The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
b'ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
9
|
| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LC4 A; 2IVW A; 3OSS C; 2LNV A; 2Y4X A; 2Y4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DRK A; 1RAD B; 3I9Q A; 2MF2 A; 1M1F A; 2JM8 A; 4XTZ A; 2NLU A; 5L8R E; 3H41 A; 1KQ2 A; 3OYA A; 4M7A E; 1NYG A; 2JOY A; 2E1H A; 2CZ0 B; 2EYY A; 3GOX A; 5IHI A; 2HKN A; 1OU8 A; 1WQW A; 1AEY A; 2JUF A; 2XU8 A; 3OYY A; 1GXI E; 2CT3 A; 5IT9 E; 4ESR A; 1NM7 A; 1ABO A; 5FU6 B; 3L2R A; 1R77 A; 2EGA A; 1HSQ A; 4RTY A; 1BI3 A; 4M77 B; 2GQI A; 4KUD K; 4IIM A; 3SD4 A; 3JB9 H; 2DTH A; 2EQU A; 2VV5 A; 3M58 A; 3OYG A; 4Z88 A; 3RKX A; 1TU0 B; 1ZLM A; 2YDL A; 3VS2 A; 2WAC A; 3QHS A; 2DJQ A; 8AT1 B; 1UGV A; 4XTY A; 3X20 B; 5D6Y A; 1HJD A; 5FRN A; 2V1Q A; 1PM3 A; 2F69 A; 3QWY A; 1LNX A; 3JCM J; 3G4S A; 2EBP A; 2DK3 A; 1OZ3 A; 1VQ4 A; 1P92 A; 2OI3 A; 3ER0 A; 2DET A; 3GP8 A; 2P84 A; 3R6O A; 1VQ5 T; 3HKS A; 4QQG A; 2VYT A; 3EGD A; 4NL2 A; 2MIO A; 5KYY A; 4L5G A; 1DJ7 B; 4C5H A; 2PUK B; 3OSV A; 2RD1 A; 4CC2 A; 5IXF A; 1WHJ A; 3E2U A; 2ED1 A; 1D09 B; 4J7F A; 2DXB A; 1I8F A; 4XTX A; 1Q7Y R; 4BDZ A; 1I1J A; 5LJ3 g; 3VS3 A; 3OBY A; 2E3H A; 3CCU Q; 2MI6 A; 3C4S A; 2RI5 A; 4E47 A; 1OUL A; 2MWO A; 3V8L A; 4A4K A; 3CC7 Q; 4C8Q B; 5GAN h; 1JQQ A; 4FM4 B; 1IXD A; 3LH5 A; 1UGQ B; 2YT6 A; 2DTI A; 3RES A; 5GAN d; 4R56 A; 4C0Z A; 1VQ7 Q; 1PHT A; 3NTI A; 2OTJ Q; 3CCV Q; 1MMA A; 2F1L A; 1RAE B; 2EWN A; 4F7U G; 5GAN 3; 2YWW A; 2P0K A; 3BDL A; 4LNP A; 1YNZ A; 4FW2 A; 1NJI U; 1CKA A; 1M1K U; 3C95 A; 1Q7Y U; 2DFU A; 2D6F A; 1U06 A; 3TEE A; 3I56 Q; 1NLP C; 1UEB A; 1XQH A; 1X27 A; 3EFR A; 4XAX B; 3L2V A; 1ZSZ A; 4DBF A; 1NEG A; 2BZX A; 2W10 A; 3E1S A; 3M0S A; 3HFN A; 2XIC A; 3X26 B; 1T3S A; 2L3P A; 1VQL T; 4E7S A; 2CDT A; 1KK7 A; 4A4E A; 1X75 C; 5FRM A; 4MDW A; 1BKB A; 3FLG A; 1BYM A; 4DQ2 A; 1YCY