3OU1A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords MDR HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1A00
5P7EA 3WB5A 5OZRA 3OHFA 5DGWA 5P3NA 2XFIA 2AOCA 2VIZA 3MSKA 5P2BA 3OQ7A 5P7QA 2WF0A 5SY3A 2Q3KA 2Z4OA 5AHAA 1HHPA 4I0GA 4H3GA 3LPJA 3NSHA 1BAIA 4Y3AA 3PCZA 5P3RA 3PCWA 5DQCA 5P63A 1QBRA 1PPLE 5OZ2A 5P3DA 2Q5KA 3DOXA 3LIQA 3O9FA 3IGBA 5AHBA 4R5NA 4Y58A 5P1PA 2OHPA 4TRYA 1SBGA 5OZ3A 5DR1A 3JVWA 5OZNA 4K8SA 1LF3A 5KQFA 2XYFA 5P8PA 3HD8A 2OHKA 5P5CA 2BPYA 2BJUA 2ER7E 5P3GA 5P4QA 3UPJA 5P4HA 4NJSA 1EPPE 3INDA 3FNSA 2PYNA 3URLA 6FIVA 3PWWA 1MPPA 3EM3A 5P7VA 2FXDA 5P81A 1HPSA 2CENA 3GI0A 3LIYA 2PSVA 4DJQA 5IVRA 3S8IA 4I8ZA 4CPTA 5OZZA 1QS8A 3Q6YA 1U8GA 2FGUA 4Y5GA 2Q15A 2QHZA 4ACXA 1EPOE 3ZOVA 5P6IA 1HRNA 4OBHA 3TPRA 3NDXA 5HDZA 2EWYA 5P2OA 5P1QA 2HPFA 1SIVA 2P8HA 3O9IA 2QAKA 3DV1A 1HSGA 4GJ9A 3FSMA 5AHCA 5P4XA 4YHQA 3ZKQA 1HSHA 1LV1A 5P8RA 1C70A 3TL9A 5P7ZA 3C9XA 3UDKA 4L1AA 5P3KA 5P4CA 5P5RA 4I0JA 3ZKGA 5AGZA 5P1TA 2OHNA 2QU3A 4NKKA 1MERA 5P4PA 3UDRA 1IZHA 1T7IA 2APRA 3OUDB 5P2MA 5OZMA 2AOFA 1B11A 3ZMGA 5OZ7A 4F76A 5P8IA 2A4FA 1YTJA 4DJVA 3LZUA 2UXZA 5P05A 2NR6A 3QP0A 3IA9A 3L3AA 1OHRA 5P8VA 5P6MA 2P4JA 5P5IA 4LXMA 5P1KA 1HTFA 3T7QA 4Y3XA 3RSXA 1ME6A 1SDUA 3SA6A 1SMRA 5OZJA 2FNTA 2HC0A 4Z2ZA 5P45A 4ZSQA 1Z1RA 3MXEA 3T7PA 5P8LA 4Z22A 2VA7A 3VYFA 3K5CA 5HE4A 3BVAA 5P73A 5P1ZA 5P41A 1TW7A 3OAGB 2WF3A 4BFBA 1KZKA 4Y4EA 2QHYA 5P1LA 1HVKA 5P5PA 2FNSA 2V13A 5JFPA 5P17A 1A30A 2QD6A 2XYEA 3KDBA 4EJKA 3NXNA 1ZAPA 3PJ6A 1B6PA 5P8MA 1NPAA 5P29A 4J1CA 1HVCA 3TPPA 4QJ9A 5P0IA 8HVPA 2QI6A 5DPZA 2WF4A 4TVGA 5P7FA 1EC3A 5OZGA 5P54A 2ZHVA 5P4YA 5BWYA 1APVE 3ST5A 2QNNA 3EKPA 5OZ4A 1MVPA 3DV5A 4B77A 5P5DA 1IIQA 3NU4A 5P3FA 