The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
|
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y4Y A; 2LNV A; 2IVW A; 2LC4 A; 3OSS C; 2Y4X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KQW A; 4M78 C; 3EFS A; 3GP8 A; 1D0X A; 2QQR A; 1WHM A; 3HRU A; 2RNA A; 1EFN A; 2D9T A; 1N9R A; 2X4J A; 1VQM A; 2QGF B; 3JCM V; 5M9O A; 4OF1 A; 4C92 G; 2CYZ B; 3CXC A; 1FX7 A; 4M78 G; 4M77 B; 3EG2 A; 1VQL Q; 2RQV A; 2RA2 A; 2LX9 A; 3A98 A; 1MGQ A; 1Y0M A; 2O9V A; 2O4X A; 1FMV A; 2FPF A; 4UC4 A; 1B34 A; 1WIE A; 5GAO q; 1C0M A; 1N9S A; 2QDY B; 4P5N A; 2XIC A; 2GF7 A; 3NHN A; 3EGX A; 3OYB A; 1CKA A; 3X28 B; 4FYY B; 4C8Q D; 3A5Z B; 1QVF A; 3OMC A; 1YWO A; 3CCQ Q; 4JJB A; 3QZ9 B; 1W1F A; 5CAI A; 1KC8 U; 3JB9 D; 2RHZ A; 3G4S A; 4ELZ C; 1QKW A; 2NWM A; 2OTJ A; 2X51 A; 4FU6 A; 2RHX A; 3LLR A; 2M0O A; 2KBT A; 2GNC A; 4J6Y A; 1UTI A; 3OYA A; 1YJ9 A; 2LNV A; 3LGF A; 3C12 A; 1VQ4 T; 2CP3 A; 1TXQ A; 3CCV T; 1KQS S; 5FRN A; 1G5V A; 1ZSZ B; 2P0K A; 2DTI A; 2RJE A; 3NTI A; 2CRE A; 1F1B B; 1MHN A; 2FPD A; 2QK0 A; 1D1B A; 4DQ2 A; 3OYJ A; 4XK8 E; 3H6Z A; 1VQP Q; 4J9G A; 1YIT A; 2YSQ A; 4C8Q C; 3EGD B; 2PUK B; 1U5S A; 2WSC E; 4M77 F; 1UJ0 A; 4LUD A; 5GAN e; 1RI9 A; 4DEX A; 2LQ8 A; 1QKX A; 4OGE A; 1GCQ C; 3V8L A; 5IHI A; 1LPL A; 4O6J A; 1MMD A; 4ESR A; 4FL6 A; 2KEA A; 3TSZ A; 1NEB A; 3CCS Q; 1W2B A; 1UUE A; 2EVR A; 2DXU A; 3DB3 A; 4J7I A; 1BKB A; 1VQ8 Q; 5HKC A; 5GAO m; 4ME7 A; 5GAO p; 2K3B A; 3FIF A; 3SHW A; 2QA4 T; 3CCM Q; 4F7U E; 4CC4 B; 1S72 Q; 5D6W A; 1TU0 B; 3S6W A; 1Q82 C; 2GTJ A; 3I56 Q; 1FMK A; 2RI2 A; 3MP1 A; 5KYU A; 1JXO A; 1KQS A; 1B7T A; 1X01 A; 2EJG A; 1O9S A; 4JRP A; 2HBW A; 2GTO A; 2W10 A; 3EG0 A; 3L2Q A; 1WJR A; 2HDA A; 2DRK A; 2YXY A; 3M56 A; 2Y90 A; 1YI2 Q; 1ZUK A; 3N5B B; 5KCO A; 2CP5 A; 1PRL C; 1N8R C; 2DXC A; 3REB B; 1VQ9 T; 4KUD K; 4C8Q A; 1BU1 A; 3M54 A; 3ZFJ A; 2H3E B; 4XTW A; 2RN8 A; 5J26 A; 