The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
9
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OSS C; 2IVW A; 2Y4X A; 2LNV A; 2LC4 A; 2Y4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4J5Y A; 2J06 A; 4XU2 A; 2QA4 T; 1D1C A; 2V8I A; 4IIO A; 4JUV A; 3M0U A; 1YCY A; 3OSS C; 4PJN A; 2CP7 A; 3KUF A; 3CC4 T; 1VQO T; 2DXB A; 3OB9 A; 5GMK h; 1ZBX A; 1NEG A; 2CH4 A; 1OV3 A; 4FYX B; 2FHD A; 3RIR A; 2JZ2 A; 1BI0 A; 5GAN 5; 3OW2 A; 2ED0 A; 1FMW A; 2DRK A; 2OJ2 A; 2VV5 A; 2V1Q A; 1RLP C; 3RBB B; 3M55 A; 1N8R C; 1NJI C; 2QTV A; 2CZ6 B; 1IRX A; 1WXU A; 2EW3 A; 1LOJ A; 4E6R A; 2KEA A; 1VQN Q; 4IUT A; 5KYU B; 1VQP T; 1SSH A; 1X2K A; 2G6F X; 2KE9 A; 3EFO A; 1YCS B; 1R0B G; 5CKE A; 4GLK A; 4ZTJ A; 5LJ5 g; 1RAC B; 3E1S A; 3MP6 A; 5CR2 A; 3OBY A; 2CYZ B; 2EPD A; 2YHT A; 3CCE T; 4OB0 B; 2OTJ Q; 2DNU A; 3QO3 A; 4ZGE B; 3SD4 A; 4Q5W A; 5CIU A; 4F04 B; 1YHQ A; 5KYX B; 2X35 A; 1KHI A; 3SFM A; 4JJN K; 2DYB A; 1A0N B; 1B07 A; 1K9A A; 4XU3 A; 2EKH A; 1PD1 A; 1MHN A; 1AHJ B; 2RJF A; 4QVD A; 2KI7 A; 2AK5 A; 1YNZ A; 3RKW A; 4B9W A; 4BI3 A; 2EQK A; 1UHF A; 1QCN A; 1Z9Z A; 2E3I A; 1M27 C; 3TVT A; 2A7Y A; 4C8Q B; 1M90 U; 3QPH A; 3UA7 A; 4J9C A; 4MMK A; 4OMM A; 4NL2 A; 3G6E Q; 1ARK A; 4Y28 E; 2COZ A; 4OB2 B; 1RAG B; 4N0A C; 1SRM A; 1KK7 A; 1QWF A; 2XU8 A; 1Q81 R; 2QAZ A; 1V29 B; 4MZP A; 4CI0 C; 3H8Z A; 1VQN A; 3J81 E; 4CC2 A; 2FPE A; 1JJ2 S; 1X2Q A; 4C92 F; 1E7O A; 4NOY A; 4C92 A; 1S72 Q; 5J3B A; 1YIJ T; 3NPF A; 4LDY A; 5CO7 A; 2K6D A; 3C0C A; 4GLM A; 4EMK B; 1QVG P; 3MP8 A; 1W4S A; 4M7A C; 4AFU C; 4KGV B; 2QQB A; 5GJW B; 2OTJ A; 1QVG A; 2M16 A; 3QKJ A; 4HCK A; 4A54 A; 3OYJ A; 2D0N A; 3FB9 A; 4FYV B; 4JS5 A; 4PK4 A; 2XDP A; 1YJ9 T; 4C8Q D; 4QW2 A; 3C94 A; 1VYU A; 3KXT A; 3GNG A; 4OGE A; 2EBP A; 4ELY C; 1O9S A; 2YRC A; 1W1F A; 5HCK A; 2RPN A; 3CCS Q; 4DBH A; 1RAF B; 2DZC A; 4EMG A; 3CC2 A; 2HBW A; 4HCZ A; 4FSS A; 