A; 3GBQ A; 5FWC A; 3DB4 A; 4J9F A; 3M59 A; 3THK A; 1KD1 C; 2DL5 A; 4AFU C; 1K9M U; 2DBK A; 2YXY A; 1JXO A; 1R0C B; 4B9X A; 2CSI A; 4C0F A; 4RTV A; 2CZ6 B; 4X9D A; 5FU7 C; 2ZPB B; 2BZ8 A; 1H3H A; 1CKB A; 5EG2 A; 2DZ9 A; 2CP5 A; 2DD5 A; 3S3N A; 5I11 A; 2ZCF B; 5GAN 4; 4JRI A; 4LXC A; 3MKD A; 2RQT A; 3CPW S; 2K3Y A; 1QVG P; 2LDM A; 2EQM A; 2EFI A; 3VKI A; 2XID A; 3V7R A; 4M77 E; 3LWH A; 3LX7 A; 3T9N A; 1EFN A; 1U5S A; 3QWX X; 4FYV B; 4FCY A; 2JVV A; 4EMG A; 3CCS T; 4M7A G; 1OV3 A; 4OB3 B; 2OJ2 A; 2AKL A; 4RMO A; 4QQ6 A; 2B8A A; 2L5Q A; 5KCH A; 3JCM e; 1W4S A; 2K57 A; 3L1A A; 5KYU A; 1C6V X; 1K9M R; 3CXC S; 1VQ7 A; 2AT1 B; 2E65 A; 1Q95 G; 2K9G A; 4J6Y A; 4PLL A; 4QVZ A; 3CCL Q; 3OYI A; 4M7A D; 2M0O A; 1W70 A; 2A36 A; 3JCM W; 3OMG A; 3NTH A; 1KQS P; 1OI1 A; 2RK2 A; 2J05 A; 4K11 A; 3CME T; 1UUE A; 2RJC A; 4L6V 5; 3HRT A; 4XTW A; 2C0O A; 1LJO A; 4MMK A; 2DAQ A; 3WVD B; 2FG0 A; 2DMO A; 1NZ9 A; 2NUT B; 4OGE A; 1FYN A; 1SRL A; 4OF1 A; 4KT0 E; 2ECZ A; 4KH1 B; 3CD6 T; 2FHD A; 5GAN 5; 1WXB A; 3GIB A; 2BKD N; 1VIE A; 3SFM A; 5GAN 6; 5GAM f; 4PJJ A; 3ASK A; 1WIE A; 2MCN A; 4LDY A; 2J7I A; 2KY9 A; 5KYX A; 2WSF E; 1AVZ C; 5DLQ E; 2ZPH B; 2X35 A; 4J6X A; 4M77 C; 4E7I A; 1M90 C; 5LJ3 h; 1M1K C; 2DE0 X; 3M54 A; 3QJ6 A; 1TS9 A; 2VXF A; 4NOY A; 1M2V A; 2HQH A; 3WVE B; 5KYW A; 4OMO A; 3HRU A; 2O4X B; 3MP8 A; 1WHK A; 4DBQ A; 1IHW A; 3VV0 A; 3IQL A; 1LVK A; 2EJF A; 3CC7 A; 2CYZ B; 2H8H A; 4BB7 A; 1E6H A; 4AFS C; 4D8K A; 1JB0 E; 1G3T A; 2LRQ A; 2LQN A; 4A4G A; 1UE9 A; 2K6D A; 1VQP Q; 3KBG A; 1YJW Q; 3SHW A; 1VYU A; 2XKO C; 3PMT A; 1D3B A; 1I4K 1; 3OW2 P; 3CPF A; 4BD3 A; 3Q1J A; 3JCM g; 3CMA T; 1RAB B; 5I2M A; 1MGQ A; 3R6N A; 4R55 A; 3L2U A; 3RKY A; 4IKF A; 4M75 F; 4AG2 C; 2A7Y A; 3G1J A; 1YWO A; 3OB9 A; 1BCO A; 2FPF A; 3RMQ A; 3AHU A; 1N8R U; 3UPU A; 1SF9 A; 4MZM A; 2MPX C; 2JXB A; 1M3A A; 3CC4 A; 2XDB A; 1TXQ A; 2OTL A; 2AZV A; 1HD3 A; 