The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
b'ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| total genus |
9
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LC4 A; 3OSS C; 2Y4Y A; 2LNV A; 2Y4X A; 2IVW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C8Q D; 2KYM A; 3RDV A; 2GF7 A; 2DXB A; 1YWO A; 4E7H A; 2O9V A; 5IH2 A; 2KYB A; 1UEB A; 2Y90 A; 4NS5 A; 2FZC B; 1AT1 B; 1XQH A; 2EYZ A; 1VQ7 A; 3A8O B; 2DF6 A; 5GAN e; 5FRN A; 2L3R A; 4XTX A; 4FYW B; 1VQK A; 1R0B G; 5KYN A; 1I07 A; 1PCX A; 1F1B B; 2E41 A; 3LW5 E; 3JB9 D; 2JM8 A; 3CCM T; 2OTJ T; 2F2W A; 1YBY A; 2P0K A; 1WHJ A; 2YUP A; 4IKF A; 1RAE B; 3MEV A; 3IQL A; 1K8A C; 2EQM A; 2ED1 A; 3QBY A; 4PL6 A; 4J9E A; 3CCU T; 3OYK A; 2V8K A; 4C0D C; 1SF9 A; 2A37 A; 2MI6 A; 1E6H A; 4FCY A; 1MMD A; 1ABO A; 2XID A; 4L59 A; 3SDZ A; 5LJ3 d; 5KE3 A; 2K4Y A; 2B86 A; 4PLL A; 4KGV B; 4M7A E; 3FLG A; 2DRM A; 1M90 C; 3JB9 J; 2YXY A; 3CBO A; 2RM4 A; 1VYV A; 2E5K A; 3H9N A; 1VQN A; 4RUG A; 2DAQ A; 4ZGD B; 5IHK A; 3CC2 A; 1AWW A; 2K2M A; 3CME T; 5GAN j; 1P92 A; 2ED0 A; 4BE1 A; 2CDT A; 3MEW A; 2RHY A; 4C92 G; 5L23 A; 4KT0 E; 3EGD B; 2DER A; 5GAN 2; 1Q82 C; 1YJW T; 3QPH A; 2EVR A; 1G3W A; 1VQ8 A; 2JJ9 A; 3LWI A; 1RAB B; 1VQ5 A; 3MET A; 1V76 A; 3JCM W; 2YUN A; 1G3T A; 2A28 A; 4E7S A; 1N27 A; 1PSE A; 5FU6 B; 3HRT A; 2VC8 A; 1WHM A; 4NL2 A; 1WJQ A; 4GY5 A; 2JM9 A; 1D09 B; 2LNV A; 1BU1 A; 1X75 C; 3L2Q A; 1CKA A; 3HTR A; 3MJX A; 1IHV A; 5IN1 A; 2CZ7 B; 1QMC A; 5A0G A; 1K0X A; 2BE9 B; 1MMN A; 4EMK C; 1AOJ A; 4RG2 A; 5GMK m; 2J7I A; 2ZPF B; 3EGX B; 2IVW A; 4EDU A; 1KFZ A; 4II1 A; 2HBW A; 5GAO q; 3M0R A; 4QQD A; 3JCM g; 4M78 C; 1BCO A; 3SFM A; 4C92 A; 5CK9 A; 4BUG A; 4OMO A; 1AWX A; 4RG8 A; 1WJR A; 2XI9 A; 1YJW Q; 3CPW P; 2NLU A; 2BUD A; 2DXU A; 1Q86 R; 4DEX A; 3RKW A; 2X4W A; 2E12 A; 2OTL Q; 3E9F A; 2DRK A; 4C8Q G; 2XHC A; 2PVO B; 3EFO B; 3CCQ T; 3A98 A; 4DBR A; 4O5V A; 