The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Protein transport
|
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2LC4 A; 2Y4Y A; 2IVW A; 2Y4X A; 3OSS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QCO A; 1Q81 U; 1WX6 A; 1SG5 A; 2ROT A; 2NUT A; 4CC3 A; 2QQA A; 2ZPE B; 2QQS A; 2LP5 A; 3TQ7 P; 4PJL A; 1GCQ C; 2D8J A; 2QQB A; 5CKF A; 2M0Y A; 3JRZ A; 4M77 B; 1JB0 E; 4AMC A; 3C95 A; 4HVU A; 4M4Z A; 3FDR A; 1X75 C; 5GAM d; 2M51 A; 3KFV A; 4JS4 A; 4J9D A; 2YRC A; 4M77 F; 2FZK B; 2E3I A; 1ZSZ A; 3CXC A; 2OTL Q; 2LT4 A; 1XNI A; 1T0H A; 2VKN A; 1VUB A; 3E9G A; 5D7U A; 2CZ0 B; 2L2P A; 1MMA A; 3Q1J A; 4HVV A; 3DB4 A; 3VJP A; 2QA4 A; 4LNP A; 4IIO A; 2OJ2 A; 1UGQ B; 4M78 G; 1JJ2 S; 4RTZ A; 4FSS A; 1FX7 A; 1VQ7 Q; 3JCM X; 4BDY A; 4D6W A; 3OBW A; 3OYN A; 4XQ3 A; 1E6G A; 1M9S A; 3VS0 A; 3CPW S; 1QCF A; 3VU3 C; 1MV0 B; 3EFO A; 4RKU E; 1ZQ1 A; 4R55 A; 1UB4 A; 2Z0W A; 2GF7 A; 1AOJ A; 2P4T A; 2RI2 A; 4F7U A; 4XU3 A; 1YJW T; 4C5I A; 2D8H A; 1WPY A; 2QQR A; 4VUB A; 4HCC A; 4TVR A; 3NPF A; 1PNJ A; 2KAF A; 2RJD A; 2G6F X; 2PUO B; 2KI7 A; 5KYN A; 3OYB A; 3L2V A; 4F7U F; 2CT3 A; 5GAN f; 1YJW A; 1T3S A; 2K3B A; 2NUZ A; 4XTU A; 3CC7 Q; 1R0B G; 1WJS A; 4DBQ A; 3UAT A; 1VYT A; 3J81 E; 4F7U B; 1QMC A; 3OW2 S; 2KT1 A; 4J6X A; 1VQ7 A; 3A8M B; 1QVF S; 3P8B B; 2VGM A; 4PJO D; 4PJO G; 2HQX A; 1GFC A; 1SF9 A; 4QVD A; 1JJ2 P; 1TH7 A; 1CKB A; 5LJ5 g; 4GLM A; 5GAO m; 4E47 A; 5KCH A; 3LWH A; 3HL8 A; 3TSZ A; 1KK7 A; 2ZPG B; 2FG0 A; 4M7A A; 2A0F B; 2LQN A; 2RA2 A; 3QHS A; 2O88 A; 3C94 A; 1VQM T; 4EMH A; 1WGS A; 2EGC A; 2WSE E; 1VQL Q; 2D1X A; 3EG9 B; 1VQ8 T; 4Z89 A; 1M30 A; 4LDY A; 2RI3 A; 3PIO A; 4WTO B; 1OU9 A; 3FB9 A; 4CI0 C; 3PGG A; 2EWN A; 5IXB A; 2RH2 A; 1UE9 A; 4HT9 A; 3LH0 A; 1CSK A; 1YP5 A; 4C8Q D; 1G83 A; 3WXM B; 4BE1 A; 3L2Q A; 1KG1 A; 2MF2 A; 1YI2 Q; 2VAS A; 3S6W A; 2HKN A; 4NS5 A; 1KC8 C; 3EG9 A; 2DL4 A; 2X9H A; 