3VS5 A; 1X69 A; 5CQY A; 5KCO A; 5GAN 6; 4VUB A; 1M3A A; 3S6W A; 4OMF B; 1U06 A; 3PMI A; 3JCM g; 2K2V A; 1YHQ T; 2JVV A; 4KBM B; 2CT4 A; 3O5Z A; 1K73 R; 3NTH A; 5GAO p; 1VYT A; 2BKD N; 4HCB A; 2DIG A; 4C92 G; 1WXB A; 1NYG A; 2BTT A; 2C0T A; 3NTK A; 4M7D B; 1DJ7 B; 4RTX A; 4J83 A; 4IUQ A; 4AG1 C; 1IB8 A; 1W70 A; 4JRK A; 1LNX A; 4MDW A; 2HD0 A; 3M0S A; 3G6E A; 3LH5 A; 4F14 A; 3EFR A; 5IT9 E; 4CC7 A; 2QTX A; 4PJJ A; 5CVI A; 2LTO A; 2DET A; 4F7U F; 1M90 C; 2W0Z A; 4E7H A; 4F7U A; 3VS2 A; 3H41 A; 3L2V A; 1QKX A; 3MCA B; 1JBM A; 3CCV T; 2X51 A; 5LL6 S; 3CPW S; 1S72 A; 3M0Q A; 1P92 A; 2RK2 A; 1X01 A; 2RQR A; 3UA6 A; 2RA2 A; 3OS0 A; 2M0O A; 4XTW A; 2OAW A; 1OX8 A; 2GQV A; 4M7D D; 4M75 F; 3TU4 K; 4M75 A; 4IUV A; 3UAT A; 2PTK A; 3CCS A; 2JJ9 A; 5LJ3 f; 2EYQ A; 5D6Y A; 1Q7Y R; 4F7U G; 1IHW A; 2E5Q A; 1UJY A; 3N5B B; 1SPK A; 3QUI A; 4IIM A; 2CT3 A; 3OW2 S; 5GAN f; 3HSB A; 2BZX A; 3AHU A; 4BAC A; 2PZ1 A; 3DB3 A; 2PUK B; 3CCM Q; 2QXF A; 4FM4 B; 5GMK l; 1JB0 E; 3PTA A; 3I55 A; 3CCJ T; 3MEW A; 2XDB A; 3L2W A; 1ABQ A; 1HYO A; 5IN1 A; 2EGC A; 2K4Y A; 7AT1 B; 2LMJ A; 3M57 A; 1M30 A; 1PC0 A; 4ESR A; 1TTH B; 3EG0 A; 1G3W A; 4M75 G; 2EJG A; 3CQT A; 2PUO B; 2E10 A; 1VQ8 Q; 2GNC A; 1AT1 B; 5FW9 A; 4B6M A; 3OQ5 A; 1I5L A; 3A5Z B; 3OYH A; 4LDU A; 3CBM A; 3M53 A; 1Y96 A; 3OS1 A; 3GIB A; 1K8A R; 1EFN A; 1NLP C; 2GF7 A; 3TRE A; 3CCL Q; 2FZK B; 3REA B; 1R0C B; 1MND A; 4HT8 A; 3UF4 A; 2G3R A; 3EG2 A; 3LW5 E; 3HFN A; 2KT8 A; 2DJQ A; 1Y0M A; 5GAO r; 1TG0 A; 2HQH A; 1Y57 A; 4PFO A; 3PIO A; 4HVU A; 3X24 B; 5EC7 A; 2IIM A; 2KR3 A; 4AFQ C; 3NTI A; 3OMG A; 3JCM X; 1H3Z A; 1YFN A; 1IHV A; 2M51 A; 1VQ4 Q; 1GFD A; 2ZCF B; 1I0C A; 1K1Z A; 2D0Q B; 3JRZ A; 4PLI A; 3PNW C; 1WYX A; 1K9M R; 3E19 A; 1BU1 A; 3CCR T; 3EH2 A; 2MAM A; 2R58 A; 1E6G A; 1R8O B; 5IAY A; 2B8A A; 5GAM j; 2LQ8 A; 1RAE B; 2DYI A; 2RM4 A; 1SHG A; 4IUP A; 2A37 A; 2F5T X; 2CZ0 B; 