The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
b'ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
|
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
9
|
| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IVW A; 3OSS C; 2Y4X A; 2Y4Y A; 2LNV A; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K76 A; 1K8A C; 1VQK A; 1R0C B; 3UWN A; 1Q86 C; 2DTH A; 1WA7 A; 3A8G B; 1BCO A; 1YJN T; 1YIT A; 4M7D F; 1VQ9 Q; 2QI2 A; 5GAM d; 4OB0 B; 5CKD A; 1ZUK A; 3F70 A; 4O5V A; 3CME A; 2QA4 A; 3M0S A; 2YRV A; 3X28 B; 1UEB A; 2EYX A; 4X9C A; 4FCY A; 3JCM d; 1XQH A; 2DBM A; 1R77 A; 2K3Y A; 3LYI A; 5D7U A; 3QO3 A; 4WF2 A; 4XAX B; 2KK4 A; 4XTW A; 2AKK A; 4KBM B; 1GCP A; 1K73 C; 1VQ7 A; 1Z9Z A; 2X35 A; 2ZZD A; 4N4G A; 3JB9 J; 1VQ4 Q; 3I35 A; 4M75 G; 1VQL Q; 4EIK A; 2HQX A; 3OYN A; 1M30 A; 4KGV B; 1QMC A; 2O01 E; 2JVV A; 2GQV A; 4EMK B; 1PSE A; 2QAZ A; 4M78 A; 5D6W A; 2KT1 A; 2OAU A; 3M0Q A; 2KE9 A; 4XK8 E; 1T0H A; 5GAN h; 1V76 A; 1M90 U; 4C0D C; 3X25 B; 3JAM E; 3NGP A; 2RQV A; 2PQW A; 1KQ1 A; 1EX4 A; 1NJI R; 4FYY B; 2LT1 A; 3DLM A; 1LPL A; 1UJY A; 4QQD A; 4RCC A; 5C0M A; 5GAO n; 4M78 G; 3HP9 A; 2NUT B; 1PD0 A; 2XID A; 1I8F A; 4KH0 B; 4JJD A; 5AYF A; 4C0F A; 3M4G A; 2RI2 A; 3HL8 A; 1KG1 A; 1GXI E; 4DEX A; 4ZGJ B; 3OYD A; 2MWP A; 1RAF B; 2RO0 A; 1JRI A; 8AT1 B; 3I56 T; 2DNU A; 5KYN A; 3OS1 A; 1YIJ T; 2J06 A; 3OW2 P; 1VQN T; 3MEV A; 1X6G A; 5LJ3 g; 4M75 E; 3HRT A; 4PJO A; 1S72 T; 2K57 A; 3A8H B; 3EHQ A; 1JQQ A; 1VQK T; 4CC2 A; 2CKK A; 2KYB A; 2BZX A; 1QVG A; 1YIT T; 2M1H A; 3S6W A; 1VQ6 Q; 3CCU Q; 1M1G A; 2CRE A; 2D0N A; 5KYY A; 4J9G A; 1PM3 A; 3VS1 A; 3OYA A; 4PJO G; 3CCJ A; 4C0D B; 3CME T; 2QA4 T; 3HPW A; 2RHZ A; 4BI3 A; 1PCX A; 5HCK A; 3VS0 A; 1UHF A; 1ZBJ A; 4PJM A; 5KYU B; 3CPW S; 2MI6 A; 1Q81 R; 2COY A; 3CCE A; 2GNC A; 1X2K A; 3C94 A; 4FIB A; 3OYI A; 4FYV B; 4BD3 A; 1BYM A; 4BI8 B; 1M2O A; 1SG5 A; 4M78 F; 1KQS A; 1ZBX A; 