2O31 A; 2C06 A; 2ABL A; 2EJ9 A; 1JJ2 P; 4ELY C; 1RAC B; 2RQR A; 4N4I A; 4UC4 A; 5GAO n; 1ABQ A; 3H0H A; 1Z9Q A; 2QQ9 A; 4J7I A; 1KFZ A; 4FYY B; 1PD1 A; 4HT8 A; 2ROT A; 3FB9 A; 3PIP A; 3S6W A; 1B07 A; 4D8D A; 3OMC A; 6AT1 B; 1D1C A; 3U23 A; 1N8R R; 1GCQ C; 1ZHI A; 2E10 A; 2QEX Q; 2KI7 A; 2YLB A; 2DNU A; 5LJ3 d; 1AWO A; 2ZGW A; 5D6X A; 1W2B S; 3MEU A; 1QVF S; 4FSX A; 2Y4X A; 4J9B A; 2E3I A; 4F14 A; 4F04 B; 2ZPF B; 1TOV A; 3LH0 A; 3TSZ A; 1RAI B; 2QYZ A; 4BI3 A; 4BE0 A; 3JCM d; 2RHI A; 2I2L A; 2DO3 A; 4LDX A; 2CP3 A; 1SSH A; 1BBZ A; 1WJS A; 2RF0 A; 4YTL A; 4F17 A; 2JTF A; 2DEQ A; 2RI2 A; 3M0U A; 2YUN A; 3OA6 A; 4M77 D; 3J7A F; 1YJN A; 2V26 A; 3TCJ A; 2RPN A; 1XNI A; 2EQI A; 3M0Q A; 2CP7 A; 2QXF A; 4HT9 A; 2QG9 B; 1YIJ A; 2V1R A; 1GBR A; 1FMK A; 3J81 E; 3JCM b; 1AT1 B; 1N9R A; 3X28 B; 1QVF P; 4XU1 A; 2PQW A; 3OS2 A; 2EW3 A; 3CCV T; 2DLP A; 1RLQ C; 3O8V A; 1VQ7 T; 1T3L A; 1B3Q A; 1D3B B; 1IZ6 A; 2FRY A; 1KHI A; 3MO8 A; 2CS7 A; 2K5L A; 1AZE A; 1H92 A; 4IUT A; 2QDL A; 1Q86 U; 3X24 B; 1XJW B; 4X1V A; 1SG5 A; 5CO7 A; 4ZNX A; 5GAM e; 7AT1 B; 1YJ9 A; 1K0S A; 2DM1 A; 3CQT A; 1OOT A; 2QQS A; 3NPF A; 1VQ9 Q; 5KH6 A; 2GGR A; 2GTO A; 2KT1 A; 1PNJ A; 4M77 G; 2H3E B; 3CCJ A; 4HCZ A; 5CKH A; 1WFW A; 1M2V B; 2D8J A; 2DRM A; 2J6O A; 2WSC E; 4M75 G; 1WLP B; 1YI2 T; 4LE9 A; 4C5I A; 2VGM A; 2CZ1 B; 1W1F A; 3EFO A; 2LQK A; 4J9H A; 1OZ2 A; 1O9S A; 2DZC A; 4PNO A; 5GAM j; 2FB7 A; 1KD1 R; 2H3J A; 4O5V A; 3EGX B; 2K5I A; 3CCR Q; 4FT2 A; 4AMC A; 4M75 B; 1PC0 A; 4M7D D; 1H64 1; 2A37 A; 1BI0 A; 1OX8 A; 1EIF A; 2LJ3 A; 1YJW A; 1PCX A; 4JPB W; 3RBB B; 2ESW A; 2YUP A; 2RQW A; 2K2V A; 5A0D A; 1M9S A; 1Q82 R; 1PSE A; 3HL8 A; 4PJO C; 1SRM A; 1KSW A; 3HSB A; 3FJ5 A; 2E5Q A; 3EFS A; 3MPU B; 4M7D C; 2LX7 A; 1HXD A; 1D1B A; 3PMI A; 4JRP A; 1JO8 A; 3RER A; 2L3S A; 1MMD A; 1AWJ A; 1PRM C; 1YHQ A; 1ZA2 B; 2WSE E; 2DIG A; 5LJ5 e; 1S72 A; 1Y96 B; 1QWF A; 