3OTYA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rt/rh hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords MDR HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3otyA00
6FIVA 5P3FA 4Y4DA 3TOGA 3OUDA 1FQ7A 4MC9A 4Y4UA 4FRSA 5BS4A 2B7ZA 5P8AA 2R5QA 5P8IA 3O99A 3S7LA 2IGYA 3KDBA 3OK9A 5P09A 5P0QA 4EJ8A 4B00A 2QNNA 4ZE6A 3OHFA 3OUAA 3PGIA 2PSVA 4DUSA 4I1CA 5P6XA 5P66A 3NDTA 3BUGA 2ASIA 4Z50A 3QRSA 4DVFA 2AVQA 2PSGA 4GIDA 5P6MA 5P72A 4Y58A 4RCDA 5P6KA 2P4JA 2R8NA 4Y3AA 5PEPA 5P5UA 4ZSRA 2VA5A 2G26A 2HS2A 4Y5KA 1HVKA 2WF1A 3EL9A 1VIKA 1SIVA 1W5YA 4I12A 4Y5NA 2R3WA 5P5YA 5P0LA 5P8EA 4FRKA 3EL4A 1BWBA 3OUBA 1PROA 4Y3HA 3B7VA 3GW5A 3KFPA 3SO9A 5P1IA 2H6TA 2Q64A 5P56A 5OZLA 5P5VA 5HDXA 1LV1A 4AA8A 1RV7A 5P7OA 1FMUA 3O9LB 2IS0A 2AOIA 1QBSA 4Y3EA 1EPLE 3FV3A 2O4KA 3SLZA 1EBYA 4ZPFA 3MSLA 4U7QA 1TCXA 3OU3A 5P4TA 5P00A 3FNSA 1LF2A 2AOHA 5P3AA 3ST5A 1W6IA 1G2KA 5P0UA 1ODYA 2AVSA 1UPJA 5BRYA 5P6TA 5P3WA 1D4KA 5P0IA 2WECA 4EXGA 4GJ9A 5P17A 3VCMA 4JECA 5P3KA 2RKGA 5KR8A 1YTHA 1K2CA 2FGUA 3L59A 4GZFA 4IVSA 4PYVA 4TRYA 4OD9B 5P20A 5P5NA 5DR1A 3NU9A 2I4UA 1FQ4A 5P0ZA 3Q4BA 3S2OA 2AZBA 5P02A 5P3GA 5HE7A 1FQXA 2P3AA 2AOCA 5AH6A 4EPJA 4HVPA 5P3EA 2RSPA 5P3RA 5KQFA 6APRE 3ZKXA 3LIQA 5DQ4A 1B5FB 3EKVA 5P84A 5JFPA 2R38A 4KE0A 4Y4JA 5P4DA 2NPHA 1RL8A 1EPRE 5P6IA 2AOJA 3SAAA 1TW7A 3SA4A 1SIPA 3SA7A 2R5PA 2ER6E 1EPQE 4YE3A 4YHQA 1T7KA 4D88A 3GI6A 1APWE 4Y6MA 5P40A 3TTPA 4I0IA 4OBZA 3I2LA 1D4HA 1FB7A 5P5AA 2WF2A 4DJUA 5P75A 5P06A 5P7WA 5P2HA 4K4RA 1PSAA 1XL2A 2AZCA 3ZKNA 3L3AA 5P0NA 3QIHA 5P50A 5P0CA 3D1XA 5P3PA 2BBBA 2WEZA 5P11A 1QBTA 5OZUA 4Y3WA 4ACUA 3ZKMA 3LZVA 4RYCA 2ZJLA 3Q5HA 4B70A 2PC0A 5P1FA 5P8SA 3MSJA 4IVTA 3TPRA 5C9BA 4Y38A 3KFSA 3BUFA 