The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2Y4X A; 2IVW A; 3OSS C; 2LC4 A; 2Y4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MIO A; 1W70 A; 4DA4 A; 1N9R A; 1YJ9 T; 4RTW A; 4ELZ C; 2LQK A; 1N8R R; 1VQ8 T; 5LJ5 j; 3HFO A; 4F17 A; 2QQS A; 1WQ7 A; 1YCY A; 2L5Q A; 3UF4 A; 1U5S A; 4LDX A; 4PJO C; 5HY6 A; 3M55 A; 3KXT A; 3OW2 S; 3OYK A; 1G3T A; 2JM8 A; 4D6W A; 5LJ3 e; 2XD0 A; 1ACM B; 2VGN A; 1K0S A; 2K57 A; 2CSI A; 1N27 A; 1CKB A; 3CCU Q; 2EBP A; 1GCQ C; 2EYX A; 4J6W A; 1X6O A; 1VQP Q; 1YI2 T; 4GLM A; 3CMA A; 4QVD A; 3VJP A; 4KRT A; 1FMK A; 1Z9Q A; 4F16 A; 2VXE A; 1KQS P; 1AZG B; 1UJY A; 2LRQ A; 5EC7 A; 1Q86 R; 3OA6 A; 3UT1 A; 4AG2 C; 5GJW B; 1M2O A; 3H0I A; 4NS5 A; 2K9G A; 2PZ1 A; 3M58 A; 4C8Q G; 1YHQ A; 1K9M C; 2A7Y A; 2L3S A; 3G71 T; 2L2P A; 4HCK A; 5CAI A; 5GMK l; 2MWO A; 3I56 Q; 3L1A A; 1Y96 A; 1YJ9 A; 2PQW A; 1OX9 A; 2DYB A; 2XU8 A; 3I55 T; 1VQ8 A; 2KRS A; 2QYZ A; 4JRI A; 4ZTF A; 1BYM A; 1VQ4 Q; 2GQI A; 1K9M R; 3UWN A; 3H8Z A; 1KG1 A; 1ZUU A; 3VU3 C; 1TS9 A; 2P4R A; 3JSC A; 1EFN A; 4EMH A; 2A36 A; 4TVR A; 1JQQ A; 3I35 A; 1YI2 A; 4HT8 A; 2NUZ A; 4KT0 E; 2DJZ A; 2BIV A; 4OMP A; 2QTV A; 2Y90 A; 2RB6 A; 1M3A A; 3V7R A; 3EG3 A; 1RAC B; 1TUC A; 4PFP A; 3E9F A; 3RER A; 4M7A E; 1EZZ B; 2CP3 A; 4HCZ A; 1SG5 A; 2DVE A; 2P0P A; 3G71 A; 2FB7 A; 1YJW Q; 4J83 A; 4CC2 A; 4MDX A; 3CD6 T; 4QT7 A; 3I55 A; 1E6H A; 1R8O B; 3QBY A; 3ZBD A; 3OYG A; 2XID A; 3LYI A; 4PLL A; 4HA8 A; 4RG2 A; 2O01 E; 4M4Z A; 4RTV A; 4JJC A; 4M75 A; 4A4E A; 2QGF B; 3JCM f; 4BE1 A; 5I21 A; 1I0C A; 3OYF A; 4HCB A; 5LJ5 g; 3H0F A; 1YBY A; 1JJ2 S; 1W4S A; 2LCS A; 3CCE T; 3OYE A; 2IIM A; 2KE9 A; 1HD3 A; 1SEM A; 2LMJ A; 2CSQ A; 2QXF A; 2RO0 A; 2EKO A; 4BAC A; 1N8R U; 2HAX A; 4MZP A; 2DJQ A; 1NYF A; 2CP5 A; 4ESR A; 1NJI R; 2IVW A; 4E7H A; 1C1A A; 5LJ3 d; 4LUD A; 4J7I A; 4DBF A; 5D7U A; 5C0M A; 1AD5 A; 2BZY A; 3I5S A; 2GCX