3URG A; 4BUG A; 4F7U B; 3VU3 C; 4XTV A; 1K9A A; 4FYW B; 1C0M A; 5KYW B; 2DJZ A; 2JT4 A; 5CVI A; 1Y71 A; 3PVL A; 1YIJ Q; 1NPP A; 1IRX A; 1RI9 A; 2BUD A; 2EYQ A; 4N0A A; 2PZ1 A; 4IUR A; 2YSQ A; 1SHF A; 2JTM A; 4OMM A; 4WCI A; 3BW1 A; 3E9F A; 3OS1 A; 1BB9 A; 2SRC A; 2LJ1 A; 4JZ4 A; 4KRT A; 5KCO A; 3EG9 B; 3QSU A; 5GMK l; 3OS0 A; 1I07 A; 4F16 A; 1N27 A; 2DF6 A; 2EYZ A; 4C8Q D; 3NTK A; 1XOV A; 2CKK A; 9ATC B; 2QDY B; 2LTO A; 1RAG B; 4RG2 A; 2HZY A; 3M9Q A; 3QG1 A; 3M0R A; 1M2O A; 2MMP A; 4ZGJ B; 4TVR A; 4BI8 B; 2YRC A; 4HVU A; 4M7D G; 2DBM A; 2BTT A; 2DTO A; 3VUB A; 3LLR A; 1X6G A; 3SDZ A; 3CD6 Q; 1R0B G; 1VQM A; 1IO6 A; 3HPW A; 4C8Q C; 5GMK m; 2XD0 A; 3CCQ A; 1PKS A; 5A0L A; 4JRQ A; 4RUG A; 1VQO T; 1K73 R; 4E7J A; 4RTX A; 2MK5 A; 4HVW A; 1YN8 A; 1Q81 C; 5FU6 C; 1BCM A; 1SSF A; 1RL2 A; 1AZG B; 4JZ3 A; 2L2P A; 1ZA1 B; 3CME Q; 1BI1 A; 1YHQ T; 2EGE A; 2HSP A; 2X4Y A; 3VS1 A; 3RUX A; 3TQ7 P; 4N0A C; 3CCL T; 2KRM A; 1LPL A; 4DEY A; 3FC3 A; 2DVJ A; 1VIF A; 4A4F A; 2BE9 B; 4C0D C; 1UHF A; 2LCL A; 2GFA A; 4AFQ C; 2PVO B; 2X4J A; 3EG0 A; 2HBW A; 3LGF A; 4M75 E; 2DA9 A; 2ZPG B; 4BE2 A; 3CCU A; 1M5Q 1; 1GCQ A; 4VUB A; 4IIO A; 2L8D A; 3RNJ A; 2CP2 A; 1D1A A; 3GNF B; 5D7U A; 2FVU A; 2KDS A; 4MZP A; 3CCS Q; 3HHT B; 1AWW A; 5DLO A; 2XK0 A; 1WYX A; 3GLX A; 4C8Q F; 5FU7 B; 1G2B A; 5CKF A; 1IB8 A; 4M4Z A; 2QAS A; 3REA B; 4JJN K; 5CIU A; 3FDR A; 4AT1 B; 2DYI A; 3DLL A; 4OMF B; 3ZFJ A; 1IGQ A; 3V7C A; 1V1C A; 3G71 Q; 4DOV A; 4FYX B; 2QQB A; 2LMJ A; 3H0I A; 2V8J A; 3OYN A; 1LOJ A; 4M75 A; 5KYX B; 4RG8 A; 3M53 A; 2E6N A; 1JEG A; 2CUD A; 3RIR A; 4B9W A; 4IUU A; 4PK4 A; 2QQR A; 1SEM A; 4OMQ A; 4PLI A; 1HK9 A; 4M77 A; 2RB6 A; 2GBQ A; 1VQL Q; 2XDP A; 5CQY A; 4N4H A; 4QT7 A; 2K4Y A; 4C92 F; 5IHK A; 1YJ9 T; 3BE3 A; 1QCN A; 2HMA A; 1J3T A; 2MYS A; 4A63 B; 1KQS S; 4CC3 A; 3F70 A; 4ZN3 A; 3I56 T; 1JRI A; 3ME9 A; 1VQ6 T; 2GCX A; 1E7O A; 2RMO A; 5C6S