4D6W A; 1B3Q A; 1N9R A; 1VYV A; 1Y7X A; 2O4X A; 1WJR A; 4ATO A; 4M77 F; 3FEO A; 1UEC A; 2K3B A; 1Q82 R; 4C5G A; 4F16 A; 4R55 A; 2KDS A; 1J3T A; 3OY9 A; 1VQ8 A; 4M7A A; 2DTI A; 4PJO B; 4BI8 B; 1QVG S; 1D0X A; 5GAM e; 4XU0 A; 5J39 A; 3OA6 A; 4AT1 B; 3G71 Q; 1R77 A; 3SDZ A; 2EQU A; 2RO0 A; 4Y92 A; 3H6Z A; 2DL8 A; 3CCL A; 1I8F A; 3BW1 A; 4DOW A; 2OTL Q; 1QP3 A; 2M9U A; 1G3S A; 4FW2 A; 1PSF A; 1QWE A; 3OYN A; 5GAN 8; 5LJ3 d; 5C6S A; 3FJP A; 5GAN 3; 4BY6 B; 4RTY A; 2MMP A; 1VIE A; 2LP5 A; 2WSE E; 1ZHI A; 1K0S A; 3RKX A; 3UDC A; 4HCC A; 1TSF A; 2DLP A; 1D0Y A; 5M9O A; 1NPR A; 5GAN d; 1HSQ A; 1QW1 A; 2GFA A; 1VQ4 A; 4PJL A; 2FZG B; 2ZAE A; 1D0Z A; 2GCX A; 1NE8 A; 2E65 A; 2K57 A; 3V7C A; 2FVU A; 3EH1 A; 3R6N A; 4PJO D; 3PVQ A; 3JCM J; 5HK0 A; 1XNI A; 1QVF A; 1AOJ A; 1WGS A; 2D9T A; 1H64 1; 3RKY A; 4WF2 A; 3JCM Q; 4RUG A; 1FWZ A; 2D8J A; 4QT7 A; 1KD1 U; 3CCM T; 1WJQ A; 1Q86 U; 3JB9 H; 4C92 C; 3ULR B; 2K2M A; 1UUE A; 3I5S A; 2GTO A; 3P8B B; 5GAM h; 3G71 A; 4XTZ A; 1VUB A; 4LXC A; 3LGF A; 2E70 A; 4OMN A; 5CKH A; 1M8V A; 2NUP A; 2OTL A; 2ROL A; 5IHN A; 3OYB A; 2RF0 A; 4J7I A; 5LJ3 g; 5FRO A; 1OZ2 A; 4MDX A; 1QP2 A; 2J6K A; 5FU6 C; 1N8R R; 1ZX6 A; 1NJI R; 3CBO A; 4FW1 A; 2DVE A; 2FRW A; 5KE2 A; 3CCL T; 5GAO q; 2Z0W A; 2FL7 A; 1PG5 B; 1KC8 U; 1MMN A; 4QQ6 A; 5GAN g; 4JLG A; 2DO3 A; 4LDX A; 6AT1 B; 5A2Q E; 3I35 A; 1JXO A; 3OYL A; 4A4G A; 4BE1 A; 4ZN3 A; 4WTO B; 4AMC A; 2FO0 A; 1NZ9 A; 2HDA A; 4RTT A; 1CSK A; 3EG1 A; 2M0Y A; 1CKB A; 2X4X A; 4M7D E; 2K5L A; 2DL5 A; 2F2X A; 2LZ6 B; 2EYZ A; 4JJD A; 2KQW A; 3IQL A; 2ABL A; 2E64 A; 2O2O A; 2ZPB B; 1MV3 A; 2FYK A; 2DD4 A; 4O6J A; 4HVV A; 3QWY A; 3I9Q A; 1OEB A; 2F2V A; 1KD1 C; 1KIK A; 2J7I A; 1TU0 B; 3KBG A; 3TCJ A; 3DLL A; 1Q86 C; 2LCL A; 4ZN1 A; 2HKN A; 2RJE A; 4N4G A; 2CS7 A; 1D3B B; 4M75 C; 5A0G A; 5IXF A; 1QCF A; 2CP0 A; 2E3H A; 3G71 T; 1X6G A; 2AZS A; 2A08 A; 4ANJ A; 