2LT4 A; 1VQ7 T; 2RD1 A; 2DRM A; 4JJC A; 2YUQ A; 2VYT A; 1SHF A; 4KUL A; 2G6F X; 3ZFJ A; 5IHI A; 1Q7Y R; 2LC4 A; 2L0A A; 3L1A A; 4DOV A; 2DVJ A; 2QXF A; 1YJ9 A; 4Y92 A; 1ACM B; 4OVA A; 3H6Z A; 2DBK A; 4C8Q E; 1N8R U; 4C0Z A; 4F7U A; 2ZAE A; 2NWM A; 2NYS A; 4HXJ A; 5L23 A; 4XU0 A; 2DO3 A; 1YNZ A; 1K4U S; 1FWZ A; 5GAN 4; 1SPK A; 3BW1 A; 4R55 A; 1LCK A; 1W2B P; 1NPR A; 5GAO r; 3EHR A; 4LNP A; 4F7U G; 2GCX A; 5J3B A; 3FJ5 A; 2CZ1 B; 4PJO F; 1T0J A; 2MAM A; 1KFZ A; 4B9W A; 1G3Y A; 4FM4 B; 1WJR A; 1MV3 A; 4RTX A; 4J9C A; 3HFO A; 1XJW B; 3L42 A; 1YN8 A; 1WX6 A; 3FRN A; 4C92 D; 3X26 B; 2CUD A; 2FYK A; 1QCO A; 3M0T A; 1YCY A; 2RM4 A; 1KC8 U; 1H3Z A; 2DIQ A; 2J05 A; 1BBZ A; 1CSK A; 3D7S B; 2VB6 A; 4QT7 A; 2CT3 A; 2DL5 A; 4Z89 A; 5GAN d; 2JMC A; 1OU9 A; 1X01 A; 1M1K C; 4HT8 A; 4J9F A; 1WJS A; 4Y28 E; 1QWE A; 5LJ5 g; 3QDF A; 1NPP A; 4M7A A; 3J7A F; 1Y57 A; 5GAN 3; 2H8H A; 2V8K A; 4ATO A; 1PWT A; 2COW A; 2DK3 A; 3CXC A; 3OYM A; 3CCJ T; 4M7A D; 2KBT A; 3EGD B; 2OX7 A; 5LJ3 h; 2LDM A; 4M77 E; 4IIM A; 1D1B A; 5KE3 A; 4EMK A; 4PNO A; 2ESW A; 1KD1 C; 5FW9 A; 1NE8 A; 1BI3 A; 1YJW A; 2FRW A; 3TVT A; 2ZPB B; 3CCE T; 1A0N B; 4B9X A; 2HAX A; 1HD3 A; 3M53 A; 3GF5 A; 1D0Y A; 1SSH A; 2CH4 W; 4OB3 B; 4F7U F; 4IIO A; 1MMA A; 4PFO A; 4ELY C; 3DB4 A; 4J9B A; 1RAE B; 4E7L A; 5GAM e; 4FSX A; 1UGQ B; 3BDL A; 3RMS A; 2K4Y A; 1NLP C; 3SHW A; 1M90 R; 2RMO A; 4RTY A; 3VS5 A; 1TG0 A; 1HK9 A; 1AWW A; 2GQI A; 2NUT A; 4GY5 A; 2IVW A; 1AT1 B; 2ZCF B; 5FU6 C; 1YJ9 T; 5DLQ E; 3VV0 A; 2JS0 A; 4Y91 A; 2Z0W A; 5KCH A; 1PHT A; 2V8J A; 2LX7 A; 2QQA A; 1JU5 C; 5LJ3 j; 3OYL A; 2DZ9 A; 2C0I A; 2LTO A; 1Q82 C; 1GL5 A; 3JCM X; 4ME7 A; 5FWC A; 2CP2 A; 4TVR A; 2HSE B; 3JV3 A; 4E7S A; 4KRT A; 4A54 A; 4OB2 B; 2HDA A; 2F5T X; 2EBP A; 3PFS A; 3HRS A; 2FEI A; 3UT1 A; 3CPW P; 1GFC A; 4EMH A; 2PVD B; 1H3H A; 1VQO A; 3INZ A; 1UGV A; 3I5R A; 2L3R A; 1OI1 A; 4NS5 A; 1BI0 A; 4RKU E; 2I0N A; 