2ER0E 4ER2E 5HE7A 4L7HA 5P6LA 3G70A 5ISJA 5P1VA 1K6PA 3APRE 1FIVA 1OEWA 4AMTA 5P1AA 4B05A 5EZXA 5P0BA 3KDCA 3HZCA 4EXHA 3HAWA 5P42A 2Q63A 1K2CA 5OZEA 4FRJA 1BILA 3OK9A 3ZKIA 2I4UA 4FM8A 3HDKA 1AIDA 5P6HA 3UHLA 3NDWA 2NNKA 3KA2A 5C9DA 5P13A 5P53A 3VV6A 5SY2A 4Y3EA 2VS2A 4Y4GA 2V11C 3K5GA 4I1CA 5P8JA 1FMUA 5P07A 5KR0A 7HVPA 3KT2A 2AZCA 4Y3GA 1GVXA 4GB2A 3VF3A 3VUCA 3QS1A 5P0YA 1ZPKA 4LXKA 1D4YA 4PPHA 3NU6A 5T4SA 3OWNA 3EKVA 5P00A 1OD1A 4DPFA 1LYBA 1Z8CA 4Y48A 1RQ9A 3T7XA 5P8NA 5I3YA 1DW6C 4QLHA 2AZ8A 4EJLA 3TLHA 4FAFA 2OHRA 5P8EA 3MSJA 5P2NA 3EM4A 5P7GA 3VFBA 1W6IA 4F75A 5HU1A 5P01A 4FSLA 5P6GA 4AA8A 1ZBGA 3IAWA 5P1RA 1YTGA 5P11A 2IL2A 5I3VA 5P5BA 3BHEA 5P4OA 3U7SA 3R4BA 1MT7A 4RLDA 1D4HA 1A8KA 1BXOA 5P4IA 2QZKA 4Y3WA 3ZPUA 5HVPA 2B7FA 5PEPA 3EKXA 2ZHUA 2FDDA 4FS4A 3OUAA 5P7DA 5P06A 2PWCA 3H5BA 5P3EA 4Y9WA 2G1SA 4ZIPA 1MRXA 3K5FA 5OYVA 1W51A 1EC2A 1FGCC 1T3RA 4JPEA 1PSOE 5P1BA 5P0WA 2I1AA 3KFPA 2FLEA 1MUIA 5P4DA 2QHCA 4Y3HA 5P24A 5P39A 5KAOA 2R3TA 3S7MA 1KJGA 2FS4A 5P14A 5OZKA 5KR8A 5P7NA 3TOHA 3QBFA 4FGXA 4Y43A 2BKSA 4L6BA 2WHHA 3CKPA 3L38A 2AQUA 5COKA 5AH7A 5OZXA 1K6VA 4HLAA 4OD9B 3DUYA 1Z1HA 3QAAA 3UTLA 1UH9A 4TRZA 5P4FA 4ZPFA 3NU3A 3KN0A 5P0OA 5P23A 3EMYA 4I0DA 5UPJA 2FDEA 2R43A 3L58A 5P1SA 3SQFA 1KJ4A 5P3YA 4B78A 3EC0A 5OZ0A 1B5FB 3TH9A 5P4GA 5P80A 4YBIA 1TCWA 2RKGA 4HE9A 5OZVA 2ZJIA 5P87A 1MESA 1HTGA 4Y3ZA 5OZ9A 1D4LA 2JXRA 5P4VA 3KMYA 3RTNA 4YDGA 1E5OE 4I0EA 5P5UA 5P5WA 3IVHA 5P72A 5DR7A 3OXCA 3PB5A 5P67A 2FXEA 1QBSA 2AOIA 1ER8E 4Y3NA 3URJA 1EPQE 3UDJA 3SA7A 2ZDZA 4B1CA 1IBQA 3SO9A 1BWBA 3SPKA 5P0SA 2ZHRA 5P3UA 1EPME 1YT9A 3EL5A 4J5JA 3OTSA 1ODXA 2B42A 1F7AA 3QRVA 1LYAB 4Y37A 5P6KA 5P5VA 3IXKA 4ZEAA 2V0ZC 2AVOA 4B70A 3NUJA 3PBZA 2IS0A 4YA8A 1OEXA 3S56A 4RYCA 2V10C 4IVSA 4GJ6A 5P51A 5P8OA 3NXEA 3TKGA 1EBKC 2OHLA 3OU1B 3JW2A 3I25A 5P4SA 4B00A 3B80A 4QJ8A 5OZDA 4ZSRA 5P6TA 1PFZA 5P5TA 3OGQA 5P4WA 4DQCA 3SA9A 2J9JB 4DPIA 3CIDA 5P0FA 2QI0A 2G26A 4Y5KA 1VIKA 5P2XA 4Y53A 3SKFA 4MC9A 2AZ9A 4HA5A 5P1MA 3PEPA 5P0LA 5P6DA 3IXOA 4R95A 4RRNA 1WBKA 1GVUA 3PM4A 5DGUA 1FFFC 5P1EA 1HSIA 3ZKMA 3UF3A 4YCTA 5P3JA 5OZ8A 3OQAA 5P5OA 3S53A 2HS1A 4HVPA 4QJAA 3CKRA 1C6XA 1HVSA 3KFRA 4ZPEA 5TOLA 2PK5A 1LF4A 2I0AA 4J1EA 1HVHA 1TZSA 4GJBA 5P37A 5CLMA 4GJDA 1AJVA 4DJRA 4ZSMA 4DQEA 4Y50A 1HEGE 5P03A 2RSPA 3WB4A 4ACUA 1RV7A 5P0KA 3VEUA 3PSUA 2UPJA 4D88A 5P8TA 5P0NA 2AVSA 5P7PA 2IQGA 2R5QA 1EC0A 4CPQA 2G21A 1MTRA 3INEA 4Y4TA 6UPJA 1W5XA 5HCTA 3OU3A 3RTMA 4RVIA 4DV9A 2QZXA 5DR3A 5P5LA 5P8CA 4COEA 3VSXA 4J0YA 5EZZA 1MSNA 5P5GA 3PSYA 3TOGA 3LZYA 5BRYA 3OGPA 3LZVA 3U6AA 5P19A 3DM6A 2CEJA 4WY6A 5P6WA 2QI5A 4GZFA 5P1UA 2WJOA 4IVTA 4OBGA 1BIMA 3OADB 5COOA 4OBZB 5P12A 5P6VA 5P25A 4OBDA 2R38A 4I0HA 4NJTA 3UQWA 3KM4A 5P43A 3PMUA 5P79A 4R8YA 1QDMA 1GVWA 1LS5A 5P65A 3L5EA 4H1EA 1BVGA 1IZIA 4J17A 5SXNA 3R0YA 5P52A 5COPA 2WKZA 4Y4BA 2RENA 5P0QA 1HTEA 2ZHSA 4LP9A 5P2HA 2CEMA 5P0EA 3S7LA 3OOZA 1WBMA 2F8GA 5APRE 1BVEA 2F3KA 4HDFA 4HEGA 5P1XA 2PQZA 1BV7A 4H3IA 4EHCA 2AVQA 3N4LA 5P55A 5OZFA 3OUDA 4ER4E 1D4SA 1HIVA 4J1IA 5P5HA 2QI3A 5OZTA 3TNEA 3SABA 1HXBA 2Z54A 4XXSA 5P8BA 1BDRA 1DAZC 1T7JA 3Q5HA 3D1XA 5OYSA 1HVJA 5P2UA 3QRMA 4S1GA 5P2TA 5P8UA 2XFJA 3L5BA 1G2KA 2IKOA 2PMAA 4D85A 5P4RA 2OHQA 5P8SA 4LL3A 3INFA 5P62A 1UH7A 3RTHA 4Y3JA 4EJ8A 5OYUA 4Y3SA 3D20A 5P44A 5IVTA 1Q9PA 3ZPTA 2NTRA 5P5QA 1SGZA 4EJDA 3RSVA 3OAGA 1MTBA 1SDVA 2MIPA 4OC6A 3LNKA 2B7ZA 1XDHA 3S2OA 3HVGA 3LIXA 1HVIA 5P0XA 