2VXE A; 2WSC E; 1H8K A; 1VYT A; 2CP0 A; 3CCV Q; 1IB8 A; 4RTW A; 2Z0W A; 2DO3 A; 2V26 A; 4M78 F; 3OS1 A; 2DIL A; 3HFO A; 2QGG A; 3G6E Q; 3I5R A; 3CPW A; 3L1A A; 2DX1 A; 2L8D A; 3REA B; 3NTH A; 4BE2 A; 1BB9 A; 2ENM A; 1B34 A; 3JB9 G; 1EFN A; 3CCL T; 3JCM J; 4XTU A; 2XDD A; 1M2O A; 1TUC A; 1KJW A; 2OAW A; 2CT4 A; 3PIP A; 2VAS A; 3VYG A; 3PIO A; 2YDL A; 2YWW A; 2VVK A; 1NJI R; 4Z02 A; 1G2B A; 3FRN A; 1VQ4 Q; 4HCC A; 1FMV A; 3C94 A; 1GRI A; 4F7U F; 1NPR A; 3JCM b; 4C8Q A; 2QQB A; 2RJC A; 1OYX A; 1VUB A; 4QT7 A; 4OF1 A; 2NYS A; 2LC4 A; 3HSB A; 1WJS A; 1OPL A; 3OS5 A; 2LJ0 A; 3J80 E; 4CC7 A; 1SKU B; 1TS9 A; 5GAO n; 4Z8A A; 3VRZ A; 3RR6 A; 2K6D A; 1U3O A; 3EAE A; 2ZCF B; 1PD1 A; 1U8R A; 1B07 A; 4C5H A; 1MND A; 1M3A A; 5GJW B; 2AK5 A; 3X26 B; 3J81 E; 2VV5 A; 2RJF A; 1YJN Q; 1K76 A; 4BY6 C; 3V7S A; 2VWF A; 1ZUK A; 4PJO B; 1SSF A; 2KAF A; 4FM4 B; 1SHG A; 2X51 A; 4F17 A; 3OYM A; 2DM1 A; 3I55 T; 2JW4 A; 3LH0 A; 2LRQ A; 3JB9 H; 5LJ5 d; 2JS2 A; 1UE9 A; 3P8B B; 3G4S A; 1WFW A; 3QXE B; 3VU3 C; 2IIM A; 3OMG A; 2OTL A; 1PHT A; 1QCO A; 1V29 B; 3PNW C; 2NUT A; 1HYO A; 4AT1 B; 2KY9 A; 1M1F A; 1ZSZ A; 2EQU A; 2CSI A; 4JJB A; 4JRP A; 1NJI U; 2XU8 A; 4HVV A; 1B3Q A; 3P8H A; 4Y28 E; 1D0Z A; 3F70 A; 3OYI A; 4KBM B; 4QW2 A; 3CCV A; 1H64 1; 1BI3 A; 4ZGJ B; 3UDC A; 1NEB A; 4RCC A; 3VUB A; 3LYI A; 1KG1 A; 1NBE B; 3G6E A; 4K11 A; 3CBM A; 1GCQ C; 2JMC A; 3MO8 A; 1D0X A; 3M0T A; 3CXC P; 2FPD A; 2FRY A; 3OBW A; 1D1C A; 3RMS A; 4BAC A; 2ZPB B; 2QDL A; 2F5K A; 4C8Q C; 2HMA A; 2I2L A; 1M8M A; 2KSS A; 3QDF A; 2L3P A; 4DBF A; 3JB9 I; 1UUE A; 1NEG A; 5KCO A; 3OA6 A; 1YJ9 T; 1VQ9 T; 2HDA A; 2K3X A; 3I55 Q; 2CP7 A; 1OUL A; 1M1K R; 1VQ4 A; 1M2V A; 3H0I A; 2YRD A; 4M78 D; 1G3S A; 1J3T A; 4CC2 A; 2NUP A; 1TWB A; 2RQR A; 4FL6 A; 3HKS A; 4HCB A; 2KK4 A; 3CXC A; 3AHU A; 1RLQ C; 1X2K A; 1CKB A; 3VJP A; 1VQ6 T; 4XU2 A; 1NLP C; 5GAN 3; 2JUF A; 4J9G A; 1RI0 A; 3QKJ A; 