3H9N A; 2QQR A; 4E7K A; 2BZ8 A; 2RJD A; 2KXC A; 2D6F A; 3LW5 E; 3GOX A; 5DY9 A; 4E7Z A; 1VQ4 A; 1VQ8 Q; 1MGQ A; 5GMK m; 1VQL A; 4J9E A; 2RB6 A; 1WHH A; 2EFI A; 4ELZ C; 5KYU A; 3CEY A; 2EYW A; 1I1J A; 3QII A; 1N9S A; 1BB9 A; 4ZTJ A; 2CP6 A; 2RQT A; 1TWB A; 2W0Z A; 5GAO q; 2CYZ B; 2KYM A; 2X4J A; 1N5Z A; 5GAM f; 4PLI A; 2JW4 A; 5FU6 B; 3CCS Q; 1NBE B; 2RJC A; 5A0G A; 1C6V X; 2DPP B; 3JCM Q; 1MV0 B; 3CCM Q; 2L3P A; 4FT4 A; 3I55 Q; 5CKH A; 2A36 A; 1VUB A; 1YWO A; 2RK1 A; 1NJI U; 2QGF B; 2FHD A; 4E7H A; 3T9N A; 2EQI A; 5HK0 A; 2QG9 B; 1YJW T; 2O31 A; 3PMT A; 2IPO B; 2RQU A; 3QKJ A; 2CUB A; 2F2W A; 1VQP Q; 2LNH B; 2DFU A; 5LJ5 h; 2ROL A; 2BZY A; 1YBY A; 1N8R R; 3VUB A; 3A1P A; 5GAM j; 4BE1 A; 1QWF A; 2MPX C; 3MP6 A; 1AOJ A; 3QJ6 A; 4MDX A; 2DX1 A; 1GBQ A; 5GAN 5; 1XNI A; 3QUI A; 4RMO A; 2DJZ A; 2DEQ A; 4JJB A; 1QVF S; 3GIB A; 3CC4 Q; 1QW1 A; 4ZN1 A; 4BE2 A; 1WXT A; 1M9S A; 5GMK j; 2EYY A; 2P0P A; 3CCU A; 2E1H A; 3RKW A; 1TSF A; 2L2P A; 4JS4 A; 4AFS C; 3PIP A; 1X27 A; 1U8R A; 3CQT A; 4LDW A; 2ZPE B; 4OMP A; 1UG1 A; 5LJ3 d; 1PD1 A; 2RH2 A; 2XK0 A; 1WQ7 A; 2MCN A; 2DRK A; 3LGF A; 5LJ5 j; 3AT1 B; 1H64 1; 1OUL A; 5EC7 A; 1M3B A; 2DTI A; 2J6F A; 2P0K A; 2PUO B; 2CGH A; 1VQO T; 4M7D G; 3LWH A; 4MZT A; 2RPN A; 1YI2 Q; 2JS2 A; 1KQS S; 2EW3 A; 1ARK A; 4OMM A; 5CAI A; 4HKE A; 3J81 E; 2CH4 A; 1VQ4 T; 1VQL T; 3MKD A; 1N6A A; 4C92 C; 4BUG A; 3ULR B; 1Q7Y U; 2X3X D; 2BE7 D; 2HZY A; 4NOY A; 1CKA A; 4YTL A; 5IHN A; 4L59 A; 1M5Q 1; 4QQG A; 2LMJ A; 4IUU A; 3JCM W; 3CCQ Q; 3KFV A; 1TUG B; 2YLC A; 4BI4 A; 2NUP B; 3BY7 A; 4MDW A; 3OS2 A; 4II1 A; 2FRY A; 1JJ2 A; 3MEA A; 4C5H A; 2ABL A; 4M7A C; 4O6J A; 2K5F A; 4J9I A; 3EAE A; 2DL4 A; 4J8O A; 3VYH B; 2M51 A; 3V8K A; 2M02 A; 2RHX A; 2VC8 A; 3TEE A; 4C5I A; 4BDY A; 2H3J A; 5GAN e; 4EMG A; 3JSC A; 3FEO A; 1OX8 A; 4OML A; 3SD4 A; 1N27 A; 4OF1 A; 1AEY A; 4J6X A; 1PSF A; 2JM9 A; 3SDZ A; 1HYO A; 4RTU A; 2HL5 