4L7GA 4Y35A 2PH6A 3VLAA 2Q55A 3G72A 3QPJA 2FIVA 2VJ6A 5P60A 4FIVA 1AM5A 2QU2A 4YD3A 3ER5E 1NPWA 1D4IA 3VF5A 2PSUA 2OAHA 3EL9A 5P7AA 4Y3MA 3SA8A 3CICA 4Y56A 4TRWA 4Y5NA 4Y4ZA 1KJ7A 3GGAA 5OZIA 1FQ5A 1G0VA 3PWMA 4OBKA 2PWRA 3RU1A 2OHTA 3VYEA 4I0ZA 3OOTA 1UH8A 2G24A 5P5FA 4Y45A 2I4XA 3LINA 5P0GA 5B18A 1HVRA 1FQ8A 4D8CA 3FIVA 3SKGA 1HXWA 3PSGA 3O9DA 3S43A 2J9KA 3S85A 4CPRA 3SAAA 3QROA 3NYGA 4QGIA 4PZWA 1BWAA 5OZWA 1BV9A 5P1HA 3EKWA 1FF0C 2I4QA 4FM7A 2BKTA 5P10A 4K4QA 1SH9A 1IVQA 1DIFA 5BS4A 1XE6A 2AODA 4DI2A 1SP5A 4DQGA 4AZYA 4Y57A 1CMSA 1MT8A 1MRWA 2F80A 5AH8A 3ZLQA 4FLGA 5P22A 4FRIA 1DMPA 4J0ZA 2R8NA 5P1IA 3PBDA 3KYRA 3LPKA 5P1DA 5DR0A 4I0IA 4FE6A 1FMXA 5P1YA 4RCDA 3VCMA 4YBFA 3SACA 5P3WA 5I70A 4MC2A 4CPUA 1RPIA 1PSNA 5P6RA 2ASIA 4CPWA 5P78A 1T7KA 2HPEA 2Q54A 3O9AA 1EPRE 2JJIA 5I3WA 5P7HA 2B60A 5P7IA 1EBWA 3L5DA 4RRSA 1PPKE 2I4VA 3EL0A 5JODA 5P4ZA 4D83A 3OTYA 3VFAA 4JPCA 1GKTA 2P3BA 4GIDA 3BUGA 2JJJA 1ZPAA 2VNMA 1BBSA 5OZQA 4J1HA 3FNUA 5P2SA 3NLSA 5P7YA 3I8WA 4Q1WA 1FQ4A 1IDBA 3TPJA 1AVFA 5HDVA 2IRZA 3HAUA 2QCIA 3ZKSA 4DJYA 3ECGA 1XL2A 5P83A 5OZ5A 1TQFA 1ZTZA 9HVPA 3VLBA 5P8HA 3ZKNA 1WKRA 4JP9A 2O40A 1M0BA 3S45A 5P7TA 4MC6A 1LYWB 5P47A 5P61A 4DQHA 4GMIA 4BFDA 4PHVA 1B6KA 5P2KA 1APWE 1C6ZA 1HPVA 5P3HA 2BQVA 5P3OA 4GJ5A 2WECA 4KB9A 5P82A 3LIZA 3U71A 4Y5EA 2ANLA 5P6FA 2P3CA 5P31A 1QBUA 3URIA 4OD9A 1FKNA 2OHSA 5P2WA 1B6JA 4YDFA 5P30A 4YOAA 2P3DA 5P0DA 3K4VA 3GW5A 5OYXA 5P6JA 2AOEA 4Y4AA 2WEDA 1LYBB 3I2LA 4X7IA 1ZJ7A 1FQ6A 5P64A 4LC7A 5P7RA 5P18A 1QRPE 4Y41A 5P6EA 1G35A 1GVTA 3S54A 5OZHA 5P5KA 3BVBA 3SA5A 1NH0A 3SM2A 4APRE 3TTPA 2A1EA 5P48A 3GGXA 2HM1A 5P4AA 2VNNA 4B1DA 5DQ1A 4Y5LA 5P6YA 5P71A 1ZSFA 2FDPA 3KFSA 3CIBA 3R1GB 4Y39A 1AXAA 