2V1Q A; 2CP5 A; 1NYF A; 3MP8 A; 5DY9 A; 2LC4 A; 4E6R A; 3V8K A; 3CCE T; 3CQT A; 5FRN A; 1MMD A; 5CR2 A; 2YUP A; 5DLO A; 4M78 D; 3CC7 A; 4C5H A; 3V8L A; 3G6E A; 1O75 A; 3JCM g; 1RAI B; 1K8A U; 2K3Y A; 4KT0 E; 4EMG A; 3OS0 A; 5AT1 B; 2IG0 A; 2M9U A; 1N8R R; 3EAE A; 1I5O B; 4DQ2 A; 2RN8 A; 4F14 A; 5GAN g; 5CCA A; 1K9M U; 3CD6 Q; 2M0O A; 5AYF A; 3VS1 A; 1VQ5 T; 5GAN 5; 2XID A; 2CP6 A; 3MP6 A; 2QAZ A; 1D1B A; 4M7A C; 1VQP Q; 5FWB A; 2KYB A; 4M78 A; 3JCM J; 1RAF B; 2VWF A; 1G5V A; 3O5Z A; 4N4G A; 5GAM g; 5A2Q E; 3JCM W; 3CME Q; 1X43 A; 2X4X A; 3GLX A; 4OB2 B; 4NL3 A; 3OS5 A; 1VQO T; 1W2B A; 4BY6 C; 3A98 A; 2DTO A; 5FWC A; 3OYE A; 1VQP T; 3JB9 H; 2FB7 A; 1WXB A; 3KUF A; 3RKW A; 1M3B A; 4M75 B; 2LQ8 A; 3OYD A; 2CUD A; 1W1F A; 2V8K A; 1Q81 R; 2PU9 B; 4O5V A; 5KYU B; 5LJ3 e; 2K5F A; 5CVI A; 2FYK A; 2VV5 A; 1SRL A; 4M78 B; 2X3X D; 4C92 B; 3TVT A; 3HP9 A; 2DKG A; 3J7A F; 4CRI A; 2K6D A; 1K0X A; 1KJW A; 3RKY A; 1LNX A; 2JXB A; 2DVJ A; 4E7H A; 3E9F A; 4Q5W A; 5GAN e; 2A7Y A; 2A37 A; 3JCM Q; 3VV0 A; 5EC7 A; 3CCE Q; 2E12 A; 2F2V A; 4JJN K; 1GBQ A; 4MDW A; 3WVD B; 1KHI A; 3MO8 A; 3CBM A; 3NGP A; 2B86 A; 3R6O A; 4MZP A; 4MZT A; 3M5A A; 3ME9 A; 4FM4 B; 5LJ5 j; 3MET A; 2CS7 A; 3PE0 A; 4AG2 C; 3OYF A; 4LE9 A; 4FL6 A; 4PJN A; 3CMA Q; 3RER A; 5GMK m; 2CP7 A; 3L2U A; 1UFF A; 2R5M A; 3G4S Q; 4BI3 A; 2EW3 A; 1WHJ A; 3M55 A; 5L23 A; 2HSP A; 3VS6 A; 2I0N A; 5I2M A; 2ECZ A; 2KRM A; 1X2K A; 2ESW A; 1UGS B; 1WA7 A; 2DZC A; 3MEW A; 1M2V B; 1VQL A; 3JCM b; 4M7D E; 4IUV A; 4N4I A; 3JB9 G; 2XHC A; 2L0A A; 1I5L A; 3RNJ A; 4RCC A; 2OAU A; 4J7I A; 2O9V A; 4D8D A; 3QII A; 3EGD A; 3CMA T; 3HHT B; 2DL8 A; 4M75 F; 3P8D A; 4PJM A; 1M2O A; 2P4R A; 4M7D B; 2HL3 A; 3LYI A; 3I9Q A; 1VQN A; 5A0G A; 2YHT A; 4C92 G; 1P92 A; 2H3E B; 7AT1 B; 3VUB A; 1C1A A; 3O8V A; 4E7S A; 2BZ8 A; 4C8Q F; 1MV3 A; 4HCZ A; 1A0N B; 4E7L A; 2JVV A; 5I11 A; 1ZUU A; 3CXC S; 3ZL7 