C; 3ZBD A; 4ZGD B; 3CBP A; 3L2Z A; 2OTJ Q; 4OB1 B; 3CMA Q; 4DA4 A; 4KGZ B; 2DYB A; 2FG0 A; 1K9M U; 1WIE A; 4OGC A; 4C92 B; 1WI7 A; 2R58 A; 1UEC A; 2QDL A; 4XTU A; 1QVP A; 3UPU A; 3G71 A; 1BU1 A; 1AZE A; 2PVG B; 3QSU A; 5L8R E; 3EFR A; 3CCU T; 1KSW A; 2E5Q A; 2HKQ B; 2LQW A; 3QXE B; 1D1A A; 4MZP A; 1BI1 A; 3RDV A; 1RAC B; 2QQS A; 1OEB A; 2DYI A; 5KYW B; 5I11 A; 1H92 A; 3CXC S; 1ZA2 B; 2CSQ A; 4ESR A; 3G4S Q; 4M7A B; 1OPK A; 1S1N A; 1W6X A; 3QYG B; 2O88 A; 1OZ3 A; 1RAI B; 5LJ5 d; 2GF7 A; 2QYZ A; 3V7R A; 2LVM A; 2QQB A; 2M0Y A; 3BDU A; 4M75 D; 3MO8 A; 1QP2 A; 2EGE A; 4J7F A; 1IGU A; 2DTO A; 4ZNX A; 1IRX A; 2RK2 A; 3HHT B; 2W10 A; 3VRY A; 4PJL A; 1WJQ A; 4Z02 A; 5GAN f; 4LUE A; 3MET A; 2A7Y A; 2DM1 A; 1IXD A; 1KHC A; 2YRD A; 5GAO l; 4BAC A; 1VQM A; 2LX9 A; 1HJD A; 2KNB B; 2DER A; 2YHT A; 3L2Q A; 1ZUY A; 4B6M A; 1X43 A; 4OGE A; 1QVG P; 1O75 A; 1VYT A; 3CCR Q; 1K9A A; 2K9G A; 1FMV A; 4J6Y A; 3EG2 A; 5FU7 C; 3SFM A; 3CCV Q; 2DXC A; 2GBQ A; 3HFN A; 1FYN A; 1IB8 A; 1PG5 B; 3P8D A; 1QQJ A; 2E3I A; 4XQ3 A; 1QVF A; 5M9O A; 2RHU A; 2AHJ B; 1HXD A; 3THK A; 1TU0 B; 5GAN j; 1E6H A; 2LJ3 A; 1UDL A; 2J6K A; 3PIO A; 1KIK A; 2K6D A; 3KBG A; 4C8Q D; 2J7I A; 2X9H A; 4JLG A; 4EDU A; 1YJN Q; 1BIA A; 2CDT A; 2VUB A; 4FYW B; 3A8O B; 2AIR B; 1Q81 C; 4GLK A; 1VQ8 A; 1AD5 A; 2XDD A; 2FZC B; 2JNG A; 2F1L A; 4ORZ A; 3A8L B; 5DM7 R; 1ZA1 B; 2V26 A; 2K2V A; 4KUI A; 1E7O A; 2GTO A; 4LDX A; 2LJ0 A; 3CCS A; 3G71 T; 1TS9 A; 2Y4Y A; 2V8I A; 4DBR A; 4OMQ A; 1TXQ A; 4M78 E; 1C0M A; 2DD5 A; 1C1A A; 3CCM A; 2D9T A; 3I55 A; 4DBH A; 2HBP A; 2EKO A; 1QCN A; 4JRK A; 3OSV A; 5FU7 B; 1NEG A; 3OB9 A; 1NLO C; 2P0Q A; 1WNL A; 2PU9 B; 3RNJ A; 4N4H A; 1V1C A; 2RHI A; 3C95 A; 3EFO B; 3MPU B; 1M8M A; 5CKF A; 4NL3 A; 3ZEH A; 2JTF A; 1PKT A; 4R56 A; 1VQP A; 2NUP A; 2MWO A; 1Y7X A; 4QKU A; 2AKL A; 5KYX B; 3QZ5 B; 1LNX A; 2LQ8 A; 2YDL A; 2E41 A; 5LJ3 e; 3HTR A; 2PZ1 A; 1GRI A; 1BKB