1BDQA 3EKYA 4H3IA 4K9HA 1QRPE 4ZSMA 3RU1A 1C6ZA 5P3JA 4K8SA 3I7EA 5P3TA 3PSYA 5DR3A 3LIZA 1EBWA 2QZLA 4NJVA 4WY1A 4FRIA 4B72A 5KOQA 1TZSA 1AJXA 5P88A 4U7VA 3NDWA 3L38A 1FGCC 5P4EA 3URJA 5P1XA 3CKPA 5P7SA 3KN0A 1FEJC 3D1ZA 3QAAA 4Y5EA 3TPPA 3PMUA 3SA6A 4FAFA 5P2AA 4D83A 3PWWA 4L7GA 1FKNA 4RCEA 1BV7A 3PEPA 4Y3FA 5P5XA 2BPYA 1SH9A 3LPKA 5P3BA 5P6DA 3UFNA 2QHYA 4ER1E 3SPKA 2FDDA 2G22A 4Y41A 5OZDA 2FGVA 2HB4A 4DJYA 4OD9A 4MC2A 5P0SA 1XL5A 5P80A 3VLAA 1SBGA 4YD7A 2XFIA 3NXNA 2R9BA 2QMDA 2I4DA 4Y4AA 3G70A 1PSOE 3MSKA 3UTLA 4EP3A 1EC0A 1IBQA 1FMXA 3OU1A 4Y3SA 5P6LA 6UPJA 1A8KA 1B5FA 3SA8A 3IN3A 3TKGA 5P7KA 5P5MA 1RNEA 3OXCA 5P2UA 4B1DA 4OBKA 2O4PA 1B6KA 5P35A 1NPAA 3D91A 5KQXA 2VNNA 4J1CA 2G1RA 5P1RA 1HVCA 2QMPA 3UQRA 4EWOA 4M8YA 5P1WA 3S43A 4GJBA 4J0YA 2I1AA 1MUIA 2Q54A 3GI5A 1FMBA 2ZE1A 5P0WA 3HVPA 1MSNA 5P8RA 4GJDA 2MIPA 3R1GB 4RVJA 4Y3PA 5P4GA 5P7VA 4OBJA 5CONA 2R43A 5OZQA 2R3TA 4H1EA 1ER8E 2CEJA 3KMYA 3LIVA 4GMIA 2NNPA 4Y56A 3VLBA 4Y4XA 3LZUA 1BV9A 5P5TA 4KB9A 3RTNA 2HAHA 2O4NA 2WF4A 1U8GA 2QI4A 4Y4BA 5P4BA 2QHCA 3O9EA 4I8ZA 3UDJA 3LPJA 1CZIE 8HVPA 5UPJA 3VV8A 5AHAA 5P1KA 1ZP8A 2ER9E 3OXVA 4YD6A 1NH0A 4HDFA 2PWRA 5P2VA 1A94A 5SXNA 5AH7A 5P8QA 1ZPKA 4OBHA 5AHCA 4Y4GA 1XN2A 5P71A 5P3LA 5P46A 1BILA 3LINA 2HC0A 5P74A 3URLA 1QDMA 1NPWA 5P0DA 5P7FA 1M4HA 3PWRA 1ENTE 3IN4A 4J0TA 3SABA 4I11A 5P2GA 2QU2A 1PPLE 5P33A 3EMYA 5P6UA 5KR2A 3PCZA 2IL2A 2V10C 4RCFA 5I3XA 3DOXA 5P0YA 5P8OA 2HS1A 5P2CA 1FIVA 4H3GA 3NWQA 4QJ8A 1B6MA 5P0GA 5OZ3A 5P2LA 3OAGA 1HVHA 1G6LA 3GGVA 2BPXA 5P1LA 5P2JA 3OQDA 2FDEA 2IDWA 4DFGA 4JPEA 5P87A 3NDXA 3EKQA 3FNTA 3H5BA 5P3NA 5P7BA 5OZSA 3IAWA 3EXOA 5P8PA 2HPEA 3S53A 5P77A 2APRA 5COPA 4I0JA 4Y4TA 2OHMA 5OZ9A 1K6VA 5P52A 4DJRA 