1VQ5 A; 4CC3 A; 1G3W A; 5I11 A; 2DNU A; 1GCQ A; 3QUI A; 4M7D B; 2HL5 C; 2DXB A; 2QQS A; 1WHJ A; 2VGM A; 4JJD A; 3OYL A; 1YJW T; 1X6G A; 4R55 A; 1JJ2 P; 2DJQ A; 2BZ8 A; 4RCC A; 3VUB A; 1UDL A; 4A53 A; 4F7U G; 4CC7 A; 1M1K U; 4LDW A; 3SEM A; 3KXT A; 2WSE E; 8ATC B; 2GBQ A; 2J6F A; 1PC0 A; 1NYG A; 2H3J A; 3OYE A; 4HT8 A; 2OAU A; 2BKD N; 2COY A; 2WSF E; 4LXC A; 2CDT A; 4BE2 A; 5FW9 A; 2VUB A; 4IUR A; 1M8V A; 3GBQ A; 4BE0 A; 3OW2 S; 3G7Z A; 2XID A; 5J3B A; 2A3L A; 2J06 A; 3NPF A; 1NYF A; 3ULR B; 2CS7 A; 1AWO A; 1VQ7 A; 2FRY A; 2OTJ Q; 2DIG A; 2VV5 A; 1LNX A; 5HY6 A; 2DEQ A; 2NUP B; 2D0N A; 4BI4 A; 3G6E A; 1UE9 A; 2KE9 A; 1VQL T; 3GNF B; 5IXF A; 3S3M A; 3DLM A; 2L8D A; 5FU7 B; 4E7J A; 4HCK A; 1K8A C; 4OMN A; 3H0H A; 2HSP A; 2CSI A; 1QVG P; 4XTY A; 1YBY A; 5GAN 3; 2KGT A; 2MYS A; 2K5L A; 5CIU A; 1CSK A; 1Q81 R; 3OYN A; 1YIJ A; 5CKF A; 4DBQ A; 4KH1 B; 1KQ1 A; 3RKY A; 4PJO B; 4JUV A; 3CCQ T; 3CMA Q; 2JUF A; 4A4K A; 1BK2 A; 3CC7 A; 3X25 B; 3H0I A; 5LJ3 d; 4M7D F; 4F17 A; 4DOV A; 1ACM B; 2SEM A; 4RTV A; 1I5O B; 1SEM A; 2XHC A; 2ZAE A; 5A0L A; 1WLP B; 1WYX A; 2KAF A; 4ZTF A; 2KDS A; 3OYK A; 3LWH A; 1XQH A; 1BCM A; 2XU8 A; 4JRQ A; 3UDC A; 3UA7 A; 2DJZ A; 3KFV A; 2EYY A; 4EIK A; 5GAM g; 3CME A; 1K73 R; 2DL3 A; 3OS1 A; 3QPH A; 1TS9 A; 2LDM A; 4Y92 A; 3O8V A; 3M0S A; 2RK2 A; 1VQP T; 3RES A; 4C5G A; 4E7H A; 2HD0 A; 4OP0 A; 3L2U A; 1E6G A; 2RQW A; 5CR2 A; 3EH2 A; 2CZ0 B; 4RG8 A; 2QTX A; 4FM4 B; 5A0G A; 3CCS T; 4LN2 A; 3RIR A; 2QYZ A; 4M4Z A; 3P8D A; 3DLL A; 3C4S A; 1K9M R; 2HEQ A; 3H0F A; 3JRZ A; 1UGS B; 5CQX A; 1VQ5 Q; 2RQT A; 1A0N B; 1XNI A; 2CUD A; 3L2R A; 3CCM T; 3FJP A; 3CCE T; 4PNO A; 4PJO F; 1S72 T; 1XOV A; 3OYH A; 3HSB A; 4J7F A; 5DY9 A; 1NLP C; 3I56 T; 2RO0 A; 2QXF A; 2KR3 A; 3E9F A; 2E3I A; 3QG1 A; 3OB9 A; 1PG5 B; 4E7K A; 3CD6 Q; 3EH1 A; 1AVZ C; 2ED1 A; 1WHH A; 1SKU B; 4PK4 A; 2FO0 A; 3UT1 A; 3ASK A; 4AG1 C; 