A; 2DL5 A; 3G6E T; 1M3C A; 4C92 C; 1M5Q 1; 3QO3 A; 3HHT B; 2MYS A; 3FJ5 A; 3CD6 A; 2OTL T; 3T9N A; 2A0F B; 1B07 A; 1C6V X; 5GAO m; 4MZM A; 3OSS C; 2LX7 A; 5AT1 B; 3PMT A; 5CKB A; 4OMF B; 4EMK B; 4E7L A; 2KEA A; 3M9Q A; 2RK1 A; 2X4J A; 1Q86 U; 1PSF A; 4M77 D; 4ZTJ A; 2DIQ A; 4DBH A; 2QQR A; 2ZCF B; 1OEB A; 2F5K A; 1OUL A; 4J7F A; 4AFZ C; 3CCE A; 1QMC A; 3CPW P; 1Y7X A; 2CT3 A; 2FO0 A; 4Y28 E; 2C0T A; 4OGC A; 5GAO q; 1FMW A; 2K2V A; 1QVG S; 3PMI A; 2VB6 A; 4PJO E; 2RH2 A; 4FM4 B; 2ZPH B; 4J9C A; 1ZA2 B; 1MHN A; 2R57 A; 1NG2 A; 4R55 A; 3OY9 A; 3OYN A; 5CQY A; 9ATC B; 1YIT Q; 2QEX Q; 3ULR B; 3VS5 A; 3VV0 A; 1K9M U; 2RHI A; 3BDU A; 3JRZ A; 4XU3 A; 1JB0 E; 2AK5 A; 2VAS A; 1Q82 C; 3EFO B; 1SSF A; 3GBQ A; 3M0R A; 5IXB A; 2D0Q B; 3G6E A; 5LJ3 j; 1PWT A; 3QXE B; 3MO8 A; 2JMA A; 3SFM A; 3OYJ A; 3ZFJ A; 2ZPE B; 4XTW A; 2OTL A; 4OGE A; 2H3E B; 2DXC A; 4PJO F; 2EPD A; 4ME7 A; 1VQ5 T; 1PRL C; 2YLB A; 1Q82 R; 2A3L A; 3V7C A; 1K8A R; 1QVF S; 2WAC A; 1JO8 A; 5KYX B; 1M90 C; 1K73 R; 2VWF A; 1X27 A; 2E3I A; 2GBQ A; 2NWM A; 4FSX A; 4ZGD B; 2H8H A; 4CC3 A; 4E7I A; 2L8D A; 5I22 A; 2HSP A; 3CC4 Q; 1W2B P; 4OMO A; 4NL3 A; 1XQH A; 2O9S A; 4FYW B; 1M90 R; 2BZ8 A; 2LTO A; 4IUQ A; 1SSH A; 1RAG B; 2HQE A; 4M75 G; 1H64 1; 2XI9 A; 2HKQ B; 4J9G A; 4CRI A; 1ABO A; 1PCX A; 1CKA A; 2GGR A; 4FW1 A; 2JTM A; 1LOJ A; 4B9X A; 3ZL7 C; 3EFS A; 1H3H A; 2GFU A; 1FWZ A; 3V7S A; 4A4K A; 2JW4 A; 2QG9 B; 2F2X A; 4BD3 A; 2KXD A; 4LDY A; 2O88 A; 1UE9 A; 4RTZ A; 2E6Z A; 5GAN 3; 2ZPG B; 4JPB W; 1VQ5 A; 1G3Y A; 3OYH A; 1B7T A; 2ZAE A; 2ZGW A; 2AZS A; 5EG2 A; 5HK0 A; 2LJ3 A; 1TWB A; 5CKF A; 3VYH B; 2WSE E; 3CCL Q; 5GAN j; 1NJI U; 4AFQ C; 2CYZ B; 1UGV A; 1B3Q A; 1KK7 A; 5LJ5 e; 3GP8 A; 2R5M A; 4GBQ A; 5GAO r; 2RHY A; 2GF7 A; 3QHS A; 1JU5 C; 1U1T A; 4BE2 A; 2P84 A; 4Z89 A; 2BE7 D; 2V26 A; 3UAT A; 2RI2 A; 1QWE A; 4J9F A; 3SWN A; 3PGG A; 2PVO B; 