3K5CA 3WZ7A 1FLHA 5OZYA 3DV5A 2QU3A 2QK5A 1HSGA 5OZ4A 5P2OA 1HXBA 1K6TA 2J9JA 2UXZA 5P5HA 5HDVA 3VYFA 4YOBA 1MT7A 4Y5CA 2WJOA 4DH6A 5P0JA 4Y5AA 5F01A 4FSEA 3PLDA 2ZDZA 5P8BA 2QP8A 4B78A 5P8MA 3MXDA 3PMYA 5P14A 3OQKA 3T7PA 3BGCA 4DJQA 4FCOA 1KJHA 2VJ9A 2WL0A 3RTHA 7HVPA 3PVKA 4DJPA 3CYWA 5OZJA 5P1HA 3OTSA 5DQ2A 3DCRA 4FRJA 1WBKA 4NJSA 5P76A 1DW6C 4GYEA 5OYTA 4HA5A 1ZTZA 4R8YA 2SAMA 3S54A 4Y48A 1AJVA 5P5JA 1APTE 1YTJA 2QZKA 5I3WA 4PPHA 5IVQA 1EBKC 4YA8A 3TOHA 4YBIA 4X2LA 4TVHA 3OXWA 3IGBA 4Y9WA 4YOAA 5P63A 1HVJA 4LBTA 4DJXA 3ER5E 5KOSA 5P12A 4RRNA 5FIVA 3PM4A 4OBZB 3QBHA 4FIVA 3KFRA 3IA9A 3LIYA 1HSIA 2PK6A 1DIFA 5HDUA 4K4QA 4TRWA 3O9GA 4YBFA 1T7IA 1LYWB 4ZIPA 5OZZA 1BAIA 3EL0A 5P26A 2ZHVA 5P8JA 4QJ2A 3O9BA 4FS4A 5P1QA 1SMEA 5P4NA 1W51A 5OZWA 1CPIA 3PBDA 1TSUA 5P38A 1NSOA 5P1NA 3FIVA 2VIYA 3WZ8A 4YD3A 4MC1A 3EKTA 4A6CA 5P4UA 5P5CA 5P2XA 3Q6YA 2ZJJA 4Z22A 2QI6A 2V11C 2OHNA 1EC1A 4B1CA 5P39A 4AMTA 4Y44A 2FXDA 5P36A 1DPJA 3K1WA 1KZKA 5P31A 5P0HA 1ZBGA 3VV7A 4LXMA 5P59A 5P7TA 2Z54A 5P8TA 3NWXA 1AM5A 2QMGA 4KE1A 5P51A 1HTFA 3VYDA 4RRSA 1LYAB 4L7JA 3KDCA 5P2DA 4E43A 5P6PA 2EWYA 1YT9A 2VJ7A 5AH8A 5P1TA 3IXKA 4Y3NA 5HU1A 4R92A 2AOFA 3R0WA 3D20A 3WB4A 4B77A 5P70A 2WKZA 5HD0A 5P5OA 5OZHA 3QROA 5P1YA 2PSUA 3Q70A 3PCWA 3NDUA 3UPJA 2F3EA 1APVE 5P4WA 1IDAA 3O9DA 4Y3MA 5P4QA 4PZWA 3QRVA 5OZMA 1FFIC 4Y3QA 5P05A 3KFNA 5P29A 4FAEA 1EPOE 4EJDA 4Q1WA 4LAPA 3TNEA 2AVVA 4PHVA 5P60A 1BWAA 5OYWA 4EHCA 4D85A 3UDQA 3JVYA 2G1YA 5P6JA 1HXWA 1BDRA 1GVXA 4OC6B 1W5VA 2CENA 2WEDA 5F00A 5OYYA 3OU1B 2RKFA 2Q55A 1TSQA 3CKTA 1M0BA 4FM8A 4QJ9A 5P7LA 4JOOA 5CLMA 5P3VA 2QI1A 3OOZA 3UDHA 3VF3A 2QNQA 3HDKA 5P6GA 2VS2A 1B11A 1RPIA 4CP7A 2P3BB 3BHEA 1HEFE 5P5BA 5P69A 5P4HA 3QBFA 