C; 1AWX A; 1HXD A; 3TRE A; 3QWX X; 2LNH B; 1D09 B; 1Z9Z A; 3BE3 A; 5GAN d; 5GAN j; 1W70 A; 1YHQ T; 1G3Y A; 3CMA A; 2OTJ A; 4JZ3 A; 1GRI A; 2EGA A; 2NYS A; 4HXJ A; 3CME T; 3EGX B; 3VS7 A; 2DVE A; 5HCK A; 3V7S A; 5C6S A; 2ZPB B; 8AT1 B; 2K79 A; 3OS2 A; 3OS1 A; 9ATC B; 3OMG A; 4O6J A; 2RNA A; 2LJ3 A; 1YBY A; 2RHX A; 3GBQ A; 4KUI A; 1NJI R; 2CP3 A; 2KRS A; 1UHC A; 2W0Z A; 2K3X A; 4JUV A; 2EQM A; 2YT6 A; 3PVQ A; 2J6O A; 1RI0 A; 3M0T A; 1NEG A; 2RJF A; 1K76 A; 3DKM A; 1VQ6 T; 4M7D A; 2PQW A; 1VQ4 T; 3S3O A; 3SEM A; 1OEB A; 4DBF A; 4C5G A; 2MPX C; 3NTK A; 2X3W D; 4LDW A; 1SHG A; 2EQJ A; 3I56 T; 4J9F A; 1IRX A; 1TSF A; 5LJ5 f; 3P8H A; 3JCM h; 4LD6 A; 1Q86 U; 4FCY A; 2DBK A; 1NPP A; 1IGQ A; 1M8M A; 5GAO q; 1CKA A; 5GAN 4; 3G1J A; 5LJ3 d; 4AG1 C; 1HK9 A; 2Y90 A; 2AZV A; 4L5G A; 4PJO F; 2QAS A; 3TU4 K; 2KYM A; 1Y0M A; 1ARK A; 2RQV A; 2IIM A; 3UF4 A; 2WSC E; 2K9G A; 2F2X A; 1O9S A; 5GAM h; 2BZX A; 3OYM A; 3BW1 A; 3G71 Q; 3CPW P; 3UDC A; 1KQ1 A; 1KD1 C; 3QZ9 B; 2RK2 A; 2L3P A; 2HSE B; 2ZAE A; 1PSF A; 4CC2 A; 3CCL Q; 2BKD N; 3E1S A; 2M02 A; 4M77 C; 1ZX6 A; 3HTR A; 4FW2 A; 5GAN h; 2KQW A; 4FW1 A; 2A36 A; 5KCO A; 2GTO A; 3MEU A; 3MHX A; 1UEB A; 2RQR A; 1YHQ Q; 3JCM V; 1HSQ A; 1AEY A; 1BU1 A; 2DIQ A; 2SRC A; 4RTY A; 2COW A; 2ZGW A; 3FEO A; 2RMO A; 2DL3 A; 2EQU A; 1TU0 B; 3PVL A; 1HD3 A; 1IB8 A; 2E64 A; 5KE2 A; 2KK4 A; 4M75 C; 2LJ0 A; 1F1B B; 2CP0 A; 4BD3 A; 2FL7 A; 1UTI A; 2AT1 B; 3U23 A; 1PCX A; 3G4S A; 2CT4 A; 3V8J A; 2J6F A; 4BY6 B; 4JZ4 A; 2KR3 A; 1OZ2 A; 3M9Q A; 4J6Y A; 3DLL A; 1NE8 A; 1PRL C; 4JPB W; 3EFR A; 2DLP A; 4C5E A; 3JCM e; 4E7I A; 2RHZ A; 1IXD A; 3ZEH A; 1VA7 A; 4FYV B; 4YTL A; 4PJO B; 3LLR A; 1VQK A; 1B34 B; 1Q7Y R; 4M7D D; 3HSB A; 3EG0 A; 2XIC A; 1KFZ A; 3QSU A; 2YDL A; 3CME A; 1BBZ A; 4E7Z A; 1R8O B; 4M77 A; 4N4H A; 4JRP A; 1Y71 A; 2GTJ A; 4AFS C; 4LXC A; 3CCQ Q; 3UA7 A; 1V1C A; 1OI1 A; 1M90 U; 3G4S