4XTZ A; 3CMA Q; 2J06 A; 2QQR A; 2CT3 A; 3EGU A; 4LDY A; 3JCM f; 4C8Q F; 3MEU A; 3M56 A; 1VQL T; 2DJZ A; 2JOY A; 4E6R A; 4E7J A; 2ZAE A; 2CRE A; 3RNJ A; 4XK8 E; 1MV3 A; 4RTT A; 3CC4 T; 1QVF S; 2DVE A; 3CCE Q; 3A8L B; 4AG1 C; 1BIB A; 1BI2 A; 2RH2 A; 2K5F A; 3DLL A; 4HXJ A; 3M0Q A; 1YJN A; 1ZSZ C; 2CH4 W; 3EG9 A; 4PNO A; 1M8V A; 1X27 A; 1ZSG A; 1M9S A; 2RHU A; 2D1X A; 3NMZ C; 1QP2 A; 1G3Y A; 1JJ2 S; 2FB7 A; 2DL8 A; 3SHW A; 1K9M R; 1YN8 A; 2DET A; 4D8D A; 1LNX A; 1YFN A; 2E65 A; 4GBQ A; 1WQW A; 3LH5 A; 1HXD A; 3E19 A; 2D0N A; 5DM7 R; 3JCM h; 2SRC A; 1WI7 A; 2EKH A; 2HBP A; 2QK0 A; 4O6J A; 1YHQ Q; 1QWF A; 2YLB A; 2E3H A; 4DQ2 A; 4IIM A; 4J9D A; 1VQ6 Q; 2DXC A; 4BI3 A; 4XU1 A; 4PFO A; 2DIG A; 3OYY A; 3G71 T; 4WCI A; 1RAF B; 1JB0 E; 2EW3 A; 3R6N A; 1LJO A; 1MMA A; 1JRI A; 1S72 T; 2EQJ A; 4CC3 A; 2RHZ A; 5CKH A; 3V8L A; 1W70 A; 5I22 A; 3D7S B; 1AWO A; 3C0C A; 4C92 B; 1K73 C; 5D6Y A; 4JJN K; 2QI2 A; 2GTO A; 1G5V A; 2FYK A; 1U1T A; 1I81 A; 5GAM g; 3QDR B; 1G83 A; 4V2S A; 3M9Q A; 2A08 A; 2MMP A; 4KGZ B; 2K9G A; 4ATO A; 2QA4 T; 1RAC B; 2JZ2 A; 4PJL A; 1QCF A; 3JCM c; 4J9H A; 2OAU A; 1WNL A; 2MWO A; 1QCN A; 2L89 A; 2D0Q B; 4ZN3 A; 4A4F A; 2KGT A; 2QAZ A; 3URG A; 1KC8 R; 3RUX A; 1PKS A; 2E4H A; 2K57 A; 3QHS A; 2RF0 A; 2WSE E; 2FPE A; 3CMA A; 1PD0 A; 1K9A A; 3G71 Q; 3RBB B; 2GCX A; 1UGP B; 1WHH A; 2CZ6 B; 5L8R E; 5KE2 A; 1TXQ A; 4M78 E; 5AT1 B; 2DL3 A; 1AVZ C; 4M77 A; 3CCE A; 2PUO B; 1EX4 A; 5GMK h; 2PNI A; 3HP9 A; 3HRU A; 3PTA A; 3RES A; 2FL7 A; 1RL2 A; 2VUB A; 2EQK A; 2YHT A; 2M0Y A; 4LXC A; 1B34 B; 3L2Z A; 3ULR B; 4J9B A; 2ZGW A; 2KRO A; 1ZUY A; 2EJG A; 1JO8 A; 5GAN 4; 2QA4 Q; 2F2X A; 3FC3 A; 4BE0 A; 5D6X A; 2L3S A; 4N4G A; 3I5S A; 1YHQ A; 1MMG A; 1R77 A; 5GAN d; 4C8Q B; 3E2U A; 1Y96 A; 4DBQ A; 3UPU A; 4DA4 A; 4M78 G; 1VQM A; 2X4X A; 3V8J A; 3A1P A; 5C6S A; 3HRS A; 1UJY A; 2BE7 D; 1C6V X; 4C5G A; 2KEA A; 3OYJ A; 5FLX E; 5HK3 