5KE2 A; 1YI2 T; 4JS5 A; 3JCM d; 4C92 B; 4M75 B; 2BZY A; 4JJC A; 2CZ7 B; 1K76 A; 1NPR A; 5KCH A; 5GAM d; 2DVE A; 2F5K A; 5I22 A; 3C95 A; 3V7C A; 1G3T A; 2EQU A; 3M0T A; 3H9N A; 2VXF A; 3R6O A; 4C5I A; 4J9H A; 1VQ7 Q; 1M1G A; 1OU8 A; 4D6W A; 1I1J A; 3NMZ C; 2MI6 A; 4MML A; 2HKQ B; 2M02 A; 2QQB A; 2G6F X; 2ABL A; 3RDV A; 1IXD A; 4JLI A; 3ZL7 C; 5DLO A; 3FRN A; 2IIM A; 1QCN A; 2K7A A; 3EFR A; 3PFS A; 1UFF A; 2R5A A; 3RR6 A; 5IHN A; 3OY9 A; 3VS3 A; 2KSS A; 4AFZ C; 3MCA B; 3SDZ A; 3BW1 A; 1W4S A; 2ZPE B; 2ZCF B; 2ECZ A; 1H3Z A; 1JU5 C; 2OI3 A; 5ECA A; 2RQR A; 2NLU A; 2LP5 A; 4AT1 B; 4MZM A; 4XU0 A; 4PFZ A; 3UF4 A; 1T3S A; 4F14 A; 2ZGW A; 1M3B A; 3QXE B; 1SHG A; 3MPU B; 2OAW A; 3CQT A; 1UHC A; 4BI8 B; 2JM8 A; 1AT1 B; 4FT4 A; 2KRS A; 2VWF A; 8AT1 B; 1WJS A; 2FG0 A; 2O2O A; 1QQJ A; 3EG9 B; 4DEY A; 2RB6 A; 3JCM b; 1JQQ A; 2QQA A; 3CCL A; 4NS5 A; 1I4K 1; 1VQO A; 4C92 F; 4M75 F; 4DBF A; 2F2V A; 2ENM A; 5CKD A; 4M78 F; 2E12 A; 1TWB A; 2X4Y A; 1M8M A; 4RTX A; 1AZG B; 4ATO A; 4PFO A; 4LD6 A; 3OYF A; 3QJY A; 3CMA T; 1WXB A; 3BE3 A; 2DAQ A; 2CGH A; 3OW2 P; 2VGN A; 4M7A D; 2KYM A; 1VQN T; 3PE0 A; 1V76 A; 4OMQ A; 1WZO A; 2D8J A; 2E5K A; 3A1P A; 1R0C B; 3SWN B; 1GBR A; 1R8O B; 4OMO A; 3VS6 A; 4XU1 A; 4LDY A; 4WTO B; 2RK1 A; 2P4T A; 2K9G A; 2K2V A; 2V8K A; 4IKF A; 2LCL A; 2PTK A; 2LX7 A; 2E10 A; 1OPL A; 2RPN A; 4D8K A; 1OX9 A; 3RER A; 2XKO C; 2L3R A; 3EHQ A; 4LUE A; 1XJW B; 4OML A; 3RMS A; 2QDL A; 3CC2 T; 2MPX C; 4M78 E; 3VS1 A; 1K0S A; 2DER A; 2NUZ A; 2R58 A; 4MMK A; 1ZLM A; 2BUD A; 2DL8 A; 1AWX A; 4M7A C; 1R0B G; 2QAS A; 4II1 A; 1P92 A; 4FCY A; 4FW1 A; 5KYW B; 1Q82 R; 4EMK B; 1WXT A; 3LX7 A; 1VQ5 T; 4PJO A; 1R77 A; 2H8H A; 3PVQ A; 2XDD A; 3CCJ T; 2CP0 A; 2HZY A; 5IAY A; 4E6R A; 4F7U B; 1IRX A; 2IPO B; 5CO7 A; 4E2F B; 4BY6 C; 5GAM j; 2KYB A; 5LJ3 f; 2BTT A; 1I8F A; 1OU9 A; 1JJ2 A; 6AT1 B; 1N8R R; 3CD6 T; 3J7A F; 3VYH B; 