T; 2W10 A; 4C8Q G; 5HKC A; 2QEX A; 2H3J A; 1RAB B; 3QJ6 A; 2EQI A; 4IIM A; 1YIT Q; 5GAO l; 3CCR Q; 4M7A D; 1XQH A; 1TUG B; 3C0C A; 2CUB A; 5KYX B; 1YJ9 T; 3HPW A; 4A54 A; 2LQW A; 1AWW A; 4B6M A; 4F04 B; 5GAM f; 3A8L B; 2RHI A; 2HBP A; 2NUT B; 1VQK Q; 1EZZ B; 2JMA A; 4XU2 A; 3BDL A; 3VS5 A; 5L8R E; 1YJN A; 2P0K A; 3E19 A; 3VRZ A; 1LVK A; 1N6A A; 2HBW A; 4E7J A; 2R58 A; 3M57 A; 4DBR A; 2D0N A; 4DOW A; 4M7A E; 1U8R A; 2C0T A; 2DYB A; 2LVM A; 4C0F A; 2RHU A; 1VQ9 Q; 3H9N A; 3VS3 A; 1DJ7 B; 3RMS A; 4AFU C; 2DO3 A; 1I4K 1; 2KT8 A; 1ZSZ B; 1QCN A; 4PJJ A; 4KGX B; 2JTM A; 4M77 G; 4X1V A; 3J80 E; 1WIE A; 2YSQ A; 5HK3 A; 4A53 A; 1IGU A; 1YCY A; 1B3Q A; 2EQK A; 1TUC A; 1WYX A; 1AWO A; 2O31 A; 2MI6 A; 1Y96 B; 4KBM B; 1RL2 A; 1U1T A; 1QVF A; 3L2W A; 1U3O A; 4N0A C; 4OGC A; 2RM4 A; 3REB B; 4RMO A; 5FLX E; 2CP2 A; 2R5A A; 1OYX A; 5KYU A; 3OBY A; 4LDV A; 3A1P A; 2E6Z A; 2DRK A; 4PFP A; 5LJ3 f; 3HRS A; 3FJ5 A; 2BZY A; 4M77 E; 2XMF A; 2HAX A; 2K2M A; 1M5Q 1; 4DOV A; 3A8H B; 3VS4 A; 5GAN 3; 2VGN A; 5KYY A; 4RTU A; 2O2O A; 3JSC A; 6AT1 B; 4XU0 A; 3H0I A; 3RKX A; 3EG1 A; 3QDF A; 4D8K A; 1EX4 A; 2MOX A; 3OYJ A; 4V2S A; 1V29 B; 4IUQ A; 1K1Z A; 2HQH A; 2HZY A; 4RCB A; 3M59 A; 4J5Y A; 4FU6 A; 4II1 A; 1LOJ A; 4KGZ B; 3ER0 A; 3H6Z A; 1WI7 A; 1M3C A; 1YI2 A; 3DB3 A; 3VYH B; 2LJ1 A; 3UA6 A; 1MHN A; 1RAC B; 5CO7 A; 2J05 A; 5KYY B; 4QVZ A; 1YWP A; 2MWP A; 1K73 U; 2EJ9 A; 4C92 F; 3OYY A; 1AZE A; 4BI4 A; 5CKE A; 2F5K A; 1MGQ A; 1WHK A; 3GNF B; 3HFN A; 3GPL A; 1VQ8 Q; 4J9B A; 1QWF A; 1D1C A; 1Q82 U; 2DIL A; 2KSS A; 1IO6 A; 4XK8 E; 1X27 A; 5D6W A; 2RQU A; 2EKH A; 4JRI A; 4C8Q C; 5DM7 R; 2V8J A; 5DLQ E; 2KRO A; 3EGD B; 2LCC A; 2LQK A; 3E2U A; 3LX7 A; 4L6V 5; 5A0D A; 4JJB A; 1S72 T; 1MMG A; 3GNG A; 4RTX A; 1ZLM A; 2DD5 A; 4ZN3 A; 3CCV A; 1YFN A; 1VQK T; 1YIJ A; 1H92 A; 4EMK C; 4GY5 A; 3M53 A; 4NOY A; 1Y96 A; 3LGF A; 5J39 A; 1G3W A; 3ASK A; 