A; 1UGS B; 2JW4 A; 2PNI A; 3UF4 A; 1TG0 A; 3VYH B; 1UFF A; 2O9V A; 3PTA A; 1X43 A; 2NUP A; 1I5O B; 5DM7 R; 2I0N A; 1YHQ Q; 3CCE T; 2OTJ T; 2YLC A; 5FWB A; 1TUG B; 2GF7 A; 4DBH A; 3G7Z A; 4WTO B; 3I5S A; 3HP9 A; 4M78 F; 3MHX A; 1RAA B; 1VQO Q; 5GAN j; 2DD4 A; 3CMA A; 1WHL A; 2EGC A; 5A0G A; 5J39 A; 1WJQ A; 2RJD A; 2VAS A; 2K79 A; 5AT1 B; 2ROL A; 5IXB A; 1YJN T; 5ECA A; 2PUO B; 1ARK A; 4L59 A; 3V7S A; 3HTR A; 5GAN e; 4DA4 A; 3CPW P; 1VQN Q; 3TU4 K; 3UAT A; 2FO0 A; 2LNH B; 3PVQ A; 1K1Z A; 1WI7 A; 3FIF A; 3EGX A; 5I22 A; 4OB0 B; 1GRI A; 2MAM A; 4WF2 A; 4HVV A; 2YUO A; 2P4T A; 3EH1 A; 3OYM A; 3JCM c; 1OPL A; 4E7H A; 1YIT Q; 1K9M C; 1IRE B; 3H0F A; 2A0F B; 4DEX A; 1W2B A; 2M9U A; 1QVF A; 1OQK A; 3DB3 A; 4J9E A; 3JV3 A; 1ZQ1 A; 3CCE A; 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1O75 A; 3UDC A; 4E7K A; 1VQ9 T; 2LP5 A; 2EQK A; 1YJN Q; 2FPD A; 3M57 A; 1GFC A; 3P8D A; 1VQO A; 3BDU A; 2OAU A; 3M0P A; 3G71 A; 3CD6 A; 2C0T A; 2QTX A; 1UB4 A; 5I21 A; 3G6E Q; 4OMN A; 4Y28 E; 4LDU A; 5HK0 A; 3EGU A; 1ACM B; 1I81 A; 2LVM A; 3FEO A; 4OMP A; 4PKC C; 1X2K A; 2GNC A; 1BIB A; 3LYI A; 3A8M B; 2M51 A; 2QGG A; 5A2Q E; 1KC8 C; 2M0Y A; 5IN1 A; 1PKT A; 1RUW A; 2X3X D; 2EYW A; 2L3Q A; 1C1A A; 1I0C A; 1VQ8 A; 1RAF B; 2EYX A; 3MP6 A; 1OEB A; 5LJ5 g; 4PJO B; 3MEW A; 3VS7 A; 2AKK A; 4GY5 A; 3HFO A; 3CCQ T; 2VGN A; 4GBQ A; 2OTL Q; 1VQM T; 2E5K A; 3LGL A; 1A0N B; 5IAY A; 4KH0 B; 4PFZ A; 5GAN 7; 2KYM A; 4PL6 A; 5IHN A; 1X01 A; 3L2Z A; 1ZUY A; 1WXT A; 4QW2 A; 2DVE A; 3NMZ C; 2NUP B; 2O88 A; 1JBM A; 3GF5 A; 1VQ4 Q; 3UA6 A; 2HL3 A; 2LT1 A; 1AD5 A; 3G71 T; 1K8A C; 4M7D F; 3OW2 A; 1VQ8 T; 3SWN A; 4CC7 A; 2O2O A; 2QEX T; 1S72 T; 5CR2 A; 2G6F X; 4V2S A; 2DIL A; 2MOX A; 3JCM P; 2NWM A; 4QVD A; 1B7T A; 3AT1 B; 5GAO l; 4PJO G; 4ZTJ A; 3OSS C; 4C92 C; 2JJ9 A; 2DEU A; 2YRD A; 2JTE A; 4RTW A; 2BE7 D; 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