1XL5A 7UPJA 2IGXA 5DQCA 1AVFA 4Y3FA 3DV5A 4Y4ZA 2ZJMA 3OQFA 5TOLA 5P5AA 3OXCA 3UQUA 2BPWA 4ER2E 1HSHA 4B70A 2QMFA 2AVSA 2H6TA 5P66A 5P0SA 2I4XA 5P6IA 3UDNA 4XX4A 2XYFA 1SP5A 1ODYA 3OADA 4J0VA 5P4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZE A;  3UQP A;  3FKT A;  5P81 A;  2FIV A;  3K5C A;  5P7J A;  1AJX A;  4WY6 A;  5P0R A;  4FE6 A;  4RCF A;  3B7V A;  2PSV A;  2BQV A;  3T11 A;  5P6N A;  4FAF A;  1K6T A;  5P6D A;  2FNS A;  1ZPA A;  2QI0 A;  2FS4 A;  2F8G A;  3VFA A;  5P2D A;  1B5F B;  2A4F A;  3CMS A;  4OBJ A;  3EL1 A;  4FRS A;  2V16 C;  5P1O A;  3S43 B;  4F75 A;  5P2O A;  1DIF A;  5E5J A;  2HM1 A;  5P4W A;  5P08 A;  2QI5 A;  5P5X A;  3ZKQ A;  2OHR A;  1SMR A;  4OBZ A;  3O9L B;  1C6X A;  2AZC A;  5OZ0 A;  3TPP A;  4WTU A;  5P5C A;  5P5V A;  3SO9 A;  3MSK A;  5I3X A;  3LHG A;  1Z1R A;  3NU3 A;  3SA9 A;  3NYG A;  5AH7 A;  2OHT A;  2VJ7 A;  4L1A A;  1MT9 A;  3HAW A;  3LIX A;  2BJU A;  2OAH A;  1BDR A;  5P8N A;  5P57 A;  1B6M A;  5P42 A;  3S85 A;  3SA8 A;  2I4D A;  4QJ8 A;  4H3J A;  3NXN A;  4GMI A;  4Y41 A;  4RRN A;  5P1Z A;  5P7T A;  1MER A;  4RVI A;  5P14 A;  5P1G A;  5P7V A;  2OHP A;  5HE4 A;  5P58 A;  5P7C A;  2PYN A;  2B60 A;  3QRV A;  4AMT A;  3VG1 A;  5P35 A;  2QU2 A;  4Y5M A;  5IVQ A;  3NXE A;  5FIV A;  4IVT A;  3BHE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5OZV A;  4J17 A;  3RTH A;  3OY4 A;  4FIV A;  1TSU A;  3LIZ A;  4XXS A;  5P6Z A;  2AOF A;  2EWY A;  2XFI A;  4Y5N A;  4PYV A;  4YD7 A;  3TOH A;  2Q5K A;  3EBZ A;  3I2L A;  2FGU A;  4CP7 A;  2WEZ A;  4J1F A;  3ZKN A;  3EKV A;  1WBK A;  3AID A;  3HVP A;  5P0N A;  2VJ6 A;  4B0Q A;  5P86 A;  3UTL A;  3DCR A;  2FXE A;  5P6R A;  3PHV A;  4Y3X A;  1WBM A;  5P2S A;  4DJU A;  5P7A A;  4Y3Q A;  5P7O A;  5P12 A;  5P7Y A;  3OQK A;  3MXE A;  5P5M A;  1EPQ E;  4GJD A;  4Y43 A;  3NWX A;  5P4E A;  1APU E;  1MT7 A;  5P17 A;  4DQF A;  1TZS A;  5P4Z A;  3TOF A;  2B7Z A;  2G1N A;  2FDE A;  2APR A;  4J1E A;  3RVI A;  1PSO E;  2AZ9 A;  4I0H A;  4DJO A;  1A94 A;  5P3O A;  5OZZ A;  3UHL A;  4Y45 A;  3NLS A;  1PPM E;  2G1S A;  2HPF A;  5P1J A;  2NXM A;  3R1G B;  5AH9 A;  5P7H A;  1C6Z A;  1K1U A;  2PSU A;  5P5O A;  5AHB A;  1EBY A;  3ZKM A;  5HU0 A;  1APW E;  3CYW A;  1D4I A;  3PVK A;  3IA9 A;  3O99 A;  3BUF A;  5OZF A;  3SLZ A;  5OYR A;  5P2J A;  2PSG A;  4XKX A;  2AOC A;  2I4W A;  3CIC A;  5ISJ A;  1EC1 A;  2O4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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