2RJF A; 1ZUY A; 9ATC B; 2EGA A; 4D8D A; 5IHK A; 2HQE A; 4LE9 A; 2XDB A; 2PQW A; 2YUO A; 4R56 A; 1HSQ A; 4OB1 B; 5HK3 A; 1T0J A; 1HYO A; 4PFP A; 3V8J A; 3VRY A; 1NG2 A; 1D3B B; 1WFW A; 3MP8 A; 3HHT B; 5HCK A; 3G71 A; 1UHF A; 2DD4 A; 4AMC A; 3CC4 A; 2V1Q A; 2EYZ A; 5LJ5 d; 3EHR A; 1BIB A; 5GAN 6; 2V8I A; 4M7A A; 2OTL T; 4MZP A; 4KBM B; 4NL3 A; 2XK0 A; 4L5G A; 5LL6 S; 3CCL Q; 2HMA A; 1OPK A; 1Q7Y C; 3JB9 J; 3I55 A; 1QW1 A; 1VQO Q; 1HK9 A; 3CCR A; 2RQU A; 1QVG A; 1YCY A; 2HAX A; 2RD1 A; 1E6H A; 4QVC A; 4KUL A; 3P8B B; 3HKS A; 1QWF A; 3M9Q A; 2NYS A; 3BFM A; 1NLO C; 3EG1 A; 1VQK A; 2D0Q B; 2KVQ G; 1ZUU A; 4F7U F; 1IB8 A; 1M5Q 1; 2LT1 A; 2GFA A; 2KRM A; 2MF2 A; 3NTK A; 1VQ6 A; 1NJI U; 3S3N A; 1K8A R; 2ZPH B; 3MEA A; 1AD5 A; 3JCM P; 2EGC A; 2A36 A; 2JJ9 A; 1MMN A; 4M75 A; 3PNW C; 2CH4 W; 2EAY A; 3EGU A; 3JCM f; 3QYH B; 2DMO A; 5GAN 5; 5KYX B; 3EFO A; 2ZPG B; 2E3H A; 5GAM f; 3QO3 A; 2LQN A; 4XAX B; 1KC8 C; 2AT1 B; 1BI3 A; 2DE0 X; 4F16 A; 4C8Q G; 1U06 A; 1I07 A; 3KUF A; 4PJN A; 3OYD A; 1NM7 A; 1OOT A; 3M55 A; 1FYN A; 1EIF A; 4X9D A; 5FU6 C; 3JB9 G; 2CT4 A; 1RAG B; 5GMK l; 1KJW A; 5C0M A; 2BE7 D; 2JVV A; 1Q86 U; 2AZV A; 1YHQ A; 1YJN T; 3HFO A; 2AK5 A; 2DXT A; 5GAO r; 1AEY A; 2AHJ B; 5EC7 A; 4TVR A; 2IVW A; 2K6D A; 4ZN3 A; 2JTE A; 4Z89 A; 3RBB B; 1YN8 A; 2Y4X A; 1HXD A; 1JB0 E; 4HA8 A; 3PIO A; 5IH2 A; 3QKJ A; 3M0U A; 1M4Z A; 3QDF A; 1H8K A; 1X6B A; 5GAN 2; 1M27 C; 2DBK A; 3TEE A; 1AOJ A; 2D8H A; 3L2Z A; 1VQM Q; 2X4W A; 1PSF A; 1MMG A; 1PHT A; 2ZPF B; 4Z88 A; 3OYY A; 3CBO A; 2JMC A; 5LJ3 g; 1M1F A; 4WCI A; 3JSC A; 3CCU T; 3DB4 A; 3IQL A; 2DIL A; 4M77 D; 2QEX T; 1K1Z A; 1N6A A; 3Q1J A; 1TH7 A; 3HRT A; 3UPU A; 1UGQ B; 2LCC A; 1NPP A; 3OA6 A; 2J6K A; 1T3L A; 1SRL A; 1RAC B; 4J9D A; 2LCS A; 1AWJ A; 1RAF B; 1LCK A; 3CCR Q; 3SWN A; 2EJ9 A; 1RAE B; 2FPE A; 2E5Q A; 5CCA A; 5I2M A; 1QLY A; 2LJ3 A; 1RAD B; 4PKC C; 1N5Z A; 