3O9AA 4RGHA 1DP5A 3NU5A 3S43B 4Z4XA 2AZ9A 3MXEA 1LYBA 5P3HA 2NNKA 2OHSA 1BDLA 5P7ZA 5P7IA 5P13A 2HB2A 5P8KA 2QD8A 4DQEA 3EKWA 3PBZA 1LYWA 1GNOA 4DQGA 3BGBA 4QLHA 4YDFA 3OU4A 2AZ8A 4Y4EA 2QCIA 3EKXA 3KDDA 5P41A 1HEGE 5P5SA 1YG9A 5OZNA 4CPTA 5P6SA 2IENA 3PRSA 2AQUA 3UQPA 4HE9A 1D4YA 4FSLA 1D4SA 3KT2A 4Y36A 5OZ1A 5P0RA 2ZGAA 3BVAA 1MRXA 1IZIA 2F3KA 4CKUA 5P2ZA 1QBUA 5P6RA 2IQGA 3KF0A 4U8WA 3S45A 5P65A 5P2SA 2UY0A 4Y39A 3OY4A 3QPJA 4DQBA 2AOEA 1FF0C 5IVSA 2A1EA 2UPJA 2IGXA 5APRE 4L6BA 3L5DA 5P6NA 1LYAA 1C6YA 3NXEA 5IVRA 5P6EA 2XYFA 5P4IA 3WB5A 1FG6C 4BFDA 4RYGA 2I0DA 1META 3K4VC 5P1PA 2PK5A 3L5EA 1D4LA 2I4QA 4NJUA 3SACA 5IE1A 4CPSA 5P4AA 4DQHA 3SKFA 1ZJ7A 2IKUA 1FFFC 3EM3A 2HIZA 5P8NA 5P3CA 3HVGA 5P5EA 3TL9A 1F7AA 2ZJNA 3R4BA 4YDGA 1JLDA 1IDBA 2IEOA 5P32A 2H6SA 5JFUA 1GKTA 2FDPA 5DGUA 2B8LA 2V12C 4EQJA 1HVRA 1PPME 2FXEA 4GB2A 2V00A 3OAGB 5ER1E 4TRZA 1HIIA 4ZLSA 2HPFA 2OHRA 1MPPA 5P5KA 5P6AA 1HBVA 4ACXA 4OC6A 2OHPA 4M8XA 5ENMA 1T3RA 4Y3TA 4JPCA 5P3MA 5P8DA 1UH7A 3ZKIA 4XKXA 2G94A 4Y35A 4Y47A 1EC3A 1BVEA 2OF0A 4WTUA 4J1IA 5E5KA 1BXQA 2P3BA 5P24A 3ZOVA 5BWYA 5IVTA 5P5RA 2QI7A 1ZLFA 5P34A 1BVGA 4HDBA 2IKOA 5DQ1A 2J9JB 5P3XA 3ZL7A 4K4PA 3VF7A 5OZEA 3CKRA 3HD8A 3OTYA 5P2MA 2ZHSA 3O9IA 1K1TA 5P4ZA 3S85A 5SY2A 2BKSA 5P3UA 2NXLA 4PZXA 4Q5MA 5P0BA 1KJGA 3D3TA 1D4IA 3OWNA 3T6IA 1IVPA 5OZKA 1PPKE 3OHHA 3DCKA 5P1MA 5P8HA 4N00A 1SMRA 4J0PA 3S56A 4I0FA 3K5GA 5OYQA 4HZTA 4Q1YA 4AA9A 5P3IA 4ZPEA 4YCYA 5P1GA 3U6AA 2BKTA 1AVFA 1SDUA 3VV6A 3NUOA 3UDRA 5I3YA 5P1CA 2F80A 1HTRB 3GGXA 4JP9A 1GVWA 2BQVA 2ZHTA 5P48A 5P5QA 4B05A 2VKMA 5HDZA 2O4LA 5P6BA 5OYZA 4HLAA 4ER4E 3LIXA 5P2YA 2J9KA 4EQ0A 5COOA 1PSNA 3RSXA 2XFJA 1UH9A 3LNKA 2QD7A 2OHTA 3FNUA 5P5WA 5P62A 1ZAPA 4GJCA 