5EG2 A; 1PWT A; 2LT1 A; 4BB7 A; 4Y92 A; 1YJ9 Q; 4BE0 A; 1PC0 A; 2DM1 A; 5GAO p; 3I5S A; 3I56 Q; 1E7O A; 1W6X A; 4MML A; 1VQ9 A; 1WHH A; 3CCR T; 5FU7 C; 1QKX A; 2Y4Y A; 5CQY A; 1Q86 C; 4Z88 A; 4BAC A; 1IHV A; 2JTF A; 2D9T A; 4X34 A; 1H64 1; 4IUP A; 2H8H A; 2LCS A; 4HKE A; 3TCJ A; 1JXM A; 1PD0 A; 4JLG A; 4MMK A; 1RLQ C; 5CIU A; 2EAY A; 4KRT A; 2YUQ A; 3M0U A; 3URG A; 2CGH A; 4Y91 A; 3AT1 B; 5IHN A; 1WJQ A; 5GAO n; 3OYC A; 2DFU A; 2E4H A; 2XDD A; 1OPL A; 1OUL A; 1WQW A; 4JRK A; 1YJN T; 3ZFJ A; 2K7A A; 1UDL A; 2JS0 A; 5IAY A; 2ABL A; 2RQT A; 4A63 B; 3IQL A; 1WJR A; 4RTW A; 4XTX A; 1KD1 U; 5D6Y A; 2F5T X; 3CPW A; 1WLP B; 3JCM f; 2GFU A; 3T9N A; 3VYG A; 1Y7X A; 2OTL T; 2XG8 D; 3C4S A; 5GAN 8; 1UHF A; 3OW2 A; 1IZ6 A; 3QDR B; 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3NTH A; 2EYQ A; 1M1K C; 2LX7 A; 1QQJ A; 4AFQ C; 4FSX A; 2OI3 A; 2KXC A; 2NWM A; 1X2Q A; 2E3H A; 1V76 A; 2O4X B; 1JO8 A; 1QVF P; 5D6X A; 1ZSG A; 4HVW A; 3OYA A; 4ZTJ A; 1I0C A; 2DER A; 1RAG B; 4KH1 B; 4Y28 E; 2K57 A; 2WAC A; 4ORZ A; 4RG2 A; 4LUD A; 2DXC A; 2VYT A; 1BI1 A; 1U5S A; 1RAH B; 4KGV B; 1NPR A; 3NHN A; 1BI0 A; 3OQ5 A; 1D0X A; 4OB0 B; 1GCP A; 1KC8 U; 1KQ2 A; 2K5L A; 3EH1 A; 3OYI A; 3CCM A; 3RES A; 4ZGE B; 2DBM A; 2XI9 A; 4KUL A; 3CD6 T; 1QP2 A; 3CBP A; 4J7F A; 2E70 A; 4DEY A; 5IHI A; 1NJI C; 3CPF A; 4J9I A; 4J9G A; 1XJW B; 1FXX A; 1PM3 A; 2KE9 A; 3OW2 P; 5I22 A; 1R0C B; 2EVR A; 1K8A C; 2BTT A; 3M56 A; 1NM7 A; 1YJ9 A; 2EFI A; 2DXB A; 4CC4 B; 2FZG B; 1K73 R; 2HKQ B; 4ANJ A; 3VUZ A; 1GCQ A; 2VUB A; 2FVU A; 1OOT A; 2L3S A; 3L42 A; 4EMK B; 1OX8 A; 2DA9 A; 2COZ A; 2XDP A; 5CQX A; 2ATC B; 4XTY A; 1U1S A; 2DX1 A; 3TSW A; 1YIT T; 4R0K A; 3NFC A; 1K9M C; 1M90 R; 4C0D B; 2ZCF B; 2DJZ A; 1BI2 A; 2DYI A; 3RIR A; 1MND A; 4XAX B; 3CCQ T; 1Y07 A; 5LJ3 h; 3CCE A; 3OYH A; 3CC4 Q; 1UGV A; 5I2S A; 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