A; 1KC8 U; 5FWC A; 2E1H A; 2EGA A; 3OYN A; 1SHF A; 4KUI A; 2MOX A; 1YIJ A; 1ZHI A; 4OB2 B; 2KRS A; 3TCJ A; 2PVD B; 4JLI A; 1W2B A; 1Q7Y R; 4J9I A; 3L2W A; 3GNF B; 1IRX A; 1JXM A; 3CD6 T; 1QVF P; 1X6O A; 4FT4 A; 4M7D C; 5DLQ E; 4KH0 B; 4E7L A; 4MML A; 2JTM A; 4LN2 A; 1T0H A; 4LUD A; 3SB2 A; 4EMK A; 4F7U G; 4HT8 A; 2CUD A; 3CCS T; 1M3B A; 4C0Z A; 3V7R A; 3A8G B; 2QGF B; 1I8F A; 1WGS A; 3G1J A; 4AFQ C; 4C92 E; 4M77 C; 5CKE A; 1JJ2 P; 2ROT A; 3CC7 T; 1VQO T; 2K7A A; 2OI3 A; 3CCJ T; 3MKD A; 1Q86 C; 2HCK A; 2CZ0 B; 1UB4 A; 4M78 A; 2ATC B; 2EIF A; 3G71 A; 2QTX A; 3LGL A; 5I2M A; 4LNP A; 1VQP T; 2KRN A; 1YIT T; 1NLO C; 4M7D F; 2L3Q A; 2O2O A; 3JRZ A; 1AWJ A; 3LGF A; 1Q81 R; 2DBM A; 4BDY A; 3OW2 S; 1BKB A; 3CCM Q; 1MNE A; 1QLY A; 4RTY A; 2OTJ Q; 4M77 F; 1TTH B; 1UGV A; 3OYG A; 2WAC A; 1JBM A; 1SSH A; 2KT1 A; 2BZY A; 5ECA A; 1VA7 A; 2DL4 A; 3H0H A; 3S3N A; 1QVG P; 3JSC A; 1BBZ A; 3M59 A; 5FWB A; 2RQV A; 1Q7Y U; 3ZFJ A; 4ANJ A; 5CO7 A; 2YUQ A; 4E47 A; 5HK0 A; 3KFV A; 3PMI A; 4XTV A; 4F7U A; 1OZ3 A; 1M2V B; 4IUT A; 4CRI A; 2BZ8 A; 1NJI C; 3QYH B; 2FRW A; 3CCU Q; 1VQO Q; 2NUP B; 3VS7 A; 5GAO p; 4AMC A; 5CQX A; 1YNZ A; 2KXD A; 2MIO A; 3NGP A; 3M55 A; 2FPF A; 2EYW A; 3JCM e; 3REB B; 2O9S A; 3RIR A; 3SWN A; 2ROL A; 1YIT Q; 5KH6 A; 3TRE A; 2DZ9 A; 4C8Q E; 1M3C A; 5GAM f; 1QVG A; 1U06 A; 5LJ3 g; 1T3L A; 4AFZ C; 2JN0 A; 3M57 A; 1WLP B; 3CME Q; 4JRQ A; 3QII A; 2O4X A; 2D8H A; 3EG9 B; 4XTW A; 1Q81 U; 1FX7 A; 4VUB A; 3M0U A; 2CH4 A; 1UGQ B; 4M75 C; 2DA9 A; 5KYY A; 4ME7 A; 1KK7 A; 4ZGE B; 2DFU A; 2GQV A; 4PK4 A; 4Y91 A; 5FRO A; 1RI9 A; 2HD0 A; 1WA7 A; 2I0N A; 2HSP A; 2VYT A; 1N8R U; 2M51 A; 2MK5 A; 2CS7 A; 4ELZ C; 2B8A A; 4OB0 B; 2DZC A; 1KD1 U; 3ASK A; 1AHJ B; 1GCP A; 2C0T A; 4J6X A; 1K8A R; 2DPP B; 2FVU A; 1BI1 A; 2EJF A; 1RLP C; 3EG0 A; 2AKL A; 1YI2 T; 3PFS A; 3I35 A; 1Y07 A; 2RQU A; 1I5O B; 1TUG B; 2X3W D; 1IXD A; 4EIK A; 4A54 A; 4EMH