1VQK Q; 3G4S Q; 1ZBJ A; 2RHU A; 1NBE B; 2F2W A; 2YLB A; 4AFU C; 1LVK A; 1C6V X; 1UEB A; 2VYT A; 2PVD B; 3PMT A; 1VQ6 Q; 1YJ9 Q; 4M77 C; 4OB2 B; 1E7O A; 4J9E A; 1M1K C; 2EIF A; 3PMI A; 1Y96 B; 5DM7 R; 2K3Y A; 2P4R A; 3PGG A; 3H41 A; 4LD9 K; 3M57 A; 3PT9 A; 2B86 A; 1VQO T; 3LYI A; 1M2V B; 1YIT Q; 1G3Y A; 4EMG A; 5KYW A; 4ZN1 A; 2EBP A; 1MNE A; 3L2V A; 2HNI A; 4F04 B; 5A0D A; 4X1V A; 4KRT A; 4C0D B; 4GLK A; 3CBP A; 2AIR B; 2DO3 A; 1H64 1; 5CQY A; 1WPY A; 1M3A A; 3FB9 A; 1VYU A; 1KSW A; 1KHI A; 4XU3 A; 3OYC A; 3JCM g; 3OW2 A; 4HT9 A; 2QQ9 A; 2DZ9 A; 1WDX A; 2HQH A; 1SHF A; 4PJM A; 2RJC A; 3MHX A; 1PRM C; 3D7S B; 1VQ4 A; 3CCV A; 1ZSZ C; 3VKI A; 4FT2 A; 2ROT A; 4FYX B; 4DBH A; 5GAO n; 2EGE A; 2JW4 A; 2EWN A; 3EAE A; 1D3B A; 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2NUT B; 3TQ7 P; 1YIJ Q; 4AG2 C; 5J39 A; 1S1N A; 3HPW A; 3LH0 A; 4MZT A; 3CC7 Q; 1TOV A; 4PJO D; 1VYV A; 1YFN A; 2RF0 A; 1K73 U; 3G4S T; 5AYF A; 1FXX A; 2F1L A; 2LQW A; 2OTJ T; 3JCM h; 1HJD A; 1JRI A; 3QDR B; 5GAM h; 5GAN d; 1VQ6 T; 2EQM A; 1Q7Y R; 1YJ9 T; 2CUB A; 5LJ3 j; 1WHK A; 1QMC A; 3CME Q; 4N0A A; 1CKB A; 1VQL A; 2COZ A; 1VIE A; 1ZQ1 A; 3QJ6 A; 3QHS A; 4CC2 A; 4QQD A; 2K5I A; 3QBY A; 1VQ4 Q; 5FU7 C; 3CCV Q; 2HBP A; 1YIT T; 2C0I A; 4M7D A; 4C8Q B; 1MUZ A; 1PKS A; 1UEC A; 1K9M U; 2MWO A; 4PJO C; 3MKD A; 2ZPB B; 3CCQ A; 1NEG A; 2RI5 A; 4JDS A; 2YHT A; 3V7R A; 4RCB A; 4RTW A; 4HCC A; 2DET A; 2ZZD A; 5GAO l; 2E4H A; 3INZ A; 1U1S A; 2ATC B; 4XU2 A; 4PJO G; 2COW A; 1PKT A; 5DLQ E; 3JV3 A; 3GLX A; 2P0Q A; 2JN0 A; 2FB7 A; 1OX8 A; 2FEI A; 1IO6 A; 2DYI A; 4PLI A; 4HVU A; 2O31 A; 4Y28 E; 1KC8 R; 3CEY A; 3I35 A; 2ED0 A; 1PWT A; 3MP6 A; 1SRM A; 4IUU A; 5LJ5 g; 4LNP A; 4JPB W; 3RKX A; 2NUP A; 2JOY A; 3HL8 A; 1U8R A; 3LGL A; 3OBY A; 5LJ3 e; 1OI1 A; 4ZGJ B; 2EQK A; 2HKN A; 3M0P A; 5CKH A; 5D6Y A; 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