1G35A 2B60A 5P2FA 3KMXA 3N3IA 2B7FA 4Y50A 3FSMA 2G1OA 4XX3A 4Y4ZA 5P2NA 2PH8A 2NXMA 1W6HA 3AUPA 5OZXA 5P5PA 3BVBA 2Z4OA 5P0AA 5P7JA 5P6ZA 3UCBA 4EYRA 4CPUA 4NKKA 4DQCA 3HZCA 5OZVA 5P08A 3TH9A 5ISKA 3I8WA 1MSMA 5JODA 5KR0A 1MT9A 3NSHA 1YTIA 2FNTA 3KM4A 5P0OA 1PFZA 3G6ZA 3OQAA 3EKPA 4Y5BA 1KJ4A 1HVLA 1SGUA 3H0BA 5P4LA 5P4OA 1YTGA 4I0DA 5P3DA 5HE4A 1KJFA 2NMYA 4MC6A 5OZ7A 2OHUA 5P53A 2A4FA 2PYNA 1AIDA 2QI0A 2BPVA 1LF4A 4ER2E 2OAHA 4LHHA 2F8GA 5OZCA 4Y54A 2PQZA 5KR1A 3OOTA 5P8UA 5P82A 5P7DA 3U71A 1MIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6FIV A;  5P3F A;  4Y4D A;  3TOG A;  3OUD A;  1FQ7 A;  4MC9 A;  4Y4U A;  4FRS A;  5BS4 A;  2B7Z A;  5P8A A;  2R5Q A;  5P8I A;  3O99 A;  3S7L A;  2IGY A;  3KDB A;  3OK9 A;  5P09 A;  5P0Q A;  4EJ8 A;  4B00 A;  2QNN A;  4ZE6 A;  3OHF A;  3OUA A;  3PGI A;  2PSV A;  4DUS A;  4I1C A;  5P6X A;  5P66 A;  3NDT A;  3BUG A;  2ASI A;  4Z50 A;  3QRS A;  4DVF A;  2AVQ A;  2PSG A;  4GID A;  5P6M A;  5P72 A;  4Y58 A;  4RCD A;  5P6K A;  2P4J A;  2R8N A;  4Y3A A;  5PEP A;  5P5U A;  4ZSR A;  2VA5 A;  2G26 A;  2HS2 A;  4Y5K A;  1HVK A;  2WF1 A;  3EL9 A;  1VIK A;  1SIV A;  1W5Y A;  4I12 A;  4Y5N A;  2R3W A;  5P5Y A;  5P0L A;  5P8E A;  4FRK A;  3EL4 A;  1BWB A;  3OUB A;  1PRO A;  4Y3H A;  3B7V A;  3GW5 A;  3KFP A;  3SO9 A;  5P1I A;  2H6T A;  2Q64 A;  5P56 A;  5OZL A;  5P5V A;  5HDX A;  1LV1 A;  4AA8 A;  1RV7 A;  5P7O A;  1FMU A;  3O9L B;  2IS0 A;  2AOI A;  1QBS A;  4Y3E A;  1EPL E;  3FV3 A;  2O4K A;  3SLZ A;  1EBY A;  4ZPF A;  3MSL A;  4U7Q A;  1TCX A;  3OU3 A;  5P4T A;  5P00 A;  3FNS A;  1LF2 A;  2AOH A;  5P3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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