A; 1RAA B; 4HCC A; 4M77 A; 1OX9 A; 3G6E A; 3CC4 A; 1GCQ C; 2EPD A; 2YUP A; 4HVU A; 5HK3 A; 3V8L A; 4M77 D; 3H0I A; 1TUC A; 4PJO E; 1VQM T; 1SEM A; 4ZTF A; 2D8H A; 4J7I A; 4AG2 C; 3GNG A; 1W70 A; 1X75 C; 2RF0 A; 3JB9 H; 2F69 A; 4X34 A; 4C92 A; 1YCS B; 5CKB A; 1X6O A; 4PFZ A; 2D1X A; 1IHW A; 5D6Y A; 1RAB B; 3M9Q A; 4QQ6 A; 2EYZ A; 1NM7 A; 2K2M A; 5D6X A; 1K9M R; 3E19 A; 4A4G A; 1YFN A; 2CZ7 B; 4BE0 A; 3M57 A; 5DLO A; 1YI2 A; 1S72 Q; 2VWF A; 2E4H A; 1D0X A; 1KK7 A; 2JMA A; 4R0K A; 3AHU A; 1Y0M A; 4C92 G; 1VQK Q; 4HVV A; 3OYH A; 2VAS A; 3H0H A; 2DJQ A; 2AZV A; 5KYW A; 9ATC B; 1YHQ A; 3SWN C; 2EGA A; 1VQ8 T; 3GNF B; 5GAN 6; 2DET A; 2FO0 A; 3GP8 A; 5AT1 B; 2CZ0 B; 4QVC A; 2A37 A; 1AZG B; 4ZN3 A; 3WXM B; 1RLQ C; 4JDS A; 4JUV A; 3CCQ A; 3P8H A; 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3FJP A; 1MNE A; 2EJG A; 1RUW A; 3M0U A; 1YI2 T; 1MMD A; 2GTJ A; 2KQW A; 4N0A C; 3I5S A; 3PVQ A; 2RHY A; 4M75 B; 4C8Q C; 3NHN A; 4MML A; 5GAO p; 1Y07 A; 2LQK A; 1RAH B; 1LVK A; 1XTD A; 3OMC A; 4RTZ A; 1YHQ T; 2V1Q A; 1OQK A; 3EGX B; 2PUK B; 3JCM f; 3EFO A; 3M59 A; 3CCJ Q; 1R8O B; 2L3Q A; 1QCF A; 1N8R C; 3OS5 A; 5IAY A; 3OYK A; 2QEX Q; 3OYB A; 3CCQ T; 5CCA A; 4A63 B; 1WZO A; 5KYX A; 4FW1 A; 8ATC B; 3LX7 A; 2JT4 A; 3CCR A; 3EG0 A; 2EGC A; 1VYV A; 3CCV A; 2MF2 A; 3OQ5 A; 3A98 A; 1B07 A; 1UGS B; 4AFU C; 5A0D A; 5LJ5 f; 1WLP B; 2LNV A; 3J80 E; 5CQY A; 4UC4 A; 1UGP B; 2YT6 A; 5A2Q E; 3VYG A; 5CKE A; 2EJF A; 2SEM A; 1AWX A; 4PJN A; 1HSQ A; 5IT9 E; 3V7C A; 4PLL A; 3UAT A; 1SHG A; 2O2O A; 1BK2 A; 2FVU A; 4LD9 K; 2ZPG B; 3EG1 A; 4XU1 A; 1VQ6 A; 3QWY A; 4C8Q B; 1VQ9 T; 1RL2 A; 1KC8 C; 1U5S A; 2OTJ T; 3LWI A; 3CMA T; 2BKD N; 2HKN A; 5LL6 S; 1K0X A; 4ANJ A; 1PRM C; 2KRS A; 4J9D A; 2QDY B; 5CVI A; 3VS4 A; 5GMK i; 4M77 C; 3NTH A; 5FRM A; 3FC3 A; 3BFM A; 4OMO A; 1ZQ1 A; 2BE9 B; 1O9S A; 2YUO A; 1MMN A; 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