3TU4 K; 1WI7 A; 1OV3 A; 5GMK h; 1UHC A; 2I2L A; 4PJO B; 1K9A A; 1D3B B; 1SRM A; 2V8K A; 2YDL A; 2DER A; 1MNE A; 3MKD A; 3RBB B; 2EKH A; 5GAN 6; 1AZE A; 5FWB A; 3X24 B; 4WCI A; 4L59 A; 8ATC B; 2AT1 B; 3SHW A; 2COZ A; 4KUI A; 1JJ2 P; 2X4Y A; 2OTJ Q; 1TH7 A; 3INZ A; 2HD0 A; 2VYT A; 1RAB B; 2C0I A; 3A8H B; 4E7K A; 1LVK A; 3TSW A; 4BY6 C; 2JZ2 A; 5LJ3 g; 4C92 E; 2XMF A; 4E7J A; 4E6R A; 2P0Q A; 1M8M A; 4N0A C; 2EGA A; 2VVK A; 2DPP B; 2YRV A; 3EGU A; 4XQ3 A; 1BI0 A; 1VIE A; 3THK A; 1T0H A; 2FPD A; 2DRK A; 4PLI A; 3C4S A; 1OPL A; 2EGE A; 1FYN A; 1MV0 B; 4ELY C; 3V8L A; 2KK4 A; 1KQS A; 2LNH B; 3RES A; 1RAA B; 2BKD N; 2M0O A; 4B6M A; 2SEM A; 3JCM h; 3L42 A; 2J7I A; 1Q82 U; 3LH0 A; 2DO3 A; 3CC7 T; 4J9B A; 3A1P A; 1K8A U; 4C92 F; 2CT4 A; 1VQO Q; 4BUG A; 1RAE B; 4M7D D; 2GNC A; 1K73 U; 2MWP A; 1VQN T; 2PU9 B; 2EQJ A; 3R6O A; 4OMM A; 2KVQ G; 3EG2 A; 2K79 A; 4J6Y A; 4M7D E; 1HXD A; 1QW1 A; 2DA9 A; 1XJW B; 1BKB A; 2FZC B; 3AT1 B; 4PFO A; 1VQ6 Q; 2ED1 A; 4HKE A; 1M90 U; 2LQW A; 1NZ9 A; 1VOM A; 2JTF A; 1KC8 R; 4XTV A; 1X69 A; 4C5E A; 3O5Z A; 4KGX B; 3F70 A; 2KAF A; 2E12 A; 3JCM X; 3ER0 A; 3VS0 A; 2X4W A; 1VYU A; 2YSQ A; 2YRD A; 4QKU A; 2DRM A; 4Z88 A; 1YNZ A; 4WF2 A; 5GAN g; 4Q5W A; 2E6N A; 2MOX A; 2MK5 A; 3PVL A; 4M7D F; 1OZ3 A; 2F5T X; 3CCR Q; 2HCK A; 2EYW A; 2C06 A; 4QQG A; 1I1J A; 1XOV A; 3CC7 A; 3E19 A; 3TRE A; 2ENM A; 3SD4 A; 1AWO A; 2LT4 A; 3P8B B; 1QVF P; 2CP7 A; 5AYF A; 1VQN A; 2KXC A; 3H41 A; 1M27 C; 1ZSZ C; 3GLX A; 2ZPB B; 2YRC A; 1RLP C; 2QQB A; 4MMK A; 4OVA A; 3QUI A; 3JB9 D; 2NLU A; 3LWI A; 2O4X A; 1LJO A; 2HBP A; 1UTI A; 3OS0 A; 1TG0 A; 3EH2 A; 4C8Q D; 2G6F X; 3X20 B; 4X9C A; 1BIB A; 3KUF A; 4C92 B; 3D7S B; 2K5I A; 1G3W A; 4OB1 B; 1AVZ C; 1QCN A; 2F2V A; 2HQX A; 1E6G A; 4N4I A; 1MGQ A; 3M53 A; 4FYY B; 3CEY A; 3ZEH A; 1QKW A; 1AT1 B; 1RAD B; 1BU1 A; 1HJD A; 2V8J A; 3A8O B; 3EGX B; 2KSS A; 3SDZ A; 1WQW A; 2H3J A; 3ASK A; 3CCS T; 2DEQ A; 1MND A; 5KH6 A; 2JVV A; 3G4S Q; 3JB9 F; 5FU6 C; 4BDZ A; 2EGC A; 3JB9 J; 3OBW A; 3VYG A; 1WYX A; 4M75 C; 3G7Z A; 4IUU A; 4RTU A; 4C8Q F; 2R5A A; 3CCV Q; 1VQ9 Q; 2DM1 A; 3Q1J A; 2RA2 A; 4AFU C; 4M7D B; 2EVR A; 1WXB A; 1O9S A; 1WHG A; 1VUB A; 1Q86 C; 3CPW A; 4KBM B; 3MET A; 1IGU A; 1WIE A; 4LE9 A; 4Z02 A; 2X51 A; 1ZQ1 A; 4KGZ B; 1VQL Q; 1UHF A; 2K3X A; 2MPX C; 3OYL A; 2RQU A; 4F7U G; 5CK9 A; 5FLX E; 2QA4 Q; 3A8L B; 3M5A A; 4AMC A; 1QVP A; 1NYG A; 4KH0 B; 5KE2 A; 3HP9 A; 2LT1 A; 2RQV A; 3JV3 A; 3QSU A; 4DOW A; 2VKN A; 4L5G A; 1N6A A; 3EGD B; 2W10 A; 5GAM e; 5IHK A; 5C6S A; 2JTE A; 1QKX A; 3EHQ A; 4IUT A; 1TOV A; 3RKX A; 2CZ6 B; 3CCS A; 1Y57 A; 2GFA A; 2K2M A; 1Q81 C; 3EHR A; 2OAW A; 2XDD A; 2CDT A; 1WXT A; 1D1C A; 1ZSZ A; 5KYX A; 2QI2 A; 1U1S A; 1GRI A; 2KR3 A; 3MP1 A; 1X75 C; 5KYY B; 1I4K 1; 3MEW A; 4DEX A; 1WJS A; 5ECA A; 1T3L A; 5IN1 A; 1Q81 R; 3MEV A; 1W2B A; 1KIK A; 2E64 A; 3FB9 A; 2JXB A; 2DL7 A; 2HDA A; 2EQU A; 2LJ0 A; 4M7A D; 1H92 A; 2LVM A; 3C95 A; 3QPH A; 3CCJ T; 5GAN 4; 4JRK A; 3SEM A; 4X9D A; 5GAN e; 1MUZ A; 3CMA Q; 1QP3 A; 3QYH B; 4C8Q B; 2HZY A; 2XKO C; 4IIM A; 3M0T A; 5GMK m; 1VQ7 T; 5HKC A; 1SRL A; 2C0O A; 2CZ1 B; 1F1B B; 2J6O A; 2HQH A; 2QAS A; 1W6X A; 1O75 A; 4LXC A; 2MCN A; 3PIO A; 2D9T A; 4QQD A; 2D8H A; 2G3R A; 5LJ3 f; 2V8I A; 2FZK B; 3VS2 A; 3CBP A; 3NGP A; 3CC2 T; 3M59 A; 4R56 A; 1YJ9 Q; 1R0C B; 2YT6 A; 1VQ8 Q; 1S72 T; 1P92 A; 3FLG A; 1M1K R; 3HL8 A; 5CR2 A; 4C5H A; 5A0L A; 1M1G A; 2HL3 A; 2HBW A; 1NJI C; 1MMN A; 4M7A F; 1G5V A; 1OI1 A; 2FZG B; 3FIF A; 2CRE A; 4JRP A; 4IUV A; 2F69 A; 1UUE A; 3VS7 A; 2K3Y A; 4JLI A; 1JBM A; 2LJ1 A; 4M77 A; 1VQK T; 4PJL A; 1BK2 A; 3UA7 A; 5LJ5 h; 3CCJ A; 4XTZ A; 2KGT A; 2XDP A; 4J9E A; 4BY6 B; 1YI2 Q; 3PVQ A; 4ATO A; 2DXT A; 1KHC A; 1VQ7 A; 3CME T; 2JUF A; 4M78 C; 5CCA A; 2CH4 A; 2COY A; 4A4G A; 