A; 1UFF A; 4M75 F; 5KYU A; 5GAO r; 1RAA B; 5FU7 C; 3OQ5 A; 3H41 A; 1RUW A; 3CCM A; 2OTJ A; 3M54 A; 2DBK A; 5D7U A; 3THK A; 3VKI A; 4LDX A; 2YSQ A; 1D1A A; 1VIE A; 4HCZ A; 2LP5 A; 3CCR T; 2XDB A; 5GMK e; 2KQW A; 1OI1 A; 1UJ0 A; 4OVA A; 3L2R A; 3KBG A; 3SWN C; 1WIE A; 2DTH A; 2KVQ G; 2DYI A; 5GAO l; 3HPW A; 1GCQ A; 3T9N A; 1PM3 A; 3CCU A; 4PLI A; 3FB9 A; 3V8K A; 1M1K C; 4TVR A; 3VS1 A; 1KHC A; 2YRC A; 3EG2 A; 4M7D D; 1WYX A; 2KE9 A; 2RQW A; 3JCM V; 3M58 A; 2EKO A; 3UA6 A; 3X24 B; 3CCQ Q; 2JTE A; 4JZ4 A; 1D3B B; 2SEM A; 4XAX B; 2PTK A; 4M77 D; 5M9O A; 3E9G A; 3MCA B; 2A36 A; 3EG1 A; 1K8A U; 3OS0 A; 1WX6 A; 3FJ5 A; 2DD5 A; 2LQN A; 3CME A; 4C0D B; 1UGR B; 3ZL7 C; 4WF2 A; 4YTL A; 4UC4 A; 3CCR Q; 2FG0 A; 1U5S A; 3OW2 P; 1O75 A; 2LQW A; 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1TG0 A; 3CCL A; 4IUQ A; 4M77 E; 5GAN 8; 2ZZD A; 1X01 A; 3ME9 A; 2QYZ A; 3NTI A; 4HA8 A; 4JS5 A; 1YJ9 Q; 1VQ7 T; 1VQ9 Q; 3TSZ A; 4F7U B; 2IPO B; 3ER0 A; 3QWY A; 4PFP A; 1VIF A; 1VQK T; 5EC7 A; 4ZTJ A; 2H8H A; 1NM7 A; 3BDU A; 2E3I A; 2QEX T; 2P4T A; 1M27 C; 4M7D G; 3A8H B; 4GLK A; 2YUO A; 4JJC A; 3BDL A; 3EHR A; 3SWN B; 1KQ1 A; 3UA7 A; 5KYX A; 7AT1 B; 1QQJ A; 5GAM e; 1VQL Q; 2FHD A; 2AZS A; 4M77 G; 2VB6 A; 2DLP A; 3CC4 Q; 3VS3 A; 5C0M A; 3AT1 B; 1HK9 A; 1KQS S; 2AZV A; 2O4X B; 2RO0 A; 4BI4 A; 2PZ1 A; 1ARK A; 2VGN A; 5KYY B; 1TOV A; 1WPY A; 4ZNX A; 5HY6 A; 3C95 A; 1VQ7 Q; 3HHT B; 1JEG A; 3I55 A; 3M4Y A; 3MP8 A; 3UF4 A; 5FW9 A; 1LOJ A; 1ZX6 A; 1ZLM A; 2RB6 A; 2CGH A; 1VQN T; 1PRL C; 2BKD N; 3DKM A; 3CC2 T; 1TU0 B; 2EGC A; 4M4Z A; 3NTK A; 3OB9 A; 5FU6 C; 2QEX Q; 3P8D A; 4M7D A; 4BY6 B; 4E2F B; 3Q1J A; 2CYZ B; 3EFS A; 4L6V 5; 4ORZ A; 3N5B B; 4IUV A; 5DY9 A; 4AFU C; 5GAN 5; 2W10 A; 2J6O A; 1AD5 A; 4Z89 A; 1W6X A; 3EFR A; 3GLX A; 3X25 B; 4M7A D; 4Y92 A; 3TEE A; 3DB4 A; 1VQ8 T; 2L5Q A; 2BTT A; 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