5OYWA 4E43A 2P83A 4HZTA 2BPZA 1E81E 4L7JA 4Z4XA 4RGHA 3BGCA 2B8LA 3APPA 1W5VA 1TSUA 3I6OA 3PI5A 3PLLA 3SLZA 1META 5ENKA 4B1EA 3VF7A 1NPVA 5P77A 1UPJA 2PK6A 2QI1A 1A8GA 4FRKA 4Y5CA 5DQ4A 4M8YA 4DJOA 3O9CA 4CKUA 3O9BA 4OBJA 3BXRA 4FRSA 4GJCA 5DR8A 4DJXA 1ZP8A 1BXQA 2I4DA 3O9EA 4Y5AA 4A6CA 4EQJA 4TVHA 3CMSA 4GJ8A 1GNNA 3EL1A 4LAPA 5HDXA 5CONA 2HS2A 3ER3E 4XX4A 1XN3A 2QNQA 3VSWA 2BPXA 1K2BA 2AOGA 4B0QA 2J9JA 5P3XA 4RROA 2NMYA 4EYRA 4N00A 5HU0A 5E5JA 5P88A 1SDTA 4YD5A 3M9FA 1D4KA 1MT9A 2ZGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7E A;  3WB5 A;  5OZR A;  3OHF A;  5DGW A;  5P3N A;  2XFI A;  2AOC A;  2VIZ A;  3MSK A;  5P2B A;  3OQ7 A;  5P7Q A;  2WF0 A;  5SY3 A;  2Q3K A;  2Z4O A;  5AHA A;  1HHP A;  4I0G A;  4H3G A;  3LPJ A;  3NSH A;  1BAI A;  4Y3A A;  3PCZ A;  5P3R A;  3PCW A;  5DQC A;  5P63 A;  1QBR A;  1PPL E;  5OZ2 A;  5P3D A;  2Q5K A;  3DOX A;  3LIQ A;  3O9F A;  3IGB A;  5AHB A;  4R5N A;  4Y58 A;  5P1P A;  2OHP A;  4TRY A;  1SBG A;  5OZ3 A;  5DR1 A;  3JVW A;  5OZN A;  4K8S A;  1LF3 A;  5KQF A;  2XYF A;  5P8P A;  3HD8 A;  2OHK A;  5P5C A;  2BPY A;  2BJU A;  2ER7 E;  5P3G A;  5P4Q A;  3UPJ A;  5P4H A;  4NJS A;  1EPP E;  3IND A;  3FNS A;  2PYN A;  3URL A;  6FIV A;  3PWW A;  1MPP A;  3EM3 A;  5P7V A;  2FXD A;  5P81 A;  1HPS A;  2CEN A;  3GI0 A;  3LIY A;  2PSV A;  4DJQ A;  5IVR A;  3S8I A;  4I8Z A;  4CPT A;  5OZZ A;  1QS8 A;  3Q6Y A;  1U8G A;  2FGU A;  4Y5G A;  2Q15 A;  2QHZ A;  4ACX A;  1EPO E;  3ZOV A;  5P6I A;  1HRN A;  4OBH A;  3TPR A;  3NDX A;  5HDZ A;  2EWY A;  5P2O A;  5P1Q A;  2HPF A;  1SIV A;  2P8H A;  3O9I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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