5KCO A; 2YUN A; 1BB9 A; 1WXU A; 3G71 Q; 1KHI A; 4ZGE B; 1G3S A; 3L2W A; 3CC2 A; 2QQA A; 2E41 A; 3I55 Q; 1S72 A; 2J05 A; 4FL6 A; 4XTX A; 4Y91 A; 4D8D A; 3CXC P; 3M57 A; 4E7Z A; 4PJO D; 1D1B A; 1NBE B; 1WHK A; 5GAM d; 1EIF A; 4RTY A; 4OMQ A; 3UPU A; 4M75 E; 3SWN C; 2NUT B; 1PG5 B; 4JLG A; 1FMV A; 1VQK A; 2QK0 A; 1DJ7 B; 5D6X A; 1YJN T; 3LW5 E; 5KYW B; 3JCM W; 2E3H A; 1EX4 A; 1M8V A; 1RUW A; 4C0D B; 1IB8 A; 4V2S A; 3EFR A; 3TSZ A; 1NEB A; 3CME A; 3VS1 A; 1K8A C; 3OW2 P; 1OOT A; 3LLR A; 5D6Y A; 3HSB A; 1KJW A; 1IGQ A; 4M7A B; 1K73 C; 1Q81 U; 2JT4 A; 1IZ6 A; 4XU2 A; 2KI7 A; 3HRS A; 3R6N A; 1T3S A; 1WJR A; 3QG1 A; 3QWX X; 3NMZ C; 2Y4Y A; 4VUB A; 3TCJ A; 2DNU A; 3CD6 Q; 4LUE A; 5IAY A; 5GAN d; 2FPF A; 3NPF A; 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3C0C A; 3CCQ A; 3NTI A; 3RR6 A; 5A0D A; 3CCM T; 1VQ5 Q; 4P5N A; 1HYO A; 3OYA A; 1I07 A; 2LX9 A; 4DBQ A; 3JAM E; 2DTI A; 2AHJ B; 5LJ3 h; 3OYI A; 2DIL A; 1RI9 A; 1MMD A; 1OU9 A; 3VRZ A; 1GXI E; 2E5Q A; 3M0U A; 2AKK A; 1MMA A; 2L0A A; 1VIF A; 1VQM A; 4HT9 A; 2JS0 A; 2X4X A; 1Q7Y R; 3EGD A; 4KUL A; 5GAM g; 4IIO A; 4PKC C; 5IT9 E; 2ABL A; 2YUO A; 2LP5 A; 1QLY A; 4LD6 A; 1AEY A; 3MEA A; 4JDS A; 4E7S A; 5KCH A; 2DFU A; 3HRT A; 3L2V A; 1R77 A; 1KC8 C; 1UGQ B; 1ABQ A; 1V1C A; 4OF1 A; 4EMK C; 3BY7 A; 5IH2 A; 2JM9 A; 2D1X A; 1I81 A; 2ED0 A; 3M4G A; 5LJ5 f; 2DMO A; 2YHT A; 2EW3 A; 1QVG P; 1ZUK A; 3KBG A; 2DEU A; 2RQR A; 1YFN A; 2J06 A; 3MCA B; 4C5G A; 2O31 A; 2ROT A; 2JNG A; 3CCM A; 3RMS A; 1GCP A; 5I2S A; 1IRE B; 2ZPI B; 4K11 A; 1NPP A; 2MF2 A; 4M78 G; 4EIK A; 4OB2 B; 2DZ9 A; 4N4G A; 1E7O A; 1OZ2 A; 1YCS B; 1KSW A; 4D8K A; 3CCU T; 1ARK A; 3E9G A; 4FU6 A; 4EPC A; 3J80 E; 1MMG A; 4C8Q A; 5KYU B; 1WDX A; 1VQP T; 2IPO B; 3VRY A; 2DL3 A; 1WPY A; 2DIG A; 4OB0 B; 2KYM A; 3TVT A; 2AZV A; 3REB B; 5GMK i; 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