3F70 A; 3JB9 I; 1B34 A; 3L2Z A; 5CCA A; 3URG A; 3TEE A; 2L89 A; 2BIV A; 3GPL A; 1VQL Q; 2DXT A; 3M4Y A; 5LJ5 j; 1KC8 C; 1GFC A; 2DZ9 A; 1C0M A; 1BI1 A; 3EGX A; 1PSE A; 3EHR A; 2LRQ A; 2XKO C; 5IXB A; 4E2F B; 3RMS A; 4XAX B; 3UT1 A; 3L1A A; 3C95 A; 2JS2 A; 1N9S A; 2YXY A; 3NHN A; 2QQS A; 1I1J A; 4E7J A; 1YWO A; 5LJ5 e; 3THK A; 1UDL A; 1Y07 A; 4FT4 A; 1MV0 B; 4D8D A; 2CRE A; 1YIT Q; 2DBK A; 1QQJ A; 1VQK Q; 3CC7 T; 4R56 A; 2CUD A; 3EGU A; 1D1A A; 5IHI A; 3OYK A; 1UE9 A; 1NYF A; 2YSQ A; 1BB9 A; 2DF6 A; 2DJZ A; 1TOV A; 2AKL A; 1YI2 Q; 3CC2 Q; 2ZPF B; 2NLU A; 2L3S A; 3CD6 Q; 2L3P A; 2P4R A; 3WVE B; 2ATC B; 4J9I A; 1KQS P; 1TH7 A; 1M90 R; 1BI3 A; 4EDU A; 1ZBJ A; 3I5R A; 5GAO n; 2D8H A; 1KQS A; 1AEY A; 3G1J A; 4AG2 C; 3ME9 A; 1PNJ A; 1RI9 A; 1FMK A; 3CME Q; 3HRS A; 2YRD A; 1UGP B; 2H8H A; 4JPB W; 1M2O A; 2QGG A; 1FX7 A; 3ASK A; 3EGD B; 2O4X B; 4J7F A; 5KCH A; 1VQL A; 1QVF S; 2I2L A; 2RJC A; 4BDZ A; 5C0M A; 4JRQ A; 3H0I A; 4PL6 A; 4RCC A; 4M78 F; 4JS4 A; 4M7A B; 4M78 A; 1KFZ A; 3CCQ Q; 2A0F B; 2VXF A; 4J6W A; 2JN0 A; 2JNG A; 2ECZ A; 1AWX A; 5GAN 4; 2E5K A; 4J8O A; 3H0H A; 2ZZD A; 1UG1 A; 2QQR A; 1WHJ A; 3PMT A; 4F17 A; 2COY A; 2LT4 A; 1YIT A; 5FU7 C; 3CMA Q; 1VQK A; 1M1F A; 1KJW A; 4KUI A; 1M2V B; 2DA9 A; 4E7I A; 1PRL C; 2C0O A; 1PKS A; 2SEM A; 3LGL A; 5I2S A; 1KG1 A; 2HSP A; 1YI2 A; 2DVJ A; 5DLQ E; 3CD6 A; 4PJO E; 4E7K A; 5GAM f; 4M78 G; 3JCM e; 1TWB A; 2QDL A; 1WFW A; 2NYS A; 3M59 A; 5IHK A; 4M7A D; 1MMG A; 1BIA A; 3BDL A; 4OP0 A; 1OI1 A; 1HD3 A; 5KH6 A; 2DPP B; 1LJO A; 2LCS A; 2CUB A; 4LD6 A; 3CME A; 4XQ3 A; 4RTW A; 1VQ6 Q; 2BE9 B; 3I55 Q; 1WHM A; 3JCM b; 1IXD A; 3OYD A; 4OB1 B; 1IZ6 A; 1W2B P; 2QQA A; 4RMO A; 3L42 A; 2RJD A; 2LNV A; 3VUB A; 1IO6 A; 3CCQ A; 3PT9 A; 3P8H A; 1PCX A; 2FZC B; 1UTI A; 4JZ4 A; 2KYB A; 3G4S Q; 2MYS A; 1SRL A; 3HRU A; 2IVW A; 5I21 A; 5HK3 A; 2M1H A; 1VQN T; 2KK4 A; 1K4U S; 2BUD A; 3CMA A; 3VRZ A; 2KY9 A; 4OML A; 1NG2 A; 1H8K A; 3OYC A; 1QMC A; 2X4Y A; 2EWN A; 1F1B B; 4R0K A; 4L5G A; 4BUG A; 2DL3 A; 4A4H A; 3EG3 A; 2J6O A; 2MOX A; 4C0F A; 5DLO A; 2LQN A; 3QZ5 B; 4ZNX A; 1UFF A; 1BBZ A; 3FIF A; 4C5I A; 1YIT T; 1U1T A; 2MIO A; 2RHX A; 2OTJ T; 2F5K A; 2V8K A; 3QYG B; 1VQK T; 3OYY A; 2RHY A; 4IUU A; 2HKQ B; 2EGA A; 1N5Z A; 4ZGJ B; 3WVD B; 1WHG A; 2FB7 A; 2CH4 W; 2R5A A; 2WSF E; 3GOX A; 4L6V 5; 1CKA A; 1AWW A; 5FWB A; 1PM3 A; 2VYT A; 1ZUK A; 1I5O B; 3M56 A; 1VQ7 A; 1NBE B; 2RH2 A; 5GAO l; 3I56 Q; 1YI2 T; 1WX6 A; 2KT1 A; 5EG2 A; 3CC2 T; 5FLX E; 1YN8 A; 1QCO A; 5HKC A; 1G3T A; 5KYW A; 2NUT B; 3QZ9 B; 1JO8 A; 5CAI A; 1VQ6 A; 2GBQ A; 3QJY A; 1SSF A; 1Z9Q A; 2ED1 A; 1XOV A; 4C0D C; 4OGC A; 2ZPE B; 2W10 A; 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1SEM A; 3HHT B; 3SB2 A; 1T0H A; 5AYF A; 2JT4 A; 2KXC A; 1JU5 C; 2AT1 B; 3V7R A; 2BZY A; 1UHC A; 1AZG B; 4IKF A; 2KRN A; 5GAM g; 2QA4 Q; 1WHH A; 4QVC A; 1PHT A; 2YUO A; 4MZT A; 4GY5 A; 3CCU A; 2XMF A; 1UGQ B; 3RNJ A; 3CC4 Q; 2OX7 A; 5KYN A; 1VQO Q; 4EMK A; 2ROT A; 3S3N A; 4JJC A; 3EFS A; 2DER A; 3BDU A; 4M77 G; 4Y91 A; 5A0L A; 3MHX A; 2KGT A; 4HVW A; 4OVA A; 2P0Q A; 4IUR A; 2QG9 B; 3DLM A; 2VB6 A; 2X9H A; 3S3O A; 2VWF A; 3MET A; 3ER0 A; 4C8Q G; 2DM1 A; 4M78 B; 1VQM A; 2KBT A; 1M3C A; 2YUP A; 3VS1 A; 4LDW A; 4FSX A; 1K0X A; 5D6X A; 4C92 B; 3A8L B; 2FPD A; 3C4S A; 2MF2 A; 3INZ A; 5FRN A; 1T0J A; 4PFP A; 1KD1 R; 1Q86 R; 1VQP Q; 4M78 C; 1BK2 A; 1JRI A; 3CEY A; 2VAS A; 3VUZ A; 2OAU A; 5CKF A; 3HL8 A; 4JLI A; 2EIF A; 1OZ3 A; 4M7D F; 1IRE B; 2SRC A; 3V7S A; 3CCE Q; 4M7D A; 3VV0 A; 4ORZ A; 1G83 A; 1MGQ A; 2GTJ A; 2AKK A; 2RHI A; 1JJ2 P; 5FU6 B; 1M4Z A; 3TSW A; 4M7A E; 4HT9 A; 2CP6 A; 2Y4Y A; 4J9D A; 5I11 A; 1VQ8 T; 2HQX A; 2XIC A; 4M78 D; 2RHZ A; 3OYE A; 2Y90 A; 2EQI A; 2EYW A; 1LCK A; 2IG0 A; 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